5P2TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 146
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2tA01
3PWWA 3S2OA 3NYGA 5P29A 3Q4BA 3UFNA 2ZE1A 5P4AA 5OZ3A 5P62A 3TPJA 4KE0A 5P3LA 2ZHSA 3EKQA 1BXOA 1ODXA 9HVPA 1EC3A 5OZNA 2O4PA 1K1UA 1EPQE 5IVQA 4ZSQA 1EPRE 3NXNA 3VFBA 3INEA 3FNSA 2BPWA 4J0ZA 5P1VA 2O4KA 3Q3TA 1T7KA 2IKOA 1SMRA 3O9FA 3S7LA 1QBUA 2ZJNA 2IL2A 1LYWB 5P35A 4QJ6A 4ZSPA 3LZSA 4RCFA 5P7FA 5DR3A 1HVIA 1FQ4A 5P1IA 2VIJA 4Y53A 5P0LA 1U8GA 4ZSMA 2HS2A 3EL0A 4Y3LA 3NU5A 5JFUA 1FGCC 3RU1A 3FNTA 1J71A 2ZJKA 3BGBA 5P75A 4EHCA 3NDWA 4APEA 5P07A 3LIXA 3PI0A 2PYMA 5P26A 4TRYA 5P73A 2F3EA 5OZEA 2HB3A 5P1QA 5P5KA 1BV7A 1KJ4A 1DPJA 1QDMA 2QI3A 5P09A 5P7ZA 5P7DA 5P6UA 1XS7D 4Y3FA 1YT9A 4XKXA 3OHFA 5P4UA 1GNNA 3IA9A 2IS0A 5P3XA 4H3IA 5OZ1A 5P7GA 5P3ZA 4AUCA 2Q54A 4YCTA 4DJUA 4HA5A 4GJ8A 4FE6A 5P2IA 5P7UA 5P4LA 2IENA 5HDXA 3SA6A 3UDMA 2WF0A 4D85A 2ER7E 5COPA 3PM4A 1LF2A 3DCKA 1Z8CA 2ZJJA 4AA8A 2F3FA 2QK5A 5P85A 3D1YA 1KJ7A 1T3RA 3FSMA 3EBZA 1BBSA 1BWAA 4AZYA 1GVXA 1PPKE 4OBJA 4RCDA 4YCKA 5OYZA 5ER1E 5BRYA 4GZFA 4B1DA 2PK5A 4RLDA 5P10A 1W5VA 2WF1A 2WKZA 2Q11A 5P5WA 5OZ2A 3PLLA 2WHHA 5OZMA 4CKUA 1XE6A 5P37A 3IN4A 4R91A 4I0ZA 2OHRA 5P4PA 2J9JB 1FFFC 3KDDA 5P01A 2B42A 1NSOA 3VYEA 5ENMA 3OGQA 4GIDA 3K4VC 4Q1XA 3OU1A 2UXZA 5AH8A 1ODWA 5HVPA 3QBHA 2HPEA 2VJ7A 2BPYA 3PCWA 2PK6A 3EXOA 4EYRA 4EXHA 1MTRA 3D91A 5P6EA 1LF3A 5P5TA 1SMEA 3Q70A 4GJAA 4Y35A 3CYXA 1LEEA 1TCXA 5DQ2A 4DJVA 5P6FA 3WZ8A 1OEWA 4GJ7A 4YD4A 4LC7A 5P7NA 4D83A 1D4KA 1F7AA 1E82E 3GI0A 4GB2A 2PSUA 3G72A 4QJ2A 4YD5A 4UPJA 1HTGA 4EP2A 1D4JA 1ZPKA 5P87A 5P1LA 2R5QA 3WB5A 2B8VA 3DOXA 3NU6A 3OXVA 5OZAA 3VV7A 5P57A 3B80A 3U7SA 1T7IA 3LPIA 3KDBA 3N3IA 2SAMA 3L5DA 