5P3ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 188
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3zA01
3QIHA 5AH6A 4FRSA 5P0OA 5P0QA 4AMTA 5P0AA 1TW7A 1KJ4A 1T7IA 3VEUA 4JECA 3APPA 4R5NA 2HPFA 1HPXA 2V10C 3IA9A 5P5RA 3NUJA 1ZTZA 4Y3AA 4Y5BA 3TTPA 3UFLA 2I0DA 4YOBA 4Z2ZA 1TZSA 1W6HA 5P14A 3WB4A 1T6GA 5P0IA 2ZJIA 5P52A 3VFAA 4DQBA 2G27A 4TVHA 3NXEA 3EKXA 5C9FA 2H6SA 2QU2A 3B7VA 5P43A 3OWNA 1HTGA 2IGYA 4ACXA 4RVIA 2O4KA 2O4SA 5P36A 3EKYA 1APWE 4EXHA 5OZXA 4OD9B 4RZ1A 5P0SA 6FIVA 5P3CA 3OHHA 1B6JA 4J55A 1IDAA 3SA7A 4I0HA 4Y3QA 9HVPA 3NSHA 5P02A 4I0FA 3DV1A 2Q55A 1APUE 2WF1A 3GGAA 1SP5A 3PRSA 4Q1NA 2PC0A 5P65A 2NMZA 3S53A 3MSJA 1C6ZA 4HDFA 5P68A 5P0UA 5P24A 4ER2E 5P4TA 5P2QA 3Q4BA 3R1GB 5P3GA 1ZBGA 4U7VA 5P5NA 4J17A 4Y3RA 3GGXA 2I4UA 3DUYA 2WEAA 3OQDA 4GJAA 5DQ5A 4Y54A 5P86A 5P8RA 1MSNA 3LIQA 3N4LA 5P3NA 4DJXA 3PSUA 5P5CA 2VIEA 4NJVA 3ZMGA 4J5JA 3IN4A 5KAOA 5P64A 1YT9A 1MTRA 5P0LA 4YCTA 3O9EA 5OZHA 3TPLA 4H1EA 5P8VA 4CP7A 1EBWA 2R9BA 5P6SA 2FXDA 4DPIA 3D1ZA 2J9JB 5P8SA 4Y5MA 2ASIA 2BPVA 3IVIA 5BWYA 2PYNA 4DPFA 4Y56A 4DJOA 3MSLA 3KFPA 3BRAA 3SM1A 4Y35A 2OHQA 3PMUA 2HS1A 5P6DA 5P70A 4D8CA 1FIVA 3KT5A 3OADB 4FM8A 5P2IA 1YG9A 5P04A 1LF3A 1RL8A 1U8GA 5P8FA 5P4DA 5P40A 5P1ZA 5P6RA 5DQCA 5P8QA 5TOLA 2ZE1A 4HZTA 4EJKA 3LIZA 3OU1B 4Y4EA 5KOQA 4LXAA 2WEBA 3S2OA 3D3TA 2P3DA 3MWSA 3PSYA 4I10A 1AZ5A 3I6OA 3INHA 2R38A 5P7KA 1W5WA 3L5DA 5P85A 5P8OA 2BPWA 3OOTA 3LZSA 4K4PA 3LITA 3CMSA 3QRMA 3VSWA 4AA8A 2R8NA 2JXRA 2OHMA 1RPIA 2O40A 1N49A 1LS5A 2AOHA 1D4SA 2ZHRA 4J1IA 5EZXA 3OUDB 4UPJA 1CPIA 1BIMA 5P50A 5P13A 4ZE6A 4XX3A 4I0JA 3Q6YA 2ZHUA 5P00A 2P3BB 5P4EA 5P1GA 5HDZA 5P4LA 2ZJHA 2OHTA 4EJ8A 4L7GA 2PSGA 1SDTA 1T6EX 4Y4XA 3LIYA 