5P2CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 130
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2cA01
5P62A 5P88A 1MPPA 1HXWA 2G69A 3PWMA 1J71A 2AOIA 5P4OA 1B6KA 1F7AA 5P6SA 2FIVA 4ZIPA 3ZLQA 3UDPA 3NDUA 3OUAA 3UHLA 1XS7D 4NJUA 4J0TA 6APRE 5C9BA 4B77A 3ZKNA 2O4LA 4ER4E 3PVKA 5C9FA 3IA9A 1C6YA 4F74A 2J9JA 3OQKA 5P7FA 2OHTA 1HVKA 2HB4A 5P0MA 4F75A 5BWYA 2FNTA 3ER5E 3EKWA 1QRPE 3KT5A 1GNNA 5HU0A 3MXEA 5P7QA 1GVWA 5P7TA 1LYAA 3EC0A 1KJHA 2ASIA 2B7ZA 5P8IA 5P2ZA 1B6MA 1B5FA 1RL8A 1EC0A 1ZAPA 4K4QA 2F8GA 3RVIA 1W5XA 1ENTE 2AOEA 5P6AA 5P2RA 5P41A 3UDNA 4D83A 5OZ7A 7UPJA 4OBKA 4Y4BA 5P75A 3FIVA 3QVIA 5OZZA 2FS4A 4CKUA 3TPLA 2IQGA 4N00A 2FDPA 4M8YA 5P08A 2WF2A 1SDUA 5OYSA 5P47A 1YG9A 4Y4ZA 4Y4AA 5P63A 4HDFA 4DJRA 1W5WA 5P8NA 1B6JA 3PLLA 1HOSA 1LV1A 5P5LA 4L6BA 2HC0A 5CLMA 5DQ5A 5P4DA 3DK1A 2R3WA 3NU5A 5OZ4A 3GGUA 4K4RA 4DQHA 1FG8C 5P59A 2OHLA 3WSJA 4Y3HA 2OF0A 2ER0E 4B05A 3WB4A 1ODWA 4RVXA 2JJJA 3VFBA 2O4PA 3QP0A 4FCOA 1HIVA 5P6NA 2G94A 3CKPA 4Z2ZA 5P5RA 3SM1A 1LYAB 3QRVA 3SO9A 1HTFA 5P7DA 3LZUA 5P5OA 1B5FB 1SGZA 2BKTA 2WF3A 2NXMA 5P4WA 5B18A 4Y51A 1FIVA 4Y3EA 4CPUA 3B7VA 5OZPA 3VLBA 4LP9A 5P31A 1IZIA 1GKTA 5BRYA 3O9BA 3CIDA 5P4EA 2AOGA 2B7FA 5EZZA 4DJOA 5P8CA 2HIZA 2BQVA 3D3TA 1DP5A 3PB5A 5P12A 3S7MA 2I4WA 2ZHUA 2CEMA 3HBOA 3EL9A 3WZ7A 1MVPA 2ER7E 1ZSFA 5AHBA 3SM2A 3VV7A 2ZJHA 3G6ZA 1SDTA 1ER8E 2ZYEA 4H1EA 1LF2A 5P2HA 2A4FA 3S54A 4Y4GA 5P2MA 1AIDA 1DAZC 5P2SA 4MC1A 1SIVA 1EBYA 4Y47A 5AH6A 1HIHA 2G1NA 5P7GA 3OADA 5P5MA 1D4YA 3ZKMA 3OXWA 1PPLE 3UDKA 2WHHA 5P7EA 1SH9A 5P5KA 3URJA 5KR1A 4Y9WA 2P3CA 3O9EA 4Z22A 5ENKA 4Y3ZA 5P5AA 3ZKSA 5P74A 1SBGA 3HLOA 5P89A 5P02A 4NJSA 1HVLA 5P73A 2ZHSA 5P1EA 1BIMA 2HB2A 2QMPA 5P07A 4TRWA 3VF5A 2NMZA 2UXZA 5P52A 1FQ4A 2R5QA 4GJBA 2NPHA 4XKXA 2IRZA 1K6TA 5P39A 1XDHA 5HE4A 1ODXA 4Q1NA 1XE6A 2XYEA 3OQ7A 1DW6C 5P66A 3NXEA 4PHVA 4FIVA 1HHPA 3KDCA 3PBDA 5UPJA 1TZSA 3PI5A 2OHQA 5P46A 3KDBA 5P3SA 