5P3XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 186
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3xA01
4B77A 1XN2A 4CMSA 1FFIC 2O4SA 4YDFA 5P6HA 3LIXA 5P31A 5P7VA 5HDZA 1FFFC 3PWWA 5P7BA 2HB3A 1C6XA 5P1PA 4Y4WA 1HBVA 2I4QA 4Y5KA 1MTBA 4HLAA 1M0BA 1HPVA 1PPME 3BUFA 2VA7A 5P5FA 4QJ6A 5P2XA 3VV6A 2BJUA 4HEGA 5P1YA 4MC2A 1YX9A 3TKGA 4FE6A 5P6QA 3S53A 3SFCA 1C6ZA 3D1YA 1ZLFA 5P7HA 3QROA 5P2LA 2BKTA 1LYAA 2ER0E 4YA8A 3VLAA 3OUDB 3UDPA 2FGUA 4FSEA 4I8ZA 4Y3FA 2IDWA 2UY0A 3SA9A 4ZPEA 2AVVA 5P5RA 2AOFA 4GMIA 4YCKA 5P8PA 3KA2A 1XE6A 1TW7A 3SKGA 3MWSA 4RGHA 2QNPA 5P3NA 5HU1A 5P55A 2WF3A 3EC0A 3ER3E 5OYXA 3UHLA 5P1MA 2PYMA 4I0GA 5P6GA 5P5OA 3T3CA 4DQHA 4ZSRA 2B7FA 4EPJA 1HSHA 3OOZA 1FG8C 5P4DA 4FLGA 5P71A 2ZJLA 5P0HA 1YM2A 5P5VA 4TRWA 5P35A 3FKTA 3K1WA 4IVSA 5P3YA 3U71A 1MSNA 4Y3ZA 5P3RA 4APRE 3ZKQA 3Q5HA 4RVJA 3KYRA 5OZ1A 5OZLA 4J0PA 1FQ4A 5PEPA 5P70A 1KJ4A 5P40A 3OXXA 4D85A 5P8QA 5HTZA 2NTRA 3OADA 5P7ZA 4J0TA 3ZPTA 5EZXA 5P1DA 2F81A 4R5NA 1BXQA 5P06A 1META 5P6CA 3KN0A 4B00A 3UCBA 3GI6A 5P3SA 1MT7A 4J17A 1GNOA 3PMYA 4Y43A 5P2MA 5P6RA 2I4UA 5I3VA 5P6NA 1J71A 1PROA 3T11A 1B6KA 1FB7A 4MC6A 4AMTA 5CONA 5COKA 3BHEA 2MIPA 5P4FA 2QI6A 5P6BA 3OK9A 1B5FA 3ST5A 5P5QA 4YBFA 4Y5GA 1C70A 2ZHVA 5P2BA 3BXSA 3HVGA 1AXAA 3AIDA 1VIKA 5P34A 4DJRA 2F3FA 3IVIA 2G27A 3PBDA 1NH0A 5P04A 2PMAA 1YTJA 2PSVA 3NUOA 1UH7A 3M9FA 2APRA 2QD8A 2AVQA 2EWYA 1XDHA 4FIVA 4OBHA 4EXGA 5KR8A 2I0AA 5P60A 5P8AA 1BWBA 4A6CA 5P83A 5P0ZA 4QJ8A 1IIQA 5P1WA 3LZVA 4LXMA 5P1RA 1AAQA 5P0XA 3TPJA 1CPIA 5P2KA 2JE4A 1A8GA 1SGZA 3KDBA 3PLDA 5P0NA 3UPJA 1DW6C 3EKYA 5P49A 3IA9A 1HVCA 3IXJA 2PC0A 5P0EA 3SABA 5KR2A 2NNPA 3TH9A 4K4PA 2VIYA 4Y48A 3DUYA 4Y5BA 5P1HA 3GGXA 2F3KA 2V16C 4XX4A 1HSGA 2AOIA 4Y4EA 5P0MA 3WSJA 2FDDA 3OTSA 1QS8A 3LZYA 5KOSA 5P5SA 5P1CA 5P2NA 4LP9A 4CPRA 1FQ5A 5APRE 3KT2A 2VS2A 2CENA 5P3MA 1G2KA 1RPIA 3OAGA 5P6FA 3UDKA 3QBFA 2Q3KA 5P0QA 2Q11A 1HTGA 3UDRA 3HZCA 