5P3IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 171
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3iA01
1K1UA 2R3TA 4FSEA 1B11A 4Y4BA 3OUDA 3GI4A 1RNEA 3Q5HA 1E82E 5P4ZA 3VYDA 5P4EA 1RL8A 3OQDA 2OHKA 3S8IA 3TPJA 4Y3EA 4Y3RA 2Q5KA 2IRZA 1UH9A 5P4RA 3T7QA 4TRYA 3TH9A 4B1CA 4Y5BA 2OHLA 2JYSA 1TQFA 5P7IA 4J0YA 2RMPA 5P7PA 5P50A 2IGYA 2OHMA 2WF4A 5P6PA 2PQZA 1BWAA 3OAGB 1WKRA 4J17A 1FMXA 3ZPSA 5DR7A 1KJ7A 5KOSA 5P6AA 3LIQA 1SIPA 1TW7A 2JXRA 1EC2A 2G20A 2OHPA 4Y56A 5DGWA 2QNNA 5P80A 4DJXA 5P2OA 3ZKQA 1LYWA 5OZGA 3TPLA 5P83A 5OZNA 2G1RA 1MRXA 1IZIA 4Y44A 1META 5P22A 3D20A 5P7RA 3GGAA 4Y9WA 5OZMA 1VIKA 2WHHA 5P7LA 3TOHA 4YD4A 2VJ6A 4EXHA 3PVKA 4X2LA 2FDPA 2PYNA 1BAIA 3OTSA 3VF3A 3UQWA 4B0QA 4NJVA 5P1NA 5EZZA 3OGPA 5P6BA 3S7MA 2AOEA 5OYQA 5P3EA 1HEFE 3ZKIA 4U7VA 1IDAA 3MSLA 4Y3XA 1W51A 5P7HA 3TNEA 1N49A 4CP7A 2Z4OA 4H3IA 1HVJA 3O9HA 1GKTA 5J25A 3VYFA 3SACA 1BDQA 4X7IA 5KQXA 5OYVA 9HVPA 1MPPA 1FFIC 3I6OA 2HC0A 3ECGA 2BB9A 3UDRA 5SXNA 5KR2A 2WEAA 5P8QA 3VF5A 3GGXA 2QU2A 3JVYA 5P6CA 5P3GA 3KFNA 5P8UA 4PEPA 4LL3A 3UFNA 5P88A 2QI1A 2V16C 4GJDA 2IKUA 4Y4XA 3DK1A 5P85A 2I4UA 5OZ5A 5P6LA 3WSJA 3FKTA 5P1OA 5P89A 1HXWA 1FG6C 4GJ7A 5P4NA 2QP8A 1Z1RA 5EZXA 7HVPA 5P7AA 3QBHA 1LYBA 5P1LA 3ZL7A 3NWXA 3OQAA 2ZHUA 5P32A 4H3FA 3SKGA 2AQUA 2FXDA 4FAEA 3NR6A 5P3TA 4DPIA 4Q1YA 5SY3A 1GVTA 4YA8A 5P7NA 3EM6A 3SA9A 3OGQA 5P0QA 3S54A 1K2CA 4QGIA 2QMGA 2AZBA 4D89A 5P4WA 4U7QA 3SLZA 5P4FA 5P2IA 4OC6B 4K4QA 5P6DA 5P0DA 5P60A 4NKKA 3HZCA 5P68A 5P2EA 3ZPUA 2OHSA 2ZJNA 5P23A 3WB4A 5P6KA 2G94A 5HD0A 4YCTA 5P7CA 4Y35A 5P29A 5P72A 5DR1A 3BXRA 4DQHA 3KFPA 1GNOA 3NSHA 3EL1A 5P6MA 4NJUA 2JJIA 3RVIA 4FAFA 5P5IA 3OQ7A 3O9GA 6UPJA 4CPSA 5P5WA 4BFBA 5P3SA 