5P2WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 149
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2wA01
1HSHA 5P44A 3LZUA 4RVJA 2BJUA 3I2LA 2HM1A 4QJ7A 5P08A 4OBGA 5P6ZA 3TPPA 4B78A 3U71A 3VSWA 1FQ7A 2G1NA 4D88A 3UQUA 3PWMA 5P34A 3KF0A 4BFBA 1DIFA 2NMZA 3H0BA 1MEUA 3KDCA 3D20A 5P2WA 2PYNA 3T7PA 3UDPA 5P27A 5P41A 3O9EA 4Y4BA 5E5KA 5P4AA 1A8KA 1QDMA 5OZKA 3OOTA 5P43A 4ACXA 4MC1A 2VA6A 5P22A 3PCZA 5P6WA 3VFBA 2F3EA 3OADA 4J1IA 3INHA 4U8WA 1E82E 5P1HA 3KFSA 4AUCA 2G26A 4RVIA 1ENTE 2P3AA 5P15A 4J0TA 5HCTA 5HD0A 1NPVA 3BGBA 3FNUA 3KMXA 5P74A 3FNSA 2G69A 1PSNA 1T7IA 5OZVA 1XL5A 4QJ8A 1OEXA 4Y5CA 4DH6A 4ZE6A 1PSOE 3A2OA 1HRNA 4I12A 3OADB 4F76A 2OHPA 5DQ4A 5P6JA 2Z54A 1E80E 1CPIA 2NPHA 5P7KA 5P8NA 4Y44A 2HB2A 3CMSA 1EEDP 2QI1A 1BXQA 3GI6A 3FIVA 5P45A 4Y51A 5F00A 5OZ1A 3TOFA 5CLMA 4Y5EA 4ZEAA 5CONA 5P5QA 3R2FA 4Y3FA 1DAZC 2AODA 2AZ9A 1RQ9A 5P0KA 1K6TA 3LPIA 3S7MA 5P4HA 2QCIA 2JJJA 3K1WA 2IS0A 3INEA 5OZNA 4Y3YA 4A4QA 5P0MA 5P5TA 2QNNA 3O9IA 1QS8A 2ER7E 5P3BA 3UF3A 1SIVA 2PH6A 5I3XA 5P1YA 2ASIA 3H5BA 1GVVA 1GVXA 4EP3A 5JODA 3NR6A 4CKUA 1ODWA 5AHBA 1SGZA 5P32A 5P68A 4Y3WA 5P2AA 3PI5A 4FRIA 4RRNA 3OU4A 3EL4A 4GJ7A 5OZHA 1HXBA 2IQGA 5P8FA 3B7VA 4EXGA 3EL5A 5P59A 3LIVA 3JVYA 1B6MA 5KR1A 2XFIA 5P1RA 4DQCA 3ZLQA 4EQJA 4DFGA 2VA7A 4LP9A 3OU4B 3PMYA 3SO9A 2B42A 3PHVA 3FV3A 5P0GA 1D4SA 5P0QA 3URIA 5AHCA 5P52A 4Q1NA 2RKGA 2HC0A 5P51A 2O40A 1FQXA 4R8YA 5P30A 3UQWA 3VYFA 3OUCA 5OZRA 3ZKIA 5OZAA 3UDJA 5HU1A 3G6ZA 5P56A 4L7GA 3U7SA 4LXAA 4H3FA 1D4KA 3QIHA 4DI2A 3UQRA 2MIPA 1WKRA 3OXCA 1HVCA 5P17A 3UPJA 3EKVA 4KE0A 5P1NA 1BV9A 5P7NA 3NU5A 4Q1XA 5P7HA 2PSVA 2V11C 4EJLA 1QRPE 2Q55A 5C9FA 3CIDA 1JLDA 2JYSA 5P8LA 2NNPA 2AZCA 4YE3A 5P8QA 2IL2A 3IGBA 4Y3PA 4DQGA 1IZEA 1FIVA 4GZFA 3R0WA 2F81A 3RTHA 4DQBA 2FDPA 3R1GB 3MXDA 3SQFA 3LZVA 5P23A 3NXEA 3N3IA 4HDPA 2IEOA 3LPJA 5PEPA 2OHQA 3EKPA 5P5GA 5P79A 3PSUA 4GB2A 1IBQA 5P1PA 3TPLA 1MPPA 