5P2KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 138
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA01
3ZKIA 5P4LA 4Q1XA 5P3YA 5P76A 5P3UA 2VIEA 5IVTA 4D8CA 4J0YA 4U8WA 4KE1A 5P3PA 3UF3A 5P34A 5COOA 5CONA 3VLBA 3L59A 5P5GA 5SY2A 3NSHA 2FNTA 5P0EA 3KYRA 4Y39A 4DQGA 1KJHA 4Y3RA 5OZVA 3FNTA 5ENKA 1RPIA 2G1SA 3LINA 4Y3JA 2VA5A 5P05A 3SABA 4YD6A 4LHHA 1CMSA 2RMPA 2VNMA 1HVHA 1T3RA 5P3BA 1KJ7A 3SLZA 4Z50A 2HIZA 2PK6A 5P8BA 4ER2E 4LAPA 2QHYA 5OYXA 3OAGA 2ZJKA 1FIVA 3AIDA 2R3WA 1APTE 2Q15A 3I7EA 4D83A 1EBKC 5P30A 3VCMA 1W5VA 1A94A 3EKQA 5AH6A 1HVLA 4B1DA 4DQEA 5P2GA 3OUDB 1LYAB 4GJ8A 2I4XA 5P6AA 2WJOA 4OD9B 5P60A 5P5AA 4FL8A 5P2XA 5P5ZA 5P7HA 1WBKA 1IZHA 1E5OE 5P7RA 1A30A 2G24A 3ZOVA 2QI6A 1W50A 4ZPGA 1K6PA 3INDA 5P4UA 3O9LB 4JECA 1ZAPA 5P3DA 5P0OA 1HPSA 1A9MA 4FM7A 2QMDA 3ZKXA 5OZIA 5P14A 1GNOA 5P8MA 4DFGA 1ME6A 5P50A 2QI5A 1MT9A 1G35A 1HVJA 5P7KA 3OK9A 2HS1A 3GW5A 3SM2A 2QNQA 1SH9A 5P65A 4JPEA 3APRE 4Y3YA 4GJ9A 1OEXA 2IDWA 5P51A 1EAGA 5P8FA 4HDBA 2Q63A 4GJ5A 2QMFA 4FGXA 4WTUA 5OZDA 3OHHA 4RYCA 5P6WA 2OHQA 4Y50A 5OZXA 5P87A 5DQCA 1C6XA 3O9FA 1UH7A 4J54A 4L7HA 3N3IA 3LNKA 5P09A 4F73A 1ZPAA 2OHLA 3SPKA 1A8KA 1F7AA 1GNNA 3OGPA 2BPXA 2H6TA 5P6KA 3WZ7A 3PM4A 4I0FA 1XN3A 4GJAA 5P4CA 2IEOA 4Y45A 2VA6A 1KJFA 5P4VA 3UQWA 5HVPA 4DQHA 4OBKA 4EPJA 5OZMA 5P3QA 2I4QA 2QI1A 4K4QA 4K4RA 5P1IA 5OZ9A 3TKWA 5IS4A 1W6IA 5OZ7A 5P0HA 1TSUA 1EPOE 1MESA 4R91A 5P6GA 4FM8A 5P66A 1SDUA 5HU1A 1D4IA 3TOHA 1W51A 4R95A 3PWRA 1XE6A 3R4BA 1YTHA 4EQ0A 2WF2A 2QMGA 3L5BA 2RSPA 4Y58A 5OZSA 4HZTA 3CIBA 5P1KA 3B80A 1BV7A 4B72A 5P10A 5P2EA 3HAUA 3GI6A 5P44A 3TOGA 2CEMA 5C9BA 5IVRA 1XL5A 1FQ4A 1W6HA 4I0EA 5P47A 5P7TA 4B0QA 5HCOA 3VV7A 2BPYA 3EL0A 1HTEA 5P7WA 5P57A 3G6ZA 6UPJA 2OHSA 3ZPUA 1K1UA 4EJDA 4PZWA 5EZXA 5OZOA 1A8GA 2ER7E 4J0VA 1HTRB 4ACUA 3QAAA 4FAFA 4H3FA 5OYQA 1YTJA 4OBZA 3R0WA 3EKPA 3NU3A 4M8XA 4DJOA 3QRMA 3GGAA 3HDKA 4DI2A 1K6VA 5P3EA 2G1YA 4JPCA 