5P3QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 179
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3qA01
5OZ1A 5P59A 3UFNA 5P11A 4FE6A 1QBTA 3IVIA 3LNKA 5P3CA 2Q55A 5P0CA 3EM6A 4TRWA 5P4CA 3L5CA 4RLDA 1AXAA 2V16C 1AM5A 3WSJA 4DJVA 3OQKA 1IIQA 3ZLQA 4I12A 3UDQA 3LIVA 5P1BA 3R4BA 5PEPA 5P60A 1FG8C 3GGVA 4X2LA 2PWRA 5P1FA 1RQ9A 3OU1A 3NDXA 4Y36A 1ENTE 3TTPA 3S7MA 1EPRE 5I3XA 4YD6A 4JPCA 5P8IA 2EWYA 1FFIC 1HSHA 1FF0C 5P37A 3RSXA 2QNPA 4Y41A 1EC1A 2QI7A 3KF0A 4J1CA 4HA5A 4CP7A 1HPSA 5TOLA 5IVSA 5P1UA 5P2YA 5E5KA 1ZP8A 1BXQA 4FM8A 2JXRA 3LIYA 4K4QA 2RKGA 4NPUA 1Q9PA 5P5TA 3ZPTA 3HDKA 1HEFE 3D91A 1FQ7A 3NU4A 4YOBA 5OZOA 4Y51A 2A1EA 3DJKA 5P5UA 4FL8A 5OZBA 1F7AA 1HOSA 4Y5BA 2BPYA 3S43A 3VLBA 5P0HA 4HDFA 1WBMA 4HE9A 4BEKA 5P6SA 3LZUA 2QI3A 3SA3A 2QMGA 1IZDA 1BAIA 2IGYA 3LZSA 3QP0A 5P1YA 3K4VC 5DR4A 2AOJA 2ANLA 1MRXA 2FDEA 5P1HA 1MERA 2IQGA 1IZEA 3NU5A 5P01A 3EC0A 3UPJA 2G20A 5P5QA 1C6ZA 4GJCA 3NUOA 4LC7A 5P0SA 3DV5A 1N49A 5P2VA 5P7OA 3MXEA 3RVIA 1PPME 3OK9A 4DJPA 1CZIE 5P2XA 2AOGA 5HCTA 4M8YA 4EP2A 2IGXA 2G69A 3BUHA 1B5FA 3I6OA 4R95A 4Y38A 5P4BA 4Y4AA 5P02A 2WF2A 4GMIA 2QU3A 5SZ9A 2VS2A 3KFRA 2IENA 5P8OA 1MSMA 2B8LA 1XE5A 5P0RA 4I1CA 4Y47A 3SA7A 2FLEA 3UDRA 5P2QA 1B6MA 3OTYA 2UY0A 4DJQA 1MPPA 4YCYA 3EKXA 1UPJA 2HC0A 4H3JA 2BB9A 3EL1A 3RU1A 4Y4TA 4GJ9A 3BC4A 2FS4A 5P12A 1FMUA 1HVJA 1G35A 3DOXA 5P08A 4FSEA 4Y3PA 2H6TA 4E43A 4DQFA 5P5ZA 5P5NA 3EL4A 5P4GA 2I0DA 5T4SA 2ASIA 5I3YA 5P88A 3G70A 5J25A 3PEPA 1HTEA 4DV9A 5P07A 3PSYA 3OGQA 2QU2A 5AH9A 5P7HA 1K6CA 5AH6A 3SKGA 2G94A 1HTGA 4YD7A 4Z50A 3OAGB 3ZOVA 4Y58A 3HBOA 5P29A 1FKNA 5P5DA 4DJUA 5P16A 2ZJNA 3VV6A 3OUAA 1HSGA 1HVIA 5P05A 3WZ8A 3BVBA 3TL9A 5P63A 3K1WA 4K4PA 1UH7A 