5P2NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 141
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2nA01
3NDWA 5DR7A 2PWRA 3O9AA 2VIZA 5P7FA 3BUFA 3S56A 1FMBA 1SIPA 3PWMA 1MESA 1IDBA 5P22A 5P8AA 3URJA 3S85A 3O9BA 1YT9A 4HA5A 3UQRA 4YCYA 1KJ7A 5P12A 4I0FA 5P4OA 3KF0A 3O9LB 5P1JA 3HBOA 4Q5MA 3LIXA 5P02A 4LC7A 1W6IA 5P50A 2FIVA 5OZ6A 1D4YA 3WZ8A 5P5TA 4FLGA 5P80A 1MT7A 5P7WA 5P3RA 5P5ZA 2PK6A 5P1WA 1QBRA 2O4KA 3SM2A 3EKQA 1C70A 2ZJLA 4DJYA 4U7VA 5P47A 5P77A 3DK1A 2XFJA 3OUDB 4RVIA 5P4DA 4XX4A 3LPKA 2QI1A 2OHNA 2G1OA 5P2IA 5P2FA 3IVIA 2QZWA 1FG8C 4J1HA 2WJOA 1FKNA 1ZSRA 5P4YA 5P4UA 5COOA 4Y44A 2OHMA 5P27A 2V16C 1ZPAA 2V10C 5SY3A 3CMSA 4DV9A 4NKKA 1LYAA 4WTUA 1T3RA 5P16A 5P1XA 5P63A 4I8WA 5DQ2A 3M9FA 1B6KA 5P4LA 5P1AA 4Y3PA 4ZE6A 2NXDA 4J17A 1CMSA 1W6HA 3OU1B 1G6LA 1Z8CA 5P8OA 5P8EA 1E82E 1LF2A 4Y5CA 5OZSA 3ZPSA 4YCTA 2JXRA 4J1KA 1B11A 5P56A 5CLMA 2OHTA 4ZSPA 3ER3E 5P7RA 4I1CA 4Q1NA 1APTE 3VF3A 3AUPA 4B1CA 1EPLE 5P69A 3PVKA 3QS1A 5P1TA 2XFIA 4TVHA 4YBFA 5P7GA 1YM4A 2HC0A 3G70A 4U7QA 4Y5AA 3BC4A 5P4MA 3VYEA 4RZ1A 2QNNA 3PSUA 2HB3A 4Y5LA 2RSPA 2A4FA 3CYWA 5P4KA 5P0KA 4XXSA 5P65A 4Y4GA 3PEPA 3OADB 1UH9A 3L5BA 4Y4JA 3SPKA 5P2UA 2J9JB 2WF0A 5OZ7A 1MUIA 5OYWA 5P73A 2ZHSA 3TH9A 4ZSRA 2Q64A 5P4IA 1E5OE 1TSQA 5P3CA 5P4ZA 1BBSA 4K4RA 4ZLSA 3OQAA 1Z1HA 1FQ4A 2EWYA 4EP2A 5AH7A 5BRYA 4FL8A 2VNNA 1XL5A 5P76A 2PH6A 1UH7A 5P3OA 5P0OA 5P72A 3OOTA 2VJ9A 1G35A 4DJPA 3URLA 5B18A 5AH6A 5HE7A 5P78A 3L58A 1XN2A 1HIIA 2G1YA 3EM4A 5OZHA 2ANLA 4AA8A 1META 3VLAA 5HCOA 5P28A 3K5GA 5P3PA 3IN4A 4PZWA 4D85A 2ZDZA 3LIVA 3TKGA 3VV8A 3NSHA 1QBSA 1HSHA 5P6TA 2UXZA 5P3SA 1HTGA 2AOEA 4Y4EA 3UDPA 1HXWA 1LZQA 3GGVA 3A2OA 4YD3A 4EQJA 4Y57A 3CYXA 5OZJA 2OHKA 5OYRA 4CPWA 9HVPA 1N49A 3L5EA 3OU4B 4FRJA 5SXNA 1SDTA 2ZHTA 2QU3A 3IN3A 4GJ9A 5P6DA 1DAZC 3OGQA 1AJVA 1BV7A 1XE5A 3Q4BA 1UH8A 1MTRA 4LXMA 4J55A 3KDBA 3FV3A 2V11C 5P8FA 5OYVA 1NSOA 2QD8A 3NWXA 4FRKA 3B7VA 