5P2BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 129
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2bA01
4BEKA 1HSIA 5P4UA 5P8BA 5P3ZA 4Y3QA 3SLZA 2PQZA 1HHPA 2VA6A 5P28A 2UXZA 4OBDA 3ZMGA 1BVEA 1Z1RA 2I4WA 3PGIA 4D89A 3HD8A 5DR3A 5KOSA 1AM5A 4YD3A 4Y3HA 4Y50A 1G6LA 3TKWA 5CONA 2O40A 1HIHA 4TRYA 5P22A 1YTJA 4I0JA 2VJ9A 1UH9A 1W5WA 5P11A 1ZPKA 4D85A 4OD9A 4MC1A 3GGVA 3TOGA 4J1FA 1HVKA 4R91A 1MRXA 1BIMA 4Y5KA 2RSPA 5IS4A 5P74A 1K2BA 4L7HA 3OUBA 5P6HA 2G69A 4Y3SA 3SKFA 5OZSA 3K5GA 2OHSA 4CPWA 1EPME 2WEBA 1HEGE 4XXSA 3LIYA 3MXEA 3NWQA 2NMYA 4Q1YA 1B6LA 5UPJA 1OD1A 1K6CA 3CKTA 5P0PA 1AXAA 2B8LA 2I0AA 4QLHA 2QCIA 5OZGA 4XX4A 3KN0A 5P7TA 4Y38A 1QBRA 3SFCA 3S43B 2ZJMA 2EWYA 4M8XA 5P1VA 3OGPA 4RVXA 3QROA 1HRNA 5JG1A 4OBKA 5SY2A 3GI0A 3AUPA 5P0CA 4DFGA 5P54A 5P8PA 4YE3A 5P36A 5P5LA 4FLGA 1EAGA 3EBZA 5P83A 3L59A 2PH8A 3BC4A 5HDXA 2VKMA 1PSOE 5P1QA 1W5XA 5OZ9A 3R0WA 5OZAA 1FLHA 5P6XA 2AZBA 2G94A 2ZE1A 3SA6A 5COKA 4CPSA 4Y3JA 5P8NA 3TL9A 2B8VA 2QZXA 4IVTA 5OYXA 5P8QA 5P1GA 5OZDA 2ZJKA 5P33A 5P0SA 2WF1A 3UFLA 3OAGB 2G22A 3TNEA 2FNTA 1M4HA 3H0BA 3EKQA 1D4KA 3N3IA 1HWRA 2QZLA 3UDYA 5P8JA 3INDA 5P63A 4Y53A 2R43A 3TTPA 4PYVA 4B00A 3NR6A 2AOGA 2VS2A 5P17A 3KA2A 3URLA 4GJ7A 2JJJA 3TPLA 3Q6YA 1Z1HA 3ZKMA 1DMPA 2ER0E 1M43A 3BGBA 3PVKA 4ZPEA 5P3EA 3OXCA 2JXRA 3I25A 3KFNA 4YCYA 3NDUA 1HPSA 5P43A 3CIDA 3ZPSA 1MEUA 3PM4A 5P1PA 3BHEA 3S53A 1AIDA 4Z50A 5P08A 5P6VA 5P0IA 1D4JA 4Y58A 1FKNA 3HW1A 2FGUA 1UH8A 4I0ZA 4LXKA 2WF0A 3UPJA 5DQ4A 3AIDA 2IRZA 4EPJA 2OHLA 4ZIPA 3WSJA 5P56A 5P4LA 1T6EX 2BPYA 4HDBA 3OUAA 3QAAA 4GJCA 2PYNA 4HVPA 3VFBA 4EP3A 1B6KA 1ZP8A 3UQRA 3OK9A 1ODWA 1DW6C 5P03A 5P2AA 5P4WA 4CPTA 1EBZA 1C6YA 5P3CA 5OZPA 4ACUA 3UDMA 