3OU1A 4RLDA 4JOOA 1HIHA 1B6MA 6UPJA 1FEJC 3MXDA 3KM4A 3QRSA 5P4YA 3WZ8A 3LPKA 1W5YA 1ODYA 2JJJA 4E43A 3PEPA 4QGIA 5P6LA 2AZ9A 1EBYA 1QDMA 4Y3QA 5P4AA 1HVSA 4JP9A 5IE1A 1UH8A 5P6PA 3CYWA 2OHQA 4TRYA 1QBRA 5HDXA 3SACA 5DQ2A 4ZLSA 3IAWA 4CPUA 2VJ7A 1E5OE 5P1IA 4YCYA 1UPJA 4I0EA 2QCIA 5COOA 1Q9PA 4D89A 2QHZA 1QBSA 2IKUA 3D3TA 3LPJA 4PZXA 3URLA 4ER4E 5P3QA 1D4SA 2J9JB 2P3DA 5P86A 5P11A 2FS4A 1W5VA 2QI7A 5P0SA 5OZQA 4GJ9A 5P6VA 1CMSA 1QBTA 1E80E 2OHLA 2ER9E 4FRSA 1FLHA 1ZPAA 3OU3A 5P57A 3TNEA 1DPJA 3SQFA 5KQFA 5OZ4A 3H0BA 3HD8A 4OBZA 4F75A 5P72A 1MIQA 5P2IA 2PSGA 3CIDA 4Y3RA 3R0WA 4J1IA 2O4PA 5P39A 1BAIA 4BFBA 3LINA 4KUPA 3OQAA 1IZIA 1EC0A 1GVUA 1ZAPA 3OQDA 2P8HA 2QHYA 2AZCA 3INEA 5HCOA 5P0VA 3MSLA 3R0YA 3N3IA 2ZGAA 4I0HA 3UDQA 3O9FA 3TPLA 2IKOA 3ZLQA 4N00A 2FLEA 5AH7A 2QU2A 4U7QA 5P6WA 5KQXA 2A4FA 3NR6A 5P79A 3HVPA 2O4LA 3UDYA 5P7OA 3UDHA 3T7QA 1D4YA 5B18A 3NU5A 4RCDA 3KFRA 4YOAA 5OZ0A 1HEGE 1W5XA 1YTIA 5P7RA 3O9AA 4HVPA 2FMBA 1DAZC 1SIVA 1PSOE 5OZSA 4QJ2A 1GNNA 5P27A 2ZHSA 1A9MA 1FQXA 2O40A 2VJ6A 1LYWA 5P6DA 3UQUA 1A30A 2FGVA 1LZQA 4Y38A 3S56A 4Z22A 5P8KA 3K4VA 1LS5A 1HXWA 1TSQA 5P4SA 4J1EA 1BBSA 5P3LA 2AOJA 1RNEA 4Y3MA 3RU1A 4S1GA 2BKSA 4DQGA 5P12A 5AHCA 3NDTA 2AODA 1Z8CA 1TCXA 3K5GA 4R95A 5P7DA 4Y4DA 3ZKSA 3PSGA 4NJSA 3D1XA 3EKTA 3C9XA 2P3AA 5P5UA 2RKGA 5DQCA 3UF3A 3EKVA 5EZZA 1YTGA 5KOQA 5P6AA 5DGUA 4U8WA 4J54A 4OC6A 5OZEA 4PZWA 5DQ1A 5P29A 1NPWA 3OXCA 4NPUA 3EKXA 3TL9A 2VA6A 4CPTA 4Y4ZA 5P0LA 5IVRA 1BXOA 3GI4A 4Q5MA 1HVRA 4JPEA 2PH6A 5AHAA 4PYVA 2VIJA 4QLHA 1FGCC 3DJKA 4GIDA 5P3ZA 5P1AA 2QAKA 2HB2A 1ODWA 1RQ9A 3I7EA 5P42A 3EKQA 3DM6A 2FIVA 5P7IA 5P4VA 2VIZA 3ZKIA 4GJDA 2R43A 3LIZA 3OXWA 3RSVA 4B1EA 1LYAB 2G1OA 5KR1A 3SAAA 4RVIA 1T6EX 4B1DA 1PPLE 4CPXA 2OAHA 1B6PA 1HHPA 4RRNA 5P15A 2QI4A 5P5EA 3INFA 2PYNA 3U6AA 3RTMA 1FQ7A 5P69A 5E5JA 5P2UA 2G1YA 5P3TA 3ZKXA 1SMRA 3Q4BA 5P1UA 3NDXA 3KT5A 5P2ZA 4DJOA 1XE5A 4NJTA 3BVBA 1JLDA 3CKRA 