3BVAA 2IKOA 5I3YA 4YE3A 3OTSA 4Y4DA 5UPJA 2G1YA 4A6BA 5P01A 5P1DA 3S7MA 2WF0A 4I0EA 1G6LA 5P4SA 4PZWA 3GI5A 2OHNA 3MSKA 3DCRA 2NPHA 4I11A 5P4FA 5P3DA 5OZLA 3O9HA 5P1KA 4F73A 3SAAA 5P84A 5P77A 5P0NA 5P4PA 3EM6A 5P7BA 2IKUA 4GJCA 5HVPA 3VUCA 4QLHA 3CKTA 5OZFA 1B5FB 5P53A 5P79A 5PEPA 1KJFA 2AOEA 2VJ6A 5P8NA 4OBJA 3N3IA 1Q9PA 1HTRB 1HXWA 3PM4A 5JODA 4R95A 5P5DA 5P87A 4EQ0A 3PB5A 1APTE 1IDBA 2BPZA 1TCXA 2P8HA 5OZ9A 1PPME 3VV8A 2PH6A 1ZSRA 3TNEA 3EL9A 2AODA 5JG1A 2F81A 2EWYA 3NDTA 4J0YA 2ER6E 2QHCA 1LV1A 5P7YA 4Y4JA 3OUBA 5OZQA 2HB2A 1MUIA 3IN3A 2VIZA 5OYWA 3OU3A 1EAGA 2Z54A 5SY2A 2IDWA 1FEJC 1MRWA 5P7TA 1TQFA 5P4XA 2AQUA 3JVYA 3S43A 4CPSA 5P7GA 4EWOA 3Q3TA 5OZVA 1HWRA 3ZLQA 3EKVA 1CMSA 2HB4A 5P3BA 3PLLA 4LXKA 2IQGA 3KA2A 3PVKA 3LPKA 5P4IA 5P6BA 4GJ5A 3MXEA 2OHKA 5DPZA 3OTYA 5P12A 4Z4XA 1J71A 3D1YA 5P7WA 2VJ9A 3EL5A 4HDPA 3PCZA 4B1DA 5P3HA 1Z8CA 1KZKA 5P88A 2VA6A 4EJLA 4FE6A 2HM1A 3LZVA 4DQGA 1FLHA 5P0MA 4DJVA 1QDMA 2PYMA 2QI3A 3KFRA 3DCKA 5P6TA 3C9XA 5P23A 5P2BA 4QJ9A 5P5LA 1HXBA 2G69A 3GGVA 3UDJA 4COEA 3L59A 4B72A 5P4AA 1NPWA 3OGPA 4CPXA 2NXMA 4Y5LA 5P7HA 4I0ZA 3LZUA 5OZMA 1EC2A 5OZEA 4MC2A 2I4DA 3L38A 4KE1A 3VYDA 1EPNE 2G1SA 4EQJA 4Y4AA 5P3TA 3NDWA 2XFKA 5P8BA 2PQZA 3BXSA 5P8HA 2I1AA 3Q5HA 1FQ4A 4ER4E 5P5ZA 2OAHA 3IGBA 3O9FA 5P4BA 4YD7A 3OXXA 5F01A 5P2UA 1G0VA 2AOIA 5C9DA 2RKGA 5P06A 3KF0A 3URIA 2ZJNA 3OXVA 3ZKSA 4FRKA 1K1UA 5ER2E 4RLDA 5P0TA 2V12C 4EYRA 4J54A 1MRXA 3VLBA 2NNKA 3K5CA 1SH9A 4NJTA 4OBDA 4B05A 5P2HA 5KQFA 4RRSA 5P20A 5P8DA 1IZHA 1KJGA 2HPEA 4NPUA 4JPEA 4GJ8A 5P7VA 4Y50A 5OZTA 4FAFA 5P0DA 1TSQA 3HVGA 3NWXA 5P67A 5P6NA 2R5PA 5KR1A 1HVSA 3HVPA 2VA7A 4Y3MA 3OHFA 1WKRA 4AA9A 1BDRA 3INEA 3NU6A 2ZHSA 1UPJA 1FFIC 4R92A 