5P3LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 174
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3lA01
5OYRA 3R4BA 1HIHA 4Y5BA 1HVJA 5SXNA 2ANLA 3T7XA 2HB4A 1DAZC 1C6YA 4Y3LA 3VF3A 3L59A 5P3XA 5HTZA 5P3TA 4CKUA 1AVFA 4LHHA 5P0UA 1SIPA 3LPIA 1ODWA 1QBSA 5E5JA 5P81A 3KF0A 1IDBA 3OUDA 5P7IA 2JJIA 3VF7A 5OZYA 3NU9A 4YD5A 3DM6A 3B80A 1RV7A 3NUJA 4H3FA 2WHHA 1HEFE 3PI0A 3SO9A 3LINA 5P86A 2VS2A 5P2TA 2AZCA 3I7EA 1IZHA 1YM4A 5P7EA 5P35A 3TOFA 1JLDA 4FM8A 5DR7A 4J0VA 1W6IA 3O9DA 5P3ZA 4EHCA 5P2GA 4YCTA 1ZAPA 1MTRA 5KAOA 3SABA 5P67A 2R8NA 2Z54A 5P8DA 1XL2A 2BB9A 1FMUA 4J54A 3S43A 4ER1E 1B6KA 3TOGA 2FMBA 5DR4A 1AAQA 5P2DA 4DQCA 3T7PA 3FIVA 3TH9A 4ZSPA 5IVQA 3JVYA 4D88A 4YBIA 3URJA 1Z1RA 5P5UA 4HDFA 3WB5A 4BFDA 4JPEA 2VJ7A 2XFIA 3KFRA 3OTSA 1D4LA 3VLBA 3QBFA 5OYTA 4EJKA 2QD7A 5HVPA 3ER3E 2BPYA 3EL0A 5P0RA 5P1VA 5P51A 2JYSA 1W5VA 4FGXA 5P54A 3INHA 5COKA 3BXSA 5P3PA 3OY4A 3GI0A 1F34A 4Y35A 5P7ZA 5P7AA 2B60A 4F75A 4HEGA 1A30A 3UDNA 5P30A 3SM1A 4LAPA 4OD9B 1B6JA 2ZDZA 3M9FA 5P0QA 3QBHA 4OBHA 1GVTA 5P3WA 1FMXA 2QCIA 2BJUA 4U8WA 4GJ9A 3N4LA 1D4YA 5P78A 2G22A 2VIYA 4GJCA 4Y5PA 1EC1A 2VIJA 5P6TA 5P3GA 4S1GA 4YOBA 5P61A 5DR3A 2QMDA 1HTRB 5P04A 6FIVA 4Y3XA 5KR1A 5HU0A 2NPHA 4DI2A 1LV1A 4Y3DA 1MT7A 2P3DA 3VYDA 1NSOA 4NKKA 4J0TA 2QHZA 1BXQA 5P17A 3SFCA 2V12C 1XDHA 1BILA 4TRYA 3KMYA 4LBTA 3OQFA 4Y4GA 2R38A 8HVPA 2O4NA 4ZSQA 3KFPA 3SPKA 2AQUA 5P8VA 1SGUA 2NTRA 4GB2A 5COPA 3Q70A 4EPJA 3Q4BA 2ER7E 3BRAA 1MT9A 5AHAA 3FKTA 3UFNA 4RYGA 3CKPA 2Q63A 3SA9A 5P8MA 5HE4A 3KMXA 4KE0A 3U7SA 4JP9A 5P87A 4FL8A 5P64A 1UPJA 3EL9A 5P1BA 4H3IA 1Q9PA 3KDBA 3QPJA 2HB2A 5P1MA 2F3KA 2P3CA 3OADA 5P7MA 2F3FA 4APEA 4K4RA 5IS4A 1WBMA 1SMEA 3ZKQA 2JXRA 1GNOA 1EC3A 1W5XA 5OZEA 3EKQA 2HS2A 3OXVA 5P62A 5DQ1A 5P2MA 5P03A 2HPEA 2HIZA 3QVCA 2Q11A 5P1UA 3PJ6A 1CPIA 2A1EA 4Y3PA 3G70A 5P1FA 5I3VA 5P53A 4B1CA 1MTBA 5OZMA 4B0QA 2PSVA 5KR2A 3OUDB 1FEJC 2NXLA 4R92A 2R43A 3O9AA 