1NPAA 5P7HA 3S54A 4J0PA 5SXNA 3OU1B 5P6CA 3ZKNA 4OBJA 3SAAA 1SP5A 2PC0A 1QBUA 2O4KA 2Q54A 3O9FA 3CYXA 4FRIA 3EMYA 3L5BA 3GI5A 1G0VA 1K6TA 3QBFA 5FIVA 2BBBA 2PMAA 9HVPA 3FNTA 3URIA 3VLAA 4Y47A 2Q63A 5OZ0A 1YTIA 4AMTA 3PSUA 5P7PA 4MC2A 3ZL7A 5P0QA 1A94A 5P32A 2BPWA 5OZNA 4Y5MA 4CKUA 4R5NA 2O4LA 3VV7A 5OZ1A 3URJA 5P4BA 1JLDA 2BPZA 4GMIA 5KR0A 2WF2A 4DJVA 1ZSFA 2Q64A 4K4PA 1MRWA 1TCXA 3PSYA 2OF0A 3WZ6A 4Y56A 4B72A 4GYEA 5OZLA 5P2WA 2WF4A 1EC2A 4CPUA 2UY0A 4E43A 2HIZA 3D1ZA 4J0ZA 4JECA 5P13A 4FS4A 2FGVA 4TVHA 4Y36A 2QI6A 2RKGA 3WZ8A 4RCEA 4ZPGA 3LINA 3MSKA 2FXEA 1GVXA 5P2MA 4J5JA 5KQFA 1QRPE 1PPME 3EKYA 5P73A 1RPIA 4HDPA 1HVLA 5KR1A 2HPEA 4N00A 3WB4A 3RTMA 5P7NA 5OZJA 5P6KA 5P4ZA 1NPWA 2P3BB 1C6ZA 1EBWA 2PK6A 3PJ6A 3OUCA 5P5SA 1IIQA 3OXXA 4S1GA 5P81A 1HVSA 3T11A 3S7LA 3K5CA 3EKPA 3ZLQA 5OZQA 3IXJA 1ZBGA 3PWRA 2Q3KA 5P25A 1C70A 5P6FA 1MT9A 5P5JA 5OZRA 2ZJJA 5P5AA 4Y3PA 3OADA 4A6BA 5P6QA 5KQZA 2QK5A 1IBQA 1FGCC 2AODA 2AVSA 3OU4A 5P6TA 3GGUA 3NLSA 3VV8A 1LYWA 3DK1A 1ODYA 5P0KA 3PLLA 1W6HA 4YA8A 5I3XA 3D1XA 1N49A 4Q1NA 2OHPA 4H3IA 3TPJA 1EEDP 5P82A 2QHYA 4RYCA 5APRE 5P0HA 2NXDA 1XDHA 3EKTA 3OQFA 2JE4A 4OBFA 4Y4UA 4Y3GA 3INEA 1WKRA 4DPIA 4OBZA 1LEEA 2QD7A 1OEWA 5OZHA 5ENMA 2F3KA 5P2EA 3FSMA 4A6CA 4DQBA 4Y37A 5P26A 2ZGAA 3FNSA 3LZVA 3TOHA 5P3MA 1IVQA 2QZWA 5P5IA 1K6PA 3OUDA 2OHMA 3QPJA 5P3AA 3HVPA 5P2LA 2WEZA 3CICA 1FMBA 3VG1A 1RL8A 2WEDA 1T6GA 2ASIA 2I4VA 1IVPA 6FIVA 3APPA 5I70A 3NDTA 5P8AA 4KE0A 2V12C 5P5YA 2IEOA 2JJIA 4EJLA 5OZVA 3I6OA 5P4OA 3BUHA 4YOBA 1A9MA 4WY6A 4I0DA 1BAIA 4B05A 5AH9A 3HDKA 2WEAA 3EM4A 2VJ7A 3OADB 3CIBA 2FS4A 4GZFA 2ZHVA 4LBTA 4COEA 4EQJA 2RENA 3DV5A 4F75A 5P2FA 3ZKGA 4NKKA 3Q3TA 4DJXA 1LYWB 5P00A 5P7LA 1B5FA 