5P3RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 180
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3rA01
3DCRA 5P0CA 5P3VA 1AM5A 2AZ8A 3NLSA 5HCOA 5P4FA 4EJDA 2SAMA 1GKTA 3PCZA 5P3EA 3ZMGA 4PEPA 4R5NA 3APPA 1EBYA 1W5VA 3QAAA 5AH8A 3OHFA 5P1OA 3S7LA 3I8WA 2ZHRA 4GB2A 4YD5A 5P83A 3QP0A 4DJQA 5P7FA 1FGCC 5P49A 3KDCA 2QNPA 1T6GA 3OUDB 4Y41A 2Q15A 3RTHA 2B60A 1FQ5A 4EYRA 5P7IA 1FQ7A 5P5WA 1FG6C 4K4QA 4B1DA 3OTSA 5P44A 1BWAA 5P10A 5DR3A 4R95A 2NNKA 5OZ5A 3PI5A 4J0PA 1MT9A 5P1ZA 3VFBA 1SDTA 5OZ3A 3BGBA 4DFGA 4D8CA 2WEDA 5KR2A 1HTEA 2A4FA 1GNMA 2XYEA 4J17A 3TOGA 3OXXA 5BS4A 2WKZA 4ZE6A 4DQHA 5OZNA 3WSJA 1UPJA 4H3IA 2VA6A 5P15A 4Y3YA 1HXWA 2UPJA 3N3IA 2B7FA 1BV9A 4HLAA 4WY6A 2ZE1A 3ZPUA 2FGVA 5P8PA 1HTFA 3D1XA 3QI1A 2H6SA 5P4QA 1PPME 5P3AA 3VUCA 1HVJA 5P3KA 3BVBA 3OOZA 3SA9A 5OYUA 3HDKA 3MXEA 4B72A 1YM2A 3HW1A 1EBKC 5KQFA 3OUDA 4KB9A 2H6TA 5P6HA 5KQZA 3K4VC 5P54A 4GJCA 5P7GA 2O4LA 3OU4A 1MT7A 2G1YA 2NMYA 3K1WA 1HWRA 1ZSRA 3MWSA 4GJ7A 4I8WA 2AVMA 4Y3AA 3ZL7A 5DR8A 2G1OA 2IENA 2RKGA 5P3SA 2XFIA 3VSWA 4Y53A 5DR4A 3HLOA 2NXLA 3QIHA 5ISKA 2IS0A 1BXOA 5P2XA 5P8EA 5HE5A 4QGIA 5OZGA 3I6OA 1A94A 4A4QA 5P7YA 1EC3A 4Y4TA 3DJKA 4YCKA 5P81A 1E82E 5J25A 2ZHTA 4Z22A 2R3WA 4F74A 1G2KA 1BVEA 3ECGA 3MSLA 4H3GA 3FNUA 5P8LA 4HDPA 1AZ5A 4QJAA 2FMBA 5DQ5A 2VIJA 5P53A 1LF4A 5DR1A 1PROA 2HPEA 4DV9A 5IVQA 1EC1A 1WBKA 3OXCA 4CPQA 5P45A 3GI4A 5P1XA 2NTRA 5DGUA 3O9CA 4KE1A 3ZOVA 3DV1A 4WTUA 5P08A 3VSXA 5P5RA 4Y5MA 5P7PA 5P88A 4Y58A 2QZLA 4QJ7A 3S43B 5KAOA 2QZWA 4DUSA 4B70A 4DQGA 4J1KA 4DVFA 1HVLA 4ZPEA 2R5PA 3KFPA 2IQGA 2UY0A 5ISJA 4BFDA 5JG1A 4Y54A 5P22A 5P4UA 5P14A 1TCXA 1J71A 3UFNA 3VG1A 4ZIPA 3SM2A 2FDPA 2PK6A 5P73A 3HVGA 3VYDA 4OC6B 4ZPGA 