4LXKA 4ZSQA 3RSXA 4Q1YA 4K9HA 1OEWA 3U6AA 4B78A 3K4VA 3PSYA 5P13A 5P34A 3NWQA 4TVGA 3SO9A 3LITA 4CPQA 1NH0A 5HDZA 4YE3A 3TOFA 1G2KA 1HTEA 2G27A 3OU1A 5P5GA 2ZJNA 1ZP8A 4RROA 2BPZA 1PSAA 1BXOA 4L7JA 1HVSA 3S45A 2XFKA 3PI0A 2I4QA 1K2BA 2BQVA 5P8JA 3SA8A 4S1GA 4Y4XA 2MIPA 4GJBA 3KM4A 1NPAA 3GI6A 2FXDA 5P3JA 5P82A 5P30A 1DMPA 5P6SA 2VA6A 3PGIA 3DV1A 1HOSA 1QBUA 4A4QA 4DQBA 1K1TA 4Z4XA 3OY4A 2V13A 3QAAA 5OZMA 1JLDA 4B77A 4OBZB 1W5VA 3Q5HA 3SA4A 3EL1A 5F00A 5OZZA 5P0MA 4EPJA 1IZIA 4Y5BA 5EZXA 5P0JA 2FNTA 4I0DA 3QRMA 2P8HA 2J9JA 4DQGA 2QMFA 3VSWA 3HVGA 1RNEA 1MT8A 3B80A 5P0HA 3KA2A 5AH9A 1FEJC 2R43A 4EJKA 5P5LA 1EPRE 4R5NA 5BS4A 3TOGA 1WKRA 5P4PA 3L5DA 1FB7A 2IENA 4DJXA 2P3BB 5P6AA 5P0NA 5P62A 2R3WA 1HXBA 2VA7A 1IZDA 1YG9A 3T6IA 4IVSA 3K1WA 5P4TA 1LYBA 1D4KA 4M8XA 1B6MA 3IXKA 3KMYA 4TRWA 3RSVA 5P0CA 5P29A 4Y4ZA 1VIKA 5P53A 4LP9A 5OZKA 3LZVA 1GNNA 4ZPGA 2AZBA 2VS2A 1A8GA 4LXAA 3C9XA 5P2VA 4Y54A 1Z1RA 3BGCA 5I3YA 1NPWA 5P6HA 5OYSA 5P26A 5P5EA 2AOGA 1CZIE 5HCTA 5P8VA 5KOQA 3K4VC 5P2LA 1EPME 4NJSA 3S54A 2PH8A 2V00A 5P3DA 1MT9A 3L5CA 4MC6A 3SA7A 5OYTA 4GJCA 5P3XA 5P7NA 4Y9WA 5C9BA 5P43A 5P0QA 3NDTA 5P0IA 5P8QA 2APRA 2ZJMA 4BELA 2I4UA 4I0ZA 5OZFA 5P8LA 5P2NA 5UPJA 1IBQA 4Z50A 5P7XA 2WF1A 3HAUA 4Y3QA 1TCXA 1IVQA 1ZJ7A 2F3KA 4GJDA 3VSXA 1OEXA 4R8YA 3TNEA 4I0EA 5P40A 5P3GA 5P54A 3INEA 1FQ5A 2B7ZA 3SLZA 5ISJA 3VFBA 5OZ2A 3FNTA 5OZEA 2AVSA 1LYAB 1FQXA 5P3ZA 1GVXA 5SY2A 5OZTA 5OZLA 5P1SA 4DPIA 1BWBA 2IKOA 5P8BA 2R38A 3EKWA 4HZTA 2VIEA 5HE4A 4Y5MA 1QS8A 5P08A 5P5SA 4YD7A 3QRVA 5P0ZA 1D4HA 3VEUA 2XYFA 3LZUA 4J0YA 2G24A 3DCKA 4QJ2A 1LV1A 1T6EX 2O4PA 3MSJA 2QU2A 4WY1A 1YX9A 3PWWA 1HPOA 3NU9A 4DFGA 5P8NA 4Y3AA 3ZKNA 2FDDA 1GVVA 4MC9A 2SAMA 5P2HA 5P25A 3G72A 4YD6A 2G94A 1ZSFA 3L38A 4DJVA 2IGXA 5P7OA 2AOCA 1W51A 3NXNA 3PBDA 1WBKA 5P7VA 4MC1A 5OZUA 1T6GA 1BDLA 2B7FA 1ZPKA 2WF4A 3BUGA 5OYXA 4OBZA 4Y4UA 1HBVA 5P1ZA 2I0DA 4A6CA 3WZ7A 2RMPA 5P7YA 1HEGE 2F3EA 2OHPA 