5P3DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 166
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3dA01
4I0HA 1BVGA 1SBGA 2QNQA 1FG6C 2G27A 4EXHA 2HB3A 1TSUA 3FX5A 4J1FA 4FM7A 4FSLA 3FNUA 5I3XA 4LXKA 5P5MA 4LXAA 5AHCA 5P50A 3SKGA 3BGCA 3ECGA 2HIZA 2QI1A 4QJ9A 2QHZA 5P56A 3TKWA 5DR8A 1FQ8A 4GJCA 5DR4A 5OZBA 4RYCA 2ZHRA 5OZMA 4LAPA 3NXNA 1MUIA 5IVQA 3VV6A 5P0NA 1SDTA 5OYQA 1HBVA 4Y3EA 5OZPA 2QZLA 5P04A 3UDYA 3T6IA 3IN4A 4J0ZA 2ZJKA 3SPKA 4Y3XA 5F01A 1HVCA 3SKFA 5JFPA 2FDPA 3OK9A 4PEPA 3HW1A 4Y4TA 5P6ZA 1KJ4A 2V0ZC 5P6EA 2NNPA 1MIQA 2O40A 5P57A 5P6CA 5P2YA 4YD5A 2JE4A 2PH8A 1PPME 3G6ZA 3SA7A 4D89A 3KDCA 1LS5A 5OZ0A 2ZJJA 4OD9B 1Z1RA 5P70A 3WB4A 5P8MA 4L6BA 3SA8A 4XX4A 5P7GA 4OC6A 2IKUA 1HRNA 1ZBGA 5P06A 4FRIA 1IDBA 3QVIA 5OZZA 5P4RA 5P6UA 9HVPA 3GI0A 3TOHA 5P4XA 4EPJA 5P3EA 2PQZA 3OQAA 2NNKA 3KN0A 5OYTA 1UH7A 1MERA 5P5UA 4RVJA 5P8LA 2WEZA 5SY3A 3S8IA 2VIEA 1APWE 2Q5KA 2RKFA 5P4WA 5SXNA 3BHEA 2QZKA 3EM6A 3KFSA 4M8YA 5P42A 1TQFA 2ZDZA 5P2HA 3NU5A 5P8NA 1BVEA 4UPJA 3ZLQA 4Y51A 3Q4BA 3I7EA 1XE5A 5P5HA 1UH8A 3JVYA 4Y3RA 5P69A 3PSUA 2OHNA 2WKZA 4Y5BA 3FSMA 3O9GA 5P79A 5P8FA 3NYGA 3RU1A 3IN3A 3PBZA 5P3ZA 5P02A 1SDUA 2QD7A 5C9BA 4HLAA 4K9HA 3UDJA 4Y5AA 5P0IA 1GVVA 1M0BA 1HEGE 3IVHA 5P1XA 3VLAA 1FB7A 3SA9A 2ZHUA 2NMYA 3TPJA 2XFJA 1B5FB 3EC0A 2G1YA 3UQUA 2HPEA 4OBJA 4DJXA 2FS4A 5P6DA 1BV7A 4GZFA 5P68A 1YTHA 4Q1YA 3NU6A 2I0DA 2NXLA 4QLHA 2P3BA 5P1TA 5P2MA 3EKTA 4PHVA 3R1GB 1EPRE 3VFBA 4FAFA 2FXDA 3HVGA 3SA6A 5P6BA 2G69A 2R5QA 1BILA 2ZHTA 1K2CA 5OZEA 4Y3DA 2F3EA 2SAMA 3BVAA 3L58A 5KR1A 5P3MA 3APRE 2O4KA 5P2LA 5P85A 3NWQA 1HOSA 3DUYA 5P0EA 4DJQA 3KT5A 4Y5GA 5P5GA 5OZ4A 2HB2A 5P20A 4ACXA 3N3IA 2BPYA 3SA4A 4CMSA 3PSGA 1NPVA 