5P3BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 164
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3bA01
1SP5A 5OZ5A 5OZ4A 3TKWA 4Q1YA 1YTJA 2AVSA 3OAGB 4GZFA 5EZZA 3URIA 2O4KA 5P07A 5TOLA 5P55A 2HIZA 3EL0A 1GVWA 4AZYA 2B7ZA 1B6PA 5J25A 1FFFC 1U8GA 3KMYA 3HBOA 4OBFA 2AZ9A 2NMYA 3A2OA 3TOFA 2QZLA 4GMIA 5P30A 1EPLE 4BEKA 2R5QA 3PWWA 4Y4AA 1W51A 2QNNA 3LIXA 1FLHA 1AZ5A 1GNMA 4IVSA 2FDPA 2FDDA 5OZVA 5P2YA 2V0ZC 1GVXA 3O9BA 2O4SA 4Y5NA 1D4IA 1T3RA 1MEUA 4ZSMA 2PSGA 2FXEA 5P2HA 3EXOA 3VV8A 4RRSA 6APRE 2ZHUA 5I3VA 4OC6B 1B6KA 3WZ7A 5OZGA 5OZ1A 3ST5A 1GVVA 2BPZA 5P8PA 2V12C 5P0WA 4N00A 2XFJA 4X7IA 5P44A 5P67A 5KQZA 2ZGAA 5P8UA 4YD7A 4LP9A 1BDRA 3UQRA 3BC4A 1HTGA 5P3UA 5P7YA 3KT5A 3G70A 2ANLA 4L6BA 4I0ZA 5KQXA 1GNOA 5P85A 1KJGA 4NKKA 1MTBA 1NPWA 4FSEA 1XN2A 5DQ5A 3QBHA 5P3OA 1LYAB 5P7JA 1WBKA 3PI5A 2NR6A 1IZHA 5P72A 2BPVA 2WEAA 4RGHA 5BRYA 1XL2A 2AQUA 2G26A 3CKTA 5P3YA 3VF3A 1DPJA 5P0PA 5P0AA 5P0RA 1W5XA 5ENMA 4QJAA 3TPLA 1D4LA 5P2FA 4WTUA 5P4JA 4HDPA 4DQBA 2OHKA 1YTIA 3DV1A 4CPQA 3OUCA 5P0SA 3UDKA 2I4WA 5P1DA 1TSQA 3GI5A 5DGWA 5OZLA 2FGUA 1EC1A 1LYBA 1TZSA 1SDUA 1EPRE 3KDBA 4Y4GA 1XE6A 2AZCA 5AHCA 5P4BA 4B70A 1HSGA 1HRNA 5P1CA 2VJ7A 5P41A 4YD4A 4A4QA 4Y38A 2IEOA 3OUAA 4I8ZA 5OZNA 5P50A 3OK9A 2RKGA 4OD9B 5P00A 3GW5A 3VSXA 5P2KA 5P7UA 5OZPA 5P2OA 4IVTA 3CKRA 5P6JA 5P2ZA 5IE1A 1ODXA 2OHTA 2NTRA 1WKRA 3LZSA 3LIYA 1IZEA 5P8NA 5P1JA 3L5CA 1Z1HA 3T7XA 5P47A 4QLHA 3O99A 5OYZA 4J17A 1LF4A 5P2VA 4NJTA 2BPXA 5P4VA 1F7AA 5P1QA 4YD5A 3PHVA 2AZBA 4R8YA 5P8JA 1MVPA 2VIZA 4E43A 3ZPUA 1FQ4A 5P0CA 5P0KA 4HEGA 4Y3QA 5OZ8A 4Y39A 3HVGA 3PLLA 5P5RA 2I4VA 3BHEA 4LXAA 4L1AB 3UFNA 5OZWA 5P2UA 5OYQA 5P3CA 1J71A 2ZDZA 1FGCC 4EJKA 4YCYA 2CEJA 5P2BA 4FE6A 2QMGA 5P1FA 3DCRA 2OHMA 4OBGA 5OZAA 5OZTA 1D4SA 1LZQA 3PLDA 1FFIC 1ZSFA 3MSLA 2P8HA 4ZPEA 4B78A 3CMSA 4Y5CA 5CONA 2ER6E 3WZ8A 4Y50A 3ECGA 1IVQA 4FAFA 2FLEA 4LAPA 5COPA 3UDHA 3VV6A 2VNNA 2VJ6A 4NJVA 