1MTRA 3URJA 5P4HA 2AZBA 3OAGB 2QMGA 3VEUA 3GI0A 3RSXA 3Q5HA 3SKFA 3BXSA 4NJUA 4Y39A 1TCWA 2VJ6A 3EM4A 1RQ9A 3FNTA 3UQPA 3SA5A 1ZLFA 1W5YA 5P18A 4RCDA 1RNEA 3UQXA 1B6PA 3GGVA 3R0YA 3OGQA 3OHHA 1IVQA 1IZHA 5P35A 4Y4DA 5P6ZA 4YCYA 5P5QA 5P1YA 1HSIA 5P7NA 4Y51A 5P8NA 1HVRA 3G6ZA 5P3XA 3NWQA 5P65A 1KZKA 2PSVA 2QP8A 5P41A 3T6IA 3NU4A 1YTIA 4Y4BA 2QI3A 3NU9A 2O4SA 4J54A 1OD1A 4QJ2A 5P28A 2WF3A 1LZQA 4JOOA 1EPRE 3QRVA 4NJSA 3ZKGA 4R91A 3L5EA 3RTNA 1IZEA 1A30A 3OADB 2G1RA 5P7DA 4YHQA 4PHVA 3IXJA 4OC6A 5P0XA 5P69A 5P46A 2QNNA 4ZEAA 1E81E 3HZCA 3OQFA 4APRE 5AHBA 1RL8A 1ZPKA 5P5YA 3TOFA 2ZHVA 5P0DA 4LBTA 1EAGA 3L59A 5P1LA 3T7XA 1LS5A 4Y4AA 5P5CA 2I4WA 4YD7A 2QHZA 1K1TA 4MC6A 4Y45A 4LHHA 4YDFA 5P62A 3MSKA 4NJVA 3EKTA 5P1NA 5P2GA 5P78A 2AVVA 4Y35A 5P7CA 2I1AA 3I25A 5P4LA 1BWBA 1Z8CA 5P1DA 3UDMA 3IGBA 5P00A 4RVXA 1HEFE 3Q70A 5P3CA 2QZXA 4M8XA 4I1CA 5P8KA 4ACXA 1QRPE 1QBUA 4FRIA 3INFA 2Q64A 3EMYA 4COEA 4Q5MA 5IVTA 4HE9A 4I0JA 9HVPA 3UQRA 4GJ6A 3D1YA 4OD9A 5P5DA 2A1EA 3LIVA 5P6DA 1EEDP 3CICA 4Y5KA 1MT8A 5P3OA 1LEEA 4TVHA 1XE6A 4I10A 1HPXA 2QMDA 4Y3XA 1XL2A 5P3NA 2BKTA 3KYRA 2V16C 3TPPA 1NPWA 5P13A 4RYGA 5P7XA 1KJHA 2VIEA 3ZKQA 2IKOA 5BRYA 5C9FA 3OY4A 4L7HA 1CPIA 2FDDA 5P1HA 2IEOA 2HS2A 1T7IA 5HVPA 2FNTA 2PMAA 3WB4A 5P6VA 3OUBA 5P7BA 2VA5A 4EQJA 3LINA 4Y9WA 8HVPA 1B6MA 1AJXA 3EKQA 4YA8A 4Y4XA 5P0UA 5P67A 3S53A 4H3JA 1HPOA 3SLZA 4ZSMA 5P3PA 4L7JA 5P0LA 4DH6A 1W6IA 1DW6C 2F8GA 2NR6A 4DJUA 2F80A 1G6LA 4XX3A 5P05A 4Z4XA 2BPXA 3PSGA 4OBHA 5HDZA 2AOEA 1D4JA 2B7ZA 5P09A 3S54A 4RYCA 4MC1A 4DJPA 3OQAA 4Q1YA 2XFJA 5P76A 4JP9A 5P59A 3TTPA 3PLLA 2AOGA 2FGUA 5DR0A 2IRZA 3I7EA 1EC0A 5OZAA 2HB3A 5P7OA 5P0OA 5P32A 5P8GA 5P2UA 4I0DA 3QRSA 5P4GA 4FRJA 4Y3WA 