1RL8A 3U71A 5P87A 4DH6A 3EL4A 1IVQA 2PSUA 3S45A 1VIKA 1W5XA 4EYRA 3HAUA 5AHAA 1N49A 3TH9A 4Y3LA 1EPLE 4RROA 5P8PA 2QI5A 3QRSA 3TOGA 2FXEA 1XL5A 3Q5HA 4K4RA 3ER5E 5P2NA 4Y4EA 2BBBA 5P51A 4Q1NA 5COKA 4J5JA 5P46A 5P75A 4B77A 4Y3MA 2ZJIA 4K8SA 5P0CA 2I4DA 3EXOA 1Q9PA 5ER2E 5P8CA 4FSEA 2V10C 4YBIA 2QMPA 3OAGB 3QAAA 3KYRA 5P0KA 1FQXA 3KFNA 4EJ8A 5FIVA 3URJA 3TPRA 4X7IA 1HWRA 5P4BA 2AZBA 5P66A 4YD6A 3IXOA 5IE1A 5P1IA 5P5AA 3DJKA 5P8AA 3CKTA 1HVLA 3PBDA 5P77A 5P7PA 1MSNA 2AOJA 5P10A 4JP9A 2FDEA 1UPJA 1MPPA 2IGXA 2IS0A 4CPRA 5DQ2A 4WTUA 2BPWA 5P0YA 1MT7A 1YTIA 4Y4GA 5P6GA 3O9IA 3VV8A 3MSKA 1K6TA 4RRSA 3RTHA 1HVKA 4DJPA 3NUJA 5P0TA 5P7KA 3SA3A 1BIMA 2VJ6A 3HZCA 4AUCA 4R95A 5P0VA 3EL1A 5P32A 1FF0C 2PYMA 5E5JA 3LIVA 4BELA 3BGBA 3TPLA 5OYVA 4M8XA 4PZWA 3EMYA 4J0VA 3TOFA 3ZPUA 2WJOA 5P8TA 2WF3A 1ZPKA 5P03A 1HIVA 3UDMA 1E82E 3AUPA 4R8YA 4GJ5A 3S85A 5P2UA 5P2QA 1Z1HA 4RCEA 2WEAA 2AOHA 5P3VA 1JLDA 5P2OA 4Y5NA 5P8RA 5OZYA 4DJOA 5AH9A 2IGYA 4QJ2A 1W6HA 5P83A 3KA2A 3CICA 3BXSA 1APVE 2WF0A 5P5YA 3NDXA 3I8WA 5P40A 1VIJA 4HVPA 5JODA 2I4WA 5P0BA 2ZJNA 2APRA 5P3HA 4IVTA 5P4GA 4CP7A 3GGAA 2J9JA 5P1WA 2QI3A 4Y47A 3D1YA 5OZFA 5P6XA 1XDHA 5P7UA 2WL0A 2F3KA 1M43A 5P7VA 2WECA 5P4YA 1EBWA 4ZPGA 2HC0A 5P39A 3CYWA 3PI0A 5P05A 5ENKA 5AH7A 5P0SA 2R3WA 4B0QA 5P08A 2HB4A 4K4PA 2I4QA 4FAEA 1FQ5A 5P60A 5P2IA 3IGBA 1EC2A 1K2BA 4OBZA 4IVSA 3FNTA 4Y3SA 4OBKA 5OZSA 2JJJA 5P30A 3VLBA 4Y4DA 3SO9A 3UHLA 1BDQA 1GVXA 4YDGA 5P1VA 3R2FA 1FLHA 4B78A 5P67A 2R8NA 4RVXA 5KR2A 3OU1B 2QHYA 3OY4A 2AOEA 5AHBA 5P76A 1CMSA 5P53A 5P5NA 2AVQA 4YHQA 4B1CA 4LHHA 5P0MA 5P26A 3PM4A 4B1EA 4ZSPA 1HIIA 3H0BA 1CPIA 4ZEAA 2ANLA 3VEUA 5P11A 5P4JA 5P15A 5P38A 4YBFA 1DIFA 1PSOE 3T7PA 4J0YA 2VIJA 