2IL2A 5P48A 5P4VA 3EC0A 4BEKA 1SH9A 4JPCA 5HDUA 2R5QA 4CKUA 2QHCA 1FGCC 1MEUA 4RRNA 4Y3TA 5P6UA 2QI3A 1ZBGA 4PPHA 3INDA 5P8HA 5P0TA 4I11A 5JODA 3IXOA 3EKYA 4B72A 2HS2A 5COPA 1M4HA 2QK5A 1W5WA 5P1HA 2HS1A 2QZXA 5OZXA 3URIA 1QBTA 5P3KA 5P31A 1EPNE 1IVPA 4LBTA 3QROA 1C6YA 2ZJHA 5P6EA 2VJ7A 1EAGA 3EL5A 2ER7E 4X7IA 3T7QA 5OZCA 3EKPA 3D1YA 3OUCA 4I8ZA 5KQYA 3AIDA 2G1NA 4IVTA 1D4IA 5OYUA 5P1BA 5P6BA 1K2CA 2QAKA 3OAGB 1SMRA 1LS5A 3I25A 2Z54A 4KB9A 3CIBA 5DR3A 5OZDA 1B6PA 4APEA 5P01A 2FLEA 4EHCA 4ACUA 3PWRA 3PMUA 2HAHA 4RGHA 3HLOA 3TPRA 1C6XA 5P1NA 3Q70A 1YTGA 5P5DA 4R95A 4CMSA 3OK9A 2NMZA 4Y3MA 5DQ5A 4DH6A 4ACXA 5OZYA 3QBFA 3U71A 4APRE 3S43B 2FGVA 5P5KA 3OUBA 3BRAA 4BFBA 2RKGA 3JVYA 3T7PA 2QNPA 4L7GA 1HTFA 5P2DA 5P6QA 5P5IA 4Y50A 3R1GB 1EPOE 5P6KA 1M43A 5OZ0A 4E43A 5P6OA 1CPIA 5P03A 5OZRA 2VIJA 5P61A 4K8SA 5P5QA 1TQFA 3ST5A 4OBFA 2IGYA 2WL0A 1D4LA 5IVTA 5P60A 3UDMA 5P3BA 3LPIA 3OXVA 1WBMA 1RQ9A 3PHVA 4Y3WA 2ZE1A 5P1CA 1C6ZA 1QRPE 5HU1A 3TPJA 1BVEA 3SAAA 4OC6B 4YA8A 2QI6A 4XX3A 4FS4A 1TSUA 4Y38A 1TW7A 3UDQA 3L5FA 5E5JA 5OZ9A 4B05A 2WEAA 3UDHA 3HD8A 3SACA 3HDKA 3L59A 2BPWA 3UFLA 4EWOA 1EBZA 3SA3A 5P3UA 1A9MA 2QMPA 3GGUA 1PPKE 5P7PA 4OBJA 1GVWA 4Y3FA 5OZQA 2ER0E 1Q9PA 3BXRA 5ER2E 2ZHRA 1BXQA 1HSGA 3MXDA 5P4QA 5P2TA 3UDJA 4HLAA 5P19A 2AOIA 3VCMA 3EL0A 4NPUA 2CEJA 1LYBB 2G22A 1SMEA 5P33A 3OQDA 2QHYA 5P6WA 1SBGA 3D3TA 4GJ6A 3K5FA 3S7MA 4N00A 2V12C 5OZAA 4YDGA 5KOSA 5P2AA 5P7HA 4NPTA 4DJWA 5P3LA 3OXCA 4Y35A 3Q3TA 2JE4A 5P6YA 5KAOA 5OZ5A 4Q1WA 2BPVA 2OHLA 5P6RA 5T4SA 5P51A 3NXEA 3NU4A 2FDPA 2ER6E 4ZSMA 4AZYA 4CPUA 3QBHA 5P4EA 4GIDA 4GB2A 3OAGA 6FIVA 2FS4A 5P6ZA 4B1EA 1QDMA 3NUOA 5P5AA 5P79A 1EBWA 5OZIA 4DJQA 3ER5E 1PROA 1PFZA 3EKVA 3K5DA 4HVPA 3OXWA 3O9HA 3PSGA 5P2OA 3UDNA 2ZHVA 5P49A 3UFNA 2OHUA 1B5FA 2NNPA 7HVPA 4CPTA 4K4QA 4OBKA 4Z22A 2AOFA 3CIDA 5P5WA 5P5UA 1SIVA 3APPA 3S43A 5P2CA 3MSLA 5P2JA 3LIQA 2CEMA 1FMUA 2ZJKA 4RCDA 3TKWA 4TRZA 2AVVA 