5P3HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 170
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3hA01
1EBZA 1AVFA 4I11A 4GJDA 4QLHA 5BRYA 2ZHUA 1MTRA 2G94A 1AIDA 4QJ2A 3LZVA 1NPVA 2AZ8A 1E81E 3OU1A 5OYVA 2O40A 1E5OE 1IZHA 1EPME 3BUFA 3EL4A 4Y5AA 4Y3QA 3O9EA 5F00A 2P3AA 5OZ5A 3LIXA 4F75A 1GNMA 3UDMA 1HTEA 1HVJA 2PH6A 2ZJJA 4FRSA 5P50A 4Q1YA 3SA7A 4OBZA 1BVEA 4R92A 3GI6A 4Y56A 1FKNA 5P4AA 1AAQA 4DQHA 5IVRA 4OBDA 3KFNA 4GIDA 1SP5A 1LYWB 4RYCA 5P6EA 1EPNE 3ZKXA 3NU3A 2PC0A 4NJUA 3SKFA 3TPRA 3NYGA 5P19A 2QMFA 1TW7A 3KF0A 2G26A 1K1TA 1YX9A 1OEXA 5P2DA 3I2LA 3Q5HA 4Y5KA 5HD0A 5JODA 2I4WA 4YD5A 2F3KA 3OHFA 4WY1A 4Y4DA 2HS1A 5P5TA 1D4IA 2P3BA 3I8WA 3GGXA 5P03A 4GJ8A 3VYEA 3OQAA 3HBOA 3S85A 2HIZA 4FRKA 1YT9A 4RZ1A 5P7LA 3S53A 1SGZA 3QRVA 5SZ9A 5P3DA 1B5FA 4Y4XA 5P2FA 1SBGA 2FDEA 5OYYA 2WHHA 1YM4A 4Y3MA 5OYSA 5P7AA 5JG1A 2IRZA 4R8YA 4Y3WA 4YA8A 4FM8A 1GNNA 5P5PA 3SM1A 1EEDP 3OXWA 5P3UA 3JW2A 1B6PA 3U71A 4Y4GA 4R95A 3PLDA 3ZKGA 1E82E 3LPJA 5P12A 4FLGA 2AVVA 3L3AA 5P39A 3EM4A 5OZKA 5P3FA 2XFKA 5P8JA 5P42A 3S7MA 2WF3A 2R5PA 3OAGB 4I0DA 3LZYA 3RU1A 3PWWA 5P3MA 5P8AA 5P2JA 2ER0E 3GI4A 2PK5A 3BXRA 2NXDA 2ZHRA 2JJJA 4B0QA 1FFIC 3MSLA 5P2GA 1QS8A 3K5DA 3I6OA 3OHHA 1B6KA 1M4HA 4YE3A 4DQFA 3PSUA 4LAPA 3GGAA 5OZ9A 1Z1HA 2PWRA 4B1EA 1WBKA 3SA3A 4Y51A 4DQCA 1N49A 5P46A 1FG6C 5P5LA 5P20A 4Y5EA 6FIVA 2FNTA 1APVE 5P4MA 5P17A 3HD8A 4GJ5A 1HOSA 2VA5A 3D1XA 2QD8A 2G21A 1XL5A 3TKWA 1HXWA 3K1WA 5P6TA 1IBQA 3OUBA 3UQWA 3RSXA 3IXOA 5OZHA 1CMSA 5P2ZA 4N00A 3WSJA 3L38A 3HAUA 5P59A 2AIDA 1PSOE 1XN3A 3RTMA 1HIHA 5P7SA 1B11A 4H3IA 4Y45A 5P67A 4YD4A 4RRSA 5P5OA 1GNOA 3UHLA 5P4DA 3QRSA 2AOEA 3R4BA 5P2XA 2B42A 1META 4Y3JA 5OZ1A 4U7QA 5P1AA 4Y38A 