2OHTA 4FCOA 1BDRA 2H6TA 3TNEA 3DM6A 5P6FA 4EWOA 5P4FA 1APUE 1NPWA 3PEPA 1YM4A 5CONA 4OBDA 3SLZA 1MRWA 3NU3A 1EBZA 2JYSA 5B18A 4B05A 1WKRA 3PLDA 2Z4OA 5P59A 2PSVA 3N4LA 3VUCA 4DQEA 2AZ8A 5P1GA 3OHHA 3OADB 4CPSA 2ZHSA 3LPJA 5P1AA 3DCKA 1AAQA 4J1KA 4BFDA 3APPA 3S53A 2BPVA 4NJVA 3VF5A 5AH6A 1MSMA 5P5QA 4APRE 3OU3A 4LC7A 5I3WA 4CPTA 5P00A 3IVIA 5P78A 5BS4A 1AM5A 3QBHA 1DP5A 3L5CA 5DPZA 3QRVA 1HSIA 1PSNA 4MC2A 4Y3TA 1LF2A 1EEDP 2ER7E 4F75A 1SMRA 1WBKA 4CPXA 5P6SA 1BAIA 4Z2ZA 3WZ7A 5P5CA 3UDQA 2CENA 5P0LA 1GVWA 2UY0A 4Y5EA 5P4EA 4RCDA 1YTGA 2ZGAA 5BWYA 3O9EA 2BB9A 1F7AA 5OZVA 3U7SA 4DJYA 1MTBA 2JXRA 4N00A 2QHCA 5JFUA 5P35A 5P4PA 1LYWA 4HA5A 5P81A 3ZPSA 3VCMA 3ZL7A 4H3FA 5OZ9A 5P5BA 4DQCA 2VA6A 1FKNA 3PWMA 5P7ZA 4CKUA 1SGZA 4EHCA 5P58A 3INFA 2B7ZA 2QCIA 5P0OA 5P5LA 4YOAA 5P7XA 4ZSQA 1LYBB 1YM2A 3S7MA 4LBTA 1ZJ7A 1HTEA 5P7YA 5HDZA 4Y50A 2F8GA 1ODXA 4OD9A 1TCXA 2OAHA 2QMDA 1EBYA 2G26A 1CZIE 1T7JA 2QP8A 5PEPA 2QZWA 5P3DA 5P0QA 1HTGA 5P72A 5AGZA 2ZE1A 5HTZA 1E5OE 5HDVA 3S54A 4Q5MA 5P41A 3DV1A 5P5WA 5P6WA 5P6RA 4D88A 4PYVA 3TLHA 4TRYA 1A8KA 5P7EA 3K5CA 2HPFA 1MTRA 4Y48A 1XL2A 1K6CA 3GGXA 4HZTA 1T7KA 5P73A 4I8ZA 4YD3A 4U7VA 1PPKE 5P0ZA 1W51A 4ER2E 3ZKSA 1DPJA 5OZLA 1XE6A 4NPTA 3NDWA 5P8QA 2NXMA 3HAWA 1FQ7A 1IZIA 4Y58A 1PFZA 1ZP8A 4Y3AA 1SIVA 1D4IA 3SQFA 5P1ZA 4I8WA 4ER1E 2NMZA 4D85A 1K1UA 2I1AA 1A30A 5P1PA 2QI7A 5P55A 3O9HA 5P3JA 1DW6C 2Q15A 3PVKA 4HDPA 5P3NA 5P5PA 2AOIA 1FMBA 3D91A 3GI4A 1T7IA 5P6VA 5P7BA 5P5FA 4AA8A 3SAAA 3CKPA 5P27A 5P28A 5F00A 5P7HA 4GJ6A 1W5YA 3NU4A 4DPFA 1HPOA 2I0AA 2IDWA 3IXJA 1FIVA 3D3TA 2R38A 5JG1A 2QK5A 1TCWA 2P3CA 5ISJA 1MT8A 4I0JA 4ZIPA 5P7FA 3INDA 5KOSA 3QS1A 1LF3A 4Y3NA 5IS4A 4XX3A 2OHMA 4YA8A 1HVHA 2VNMA 