5P2OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 142
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2oA01
5P2ZA 3S45A 1GNMA 1HVIA 4YA8A 1IZDA 5OZTA 3ECGA 5P4GA 2NNPA 4Y5PA 5P36A 1KZKA 1K6PA 3O9CA 1PSNA 3BHEA 4I0FA 5P73A 3PSGA 1FEJC 5P3RA 4DJQA 2V10C 2ZJHA 4Y54A 1C6XA 3PJ6A 4YD4A 3I25A 1MTBA 5P28A 3BUFA 1HVLA 3TNEA 3H5BA 2NXDA 2P8HA 3URJA 5P5EA 5P6HA 1W5VA 2I4WA 5P7DA 1SMEA 4GYEA 3NU4A 3ER5E 5P8FA 2HM1A 5F00A 4HVPA 3NU6A 5OZRA 3DV5A 5P2QA 3KF0A 4CPTA 4Y39A 5HE5A 5P8MA 4D89A 1N49A 2BBBA 5P2CA 3PI0A 3DUYA 5SZ9A 4Y38A 2PWRA 1LS5A 1EPME 3K4VC 3T7PA 1YM2A 3GI5A 2WKZA 4XX3A 1LYBA 5OYZA 2QNPA 2Q15A 4I10A 4I11A 1EC0A 4F76A 1TCXA 2XFKA 1PROA 5P6SA 1MVPA 2A1EA 1EC2A 5IVRA 2HPEA 3UDHA 3O99A 5BWYA 5HTZA 3ZKNA 4Y37A 4QJ2A 2R8NA 3NXEA 5P6FA 4R91A 5P1CA 1NPWA 4KB9A 5P1GA 1YTIA 3LZYA 5OYQA 2I1AA 5OZ2A 4X7IA 5P56A 4Y4AA 5P7XA 5P6QA 4JP9A 2G21A 3MWSA 1HXBA 1XE5A 1DPJA 4RYCA 1B6PA 3PEPA 4J1CA 2XYFA 2ZDZA 5P5OA 4Y3HA 5P0QA 1W6HA 3CYXA 4NPUA 4LXAA 5F01A 3PWMA 2VJ7A 1ODYA 2VJ9A 3TPJA 3EL4A 5P55A 2HB2A 4HE9A 5HDZA 5OYUA 5P3IA 3OTYA 5ISKA 3TTPA 3UDNA 3APPA 3HVPA 5P3LA 3SA5A 4Y48A 2G20A 3NR6A 2QI5A 1GKTA 3VF7A 2QZWA 4OBJA 3QVIA 4Y44A 4NKKA 5P10A 5P1HA 4D8CA 1TSUA 4EJKA 4J1KA 4MC9A 1DAZC 4D83A 3NWQA 5P2GA 2WHHA 3HAUA 5OZBA 2BPWA 5P2YA 1YT9A 3JVYA 4Y53A 2Z54A 5P2IA 4DJYA 4QGIA 2CENA 2FMBA 1SP5A 2BPVA 1T7KA 3VF3A 2AZ8A 1FMUA 4ACUA 5OZ3A 4FM7A 1K6VA 1D4KA 1GVWA 4FIVA 4CPRA 3UPJA 5P1EA 4RCDA 2HS1A 4I12A 5P5ZA 5P2UA 1HXWA 4I0HA 2IKUA 5P68A 1K6CA 2HIZA 5P3TA 4Y3ZA 3HW1A 3O9AA 5UPJA 2WF0A 5P4BA 2VNNA 8HVPA 4OBDA 2B7ZA 4YBIA 3VYDA 2WECA 5P4NA 5DQ2A 3K1WA 3LZUA 3R2FA 2WF1A 5OZ1A 5P0WA 5P4RA 1ZLFA 3EKTA 4QJ6A 3SA6A 5EZZA 5OYYA 5P77A 5P7ZA 5P0YA 