3MWSA 3OU4B 1BV7A 5IVTA 4LHHA 5P6YA 3BUHA 1LYBA 4CPRA 3EC0A 4PPHA 3LIYA 1EC3A 3O9AA 3T7PA 3WZ6A 3KMYA 3KM4A 3D3TA 2G1OA 4J1KA 4LL3A 2UXZA 5P0GA 4B1CA 3O9HA 5P10A 5I70A 3CICA 1RV7A 2QMDA 5P4GA 1PFZA 3GW5A 3INDA 5P18A 3T6IA 4Z2ZA 7HVPA 5IVQA 4ZEAA 1CZIE 3VV6A 1ME6A 4LC7A 3Q70A 1MEUA 1W5WA 2I4XA 4BEKA 3OADA 3O9LA 4B05A 5DR8A 5P52A 2OHSA 4HA5A 1NH0A 1W5XA 2XFJA 1HRNA 5KQYA 3EKTA 3IN3A 2BQVA 5P1BA 4AMTA 4Y3EA 3TOHA 1HHPA 5ISKA 5P7BA 1LS5A 2QK5A 4EWOA 3QI1A 3FNTA 1TCXA 5P2TA 5I3VA 5FIVA 5P4VA 4FM7A 4EP2A 5P0EA 4J0VA 4NPTA 5P0XA 5P4SA 3FIVA 3D91A 3NR6A 3NU9A 5P27A 5P5XA 4KE1A 1GVVA 2H6SA 4Y50A 1IVQA 4OD9A 3O9BA 4DI2A 2Z4OA 3LINA 5P6NA 1FQ8A 3EL1A 2G27A 1B6LA 5P7DA 3OUDB 5OZCA 3GGVA 4RVIA 3DJKA 5P43A 2QD6A 3OQFA 4KB9A 5SY2A 3SA9A 4RROA 4X2LA 5P7VA 5BWYA 4Y57A 1W51A 4Q1NA 1M0BA 4YOAA 4GJ7A 3UCBA 5OZJA 4JP9A 3PJ6A 5P16A 3IVIA 5P8KA 1GVTA 5P0YA 4Y3GA 3UTLA 3ZMGA 3OUAA 1XL2A 5P0TA 1SMRA 5HDXA 4CPTA 3T7XA 3NU5A 5P0QA 5P14A 2ANLA 3VG1A 1EPLE 5OZYA 3ZKIA 5P7WA 3OGQA 3TLHA 2PK6A 3R0YA 5KR2A 3U7SA 2VNMA 5OYQA 1LF3A 4Y36A 5P3LA 2I0AA 3NXEA 2F3FA 3INEA 5P1EA 1U8GA 4AUCA 3QVCA 4OC6B 5P65A 5P89A 5P62A 4I8WA 5P1HA 2VA7A 1BILA 2RSPA 5P24A 3UFNA 2VIZA 3G70A 3OQDA 1KJ4A 4NPUA 5P3IA 2I0DA 5EZXA 1HBVA 5P4RA 3PM4A 3OWNA 1K1UA 3CIDA 4YD7A 1ODWA 4K4PA 3QN8A 4DQEA 4EQJA 4CPSA 4CPWA 2V11C 3EXOA 2AOCA 2G22A 1AJXA 1IDAA 1MRWA 1FG8C 5P1GA 3K5FA 2JE4A 1HPXA 4A6CA 1IZDA 2JYSA 4ZPEA 4ER2E 1LYAB 5CONA 5P08A 4D83A 4ACUA 4ZE6A 5P1RA 1HVKA 5DQCA 1A94A 2OHTA 1APUE 3TOFA 4APEA 5P2EA 3MSJA 5P0RA 5OZWA 3OK9A 2CEMA 3L59A 1YM2A 4Y5BA 3CMSA 3OU1B 3VF7A 3TOGA 3KDBA 5P7MA 3LHGA 3QBFA 3QP0A 5P68A 4I0HA 2VS2A 3IN4A 3OOTA 2IGXA 4JECA 2WEAA 1MESA 2HPEA 4QJ6A 1FLHA 1PSAA 2IQGA 