1D4JA 2NPHA 3ZKNA 4Y3FA 5P2TA 5P2SA 1SGZA 5P8MA 3NU5A 5IVSA 4DJRA 2ASIA 2BPXA 1NPAA 5P3WA 3KA2A 3SKFA 3LPKA 5P8SA 4PZXA 5P3HA 2IKOA 4YD3A 2WJOA 3PHVA 3VV7A 3LNKA 2PWCA 3T6IA 3KDDA 2WEDA 4H1EA 3NXNA 3CIBA 1HIVA 2HIZA 1M0BA 1SDVA 4J5JA 5JFPA 1HSGA 2HPFA 4Z50A 1AJVA 1M43A 3OU4A 3VLBA 2P4JA 4Y5CA 1AVFA 4JOOA 2QNQA 5UPJA 3NLSA 5P6OA 5OZRA 5P13A 2QI6A 1HTEA 3EL4A 4I8WA 3CMSA 5P8VA 3HD8A 5P78A 2VJ9A 1C6XA 4J55A 3VFBA 3RSVA 4BFDA 5P2CA 5P30A 4EJKA 5P0UA 2AOFA 4GJ9A 4GJAA 3BUFA 2ER6E 2RKGA 5AH7A 1IDBA 5P03A 5P0ZA 1LYAA 4ZSRA 4CPRA 3QRVA 5P5UA 4ACUA 1LV1A 1SH9A 5P0NA 2PK6A 3VF7A 1BV7A 5P7DA 4RROA 5P5YA 3EKWA 5KR1A 4GB2A 4E43A 2G1OA 5P8LA 4FLGA 3ER5E 5P40A 1MUIA 5TOLA 1MT8A 2G22A 3C9XA 1HXBA 3L5CA 5P45A 1APTE 1ODWA 5OZKA 4AA8A 3HVPA 5P67A 4I0GA 4D83A 1YTGA 5HDVA 4KB9A 4HDPA 2UPJA 5P1HA 4OBGA 2QZXA 4YDFA 4Y3LA 5SZ9A 2WL0A 5P05A 5P6SA 5P11A 1ZSFA 2V0ZC 1MT9A 3SABA 4RYGA 3O9LB 4K4PA 6FIVA 4R95A 5E5JA 5P4KA 5P63A 5HDZA 5P2FA 1U8GA 5P82A 5BRYA 5OZPA 1M4HA 1K6CA 5P1SA 3K1WA 3OADA 5P1YA 5P7SA 4QJ9A 5HE4A 4APRE 3K5CA 3DJKA 1YT9A 1D4SA 1K1TA 5P16A 4DJOA 2QD6A 4Z4XA 3QRSA 2B60A 3MWSA 2IGXA 1MERA 4CPWA 3UDJA 3GGUA 3OHFA 1E5OE 3OUBA 1FFFC 3L5DA 4CKUA 4DJUA 3UDPA 1G35A 2Q64A 4CMSA 3BC4A 1HTGA 5P0PA 4FRKA 3OOZA 5OZUA 2F3FA 5P1BA 5P8IA 5P1IA 5P1TA 5DQ5A 5P0HA 4J1HA 1BBSA 3CYWA 2VNNA 2PYMA 2FNSA 1TSUA 4Y45A 7UPJA 4DJYA 5P51A 1HOSA 4Y4JA 5OZSA 3PLLA 1EBYA 3S43A 5OZLA 4AZYA 1D4IA 4PYVA 1FQ5A 4B72A 5F00A 3LIVA 5P4MA 4OD9B 4KE1A 3IGBA 3KYRA 5P12A 1XN2A 5P02A 5P8EA 3UDHA 3OQFA 1LEEA 4H3JA 2WECA 1Q9PA 2WF1A 4IVTA 5ENMA 1ODXA 3PWRA 3QP0A 2Q63A 2ZJLA 4ZLSA 1F7AA 5P1JA 4L1AB 4Y3QA 3CKPA 1W5XA 3PWWA 1AAQA 3VLAA 5P6GA 1OEXA 5P33A 3ER3E 5P2WA 2CENA 3I2LA 1LF4A 