3KFRA 2QHCA 3FNSA 4J1HA 4AA9A 4HEGA 2I0DA 4FSEA 3LZYA 3I2LA 3VV8A 5P6LA 2VNNA 3GI6A 5P6KA 3BVAA 1IZDA 5HE4A 2BPVA 2HC0A 3TKGA 4K4RA 1TZSA 4XX4A 3UDPA 4DJWA 3SAAA 1K2BA 3LZUA 4MC2A 1PFZA 3AUPA 4L7GA 4DJVA 5P43A 2V13A 2OHTA 1W6HA 1HPSA 3L5FA 5P2MA 4CP7A 1SDVA 5P38A 3UDHA 4FE6A 5P7HA 2QI0A 1ER8E 2BKSA 3HBOA 5P23A 1W5XA 1HOSA 4IVTA 3IXOA 4B77A 1PSNA 4U7QA 5P0WA 5P8AA 5COOA 2OHKA 4GJAA 3EL9A 3PBDA 5P2LA 1GNNA 3O9GA 3ST5A 3EKWA 3L5DA 5HTZA 1BIMA 5P29A 4EPJA 5P0AA 4QJ8A 5P8DA 5P3YA 2QCIA 3U6AA 3SA8A 4AMTA 1KJ4A 4B1CA 2QI6A 3TPLA 5P7UA 3SA6A 3EM6A 5P1RA 5P4XA 5ENKA 4RCFA 5P51A 4D85A 4Y4JA 5OYVA 2P3CA 1OHRA 5OZ1A 5P3GA 5P2FA 5P0RA 5P8JA 3GW5A 5P1TA 1ZJ7A 3KMYA 5OZEA 2G21A 1CZIE 2QHYA 3O9AA 3VF7A 1MUIA 5SXNA 1HIHA 2BPWA 3DK1A 5OZLA 1LYBB 5P4RA 2AQUA 1BVGA 4GJ5A 2BPZA 5I70A 2NXMA 3EKVA 1HTGA 4FSLA 5P30A 4PZXA 1HVKA 3PRSA 5P42A 1DPJA 2ZJLA 5P4PA 3KDDA 5ER2E 1B5FA 5DPZA 1HVHA 4Y37A 2QMFA 4Y4GA 5P6IA 5P4EA 1HSGA 3R0WA 2QK5A 5P6FA 2NMZA 4Y3SA 5P4VA 2V12C 5C9DA 5DQ1A 1YX9A 1HEGE 3DM6A 3RU1A 4CMSA 2P3BA 1AIDA 1FEJC 3N4LA 3PSYA 5P2HA 5P7AA 3G72A 2ZHSA 3CKTA 5P5FA 3NR6A 2ZYEA 4J1FA 5P7QA 4DPIA 5P6SA 2P3DA 4I0GA 4NPUA 5P01A 5P52A 2VA7A 3KT2A 2I4UA 2F3KA 3O9DA 3PBZA 4GJ9A 5P3LA 4ER2E 2JE4A 3S56A 5HD0A 1KJFA 4Q1NA 2PQZA 5P8VA 4DQBA 4RZ1A 4RROA 5OYTA 1M0BA 2WF0A 2OHSA 1GVUA 3OTYA 4J1EA 4KE0A 3ZPTA 1YM4A 1MRXA 4Y4WA 4Y5CA 2HB4A 1K6TA 4QJ9A 5P4WA 1TSQA 2VJ7A 5P2CA 5IS4A 2AVQA 1FLHA 3UDNA 4R93A 5P5GA 1MEUA 5P2NA 5P1MA 2J9JB 3NXEA 4Y3MA 5OZSA 3O9BA 3OUCA 4K4PA 5JODA 3NUJA 4OBZB 5OZ0A 2WF1A 3L5CA 3O9LB 4D83A 2RENA 5P6QA 1EPME 4Y3TA 5P2VA 4YE3A 4I8ZA 1RPIA 5HDVA 2F81A 3TLHA 1EPLE 1W51A 2VIYA 4EXHA 3KFNA 2QD7A 4Q1XA 4R8YA 1D4SA 1U8GA 5P4IA 2WECA 2APRA 