1IBQA 4Y3AA 1VIKA 4J0YA 4Y5EA 2XYEA 1LEEA 1HSHA 1PPKE 4Y5LA 1ZBGA 1FF0C 1SGZA 1MVPA 5P02A 4Z50A 1KJ7A 4OBZA 3PHVA 3NLSA 1IDAA 3BVAA 5P4QA 4YD7A 4ZIPA 3UHLA 3OXXA 1D4IA 1HXWA 3VV6A 4FAFA 2QI4A 4A6CA 3APRE 2EWYA 2G94A 4EQJA 5P5QA 3H5BA 4YD6A 1HWRA 3S43B 4LXAA 3URIA 5P0MA 2WECA 2P8HA 3HAUA 1OD1A 2ZHUA 3NXNA 2CEJA 5P49A 1HIVA 4DQGA 5P73A 4RROA 4MC2A 3NDTA 4DFGA 3URLA 4FSLA 2WF0A 4QLHA 1ZSFA 3EM6A 1UH8A 1XS7D 2BKSA 1APUE 3SA4A 4Y50A 2QK5A 3ST5A 5P7LA 2HC0A 5OZKA 1Z8CA 3PMUA 1HTGA 5P6ZA 5KR0A 5P6MA 3ZKMA 2VNMA 2QI6A 4R93A 5P58A 4YHQA 1AIDA 2F8GA 1YX9A 4PPHA 1ZSRA 5P2VA 1T6GA 4GJDA 4Y5GA 4FRSA 2PWCA 4J55A 2IRZA 4DJOA 2OHLA 2QMFA 5P4ZA 2Q5KA 5P7HA 3KT2A 2IGXA 5P39A 5P2XA 1G35A 3D1XA 4Y3JA 5I70A 5P4NA 1YT9A 5ISJA 2QP8A 2QMPA 4LP9A 5P7SA 5OZ2A 3NDXA 3OAGA 3VUCA 3KDDA 1FQ4A 1SDUA 4OBFA 3S56A 5P29A 5P75A 4JPCA 1K6CA 5OZTA 3D1ZA 2IL2A 5P3CA 2WF1A 3QS1A 5P7FA 5P6JA 4Y47A 3PLLA 3PM4A 1T7JA 1EPRE 5P6IA 5P16A 4ACUA 3VYFA 5OYUA 2Z4OA 5DQ5A 2V0ZC 1RQ9A 3IXOA 1QBRA 4Y54A 1D4JA 5UPJA 4Y37A 2I0AA 5ER1E 4Y5NA 2AOJA 4KE1A 5P8SA 3KDCA 5P5CA 5P0KA 5KQYA 3VV7A 1TW7A 5P8BA 5P5JA 1B6PA 2WEBA 1AJXA 3D1YA 4YD3A 4XX4A 1TZSA 3OADB 2QHYA 4R91A 4FAEA 3CYXA 4Y3TA 5OZJA 2B7FA 2SAMA 1QBTA 3VFAA 3Q6YA 2XYFA 4AA8A 1MSNA 1GNMA 4J17A 3HAWA 3K1WA 3MXDA 4FRIA 5AHCA 5P3SA 5P1SA 3FNUA 4B05A 5P0ZA 5P37A 5KQXA 5P4PA 5P5FA 2G69A 1SDVA 1A94A 2MIPA 4RCDA 2IQGA 5OZHA 3EC0A 5P15A 5P08A 3MSLA 1EPME 1PSOE 2ZJIA 5P5GA 3OGQA 1HSGA 3EKTA 5P8HA 3S2OA 1HIIA 3LIYA 4GYEA 4CPRA 1BVEA 1EBZA 5OZ3A 3HVPA 4Z2ZA 2G1SA 2F80A 2PSUA 1TCXA 1ZP8A 3JW2A 4Q1YA 1KJGA 5DGUA 3NXEA 4N00A 5P28A 4BFBA 5P5OA 1HXBA 4OBZB 3T3CA 3NYGA 4OBDA 1DW6C 2FDEA 3GI4A 5P1ZA 3U6AA 4MC6A 4Q1WA 3QI1A 3UQRA 3NU5A 2PQZA 2R3WA 5P63A 5P6FA 5P0NA 3O9IA 3QVIA 4GJBA 5AGZA 4DJWA 2CENA 4MC9A 2PWRA 5P1RA 5P1AA 4FE6A 5KOQA 3DJKA 3VEUA 1OEXA 3LHGA 1NPWA 2B42A 4EJLA 5P25A 3ZKNA 4B00A 2JJJA 4Y51A 2QZKA 4RCEA 2I4VA 5OZGA 2ZJKA 3K5GA 3OU3A 