5P8RA 2JJIA 2QZKA 4EQ0A 3L58A 1FMUA 2B42A 1KJHA 4Y39A 3CYXA 1WKRA 4F76A 2ZJMA 1SP5A 3VF7A 2FXDA 5P7PA 5P5JA 5DPZA 1K6PA 4TVGA 3VLBA 5P4QA 1EC3A 3PI5A 1WBMA 1HRNA 5DR7A 3WZ7A 5HE7A 1APWE 2BPXA 5P4TA 5P6SA 5OYRA 5P7WA 3UFNA 3ZKNA 5P37A 5KQYA 3OADB 5OYWA 2IS0A 3S45A 5P3EA 4Y3XA 1ZSFA 5OZHA 4KE0A 1AZ5A 5P8SA 1W6IA 3L59A 3KDCA 1AM5A 3NWXA 3EL4A 3L5BA 3OOTA 4Y5CA 1HOSA 3VF5A 3LHGA 5P0KA 4YD6A 5OYZA 5HCTA 2O4KA 4Y44A 5P1EA 3TPPA 4RYCA 3PRSA 4EP3A 1B5FB 5P73A 2WF1A 4DJQA 5P5CA 1ODXA 4PPHA 5P3WA 4ACXA 3SM1A 5DQ5A 5OZUA 5OZIA 3T7PA 3Q6YA 5SZ9A 3A2OA 5OZ3A 5P6UA 5P3DA 5P8IA 5P2QA 5P8TA 2B60A 5KQZA 2PK5A 3ZPSA 4WY1A 1D4IA 1EBWA 4I8WA 5P54A 1LEEA 3F9QA 4FS4A 5P0PA 1OHRA 6APRE 5P03A 3FX5A 5P32A 2FNTA 4ZSMA 4J0VA 4Y3YA 4EJLA 2R5PA 3BXRA 4LL3A 4XX3A 5P45A 1XS7D 2V12C 2QI5A 4DH6A 3BRAA 2QZLA 4Q1NA 4GJBA 2IL2A 3O9LA 4OBFA 5P80A 3JVYA 1Z1HA 1WBKA 1DIFA 1BILA 4Y4TA 4HDPA 5HE5A 4GJ6A 4DV9A 2XFIA 4DQBA 5P3KA 5I3YA 5OZ5A 3OAGB 5P5KA 2WL0A 4X2LA 3MXEA 5P3XA 4EQJA 3OU1B 5P8CA 3D91A 1YTHA 2ER7E 2I4XA 2I0DA 5AH8A 1QBUA 5P78A 2VA5A 1ZJ7A 4B72A 5P63A 2F8GA 4M8XA 4ACUA 4I10A 4D83A 4H3FA 3KFPA 5KR0A 3HW1A 3VFAA 1BWAA 1HEFE 5P43A 5P1TA 3CIBA 2PSUA 4DQEA 3NXEA 5AHBA 1QRPE 3EL5A 5P87A 3HAUA 1HPOA 4PHVA 1RV7A 3TKWA 5DR8A 5OZ2A 5P36A 3PVKA 3FNTA 4OBGA 3ZOVA 3OUBA 4Y5NA 5P2GA 2VNMA 3OWNA 3UQRA 2NPHA 3URIA 3K5FA 3EXOA 5P65A 1EAGA 8HVPA 4KE1A 5P4WA 1ENTE 5P5DA 3PM4A 1BDRA 4MC9A 3QAAA 4DPFA 3G70A 1G35A 5P3GA 3TOFA 4Z50A 3G72A 3WB5A 5P10A 4XXSA 3EM4A 2ZYEA 5P4LA 2B8VA 1HPXA 3O9GA 4H3IA 4R91A 3QI1A 5BRYA 5P01A 1G6LA 4OBZB 3GGVA 3EL1A 1FG6C 1D4KA 4YD5A 1K6TA 4AZYA 2G26A 2SAMA 1MT9A 2RKFA 5IVTA 1APTE 1ZP8A 2NMZA 4I12A 2Q63A 4J1CA 5HDVA 4APEA 3IXOA 5P2VA 5OZVA 1HTFA 1ZTZA 1T7IA 2ER6E 2WEZA 2I1AA 5P88A 3R4BA 2HS2A 4EXHA 2QP8A 2H6SA 4Q1XA 3S54A 1E82E 5P8JA 3VYDA 1HWRA 5P7MA 3HDKA 5P62A 4D88A 1EPOE 3I2LA 4YOBA 4RYGA 2QD7A 4EP2A 5OZTA 1T7KA 1MRXA 5DQ4A 1D4HA 4LXKA 5IVSA 4K8SA 