1KJGA 4I0FA 3IVHA 4JPEA 3VCMA 1C6ZA 1QRPE 2NXMA 3JW2A 3BVAA 4M8XA 5P28A 5IVQA 2RKFA 2EWYA 2ER9E 2NXLA 3WB5A 3LPJA 4Y43A 5HDUA 5IS4A 1PPLE 1NPWA 2PSVA 5DR4A 1YTHA 3APPA 5HCTA 4I10A 5OZ9A 1T3RA 4DJVA 4Y3NA 5COPA 1FF0C 5P2HA 4I0HA 2PSUA 4DQGA 3PI0A 3L5FA 5P0EA 2AVQA 2P3CA 5P18A 4B70A 2H6SA 5P6UA 3VV8A 2HPEA 3GGVA 5OZ0A 3KMXA 1DP5A 2XFIA 5P4BA 4DQCA 4I0IA 5P5NA 4ER2E 3EKPA 2F3EA 4ZSQA 4DJQA 3R2FA 4F76A 5E5KA 4J0ZA 2NNKA 2ZGAA 1EPRE 5P7VA 1APWE 3RTMA 3VFAA 2HB3A 1LYWB 5AHBA 2F81A 2R5PA 5P6TA 1G6LA 4D88A 1HWRA 5DQCA 5P3DA 2F8GA 5I3YA 1DMPA 1FEJC 2ER0E 3QVCA 4DVFA 4JP9A 2AZCA 4I8ZA 1A94A 3EL9A 5P09A 3ZKGA 1CZIE 5P4SA 4Y3ZA 3G70A 4AMTA 4Y47A 1A8GA 4RVXA 5P5PA 4Q5MA 3S7LA 5OYXA 4DJPA 3PBZA 2B8LA 5P66A 5P5MA 3QVIA 5P1KA 3TOFA 1A8KA 5P06A 5C9BA 3QPJA 5P5JA 1QBTA 4KUPA 5P0RA 5P6FA 5OZXA 5P69A 5OZ2A 5P5QA 3QN8A 2BQVA 5P5VA 5P1AA 5P2AA 5P5EA 5P75A 5P0YA 5P5XA 5P0XA 4RVJA 5OZIA 5OZQA 2NXDA 2VA5A 4RRNA 2ZJKA 5P1PA 4PPHA 3SA7A 5P7GA 1AIDA 3QIHA 3SPKA 1HVLA 2I4VA 5DGUA 5P84A 1BVEA 5P46A 3HBOA 1VIJA 2RSPA 4DI2A 4LC7A 4Y58A 2G1YA 5P3VA 3L58A 5P54A 1ZTZA 1HIIA 2J9JA 5OZ1A 2RENA 1T6EX 1SBGA 3UQRA 4TVHA 1LYBB 5PEPA 4ZPEA 3TPPA 1AM5A 3EMYA 4OBDA 4Y3JA 3ST5A 5OZFA 1HRNA 4GJBA 1UPJA 4I0ZA 5P1EA 2BPZA 3OXVA 1FG8C 5P7XA 4RZ1A 5P0JA 2ZJHA 2J9KA 1EPPE 5P2RA 1HVCA 2Q11A 5CONA 5P8HA 4YCKA 3DUYA 1HSIA 3LPIA 3UFLA 3RTNA 4J1CA 1B5FB 3EKTA 2R8NA 5P7UA 4RYCA 3GI5A 2AOJA 4B1DA 1LS5A 2F3KA 5P4XA 4YOBA 1LZQA 4OBFA 3PBDA 5P5HA 1QDMA 4GJ5A 5HU1A 3CIDA 1MRWA 5P59A 1XE5A 2O4PA 5P1QA 1B6JA 5P41A 5P5AA 2APRA 5P4IA 3UPJA 5KR0A 5P7YA 4FIVA 5P10A 3GI6A 5P5SA 2QD8A 4R91A 4Y5AA 4GZFA 4Y3AA 5IE1A 3PI5A 3TLHA 2UXZA 4EP2A 1FQ8A 5HU0A 4U8WA 1EC3A 1BDRA 5P44A 4Y5PA 5P4LA 3VSXA 