1BV9A 4TVHA 2ZE1A 4Q5MA 3PBDA 3GI5A 3LZVA 5P8KA 4D89A 5P4KA 3EL1A 3VF5A 1META 5P8UA 2AVMA 1TSQA 5P3YA 4B72A 3I6OA 1TQFA 3RSVA 3O9FA 4L7JA 1MUIA 1FQ8A 4FSEA 4FM6A 5P72A 2QAKA 1EPQE 3LIVA 5P5BA 3QRSA 4Y3RA 2P3BA 2OHTA 3DOXA 5P56A 5OZAA 5HDXA 1HBVA 5KR8A 3BGCA 2WJOA 3FNTA 3HD8A 5P5RA 5OYXA 1F7AA 4K9HA 4Q1NA 3OAGB 3ZKIA 5HDZA 5P27A 4I0EA 5P76A 5OZ6A 3NWXA 5P83A 4CPUA 5JFUA 3SM2A 5P4UA 3DK1A 4K4QA 1HVKA 4A6BA 1LYBB 5DQ4A 1YM2A 3T6IA 4J0ZA 1MPPA 3L38A 5JFPA 3TPLA 4FIVA 3IVIA 2J9JA 2OF0A 5HD0A 5P5LA 1YG9A 5P1PA 5P5ZA 4I0JA 2NNPA 3EM4A 3UDRA 5OZBA 2PK6A 5IVTA 3ZKSA 3NDUA 1FIVA 3OHFA 5P71A 4ZE6A 2JE4A 5KQZA 5P1QA 5P19A 2R5QA 4MC1A 5P7XA 1PSNA 4QGIA 4Z4XA 3EL4A 5P2ZA 5P1OA 5F00A 4L1AA 4Y36A 2QZLA 3GI6A 1D4SA 1HTFA 1UH9A 5AH8A 4HDPA 2ZJNA 5OYYA 1FKNA 2HM1A 3GGAA 1ODXA 4Y4UA 2P3AA 3O9BA 3PCZA 2O4PA 1SBGA 5P0XA 5P6AA 5P2KA 1E5OE 1KZKA 4J1EA 2ZGAA 2AOGA 5P8JA 2F3EA 3H0BA 3OU4A 5P2NA 1DP5A 2NXDA 3S8IA 2QI7A 3UTLA 3HVGA 3PI5A 4D83A 1W50A 3RTHA 4OBJA 5P3DA 5P6VA 4PZWA 1A8GA 3PMYA 4E43A 3OXWA 4RVIA 3PWWA 3O9LA 4CP7A 3PCWA 1LF3A 2OAHA 3MXEA 5CLMA 5OZLA 2AVSA 4Y58A 4Y5KA 2HB3A 3OU1A 4GJ7A 4QJAA 3KN0A 2IKUA 3SKGA 2VA5A 1GVXA 3OQAA 5P4CA 5P00A 3ZPTA 5P6WA 3ZL7A 1T7IA 1EAGA 3DCRA 1HVSA 3PRSA 5P80A 3EKPA 3R2FA 1MSMA 4L6BA 5P66A 4EXHA 5P26A 5P47A 3NU4A 2FXDA 2FNTA 3PSUA 3OOZA 4DJXA 2AOHA 4XX3A 4ER2E 3DUYA 4Y4DA 2PK5A 5OZ8A 5OZXA 2OHRA 4OBKA 1LYAA 3PSGA 1E80E 1K6TA 5P0CA 1AZ5A 4Y6MA 2FDPA 5P4JA 4JOOA 2G21A 3RU1A 3UDYA 4R95A 4DV9A 1WBKA 3TTPA 1APVE 4EP3A 4Y3NA 5P05A 5P1YA 4LL3A 5P38A 9HVPA 1KJ4A 2OHNA 4NJVA 4XXSA 2ASIA 5P8OA 4Y3HA 4H3GA 2UY0A 3A2OA 5P6QA 3PEPA 1IZIA 5OYVA 3ZPUA 3GGXA 1HSIA 4K8SA 1QS8A 2R9BA 5P7GA 4ER4E 2B8VA 3OK9A 4KB9A 4QJ6A 5OZPA 2HPFA 5OYWA 4GZFA 3VG1A 5P6LA 2FGVA 3G72A 1HPVA 1HEGE 4RVJA 4J1HA 4DQHA 4YDGA 1IVQA 1UH7A 5OZSA 3ECGA 5OZDA 5P4DA 1FQ6A 3CYWA 1HVCA 2ZHRA 4WY6A 1GVVA 4J1IA 4QJ2A 5P6UA 1GKTA 5C9FA 3PSYA 4EXGA 5P8PA 5P8LA 4B77A 