4B78A 5T4SA 1AIDA 2I4DA 1TZSA 1SDUA 5P0AA 3B80A 5OZAA 2HM1A 5DR4A 2QI3A 2OF0A 3MSKA 2QHCA 4CP7A 2G69A 4FM8A 1Z1RA 4QJ9A 1LYWB 5P02A 1HVLA 5P24A 3R1GB 4HZTA 2XYFA 4BELA 4NPTA 5P2FA 4EJ8A 3LIVA 1B6LA 5P3UA 5P7NA 2WF0A 2J9KA 3B7VA 1AVFA 1GNMA 3OHHA 4Y5MA 3Q70A 3UQWA 1TSUA 1FIVA 4L7GA 1DMPA 3FNSA 5P1OA 5P48A 1MEUA 3NSHA 1MRWA 3PCWA 2PWRA 4F73A 3O9CA 5HVPA 1W6HA 5ISJA 3SLZA 1K1TA 2QNQA 3O9HA 4L1AA 5C9FA 1D4LA 3ZMGA 4OD9A 5P3PA 5P2CA 1FF0C 4Y3AA 5P7UA 4OC6B 1HIVA 5OZXA 5P5PA 3L5CA 4B70A 1YM4A 3ZKGA 2HPEA 4TVHA 4K4RA 5SY2A 2I4WA 2WEBA 2WF2A 2Z54A 1F7AA 3KDDA 3O9EA 4UPJA 4DVFA 3TOGA 1BV9A 2ZDZA 5P7JA 3INHA 5P4MA 4JECA 3SA4A 4DQCA 5J25A 2QMDA 3SA5A 4ZEAA 5P4OA 3APPA 3AUPA 4AUCA 3VUCA 1HVHA 5P7YA 4HDBA 4GJ7A 1KJFA 4FAEA 2P3BA 1IZEA 1GKTA 5ER2E 3UTLA 5P5NA 3L5DA 4FRIA 4Y4BA 3VF3A 3OU4A 4DJXA 3L5FA 1KJGA 3QIHA 1B6JA 4L6BA 4MC1A 2QZWA 5P41A 4ZSPA 1LYBA 5P1QA 4H3GA 3PCZA 3APRE 5P14A 3T6IA 5DR0A 1OEXA 2AVOA 3OUAA 5P6ZA 2ZJIA 5P19A 4Y41A 2VJ9A 3KFNA 1DP5A 4H1EA 5P5HA 1NSOA 3D20A 5OZ9A 4DJVA 2Q54A 3GW5A 1LF4A 1EC1A 1SGUA 4Y5EA 5P5XA 4DPIA 5P66A 3GGAA 4DFGA 4H3JA 3VSXA 2F80A 2R8NA 5DR1A 5P7GA 1EPRE 2ZJHA 1IDAA 5P75A 3NU3A 4J55A 5P5WA 5P6MA 2ZJNA 4J1KA 5IS4A 1M4HA 3ECGA 5P7CA 2R9BA 3JW2A 1BDQA 3NDUA 5P44A 3URJA 3PSUA 5COPA 3S2OA 4RVXA 4FRKA 3Q3TA 4Y51A 1C6YA 5HU0A 1BIMA 2QU3A 3VCMA 4GB2A 3O9BA 5P1BA 3O99A 3SO9A 5P1LA 1SMEA 1HVKA 3GI0A 2R5QA 5OYQA 3LZUA 5P1NA 5P4EA 4KB9A 2WJOA 1IBQA 5P1VA 3VV7A 3PMUA 4I1CA 5P0FA 2OHPA 2ZJKA 4XKXA 5DGWA 2B8LA 3TPRA 4Y3GA 4I0ZA 3FSMA 1K1UA 4Y3TA 5P82A 5OZNA 5P3CA 3DV1A 2XFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B77 A;  1XN2 A;  4CMS A;  1FFI C;  2O4S A;  4YDF A;  5P6H A;  3LIX A;  5P31 A;  5P7V A;  5HDZ A;  1FFF C;  3PWW A;  5P7B A;  2HB3 A;  1C6X A;  5P1P A;  4Y4W A;  1HBV A;  2I4Q A;  4Y5K A;  1MTB A;  4HLA A;  1M0B A;  1HPV A;  1PPM E;  3BUF A;  2VA7 A;  5P5F A;  4QJ6 A;  5P2X A;  3VV6 A;  2BJU A;  4HEG