5P2QA 3IN4A 2NXMA 4I0JA 5P28A 1SDVA 2I4QA 1D4JA 5P6DA 1EBZA 3EL5A 1MIQA 3OTSA 5HU0A 5P4UA 4RYCA 1MPPA 9HVPA 1LYWB 3GI4A 5DQ4A 5P4ZA 1APWE 3BUHA 3K5FA 5P6MA 5P8DA 3QRMA 3Q3TA 5P0EA 4RCFA 2IS0A 5P8VA 5P34A 3SKGA 2HB2A 3PMUA 3OAGA 1CPIA 5P06A 2F80A 5P27A 5P2IA 1HVCA 4Y3NA 4KB9A 4R93A 5P4IA 5KOSA 5T4SA 1M0BA 5F00A 4XXSA 1HTEA 2R8NA 2ZHRA 5P5EA 2WF3A 5P5SA 4M8YA 3S7MA 5P2DA 4GJBA 1G6LA 2QNPA 2G1OA 3VFAA 5IVTA 1TQFA 3KDDA 1UH9A 1EPME 3O9IA 5P52A 4QJ7A 4ACXA 1PPME 2VIJA 5AH7A 5P02A 2V00A 1D4YA 4I12A 1ZJ7A 3PCZA 5P4YA 3N4LA 5HCOA 5P5PA 5OYWA 5KR0A 3SACA 3D20A 4R5NA 5P0ZA 5I70A 2V10C 2O4NA 4Y5BA 2OF0A 3ZKIA 5P1IA 5P5DA 2FIVA 3VCMA 1EBYA 5P3KA 5P73A 4D83A 4J54A 4APRE 3IGBA 2JXRA 2VA7A 3VF5A 3N3IA 4NJSA 2I0DA 2HAHA 5SY2A 4FRSA 5P76A 3L3AA 1BAIA 3PGIA 5OZ9A 5P5AA 2ASIA 2VNMA 5OYUA 3NU9A 5P33A 3FNUA 3B80A 1AIDA 5P4WA 1E80E 1YTHA 3TPPA 3EKVA 1D4KA 1RL8A 2Z54A 1FMXA 3EKPA 4YHQA 3Q4BA 2PK6A 1DP5A 2RKFA 1KJ7A 3NU3A 4KUPA 3G6ZA 2Q11A 5OZZA 5DR0A 4DPIA 2RMPA 3FX5A 2WEZA 2J9KA 4Q5MA 4JPCA 5P75A 5P49A 5P6ZA 3UPJA 1LYAA 3O9AA 1TCXA 4Z4XA 5P7TA 1BIMA 4FAEA 5P1HA 3NUOA 5P5FA 1DMPA 2ZJNA 5P1TA 4CPTA 1WBMA 4YOAA 1EC3A 3KFSA 4RROA 1FQ6A 5P8HA 3MXEA 1ZBGA 5KR2A 4FM8A 5P7ZA 1KJFA 3F9QA 5I3YA 3FSMA 5P8IA 3Q6YA 3QS1A 3URJA 5OZSA 1BDLA 4Q1WA 5P3JA 2I4XA 3GGAA 4Y44A 5P51A 2NXLA 4DJQA 4F74A 4DJWA 3UHLA 4ZEAA 5KAOA 5P7NA 2VS2A 3SO9A 2V13A 2F3KA 5P58A 3SA6A 1ZAPA 5OZMA 1AJXA 1HIHA 2B60A 5P0QA 2HS2A 5P1VA 3Q70A 5P62A 4ZIPA 3O9DA 4FRIA 2WF1A 5P83A 3FNSA 1SGUA 2WF4A 5P6RA 2B7FA 5P8EA 5OYVA 5P77A 1MT9A 4Y58A 3T6IA 4Y4XA 5P5MA 3LIQA 4EYRA 5C9DA 4OD9A 4H3GA 5P6OA 1AXAA 1BVEA 2QI7A 5P66A 5HU1A 3DV5A 4CPXA 2HB4A 3SABA 5P5HA 2G69A 2OAHA 3PMYA 2AVMA 3LPIA 5OZBA 3S7LA 5ISJA 4GJ8A 1A8GA 4ER2E 3S53A 1IVPA 1W6HA 2IL2A 2F3FA 4RYGA 4QJ6A 4DJUA 4GJ6A 4Y5GA 5OZ7A 1QRPE 3ZKQA 5P7WA 2VJ9A 3VYFA 4NJUA 4Y43A 2VIEA 5OZCA 1YTGA 4J0TA 4Y4WA 1BXOA 4Y45A 3LPJA 3OUDA 1MRWA 5P2RA 5KQYA 1LF3A 