5P40A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 189
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p40A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p40A01
1XDHA 4Y4EA 4L7JA 2P3BB 5P26A 5P14A 5P1YA 3TOFA 1QBSA 2F8GA 5JFPA 5OZ7A 1HXWA 3O9EA 4Y50A 5P6GA 5P0UA 5KR0A 4E43A 1NSOA 5P0CA 4YD3A 4GJBA 5APRE 3ZLQA 5P7HA 7HVPA 5OYSA 3EL1A 5OZHA 2OHUA 3VFBA 3BUFA 1SBGA 1DAZC 5P0KA 5P3BA 3OQAA 2I1AA 5P1DA 3QP0A 5P4ZA 1ZLFA 3OQKA 4DJUA 5P1GA 5P3IA 4I10A 1AJXA 5P47A 1HTRB 5HCTA 5P4XA 2ZJMA 3QBHA 2FIVA 1YTJA 4YOBA 5DQ1A 1F34A 2AVVA 3QIHA 5P27A 1FEJC 4IVSA 2QMFA 4Y3AA 5ENKA 2FNTA 5P2TA 5OYRA 3O9CA 3BC4A 4K4PA 2V16C 3NWQA 5P5MA 3HVGA 1QBRA 3EL4A 3PBZA 3S56A 5P6WA 5P0DA 2UXZA 5P1IA 1MTRA 1B5FA 6UPJA 5OZ2A 5P2QA 5P87A 5P31A 1FKNA 4GJ7A 3WZ6A 1YTIA 2AVQA 1UH7A 5DR7A 2WL0A 3D1XA 1HVRA 2WEDA 4NJSA 5P1WA 4ZPGA 5OZPA 3LHGA 5P3JA 5P70A 4YOAA 1D4JA 4HDBA 1HVSA 5P40A 3SKGA 5OYWA 3HAUA 5P6TA 1B6PA 3QI1A 5KQFA 1AIDA 5HVPA 3TH9A 3R1GB 3LPIA 2BB9A 5P0FA 2G94A 2Q15A 4RVXA 3G72A 1GNMA 1PROA 1NPWA 2ZYEA 2OF0A 3OGPA 5P2UA 5P5JA 5P6FA 2QD6A 1CZIE 4Y37A 5AGZA 2AOGA 2I4UA 4NJVA 3TPRA 1XN3A 3EKWA 2FGVA 3Q5HA 5UPJA 4GMIA 1SGUA 3SLZA 2V00A 3TPJA 4DQFA 3CKRA 4I0EA 5F00A 2FNSA 3SA6A 1LS5A 5P46A 4GJCA 1IIQA 5P2NA 3PSYA 4ZLSA 4PPHA 5P1KA 4FL8A 3M9FA 3WZ7A 5P88A 1LZQA 5P1QA 1PFZA 1SDVA 3INFA 5KR2A 3ST5A 4GYEA 5HE5A 5P32A 4I0HA 1AZ5A 3KDDA 4CPSA 3NDTA 5P7CA 1LF3A 5OZ0A 1G35A 1IZDA 2ZE1A 3SKFA 3QROA 3NXEA 2VNMA 1U8GA 4JOOA 4APEA 4XXSA 3LZYA 4B1EA 5P8AA 4TRZA 4Y3GA 4FIVA 2VKMA 2WKZA 5P65A 3KFRA 3UDQA 5P05A 2HB4A 2AZ9A 4D85A 2RENA 4M8YA 3LIZA 5P53A 3O9IA 4A4QA 4Y3ZA 1HIVA 2OHPA 3PMUA 4I11A 4RGHA 3EM6A 2OHSA 3TNEA 3LPJA 1GVXA 2IKUA 5I3YA 5P1MA 4PZXA 4EWOA 2HB2A 2QMGA 5P69A 2VS2A 4HDPA 3SAAA 4Y36A 5P7WA 4DI2A 5P41A 4FAFA 3BXSA 4EJLA 1AAQA 5OZ3A 5P0LA 3L5BA 3Q70A 4Y53A 5P8UA 2XFKA 1MRXA 3PEPA 4B72A 4LL3A 2PWRA 2Z54A 3NU9A 5P5VA 1WBKA 2AVMA 1W51A 