1HSGA 4FSEA 4Q5MA 4YDGA 5J25A 2WEZA 5P2QA 2QD6A 1HPVA 4Y54A 3UDYA 1META 4GYEA 5P4RA 1YTJA 5KQXA 2QI7A 3JVWA 5P5IA 2B8VA 2Q15A 3L5BA 4EPJA 2F3KA 4Y3PA 2OHUA 5P06A 3QIHA 3OADB 1FKNA 4Y57A 1K2CA 5P28A 1OHRA 4B78A 4RYGA 3IVHA 3VV8A 3LIVA 1Z8CA 4YA8A 5P58A 1GVXA 2QI4A 4DJWA 4LBTA 4RRSA 4EQJA 1Z1RA 5P56A 5P0CA 1SIPA 3VG1A 4B70A 4RVJA 1AJXA 2VJ7A 5OZ1A 5OZDA 4EJDA 4DUSA 1RV7A 1QBSA 3TKGA 5P1GA 1CZIE 1T7KA 1TW7A 3EKQA 4Y3DA 3K5FA 3EM3A 2BPVA 2QNPA 5P16A 4EJLA 5P3JA 1FB7A 3S43B 2VIZA 4Y5BA 4FS4A 5P4GA 3L5DA 5OZIA 3VLAA 1APWE 5I3XA 4FRIA 5KQZA 3QPJA 4YD4A 1N49A 4EP2A 4TRZA 4Y50A 1EPLE 3EXOA 1PSNA 4Y5KA 3UQPA 4Y4TA 5P4UA 3KM4A 2IENA 1FF0C 5OZJA 5P5UA 4YBIA 2AZCA 4I0DA 2I1AA 2AVVA 4B1CA 5P5DA 3PWWA 2ZGAA 4Y43A 2AODA 4LXAA 2HB3A 4FM8A 4DV9A 1LF4A 3Q3TA 1MRWA 4HE9A 2J9KA 1HVCA 3RTHA 5DR8A 5P6RA 5P8BA 4ACUA 3KN0A 3SA6A 3K5DA 1W6IA 2QU3A 3PLDA 3APRE 4A6CA 4U7VA 5DR0A 5P4XA 1OD1A 2NR6A 4YOBA 1BXQA 5EZXA 1APTE 3VFAA 1TCWA 2R9BA 3OXXA 5OZTA 4EJKA 1EAGA 1LYWA 2QZLA 5P5EA 5P80A 5P8QA 3MXDA 1NPWA 2Q64A 4FAEA 5P6OA 5OZLA 4Y48A 2PYMA 2VJ9A 4GJ6A 4Y3NA 2QCIA 1GVTA 3PRSA 1EBWA 3OQFA 5ER2E 3O9IA 5P0OA 2PC0A 4Y4XA 4LL3A 5P0KA 4QJAA 5P8MA 3IGBA 2G27A 1HIIA 5P3WA 5P8OA 5P8DA 2FDEA 1M0BA 3TPJA 1D4KA 3VYFA 1M4HA 3D1YA 5P2EA 3CICA 1G2KA 1NPVA 1YT9A 3EKPA 3MSLA 5OZXA 2VA6A 4PZWA 1W5VA 5HD0A 5P84A 4DI2A 5HCTA 1BDLA 5P4NA 2PQZA 2VNMA 3VYDA 2VIYA 3K4VC 3OU4B 5P85A 3OU3A 5P7XA 3R1GB 1C6XA 3SA3A 4TVGA 5P8PA 5P3XA 4R8YA 2P8HA 2I4QA 4DQCA 5P29A 5P5XA 4R5NA 1KJGA 2QD7A 4LC7A 3T3CA 5P72A 1EPME 1IVQA 2MIPA 1NSOA 5P8SA 5P87A 1LEEA 2H6SA 1ZP8A 2WF4A 2V00A 2AVSA 2BPWA 5P19A 3RTNA 4X2LA 1A30A 3NWQA 3IXKA 2PWRA 1KZKA 1EPNE 2O4SA 3NXNA 3BGBA 5SY3A 5P48A 5DR3A 4DVFA 2CENA 5P1IA 3UQWA 4GIDA 1HVSA 5IS4A 5P3FA 5P6ZA 2WECA 3EM4A 1D4SA 1NH0A 3VV6A 2FDDA 3IXJA 5E5JA 5DQ4A 5P2GA 5P10A 3TH9A 4M8XA 5P3QA 4NJTA 3ZKXA 3N4LA 4ZPEA 5P2JA 2P3BA 5P3HA 5HCOA 5IVRA 3SABA 2AOCA 5P3IA 4A4QA 5P4MA 