2P3CA 5P3OA 5P44A 4Y3GA 2HS2A 2BPZA 4GIDA 2VJ9A 3PI5A 4GJ5A 3C9XA 5P09A 5P6ZA 5P7RA 3D1YA 4RVJA 2ZHRA 2VIZA 4DJRA 1AJVA 2CENA 1GVUA 1EC0A 2OHTA 3KFPA 4L7HA 2ZJMA 4DPIA 9HVPA 2ZHTA 3R0YA 5P7CA 5P3XA 1DAZC 6UPJA 5BS4A 1AAQA 1A8KA 3QI1A 1IVQA 4Y50A 3QS1A 5P1AA 3FV3A 4B72A 3T11A 5OYTA 2XFIA 2G1OA 1HSIA 3CKTA 5OZYA 5DPZA 4R5NA 4EJDA 5DR0A 5P0BA 4YE3A 2G24A 3IGBA 2A4FA 4OBZB 1HVLA 5P2BA 5P56A 2NXLA 4EXHA 2G1NA 5KOSA 4Y4EA 1D4HA 5OZJA 3ZKNA 3PRSA 5P55A 5P8PA 3PGIA 1M43A 3PVKA 5KR0A 4JP9A 3L5FA 3QVIA 3S53A 5OYUA 1FQXA 3HW1A 1QBRA 5CONA 2JJIA 1OHRA 2ER7E 5P6HA 5JFPA 3KT5A 5P2IA 5P1JA 1B6JA 1MVPA 3TPJA 5P39A 3S8IA 5P4NA 2V0ZC 3VSXA 5P1GA 1ZSFA 2I1AA 5OZNA 2V00A 2G1RA 3EKQA 5P2ZA 4Z22A 5HTZA 4KUPA 4ER2E 3R2FA 5P8AA 3FKTA 4LXAA 3ZMGA 4EQ0A 3OU4B 4EXGA 3OAGA 4Y3JA 2J9JA 2PQZA 5P7QA 3BGBA 1HHPA 5P8QA 2ZGAA 4J55A 4XX4A 5OYVA 1QDMA 3ZKQA 5CLMA 2V11C 3ZL7A 3INFA 5P3HA 1XL5A 2FGVA 2QHZA 5P8EA 5P76A 3RTMA 1QRPE 4APRE 4M8XA 5ISJA 5ENMA 4HLAA 3WB4A 3IA9A 5P5AA 4MC9A 4RCDA 5OZ7A 5P35A 3PHVA 4TRZA 3EM3A 5OZ2A 3SQFA 5OZ9A 5P15A 5P0GA 3RSVA 4RCFA 4F76A 2AVVA 5P3PA 2ZHSA 5HDVA 2QCIA 2AOCA 5P41A 4KE0A 4Q1YA 3KDBA 3EM4A 5OZSA 1A8GA 2B60A 5P2KA 3VCMA 1MRWA 4OC6B 3EKYA 3IN3A 3I25A 3UQRA 3ER3E 3DV1A 3QRMA 5I3VA 2PSGA 2I4WA 3D1ZA 2NNPA 3G72A 2F81A 3Q4BA 3EBZA 4K8SA 5P73A 4Y5NA 4D83A 2RMPA 4I8WA 3VLAA 3HZCA 2O4SA 1SMRA 5P0ZA 2AOEA 5P20A 4Q1XA 4A4QA 3O9GA 3IAWA 5P8HA 5HDXA 1APTE 1W50A 1GVVA 5OYZA 5P0TA 2NXDA 3DK1A 3INHA 4RCEA 5P7FA 2F3KA 2AOIA 1HXBA 4Y5LA 2OHSA 4YBFA 5OZGA 5P71A 3OXVA 4J0YA 2MIPA 3S7LA 5P0DA 5P1KA 3SM1A 5P87A 4RROA 3UQXA 3AIDA 1UH9A 3ZKXA 5P3KA 1KJ4A 2HPFA 4H3IA 5P6QA 3PB5A 4HDBA 1LYAB 3VYDA 5P7WA 5P6EA 2OHNA 4PZWA 1B6KA 2ZJLA 7UPJA 2JE4A 