1HEFE 5DQ2A 4ZSQA 5P2SA 3OOZA 5P3OA 2FGVA 4HLAA 2WF4A 4F74A 5P37A 3AIDA 5P17A 5P1QA 5P74A 1HPSA 2VIYA 4L1AB 3OAGA 3SO9A 1GVWA 5P5HA 5P6FA 2RMPA 5P5KA 5P05A 5IVRA 2WHHA 5P6EA 5ENKA 2F8GA 1NH0A 5P4KA 5KR0A 2PWRA 3NYGA 4AZYA 2ANLA 3O99A 2G1NA 3QVCA 3OXWA 1MSMA 1BWAA 1NSOA 2F3FA 5P8LA 3L58A 1ZP8A 2F3KA 2FLEA 3URJA 2Q63A 2FDEA 4JOOA 5P22A 5P7LA 2G26A 5P3EA 3O9DA 3IXKA 3U6AA 1ZLFA 5P4UA 4KE0A 5P78A 3EL4A 3EMYA 4GZFA 5P2AA 1B6PA 5P0PA 1MT9A 4R8YA 3GGUA 2AVMA 1C6YA 5DGWA 3BVBA 4A6CA 3PBDA 3QROA 3VYEA 5P6AA 4CMSA 4KUPA 1BBSA 1XS7D 3ZPSA 5P5PA 2QI7A 3NU4A 5HDXA 4GJ7A 3EXOA 3IXOA 3T3CA 4CKUA 2B42A 2I4WA 5P2TA 3RSVA 3ZPUA 4I8WA 2B7ZA 5COOA 3VV6A 5P0RA 1D4HA 3UQRA 5KOSA 5OZKA 1HOSA 1FMXA 5P27A 1LYAB 3KMXA 4Y48A 1W6IA 2V13A 4Y3NA 3SA6A 4ZSPA 3INDA 4YCYA 1K6PA 5P16A 3RTMA 4DQEA 3LIVA 1PPLE 5P2RA 3S45A 5HU1A 3UTLA 3SLZA 1HVHA 4Y4TA 4Y58A 4DVFA 1NPAA 4WY6A 3UQWA 3OK9A 1AJVA 1MESA 2PK5A 1LYWA 2QI6A 1QBUA 2FS4A 3K5DA 4LC7A 2ZJJA 5P4NA 5P29A 2ZYEA 5OZIA 1K1TA 2HAHA 5IVTA 5EZZA 4OBHA 2FDPA 4B78A 4FSEA 2PWCA 4Y38A 4CPWA 3JVWA 3D20A 1MTBA 3NDUA 5P8JA 3EM3A 3LPIA 1BDQA 1IZIA 4FLGA 1SGZA 2VA5A 5P1YA 2JE4A 1OEXA 3ER3E 5P5XA 3OGQA 3ZKIA 5OZ3A 5P56A 5P7CA 5DQ4A 4YD4A 5OYTA 3QP0A 4CPTA 4DJWA 1BV7A 3PMYA 5P8IA 5P8GA 3NWQA 3LPJA 2BKTA 3LIXA 1HPOA 4DFGA 3LINA 4OBKA 3HW1A 5P19A 4J1EA 4J0VA 4Y3TA 5P3IA 1AIDA 3KYRA 3RVIA 1A8GA 4NKKA 4LXMA 3H5BA 3INFA 4ZSRA 5P75A 4QJ2A 1XN2A 3S85A 2NTRA 2SAMA 5OYRA 5P76A 3PLDA 3FKTA 4DJUA 1EBZA 5P39A 5P28A 2QCIA 2UPJA 3KM4A 4PYVA 5P3ZA 3O9GA 4TRYA 2IENA 5P6QA 4Q1WA 5P7DA 2WEDA 1PSOE 4YCKA 3G6ZA 3ER5E 3KFNA 3TH9A 3VLAA 4Y53A 1BDLA 5P5QA 4N00A 1LYBB 5KR8A 4Y37A 3R0WA 3UDMA 3AUPA 5P4WA 4LBTA 4Y36A 2AVVA 5HE4A 4Y4ZA 3QBHA 4GB2A 