1G0VA 4UPJA 5P7NA 1M43A 4L1AB 2A1EA 5P15A 3OHFA 3TPPA 4RCEA 4EHCA 3QBHA 5P3DA 5ISKA 2QHYA 4DH6A 1UPJA 5OZWA 3ER3E 1BVGA 1YM4A 4QJ9A 5P4FA 5P4YA 2AVOA 4LHHA 4WY1A 5P5WA 1BDRA 4Y41A 5P8RA 5P04A 5P22A 1BVEA 5P3UA 1LS5A 3JVYA 3URIA 5P4CA 5P33A 2AIDA 1PFZA 4DQEA 1FQ5A 3QN8A 3QRSA 3BXRA 3OQDA 4J54A 1T3RA 2NXLA 3OAGB 3EL5A 3QI1A 2VIJA 5JODA 4DJUA 5DQCA 2XFKA 1QBRA 2G21A 2V11C 1IIQA 3EKXA 4OD9A 4RGHA 5P2AA 5P6XA 5OZSA 4U8WA 2PH8A 4I0FA 4HLAA 3ZL7A 1MRXA 4B72A 2PYNA 5KR2A 5P3BA 5P01A 5P64A 4GJ9A 3H0BA 1A8KA 2HAHA 4RRNA 2UY0A 5P8LA 4NPUA 5OZ9A 4DJQA 5P5QA 1D4IA 3LZSA 3S7LA 1FMBA 1A8GA 4DJYA 3QVCA 4ZLSA 5OZAA 1PPME 2HM1A 4YCYA 5P5TA 3HW1A 5I3YA 2QI3A 4AZYA 5P7HA 3PSGA 2AQUA 1LF3A 4KUPA 4NJVA 2I0AA 3FNSA 4HDPA 3OUCA 3FNUA 2G22A 4B1DA 5P4IA 5P5YA 1Q9PA 3KF0A 3PM4A 1HTRB 3S56A 3UDQA 4AA9A 5P71A 1SMRA 1APVE 1HPSA 2G26A 5OZ3A 5P44A 3UDMA 4YCTA 4OBGA 2PK6A 2PWCA 4I0HA 4BEKA 2J9JB 5OZYA 3OUDA 4MC2A 5OYYA 2FGUA 5COOA 1BV7A 1VIJA 5P2TA 4GJCA 5P4ZA 4QJ8A 5C9DA 4FAFA 2FMBA 3K5GA 5BS4A 5DR7A 1YTHA 5HU1A 4LAPA 3LINA 5P81A 5P30A 4RROA 1RPIA 3BVAA 1HTEA 1XN3A 4JOOA 3BXSA 4J0PA 4ZE6A 6UPJA 5HDZA 4EXHA 2WJOA 3D91A 5KOQA 2I4XA 1FQ7A 3UDHA 5P3PA 2AVQA 4FE6A 2BPYA 1YM2A 3DCKA 3VF3A 4U7QA 1AM5A 5P1LA 5P3NA 1BXOA 4XX3A 5P5GA 2Q54A 2ZJJA 3BRAA 4Y3WA 4Y3TA 4BELA 5AH7A 5P6YA 5P60A 4L7JA 3LPIA 3EL4A 3S53A 1EPRE 5OZFA 5P0FA 5P0QA 3U71A 2QI1A 5P3OA 4H3JA 4H3FA 5CONA 5P23A 5P5BA 4Y53A 3O9LA 4CPQA 2FGVA 3OHHA 1IZHA 2PSGA 2ZDZA 3ZPUA 4I8ZA 4Y36A 4Y5MA 1T7JA 5OZCA 4KE0A 1K6PA 3WZ8A 4J17A 5KQYA 1HRNA 3HZCA 5P7UA 1KJ4A 4J0VA 1ZSRA 5P0AA 3S85A 4QJ6A 5P0XA 3L5EA 1HEGE 4D89A 2FXDA 1B11A 3FV3A 4JP9A 1G35A 5P5JA 2RSPA 4Q1YA 2FNSA 2ZJNA 4WY6A 1HVHA 1T6EX 4I0IA 5P6VA 1HWRA 4D88A 4Y4DA 3KFNA 3L3AA 5P7KA 3GI4A 3M9FA 2QD8A 2Q5KA 2Q55A 4F73A 4Y3GA 4FM6A 5P1OA 4R95A 5P1DA 1MSMA 1HEFE 3KFSA 3T6IA 5P1TA 3AIDA 3TL9A 4FM7A 3HVGA 5P36A 3R2FA 2R5PA 3SAAA 4OBDA 5OZEA 4YD3A 1HPXA 5P82A 4J55A 4GJAA 