3OU4B 5P24A 5DR3A 3SM2A 4Y4TA 5P0TA 4EQJA 2P3AA 2FS4A 1IZDA 1IIQA 5HDXA 4FL8A 4I0JA 3KT5A 2PWRA 3FNTA 3VV6A 1EAGA 2G24A 2O4SA 4Y5MA 5P47A 1W6HA 3O9DA 1TCXA 4CPQA 4ACXA 2IEOA 4Y37A 4B00A 2XFJA 5ISKA 5AH9A 1YM4A 3UQUA 2NNPA 1LYAB 4I0EA 5P6EA 2OF0A 4EJDA 3Q3TA 5JODA 3KFSA 4YOAA 4A6BA 2O4KA 4L7HA 2O4LA 4FM6A 1C70A 3OTYA 3NU6A 3T7XA 5P2JA 1F34A 4TRWA 3BVBA 3UDNA 5P87A 3U6AA 2B42A 3BHEA 3UHLA 4RCEA 3IXJA 3WZ6A 4Y3MA 4Y5KA 4DH6A 5P17A 1E81E 1FB7A 2FGUA 5OZWA 3D1YA 1BXOA 5P5KA 2G26A 3HLOA 3PGIA 2ZJMA 3ZMGA 4EPJA 4YBFA 5P8CA 5P2VA 2VJ7A 4Y4ZA 1YX9A 5P48A 1Z1HA 1B6MA 4BELA 2BJUA 5DQ2A 2SAMA 1HPXA 4HDFA 2WF3A 3OADB 2G21A 3LZUA 1G2KA 3BGBA 5KQZA 1TZSA 4PHVA 2ZJIA 5P25A 2PH6A 4LBTA 4Y53A 4MC2A 5P2YA 2AVVA 5P1UA 1ZPAA 2Q15A 4R5NA 4RLDA 4Q1XA 1E80E 1ZP8A 3L3AA 3PRSA 5P14A 4DJWA 4WY6A 3DOXA 5P6QA 1EPOE 1GVWA 1EC0A 3QS1A 3R4BA 5COOA 1APUE 4FS4A 4YD5A 5P19A 3MSJA 1ZSRA 3LIZA 2I0DA 2AOIA 2G1NA 4EP3A 4NPUA 1EBZA 3DM6A 5P0KA 5P7TA 3D1ZA 2QNPA 2AVSA 2BPYA 4FM8A 4ER1E 5P4VA 5OZCA 1T7IA 1XE6A 5P00A 2VS2A 5COKA 3HW1A 5P56A 1T7JA 2I4QA 3S43B 3PMUA 5P8RA 1EC1A 3FSMA 4Y39A 3O99A 3OU1A 3RTHA 4FRIA 5P2NA 3QRMA 3KMYA 2G1SA 5P20A 2HB4A 4FRJA 5P55A 5P61A 2I4XA 1CMSA 2UY0A 4FCOA 5DQ4A 2CEJA 5P2KA 2FGVA 1HVSA 2OAHA 2QZWA 3T7PA 3OXCA 4MC6A 3K5FA 4GYEA 3IN4A 5P7BA 4LP9A 1PROA 5I3XA 5HE5A 4M8YA 3URLA 5P49A 1AXAA 1TSQA 3KT2A 5P3KA 4YCYA 5P77A 3ZLQA 1T6GA 2AOGA 4CPXA 2OHNA 1MVPA 3SA5A 1IVQA 3INFA 3NU9A 3EC0A 4Q1NA 1DIFA 4AUCA 3GW5A 1XN3A 1BVGA 1HVHA 1MTBA 2O4NA 5P8DA 1NH0A 3I8WA 2QK5A 4HVPA 5P04A 4Y4DA 3QBFA 1EBKC 3G72A 4D85A 5P8AA 2XYEA 2ZHVA 2HS1A 3MXDA 1PSAA 3HAUA 3O9BA 2Z54A 3H0BA 4A4QA 4EHCA 1T7KA 5P1MA 4WY1A 4RVIA 3EXOA 4HZTA 5P52A 4Y5EA 5P7FA 3RSXA 2WF0A 