1C6XA 4B78A 4EJKA 5OYWA 4K8SA 1META 3GGXA 4Y4JA 3O9IA 4X7IA 5F00A 3L38A 3S8IA 5I3YA 1YTHA 3QBHA 4Y3XA 3VV6A 5P6LA 3S2OA 3PWMA 3IN4A 3R4BA 5P0ZA 3D20A 1LV1A 3LPIA 3SA7A 5P78A 1EPRE 5OZ5A 2QI1A 5P2YA 3OQKA 1FG8C 1HVRA 2I4UA 5P2SA 5DR7A 1IZHA 1RQ9A 3QS1A 4L1AB 1BV9A 4DQHA 3NDXA 3O99A 1HSGA 2Q5KA 4NJVA 5P3BA 1RV7A 4Y3RA 1HIIA 4B1EA 1PFZA 5P75A 3KDDA 2WJOA 5P3OA 2P3AA 3QVIA 4Y5PA 4DPFA 4DV9A 2G21A 5P3YA 3U7SA 3RTNA 2XFIA 3ER3E 1PROA 5P88A 4Y3DA 5B18A 4RVIA 4Y5LA 5P0LA 5IVQA 4ZPFA 4FRSA 2WF3A 4APEA 5ENKA 2IENA 1KZKA 1NPVA 4Y3EA 4Y4DA 4LC7A 3UDPA 2Q55A 4I12A 4FRJA 4H3FA 1LS5A 3PI0A 4X2LA 3INHA 4I0EA 4I8WA 4ACXA 5P0GA 2ANLA 1CPIA 4YOAA 5P1CA 2I0DA 2MIPA 5P6EA 4YD7A 1CMSA 4RCDA 3SO9A 4DJRA 1EC1A 4B77A 4QJ6A 4B0QA 3N4LA 5P67A 1M0BA 4Y3FA 5P1FA 5HVPA 1Q9PA 5P87A 2QMDA 3OOZA 4J1IA 5P5WA 1LYBA 3SACA 2AZCA 2J9KA 5P20A 4EQ0A 3O9EA 3VUCA 1EC0A 5OZYA 4K4QA 3I2LA 4J1CA 3R1GB 1MTRA 5P6OA 2HS2A 5P5RA 4Y4BA 3HAUA 3GI6A 3L5EA 1D4YA 5ER2E 5P2CA 5P39A 3PCWA 4FM6A 1FMXA 4DQEA 3EM3A 5P6PA 1A8KA 4HEGA 4I0FA 5P1EA 3R2FA 2PSUA 5P4RA 5P4FA 5HE7A 3O9GA 4FSEA 2NNKA 5P4MA 5P12A 3GGAA 1FF0C 3EL5A 5P46A 1WBMA 5P2OA 2PYMA 4NJTA 2QU3A 4J1KA 4Y4WA 5P0BA 4Q5MA 4Y3LA 4B70A 5P7ZA 4K4RA 4RVJA 5KAOA 3NU9A 5P3NA 5JFUA 3ZPUA 5P1AA 2Q15A 1GVVA 1XN3A 4QGIA 5P72A 1G2KA 1FEJC 1PSAA 4Y41A 5P2BA 3H5BA 5P0DA 4PEPA 5HTZA 4YCKA 5P7RA 8HVPA 1LYBB 2BQVA 2IS0A 5OZFA 5P80A 4Y3ZA 3F9QA 4OD9B 1KJFA 2P3DA 2FLEA 4J1HA 3RSXA 1K1UA 2G1SA 5DR1A 2CEMA 5P3DA 5DQ2A 1FFFC 4R93A 5P4NA 5P3SA 3K1WA 2QHZA 5AHBA 4BELA 4AA9A 5OZ2A 1K6VA 3NWXA 1FQ7A 2VA5A 5OYUA 3EKWA 3APRE 5C9DA 5OZWA 2V16C 5P5DA 3LPJA 5KQXA 1D4SA 3EKXA 3OY4A 3PHVA 5OYVA 5P23A 3OU3A 5P2KA 3VYFA 5P7QA 5J25A 5P4PA 4YBFA 4J0YA 2O4SA 