2R3TA 1VIKA 2ZJKA 4J1IA 3DCRA 3CIBA 5P24A 3LZYA 3OU1A 5P8AA 1WKRA 3PSYA 3L58A 1HVIA 5P0SA 4DJVA 5P11A 1EC2A 3NDWA 3BHEA 4R91A 1UH7A 3UQXA 4ZEAA 5P2FA 1EPQE 5OYWA 1QS8A 4Y5NA 3ZKIA 1GVVA 3O9LB 3TPRA 5P0EA 2XFIA 5HTZA 3NWXA 1XE5A 4CPXA 3BUGA 5P76A 4IVTA 4ZSMA 5P1JA 3DM6A 4QJ2A 2F3EA 2HS2A 1MTBA 5JFPA 1EC1A 3LZVA 3NSHA 4EYRA 4J0YA 4K8SA 3S45A 3Q70A 4Y3SA 2UPJA 4Y5AA 2QZXA 3G70A 5P3RA 5P77A 4I0JA 5P2VA 5P7WA 3RSXA 1FLHA 2QHCA 1Z1HA 2WEBA 6FIVA 2G24A 5P14A 3VCMA 5DQ1A 2Z4OA 1K6CA 1ZJ7A 4FL8A 4Y4WA 1C70A 5OYRA 1BDQA 5P2KA 4PZXA 5OZ5A 1K1UA 4A6BA 5P18A 5P3MA 1HVRA 5AGZA 1EPOE 1KJFA 2BBBA 5P6KA 4OBFA 3GW5A 1XL5A 3CKTA 5P34A 3NLSA 3H5BA 5HDVA 3DOXA 5P65A 5KR0A 3NDTA 4OC6A 5OZGA 1FMUA 2I4DA 4ER2E 2FLEA 4H3GA 5P83A 4JPCA 2NTRA 2IEOA 3SACA 5P7MA 3GGAA 4OBZA 5IVQA 3IN4A 1EPPE 3OUBA 5IVSA 3RSVA 1GVUA 1IZEA 4APRE 3GI6A 4COEA 4K9HA 5P5SA 3SPKA 5OZ6A 2V13A 3R4BA 3IVIA 3FNTA 4ZSQA 3OGPA 4LXMA 2HPFA 2ZJMA 1HXBA 2ZHTA 3SLZA 1MUIA 2G1OA 2P3AA 4NKKA 5I3WA 4Y4UA 1W50A 2HS1A 3T11A 3NU4A 5P1YA 5I70A 5P37A 3LPKA 5P6DA 4Z50A 4DPFA 2VKMA 4D8CA 3LIQA 4Y3XA 2JE4A 4J1HA 5DPZA 3NU3A 3VEUA 2G20A 4XX4A 5P4BA 3D1XA 2HPEA 3DJKA 4K4PA 2QK5A 3I2LA 2XYFA 3ZKGA 3PI0A 3PBZA 3T7PA 1U8GA 5P6PA 1YX9A 3BUHA 3GI0A 8HVPA 4OC6B 5OZ0A 5P1RA 2PK5A 2ZHVA 3TLHA 3EKYA 1NPAA 5P3CA 3EKTA 4J1FA 5P2DA 4Y5LA 4Q1WA 1W51A 5P32A 3WZ6A 5P61A 2QMFA 5P6EA 2ER6E 3R0YA 4Y45A 5P6MA 2F80A 4E43A 2EWYA 5P1QA 5DGWA 1E80E 1MT9A 5ISJA 4HDBA 2V10C 5HE7A 5HDXA 2PH6A 3SA5A 3OXCA 2IKUA 4XXSA 1IVPA 1ODYA 3T7XA 2VJ6A 4Y3JA 3I7EA 2WEAA 5KOSA 2IKOA 3UF3A 5P13A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P62 A;  5P88 A;  1MPP A;  1HXW A;  2G69 A;  3PWM A;  1J71 A;  2AOI A;  5P4O A;  1B6K A;  1F7A A;  5P6S A;  2FIV A;  4ZIP A;  3ZLQ A;  3UDP A;  3NDU A;  3OUA A;  3UHL A;  1XS7 D;  4NJU A;  4J0T A;  6APR E;  5C9B A;  4B77 A;  3ZKN A;  2O4L A;  4ER4 E;  3PVK A;  5C9F A;  3IA9 A;  1C6Y A;  4F74 A;  2J9J