5P7GA 1ZJ7A 1ZBGA 4FAFA 5P2FA 2AOFA 3NWQA 2QD7A 5P3EA 2O4PA 5HU1A 3PLLA 5ER2E 1J71A 3EKTA 1BDRA 5P1MA 5APRE 5P1CA 3KFSA 2BPXA 5P8TA 5P7VA 1D4LA 3FNTA 2ZHUA 4D8CA 2R8NA 5P1LA 3CIDA 5P7MA 1FFFC 2BQVA 5OZAA 5P8KA 3PCWA 1YT9A 3S56A 4QJ9A 2WEBA 1PSOE 4Y6MA 3NDWA 2QHCA 4OC6A 3AUPA 5P30A 5P72A 5OZLA 4D85A 5OZ0A 5P7NA 3OQFA 5P2GA 2NMZA 5P19A 3INEA 5P6JA 2Q63A 3U71A 5JFUA 8HVPA 4LAPA 4Y54A 3SLZA 5P4PA 4Y5KA 3UDKA 5P31A 5KQFA 5C9FA 5P7YA 5P3FA 4Y3MA 4Y4WA 2H6SA 3TKWA 3UCBA 3NU6A 5KAOA 2NPHA 2PH6A 4CPSA 3QBHA 2RENA 1MIQA 5P0XA 4YD3A 5P50A 5P6AA 1WBKA 5P4KA 3MXDA 5P67A 5AHCA 5EZZA 1ME6A 4ZPGA 4BFDA 2AOHA 7HVPA 2I4UA 5P3DA 1YTGA 5P3NA 5P6UA 3O99A 5P34A 5P5GA 2PSUA 3LZYA 1C6YA 3CMSA 2PMAA 1NH0A 4WTUA 6APRE 2CEJA 4F75A 2AZBA 4Y5GA 1LYAA 5IS4A 3S85A 3K5DA 5P4LA 5P4QA 1EPQE 5P7DA 2I0AA 1NSOA 2Q15A 2F3EA 4D88A 4X7IA 3SO9A 4YD4A 2FNTA 3VG1A 1SP5A 2NXMA 5DR8A 1NPAA 3VFAA 3CKRA 3RTNA 1MT9A 3NU3A 1BILA 5P3YA 1LEEA 2OHUA 3URJA 1UH8A 4NJVA 4Y5MA 3O9EA 5P6GA 1KJFA 5P3LA 5P0KA 1MSNA 5P03A 5P2AA 1SGZA 4EQJA 4RYGA 1K6VA 1SGUA 1LF4A 4TRYA 3Q5HA 4Y53A 5P5LA 4BELA 3JVYA 2AVQA 5SY3A 1D4YA 2I4VA 3EL9A 4A6BA 2P4JA 2AVSA 3PM4A 2QZXA 4Y3TA 4ACXA 2AIDA 2WECA 2XFKA 5P25A 5P6KA 3VYEA 4EHCA 3EKPA 2WEZA 1EPPE 1F34A 1SH9A 4YDGA 4LXMA 4AZYA 5P5EA 3FNSA 3EL5A 4B78A 3CYXA 4MC2A 5BWYA 3TPRA 2HB4A 1A9MA 3ZKSA 3UQUA 3KMXA 5P1SA 5P8DA 3OWNA 2ZDZA 1WKRA 4Y4JA 4DQGA 5P8CA 5P58A 5KOQA 5P0PA 2ER0E 5P0JA 4NPTA 5OYSA 1TCXA 4OBGA 4RVXA 5IVTA 1W6HA 4Q1WA 2HS1A 5P2NA 4CKUA 3T7XA 1YX9A 4HEGA 4ZSMA 4I8ZA 4TVHA 5P6OA 2XFJA 1DMPA 2IDWA 3LIXA 5P5PA 3LIZA 4FRSA 4Y43A 3DUYA 5P26A 5P3VA 2F80A 5P7JA 5IVQA 4OBJA 5P0LA 3TPLA 3SABA 2AZ9A 4S1GA 5P5YA 5P8GA 1OEWA 4Y3FA 5P7TA 2VNNA 1B6LA 2VJ7A 