4PZWA 5P64A 5DR4A 4J1CA 2ER0E 5P8TA 1HEFE 6UPJA 4R92A 4YOBA 4I8WA 3G72A 3L5DA 5P7AA 2XYEA 5P6CA 5OZHA 1HTFA 5OZOA 5P3GA 5P45A 1HPVA 1W5VA 4R91A 5P0IA 1MERA 3NU6A 1B6JA 3IA9A 4D85A 3EKXA 3NDTA 4GIDA 1HXBA 4WY1A 4Y4UA 2Q15A 5P80A 3MWSA 5COOA 5AH9A 4LHHA 5SY3A 4TRWA 3RTMA 5P6SA 5P4RA 4EJ8A 4ZPGA 4DQHA 4DQCA 3LNKA 1KJHA 4LXMA 4YD6A 3GI6A 3ZLQA 1BWBA 1A8KA 6FIVA 1M4HA 3ZKSA 1LYWA 4TRYA 2AODA 5HCTA 3OY4A 4ZSQA 5P6TA 5HDVA 5P48A 5P4MA 4QJ2A 3SM1A 5ENKA 2G24A 3RVIA 2ZJJA 5HDZA 2G1NA 4DVFA 4OBDA 5P31A 2UY0A 5P8LA 1GVTA 4DFGA 4Y3SA 1W6IA 1HIIA 4Y3EA 4Z50A 5P2JA 4TVGA 5SXNA 1DW6C 5P1RA 4DI2A 5P3ZA 3PEPA 3FNTA 4YDFA 3U6AA 4J1HA 5HDXA 4XKXA 4PHVA 4DQEA 1SIVA 3I6OA 5P18A 5P89A 2RSPA 1EEDP 5HVPA 5P2AA 1GNNA 4Y53A 3OU4B 5P32A 3AIDA 4Y4EA 5P24A 2QMDA 1C6YA 4JP9A 1EPNE 1HIVA 2XFIA 4DJXA 4K9HA 5P36A 5P26A 1C6ZA 3UFLA 5P0GA 1AAQA 4TVHA 1FMBA 3DM6A 4Y3HA 5P5QA 1HVRA 3EKQA 4J1KA 5OZEA 5P04A 2HS1A 3SQFA 1RNEA 2G27A 2VKMA 4ACUA 3OQ7A 1FEJC 2HC0A 1MSNA 5P6EA 4XX3A 5HE4A 1FF0C 2R38A 2QU3A 5P16A 5P82A 2FGVA 5P79A 2AVOA 5P7GA 3EM3A 1N49A 3MSKA 5DR7A 1T7KA 4J0YA 1RPIA 1XN3A 3DUYA 4Y5LA 3LPKA 4YBFA 3HD8A 5P1NA 3SFCA 3PJ6A 3UTLA 4I0IA 3NYGA 3OQDA 5P1WA 1SBGA 4J5JA 2QK5A 2O40A 3ZOVA 2PWCA 4GYEA 1HPOA 1RV7A 4ZSPA 3UDJA 3MSJA 4OBJA 4L7HA 3BVBA 1FKNA 5P5UA 4FIVA 4FRKA 3BRAA 2P83A 1Z1RA 5P39A 1BV7A 4I10A 2ER7E 1FQ8A 4NPTA 3QVCA 3BVAA 1JLDA 2WF2A 5P2NA 2NNPA 2ER9E 5P3AA 5P3SA 1BILA 1BV9A 2I4UA 2VA5A 5P3DA 4RZ1A 5P7RA 5DR3A 3TOGA 3QVIA 4FSLA 3KN0A 2NPHA 3QAAA 2PH8A 5OZ0A 1PROA 3OQKA 3BXSA 3URLA 3OUDB 4Y5PA 2OHNA 1LEEA 4LC7A 4QJ9A 4EP2A 1QBUA 1KJ4A 3BXRA 2AOEA 3EL4A 1ZP8A 3EKTA 4LL3A 5P3MA 4FM6A 4GJDA 3UF3A 5P0NA 2R5PA 1Z8CA 4K8SA 4TRZA 3O9GA 4FM7A 4ZSRA 5P57A 5P7IA 2MIPA 2H6TA 2WHHA 5P13A 3WSJA 5P1BA 5AHAA 2QI6A 4K4RA 2O4PA 3I2LA 3NDXA 4AA8A 5P7LA 5P1OA 4EWOA 2JJIA 5P05A 3K4VC 4B72A 3OGQA 5DR1A 2EWYA 2QI4A 1E5OE 3O9EA 4GB2A 4ZPFA 2QHYA 3AUPA 2QCIA 3BUGA 4ZE6A 5P3QA 