3G72A 1DP5A 4Y36A 5P06A 3S53A 2BBBA 5P54A 3ZKMA 5E5JA 5P24A 5P5XA 4Y4DA 4K9HA 4D88A 3HAWA 2VJ7A 2IKOA 1AM5A 2AOJA 5P2QA 4Y3SA 4B78A 5P6DA 3EM3A 4NPTA 3KDCA 4Y5GA 5P5WA 5J25A 4L7JA 4Y4UA 5OZWA 1HTGA 4Y5NA 4Y9WA 5P40A 1BIMA 5P3FA 3ZKQA 4B70A 2FXEA 5P5HA 5P0MA 3VSWA 3ST5A 4Y56A 1UH8A 5IVSA 5P3AA 5P2IA 1TCXA 5P2HA 4COEA 4DQFA 2WHHA 4FRSA 5P7JA 3VF5A 2B7FA 3G70A 3CYWA 5BS4A 4YBFA 4XKXA 5P32A 5P46A 4Q5MA 3UTLA 4YCTA 3CYXA 2ER9E 5P2MA 2QNNA 2NXMA 3PCWA 4PPHA 3MWSA 5HDUA 3NU9A 1FEJC 2JXRA 3VUCA 4JP9A 4DJUA 1T7JA 3O9IA 4N00A 4ZEAA 5P1HA 1E81E 3OGQA 2O4LA 2PYNA 4F76A 5P0KA 3I6OA 5P2YA 3OOTA 4MC1A 3SACA 2ZDZA 5TOLA 1TCWA 3EL4A 5P3OA 3L5FA 2ZHSA 4B00A 2Q64A 4CP7A 1QDMA 2QU2A 3VEUA 2BQVA 4DJPA 3BXSA 1D4KA 1Q9PA 2HB2A 1BAIA 4D85A 2QI0A 4EXHA 4S1GA 4CMSA 3ECGA 3OTSA 5P5PA 4Y3QA 4Y5BA 5P1SA 5BWYA 5P3RA 3WB4A 3RVIA 5OZ2A 5P7YA 3SKGA 4B05A 1AZ5A 3RSVA 2AODA 1GVXA 4XXSA 3UCBA 5DR1A 1YX9A 4R5NA 3H5BA 4Y47A 2MIPA 2OHMA 5OYSA 5P3JA 5JG1A 5P67A 6APRE 4DJWA 5P0TA 4QJ7A 3RSXA 1EC0A 3KFSA 4Y5KA 5P2LA 2JJIA 4QJ2A 4Y4WA 2OHTA 3EKVA 5ER2E 4Y41A 5P4BA 1PSAA 2P83A 5DQ1A 4Y4TA 4EJ8A 2CENA 5P3XA 6FIVA 3IVIA 1AVFA 2ZE1A 5P4TA 5I3WA 3KT2A 2AVQA 2J9JA 5P3KA 1YTIA 4Y51A 4Y54A 2FIVA 2QI7A 5KR2A 5P4SA 5P8DA 5F01A 1RL8A 3C9XA 5P0JA 1EBZA 5P08A 1T7KA 5P2CA 5KQFA 5OZRA 3PBZA 5DGWA 2WF0A 4RVXA 2I0DA 2F3EA 5HDXA 3OUCA 4DJQA 3JVYA 2ZHTA 1VIJA 5P1XA 1ENTE 1W5YA 5P2DA 3VYFA 2AVMA 3IAWA 2BPWA 4Y35A 3PBDA 5P4FA 2AVOA 3OUAA 5P03A 3UHLA 3QBHA 5HD0A 4MC2A 4GB2A 4R93A 2R9BA 2QD8A 5KOSA 5P37A 3VG1A 5P8UA 3SA6A 3GGUA 5P6VA 3HZCA 1ZBGA 5P82A 2I4UA 1IDAA 3ZPSA 5C9FA 1G0VA 3PCZA 3L3AA 5HDVA 5P6NA 5P3GA 2HM1A 3IGBA 1UH9A 4J55A 4Y3GA 1LS5A 5P00A 4A6BA 3D91A 5P5MA 2Q5KA 2A1EA 2IQGA 4QJ9A 5P3ZA 1HXBA 2OF0A 1IZEA 3NDWA 2IGXA 1MEUA 5P4QA 1BXQA 2I4VA 1HSGA 5OZ1A 5P3LA 4FRJA 3L58A 5P8OA 1BBSA 4DJRA 3EM4A 4J1EA 2AOIA 1DIFA 5ER1E 3DOXA 5P86A 4DPFA 5P0VA 2VA7A 3O9DA 5P64A 3OOZA 3BC4A 4ZE6A 5COKA 