4U7QA 1LF3A 3IVHA 5SY2A 2AVOA 5P43A 3VUCA 1LZQA 5OYXA 4Y39A 3OHFA 3L58A 1IZIA 2VIYA 5P06A 5COOA 4QJAA 1BV9A 1W5WA 5P7PA 5C9BA 5P74A 5P3WA 5OZ4A 3UQPA 2O4NA 1HWRA 1KJGA 5P23A 2FMBA 1DIFA 2UXZA 2AZCA 3UDMA 5DQ4A 4Y4DA 1XL2A 3VYFA 5AH7A 3TPPA 4GB2A 5F00A 4NKKA 3D20A 4B77A 4OBFA 4AMTA 1SDTA 5P4YA 3T7QA 2BBBA 3DCRA 1BXOA 4H3FA 4Z4XA 4QJ8A 1JLDA 4EJLA 1BDQA 3NSHA 5AH8A 5P1WA 3CYWA 4PHVA 1K6PA 1ER8E 3NDTA 5AGZA 1GNNA 4CPUA 4YD5A 3KDCA 4R91A 2VNMA 3OQ7A 1W5XA 2G26A 3WZ6A 5P7ZA 5P1NA 2VA6A 5DR1A 3ST5A 2FXDA 3M9FA 5P5XA 1EPME 1DW6C 5P4UA 3ECGA 1TZSA 3SPKA 5AHAA 1HTRB 2FNSA 2WKZA 1ODXA 4I11A 4J1HA 4LBTA 2FGUA 3Q70A 3OQDA 5DQ2A 2AQUA 5P4MA 5P5WA 4GZFA 2FIVA 5P1DA 4I0ZA 1APUE 3FIVA 1AJXA 5P7UA 3WB5A 3I2LA 1KJHA 2IKOA 5P00A 5P6LA 2B8VA 1MTRA 3OUCA 1EPLE 4ZLSA 3O9HA 1TSQA 1YTJA 2HPEA 4RRNA 2QMFA 1W5YA 5OZPA 3SAAA 2R5PA 3SA8A 1ZPAA 3H5BA 1B11A 1AVFA 2Q11A 3L38A 1FQ4A 5P5MA 5P40A 4J1FA 4Y44A 4FLGA 5P0VA 5P6XA 2APRA 1HVRA 5HE5A 3OTSA 4DI2A 5P89A 4Y4GA 1D4JA 5F01A 1EBZA 1FIVA 3TOFA 3QVCA 1BDLA 5P61A 3EXOA 4LHHA 4Y3HA 1YM4A 3OOZA 2QI5A 1K2CA 1T7IA 5P5RA 1TW7A 4J0VA 2G22A 3EKVA 3QRSA 4UPJA 1YTHA 3GI5A 1SDVA 4PZXA 2V12C 4I0DA 4Y3WA 5P2RA 4TVGA 5P81A 2QMPA 1D4IA 1GVTA 5P22A 3ZPSA 1QBUA 3R1GB 1EPNE 4XKXA 5P2LA 2XYEA 5P84A 5P2EA 3LPJA 1A30A 1SIVA 1GNOA 4U7VA 5AHBA 5HD0A 1SMEA 3OXXA 3T3CA 4JECA 4CPWA 3IXKA 4Y3SA 5P78A 3T7PA 3TOHA 4OBZA 3PWRA 4I10A 4FS4A 4FRIA 1FQ6A 4COEA 5P1PA 3U6AA 4J1KA 4LL3A 3ZKIA 1EAGA 1IVPA 1D4KA 5OYQA 3PI0A 4FCOA 2ER6E 3O9DA 4F73A 5KR8A 4YCKA 5P24A 2FDPA 1A94A 1HIVA 4DQBA 3PLDA 3WZ7A 3UFLA 1BV7A 4Y4XA 5P4RA 4LXKA 1IZHA 2BJUA 5P8BA 5P47A 1LYBB 3NLSA 2QZKA 1U8GA 4D89A 1DP5A 5DQ5A 2IRZA 1SDUA 5UPJA 3KA2A 4DPFA 2AVMA 3DM6A 1EBWA 