2PWCA 5P88A 4WY6A 2G1SA 5P12A 4Y3XA 5P5DA 4COEA 4YCYA 5P1QA 5IVTA 1TSUA 4YHQA 4I0DA 2AVVA 1N49A 5P04A 3S8IA 3DCKA 3EKXA 5OZ8A 5P8TA 1HVLA 4PZXA 4FGXA 3PVKA 3FX5A 3O9BA 5P1IA 5EZZA 3BVBA 3L59A 5OZJA 2IDWA 3ER5E 4RZ1A 5P4KA 5P2MA 5P65A 1TCXA 5P0TA 1MRWA 5P0FA 4H1EA 5P3KA 5KOQA 3SA8A 1Z8CA 2PK5A 1SMRA 1EAGA 3S43A 5P1VA 3K4VC 4DJQA 1UH8A 1HSGA 1SIPA 2VJ7A 3PRSA 5P5CA 1EPLE 5P1ZA 1W6IA 3LNKA 4PPHA 1IZIA 1YTHA 4TRYA 3VYDA 5I3WA 3VV6A 4J17A 4X7IA 2R9BA 2I0AA 3S43B 1B11A 5P5ZA 1VIKA 1W5WA 3CYWA 5P1SA 1OHRA 4I8WA 5P4TA 2QI0A 1SDVA 5P50A 3EM6A 3MSJA 5OZ4A 2Z4OA 3SA3A 5OZLA 5P78A 5DQCA 5P2NA 5P6FA 4F73A 4Y3JA 4OBZA 2VJ9A 4Y4ZA 3VF5A 1ZAPA 4DQEA 1UPJA 1FG8C 4B72A 4APRE 2PK6A 4DJVA 3CKRA 4Y3QA 2UY0A 4EP2A 2PH8A 4J1FA 2VS2A 4Z4XA 1EC2A 4Y48A 5EZXA 2XYEA 3QI1A 2G1YA 2I4VA 5P5JA 5P4UA 1KJ7A 4OBZB 5IVSA 3VYEA 5P37A 4FAEA 1A8GA 5P2TA 5P4NA 5P3RA 5P2CA 3O9FA 3QRVA 3EKYA 4K8SA 3GGAA 2QK5A 5AH8A 2R8NA 4Y3MA 2AZ8A 1MESA 2Q64A 5P25A 4K4PA 3NUJA 5P1AA 5P4QA 1FMXA 3OXXA 5P6QA 1XL2A 3HDKA 3IXOA 4JP9A 5HDUA 1RV7A 5P4CA 5AH7A 3L38A 3KDBA 3SACA 1YM2A 5P0YA 3EBZA 4ZSPA 3NU3A 1BWAA 5P03A 4D8CA 3NDWA 4S1GA 1F7AA 2QNQA 3VF7A 5OZ3A 4NPUA 2OHMA 3EC0A 1FQ6A 5OZQA 3BVAA 3MWSA 3L3AA 4MC6A 2AVMA 3DK1A 4WY1A 2QHYA 1PSAA 3VV7A 5P4PA 5P13A 3R0YA 5P0XA 4NJTA 3S85A 3Q5HA 5P2UA 5P6PA 2B7FA 4DVFA 5P4MA 1KJGA 4KB9A 5P7LA 4Y6MA 4A6CA 5P35A 5OZWA 1M0BA 4Y4EA 3T7QA 2B8LA 2G24A 4Y5PA 4AA9A 3SLZA 4I0JA 5P5WA 3UDNA 3BUFA 3BUGA 5HVPA 3IVIA 1HIVA 3LZSA 4GJ9A 2ZHRA 5P3PA 2FGUA 2NXLA 2QD7A 4OBHA 2PQZA 5P3MA 1LF3A 4I0ZA 2PSGA 2WECA 3QRMA 3OUBA 4Y9WA 3B80A 4CMSA 4YOBA 2ZYEA 1K6VA 1BDQA 5JG1A 1XDHA 4J0PA 1XE6A 4GJ6A 5P6MA 5P3NA 2P83A 2QD8A 2ZJJA 4BELA 2VIYA 1FLHA 5B18A 3MSKA 5P2QA 4Y3HA 3APPA 3SA6A 5P2SA 3NYGA 5P6YA 4RCEA 2WHHA 3G72A 2VIEA 5P7ZA 2V00A 2R5QA 5P6KA 2WKZA 3RSVA 5P42A 3VV8A 5P07A 5P7SA 5P4RA 4RLDA 3KM4A 2HS1A 5IVRA 3ZMGA 1OEWA 1HVSA 5BRYA 5P3QA 5P8CA 2QI5A 4FRKA 5P5AA 