A;  3OQK A;  5P7F A;  2OHT A;  1HVK A;  2HB4 A;  5P0M A;  4F75 A;  5BWY A;  2FNT A;  3ER5 E;  3EKW A;  1QRP E;  3KT5 A;  1GNN A;  5HU0 A;  3MXE A;  5P7Q A;  1GVW A;  5P7T A;  1LYA A;  3EC0 A;  1KJH A;  2ASI A;  2B7Z A;  5P8I A;  5P2Z A;  1B6M A;  1B5F A;  1RL8 A;  1EC0 A;  1ZAP A;  4K4Q A;  2F8G A;  3RVI A;  1W5X A;  1ENT E;  2AOE A;  5P6A A;  5P2R A;  5P41 A;  3UDN A;  4D83 A;  5OZ7 A;  7UPJ A;  4OBK A;  4Y4B A;  5P75 A;  3FIV A;  3QVI A;  5OZZ A;  2FS4 A;  4CKU A;  3TPL A;  2IQG A;  4N00 A;  2FDP A;  4M8Y A;  5P08 A;  2WF2 A;  1SDU A;  5OYS A;  5P47 A;  1YG9 A;  4Y4Z A;  4Y4A A;  5P63 A;  4HDF A;  4DJR A;  1W5W A;  5P8N A;  1B6J A;  3PLL A;  1HOS A;  1LV1 A;  5P5L A;  4L6B A;  2HC0 A;  5CLM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SFC A;  5P1F A;  1WBK A;  4DQF A;  4AA8 A;  3ECG A;  3VSX A;  4FRJ A;  4DPI A;  1BAI A;  5OZV A;  3OXV A;  4PEP A;  1SP5 A;  4CPT A;  1YTI A;  4Y38 A;  5P0G A;  2BPX A;  5P8K A;  3O9G A;  1EC3 A;  3DV5 A;  3U7S A;  4CP7 A;  3PCW A;  5P6G A;  5P51 A;  5I3V A;  2QI5 A;  1BWA A;  5IE1 A;  4L7H A;  4J1C A;  4B00 A;  3UPJ A;  5P45 A;  1MTR A;  3BVB A;  3O9C A;  3Q5H A;  3S2O A;  2QMG A;  3C9X A;  2QP8 A;  5P1X A;  4TRY A;  5COK A;  1GNM A;  5OZO A;  5P3V A;  5P1Z A;  5P2X A;  3B80 A;  4DQG A;  3EL1 A;  1PSA A;  4L1A A;  5P7B A;  1TSQ A;  4HVP A;  5P2O A;  4OBZ B;  4BFB A;  3L5C A;  3O9H A;  2OHN A;  5P7A A;  5AH9 A;  5P78 A;  1OEX A;  1HSH A;  5P6J A;  2NNP A;  1T6G A;  2OHR A;  4CPW A;  2V12 C;  5P5F A;  5KAO A;  2Q11 A;  5P27 A;  3MSK A;  4Y4E A;  4J1E A;  2NMY A;  3RU1 A;  1AXA A;  2VIE A;  5P7Y A;  4ZSP A;  4YOA A;  5P03 A;  5P0R A;  3KYR A;  1MER A;  2JXR A;  4Y3L A;  5P57 A;  4FRK A;  3OOT A;  5P5V A;  3OGQ A;  4YCK A;  5P8T A;  3I25 A;  4Y3R A;  5P8H A;  2AOJ A;  5P20 A;  1PSO E;  4Y5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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