4ZE6A 5P49A 1FQ8A 2QAKA 2PYMA 3EKWA 3OUBA 3HLOA 3VFBA 4FM7A 4WY1A 4GJBA 4AA8A 5OZVA 3KT2A 3SA9A 3PSGA 5P7EA 1GVWA 4ZSRA 5P5SA 5DR3A 2IL2A 2BPWA 3BUGA 3SA6A 5HDUA 3OU4A 4QJ2A 4ZPEA 1MEUA 5P2JA 3K5FA 4ZEAA 1QBSA 3PBDA 2QZWA 3PJ6A 5P0WA 5P0FA 1RNEA 2SAMA 3N4LA 5P8NA 5P0MA 1ZLFA 2R5QA 1XDHA 5P14A 4Y3EA 3K5GA 4N00A 5P6DA 4B1EA 2QD8A 5P46A 1PROA 3KFNA 3O9BA 5HCOA 5P86A 5KQYA 4J17A 1BVGA 3KYRA 1IDBA 5P2WA 5P0QA 3D3TA 2VIEA 3HVPA 5P8FA 3GI0A 2OHQA 5P0IA 3OOTA 5P4XA 1KJ7A 1C6XA 1YM2A 1EPOE 3KMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ1 A;  5P59 A;  3UFN A;  5P11 A;  4FE6 A;  1QBT A;  3IVI A;  3LNK A;  5P3C A;  2Q55 A;  5P0C A;  3EM6 A;  4TRW A;  5P4C A;  3L5C A;  4RLD A;  1AXA A;  2V16 C;  1AM5 A;  3WSJ A;  4DJV A;  3OQK A;  1IIQ A;  3ZLQ A;  4I12 A;  3UDQ A;  3LIV A;  5P1B A;  3R4B A;  5PEP A;  5P60 A;  1FG8 C;  3GGV A;  4X2L A;  2PWR A;  5P1F A;  1RQ9 A;  3OU1 A;  3NDX A;  4Y36 A;  1ENT E;  3TTP A;  3S7M A;  1EPR E;  5I3X A;  4YD6 A;  4JPC A;  5P8I A;  2EWY A;  1FFI C;  1HSH A;  1FF0 C;  5P37 A;  3RSX A;  2QNP A;  4Y41 A;  1EC1 A;  2QI7 A;  3KF0 A;  4J1C A;  4HA5 A;  4CP7 A;  1HPS A;  5TOL A;  5IVS A;  5P1U A;  5P2Y A;  5E5K A;  1ZP8 A;  1BXQ A;  4FM8 A;  2JXR A;  3LIY A;  4K4Q A;  2RKG A;  4NPU A;  1Q9P A;  5P5T A;  3ZPT A;  3HDK A;  1HEF E;  3D91 A;  1FQ7 A;  3NU4 A;  4YOB A;  5OZO A;  4Y51 A;  2A1E A;  3DJK A;  5P5U A;  4FL8 A;  5OZB A;  1F7A A;  1HOS A;  4Y5B A;  2BPY A;  3S43 A;  3VLB A;  5P0H A;  4HDF A;  1WBM A;  4HE9 A;  4BEK A;  5P6S A;  3LZU A;  2QI3 A;  3SA3 A;  2QMG A;  1IZD A;  1BAI A;  2IGY A;  3LZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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