5P29A 4MC9A 3IN3A 2ZHTA 1BDRA 5P51A 2Z4OA 4R92A 3VFAA 5P0FA 5P8EA 3NYGA 5P7JA 4DQCA 2VIEA 1BILA 5P3HA 3EXOA 5P8SA 5P62A 3SA8A 5P7CA 5P52A 1HOSA 3DV1A 5JODA 4L7GA 5P7GA 2Q11A 4Y3WA 1HPOA 5P6NA 1EPOE 4R95A 4Y44A 1HVJA 4APRE 5AHAA 5P6WA 5P5NA 5P3TA 1QBSA 1DIFA 3OOTA 4DH6A 2QP8A 4U8WA 5P8HA 1E80E 4FM8A 4TRWA 1HIVA 2HM1A 1HTFA 5DR8A 5OZOA 1SGZA 5P06A 4D8CA 4ER1E 5P6DA 3UQUA 2B42A 1B6MA 4OBHA 3LNKA 3EC0A 1U8GA 5P58A 4YD6A 3EL1A 5P1BA 5P1LA 1AVFA 5P5HA 2J9JA 5P0YA 1D4IA 2IDWA 2A1EA 3D3TA 4FM7A 2P8HA 5P5ZA 5HE5A 1HSHA 3BVBA 4PHVA 1B6PA 4ER4E 4GJBA 3SM2A 3LPKA 4GIDA 1YTGA 3NU4A 2AOIA 3O9CA 5P4SA 1A30A 3K5DA 1ENTE 2ZJNA 1XL2A 1KJ7A 1W5YA 1MT8A 4Y5AA 2BKSA 5OZCA 4CPRA 4JOOA 4H3GA 3KM4A 3PRSA 5I3VA 4QJ7A 1FG6C 4YD5A 5P2UA 2F80A 2AOFA 1FQ5A 2QMPA 2Z54A 3FKTA 4J55A 4NJSA 1MSNA 1ZLFA 4LL3A 3S7MA 3T6IA 5BRYA 5P4VA 1BWAA 5P1NA 4IVSA 3NXEA 1ZPAA 3KFPA 2R3WA 4TVGA 5P7AA 2PH6A 4I0GA 5IVSA 5P3VA 5P71A 5P7DA 5P1ZA 3OHHA 4DJUA 4L6BA 4HE9A 4YDFA 1PPLE 4D83A 5P41A 4Y3YA 2R3TA 3EL0A 1DP5A 3IVHA 4J54A 4Y4TA 2HAHA 2J9JB 1QS8A 5P3GA 3OQDA 1SIPA 5OZKA 2I4XA 5P6BA 2BJUA 5P2TA 4Y51A 4DVFA 3SA5A 3HBOA 4CMSA 6UPJA 5P1DA 3L58A 4GJ9A 5P19A 5ER1E 3KDBA 3UQXA 3SA9A 5P44A 3OWNA 4QJAA 5KR2A 5P8OA 5OYSA 1TQFA 4CP7A 1HTEA 3RU1A 3KF0A 3TOFA 1SDVA 1K2CA 5P37A 1BBSA 2R5PA 4DJOA 2QMGA 2NXLA 4Y35A 3HZCA 5P4GA 4Y4GA 1APWE 5AH7A 2P3CA 5OZ3A 4RYGA 5COOA 4QJ2A 1DPJA 1W50A 4I1CA 4NJUA 5P8KA 1BWBA 5P89A 3Q70A 2QHCA 2XFKA 4RCFA 3SABA 4Y45A 4LXAA 2RKFA 2WL0A 5P31A 5P77A 3PMUA 3PMYA 1HTGA 5P53A 3PBDA 3HLOA 5P3RA 2I1AA 2NTRA 3G70A 5TOLA 4OBGA 4GJAA 1XS7D 5P3PA 3ST5A 3D1YA 4H1EA 2VIJA 3VYEA 2G1YA 5P0NA 1YM2A 5P0JA 1FB7A 4EJDA 3OHFA 2G20A 1PPKE 1MTBA 1MVPA 3I8WA 2VNMA 2ZJLA 4ZEAA 