4ZLSA 5OZMA 3FSMA 3EC0A 5P1PA 2FNSA 4Y43A 5P27A 2VA6A 5AHAA 3OU1A 5P5KA 3OY4A 4QJ8A 5AH6A 5P6KA 3CIBA 3OQFA 5P54A 5BRYA 4PZWA 5P2FA 5OZQA 3UDRA 4LAPA 5OZVA 3ZOVA 4Y3GA 3IXJA 2QMDA 4YDGA 4YCYA 2B7FA 2PSVA 3DOXA 3URIA 1ZPKA 2JE4A 5P7OA 5C9DA 5P2OA 1T3RA 3VUCA 5KAOA 1T6GA 4Z4XA 2G1YA 5P1JA 4EHCA 3ZMGA 5P8GA 1IDAA 5P4SA 4TRZA 3IA9A 5P2JA 2R9BA 3FV3A 5IVTA 1HBVA 2AVSA 2PSUA 1ZAPA 1KJGA 1AM5A 1Z1HA 4OBFA 5DQ4A 1DP5A 3INFA 5P33A 4I0IA 2IEOA 5DR7A 3SABA 5P4WA 4BEKA 5P13A 1B5FB 5OZOA 4FSLA 4OBZA 3NUOA 3D1XA 3ZPTA 3LNKA 1HTFA 1K1TA 3UQPA 1Z1RA 5P3SA 5P3EA 2VIZA 4Y4BA 4Z22A 1G0VA 1IVPA 3WB4A 5P5TA 2RMPA 2G1SA 3VF5A 2BQVA 3D20A 2Q11A 4RGHA 1AJXA 5OZPA 4GJAA 3GGAA 1AVFA 2Q5KA 5AHBA 5P1AA 3UQUA 5OZCA 4Y47A 1T6EX 4HDPA 3S8IA 5P6BA 1HIHA 1LEEA 2WL0A 5P4QA 1PFZA 5P87A 3SAAA 5P8SA 3QRMA 5HVPA 4FAFA 4CPXA 5P8NA 4OBGA 1LZQA 3NU3A 3OXWA 5P8TA 5P85A 3LIVA 4Y5EA 3INEA 5P3NA 5P3YA 3WZ8A 4NJUA 5ISJA 5P0CA 2HAHA 2ZHRA 5P1XA 1EPOE 5HU1A 2VS2A 4CPUA 5P1DA 3MXEA 3HVGA 3O9IA 5P6JA 4FAEA 2AODA 3KDBA 3EL5A 5ENMA 3ZKXA 5OZ6A 1A8KA 2BKTA 2R5PA 3S43B 1SH9A 3VFBA 1LV1A 3LIXA 5P0KA 5P2DA 4Y5KA 2P83A 2PK5A 4Y51A 3IVHA 3IVIA 2J9KA 4R93A 3EKPA 2G1RA 2I4DA 1FIVA 3KFPA 3EL0A 1G35A 4FSEA 3Q5HA 2RKGA 1AIDA 5KR8A 5HDUA 1HVJA 4Y3FA 4I0GA 1D4JA 5P06A 3ZKIA 1FLHA 6FIVA 3CICA 4TVGA 3LPIA 2FXDA 2MIPA 3D91A 3PMYA 2AVQA 1WBKA 5P6TA 3EKVA 2B8VA 3B80A 2NMZA 1EPQE 2FDPA 2HB3A 5AGZA 5P8DA 4Y3WA 1IZEA 1C6YA 4Y3EA 5P49A 3S2OA 3UDYA 2WEBA 4ZIPA 5P51A 2QZKA 1K2BA 3QS1A 5P62A 2QNQA 6UPJA 4DJVA 2NNKA 2I4QA 3A2OA 4FRIA 3KT5A 3LIYA 5P82A 4OBKA 3QBFA 1G2KA 4XX4A 1HSHA 4EP3A 3BGBA 5HCTA 5PEPA 2VIJA 3URLA 2FIVA 3K5DA 4Y3XA 5P71A 5P5CA 1PPKE 4DPFA 5IVQA 5P0AA 5KR0A 3S54A 3L5CA 4XKXA 4Y3DA 