5P30A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 153
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p30A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p30A01
5P2NA 1E81E 3PHVA 1K2BA 3NSHA 1DPJA 3EKVA 1EPLE 5P2ZA 4OD9B 4HVPA 4Y4UA 4I11A 3VLBA 2FDDA 4DUSA 3NDXA 4BELA 5P4GA 3PI0A 1ODYA 5P3IA 4OBJA 1HSIA 2PSGA 4L7HA 5SY2A 3Q70A 2OHPA 5P73A 3DM6A 3PM4A 2IDWA 1W5WA 4FRSA 5P7KA 5P34A 2PMAA 4GMIA 4YD6A 4OC6B 5P23A 5OZBA 5P8PA 5P3WA 2ZJJA 4RZ1A 2O4LA 3EKYA 3S54A 2VIEA 4Y4JA 4M8XA 5P8OA 3EMYA 3D1YA 2QU3A 2I4QA 4H3JA 3OADB 1PSOE 3BUGA 1EBKC 5CLMA 5P4VA 5P65A 5BRYA 3IVHA 1AIDA 5P1NA 5P7QA 3UDKA 5P1MA 3CIDA 2AZ8A 5AH9A 3KFRA 1FFIC 5P0GA 1AZ5A 2AZCA 4J1HA 5JFUA 5P3KA 5P5WA 5P4XA 1A30A 5HE7A 5P4SA 4I10A 1ZP8A 3GI0A 3RU1A 5P4LA 4DVFA 2WF1A 3EM4A 2QI3A 2QP8A 3Q3TA 3PRSA 1G0VA 3RVIA 3U6AA 5KOSA 5P6FA 3L5EA 5P3HA 4RCDA 3S7MA 4Y47A 1HOSA 1TW7A 4Y5MA 2OHQA 3TL9A 2WF0A 4XX4A 3T6IA 1FEJC 1KJ7A 3OGPA 5OZMA 3NU5A 2WEAA 1MTBA 2QD6A 3WB5A 5P0SA 2I4VA 4EYRA 2PH6A 1K1UA 2G27A 1SDVA 1MT9A 5P17A 3URJA 3HZCA 4Y3RA 4A6BA 5OZTA 4EQ0A 1APUE 1Z8CA 4F76A 2NTRA 2QZWA 4FLGA 2FGVA 4Z50A 5P8TA 2FNTA 3OGQA 3A2OA 7HVPA 4L1AA 5P3OA 5C9DA 1IZEA 3MSKA 5P02A 5APRE 5ENKA 1MTRA 1ZSFA 3LIQA 3VLAA 3BUFA 5P1YA 4Y6MA 5P53A 2AVSA 1D4YA 3OUBA 4Y3ZA 5P4FA 4F73A 2O4KA 5P8FA 3SFCA 5DR8A 5P7OA 1LF3A 5DR7A 5IVQA 4MC2A 4AA8A 1ZAPA 5P0PA 3NWXA 5P5ZA 2J9JB 5P3NA 5OYTA 2V13A 4EP3A 3LZSA 5P5SA 2FGUA 1GVWA 4ACXA 4ZEAA 1FGCC 5P60A 4PPHA 5P6OA 5P1FA 2IQGA 1BILA 4RLDA 5P8BA 3INDA 4L7JA 5P04A 2ZHVA 3O9CA 3UQUA 2R3WA 4Z4XA 4ZLSA 3MXDA 4EXHA 5P0IA 4R95A 5AHAA 5P7SA 1HSHA 1EPME 1TCXA 3CKRA 5P0NA 3CICA 3EKQA 2FS4A 4HDPA 3TPJA 2V11C 4RRNA 2QMDA 4J0PA 4Y5LA 3EC0A 3PBDA 2R5QA 5P2XA 1MSNA 5P15A 3D1ZA 1A8KA 2XFKA 4J1FA 2P3BA 5P0UA 2RKFA 5P6DA 2BPZA 2IKOA 1T6GA 4GZFA 3DUYA 1AVFA 4DJXA 1ENTE 5P1ZA 4DJRA 5P59A 2ZJMA 4Y4EA 5P56A 2QAKA 5P8NA 1HIVA 4Y3NA 5P19A 1MERA 2F3EA 5P79A 1AM5A 5OZRA 1E80E 1FG6C 