5P34A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 157
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p34A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p34A01
5P1WA 3O9CA 5P81A 5OYRA 3IA9A 5J25A 1RQ9A 5DQ1A 4YCKA 5IVQA 4RLDA 5P5XA 5OZIA 5P86A 4B70A 4FRIA 4MC1A 4Y5AA 2AZ9A 5P4CA 5P4OA 5P3OA 4YD4A 5P4IA 5P0EA 4J17A 3S2OA 4JPCA 5P12A 2IGYA 2R3WA 4D88A 2HM1A 5P6OA 6UPJA 4Y5EA 3TPPA 4DQFA 2PH6A 2ZJNA 5P7KA 4Z22A 3KMYA 1DP5A 5P4GA 5P28A 5P67A 3ZKXA 5P5NA 3TPLA 2ASIA 2IGXA 9HVPA 3UDJA 3PSYA 1QBSA 5OZ1A 4YBFA 5P8OA 2R8NA 3FV3A 3IN3A 3OUCA 5P14A 3KA2A 5P0WA 3WZ6A 5P3UA 3HD8A 3EKVA 2NNPA 3BC4A 1SH9A 3G70A 4WY6A 5P6CA 1XL2A 3BGBA 1LEEA 1G2KA 1DPJA 1CZIE 1FF0C 3VSXA 1MRXA 4TVGA 1SDTA 3ZKQA 2IS0A 5P1BA 4Y50A 4R93A 1EBWA 1UH7A 3HAUA 4U7VA 7HVPA 1DAZC 5P7FA 1D4LA 3LIVA 4EHCA 2OHMA 5P3EA 4Y3SA 5KR8A 5P1YA 3PI0A 5OZGA 4Y5KA 2QI0A 5DGWA 2F3FA 1QBTA 3CIDA 3MSLA 5KQZA 1YM2A 3LNKA 5P6MA 5P3CA 5P4RA 3VUCA 3RU1A 2V12C 4YCTA 5B18A 3CKRA 4J0PA 4OBFA 2AIDA 4RVJA 2G69A 1HSGA 5P5JA 1IIQA 4CKUA 3KT5A 1RL8A 4OC6B 1AIDA 2P8HA 4J1FA 5COOA 1C70A 1FFFC 4EXGA 3BUHA 4I8WA 3IAWA 5OZLA 3S43A 1BDRA 2HPEA 3NWXA 5HDZA 4R91A 1EPOE 2B7ZA 1SBGA 1FMBA 3F9QA 2HAHA 5OZQA 1SP5A 5P76A 5P4HA 3I6OA 4OBKA 3VF7A 2H6TA 1W5YA 5P43A 4FSEA 4DJWA 4LXKA 3PGIA 4FLGA 5HDXA 4U8WA 5P19A 1AZ5A 3D20A 5P02A 2OAHA 1ZJ7A 3LIQA 2QZXA 1AJVA 3FIVA 4OBZB 2PYNA 5OZHA 5ISJA 3ZKSA 5P2WA 5P5CA 1UH8A 1B5FB 3KT2A 3BHEA 3SA8A 2OHKA 2J9KA 2XFJA 3ZLQA 2FIVA 5I70A 5P7VA 5P0LA 4GJAA 2VIYA 3GI0A 3INFA 1LZQA 1MIQA 5P24A 3H0BA 1TQFA 5P7UA 5P5KA 4YCYA 2P4JA 2WEZA 1K1UA 2RSPA 2QCIA 2QZLA 4EJLA 3IXKA 1W6IA 5IE1A 5P1UA 1K2CA 1FQ8A 2OHTA 4Q1WA 4D89A 3FNTA 5T4SA 3VLBA 4LXAA 4TRYA 3CYXA 1PSNA 5E5KA 3QIHA 