3ZKMA 5P2FA 3VF3A 4QJ6A 1BXOA 5P0GA 4D83A 3PWRA 3PRSA 3S43B 3FNSA 5KQZA 3O9DA 2O4PA 3MXEA 1QBUA 4DV9A 4K4QA 4TVGA 5P6HA 5P2EA 1HHPA 4DPIA 1ZSRA 5P8UA 3UQWA 4ZPFA 4Y4UA 5P6JA 1GNMA 4NKKA 2O4LA 5P88A 1XS7D 2V11C 4NPUA 6APRE 4Y3PA 5P1MA 3O9LA 3OU4B 4DJRA 4DJUA 4Y36A 1LZQA 4H3JA 5HDXA 2G1RA 3B80A 3D20A 1Z8CA 3O9CA 5OZHA 3SABA 4I0DA 2FGUA 3S7LA 5P3PA 1SIPA 2OHRA 3BUGA 5P0PA 4FIVA 3PMUA 4QJ7A 5OZNA 3PSYA 5P2GA 4I0GA 5P5OA 2V16C 3K1WA 3RTNA 4EQ0A 2PMAA 5HE5A 3UFLA 4HEGA 3RVIA 3BVBA 5P80A 4Q1WA 5P3YA 5I70A 5P2BA 3EL9A 4Y3ZA 5OYZA 3VSWA 3QI1A 5P2DA 3D1ZA 3SFCA 3Q70A 3L5BA 1GVUA 5P62A 3SM2A 3DV5A 3QBFA 2XYEA 3ZKXA 3WB5A 1HPXA 5I3YA 1NSOA 5P4KA 1B6JA 4Y35A 5P6PA 3INEA 4WY6A 2JJIA 5C9FA 1IVPA 1PSAA 3OGQA 4Y4BA 3WZ6A 1A9MA 5P6NA 2G1NA 2ZJMA 3EKPA 5KR0A 5P0WA 5P19A 4GIDA 2ZJLA 2AOFA 2RSPA 2IENA 3KMYA 1WBMA 1ODYA 1APTE 3MWSA 2VA5A 5OZ3A 1HTRB 4Y3FA 1TSQA 1E81E 1FFFC 2BKSA 4J0TA 5P25A 2O4SA 5P31A 5P49A 4RCFA 5P7NA 3OOTA 5OZGA 4JOOA 2OHLA 1IDAA 5P18A 1RV7A 3OUBA 3G70A 5P1BA 1BWAA 2AVMA 5P6AA 2WHHA 4Y3JA 5P2KA 2ER0E 1F34A 1QS8A 1EPQE 3KDDA 5P4IA 2FDDA 3U6AA 4A4QA 3OOZA 3LIXA 2I4XA 4Y5KA 2QAKA 2B42A 3QVCA 5P71A 5P8DA 5HCOA 5HCTA 4J1EA 4Y45A 3L5EA 2PWCA 4J1CA 3LIYA 2P83A 1FEJC 2IRZA 5OZCA 4MC9A 5DGWA 5P0DA 2HS1A 4LP9A 5OZQA 1GNNA 5P14A 5P1YA 4DJWA 3NLSA 5P5TA 5P4UA 2FNSA 5P4DA 3LPIA 5BRYA 2AVSA 3Q6YA 5P1FA 1EC0A 5DGUA 5C9DA 3CKRA 3TL9A 1QDMA 2ER9E 4QGIA 4I12A 5P7SA 1FGCC 4B72A 2IQGA 1KJHA 4Y44A 1LYAB 1ZPAA 2NR6A 3EL5A 2CEJA 1KZKA 4L1AB 5P2ZA 2I4UA 3I25A 1EPPE 2Q64A 2PK6A 2G1OA 5P5SA 4NJUA 5HE4A 3PI5A 3PMYA 4I0ZA 3K4VA 1K6VA 4J55A 5IVSA 1W50A 4TRWA 4FM8A 4PZXA 3NXEA 5OZ8A 4GJ7A 3PB5A 5P3GA 3KM4A 5P74A 1G0VA 2HS2A 3LPKA 4LXMA 5P4ZA 5P84A 1BV9A 