4I0IA 4XKXA 5OYXA 1HVHA 5P7DA 3WB4A 5P27A 3BGBA 3LZYA 1WBKA 4Y3FA 5P7IA 5AHBA 3QVIA 4Y4BA 5P3VA 4HDFA 4LXMA 1D4KA 1XE6A 2QI0A 4DJQA 4DJVA 3OU1A 4Y4XA 2PH8A 3S53A 4ER4E 3LNKA 5P64A 1GNNA 4DPFA 5P76A 6FIVA 3QRMA 3AUPA 2OHRA 4CPTA 1RQ9A 4JPCA 3ZKIA 5DR1A 2ZJNA 4FM8A 1NPWA 4J0ZA 5P8VA 4U7QA 5OZEA 4NJVA 1K6VA 1LYBB 5P8KA 4A6CA 3GI6A 3EL0A 3K5GA 2PQZA 4DH6A 3JW2A 5P42A 3OHFA 4OBFA 1E5OE 3T7XA 5DGUA 5OZSA 3VV8A 1BVGA 4RVJA 3PCWA 1HVIA 3VV6A 3MXEA 5P5AA 4Y5NA 3NU6A 3UQPA 5P8HA 1BDRA 3PSUA 5P4KA 3TPRA 5P7FA 5OZ2A 5P2BA 2QI7A 3NXNA 5OZAA 2G1YA 4YOBA 4EHCA 5COKA 1N49A 5JODA 5P2QA 5P80A 5P68A 3VEUA 5IS4A 3PSYA 4GJ8A 4LL3A 2VJ9A 2NMYA 4Y51A 5P2OA 4Z22A 5P52A 3FNSA 3KM4A 4FIVA 1HVLA 2AZ9A 1RV7A 1HEGE 5P3CA 1BVEA 3FNTA 3VYDA 2BPYA 4ZPEA 5DQ5A 5SZ9A 4IVSA 2Q5KA 2V00A 5P1DA 5P11A 5P0CA 5P31A 3WZ6A 2XFJA 1YT9A 3QN8A 4Q1XA 3K5DA 2G21A 5OZ5A 4CPSA 1Z1RA 5P4JA 3LIXA 2HB3A 4H1EA 4I0ZA 5P7WA 1LYWB 4QJ2A 3OU4A 5P8LA 5P69A 3NYGA 4FS4A 1XN2A 5OZUA 3SM2A 3IGBA 4I8ZA 4I0DA 3LPJA 4Y3WA 4U7VA 2Q55A 5AH6A 1FIVA 5P2IA 4DQEA 1GKTA 2O4PA 2BPVA 5P87A 1QBTA 3H0BA 2QI4A 5P7LA 3URLA 5ISKA 5P7EA 4B1CA 5P0MA 2AVMA 5P1AA 1RNEA 3H5BA 5OYWA 5DR0A 2WEZA 5OZXA 5P8JA 3ER3E 4QJ9A 2CENA 4F74A 2PYNA 3NDWA 5P01A 5P3YA 3UFNA 1TSQA 3OXXA 3QS1A 1RPIA 1W5VA 2G22A 4QJ7A 5HTZA 2UY0A 3PMYA 1NPVA 4ZPGA 2OHLA 5P8RA 1EBYA 1LS5A 2I4DA 4HDBA 4NJUA 3SM1A 5P1XA 4YOAA 3FX5A 4JP9A 2VKMA 4FM7A 4J0YA 5P1JA 2AODA 4EJKA 5P1TA 4GJ7A 4RVIA 2I0AA 5P2YA 4GJCA 3SA7A 3SA6A 1HEFE 4Y50A 3L59A 5P3JA 2BJUA 4HE9A 3S85A 2V12C 3RTNA 2OF0A 1HRNA 4S1GA 4Y39A 5P3GA 1NPAA 3I2LA 5P30A 1IBQA 5HU1A 4R8YA 5P1LA 4ZSMA 5P63A 2CEMA 3T7QA 4B00A 1HVKA 3QRSA 5P0DA 4I0FA 3ZOVA 1DP5A 1EC2A 1FFFC 5I3WA 1OEWA 4H3FA 5AGZA 5P4OA 1ZBGA 4Y3MA 4J54A 1M4HA 4Y5AA 1B11A 3RSVA 2J9KA 2ZHRA 3HVPA 5P5XA 5P09A 4DV9A 4Y48A 5P66A 3TOFA 3IA9A 1BDLA 5P5RA 4LXKA 5P7MA 1HPOA 1W5YA 5P3ZA 5OZ8A 3S2OA 5P4WA 5P2TA 1TZSA 2ZYEA 3K5CA 2HIZA 5OZNA 5OZ1A 5BWYA 1IZHA 2VNNA 