5P4HA 5AGZA 3T11A 4I10A 3T3CA 1MT8A 5P5RA 1FFIC 5HCTA 1KJ4A 3SFCA 4DH6A 5P8JA 5B18A 2VIZA 2F8GA 2Q3KA 1HVIA 5P2SA 1ODXA 2F3FA 5P61A 1HIVA 5P20A 5P2VA 5P56A 2IGYA 1MUIA 3S43B 3MXDA 4Y4AA 3PMYA 5P1FA 2G21A 2QHZA 3U7SA 3OAGB 1FFFC 5P2KA 4DUSA 3LIQA 4Y37A 4LXKA 5P0WA 1C70A 4QJ8A 1APWE 3PWMA 3VV8A 5P0YA 5P5QA 3NUJA 3K4VC 5P15A 4I0JA 5P8LA 4I0GA 4B1EA 5P0UA 5P4RA 1TQFA 3O9HA 2HC0A 5AH7A 4GJ7A 3QIHA 5AH9A 5P1LA 4YD5A 4ZLSA 3D1ZA 3S43A 3RTMA 5EZZA 4XX3A 5P36A 3M9FA 5P55A 3PEPA 2B8VA 5P6IA 3OHFA 3R2FA 5P5NA 1XN2A 2G69A 5KQXA 2AZ9A 4FS4A 2QP8A 4FAEA 2QI3A 5P4YA 1EPPE 4YDGA 5APRE 1MTRA 2G27A 2Z4OA 5HTZA 1APVE 5P1EA 3INFA 5P6XA 4Z2ZA 3EKWA 5OZUA 2AQUA 3TTPA 3OU4B 4H3JA 5P1MA 5P81A 2I0AA 2WF3A 4CPTA 4EJLA 4FCOA 2ASIA 5P49A 5P79A 5P4KA 5P8SA 2P3AA 5P1DA 5IE1A 1EBWA 3QROA 3D3TA 5P6MA 4YCKA 3Q5HA 4L7GA 2FMBA 3K5GA 5P0CA 5P6SA 1CPIA 5OZYA 2B60A 3HVGA 4RVJA 2WEDA 9HVPA 5P4XA 4HVPA 4Y53A 3FV3A 5P19A 5P8IA 4HEGA 2PH8A 1U8GA 2P3DA 3OU4A 1FQ5A 1Z1RA 3LPJA 1RNEA 1SIPA 4OBGA 3S45A 2XFJA 2FDDA 4HLAA 1JLDA 2O4PA 2QNPA 3SA4A 3DJKA 3PGIA 3TPLA 5UPJA 5P7CA 3SQFA 3T7PA 1K2CA 3O9BA 4OBHA 4LXAA 2VS2A 3UPJA 3O99A 3SKFA 1RQ9A 1HSIA 4QJAA 4EQJA 4AMTA 5P39A 5P0RA 5OZHA 5P2OA 5AH8A 1ODWA 1PPME 3BUFA 3LZVA 5P2NA 4OC6B 4Y4JA 3S56A 4ACXA 5P26A 2ZHVA 3OWNA 4NJTA 5HE7A 1QRPE 1LZQA 4NJUA 4EHCA 3TPRA 3U71A 2G26A 5HE4A 4BFBA 3ZMGA 1MRXA 1MSNA 3BGCA 5OYWA 5OZJA 3BRAA 5I3VA 1BDQA 5F00A 2AZCA 5P27A 4GJCA 3SA5A 3UFLA 4L1AA 2I4DA 5P69A 4Y5LA 5P6LA 4OC6A 1HOSA 2PSVA 4NPUA 3FNUA 3K5FA 4GMIA 3OQ7A 5P5YA 2IENA 1HBVA 4J0ZA 4Y3FA 2QD6A 5P8PA 2PWCA 1K6TA 3K1WA 3OTYA 3UQXA 3CKTA 5P0QA 4Y3HA 4OBZB 4Y5MA 5P63A 2P3BA 3PWWA 1XL2A 3Q6YA 5P2TA 5P5UA 3QI1A 3KFPA 1HPOA 3EL9A 2P3CA 3LIYA 1DMPA 1HVRA 3DCKA 5DPZA 5P4GA 3L5CA 2UPJA 4Y5PA 4ZSPA 1PPKE 3URJA 2G94A 5DR0A 2Q55A 5OZEA 4AUCA 1B6KA 3GGXA 1TSQA 3EBZA 1HXWA 2IS0A 5P62A 1M43A 2FGVA 4H3GA 1D4JA 1FQ6A 2HB4A 3RTNA 1PSNA 3OU3A 1NSOA 1YG9A 7HVPA 5OZ3A 