3T7PA 5P0VA 3CIDA 3O9IA 6UPJA 4JP9A 1HVJA 2HB3A 4GIDA 4Y3GA 5DR4A 1MERA 5HD0A 3ZPTA 5P1XA 1HIIA 2A4FA 1OEWA 1YM4A 1ZAPA 5OZ7A 3UDPA 3TKWA 4LAPA 4U8WA 5OZYA 2VIJA 3PWRA 5P3KA 5P33A 4J1KA 3QN8A 1GVVA 5P0ZA 4APRE 4YOAA 5P5UA 2ER0E 4BFBA 4OBFA 3NLSA 4H3JA 1EC0A 1LEEA 1VIKA 4OD9A 1DAZC 4GJ9A 1W51A 1IVPA 3DM6A 5OZ4A 2PK6A 1T7JA 5P8MA 4B77A 5P46A 2ZHVA 5OZNA 1SMRA 4Q1YA 4DJRA 3UQXA 2V11C 5P82A 2JJIA 3FV3A 2HS2A 3OUCA 2Q11A 5P4ZA 4NJUA 5J25A 1AJXA 1BXOA 2O4LA 5AHCA 3T6IA 3UQUA 5P4YA 4ZEAA 2APRA 3EKTA 3A2OA 5P0GA 4XKXA 5P3PA 4I0DA 1HSIA 4RCDA 5P0CA 3UDHA 5P48A 4D85A 1B6KA 5P7XA 5OZPA 5P71A 5C9BA 5P5BA 1YX9A 3K4VA 1RV7A 3ECGA 4DJYA 3HBOA 3VYFA 1Z1RA 2R3TA 5P8AA 4ZSMA 5COKA 1T7KA 1FB7A 1GNMA 5ENMA 3T7XA 1BAIA 1HEGE 2J9JA 1AAQA 3DOXA 2IL2A 3NU3A 2WF3A 1FQ6A 4HA5A 2CENA 4GJBA 2AOGA 5P6CA 2QNPA 1DP5A 1EPLE 3K5GA 1GNOA 5P2OA 2AVQA 3OU4A 2CEMA 4Y3WA 5P0XA 1HPVA 2O4PA 3OADA 4Y4UA 2QMFA 4YBIA 1PPKE 3DK1A 3O9CA 3PBZA 1HVKA 3L5BA 1W5YA 4ZPEA 3O9LB 1XL2A 2Z4OA 3QI1A 2QNNA 5P5JA 3OU1A 4HE9A 1XE6A 3L5EA 1ENTE 5P3RA 3K4VC 4K4QA 5P7ZA 2R5QA 1FG8C 1B11A 3I8WA 4Y3XA 5ISJA 4KB9A 3ZKQA 1PSAA 5JFUA 5P8TA 1HVLA 4ZLSA 5P3SA 1APVE 3GI6A 3PEPA 1FFFC 3APRE 5P15A 5P4GA 4Y3EA 2G1RA 5P5YA 4FAEA 4Z50A 3OUDA 5KQYA 5P0JA 4B1CA 4DH6A 3PWWA 4Q1XA 2H6TA 3K1WA 1HTEA 2P3BA 4ZIPA 4FRIA 2Q15A 4LHHA 3NXNA 5P1MA 3UPJA 3VF7A 4F76A 5OZCA 5B18A 3K5FA 4QJ7A 1HRNA 2FNTA 1MT8A 3WB5A 4D83A 4TRZA 1RQ9A 3ZL7A 5OZ2A 5P7AA 5P7SA 2AZ9A 5HTZA 2QI1A 1GVTA 2R3WA 3DJKA 1TCWA 1FQ7A 3L5FA 1PFZA 3PSGA 4Y3YA 4FM7A 4Y45A 3PI5A 1NPVA 3EL1A 4DV9A 3RTNA 4EJDA 2MIPA 1D4LA 3SFCA 2P83A 5P8EA 3FNTA 1C70A 2I4QA 2Q64A 2ZGAA 3VF3A 5P07A 4K8SA 5P2KA 1B5FA 2I4XA 4GYEA 5P7FA 2WECA 4M8XA 3HD8A 4YD5A 1HSGA 