3NXNA 4J0TA 7UPJA 3HLOA 1DAZC 3VLAA 3VV8A 4OBZB 4RVXA 1HVSA 3S2OA 4HVPA 3ZKMA 5P6PA 3GI5A 5P3RA 5P6FA 3UDYA 1T7KA 5P0WA 3QBHA 5P4XA 4GJBA 4Y5GA 4M8YA 2FLEA 5P15A 2ZHVA 3DV1A 2P3DA 3LIQA 3PRSA 4EXHA 1MERA 5P7RA 4OBJA 4ZLSA 1PPKE 2HB4A 5P4CA 2IGYA 2NMZA 2VIEA 4GB2A 5OZ7A 5P28A 5P73A 1GKTA 5P7JA 4TRYA 2P3BB 3EKYA 4EJLA 1HPVA 3SA4A 3SFCA 4J17A 4NKKA 4LXAA 4YD6A 4S1GA 3WB5A 2BKSA 1K6VA 3EKQA 5J25A 3S54A 5P1MA 2QHYA 1FGCC 3O9DA 4K4RA 1APTE 3IGBA 4Y4BA 1LF2A 1ZSFA 1B6MA 2MIPA 4FSLA 5OYZA 3S7LA 2QI5A 3PB5A 4ZSRA 2PWCA 2A4FA 5P6XA 2BPXA 3URLA 5P0NA 5KQXA 5P8IA 1MT8A 4XX3A 1A8KA 2Q54A 5P3JA 3WZ8A 5P2MA 3TKGA 5P4HA 1BWBA 5P5UA 5P5EA 5I3WA 5IE1A 3SA8A 5P5BA 3U6AA 5P8VA 3VUCA 3NUOA 1RQ9A 4COEA 1ZTZA 5P1FA 1T3RA 3Q4BA 3HW1A 2AOGA 2NNKA 5P7GA 2R3WA 4DJXA 2IEOA 3UQXA 5P7YA 4I10A 5B18A 5P3CA 1AZ5A 5P0FA 3TL9A 4FCOA 4PEPA 3QVIA 3IVHA 5P13A 5P8FA 3ZOVA 2F8GA 1FQ4A 5P00A 3BUGA 4CPUA 3QPJA 5OZOA 1JLDA 4BFDA 3QS1A 2NR6A 3QAAA 3GI0A 5P84A 4DJYA 2ZE1A 3PI5A 1HSHA 2Q15A 3EKXA 5OZRA 2O4LA 1W50A 5P4EA 2FDPA 4DJOA 2PSVA 3MXEA 1SDVA 4FAFA 5KQZA 5P8TA 5OYUA 2HB2A 2F81A 1KJ7A 2VJ7A 5OZXA 3ZKQA 4EP3A 4Y3TA 5P66A 2PSUA 5P5RA 1D4HA 3FNSA 5DR4A 2P3CA 2R3TA 2AOFA 5P2LA 1SIVA 1QBTA 3L58A 1D4LA 1HXBA 3LPIA 1BVGA 5P0HA 5P1ZA 4XX4A 5C9FA 3OU3A 5P77A 5DQ2A 2WF4A 1HVRA 4TVGA 2OHLA 4ZPGA 5OZ0A 4EHCA 3NUJA 4YD3A 5P63A 5P8NA 4NJTA 2WL0A 5OZDA 4M8XA 5P7TA 3RTHA 9HVPA 4HEGA 3L5DA 1SGUA 1LYBB 5DR3A 5P5CA 5P8SA 3FNUA 1HEFE 5P2SA 4Z4XA 3NDUA 4D85A 1J71A 2J9JA 1ZP8A 4B1DA 1HEGE 5P45A 5P75A 1G2KA 1DPJA 5P0UA 3Q6YA 3BGCA 1YTGA 1APWE 2RKGA 3FX5A 4FS4A 2IS0A 5P2QA 4YBFA 3GGUA 3INFA 2WF2A 4B72A 3OADB 2Q63A 4Z22A 5P37A 2EWYA 3SA5A 2QMGA 3SA6A 3EM3A 5KOSA 2CENA 1MIQA 2R5QA 3JVYA 