4RVIA 4U7VA 5P78A 5P13A 5P23A 2O4SA 3O9CA 5P2AA 1OD1A 3FNSA 4RRNA 2F80A 4R92A 5P7QA 2V16C 1OEWA 3FKTA 4Y4ZA 2ZHUA 4Y3EA 4TVHA 4ZSMA 3S8IA 4H1EA 3Q4BA 5P4WA 5P7EA 5P16A 1PROA 1LF2A 3PSUA 5PEPA 5P8EA 1MRWA 4YCYA 1DAZC 4J5JA 1AJXA 3BVBA 4YA8A 5KOQA 2BPZA 3QVCA 1PFZA 5P0LA 3KFRA 3VYDA 2NMZA 4BFDA 1UPJA 3KA2A 5P42A 3BUGA 4LC7A 2V11C 1HVKA 4CKUA 3NWQA 5P12A 1NPWA 5P8CA 3VV6A 1HRNA 4F75A 5P0SA 3DM6A 4A4QA 1KJGA 1GVTA 1ZP8A 3WZ6A 3HVPA 3CKRA 2ZJIA 3ZLQA 3I8WA 4Y3WA 1OHRA 4YHQA 5ISKA 2OHRA 4MC9A 2WF1A 3UDNA 1B5FA 4UPJA 2QD7A 2NXLA 3MSKA 4EWOA 2AZBA 1MTBA 1SP5A 4HA5A 2O4NA 2Q54A 5ENMA 4ZPEA 5P2FA 3PMUA 3EM6A 4ER4E 5JFPA 4DVFA 3LPKA 3KF0A 1QBTA 3FX5A 5KQZA 5P1UA 2ZJHA 3PLDA 1D4YA 2I1AA 2G1RA 3QRVA 2PYMA 3OADA 5OZTA 1ER8E 2J9JB 2O40A 4YDFA 3D1XA 1MPPA 4Y43A 3BUHA 2HB3A 4Y4EA 5P45A 5P2RA 5P88A 1HEFE 3DV5A 3EC0A 3LITA 1T6GA 4CPRA 4Y44A 4FE6A 3INHA 4Y48A 3QBFA 1C6ZA 2ZJLA 3VYEA 4ZSRA 5SXNA 3K5DA 1W5WA 4YOBA 5DR4A 5P5CA 1YM2A 3OXCA 5P5IA 1NPAA 3GI0A 3ER3E 3HLOA 3NXEA 1MERA 4J1KA 5P33A 4OBJA 3PRSA 2QI4A 2ZJMA 2NMYA 4Y3AA 3PI5A 1W5XA 4PZXA 3I2LA 1ZPKA 4NJVA 4Q1NA 3SM1A 2ZHRA 5P6OA 5DGUA 1EC2A 3QN8A 4NJSA 1NH0A 4I0HA 2FLEA 4LBTA 5P22A 2R5QA 1CZIE 1GNMA 2F81A 3INEA 2A4FA 4RCEA 5P7SA 1IZDA 2I4WA 1MT7A 4EYRA 5OZPA 3EL5A 2HPFA 4DV9A 5P5JA 2Q11A 5P7IA 5P77A 5P1TA 2B8LA 2V12C 4FRIA 2OHKA 4AA8A 5P3SA 4I11A 3KM4A 4H3IA 5P2UA 3SAAA 1Z8CA 1FMUA 5P73A 5P8RA 3LIZA 5P3CA 2BKSA 3OQAA 5P2WA 3JVWA 3LIVA 4Y3XA 5P1YA 3SA9A 2VJ6A 5OZLA 3PSGA 3VFAA 1LYWA 1SGUA 2G22A 3TNEA 4BEKA 5P3MA 5P18A 4X2LA 4WY6A 5P41A 3LZSA 4L6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKI A;  5P4L A;  4Q1X A;  5P3Y A;  5P76 A;  5P3U A;  2VIE A;  5IVT A;  4D8C A;  4J0Y A;  4U8W A;  4KE1 A;  5P3P A;  3UF3 A;  5P34 A;  5COO A;  5CON A;  3VLB A;  3L59 A;  5P5G A;  5SY2 A;  3NSH A;  2FNT A;  5P0E A;  3KYR A;  4Y39 A;  4DQG A;  1KJH A;  4Y3R A;  5OZV A;  3FNT A;  5ENK A;  1RPI A;  2G1S A;  