5OYTA 5P0PA 2AOJA 3EM4A 1LF4A 5OZGA 4Y5LA 5OZ0A 4HDBA 1FIVA 3TKWA 2JJIA 3LPJA 5P7LA 4J1IA 3L5BA 4QGIA 2I4DA 2G21A 5P4OA 1GKTA 5P0BA 1NH0A 3S56A 4EQ0A 1ODYA 3ZKGA 2BB9A 5P81A 5P3YA 4YD7A 5P0IA 2NNKA 5KOSA 5P6NA 3LHGA 3OGPA 3SA9A 5P5PA 5P0EA 5OZZA 5P8HA 3OUAA 1BWBA 5P1WA 3GI4A 4DI2A 5OYSA 3SKGA 5P03A 4COEA 4QJ9A 1WBMA 3QN8A 2BQVA 4F73A 1N49A 5OZUA 2XYEA 5P4IA 4RVXA 4Y4TA 4FGXA 3UQXA 4LAPA 4Y3NA 1W6HA 1FQ5A 3IXJA 3F9QA 1TW7A 3ZKQA 2F8GA 3G6ZA 5KOQA 3QRSA 3TOFA 1PPLE 4FSLA 5P3JA 5P5RA 5P76A 5HTZA 5P8VA 2OHPA 5P0FA 4FM7A 4I8WA 5AHBA 3GGUA 2QMFA 3JW2A 3NR6A 3O9LB 1OD1A 1E5OE 5OYWA 3PI5A 5P5EA 1ENTE 4GJCA 1KJFA 2AVSA 4NJSA 4Y3MA 3OU3A 1FMXA 4NJUA 5P8DA 3DJKA 4MC1A 2NNPA 3S8IA 3MSKA 3UDQA 3TTPA 4H3JA 1EBKC 5P6PA 1TSUA 2QD8A 4NJTA 4ZEAA 5P1BA 5OZXA 3OOTA 5P16A 5P0DA 1MVPA 4YCYA 5P4RA 1TQFA 3O9GA 5HDUA 1AXAA 1CMSA 1HTRB 5KQZA 5P54A 2OHQA 2WJOA 3RVIA 5P3FA 5P4KA 1FG8C 5P7VA 1IIQA 1XN3A 1E81E 1XN2A 3PWRA 4B00A 3SACA 3UQUA 4PHVA 2VS2A 1LS5A 4Y4JA 3ZPUA 5AHCA 4B70A 3IVIA 5P65A 4HE9A 5P3RA 1W50A 4JECA 2WEDA 2G1OA 5F01A 4DQBA 3SM2A 3PSGA 4TVHA 4JP9A 3NUJA 3SO9A 5P3DA 4OD9A 5P2TA 1W51A 5P78A 4GJ5A 5P3NA 5P47A 5J25A 3UCBA 5E5KA 3OU4A 4QJAA 4GJ9A 4Y3XA 4Y3TA 5P1YA 4RVJA 2BPXA 5IVTA 5P5FA 3TPLA 5OYYA 5P6DA 4Z4XA 4Y4DA 2OHMA 1D4SA 2WF2A 4I0EA 4RYCA 1E80E 4ZE6A 3R0WA 5I70A 3DV5A 3QVIA 5P3UA 4DV9A 4OBHA 3IXOA 1UH8A 3TKGA 3I25A 3RTHA 3TOGA 2NMZA 5P5SA 3SM1A 4FM8A 4HLAA 2FLEA 4X7IA 5P1CA 5P4FA 5P2KA 2A1EA 5CLMA 1D4LA 1JLDA 3I2LA 5P2HA 3HAUA 2WEAA 4J5JA 2FGVA 5P0GA 5P7AA 2UPJA 2HB4A 2P3BB 2QI4A 5P67A 1DIFA 4BEKA 4H1EA 3LZYA 5P7EA 2IKUA 4IVSA 1K6VA 2I4UA 5P15A 5P8TA 3KF0A 1BXQA 1G35A 5PEPA 5P2MA 1HWRA 2H6TA 5P4XA 4J0YA 5BS4A 3O9HA 3GGVA 2G94A 4OD9B 