5P1XA 1T3RA 2AQUA 1HVIA 4Y5KA 1F7AA 4DPFA 5P19A 4EJ8A 1BVGA 5P4UA 5OZDA 3RU1A 5P5YA 3WB5A 3FNSA 6APRE 5P78A 5P5EA 4J5JA 2OHKA 5P82A 5P12A 1HPSA 2O4PA 4LXAA 3LIYA 5P81A 4EJDA 4Y3RA 1G0VA 3R4BA 5OZEA 4ZSPA 3IN4A 1RV7A 2NXMA 1BXOA 5P75A 2AZBA 4Q1NA 5J25A 1GVVA 2VIZA 3L38A 3VF7A 5P80A 3S85A 2F80A 5DQ2A 4XX3A 2R9BA 5P45A 4J0VA 1MSNA 1W6HA 5OZ5A 5P83A 3F9QA 1B5FB 5P0IA 4DPIA 3PI0A 3KFNA 3VV8A 1EC2A 4Y3XA 3TPLA 5P5ZA 4Q5MA 5P0MA 5P8KA 2P83A 3NWXA 3ZKGA 4Z2ZA 4AMTA 2UY0A 4TRWA 3OQ7A 3UDJA 1ZSRA 1HRNA 2WF3A 2QNPA 3AUPA 5P8TA 1N49A 2CEJA 4L7HA 4DJWA 5P8PA 3OU4A 5P66A 4GJ6A 2NTRA 1ZBGA 1XE5A 1XN2A 3OWNA 5P0ZA 4Y3HA 2G1YA 1FLHA 1YT9A 3PI5A 1XE6A 3I7EA 2RSPA 3L5EA 4S1GA 2B7FA 1XS7D 3G70A 3MSKA 4OBJA 4OBHA 1HTEA 3LIVA 4I0GA 3BXRA 5P5OA 2G1RA 4EXGA 2O40A 2ER0E 4HEGA 5P4TA 5OYQA 1HVLA 3H5BA 3U71A 3UFNA 1GKTA 3OGQA 5P3UA 2VJ7A 5P49A 4FRSA 5P7AA 4QJ2A 1FQ4A 4I1CA 3OQFA 3RSXA 4FRIA 3NXNA 2QNNA 5P18A 1ZJ7A 5P01A 4MC6A 5BS4A 5KR8A 5OZCA 3SO9A 3UQRA 4RCEA 3EM4A 2IEOA 3BVBA 1BIMA 1HEGE 1HBVA 4H1EA 2BKTA 5P1OA 1FFIC 3TPPA 3PLDA 2G27A 3CIDA 3K5CA 3PGIA 1W5VA 2B7ZA 5P2ZA 4ER1E 3R2FA 5P42A 5P4QA 3HW1A 4L6BA 4ZSQA 4DQGA 1BAIA 3BRAA 3QPJA 4RYGA 1C6YA 1T6GA 4FAEA 2QI3A 4OBDA 1FF0C 3L5DA 4Y58A 4RRNA 2WEAA 2ZJNA 4Y48A 1FFFC 3L59A 3OU3A 5ER2E 4FRJA 5OZ1A 5COOA 1MERA 2PSUA 5P50A 1KJHA 3OK9A 5E5KA 3URLA 5OZVA 4FM7A 1B6LA 1BV7A 4BEKA 5P3NA 5P68A 5P0AA 5P7RA 1YM4A 3D91A 3PMYA 5P3YA 1BDLA 5P5CA 1BBSA 4YE3A 4DUSA 5P3CA 5P4OA 1IVQA 4Y35A 2QZKA 3CICA 2RMPA 5DGUA 5SY3A 3QS1A 3NDWA 4YD6A 2NXDA 4ZEAA 4AZYA 5P7GA 1PSNA 4XX4A 3ZKNA 1GVTA 5P3AA 1BWBA 3SQFA 4PZWA 2BQVA 2QHYA 5DR3A 5P1TA 2FMBA 3I8WA 5P23A 1K6CA 4ZIPA 4Y45A 1SMEA 2ER9E 5P5LA 3S43A 5OZ4A 4ER2E 4Y3MA 2OHRA 3HLOA 1MVPA 5P8IA 2O4LA 1KZKA 3NU5A 5C9DA 5P6OA 5P37A 4HE9A 3VFAA 5P38A 5P11A 1M4HA 1SIPA 5HE7A 5P2RA 3KFPA 5P52A 5P56A 3D1YA 4JECA 1EBKC 1OD1A 3QRVA 5OZZA 5P2HA 5HTZA 3UDYA 5P7VA 2VA5A 5OZRA 3OAGA 1EPME 