3LIN A;  4Y3J A;  2VA5 A;  5P05 A;  3SAB A;  4YD6 A;  4LHH A;  1CMS A;  2RMP A;  2VNM A;  1HVH A;  1T3R A;  5P3B A;  1KJ7 A;  3SLZ A;  4Z50 A;  2HIZ A;  2PK6 A;  5P8B A;  4ER2 E;  4LAP A;  2QHY A;  5OYX A;  3OAG A;  2ZJK A;  1FIV A;  3AID A;  2R3W A;  1APT E;  2Q15 A;  3I7E A;  4D83 A;  1EBK C;  5P30 A;  3VCM A;  1W5V A;  1A94 A;  3EKQ A;  5AH6 A;  1HVL A;  4B1D A;  4DQE A;  5P2G A;  3OUD B;  1LYA B;  4GJ8 A;  2I4X A;  5P6A A;  2WJO A;  4OD9 B;  5P60 A;  5P5A A;  4FL8 A;  5P2X A;  5P5Z A;  5P7H A;  1WBK A;  1IZH A;  1E5O E;  5P7R A;  1A30 A;  2G24 A;  3ZOV A;  2QI6 A;  1W50 A;  4ZPG A;  1K6P A;  3IND A;  5P4U A;  3O9L B;  4JEC A;  1ZAP A;  5P3D A;  5P0O A;  1HPS A;  1A9M A;  4FM7 A;  2QMD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P1C A;  3BHE A;  3IN4 A;  5P7O A;  4DQB A;  2AVV A;  1K1T A;  3PSY A;  1AAQ A;  3O9E A;  2REN A;  2QZL A;  4QJ6 A;  2IRZ A;  4PHV A;  2NXD A;  3RU1 A;  2APR A;  5P6Q A;  2OHU A;  3H0B A;  3BGB A;  1N49 A;  2QHC A;  1FMX A;  2QCI A;  2NR6 A;  4APR E;  3NYG A;  3WZ8 A;  5OZF A;  4RGH A;  4Y3P A;  2VIJ A;  5P4A A;  4TRW A;  5KQY A;  4RZ1 A;  5P84 A;  4K8S A;  2V10 C;  2P4J A;  4APE A;  4Y4B A;  3URI A;  1BV9 A;  5P6H A;  1ZSR A;  2PK5 A;  1LYW B;  1NPV A;  5P4M A;  2F3K A;  1IVP A;  1FF0 C;  1EPQ E;  3ER5 E;  3EXO A;  5DR8 A;  3LZY A;  3GGV A;  2O4K A;  1ZTZ A;  5P5V A;  3WSJ A;  1TW7 A;  3NU4 A;  5P1W A;  1SDT A;  1BWA A;  5FIV A;  5P8H A;  2NNK A;  2PH6 A;  3K4V A;  3TL9 A;  3CMS A;  5P5S A;  4GID A;  3VFB A;  3D20 A;  4B77 A;  5P5O A;  5P80 A;  5P1J A;  1EPM E;  5P74 A;  5P6C A;  5P11 A;  1GVW A;  2B7Z A;  5OZ6 A;  3QP0 A;  2FGU A;  3NU5 A;  1HVS A;  4EP2 A;  1GVU A;  4TVG A;  1YM4 A;  4I8Z A;  5P4J A;  1ODY A;  1HPX A;  4HE9 A;  5DR7 A;  5P7X A;  3FIV A;  5P48 A;  5P28 A;  3UDQ A;  1MET A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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