4R5NA 4LHHA 4MC6A 5P2SA 4EPJA 2VNMA 4QJ8A 1HRNA 1HXBA 4Y5AA 1HSIA 1LYAA 3S43B 2ZJHA 4XX4A 5P3KA 4ZPFA 5P5OA 3OU4B 5HCOA 5OZRA 1HTEA 1MRXA 5P7PA 4AMTA 2QZKA 4QLHA 2JXRA 2VIZA 3QRMA 1BVEA 3VF3A 2ZJMA 5P28A 5P33A 5P8FA 4NPTA 3SLZA 2AVOA 3L38A 4HVPA 1K6TA 4ZPEA 1HSHA 3T7PA 4BFDA 5P7MA 4LP9A 5P1NA 3PBZA 5OZWA 4CP7A 3QP0A 1MERA 5OZBA 4LXAA 3VLAA 4PEPA 5P5AA 2NR6A 4EP3A 4DUSA 3IGBA 2EWYA 2Q55A 3WSJA 3AIDA 3INHA 2XFKA 5P6HA 2PSVA 5P5NA 1T6GA 5P4DA 4ACXA 3O9AA 5P34A 1SP5A 1UH9A 5OZ7A 3EKYA 3U71A 3VLBA 5P19A 2ZHRA 5OZIA 2I0DA 4CPTA 3C9XA 1HPXA 3ZMGA 2NXMA 5P1FA 1FLHA 4B1EA 5P1SA 1FG6C 2QI1A 5P3WA 3CYWA 2QCIA 2AOGA 3TNEA 5B18A 5P0JA 5P5LA 3OOZA 5P02A 2PQZA 5P0VA 5P41A 2BPVA 3OTSA 4Q1WA 4MC2A 3NU9A 2J9KA 5P4BA 5P1JA 5P5VA 1PPME 3DUYA 3OQDA 5P1PA 2G1NA 4FM6A 3ECGA 4Y44A 5P6VA 4DJPA 4L1AB 1HPSA 4J1KA 5P2NA 5P7JA 5OZLA 4Y54A 5P36A 2B8LA 2OHUA 3EL5A 2QZLA 4Q1NA 1NPAA 2QU3A 1G6LA 1B5FB 1A8KA 1MPPA 1B6JA 1HVJA 1RPIA 4LXMA 4D89A 1LZQA 3RTNA 4Y3GA 3ER5E 3PMYA 4Y3RA 3PHVA 5KR1A 5P5XA 4J54A 3KN0A 5P18A 5P66A 3SA5A 2J9JA 5P0MA 3CIBA 5P4NA 5P1KA 5P48A 3HW1A 5OYQA 5KR2A 3N4LA 5P3IA 2QI0A 3O99A 3NDTA 1SGZA 2QP8A 3OQ7A 4DH6A 5P0ZA 5OZQA 4DJRA 2BJUA 4L6BA 1RQ9A 1HVHA 2QMGA 5P8UA 5P1TA 2IQGA 5P23A 3ZL7A 1SH9A 1GVUA 2WEZA 3T7QA 2AOCA 3APRE 5DR8A 2XYFA 3LITA 2FNTA 3PLDA 2CEJA 5I3VA 1T6EX 5ER2E 1MTBA 3SPKA 1EEDP 1AAQA 3EL1A 2OAHA 3KFNA 3Q6YA 5P38A 5TOLA 5P05A 3UDPA 2F80A 5P24A 3HDKA 3K1WA 3BXRA 4D88A 1MT8A 7HVPA 4I0HA 2AOHA 1HTFA 1SBGA 2I4VA 5T4SA 5SY3A 3OAGB 2I4QA 1BDRA 3VFAA 5P6JA 5P8EA 1MT9A 5P8GA 1XL2A 3DV1A 4U8WA 2WL0A 5P4WA 2IRZA 1PROA 3OXWA 1PSAA 4CPUA 5P2UA 5P22A 2O4SA 3LINA 1Q9PA 4DPIA 5P79A 2QNNA 5P80A 3EMYA 4DFGA 2AZBA 5P89A 1TZSA 2AOFA 1YG9A 