5P05A 5P1IA 3C9XA 1EBKC 5P0MA 4Y5MA 4IVTA 4Y4WA 1HVLA 4Y44A 4ER4E 5DR1A 2A1EA 5P55A 1EC0A 3HW1A 2QHYA 2ZJIA 4J5JA 4EJ8A 2QMPA 2IKUA 2FXEA 1FMUA 5P30A 3O99A 3TH9A 1XDHA 5P64A 1MSMA 4R95A 5P1OA 3URIA 3IXOA 3NXNA 3EKPA 3BVBA 4Y5LA 1A94A 3L3AA 4H3IA 2ER9E 5DQ4A 1FMXA 4L7HA 1MPPA 3MWSA 3S7MA 3QP0A 1TSQA 3SKFA 3L5CA 4J1HA 2ZHTA 3Q3TA 2BPZA 2WJOA 3EKWA 5P5HA 2PSVA 5P2IA 3EKTA 5P2SA 5P8TA 3O9LB 3ZOVA 1M43A 3Q5HA 4DJPA 2VA5A 4APEA 5P62A 5P5LA 5OZZA 5AH7A 1NPWA 3EMYA 4D85A 5P10A 5P5VA 1W51A 4N00A 3G72A 3PWRA 4RVXA 4Y3YA 5P3JA 5C9FA 1K6VA 2AODA 3LHGA 5P2YA 1K1TA 5P5ZA 5OZEA 5P6WA 1G35A 3NDXA 5P79A 4LC7A 4J1IA 3ZKMA 1GNNA 3JVWA 5P1SA 5P56A 1MTRA 2OF0A 4DV9A 5P0IA 5DGUA 5P0OA 4Z50A 5HD0A 5P6LA 1G6LA 4LAPA 2VJ9A 5P0ZA 3RSXA 5HU1A 3NLSA 2PWCA 4EP2A 2AQUA 3UDQA 1FG8C 5OZVA 3L5DA 2BB9A 1BVGA 5P3KA 1YTJA 4HZTA 5P58A 4NKKA 5P1HA 4B0QA 2O4PA 1META 3OQKA 2V11C 2WF1A 5P20A 1PFZA 3EM3A 4NJVA 3WZ8A 4Y57A 4J0VA 1QDMA 2WL0A 5P32A 1SGUA 5P6FA 3APPA 3K4VA 4PEPA 4Y38A 3SAAA 5P6NA 4Y3DA 1EBZA 3HVGA 1LYWB 2WF0A 2NR6A 5P4XA 4Y3QA 4XKXA 2QD6A 4Y4UA 3SLZA 4B05A 3L58A 2WHHA 2AOJA 3LIYA 4FAEA 5P16A 4YDGA 5P0FA 5P66A 1SGZA 2JXRA 2ER6E 5P1GA 1XL5A 1OEXA 4CPUA 4CP7A 5P2LA 1WBKA 4J55A 3K5FA 1PROA 5P2GA 2I4QA 4Y3PA 2ZJJA 1HTGA 4E43A 1HIVA 1HSIA 2HS2A 2PK5A 3BRAA 1C6ZA 2BJUA 3K1WA 3LINA 2V10C 4HDFA 5OYTA 3QPJA 3OUDB 3UQPA 5P22A 1BILA 1HRNA 1ZAPA 4Y4BA 1Z8CA 4KUPA 3TOGA 3VCMA 1IZDA 4IVSA 5P6DA 4I0IA 5BS4A 4HE9A 4WY1A 5OZ3A 2PWRA 1EAGA 3VYDA 3IVHA 5P6ZA 1PPME 2O4SA 5P35A 2G20A 3QRSA 4RCFA 1EPPE 1YG9A 5P3MA 4DQEA 5P2DA 5P6YA 1ZPKA 3HBOA 5P2JA 3EL0A 2R38A 5C9DA 1MERA 2R5QA 4Y6MA 5P3SA 3TOHA 2AZCA 5IVSA 1A8KA 1LYBB 5P7RA 5P85A 2ER7E 3PMYA 5P7MA 4K4QA 3QRVA 4D83A 3OQAA 4FRSA 5P0TA 