4FLGA 2P3BB 5ER2E 2BPZA 5P4MA 5P5VA 3OXCA 5P3KA 4TVGA 3MSKA 3UQWA 3INEA 3BVBA 4LXKA 1HRNA 5P0SA 2QHCA 3FX5A 5OZZA 4HDBA 5P3IA 3K5CA 5HDVA 5I3WA 5P2BA 3O9GA 3NU6A 4B1EA 4U7QA 5BS4A 3EKVA 4Y3ZA 1Z1HA 2QZWA 3CIDA 5P5YA 1MERA 2IDWA 2V13A 2QD8A 3R0WA 4H3JA 4JECA 5P8IA 3NUOA 2J9JB 4Y5MA 2VA7A 1MIQA 1YTJA 1T6EX 3K4VC 4GIDA 5OZFA 4UPJA 4WTUA 4TRWA 4EJDA 5P74A 4U7VA 5B18A 3GGVA 5P6GA 5P3MA 2QD6A 5C9DA 4ZPFA 4I0DA 1FG8C 1KJFA 2I1AA 4I8ZA 1T3RA 5P10A 4ZSRA 5P20A 5P3UA 1DMPA 3BUHA 4L1AB 1MT8A 4OC6A 5P4GA 3EM3A 1APTE 4R5NA 5P2UA 7HVPA 1BDLA 4PYVA 2PH8A 3EL5A 2WEZA 2NXMA 3SA6A 4CPSA 3KM4A 1ZTZA 3QRMA 4DVFA 4IVSA 1CMSA 5P79A 5P2IA 3OU4B 3EKXA 4GMIA 3OGPA 1HOSA 3ZLQA 4QJ9A 3LZYA 5P4YA 5I3YA 1ER8E 4YCKA 3QAAA 3D20A 5HU1A 3SA8A 4Y3SA 1HPXA 3O9LB 5P0PA 3O9HA 3MWSA 4XKXA 5P5SA 3K5DA 3UQUA 1W5YA 3FSMA 1M43A 2BBBA 4DJVA 4J5JA 1C6ZA 3LPKA 3OU1B 3ZPSA 4ZLSA 1ME6A 4GJ8A 2BPWA 2I4WA 3VYEA 2AOCA 1EBKC 2NMZA 4LC7A 5P3QA 5T4SA 4Y5CA 1MRXA 5P18A 5P88A 1EC2A 3UFLA 5P0GA 4NPUA 4Y4WA 1G0VA 1VIJA 5P8FA 7UPJA 4FRKA 2I4QA 4Y45A 3HBOA 3UQXA 2PH6A 5P1TA 5P82A 4EJ8A 5P2LA 4L7GA 5OZ9A 1D4HA 3D91A 3OUBA 2I4UA 4DJPA 4I0ZA 1LYAB 1NPVA 4Y56A 5P8QA 1BIMA 4K4PA 6APRE 3IN3A 3LZUA 3EMYA 5P0FA 4AUCA 1IZDA 1FQ7A 2FXEA 5OZ0A 1PROA 3CICA 4HLAA 3R1GB 4Y48A 4DPFA 5AH7A 5P2OA 2OHUA 5P0TA 5P3HA 2QNQA 2R5PA 3L5DA 5P4OA 5P7UA 1LS5A 3VSWA 3L3AA 2AZ9A 3L5BA 2PYNA 4WY1A 5P68A 4KUPA 2FGUA 2G1NA 3LNKA 3UDPA 4OD9A 5P0DA 4Y9WA 5P5PA 4COEA 1W51A 2NMYA 2ZHTA 3ER5E 3NR6A 5P1LA 3IXJA 2IKOA 5P6BA 4EP2A 4L7HA 5P3NA 1EC0A 3OHHA 5P2HA 3UDQA 3LPJA 5P65A 3PVKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYR A;  3R4B A;  1HIH A;  4Y5B A;  1HVJ A;  5SXN A;  2ANL A;  3T7X A;  2HB4 A;  1DAZ C;  1C6Y A;  4Y3L A;  3VF3 A;  3L59 A;  5P3X A;  5HTZ A;  5P3T A;  4CKU A;  1AVF A;  4LHH A;  5P0U A;  1SIP A;  3LPI A;  1ODW A;  1QBS A;  5E5J A;  5P81 A;  3KF0 A;  1IDB A;  3OUD A;  5P7I A;  2JJI A;  3VF7 A;  5OZY