3VSXA 3VSWA 5P6WA 3WZ6A 2ZYEA 5P6CA 3TPPA 2QHZA 2VNNA 5P2CA 2AQUA 2AVQA 3O9DA 1QBTA 2QAKA 4RYGA 5HE4A 2NXDA 2ZGAA 4YD3A 1BDQA 5P2LA 5OYUA 2R38A 5KR8A 5OZOA 1PSOE 5P8MA 2FIVA 2AZ8A 1YM2A 4M8XA 3O9LA 3NXEA 2P8HA 2VKMA 5DGWA 4DQFA 2V00A 1AIDA 2NPHA 4I12A 4Y36A 2ASIA 4Y4UA 5P2DA 2VJ6A 2PWRA 2PSGA 5IS4A 4IVTA 3IAWA 1HVCA 3KFSA 1IVQA 2PH8A 1M0BA 5C9DA 4CPQA 1DMPA 4Y5MA 4X2LA 3QAAA 3BUHA 1AVFA 2B7FA 5DQ5A 5P0AA 2MIPA 2B60A 4I0JA 1BAIA 5P13A 1AJXA 1C6ZA 4GJBA 2V16C 4N00A 3G70A 4FAFA 3TPRA 2Q15A 3VF7A 1A9MA 5P3EA 5HU1A 3UDJA 4OBGA 2I0AA 4Y4EA 2VA5A 5P2AA 4Y4WA 5P7BA 3LIZA 5P86A 4DPFA 1D4HA 2OHSA 4B05A 1TCWA 2VIYA 3O9IA 4J55A 4EQJA 1EAGA 3OQFA 2O40A 2RKFA 1SIVA 2P3AA 4A6BA 2R5PA 1B6KA 3GGAA 2G27A 4I0GA 3OK9A 2RENA 1IVPA 3PEPA 5P56A 2PH6A 5P83A 1VIJA 5P6SA 4Y4BA 3T6IA 2ZJLA 2F81A 3PSYA 4CPWA 2IEOA 5P60A 5P6LA 5P70A 5P8CA 5COOA 3PSUA 4J1HA 4Y9WA 4K4QA 5OYVA 3R2FA 1ZBGA 5P5YA 1T7JA 1FMUA 4Y3HA 3HAWA 3BGCA 1ER8E 3I8WA 2O4NA 5C9BA 2P4JA 3O9CA 4F76A 4I0FA 4Y5NA 3Q5HA 2VIEA 1FFIC 4Y43A 1FQXA 3BVAA 3VYFA 4TRWA 3NDXA 5P0NA 4Y5BA 1CPIA 5P40A 3JVYA 5P45A 3NWXA 2P3BA 1ZAPA 4Y5EA 4Y3DA 3QS1A 4EWOA 1HPVA 5P0QA 5P2YA 1A8GA 4GJDA 1Z1HA 3ZKMA 5P8JA 1GNOA 3CKRA 1APUE 5P25A 5P4SA 3DK1A 5EZZA 1AJVA 5P68A 5CONA 2XFIA 3UPJA 2JE4A 3FKTA 4MC9A 5P1ZA 5P53A 4A6CA 5P31A 3S43A 4FRIA 5SXNA 3NWQA 4YE3A 3EKPA 4U7VA 5P4MA 5P84A 3L5CA 5P6AA 3O9BA 5P4ZA 3OUCA 4FSEA 4J0VA 5HE5A 3VEUA 1B6MA 3UF3A 1HVRA 2RKGA 3ZKIA 1CZIE 3URIA 2G1RA 3KT5A 2OHKA 4PZWA 5P4TA 4Y58A 5P1OA 1W6IA 1IDAA 3CMSA 5COKA 1UH7A 3NLSA 3K5CA 4Z2ZA 1YTGA 3ER3E 2PYNA 2AVVA 4Y3YA 3D3TA 5KAOA 3OUDB 4FCOA 1NPWA 1RV7A 4RRNA 4BELA 3UQPA 3K5DA 4F74A 3UTLA 4DJQA 5P3VA 4I0IA 4GMIA 3K4VA 1K6CA 4FRJA 2V0ZC 3EM6A 