4EP3A 3JVYA 4HA5A 3FNTA 4Y3LA 5P1VA 4GJDA 2V10C 3EL9A 5P51A 2QMDA 4B70A 2QU2A 3ER5E 4CPXA 5P03A 1HTFA 5P8CA 3B80A 4Y43A 3SA4A 2VNNA 1WBMA 4Y5PA 4CPQA 3CKPA 1DPJA 1K6TA 3OXWA 2Q11A 4RLDA 4GJ8A 2ZJJA 5P3TA 4I8ZA 1C6XA 5OZWA 1KJFA 1MEUA 1W5XA 5P5TA 2IS0A 3OU4B 5P7JA 3LZVA 1HTGA 4NJTA 1META 2I4DA 1EPRE 2VIJA 2IRZA 4YCKA 3O9HA 2JXRA 3OXCA 3UDMA 4R95A 1RNEA 5P0BA 1GVUA 2F3EA 2PK6A 5P5AA 4CMSA 1APUE 5JG1A 1B6MA 5P39A 3SM2A 2FDPA 2JE4A 3GW5A 3PHVA 4DJPA 3S54A 4Y39A 3BVAA 4CPUA 5P64A 1LYAA 1OEWA 1GVWA 2FGUA 3IN3A 3R0WA 4Y47A 4GZFA 4QLHA 3WZ8A 3SA5A 4GB2A 3UDKA 4Y5EA 2P8HA 4FM8A 2R3TA 4D83A 2R8NA 1Z1HA 3VYDA 1GNOA 4B1DA 2QI4A 5P6AA 4GIDA 4Y56A 5P2CA 2WECA 3INEA 3DV5A 1BVEA 1MUIA 2IL2A 4J54A 3APRE 1HIIA 3URJA 5P6NA 3QVCA 3ZKIA 1D4SA 2NNPA 4YCYA 3SA7A 4I0DA 5C9BA 1SH9A 1SIVA 5P3EA 3SFCA 1RPIA 1PPLE 4KE0A 3VF5A 1QS8A 3K4VA 1MPPA 5HDXA 4U7QA 1TW7A 3VEUA 4Y3DA 1MESA 2XFIA 4J1HA 3KT2A 3CYWA 2VA7A 3H0BA 2Q54A 3KN0A 1Z8CA 2QI6A 5P55A 3NYGA 3INDA 2FLEA 3RSVA 3TL9A 5P3ZA 3L58A 5KAOA 2AOFA 5P5QA 5P7MA 4Y3JA 4DQEA 1BXQA 4NPTA 1ZTZA 4Y57A 5KQZA 5P8DA 2WF4A 1W6IA 5P13A 1BV9A 3APPA 2F81A 4HDFA 4EJKA 3OTSA 4Q1YA 1LV1A 3DCRA 3NU6A 5T4SA 5P71A 4ZPFA 3ECGA 1FQ7A 1SGZA 3OTYA 4ZE6A 5COPA 4OC6A 5P1RA 2B42A 4RVJA 4Y4AA 2ZHTA 5P77A 4HLAA 1EBZA 2A4FA 3MXEA 3DUYA 2R3WA 3S43B 1HOSA 3OOZA 3O99A 4K4RA 3IA9A 4R93A 5P4AA 5P8SA 1K1UA 1TSQA 3A2OA 4RYCA 4B0QA 5IVTA 5P3SA 3UTLA 2I0AA 2ZHRA 2R43A 1RQ9A 3T3CA 3UQUA 5P5IA 1NH0A 3BHEA 2APRA 2QU3A 4J1EA 3EXOA 5P36A 1T6EX 4DJQA 3OUDA 3OAGB 1W5WA 3O9AA 4U7VA 3LPKA 5P06A 5ISJA 5P60A 5P4IA 1QDMA 4YD4A 5P1UA 2V12C 5P08A 5P5RA 5P2MA 1NPVA 1SP5A 2SAMA 4F74A 5AHAA 5B18A 1C6ZA 4F73A 3CMSA 5P30A 5F01A 5P1HA 5P6BA 1HVCA 2AZ8A 2B8LA 3ZKQA 3GI0A 4CPTA 5SXNA 2O4NA 3GI6A 1GNNA 3UDHA 2BJUA 2QK5A 3LZUA 4OBGA 4U8WA 4R91A 5P4LA 5P2LA 4EP2A 1RL8A 3NSHA 2H6SA 5P6PA 1T7JA 5EZXA 3VYEA 5P2KA 3IAWA 5P34A 2Q55A 5P6LA 5P74A 3O9GA 2HPFA 3LITA 