A;  3NU9 A;  4YD5 A;  3DM6 A;  3B80 A;  1RV7 A;  3NUJ A;  4H3F A;  2WHH A;  1HEF E;  3PI0 A;  3SO9 A;  3LIN A;  5P86 A;  2VS2 A;  5P2T A;  2AZC A;  3I7E A;  1IZH A;  1YM4 A;  5P7E A;  5P35 A;  3TOF A;  1JLD A;  4FM8 A;  5DR7 A;  4J0V A;  1W6I A;  3O9D A;  5P3Z A;  4EHC A;  5P2G A;  4YCT A;  1ZAP A;  1MTR A;  5KAO A;  3SAB A;  5P67 A;  2R8N A;  2Z54 A;  5P8D A;  1XL2 A;  2BB9 A;  1FMU A;  4J54 A;  3S43 A;  4ER1 E;  1B6K A;  3TOG A;  2FMB A;  5DR4 A;  1AAQ A;  5P2D A;  4DQC A;  3T7P A;  3FIV A;  3TH9 A;  4ZSP A;  5IVQ A;  3JVY A;  4D88 A;  4YBI A;  3URJ A;  1Z1R A;  5P5U A;  4HDF A;  3WB5 A;  4BFD A;  4JPE A;  2VJ7 A;  2XFI A;  3KFR A;  3OTS A;  1D4L A;  3VLB A;  3QBF A;  5OYT A;  4EJK A;  2QD7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HS1 A;  3OQ7 A;  4OBG A;  3UPJ A;  5HCT A;  1LYB A;  1T7K A;  3KT5 A;  1FFF C;  5CON A;  3QRO A;  3RTN A;  4J0P A;  4RVX A;  5P4I A;  5APR E;  3UDM A;  1BV7 A;  5P69 A;  5P52 A;  5P2F A;  1EPL E;  1MES A;  3HLO A;  4R8Y A;  3RSX A;  3BUF A;  3U71 A;  2VNN A;  5P23 A;  4QJ8 A;  3KYR A;  2REN A;  5P2C A;  5P7Y A;  2F81 A;  5P7K A;  1GVU A;  3UQP A;  4A4Q A;  4D8C A;  5P7O A;  3OOT A;  5P1X A;  4B70 A;  5OZN A;  1FG6 C;  1QDM A;  5P8R A;  3HW1 A;  3JVW A;  2QI0 A;  4I0G A;  5P1C A;  1B11 A;  3OWN A;  2VA6 A;  5P7C A;  1A9M A;  2ZJM A;  1FLH A;  1DPJ A;  5E5K A;  5HDU A;  1K2B A;  2OHP A;  1YTG A;  5OYQ A;  1CZI E;  1ZLF A;  4CPT A;  5P8C A;  4CPQ A;  5SZ9 A;  3KFN A;  3B7V A;  5OZ1 A;  3MSJ A;  4ZPE A;  1HVI A;  3S53 A;  4NJT A;  5P2E A;  1FQ5 A;  4Y3G A;  3KA2 A;  3O99 A;  5P1I A;  5P59 A;  3F9Q A;  1FQX A;  2ZJL A;  5P01 A;  1IVP A;  4CMS A;  3OUA A;  3HDK A;  5DQC A;  4PEP A;  5AHB A;  2NNK A;  5P6K A;  1BDQ A;  5AH9 A;  1ENT E;  3ZMG A;  5P5N A;  4X2L A;  3L58 A;  3SA3 A;  4Y3M A;  3LIT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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