4R91A 4CP7A 3UDNA 2AVOA 2PSGA 4FGXA 5P5JA 5P51A 5P86A 2OHQA 4CMSA 1IZIA 4PHVA 5OZFA 5P2RA 4A6BA 3UQPA 5P8HA 3VLBA 2ZDZA 4JPCA 3UFLA 5P0OA 3OTSA 5P7ZA 5P1NA 5P6MA 5PEPA 4DPIA 4QJ7A 4FSEA 4I12A 4B78A 5P7NA 5P72A 4ZIPA 3PSGA 1K6PA 3KT2A 5P3QA 4OD9B 5EZZA 5P1YA 3QROA 1MT9A 5P4BA 5P7FA 2VIJA 5AHCA 5P83A 1SMEA 5P6UA 1KZKA 5P5WA 2NTRA 2FGVA 2ZHSA 5P8PA 2FIVA 5P48A 4H3JA 4J0YA 4U8WA 5DGWA 5P0SA 4OBHA 1GVUA 3HDKA 3NDWA 4L7JA 1DP5A 1XN2A 2QI7A 4Y4ZA 4YDGA 5P0VA 5P1WA 5OZPA 5P8RA 1OHRA 5P3AA 5P3BA 5P41A 4CPQA 1SH9A 5COPA 3ER5E 1LZQA 1PPME 3BRAA 5OZEA 3S8IA 4Q1XA 4UPJA 4KE0A 3DV5A 1C6XA 4I1CA 3NWQA 5P8UA 2V10C 5P33A 1K6TA 2NPHA 1PPLE 3RTNA 5P4QA 2HPFA 4DH6A 2AOJA 1YG9A 1T6GA 2QNNA 3TTPA 5KR1A 5DPZA 3TH9A 1T7JA 1WBMA 5AHAA 4FRIA 2G20A 3SAAA 2I4VA 2VKMA 4B70A 5P76A 2V13A 3R2FA 5P6HA 1BXOA 3T3CA 4AA9A 5P87A 2I1AA 1OD1A 4I0FA 2QI0A 5P2AA 4EQ0A 4EJDA 4Y39A 5P82A 2VIYA 3ECGA 5COOA 3HZCA 1PROA 1W5VA 2G1NA 3LZSA 5P6ZA 5P29A 1ZPKA 5P0KA 2BBBA 5P58A 3K5CA 2O4PA 5OZLA 3NDTA 5P54A 4Y5LA 1AJVA 1QBSA 4EXGA 5P0IA 2WKZA 5P7QA 5COKA 1T6EX 2A1EA 4L1AA 5DGUA 5P06A 5SXNA 4Y3YA 4ER1E 2FDDA 2AZ9A 3VFAA 1LV1A 1HIIA 3EM6A 4HLAA 5P36A 2APRA 3BGBA 3TNEA 3VSWA 1AM5A 2HM1A 3NLSA 2NNPA 5P74A 4Y44A 3L5CA 3TPJA 3UPJA 2ER6E 1KJGA 5P4WA 5P7HA 5P44A 3VV7A 3BHEA 5P4NA 1UH7A 4AZYA 4GJ9A 3QIHA 5JFUA 3O9GA 5P1SA 4RVJA 4DVFA 1BDRA 1KJHA 1QBRA 5P4UA 5P2WA 1G35A 1TZSA 4HZTA 5P4LA 5P2NA 5UPJA 5P02A 5P4FA 4L6BA 4RCEA 5OZTA 3VSXA 5CLMA 5P5HA 5P8OA 2FNSA 4PYVA 1TQFA 2Z54A 5DR7A 2BB9A 3EL9A 3BVBA 4F74A 5P30A 2IENA 5P7KA 4J55A 1HIVA 2BPZA 5P3OA 2OHNA 4Q5MA 2XYEA 1FQ5A 5P5NA 2ZHTA 3LITA 4I0GA 5P5IA 5P1DA 4J1EA 4YOBA 3L5FA 3LIVA 4FRJA 3L5BA 5P60A 3PHVA 5DR1A 4HDBA 2QP8A 3ZPTA 4AA8A 