5P03A 5IS4A 2ZJKA 3VYEA 3PWRA 4Y4DA 4A6CA 1ZTZA 4YBIA 4A6BA 3BUFA 3R0WA 3ZKMA 2G1SA 2Q64A 5F01A 3ZKGA 3PSYA 4RCEA 5P7FA 2J9JB 5P7BA 7HVPA 2PYNA 5KR8A 1AM5A 2XYFA 3TLHA 5P3HA 4Y3JA 3HZCA 5P2WA 5P8FA 5P4TA 5P8SA 5P3TA 3LITA 3D1YA 1K1TA 4J55A 3U71A 4DH6A 2SAMA 3M9FA 4I1CA 5P3LA 2FS4A 1HVJA 1SDTA 2ZHVA 3CIBA 4CPUA 3QBFA 4AUCA 3WZ6A 3LHGA 4DV9A 3NWXA 5P6YA 5OZXA 5P35A 5P6IA 1B6LA 3ER3E 2FDEA 5P5WA 4EPJA 2I1AA 3L38A 2CEMA 2B42A 1G2KA 1SMEA 5P1ZA 3O9LB 3QN8A 1QBTA 4Y5AA 2BKSA 2QAKA 5P3BA 1A30A 1EBKC 1FQXA 5P4EA 3VUCA 5P5VA 5E5KA 5P1LA 5P6XA 1OHRA 4H3FA 3B7VA 3S45A 1NH0A 2PWRA 3HAWA 5P7XA 8HVPA 1DIFA 5P29A 2H6SA 2ZHSA 3SA4A 2QD6A 4RLDA 3IVHA 5ER2E 2B8VA 1ZLFA 3KF0A 3EMYA 3SA8A 2AVQA 3HW1A 1NSOA 4J1IA 3EL9A 5P40A 5IVRA 2P3DA 4MC9A 5P1KA 5I3WA 1AJVA 5DGUA 5P0DA 5P4SA 5P14A 1SIPA 5P60A 2PSUA 3LZVA 3DOXA 1A9MA 4ER1E 5KQFA 3C9XA 5HD0A 1ZPKA 1ZSRA 1APVE 3SLZA 5P8BA 3OU4A 2PK5A 4B05A 3GGVA 4HDBA 1XDHA 3IAWA 4Y5MA 3OOTA 5P5IA 4DJPA 5P2LA 1VIKA 1C70A 2R43A 4EJLA 3NU4A 4KE0A 3VEUA 2F81A 3CKPA 1K1UA 4AA9A 5P2SA 5P59A 3TOHA 2QI5A 3S85A 5P2MA 2RENA 4DUSA 5P78A 5OYYA 5P6WA 2QMFA 2QU2A 5P56A 5P3VA 3SKFA 4PZXA 2OHRA 3OQFA 1K2CA 2A1EA 2OHSA 2OHLA 3QI1A 4Y9WA 1ODYA 1C6XA 4I0FA 1PSOE 1ODWA 3IXOA 4DJYA 4D89A 1FB7A 4LXKA 4EHCA 4B1EA 3H0BA 2G20A 2G1YA 4Y5KA 3EKWA 3HAUA 5P4PA 7UPJA 2WJOA 5P19A 5P61A 5P6PA 4JPEA 4EP3A 5P86A 3UQWA 5JFUA 3U7SA 4ER4E 1HTRB 3O9FA 1APTE 3QPJA 5P1PA 1VIJA 3UQUA 3NXNA 3D1XA 4Y3YA 1SMRA 3TNEA 3KT2A 3PBDA 4GJCA 5P2CA 2I0AA 2ZHTA 5OZ6A 3UDYA 1G0VA 5HDUA 5P1MA 4B1DA 4Y3XA 3FIVA 5C9BA 1ENTE 3INFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SP5 A;  5OZ5 A;  5OZ4 A;  3TKW A;  4Q1Y A;  1YTJ A;  2AVS A;  3OAG B;  4GZF A;  5EZZ A;  3URI A;  2O4K A;  5P07 A;  5TOL A;  5P55 A;  2HIZ A;  3EL0 A;  1GVW A;  4AZY A;  2B7Z A;  1B6P A;  5J25 A;  1FFF C;  1U8G A;  3KMY A;  3HBO A;  4OBF A;  2AZ9 A;  2NMY A;  3A2O A;  3TOF A;  2QZL A;  4GMI A;  5P30 