3OUBA 2P3AA 5P6UA 1AVFA 2V13A 1LYAB 1KJGA 3EL5A 5P7SA 3D20A 5P20A 4YDFA 1PPME 2HPEA 2HC0A 1KJ4A 3TOGA 1OEXA 3KFSA 4J1CA 3KDBA 3DK1A 1B6JA 5P02A 4JPEA 3S7MA 4OD9A 3PBDA 3TLHA 1LYWA 2FXDA 5KOQA 5P1ZA 1TQFA 2G21A 3N3IA 5P1NA 5P61A 5P25A 5DQ5A 3LZSA 2ZJLA 5OZUA 3BGCA 3FX5A 2I4QA 4Q1XA 3FV3A 4Y51A 3K5GA 5I3XA 2VJ9A 1K2BA 5P1AA 4J0PA 4MC2A 5HE4A 1ZP8A 3L5CA 1A9MA 5P4CA 1JLDA 1EC3A 5DPZA 2G1OA 3RTMA 3ZMGA 1D4YA 3D3TA 1YTHA 1HPOA 3NU3A 2P4JA 4JPCA 4LP9A 4J55A 4TRYA 5P3QA 3OOTA 5P6QA 5KOSA 3EL0A 1C70A 1HVKA 5P72A 5P7DA 3HDKA 5P5NA 5OZXA 1QBUA 2PK5A 4H3GA 5P2YA 1TCXA 5P4PA 3PWRA 3QRMA 3UDPA 1HVHA 5P4JA 1M0BA 2QI7A 3SPKA 5P3MA 3QBFA 3SA9A 1A8KA 4YD5A 3HVPA 4K8SA 4Y4JA 2J9JA 3GGUA 1LYBA 4B77A 3C9XA 3INHA 1XL5A 1FGCC 5P6DA 5P86A 1PSAA 5P7PA 3T6IA 1ODYA 1MRWA 5P0SA 5P1JA 5P6MA 5SY2A 3EC0A 3SABA 2I0DA 5P7QA 1EPQE 5AHCA 5OZSA 3PLLA 5P63A 1FMBA 1IZHA 4OC6B 5P8GA 2ZJHA 5P89A 2QI1A 4R8YA 3SACA 2A1EA 3QVIA 2FDEA 1HVJA 1HWRA 5OZ9A 4MC9A 3U6AA 4LXMA 5AH6A 5KQYA 3UQWA 4AUCA 3ZPSA 2WF1A 5P7XA 2IKOA 2NR6A 3EKYA 1G2KA 1K6PA 3AIDA 5P8RA 5P6HA 5P0GA 4HVPA 2NPHA 2H6TA 2OHTA 5P6IA 4RRSA 1EAGA 2AOEA 5P1EA 5P7IA 3KF0A 5P84A 4JP9A 5P67A 4Y6MA 3WSJA 5P4BA 2MIPA 1FG8C 5P1PA 4Z50A 5P5KA 2Q5KA 3L3AA 1EEDP 3OUDB 2Q3KA 4DQCA 4Y4DA 4B05A 1VIJA 1CMSA 5P54A 2PH6A 4Y4XA 5OZYA 5P85A 5P2DA 1ODXA 4ZSRA 1UPJA 5P5SA 5P8LA 1T7IA 3QAAA 2AOCA 4K4QA 1AXAA 1HSHA 4J1KA 2ZHSA 5P5WA 2JJIA 3PB5A 5P4DA 3GGXA 5P4FA 3I25A 5P6CA 2XYFA 4D8CA 3LIQA 5PEPA 4B78A 1MIQA 1BDRA 4Q1WA 3S2OA 5P0QA 1G6LA 1FB7A 2G20A 5BRYA 2WF2A 4Y4BA 1HPVA 2I4XA 3Q6YA 1FMXA 4Y3YA 3R0YA 3L5FA 2G1NA 5P57A 4KB9A 2ZDZA 2VA6A 3WB4A 2BPVA 2IGXA 4Y3NA 5P09A 3TKWA 4DJVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XDH A;  4Y4E A;  4L7J A;  2P3B B;  5P26 A;  5P14 A;  5P1Y A;  3TOF A;  1QBS A;  2F8G A;  5JFP A;  5OZ7 A;  1HXW A;  3O9E A;  4Y50 A;  5P6G A;  5P0U A;  5KR0 A;  4E43 A;  1NSO A;  5P0C A;  4YD3 A;  