3OUAA 1W5VA 5P7EA 5P1DA 3O9BA 4YD7A 1PPKE 5P37A 5P0HA 5P6VA 5ISKA 5P6QA 1Q9PA 3NXEA 4WTUA 5OYSA 5P31A 3OADB 1IVPA 5OZ6A 2HIZA 2FDPA 4ZPEA 3HVPA 2I4XA 1FLHA 2Q11A 4APRE 2ZHRA 5HDVA 5P7ZA 5P39A 4Y45A 2F81A 5P8UA 3S53A 3HDKA 3NDTA 1CPIA 1B6MA 3TOFA 5OZ9A 5P8KA 3LZUA 4I11A 4Y47A 5OYZA 3LPJA 4NJUA 5P2UA 5P8RA 3UDRA 3VV8A 4EP3A 5P7GA 1HVCA 3SQFA 2G94A 2F3KA 2ZJKA 3GW5A 5P49A 1KZKA 5P6RA 5P53A 1EPNE 4FM6A 1APTE 3FNUA 5P6UA 4DFGA 2JJIA 4Y9WA 5OYYA 3DM6A 2CENA 4YDFA 2O4NA 1B6JA 4OC6A 5P1PA 5OZUA 4DQBA 3OXXA 5P6HA 3EBZA 5P0AA 2AZBA 5OZDA 5P6PA 3PHVA 2P3BB 4Y58A 3EKQA 2HC0A 3GI4A 5P83A 4QJ6A 4OD9B 5KOQA 5KR2A 3PBZA 5OZ2A 4FS4A 2ZHSA 5OZTA 5P8MA 4XX3A 3UFLA 4LP9A 1ZLFA 4Y3RA 1BWBA 4B78A 1B6KA 3EL1A 1VIKA 4H1EA 2NPHA 1T3RA 1NH0A 1YT9A 2QHCA 4GJBA 2JE4A 3T3CA 3QVCA 2R9BA 2Q64A 5OZ5A 3HZCA 4S1GA 5OZJA 2BKTA 4BFDA 3EM4A 3LIZA 5P2HA 4DJXA 1EC3A 5P8AA 2I0AA 4OBZA 3TL9A 1HPOA 2PK6A 1ZBGA 5P2MA 3OTYA 5P2FA 3ZPSA 5P3LA 5F00A 5P04A 4RYCA 4RCDA 3WZ7A 4F73A 1NPVA 3BXRA 3OU4A 1D4HA 3TPJA 6APRE 5P4AA 4GYEA 3QROA 1FQ5A 3DOXA 3FSMA 3NUOA 5HCOA 1APWE 3KFNA 4AA9A 5P0DA 1HVKA 1A8GA 1GNOA 1FQXA 3D1XA 3UDMA 4I1CA 3MXEA 5P65A 4AMTA 3O9EA 1WBMA 3VYEA 2IEOA 3EKYA 1XN2A 3SM1A 5P0RA 5P7YA 2BKSA 4Y4EA 5P3XA 4K4PA 5P0BA 1T7KA 5P2NA 5P6AA 2PSUA 1HXWA 2F3EA 3URJA 3NU9A 3I7EA 3R1GB 2AVQA 5P1JA 5P0NA 3NU5A 2ZJMA 2I4WA 3D3TA 1ENTE 3LIXA 5P40A 3SM2A 2AVOA 3O9GA 4DI2A 5OZSA 2QI4A 3APRE 5IVRA 5P3FA 4Y48A 4DPIA 3QS1A 2FMBA 3EL9A 5BWYA 3ZPTA 3CKPA 5P3ZA 2VJ7A 5KR1A 5SXNA 3OK9A 5P7LA 2Q3KA 5P4NA 5P0KA 5P8QA 3WB4A 4H3GA 5OZPA 4M8YA 3DJKA 1MEUA 1FB7A 4GJDA 5HDUA 3PSUA 4J1EA 1NSOA 3URLA 4EJKA 5OYWA 1AAQA 4I0EA 1ODYA 3O9LA 5P29A 4DUSA 3PM4A 5P0VA 3UQRA 5P69A 5DR8A 2J9JB 4Q5MA 4ZSMA 3UDYA 