4R8YA 5P7OA 5P7WA 3OWNA 5P1XA 1EEDP 3NU4A 1HPSA 3M9FA 1WBMA 3OY4A 2R5QA 5P8GA 4DQEA 4OBZB 2QZLA 4EJLA 5B18A 3UCBA 1BDLA 4QJ7A 1UH7A 3PCWA 4XX4A 3AUPA 4Z2ZA 1KJHA 4ZE6A 5OZDA 1G0VA 2OHRA 3SA3A 5I3WA 3KM4A 5P3IA 2V12C 1RPIA 3INDA 3HAWA 4GJCA 1IBQA 4Y38A 1HTFA 5KAOA 3NDUA 2WF2A 3D1XA 5P1GA 5P71A 4QJ6A 5P3QA 3PM4A 5P1ZA 3OUDB 4J1IA 1KZKA 1PPKE 8HVPA 2XYFA 4Z22A 5P43A 3FX5A 2V13A 1MEUA 5OYYA 1SP5A 3K5DA 2FLEA 5P4DA 5P2UA 2AVMA 5P7EA 5OZTA 5KQFA 3IA9A 3KDCA 4Y5LA 5P5OA 2PC0A 1FQ4A 5ER1E 2G27A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K1U A;  2R3T A;  4FSE A;  1B11 A;  4Y4B A;  3OUD A;  3GI4 A;  1RNE A;  3Q5H A;  1E82 E;  5P4Z A;  3VYD A;  5P4E A;  1RL8 A;  3OQD A;  2OHK A;  3S8I A;  3TPJ A;  4Y3E A;  4Y3R A;  2Q5K A;  2IRZ A;  1UH9 A;  5P4R A;  3T7Q A;  4TRY A;  3TH9 A;  4B1C A;  4Y5B A;  2OHL A;  2JYS A;  1TQF A;  5P7I A;  4J0Y A;  2RMP A;  5P7P A;  5P50 A;  2IGY A;  2OHM A;  2WF4 A;  5P6P A;  2PQZ A;  1BWA A;  3OAG B;  1WKR A;  4J17 A;  1FMX A;  3ZPS A;  5DR7 A;  1KJ7 A;  5KOS A;  5P6A A;  3LIQ A;  1SIP A;  1TW7 A;  2JXR A;  1EC2 A;  2G20 A;  2OHP A;  4Y56 A;  5DGW A;  2QNN A;  5P80 A;  4DJX A;  5P2O A;  3ZKQ A;  1LYW A;  5OZG A;  3TPL A;  5P83 A;  5OZN A;  2G1R A;  1MRX A;  1IZI A;  4Y44 A;  1MET A;  5P22 A;  3D20 A;  5P7R A;  3GGA A;  4Y9W A;  5OZM A;  1VIK A;  2WHH A;  5P7L A;  3TOH A;  4YD4 A;  2VJ6 A;  4EXH A;  3PVK A;  4X2L A;  2FDP A;  2PYN A;  1BAI A;  3OTS A;  3VF3 A;  3UQW A;  4B0Q A;  4NJV A;  5P1N A;  5EZZ A;  3OGP A;  5P6B A;  3S7M A;  2AOE A;  5OYQ A;  5P3E A;  1HEF E;  3ZKI A;  4U7V A;  1IDA A;  3MSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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