2NPHA 2J9JB 4GB2A 5P86A 4QJ8A 1SDVA 2B60A 5OZKA 3LNKA 5P7QA 2AOCA 4J17A 5P12A 4DJVA 4Y43A 4AMTA 3MSJA 3NWXA 1FFIC 2BQVA 3OU1A 5SZ9A 2BKTA 5P6KA 3UQRA 5P63A 1HSGA 4HE9A 3UF3A 3EKWA 5SY2A 3PCWA 3Q3TA 3KFPA 5P7DA 1EC3A 1K6PA 3ZKIA 5P4SA 1UH9A 1IZHA 3RSXA 1YG9A 1IIQA 5P4LA 5P1DA 1HVSA 5P48A 4Y4XA 5P5EA 2PYNA 5P5IA 3EM4A 3B7VA 4Y3GA 2F3FA 2OHQA 1GNOA 2ASIA 1LF4A 3HD8A 4EP2A 5P3TA 4RYGA 4QJAA 1EBKC 5HU1A 3ZPTA 1AIDA 2FIVA 1OHRA 2H6SA 3OTYA 3OUDB 3OADA 3TPPA 2EWYA 5DQ5A 5P4TA 1XN3A 3UDPA 1W6IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0H A;  1BVG A;  1SBG A;  2QNQ A;  1FG6 C;  2G27 A;  4EXH A;  2HB3 A;  1TSU A;  3FX5 A;  4J1F A;  4FM7 A;  4FSL A;  3FNU A;  5I3X A;  4LXK A;  5P5M A;  4LXA A;  5AHC A;  5P50 A;  3SKG A;  3BGC A;  3ECG A;  2HIZ A;  2QI1 A;  4QJ9 A;  2QHZ A;  5P56 A;  3TKW A;  5DR8 A;  1FQ8 A;  4GJC A;  5DR4 A;  5OZB A;  4RYC A;  2ZHR A;  5OZM A;  4LAP A;  3NXN A;  1MUI A;  5IVQ A;  3VV6 A;  5P0N A;  1SDT A;  5OYQ A;  1HBV A;  4Y3E A;  5OZP A;  2QZL A;  5P04 A;  3UDY A;  3T6I A;  3IN4 A;  4J0Z A;  2ZJK A;  3SPK A;  4Y3X A;  5F01 A;  1HVC A;  3SKF A;  5JFP A;  2FDP A;  3OK9 A;  4PEP A;  3HW1 A;  4Y4T A;  5P6Z A;  1KJ4 A;  2V0Z C;  5P6E A;  2NNP A;  1MIQ A;  2O40 A;  5P57 A;  5P6C A;  5P2Y A;  4YD5 A;  2JE4 A;  2PH8 A;  1PPM E;  3G6Z A;  3SA7 A;  4D89 A;  3KDC A;  1LS5 A;  5OZ0 A;  2ZJJ A;  4OD9 B;  1Z1R A;  5P70 A;  3WB4 A;  5P8M A;  4L6B A;  3SA8 A;  4XX4 A;  5P7G A;  4OC6 A;  2IKU A;  1HRN A;  1ZBG A;  5P06 A;  4FRI A;  1IDB A;  3QVI A;  5OZZ A;  5P4R A;  5P6U A;  9HVP A;  3GI0 A;  3TOH A;  5P4X A;  4EPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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