2NPHA 2R38A 3UDRA 4YBFA 3UF3A 4YD6A 3RSVA 4FGXA 5P3QA 5P6OA 4DJOA 3B80A 4NJTA 4XKXA 3K5FA 3NU5A 1HXBA 5P3RA 4F75A 3SACA 3VV6A 4Y4ZA 5HU1A 4LC7A 3EBZA 1SH9A 5P5JA 1META 1PSOE 5P5ZA 4I0FA 5P12A 4J5JA 5ENMA 3VF5A 3PWRA 5P0GA 5P3UA 2JYSA 3SM1A 5P0TA 1DAZC 5AHAA 1NPAA 4FRSA 2RSPA 3BUHA 5P4KA 3INHA 2IDWA 4DJYA 4I0ZA 4ZPFA 5AHCA 3ZKXA 2OHNA 2O4KA 5P4AA 3NWXA 4I12A 5KOQA 4HDFA 1MRWA 1TQFA 3ZPSA 5P3ZA 3ZKIA 1KJ7A 1DIFA 3D3TA 5P34A 5P36A 5P4BA 5HCTA 5T4SA 1AJVA 1BDQA 2B8VA 5COKA 3UTLA 4ZLSA 4EHCA 2HIZA 1XE5A 5P84A 1MESA 1C6XA 4WY1A 5P4SA 3LZSA 2I4XA 4GJBA 2G1SA 3EL1A 3QS1A 4GJ8A 4JECA 5P2WA 5P7JA 3OU1B 4A6CA 2F3FA 5P06A 3WZ7A 5P0ZA 5P6CA 3QRMA 4PYVA 5P5OA 5P8UA 4ACUA 1EPPE 2ZHUA 5OZXA 1T3RA 3T7QA 1FFIC 5JFUA 2I0AA 1K2CA 3IVHA 3PLDA 1C6ZA 3OQDA 5P0KA 4FM8A 2XYFA 3BHEA 1WBMA 3WB5A 5P56A 5P37A 3IN3A 1HSHA 5P6BA 4AZYA 3A2OA 4Y56A 3S43A 4XXSA 1EBWA 5P1PA 5EZXA 2IKUA 5P04A 5P5UA 5OYYA 5OZQA 5P0YA 3SO9A 3PMYA 1HVSA 3IA9A 3SA4A 3PSUA 2O40A 4Y36A 4RRSA 5P86A 4A6BA 4Y3JA 2XFKA 1DMPA 3O99A 4D88A 4Y3NA 3UFLA 3SA3A 5OZUA 3KF0A 1WKRA 4Y5AA 2BPYA 4BELA 4CKUA 5AH6A 3OAGA 4DJXA 2R9BA 4Q1WA 5OYSA 5P2JA 5KQYA 6UPJA 1SP5A 5P1SA 2BBBA 1ZP8A 1E80E 3BUFA 5P1UA 5F00A 4EQ0A 4QLHA 4FAFA 5P55A 1FQ4A 2WF2A 4OBGA 3L3AA 1AVFA 3UDYA 4S1GA 1FB7A 5FIVA 5P6XA 5OYZA 3S45A 2IGXA 5P8FA 1SIVA 3APRE 5HDXA 5OZ7A 4FM7A 2P83A 5P80A 1DP5A 5OZKA 1IZIA 3EL5A 4Y3QA 5OZZA 3SA7A 4H1EA 1B6LA 1SMEA 1K6VA 5OYWA 3K5CA 2ER0E 4QJ6A 5I3WA 2ER9E 5P40A 2BB9A 1K1UA 1FQ8A 4LAPA 3PGIA 4RGHA 4LL3A 4Y43A 5P8CA 3OADA 2RKFA 3EXOA 4CPRA 1KJGA 2OHQA 3K5DA 3U7SA 3BUGA 4Y4EA 3K5GA 5P6YA 4Y5EA 1LYWB 4GIDA 4K8SA 4Y5PA 5P3BA 1PSAA 2ASIA 5P8BA 5P19A 3TOHA 5P82A 2VS2A 4J0ZA 3LPKA 5P0FA 3QBHA 2I4DA 1A9MA 