2P3DA 4GJ5A 3GI5A 4L1AA 5P33A 3SA4A 5DR4A 4YBIA 5HVPA 5P59A 5BRYA 3BUFA 5P0PA 1OD1A 5P0UA 1SIPA 1TW7A 1KJHA 5KAOA 5P7DA 4GJ9A 5P3NA 3MXDA 4FM7A 4QJ2A 1FQ6A 1ZSRA 5P1VA 2BPVA 4BELA 3NWQA 5P34A 1IZIA 4LHHA 3S7LA 5P45A 2QAKA 3B7VA 1LYAB 2RKGA 5P8VA 4I0ZA 3Q4BA 1PSOE 4XX4A 4B1DA 2VKMA 1ME6A 4YA8A 4PZXA 2FXDA 3TKWA 2H6SA 3OHHA 1E80E 2QZKA 1HPSA 1IDAA 5P2BA 5TOLA 2NNKA 3UF3A 3GI6A 2G24A 2OHRA 4OBJA 4FL8A 4LL3A 2IRZA 1W5XA 3OAGA 5ER2E 5P2AA 3I2LA 1QRPE 2Z4OA 2O4KA 1HWRA 5KR0A 3KFSA 5P2CA 3L5BA 5P5WA 4TRZA 4Y3WA 2PMAA 5OZ0A 5COKA 5PEPA 1GKTA 4YHQA 2VA6A 3VFAA 4DH6A 3U7SA 2F8GA 1SDVA 4QJ7A 5P8BA 5P36A 5P71A 2VA7A 3NYGA 2FLEA 4LBTA 1G0VA 5P44A 5P1CA 1HVIA 2WF3A 3SPKA 5P1FA 3OTSA 1FFIC 5P3TA 5KOSA 5P87A 1Z1RA 4Y39A 1HTRB 4M8XA 1AVFA 3ST5A 1LF4A 2FGUA 3PEPA 5P80A 3NU3A 3QI1A 2BBBA 4KB9A 4DPFA 1QBUA 1AXAA 3U6AA 4Y4TA 5OZFA 5P8GA 4F76A 4Z2ZA 1BV9A 5P78A 2G1NA 2SAMA 5OZ7A 1HVRA 5P7SA 4CPWA 5DR0A 3OOTA 5P38A 3VSWA 3S85A 2AVSA 3PJ6A 1A30A 2XFKA 4Y41A 3BUGA 3OU1A 3IXJA 4Q1XA 4JPEA 5P8HA 3SKGA 3S43B 3PLLA 5P5UA 3QN8A 5P7NA 3U71A 4DJVA 2FNTA 5P4FA 2QU2A 1EPLE 4ZPGA 5AH9A 4Y3TA 5FIVA 1E5OE 4EPJA 2JJJA 3PLDA 4Y36A 1HIHA 5P5AA 1FQ7A 3O9IA 2PC0A 2F80A 3RTNA 5P57A 3BXSA 5P07A 5P06A 5P4DA 2VIEA 5P4VA 1SMRA 4Y4JA 4J1CA 1T7JA 2FNSA 3INDA 1B6PA 2V00A 2IKOA 4RYGA 2RKFA 4Q1NA 1YM4A 4DVFA 1OEWA 5P01A 5OZ4A 5SZ9A 2BPXA 2QMFA 2QMGA 4MC9A 1KJGA 2I4UA 3ZL7A 4NJSA 5ER1E 5P3GA 4I10A 5P27A 5KQFA 5P4WA 1ODWA 3K5DA 1WKRA 3EL5A 1ZTZA 3TKGA 4ZSPA 4RRNA 5F01A 5P3VA 4B77A 3OWNA 5OZYA 1KJFA 2CEJA 4K4RA 2NMZA 5OZKA 5P7BA 1GVVA 5HTZA 1LS5A 2AOHA 3BGCA 2UPJA 3OY4A 5P8JA 3EXOA 1F7AA 4GJ7A 4EQJA 2OHSA 2P3AA 2QI6A 3INHA 4ZIPA 1BXOA 2WEBA 3GGUA 2PH8A 1U8GA 2BQVA 3PI5A 3JW2A 3B80A 4HA5A 