2F3FA 5F01A 5OZ7A 1AAQA 2BPVA 2BB9A 5P01A 1KJ4A 3NU5A 1TW7A 5OYTA 1VIKA 2R9BA 1EPLE 3UDQA 1XL5A 3QIHA 5P6GA 5P8RA 5P1IA 3BRAA 3NUJA 4FE6A 5P68A 2FMBA 4FRKA 4Y43A 5BS4A 4NPUA 2ZHRA 1LF4A 4U7QA 5P07A 2UPJA 3RVIA 1EBYA 1HPVA 4RRSA 4AUCA 2AZ8A 3OU4B 3NU6A 2ZYEA 2XYEA 2P4JA 1HXBA 2VIZA 1RNEA 1HBVA 3SKGA 3JVWA 4OC6A 2PWRA 4HZTA 2NXMA 2V0ZC 4GJ8A 2OHNA 2AVMA 2BPXA 2HB4A 1YM4A 5P5XA 1UPJA 1NH0A 2V00A 1E81E 3Q5HA 4HDFA 4OBZB 3QRSA 2O4NA 1Z8CA 4CPXA 4H3JA 1TSUA 5P66A 1LF2A 2QMFA 5I3WA 3OTSA 1GNMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BEK A;  1HSI A;  5P4U A;  5P8B A;  5P3Z A;  4Y3Q A;  3SLZ A;  2PQZ A;  1HHP A;  2VA6 A;  5P28 A;  2UXZ A;  4OBD A;  3ZMG A;  1BVE A;  1Z1R A;  2I4W A;  3PGI A;  4D89 A;  3HD8 A;  5DR3 A;  5KOS A;  1AM5 A;  4YD3 A;  4Y3H A;  4Y50 A;  1G6L A;  3TKW A;  5CON A;  2O40 A;  1HIH A;  4TRY A;  5P22 A;  1YTJ A;  4I0J A;  2VJ9 A;  1UH9 A;  1W5W A;  5P11 A;  1ZPK A;  4D85 A;  4OD9 A;  4MC1 A;  3GGV A;  3TOG A;  4J1F A;  1HVK A;  4R91 A;  1MRX A;  1BIM A;  4Y5K A;  2RSP A;  5IS4 A;  5P74 A;  1K2B A;  4L7H A;  3OUB A;  5P6H A;  2G69 A;  4Y3S A;  3SKF A;  5OZS A;  3K5G A;  2OHS A;  4CPW A;  1EPM E;  2WEB A;  1HEG E;  4XXS A;  3LIY A;  3MXE A;  3NWQ A;  2NMY A;  4Q1Y A;  1B6L A;  5UPJ A;  1OD1 A;  1K6C A;  3CKT A;  5P0P A;  1AXA A;  2B8L A;  2I0A A;  4QLH A;  2QCI A;  5OZG A;  4XX4 A;  3KN0 A;  5P7T A;  4Y38 A;  1QBR A;  3SFC A;  3S43 B;  2ZJM A;  2EWY A;  4M8X A;  5P1V A;  3OGP A;  4RVX A;  3QRO A;  1HRN A;  5JG1 A;  4OBK A;  5SY2 A;  3GI0 A;  3AUP A;  5P0C A;  4DFG A;  5P54 A;  5P8P A;  4YE3 A;  5P36 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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