1NH0A 2BPXA 3QBHA 5P8EA 2QZXA 5P05A 5P3FA 5OZ5A 1GVVA 5P8LA 3GGVA 5P22A 5OYTA 5P37A 5P3CA 5HU0A 4J1EA 2XYEA 4JPEA 5P75A 5P4MA 4KE0A 3BRAA 4RLDA 5I70A 3R0WA 5P2AA 2AOCA 2ZJLA 3SLZA 4Y3TA 4Y4EA 1MT8A 3MXDA 2QK5A 4YE3A 3VYEA 3L5FA 4AA9A 3UQXA 2SAMA 1A9MA 5HD0A 4DQFA 1EAGA 2CEJA 1MPPA 3F9QA 1M0BA 3TPPA 5P5XA 5DPZA 5DQCA 5P44A 5P70A 4AMTA 5P19A 3KM4A 3ZPSA 5OZKA 3OQ7A 2G1OA 3HDKA 5AHCA 1EBZA 5P38A 4Y5BA 3OUCA 3OQAA 3QP0A 4APEA 5P7WA 1AZ5A 1WBMA 2I4VA 1CPIA 3D3TA 4R5NA 5P0DA 5SXNA 2BPYA 5DR8A 5P4VA 1MRWA 1FG6C 2UXZA 3FNSA 5DR1A 4EQJA 1EPLE 4CKUA 3NWXA 5P25A 3FNUA 3QVCA 2Q54A 1MSNA 5P83A 2G22A 5P8RA 3VV8A 1QRPE 5P2SA 5P4TA 1SDVA 2F80A 3D1ZA 5P6RA 3WB5A 3TPRA 1LF2A 3BVAA 3OWNA 1HIVA 1W50A 1BBSA 5P5AA 1M43A 4BFBA 3O9LB 1FQ8A 3OU4A 1APWE 2O40A 4J54A 1EPNE 2FS4A 1BVGA 4J0ZA 2AQUA 4RCEA 5P6NA 1AXAA 4DJUA 3PBZA 1VIJA 3ZKQA 5P6WA 3OHHA 5P2HA 4F75A 1J71A 3PVKA 3SM2A 4RVJA 4Y5NA 5P7HA 4FRJA 1YTHA 2B42A 3KDCA 5P7JA 3PSYA 5P8IA 4WY6A 5P00A 5P4ZA 1PSOE 3KYRA 3KFSA 4GJ7A 2OHPA 5P3VA 4Y41A 4B77A 2IENA 2QNNA 1PSAA 1ZSRA 4ZPGA 3R0YA 5P35A 3PHVA 4ZPFA 4Y45A 1BXQA 1E82E 1M4HA 1MEUA 2H6TA 1FQ6A 5COOA 5P5UA 3RSVA 5P3AA 4H1EA 3EBZA 4GJ8A 5OZYA 3O9BA 4Y3NA 2I4XA 1SMRA 1HVCA 5P3OA 4DJPA 1ZP8A 3EM6A 2F3KA 3BXRA 5DQ5A 3IN4A 3PCWA 1MT7A 4Y58A 5FIVA 3VV6A 1ZBGA 2QU3A 3CYWA 4A4QA 3QI1A 4I8ZA 5P89A 1EC3A 3T3CA 4Y4ZA 1K2CA 1TZSA 5P66A 5P4JA 5P0PA 5P88A 1XN2A 3QROA 2QMFA 2WEDA 5P01A 3NDWA 5KQFA 2O4SA 5P6IA 5P48A 3DJKA 3OTSA 4GZFA 2ZJJA 5P5YA 3IXOA 3UDJA 3LIQA 5P5BA 3NYGA 5P69A 5HCOA 3SQFA 1TQFA 5P03A 2QD8A 2AOJA 2BJUA 5P8JA 2PK6A 3G6ZA 2O4PA 3ST5A 3OU4B 1SIPA 2FNTA 2PSGA 3LZSA 3SA7A 5P0NA 1LF4A 3PI5A 4APRE 3C9XA 4LL3A 4ACXA 1META 3Q3TA 2O4LA 2VA5A 2G69A 1ZTZA 