3D91A 1TCWA 4RRSA 1J71A 2QMDA 3BVAA 4QJ8A 1HVSA 5P4SA 5P5PA 5P2ZA 3UPJA 3UDKA 5P52A 2B42A 5P6GA 1Z1HA 5CONA 3DV5A 5P08A 2NXDA 2QD7A 4DJYA 5OZWA 5P5IA 4UPJA 1BV7A 5P5GA 4Y3EA 5COPA 2QI5A 3HLOA 3RVIA 5P5RA 5EZXA 1EPME 4FGXA 5OZMA 1HEGE 3FNSA 5P4ZA 3GGVA 5AH6A 3OQ7A 4HEGA 1K6CA 5P8LA 2P3CA 5P00A 3T6IA 2O4LA 3UTLA 2BPYA 4AA8A 5HE5A 3PBDA 7UPJA 5OZAA 2IENA 5CLMA 5EZZA 5P88A 1ZPAA 1D4JA 3I8WA 5P42A 1DIFA 3PSGA 3EL4A 5I3VA 1UH9A 2RMPA 2VNMA 5P89A 3OQFA 2ZGAA 2PQZA 5IS4A 5P6EA 1MVPA 5P7HA 5P41A 2B7FA 3QBHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1W A;  3O9C A;  5P81 A;  5OYR A;  3IA9 A;  5J25 A;  1RQ9 A;  5DQ1 A;  4YCK A;  5IVQ A;  4RLD A;  5P5X A;  5OZI A;  5P86 A;  4B70 A;  4FRI A;  4MC1 A;  4Y5A A;  2AZ9 A;  5P4C A;  5P4O A;  5P3O A;  4YD4 A;  5P4I A;  5P0E A;  4J17 A;  3S2O A;  4JPC A;  5P12 A;  2IGY A;  2R3W A;  4D88 A;  2HM1 A;  5P6O A;  6UPJ A;  4Y5E A;  3TPP A;  4DQF A;  2PH6 A;  2ZJN A;  5P7K A;  4Z22 A;  3KMY A;  1DP5 A;  5P4G A;  5P28 A;  5P67 A;  3ZKX A;  5P5N A;  3TPL A;  2ASI A;  2IGX A;  9HVP A;  3UDJ A;  3PSY A;  1QBS A;  5OZ1 A;  4YBF A;  5P8O A;  2R8N A;  3FV3 A;  3IN3 A;  3OUC A;  5P14 A;  3KA2 A;  5P0W A;  3WZ6 A;  5P3U A;  3HD8 A;  3EKV A;  2NNP A;  3BC4 A;  1SH9 A;  3G70 A;  4WY6 A;  5P6C A;  1XL2 A;  3BGB A;  1LEE A;  1G2K A;  1DPJ A;  1CZI E;  1FF0 C;  3VSX A;  1MRX A;  4TVG A;  1SDT A;  3ZKQ A;  2IS0 A;  5P1B A;  4Y50 A;  4R93 A;  1EBW A;  1UH7 A;  3HAU A;  4U7V A;  7HVP A;  1DAZ C;  5P7F A;  1D4L A;  3LIV A;  4EHC A;  2OHM A;  5P3E A;  4Y3S A;  5KR8 A;  5P1Y A;  3PI0 A;  5OZG A;  4Y5K A;  2QI0 A;  5DGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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