4LXKA 4GYEA 1SIPA 5P1VA 2VNMA 2AVSA 5P60A 3LIYA 5P6NA 3RVIA 1QBTA 4IVSA 5SY2A 1LYAB 1BBSA 3PWWA 5P4TA 1Z1RA 3UQWA 1LF3A 2HM1A 2J9KA 3L58A 4MC9A 2F3EA 4OBKA 5P0QA 5OZTA 3ZKSA 5P6JA 2G94A 4EJKA 4DPFA 1EPNE 5P63A 4TRWA 5P8RA 1YG9A 3PI0A 5OZRA 1ZSFA 2PWRA 5P1GA 1GVWA 4F73A 5P2IA 5KR1A 2P3AA 3EKYA 2HPFA 4B1EA 2IGYA 2EWYA 2Z4OA 1HBVA 3VYFA 5P66A 1G35A 2HB2A 2ZGAA 3F9QA 4U8WA 4ER4E 4LP9A 2V0ZC 4H3FA 4FIVA 4ZSPA 1ODWA 5P2KA 2PWCA 2QI5A 3GGUA 2ZJMA 4I0IA 5CLMA 3VFAA 4J0TA 5P77A 1ODYA 3EC0A 5P3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DCR A;  5P0C A;  5P3V A;  1AM5 A;  2AZ8 A;  3NLS A;  5HCO A;  5P4F A;  4EJD A;  2SAM A;  1GKT A;  3PCZ A;  5P3E A;  3ZMG A;  4PEP A;  4R5N A;  3APP A;  1EBY A;  1W5V A;  3QAA A;  5AH8 A;  3OHF A;  5P1O A;  3S7L A;  3I8W A;  2ZHR A;  4GB2 A;  4YD5 A;  5P83 A;  3QP0 A;  4DJQ A;  5P7F A;  1FGC C;  5P49 A;  3KDC A;  2QNP A;  1T6G A;  3OUD B;  4Y41 A;  2Q15 A;  3RTH A;  2B60 A;  1FQ5 A;  4EYR A;  5P7I A;  1FQ7 A;  5P5W A;  1FG6 C;  4K4Q A;  4B1D A;  3OTS A;  5P44 A;  1BWA A;  5P10 A;  5DR3 A;  4R95 A;  2NNK A;  5OZ5 A;  3PI5 A;  4J0P A;  1MT9 A;  5P1Z A;  3VFB A;  1SDT A;  5OZ3 A;  3BGB A;  4DFG A;  4D8C A;  2WED A;  5KR2 A;  1HTE A;  2A4F A;  1GNM A;  2XYE A;  4J17 A;  3TOG A;  3OXX A;  5BS4 A;  2WKZ A;  4ZE6 A;  4DQH A;  5OZN A;  3WSJ A;  1UPJ A;  4H3I A;  2VA6 A;  5P15 A;  4Y3Y A;  1HXW A;  2UPJ A;  3N3I A;  2B7F A;  1BV9 A;  4HLA A;  4WY6 A;  2ZE1 A;  3ZPU A;  2FGV A;  5P8P A;  1HTF A;  3D1X A;  3QI1 A;  2H6S A;  5P4Q A;  1PPM E;  5P3A A;  3VUC A;  1HVJ A;  5P3K A;  3BVB A;  3OOZ A;  3SA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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