2I4XA 3QP0A 5FIVA 1HPVA 3O9CA 2ER6E 2I1AA 3HAWA 2CEJA 1HTRB 5OZXA 1ZTZA 5P6NA 1QBUA 1T7JA 3IN4A 5P8EA 5UPJA 5P75A 2ZDZA 3D91A 3SKGA 4YA8A 5P5KA 4YOAA 5P81A 3KFRA 5P4JA 5P5XA 3FNTA 2NTRA 2FMBA 2WEZA 5P2KA 4FS4A 2ZHTA 4HA5A 4RRSA 5P5MA 3OTYA 2WF3A 3OTSA 4CPSA 3GW5A 3R4BA 1B6JA 1FQ8A 5BS4A 4YD5A 2QZKA 5P26A 4RVXA 1HPSA 1VIJA 3QAAA 5DR3A 4Y38A 2PMAA 3S56A 3I25A 3D3TA 5P4LA 5OZYA 5I3YA 4AZYA 2ZGAA 5P7XA 4ZLSA 3TLHA 5KQFA 5P36A 5P8DA 1IVQA 5P6HA 4J1CA 1Q9PA 4HDBA 5P0JA 5P6EA 1LZQA 1BILA 2ZHUA 1U8GA 2QMGA 4X2LA 5P0PA 5P6GA 4F74A 3INFA 1KJHA 5SY3A 1APVE 2AVSA 4NPTA 2OHRA 5P6RA 2OHNA 3O9AA 4EXHA 3DV1A 4DUSA 4LBTA 1MVPA 4BEKA 5P53A 5P2LA 2IENA 2O4SA 5P4EA 2G27A 1KJ4A 2BKTA 5P7DA 3I8WA 4DJXA 3FKTA 1EBWA 5ER2E 5KR8A 4Y4WA 4L6BA 4R91A 1BVGA 2BBBA 3NSHA 5P69A 5OZTA 2HB3A 4DV9A 5P0WA 3TL9A 1C6YA 5P31A 5P38A 4J55A 4QJAA 1M4HA 2ZJNA 4Y54A 5P6IA 3VUCA 4Y35A 3EKWA 1AAQA 5AH9A 4I10A 1EBYA 2V0ZC 6UPJA 3HAUA 4YD4A 1BDLA 5P3XA 1K1TA 5P1EA 1B6LA 3SM1A 3QVCA 1LEEA 5P3LA 5OYRA 3KYRA 2BPXA 2VNNA 3HVPA 5P71A 3T3CA 4L7JA 5P72A 1DW6C 3ZKMA 3GI5A 4A6BA 1HBVA 4UPJA 5P7RA 3PCWA 1BIMA 4E43A 4Q1YA 3EKTA 2UPJA 5E5JA 1HIHA 5P0NA 1UH7A 2ZJLA 3UDYA 4Y37A 5P0SA 3NU9A 3D1ZA 1W50A 1APTE 3SABA 5P2DA 4RROA 5SY2A 5P7IA 5KAOA 3BXRA 5P0EA 3ZKQA 2AVOA 4FIVA 4EPJA 1T3RA 3TKWA 1YTJA 4RYCA 5OZIA 3CKPA 1GKTA 4Y3TA 9HVPA 5DQ2A 1WBKA 1NH0A 2R3WA 3NWQA 1GVUA 5DR8A 2I0DA 4Q1WA 3QBHA 1LS5A 4RCFA 2VIJA 3OXWA 3WZ6A 4FM6A 3EL1A 5P8JA 5P8RA 5P77A 5P8OA 5OZSA 4B1EA 3RTMA 4Y47A 1IDBA 3ZL7A 2H6SA 4QJ2A 4I1CA 5I70A 1WBMA 5P57A 3ZOVA 1D4LA 3Q4BA 1PPME 2WEDA 5P6VA 3OQ7A 1FQ4A 3DUYA 1RNEA 1HSIA 5P1LA 3IVHA 3OUAA 5P73A 2G22A 3OQKA 4YCTA 1SH9A 2BB9A 3QN8A 3PJ6A 4TVGA 2QHZA 3RU1A 3K5FA 3PLLA 1BXOA 4Y5KA 3K5CA 3KT2A 2ZJIA 4Y53A 1EPPE 3OWNA 4GIDA 4D83A 5P2YA 4F75A 2B7ZA 5P4VA 3S2OA 2VKMA 1HVRA 1LF4A 2AVQA 4Y36A 5DR7A 4KUPA 4FL8A 5P3ZA 3KFPA 3INDA 3O9DA 5P49A 3SA5A 3ER3E 5P0HA 3K5DA 4D89A 4L7HA 