3OUDA 1HPXA 4Y5LA 1BV9A 4H3JA 5P1FA 2HS2A 1YX9A 4Y5AA 4HA5A 4E43A 3PGIA 5P34A 1EEDP 1OEXA 4H3GA 2QZLA 1ZPAA 3VCMA 2PYMA 4Q5MA 1W5WA 3EL1A 3K4VA 3SPKA 4YOBA 1SBGA 4GJ6A 1HSIA 4Y36A 5P5IA 2OHSA 7HVPA 2Z4OA 1ME6A 2FLEA 5IVSA 2RKFA 2NMYA 2NTRA 1HVHA 3TOGA 3RSXA 3UQWA 2BPZA 5P1SA 4H3IA 1WKRA 5P4PA 3PMUA 3I8WA 1LYBB 1YTGA 1BVEA 3NU9A 1LYWA 2ANLA 1FF0C 1UH9A 4A6BA 2IKOA 2AVVA 2R3WA 1BWBA 4Y3JA 5SY2A 4EP2A 4EPJA 3SA9A 1W5YA 2CEMA 3OGPA 5OZ8A 5B18A 4Y3LA 5P3PA 3JW2A 3EKXA 3QN8A 4CPSA 1HVKA 5SY3A 5P5GA 2QI0A 4I8WA 2B60A 3MSLA 4CPWA 3CKRA 2J9JA 3PWRA 1HWRA 3JVWA 2V11C 5P2WA 4ZSPA 4GMIA 5P3QA 3KFNA 1EC1A 4DV9A 3PRSA 4K4PA 4RVIA 2VNMA 3TKWA 5P7UA 5DR0A 4Y3PA 5P7RA 5P7VA 3TL9A 5P78A 1FQ5A 2QP8A 5P7FA 3SM1A 5AH7A 1NPAA 5HE7A 2QHYA 1HTGA 1IDBA 4J0VA 4R95A 4YD7A 5P08A 5OYWA 1DMPA 4DQHA 1QBRA 5P1TA 5P2VA 5P8UA 4DPIA 3OUDB 1PPLE 3OXVA 3EXOA 2OHQA 1QBSA 5P29A 1W51A 5P2TA 3CKTA 5KOQA 4ZSRA 2P3DA 4Y57A 3PBDA 3IGBA 5P6YA 1QS8A 4RCFA 1T7JA 3ZKSA 1GVUA 1C70A 1KJ4A 1A8GA 4J55A 4Y5GA 5P20A 4JPCA 2OF0A 2ZJKA 2ZHSA 3RU1A 3VG1A 1JLDA 1QBUA 5P1QA 2RENA 4U8WA 5P4XA 2OHKA 5P02A 1ODWA 1UPJA 1D4IA 4L7HA 4EYRA 2VJ6A 3S53A 1TW7A 4D85A 3OQKA 4HEGA 4K4QA 1YM4A 2WEZA 4FLGA 3PSUA 5JG1A 5OYRA 4MC6A 4YBFA 5P59A 2P3BA 3EMYA 5P61A 5P0TA 1OEWA 2P3AA 5OZ7A 2I0DA 1NSOA 2QD6A 1W6IA 2ZJMA 5DQ1A 3FKTA 4KE1A 5E5KA 3VFAA 4XXSA 5P65A 2J9JB 4Y6MA 3R4BA 1Q9PA 4HZTA 3VLAA 2B8LA 1IZHA 5P7TA 5OYSA 2R3TA 1RNEA 2OHRA 3SKFA 4PPHA 4ZE6A 2V0ZC 1LYAA 2QMGA 4B1DA 3DCRA 3OU1B 1OHRA 3D1YA 2IGYA 3ZPUA 4YOAA 2WF2A 1EBYA 1EBKC 2QI4A 5P80A 5BS4A 4FS4A 3I6OA 4YCTA 2FGVA 4AA8A 5P7KA 2QI3A 5P18A 5P0IA 1APVE 3NLSA 5P8KA 3NDTA 2BKSA 2OHLA 3SFCA 1GVTA 4OC6A 4Y3SA 5DR3A 2AZCA 4FRSA 5KQXA 3QRSA 1ENTE 