4YDFA 5HU0A 1FEJC 5P3MA 2CENA 3ZPTA 4ER4E 5P6ZA 3OADB 1C6YA 3ZKXA 5P1XA 5P00A 4Q1YA 2QMPA 2QD7A 3NU4A 3EL9A 5P58A 3PMUA 3L3AA 3URJA 3PB5A 2V12C 3UDHA 1EBWA 5P4CA 1XE5A 2HS1A 3MXEA 3LNKA 2P3DA 5KQYA 4DJWA 3NDUA 1QRPE 3S54A 5DR7A 3UDKA 3PCZA 2QNQA 5ENKA 3BC4A 5P2RA 3MSLA 1HBVA 2I1AA 5DR4A 3SA7A 3B7VA 4ZLSA 1W5WA 5P2QA 3KMYA 3MWSA 1FQ7A 4RRSA 5OZDA 1G0VA 3ZPSA 5KQFA 3VV6A 3UHLA 3MXDA 1ME6A 4Y38A 5OZTA 3IN3A 3OXCA 4I11A 5P6IA 5P0XA 5P52A 1BV9A 2O4LA 4OC6B 2Z4OA 2FDEA 5P1RA 5FIVA 4DQGA 3EKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PWW A;  3S2O A;  3NYG A;  5P29 A;  3Q4B A;  3UFN A;  2ZE1 A;  5P4A A;  5OZ3 A;  5P62 A;  3TPJ A;  4KE0 A;  5P3L A;  2ZHS A;  3EKQ A;  1BXO A;  1ODX A;  9HVP A;  1EC3 A;  5OZN A;  2O4P A;  1K1U A;  1EPQ E;  5IVQ A;  4ZSQ A;  1EPR E;  3NXN A;  3VFB A;  3INE A;  3FNS A;  2BPW A;  4J0Z A;  5P1V A;  2O4K A;  3Q3T A;  1T7K A;  2IKO A;  1SMR A;  3O9F A;  3S7L A;  1QBU A;  2ZJN A;  2IL2 A;  1LYW B;  5P35 A;  4QJ6 A;  4ZSP A;  3LZS A;  4RCF A;  5P7F A;  5DR3 A;  1HVI A;  1FQ4 A;  5P1I A;  2VIJ A;  4Y53 A;  5P0L A;  1U8G A;  4ZSM A;  2HS2 A;  3EL0 A;  4Y3L A;  3NU5 A;  5JFU A;  1FGC C;  3RU1 A;  3FNT A;  1J71 A;  2ZJK A;  3BGB A;  5P75 A;  4EHC A;  3NDW A;  4APE A;  5P07 A;  3LIX A;  3PI0 A;  2PYM A;  5P26 A;  4TRY A;  5P73 A;  2F3E A;  5OZE A;  2HB3 A;  5P1Q A;  5P5K A;  1BV7 A;  1KJ4 A;  1DPJ A;  1QDM A;  2QI3 A;  5P09 A;  5P7Z A;  5P7D A;  5P6U A;  1XS7 D;  4Y3F A;  1YT9 A;  4XKX A;  3OHF A;  5P4U A;  1GNN A;  3IA9 A;  2IS0 A;  5P3X A;  4H3I A;  5OZ1 A;  5P7G A;  5P3Z A;  4AUC A;  2Q54 A;  4YCT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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