4K4QA 5HVPA 4L7HA 3UDHA 4Y3HA 5HE4A 3ST5A 2XYFA 2QZWA 5ENMA 6APRE 5P61A 3IAWA 4FM6A 4Y5NA 4Y5PA 2CEJA 3VEUA 2Q5KA 3KDDA 4Y4UA 4I0ZA 3ZLQA 4F73A 2FGUA 4XKXA 3FV3A 1FMUA 4J1CA 4Y4JA 5P1LA 1GVWA 4I0JA 4NJVA 4YCYA 1ZJ7A 5P7EA 4K8SA 3D20A 2G24A 3FSMA 1NPWA 4BELA 5P3VA 2HAHA 1ZLFA 5P2HA 2UPJA 5OZBA 5DR0A 5P1JA 3UQRA 3PBZA 5P5KA 3B80A 2F80A 3PEPA 5P2VA 4ACXA 4EJ8A 5P32A 1D4YA 4DUSA 1W6IA 3A2OA 5P0ZA 4H3GA 5P64A 5P11A 4FE6A 1A30A 3NU6A 2BJUA 2ZJLA 5P6KA 5OZ6A 5P6BA 5P6IA 1D4SA 2QD7A 4Y6MA 2QI3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EBZ A;  1AVF A;  4I11 A;  4GJD A;  4QLH A;  5BRY A;  2ZHU A;  1MTR A;  2G94 A;  1AID A;  4QJ2 A;  3LZV A;  1NPV A;  2AZ8 A;  1E81 E;  3OU1 A;  5OYV A;  2O40 A;  1E5O E;  1IZH A;  1EPM E;  3BUF A;  3EL4 A;  4Y5A A;  4Y3Q A;  3O9E A;  5F00 A;  2P3A A;  5OZ5 A;  3LIX A;  4F75 A;  1GNM A;  3UDM A;  1HTE A;  1HVJ A;  2PH6 A;  2ZJJ A;  4FRS A;  5P50 A;  4Q1Y A;  3SA7 A;  4OBZ A;  1BVE A;  4R92 A;  3GI6 A;  4Y56 A;  1FKN A;  5P4A A;  1AAQ A;  4DQH A;  5IVR A;  4OBD A;  3KFN A;  4GID A;  1SP5 A;  1LYW B;  4RYC A;  5P6E A;  1EPN E;  3ZKX A;  3NU3 A;  2PC0 A;  4NJU A;  3SKF A;  3TPR A;  3NYG A;  5P19 A;  2QMF A;  1TW7 A;  3KF0 A;  2G26 A;  1K1T A;  1YX9 A;  1OEX A;  5P2D A;  3I2L A;  3Q5H A;  4Y5K A;  5HD0 A;  5JOD A;  2I4W A;  4YD5 A;  2F3K A;  3OHF A;  4WY1 A;  4Y4D A;  2HS1 A;  5P5T A;  1D4I A;  2P3B A;  3I8W A;  3GGX A;  5P03 A;  4GJ8 A;  3VYE A;  3OQA A;  3HBO A;  3S85 A;  2HIZ A;  4FRK A;  1YT9 A;  4RZ1 A;  5P7L A;  3S53 A;  1SGZ A;  3QRV A;  5SZ9 A;  5P3D A;  1B5F A;  4Y4X A;  5P2F A;  1SBG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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