5P6HA 1JLDA 2G21A 3H0BA 5P7RA 5P3AA 3UDKA 4WY1A 4Y5AA 1E80E 1D4KA 1D4YA 2AOFA 1BV9A 5P0KA 1K6VA 5P18A 5OZ0A 5P32A 5P35A 3TPRA 4Y39A 1EBKC 2WF2A 4Y3FA 4I0IA 5OYUA 4K4RA 4Y44A 3SA8A 4JPCA 4Y6MA 1MIQA 3VG1A 5P7QA 1WBKA 5P38A 3QAAA 1FKNA 3QVIA 2OHRA 4BFDA 4H3GA 4BEKA 1VIJA 2JJJA 1G2KA 1KJHA 3SACA 4YDFA 5P72A 4I8ZA 3MXDA 4Y5PA 2Q5KA 3BGBA 3HZCA 3TPPA 5P0HA 1QBSA 4RGHA 2B8LA 4ZPGA 2OHPA 5P1RA 5T4SA 5OZAA 3TOFA 3HDKA 2G94A 5DQ1A 2HIZA 4OBZA 5KR2A 1K6CA 2IS0A 1SGUA 3OQKA 4FL8A 2WEZA 5OZ8A 3WZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QIH A;  5AH6 A;  4FRS A;  5P0O A;  5P0Q A;  4AMT A;  5P0A A;  1TW7 A;  1KJ4 A;  1T7I A;  3VEU A;  4JEC A;  3APP A;  4R5N A;  2HPF A;  1HPX A;  2V10 C;  3IA9 A;  5P5R A;  3NUJ A;  1ZTZ A;  4Y3A A;  4Y5B A;  3TTP A;  3UFL A;  2I0D A;  4YOB A;  4Z2Z A;  1TZS A;  1W6H A;  5P14 A;  3WB4 A;  1T6G A;  5P0I A;  2ZJI A;  5P52 A;  3VFA A;  4DQB A;  2G27 A;  4TVH A;  3NXE A;  3EKX A;  5C9F A;  2H6S A;  2QU2 A;  3B7V A;  5P43 A;  3OWN A;  1HTG A;  2IGY A;  4ACX A;  4RVI A;  2O4K A;  2O4S A;  5P36 A;  3EKY A;  1APW E;  4EXH A;  5OZX A;  4OD9 B;  4RZ1 A;  5P0S A;  6FIV A;  5P3C A;  3OHH A;  1B6J A;  4J55 A;  1IDA A;  3SA7 A;  4I0H A;  4Y3Q A;  9HVP A;  3NSH A;  5P02 A;  4I0F A;  3DV1 A;  2Q55 A;  1APU E;  2WF1 A;  3GGA A;  1SP5 A;  3PRS A;  4Q1N A;  2PC0 A;  5P65 A;  2NMZ A;  3S53 A;  3MSJ A;  1C6Z A;  4HDF A;  5P68 A;  5P0U A;  5P24 A;  4ER2 E;  5P4T A;  5P2Q A;  3Q4B A;  3R1G B;  5P3G A;  1ZBG A;  4U7V A;  5P5N A;  4J17 A;  4Y3R A;  3GGX A;  2I4U A;  3DUY A;  2WEA A;  3OQD A;  4GJA A;  5DQ5 A;  4Y54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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