1DP5A 2WF3A 2I1AA 2F80A 5P23A 2NTRA 3I2LA 4DQEA 1ZTZA 1EC1A 3LPJA 3DUYA 2QCIA 2WF2A 1EBKC 2O4LA 5P52A 4LHHA 4JPEA 2BKTA 5PEPA 2Q55A 4QJ6A 5E5KA 1TCWA 5DR1A 2NR6A 2P3AA 1GVTA 1XE6A 2HB4A 2FMBA 5P5HA 1FQ8A 2Q54A 5P3FA 3WB5A 1HVLA 3NU3A 4AMTA 1HVRA 4QLHA 1FQ7A 1SP5A 3EBZA 1BVGA 2HIZA 3O9IA 5IS4A 3OWNA 2PK5A 3VG1A 4J1CA 2PQZA 4OC6A 4DJUA 2WEDA 5P17A 3RTMA 1IZHA 1OD1A 3OHHA 3IA9A 4FM6A 3R0WA 4KE0A 1PSOE 5P5YA 1HPXA 3IVHA 4L1AB 5P6GA 4Y4AA 5P7SA 2JJIA 4PZXA 2IS0A 5OZ8A 4NJUA 4COEA 4FAEA 4CP7A 1DPJA 5P71A 1IDAA 3OHFA 3O99A 3R4BA 5I3WA 4QGIA 3I6OA 3PRSA 5HU0A 1XN3A 5TOLA 5HE5A 4GJ8A 2XYEA 3JW2A 2FDEA 5P1OA 5C9FA 3N4LA 3QIHA 3UDKA 2Z4OA 5P11A 2OHSA 3HVPA 3UPJA 4Y3LA 3PJ6A 3LIZA 5P4JA 2R3TA 5P1LA 4EJ8A 3F9QA 3KFPA 4YHQA 2Q5KA 2G1SA 4D8CA 3TTPA 3PMYA 3NU5A 3BXSA 2QMDA 1FMXA 4HDBA 2QZKA 4Y48A 1HWRA 4J0PA 5P6PA 1BDQA 1KJGA 2HB2A 1SGUA 2HM1A 5P0EA 1MTBA 3FNSA 5C9DA 5P64A 5P70A 2NPHA 5CONA 3UQXA 1A30A 2ZJJA 1ER8E 1AJXA 1KJ4A 5JG1A 1ENTE 1FG6C 4Y3JA 2VJ6A 4DJOA 5P2MA 1HVKA 2ZYEA 4J5JA 2I4DA 5KR2A 2FNSA 2O40A 3GI0A 3LZYA 1SDVA 4H1EA 2AZCA 3FKTA 3SFCA 3S8IA 1HIVA 2QD6A 5DQ4A 5P4WA 2VIYA 4Y5KA 5P8RA 1APVE 4H3IA 4Y58A 3GI5A 4YD5A 4OD9A 5P4NA 3MXEA 5P2RA 1LEEA 5P3MA 1HTRB 4Q1XA 4EJDA 4GJ7A 4CPSA 2PYMA 4ZIPA 1EC2A 1EC0A 5DR8A 5P7DA 3RU1A 4FM7A 2QI0A 4GZFA 5P75A 4AA9A 1ZAPA 2Q11A 4H3GA 1TZSA 1B6LA 5ER1E 3SKGA 4D89A 5DGWA 3HZCA 2AVMA 4Y3NA 2IRZA 3VV6A 2J9KA 4EXHA 3ZKGA 5P10A 4Y5NA 1YTHA 3G6ZA 4J0VA 5P0BA 4Y3DA 5DGUA 5P3EA 1F34A 3FIVA 1FF0C 2G1RA 1AZ5A 3ZKXA 3H5BA 5P0GA 3TLHA 5P6VA 3EXOA 2FXEA 1D4JA 3PCZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDW A;  5DR7 A;  2PWR A;  3O9A A;  2VIZ A;  5P7F A;  3BUF A;  3S56 A;  1FMB A;  1SIP A;  3PWM A;  1MES A;  1IDB A;  5P22 A;  5P8A A;  3URJ A;  3S85 A;  3O9B A;  1YT9 A;  4HA5 A;  3UQR A;  4YCY A;  1KJ7 A;  5P12 A;  4I0F A;  5P4O A;  3KF0 A;  3O9L B;  5P1J A;  3HBO A;  4Q5M A;  3LIX A;  5P02 A;  4LC7 A;  