4Y3EA 2QMDA 3FSMA 5P00A 4GMIA 1C6ZA 1MIQA 2NR6A 3Q6YA 5P5PA 4OBFA 5OZBA 1CMSA 1DP5A 4Y3ZA 2QAKA 2V12C 5OZFA 3TPRA 1C70A 1Z1HA 1FMUA 2NXDA 2R5PA 1PPKE 4YD6A 4M8YA 5OZEA 4ZPFA 5OZGA 2A1EA 5P09A 5P3SA 1AIDA 5P7CA 5P6BA 4H3IA 2R43A 2VJ6A 5P0AA 3PSGA 3EM3A 5P1MA 5P5UA 3HZCA 5P2IA 2FDEA 1EPME 4M8XA 3HBOA 5P40A 4KE1A 1B6KA 2BKSA 4Y4AA 5P20A 6APRE 5P7TA 5JFUA 3IAWA 2CENA 5P16A 1SBGA 1HEGE 5P8IA 5P4DA 1YT9A 2PSUA 4NJUA 3URJA 5HDZA 5P0OA 5P3CA 5DR4A 4Z22A 4FAFA 1GVWA 3C9XA 4QGIA 3UQXA 1T6EX 5KQZA 1BDRA 1ZP8A 5P3TA 1W5VA 5P1KA 5P3GA 5P0DA 2QNPA 2O4LA 2OF0A 2VIZA 3I7EA 5P70A 5P1GA 2ZE1A 1GVTA 2WF4A 2CEMA 2Q3KA 3OU1A 2QU3A 4Y57A 4L1AA 4DPFA 4MC9A 4EYRA 1YM4A 2FNTA 5P3DA 4DJYA 4GJ8A 5I3VA 1MSMA 1EBKC 5OZZA 2P3CA 4Y41A 4GJDA 3SKFA 1FFIC 3PMUA 5ER1E 5P6DA 5P0CA 2P3BA 1MT8A 5P4YA 3CKTA 1TW7A 1FEJC 3OU1B 4PZWA 1B5FA 3RVIA 2FS4A 4CPWA 4L1AB 1T7KA 1LV1A 1YX9A 5HE5A 1FFFC 4Q5MA 4N00A 3PSYA 1PPLE 3L5FA 3OU3A 1FGCC 3S53A 5BWYA 3DV5A 5P4IA 2V13A 2XYFA 2P3BB 3L5DA 5P02A 1HXWA 1K6PA 3LIZA 1B5FB 1MT9A 1IIQA 5P4GA 1ZPKA 3MXEA 5C9DA 2HS2A 3EMYA 1GNOA 4HE9A 5HCOA 4AA8A 5P7EA 1EC1A 1BBSA 1APUE 3QBFA 3ST5A 2OHTA 1AZ5A 1J71A 2ZHSA 3ECGA 3HVGA 4R5NA 1AVFA 5P1WA 4DPIA 4IVTA 5P8AA 4Y39A 1RL8A 5P2XA 1QBRA 1HOSA 2JE4A 1IZDA 3QVIA 3KFNA 1ODYA 3HLOA 5OYUA 5P18A 3TNEA 2Q11A 5P01A 5P3IA 5P7PA 7HVPA 3D1XA 3PWWA 5P4WA 3S7LA 3EKQA 3K4VA 3TPJA 5P6AA 1HVIA 5P62A 3LINA 5DQ5A 4NJSA 3ZPTA 5OZ6A 3ZPUA 1A9MA 2I4UA 1FB7A 3IN3A 5P1OA 4EJDA 1HWRA 2H6TA 5P8UA 4Y3LA 5P28A 3HW1A 1F34A 1SGUA 5P1UA 2V16C 4JPCA 2HPFA 2O4PA 5P5FA 2ER0E 3IXKA 4I0EA 3PM4A 3BHEA 2OAHA 3SA9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSH A;  5P44 A;  3LZU A;  4RVJ A;  2BJU A;  3I2L A;  2HM1 A;  4QJ7 A;  5P08 A;  4OBG A;  5P6Z A;  3TPP A;  4B78 A;  3U71 A;  3VSW A;  1FQ7 A;  2G1N A;  4D88 A;  3UQU A;  3PWM A;  5P34 A;  3KF0 A;  4BFB A;  1DIF A;  2NMZ A;  3H0B A;  1MEU A;  3KDC A;  3D20 A;  5P2W