2ZHSA 4EJ8A 3AIDA 3PCZA 5P29A 5SXNA 5KOQA 1W51A 2Z4OA 1IZIA 5P6HA 3SAAA 5OYQA 1GVTA 5OZCA 5P5YA 1HTEA 4QJAA 2PYMA 3UDQA 2UPJA 3I25A 1B6PA 2O4NA 1KJFA 4OBGA 3O9LA 5CONA 3OUAA 3VF5A 5P03A 3UDYA 3S43B 2OHKA 3BXRA 4PZWA 5ER1E 4MC6A 3QIHA 2P3AA 5P3PA 4EJDA 1IIQA 3UDMA 1MRWA 3RTHA 3S56A 2G69A 5P44A 1Z1HA 5FIVA 2ZJIA 5P6YA 1D4JA 3O99A 3QP0A 3NU9A 5P3XA 3TPPA 2HPEA 5P4DA 1U8GA 1YTJA 2FXEA 2I4WA 1KZKA 3DV5A 4YBFA 4BFDA 2CEJA 3SA8A 1ZLFA 4B1DA 5IVRA 2O4SA 2I4UA 5P2MA 1FF0C 2BKTA 3UPJA 3GI4A 1GNOA 5P7BA 1IZDA 2PK5A 1YTGA 3B80A 2RKGA 4Y41A 2NNPA 5P4UA 5P0OA 3R2FA 4FRJA 2Z54A 2HAHA 2NMZA 4DQHA 3APRE 3TPLA 3UDHA 1IVPA 5KQYA 5SY3A 1FMXA 3F9QA 3NWQA 5P5DA 1WBMA 5I3VA 2BPWA 2ZJHA 1D4SA 3LIVA 5P74A 4R92A 1PPME 5P7CA 4EQJA 1M0BA 2AVOA 5DQ1A 3KFSA 4NKKA 3G70A 3LPKA 5E5KA 5P5QA 4LC7A 3B7VA 4Y3LA 1RL8A 5ENMA 4IVTA 5P47A 1B5FA 5P1PA 5OYVA 5P1BA 1EPPE 4MC1A 5P5PA 5P0VA 5P0EA 2P3CA 1MEUA 5P05A 5OYZA 5P6MA 1FQ5A 3T11A 3MSLA 3OUDA 2RMPA 2B60A 4B78A 5P6NA 2IENA 3R0WA 5P3QA 5P7AA 2QMPA 1ME6A 1HTRB 4Y57A 5I70A 2WEBA 5P25A 3WSJA 3CYXA 3QROA 4ER2E 4DJWA 3KMYA 3SQFA 3OHHA 4CP7A 4KB9A 2R9BA 2QMFA 1HVCA 5P0ZA 1LEEA 5HD0A 1XN3A 2QD8A 5IE1A 3EKPA 4DQBA 2ER7E 5P46A 3DCKA 3VSXA 4N00A 2VIZA 5P5JA 1W50A 5P0FA 1QRPE 4RCFA 3VCMA 2OAHA 1MIQA 3ZKNA 5KR8A 2RSPA 4AA9A 3S45A 3KFPA 5OZPA 5DQCA 4YCYA 4ZSQA 2NPHA 3O9IA 3NDTA 1SBGA 1MSMA 1K1TA 4Y3GA 4YCTA 2NR6A 4JECA 5P39A 2VJ7A 3VYEA 1BXOA 5KR2A 2G1RA 2EWYA 5P0QA 1APTE 5HCTA 4D83A 2OHTA 1K2CA 4L1AB 5P70A 1SGZA 4RYGA 1SIVA 4A4QA 3INEA 2FIVA 3INHA 4K9HA 5P58A 1T7KA 3KYRA 5P4EA 5P0YA 3BVBA 5P1RA 2BKSA 5P8CA 5P88A 3VSWA 1LYAA 5P3EA 2QI5A 5P3BA 4COEA 5P6EA 3O9AA 1HVRA 3R1GB 3OAGA 5P40A 5T4SA 5DPZA 5C9BA 4GJBA 5HE4A 5P4CA 2WF3A 1HWRA 2VS2A 2H6SA 1W6HA 5P3LA 3TTPA 5F01A 3VF3A 3ZMGA 4ZSPA 3PBZA 3BVAA 3BHEA 5P4MA 4Y43A 5P82A 2ER9E 2F3FA 3UDNA 2B42A 1AXAA 2HS2A 5P7JA 3ZPUA 5P5IA 5OZZA 3L5CA 4KUPA 4WY6A 1GNMA 4YDGA 3VFAA 4LAPA 1MPPA 5P2DA 2HPFA 3HBOA 