A;  1EPL E;  4BEK A;  2R5Q A;  3PWW A;  4Y4A A;  1W51 A;  2QNN A;  3LIX A;  1FLH A;  1AZ5 A;  1GNM A;  4IVS A;  2FDP A;  2FDD A;  5OZV A;  5P2Y A;  2V0Z C;  1GVX A;  3O9B A;  2O4S A;  4Y5N A;  1D4I A;  1T3R A;  1MEU A;  4ZSM A;  2PSG A;  2FXE A;  5P2H A;  3EXO A;  3VV8 A;  4RRS A;  6APR E;  2ZHU A;  5I3V A;  4OC6 B;  1B6K A;  3WZ7 A;  5OZG A;  5OZ1 A;  3ST5 A;  1GVV A;  2BPZ A;  5P8P A;  2V12 C;  5P0W A;  4N00 A;  2XFJ A;  4X7I A;  5P44 A;  5P67 A;  5KQZ A;  2ZGA A;  5P8U A;  4YD7 A;  4LP9 A;  1BDR A;  3UQR A;  3BC4 A;  1HTG A;  5P3U A;  5P7Y A;  3KT5 A;  3G70 A;  2ANL A;  4L6B A;  4I0Z A;  5KQX A;  1GNO A;  5P85 A;  1KJG A;  4NKK A;  1MTB A;  1NPW A;  4FSE A;  1XN2 A;  5DQ5 A;  3QBH A;  5P3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BQV A;  4Q1X A;  5DQ1 A;  1DAZ C;  4Y54 A;  5P0V A;  4GJ9 A;  3PSG A;  3PWM A;  2WED A;  5P1E A;  5P0X A;  2FNT A;  5P69 A;  4RRN A;  1SH9 A;  1YX9 A;  3QRS A;  2FMB A;  4Q1N A;  5P17 A;  3OQA A;  4FRJ A;  3OWN A;  5OZD A;  5P2E A;  3JVW A;  4H1E A;  1LYB B;  3DK1 A;  1W50 A;  5P5L A;  4B77 A;  4PPH A;  5P5X A;  4FGX A;  3R2F A;  2AOH A;  3RSV A;  1K2B A;  4Y4B A;  1YM4 A;  4QJ8 A;  5P7K A;  5PEP A;  2JYS A;  2ZJH A;  1PFZ A;  4MC2 A;  3BGC A;  1IZI A;  3IXK A;  4BEL A;  2IGY A;  3RTN A;  2IQG A;  5AHB A;  1IZD A;  5DPZ A;  3OTY A;  3SA5 A;  3VYD A;  4M8X A;  5P12 A;  5P8C A;  3OXV A;  5P4L A;  3CYX A;  5P5T A;  5P74 A;  5P6Q A;  4EXG A;  1LS5 A;  1YG9 A;  3NU5 A;  1IDA A;  4I0G A;  1FG8 C;  1EBW A;  1ZPA A;  4K4P A;  3OXW A;  1QS8 A;  5P2G A;  5UPJ A;  3EBZ A;  3EKY A;  5IVQ A;  5P68 A;  4F75 A;  3S8I A;  2BPY A;  3OUB A;  5P1U A;  1IBQ A;  3NLS A;  5P81 A;  2A4F A;  2IGX A;  5OZJ A;  2QI0 A;  3NDU A;  1B5F B;  3TTP A;  3O9H A;  4FLG A;  4Y3L A;  1HOS A;  5P8A A;  3VV7 A;  2AZ8 A;  2IKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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