A;  2PYN A;  3T7P A;  3UDP A;  5P27 A;  5P41 A;  3O9E A;  4Y4B A;  5E5K A;  5P4A A;  1A8K A;  1QDM A;  5OZK A;  3OOT A;  5P43 A;  4ACX A;  4MC1 A;  2VA6 A;  5P22 A;  3PCZ A;  5P6W A;  3VFB A;  2F3E A;  3OAD A;  4J1I A;  3INH A;  4U8W A;  1E82 E;  5P1H A;  3KFS A;  4AUC A;  2G26 A;  4RVI A;  1ENT E;  2P3A A;  5P15 A;  4J0T A;  5HCT A;  5HD0 A;  1NPV A;  3BGB A;  3FNU A;  3KMX A;  5P74 A;  3FNS A;  2G69 A;  1PSN A;  1T7I A;  5OZV A;  1XL5 A;  4QJ8 A;  1OEX A;  4Y5C A;  4DH6 A;  4ZE6 A;  1PSO E;  3A2O A;  1HRN A;  4I12 A;  3OAD B;  4F76 A;  2OHP A;  5DQ4 A;  5P6J A;  2Z54 A;  1E80 E;  1CPI A;  2NPH A;  5P7K A;  5P8N A;  4Y44 A;  2HB2 A;  3CMS A;  1EED P;  2QI1 A;  1BXQ A;  3GI6 A;  3FIV A;  5P45 A;  4Y51 A;  5F00 A;  5OZ1 A;  3TOF A;  5CLM A;  4Y5E A;  4ZEA A;  5CON A;  5P5Q A;  3R2F A;  4Y3F A;  1DAZ C;  2AOD A;  2AZ9 A;  1RQ9 A;  5P0K A;  1K6T A;  3LPI A;  3S7M A;  5P4H A;  2QCI A;  2JJJ A;  3K1W A;  2IS0 A;  3INE A;  5OZN A;  4Y3Y A;  4A4Q A;  5P0M A;  5P5T A;  2QNN A;  3O9I A;  1QS8 A;  2ER7 E;  5P3B A;  3UF3 A;  1SIV A;  2PH6 A;  5I3X A;  5P1Y A;  2ASI A;  3H5B A;  1GVV A;  1GVX A;  4EP3 A;  5JOD A;  3NR6 A;  4CKU A;  1ODW A;  5AHB A;  1SGZ A;  5P32 A;  5P68 A;  4Y3W A;  5P2A A;  3PI5 A;  4FRI A;  4RRN A;  3OU4 A;  3EL4 A;  4GJ7 A;  5OZH A;  1HXB A;  2IQG A;  5P8F A;  3B7V A;  4EXG A;  3EL5 A;  5P59 A;  3LIV A;  3JVY A;  1B6M A;  5KR1 A;  2XFI A;  5P1R A;  4DQC A;  3ZLQ A;  4EQJ A;  4DFG A;  2VA7 A;  4LP9 A;  3OU4 B;  3PMY A;  3SO9 A;  2B42 A;  3PHV A;  3FV3 A;  5P0G A;  1D4S A;  5P0Q A;  3URI A;  5AHC A;  5P52 A;  4Q1N A;  2RKG A;  2HC0 A;  5P51 A;  2O40 A;  1FQX A;  4R8Y A;  5P30 A;  3UQW A;  3VYF A;  3OUC A;  5OZR A;  3ZKI A;  5OZA A;  3UDJ A;  5HU1 A;  3G6Z A;  5P56 A;  4L7G A;  3U7S A;  4LXA A;  4H3F A;  1D4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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