4B70A 1M43A 4GIDA 1F34A 3BC4A 4LXAA 5P3UA 2ER6E 4Y5BA 1T7IA 2QHCA 1MUIA 4NJSA 1ER8E 1FLHA 1KJGA 5P4ZA 3PWMA 3O9EA 3EKXA 5P35A 2RENA 2P3BB 4PZXA 5P12A 5OZ4A 3N3IA 2A1EA 4YHQA 5P7ZA 5P2HA 4TRZA 1OHRA 3KMXA 5C9FA 1QS8A 5P6PA 2AOJA 5P1VA 4Y4ZA 3HAUA 1ZTZA 1UH7A 3S8IA 2PSVA 5P4YA 3CMSA 3Q6YA 4Y3XA 2FNSA 1IVQA 5HDUA 4Y4GA 4PHVA 5P7VA 3OWNA 5P1UA 4GJ9A 4Q1NA 5P6VA 4OBZA 5P3SA 2NXDA 3BXSA 5P13A 5AH7A 5P84A 4CPXA 1LV1A 4DQFA 1APWE 1AJXA 2PWRA 5OZGA 1MRXA 4I0HA 4CPQA 5P6GA 3OU1B 5P36A 3SPKA 5OZKA 3LINA 1LF2A 5P85A 5OYYA 5P2EA 5P8EA 2UXZA 5E5JA 4Y3DA 4J1KA 2QK5A 3HVGA 3ZLQA 3ZKXA 4DFGA 5JG1A 2R5PA 4Y35A 2VA7A 1KJHA 4GYEA 1C6XA 1BV9A 3LZVA 3TNEA 1FMUA 2Q63A 2JE4A 5P37A 4ZPFA 4Y3EA 3DV1A 1C70A 5KR1A 5P2AA 1BBSA 2A4FA 4BEKA 4PYVA 5P4TA 2AZBA 1APVE 1D4IA 5P1HA 3L3AA 2QNPA 1Q9PA 5P6TA 5P8SA 3OTSA 5P00A 5P8MA 1CPIA 2QNQA 3EL1A 4J0TA 2G1OA 4Y4DA 1LF4A 1AAQA 4H3GA 3IAWA 5P6XA 4Y3QA 5OZ7A 3ZL7A 4Y36A 5P4QA 2FDEA 5P5LA 2G1NA 2BB9A 1DAZC 4LBTA 2P4JA 1EPOE 2IL2A 2AOGA 1EPNE 1SP5A 2FXDA 2ZHTA 1T3RA 1META 3KN0A 5P5KA 3QBFA 4TVHA 5P2RA 5P3DA 5P5BA 3ZKQA 1T6EX 2BBBA 5P6RA 4J1CA 5P0HA 2V0ZC 1ODWA 3O9BA 5P45A 4GJ5A 4I0EA 2P8HA 2WF4A 4ACUA 3KT5A 3D20A 5P51A 4J5JA 1G2KA 3IVIA 1BWBA 4D89A 1MT8A 3OQAA 3OU4B 3JVYA 4EWOA 1FG8C 2IRZA 4TRYA 2PC0A 2PSUA 5P62A 2HM1A 1HPSA 5OZ6A 4FM6A 5P1SA 2G1SA 5JFPA 4YD3A 1SMEA 1FB7A 1YM4A 5P0TA 5P33A 1IDBA 5OYUA 1JLDA 3DJKA 1ZPKA 5EZXA 3JVWA 5P18A 3UQRA 3MSJA 3PWWA 1OEXA 4Y4AA 5EZZA 3KDDA 4CPUA 4TVGA 2WKZA 2OHNA 1ODXA 3OOZA 5P4BA 4Y53A 1G35A 2Q11A 3EBZA 3BRAA 2F8GA 5IVSA 5P20A 4DJPA 2B7FA 3GW5A 5OZ0A 1YX9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2N A;  1E81 E;  3PHV A;  1K2B A;  3NSH A;  1DPJ A;  3EKV A;  1EPL E;  5P2Z A;  4OD9 B;  4HVP A;  4Y4U A;  4I11 A;  3VLB A;  2FDD A;  4DUS A;  3NDX A;  4BEL A;  5P4G A;  3PI0 A;  1ODY A;  5P3I A;  4OBJ A;  1HSI A;  2PSG A;  4L7H A;  5SY2 A;  3Q70 A;  2OHP A;  5P73 A;  3DM6 A;  3PM4 A;  2IDW A;  