A;  5P1Y A;  4MC2 A;  1YX9 A;  3TKG A;  4FE6 A;  5P6Q A;  3S53 A;  3SFC A;  1C6Z A;  3D1Y A;  1ZLF A;  5P7H A;  3QRO A;  5P2L A;  2BKT A;  1LYA A;  2ER0 E;  4YA8 A;  3VLA A;  3OUD B;  3UDP A;  2FGU A;  4FSE A;  4I8Z A;  4Y3F A;  2IDW A;  2UY0 A;  3SA9 A;  4ZPE A;  2AVV A;  5P5R A;  2AOF A;  4GMI A;  4YCK A;  5P8P A;  3KA2 A;  1XE6 A;  1TW7 A;  3SKG A;  3MWS A;  4RGH A;  2QNP A;  5P3N A;  5HU1 A;  5P55 A;  2WF3 A;  3EC0 A;  3ER3 E;  5OYX A;  3UHL A;  5P1M A;  2PYM A;  4I0G A;  5P6G A;  5P5O A;  3T3C A;  4DQH A;  4ZSR A;  2B7F A;  4EPJ A;  1HSH A;  3OOZ A;  1FG8 C;  5P4D A;  4FLG A;  5P71 A;  2ZJL A;  5P0H A;  1YM2 A;  5P5V A;  4TRW A;  5P35 A;  3FKT A;  3K1W A;  4IVS A;  5P3Y A;  3U71 A;  1MSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XL5 A;  2V10 C;  2AOC A;  4I11 A;  4RCF A;  5P28 A;  5P77 A;  3EM6 A;  4I0D A;  4FRJ A;  4Y3H A;  1EPQ E;  5P8G A;  3PSY A;  2PK6 A;  2AOE A;  4J1F A;  1ER8 E;  5P8F A;  2NXL A;  2ZHU A;  2Q55 A;  4Y45 A;  5P2J A;  1A94 A;  1F34 A;  2OHK A;  5P64 A;  1ZBG A;  5OZK A;  5P3J A;  4Z4X A;  4FM6 A;  5P6Y A;  1M43 A;  2IGY A;  4FM7 A;  5P1X A;  5P67 A;  2AOH A;  3K5D A;  4J0Y A;  3SA8 A;  2OHS A;  3DOX A;  2AQU A;  2BPZ A;  2ZHT A;  3QBH A;  5P2D A;  2FDE A;  4HE9 A;  5F01 A;  3UQX A;  4R8Y A;  2G22 A;  1G0V A;  1EBZ A;  4EYR A;  4Y4X A;  2V13 A;  5P47 A;  5P5L A;  5P8L A;  3S8I A;  1NPA A;  3DV5 A;  2PQZ A;  4RCE A;  5P1F A;  2QNN A;  1EED P;  1E81 E;  5JFP A;  2G1S A;  3BUH A;  1EC2 A;  5P0R A;  5P7F A;  5OYS A;  5P00 A;  3VYE A;  2WHH A;  4K4Q A;  4Q1W A;  3VEU A;  3TTP A;  2WED A;  5P1K A;  4Y6M A;  3QN8 A;  3ZKM A;  2Z4O A;  5SY3 A;  2QD6 A;  1AJX A;  5AGZ A;  1ZSR A;  3OQ7 A;  1MTR A;  3UQP A;  3VYF A;  1MER A;  5P6J A;  5P8U A;  3OQF A;  2BB9 A;  5P4Z A;  5P5M A;  5P5T A;  2HAH A;  2BBB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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