1W6I A;  5P50 A;  2FIV A;  5OZ6 A;  1D4Y A;  3WZ8 A;  5P5T A;  4FLG A;  5P80 A;  1MT7 A;  5P7W A;  5P3R A;  5P5Z A;  2PK6 A;  5P1W A;  1QBR A;  2O4K A;  3SM2 A;  3EKQ A;  1C70 A;  2ZJL A;  4DJY A;  4U7V A;  5P47 A;  5P77 A;  3DK1 A;  2XFJ A;  3OUD B;  4RVI A;  5P4D A;  4XX4 A;  3LPK A;  2QI1 A;  2OHN A;  2G1O A;  5P2I A;  5P2F A;  3IVI A;  2QZW A;  1FG8 C;  4J1H A;  2WJO A;  1FKN A;  1ZSR A;  5P4Y A;  5P4U A;  5COO A;  4Y44 A;  2OHM A;  5P27 A;  2V16 C;  1ZPA A;  2V10 C;  5SY3 A;  3CMS A;  4DV9 A;  4NKK A;  1LYA A;  4WTU A;  1T3R A;  5P16 A;  5P1X A;  5P63 A;  4I8W A;  5DQ2 A;  3M9F A;  1B6K A;  5P4L A;  5P1A A;  4Y3P A;  4ZE6 A;  2NXD A;  4J17 A;  1CMS A;  1W6H A;  3OU1 B;  1G6L A;  1Z8C A; 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 3I25 A;  2Z54 A;  4KB9 A;  3CIB A;  5DR3 A;  5OZD A;  1B6P A;  4APE A;  5P01 A;  2FLE A;  4EHC A;  4ACU A;  3PWR A;  3PMU A;  2HAH A;  4RGH A;  3HLO A;  3TPR A;  1C6X A;  5P1N A;  3Q70 A;  1YTG A;  5P5D A;  4R95 A;  4CMS A;  3OK9 A;  2NMZ A;  4Y3M A;  5DQ5 A;  4DH6 A;  4ACX A;  5OZY A;  3QBF A;  3U71 A;  4APR E;  3S43 B;  2FGV A;  5P5K A;  3OUB A;  3BRA A;  4BFB A;  2RKG A;  3JVY A;  3T7P A;  2QNP A;  4L7G A;  1HTF A;  5P2D A;  5P6Q A;  5P5I A;  4Y50 A;  3R1G B;  1EPO E;  5P6K A;  1M43 A;  5OZ0 A;  4E43 A;  5P6O A;  1CPI A;  5P03 A;  5OZR A;  2VIJ A;  5P61 A;  4K8S A;  5P5Q A;  1TQF A;  3ST5 A;  4OBF A;  2IGY A;  2WL0 A;  1D4L A;  5IVT A;  5P60 A;  3UDM A;  5P3B A;  3LPI A;  3OXV A;  1WBM A;  1RQ9 A;  3PHV A;  4Y3W A;  2ZE1 A;  5P1C A;  1C6Z A;  1QRP E;  5HU1 A;  3TPJ A;  1BVE A;  3SAA A;  4OC6 B;  4YA8 A;  2QI6 A;  4XX3 A;  4FS4 A;  1TSU A;  4Y38 A;  1TW7 A;  3UDQ A;  3L5F A;  5E5J A;  5OZ9 A;  4B05 A;  2WEA A;  3UDH A;  3HD8 A;  3SAC A;  3HDK A;  3L59 A;  2BPW A;  3UFL A;  4EWO A;  1EBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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