1W5W A;  4FRS A;  5P7K A;  5P34 A;  2PMA A;  4GMI A;  4YD6 A;  4OC6 B;  5P23 A;  5OZB A;  5P8P A;  5P3W A;  2ZJJ A;  4RZ1 A;  2O4L A;  3EKY A;  3S54 A;  2VIE A;  4Y4J A;  4M8X A;  5P8O A;  3EMY A;  3D1Y A;  2QU3 A;  2I4Q A;  4H3J A;  3OAD B;  1PSO E;  3BUG A;  1EBK C;  5CLM A;  5P4V A;  5P65 A;  5BRY A;  3IVH A;  1AID A;  5P1N A;  5P7Q A;  3UDK A;  5P1M A;  3CID A;  2AZ8 A;  5AH9 A;  3KFR A;  1FFI C;  5P0G A;  1AZ5 A;  2AZC A;  4J1H A;  5JFU A;  5P3K A;  5P5W A;  5P4X A;  1A30 A;  5HE7 A;  5P4S A;  4I10 A;  1ZP8 A;  3GI0 A;  3RU1 A;  5P4L A;  4DVF A;  2WF1 A;  3EM4 A;  2QI3 A;  2QP8 A;  3Q3T A;  3PRS A;  1G0V A;  3RVI A;  3U6A A;  5KOS A;  5P6F A;  3L5E A;  5P3H A;  4RCD A;  3S7M A;  4Y47 A;  1HOS A; 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 3OQF A;  5P14 A;  3FIV A;  2G24 A;  2AVQ A;  1HPX A;  1GVX A;  1K6P A;  1B6M A;  2QZX A;  3UFL A;  3LHG A;  4AUC A;  5OZI A;  5P41 A;  3UTL A;  3OXV A;  4D8C A;  4D85 A;  5KAO A;  1SH9 A;  5P5O A;  5P08 A;  4YCK A;  1VIK A;  2NNK A;  4FSL A;  5P4I A;  2OHS A;  3UDJ A;  2HS1 A;  2AID A;  3CIB A;  4YD4 A;  5HDZ A;  1FMB A;  2HB4 A;  1QBS A;  4L6B A;  2WF2 A;  4RYC A;  5OZW A;  2O40 A;  4QJ8 A;  5P6A A;  5BS4 A;  3T3C A;  5TOL A;  5OYR A;  5P6Z A;  4Y4W A;  3M9F A;  2WHH A;  2ASI A;  3OU3 A;  5COO A;  4FAF A;  5OZD A;  3ZKS A;  5P4P A;  5P6W A;  2QCI A;  2R43 A;  5P50 A;  3LPI A;  3DK1 A;  3O9L B;  3PWR A;  4QJ6 A;  2PWC A;  5DQ2 A;  3GGX A;  5P16 A;  4YD7 A;  3OXW A;  5P5H A;  3UDR A;  1HTG A;  5P78 A;  4Y3H A;  3CYW A;  4AMT A;  1GVU A;  2QI6 A;  3C9X A;  3EL4 A;  4J55 A;  3SA4 A;  4Y44 A;  5P0J A;  5P4H A;  5P07 A;  3K4V C;  5OZF A;  5P7P A;  5B18 A;  4M8Y A;  2ER0 E;  3NLS A;  1BXQ A;  3SO9 A;  5P2V A;  3T7P A;  4Y5P A;  4YDF A;  5P32 A;  4KE0 A;  4EXG A;  3TOG A;  2OHU A;  3OY4 A;  5OZL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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