5E5JA 3OUBA 2QU2A 2AOHA 4Y56A 2ZE1A 3L58A 1W5XA 1XL5A 5OZSA 3SA3A 1BDQA 3OOTA 4Y3QA 5P0SA 3Q4BA 5P0VA 4L6BA 5P3MA 5OZAA 4BFDA 2PC0A 5P0EA 5I3WA 5IS4A 4Q1XA 5P84A 1E81E 5P6OA 4RROA 2G26A 4OBZB 3LINA 3N4LA 3B7VA 5P07A 3KMYA 3BUGA 2V16C 4EWOA 2EWYA 4YD3A 4EJLA 5P5MA 1HVSA 2AOGA 5P0MA 3K5FA 5KR1A 9HVPA 1GNOA 3EKQA 2OHUA 3UDKA 2IS0A 4Y35A 2ER7E 3WSJA 1B6JA 4TVHA 4RRNA 1SDTA 3LPKA 3DK1A 4ZSMA 2XFJA 1YG9A 3EKYA 5P60A 1MRXA 3G72A 4PZXA 1Z8CA 5P1YA 5P5VA 5P16A 2ZHUA 3T11A 5P6PA 4EQ0A 5OZDA 4A6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2Z A;  3S45 A;  1GNM A;  1HVI A;  4YA8 A;  1IZD A;  5OZT A;  3ECG A;  5P4G A;  2NNP A;  4Y5P A;  5P36 A;  1KZK A;  1K6P A;  3O9C A;  1PSN A;  3BHE A;  4I0F A;  5P73 A;  3PSG A;  1FEJ C;  5P3R A;  4DJQ A;  2V10 C;  2ZJH A;  4Y54 A;  1C6X A;  3PJ6 A;  4YD4 A;  3I25 A;  1MTB A;  5P28 A;  3BUF A;  1HVL A;  3TNE A;  3H5B A;  2NXD A;  2P8H A;  3URJ A;  5P5E A;  5P6H A;  1W5V A;  2I4W A;  5P7D A;  1SME A;  4GYE A;  3NU4 A;  3ER5 E;  5P8F A;  2HM1 A;  5F00 A;  4HVP A;  3NU6 A;  5OZR A;  3DV5 A;  5P2Q A;  3KF0 A;  4CPT A;  4Y39 A;  5HE5 A;  5P8M A;  4D89 A;  1N49 A;  2BBB A;  5P2C A;  3PI0 A;  3DUY A;  5SZ9 A;  4Y38 A;  2PWR A;  1LS5 A;  1EPM E;  3K4V C;  3T7P A;  1YM2 A;  3GI5 A;  2WKZ A;  4XX3 A;  1LYB A;  5OYZ A;  2QNP A;  2Q15 A;  4I10 A;  4I11 A;  1EC0 A;  4F76 A;  1TCX A;  2XFK A;  1PRO A;  5P6S A;  1MVP A;  2A1E A;  1EC2 A;  5IVR A;  2HPE A;  3UDH A;  3O99 A;  5BWY A;  5HTZ A;  3ZKN A;  4Y37 A;  4QJ2 A;  2R8N A;  3NXE A;  5P6F A;  4R91 A;  5P1C A;  1NPW A;  4KB9 A;  5P1G A;  1YTI A;  3LZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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