4GJB A;  5APR E;  3ZLQ A;  5P7H A;  7HVP A;  5OYS A;  3EL1 A;  5OZH A;  2OHU A;  3VFB A;  3BUF A;  1SBG A;  1DAZ C;  5P0K A;  5P3B A;  3OQA A;  2I1A A;  5P1D A;  3QP0 A;  5P4Z A;  1ZLF A;  3OQK A;  4DJU A;  5P1G A;  5P3I A;  4I10 A;  1AJX A;  5P47 A;  1HTR B;  5HCT A;  5P4X A;  2ZJM A;  3QBH A;  2FIV A;  1YTJ A;  4YOB A;  5DQ1 A;  1F34 A;  2AVV A;  3QIH A;  5P27 A;  1FEJ C;  4IVS A;  2QMF A;  4Y3A A;  5ENK A;  2FNT A;  5P2T A;  5OYR A;  3O9C A;  3BC4 A;  4K4P A;  2V16 C;  3NWQ A;  5P5M A;  3HVG A;  1QBR A;  3EL4 A;  3PBZ A;  3S56 A;  5P6W A;  5P0D A;  2UXZ A;  5P1I A;  1MTR A;  1B5F A;  6UPJ A;  5OZ2 A;  5P2Q A;  5P87 A;  5P31 A;  1FKN A;  4GJ7 A;  3WZ6 A;  1YTI A;  2AVQ A;  1UH7 A;  5DR7 A;  2WL0 A;  3D1X A;  1HVR A;  2WED A;  4NJS A;  5P1W A;  4ZPG A;  5OZP A;  3LHG A;  5P3J A;  5P70 A;  4YOA A; 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 2REN A;  4M8Y A;  3LIZ A;  5P53 A;  3O9I A;  4A4Q A;  4Y3Z A;  1HIV A;  2OHP A;  3PMU A;  4I11 A;  4RGH A;  3EM6 A;  2OHS A;  3TNE A;  3LPJ A;  1GVX A;  2IKU A;  5I3Y A;  5P1M A;  4PZX A;  4EWO A;  2HB2 A;  2QMG A;  5P69 A;  2VS2 A;  4HDP A;  3SAA A;  4Y36 A;  5P7W A;  4DI2 A;  5P41 A;  4FAF A;  3BXS A;  4EJL A;  1AAQ A;  5OZ3 A;  5P0L A;  3L5B A;  3Q70 A;  4Y53 A;  5P8U A;  2XFK A;  1MRX A;  3PEP A;  4B72 A;  4LL3 A;  2PWR A;  2Z54 A;  3NU9 A;  5P5V A;  1WBK A;  2AVM A;  1W51 A;  5P1X A;  1T3R A;  2AQU A;  1HVI A;  4Y5K A;  1F7A A;  4DPF A;  5P19 A;  4EJ8 A;  1BVG A;  5P4U A;  5OZD A;  3RU1 A;  5P5Y A;  3WB5 A;  3FNS A;  6APR E;  5P78 A;  5P5E A;  4J5J A;  2OHK A;  5P82 A;  5P12 A;  1HPS A;  2O4P A;  4LXA A;  3LIY A;  5P81 A;  4EJD A;  4Y3R A;  1G0V A;  3R4B A;  5OZE A;  4ZSP A;  3IN4 A;  1RV7 A;  2NXM A;  1BXO A;  5P75 A;  2AZB A;  4Q1N A;  5J25 A;  1GVV A;  2VIZ A;  3L38 A;  3VF7 A;  5P80 A;  3S85 A;  2F80 A;  5DQ2 A;  4XX3 A;  2R9B A;  5P45 A;  4J0V A;  1MSN A;  1W6H A;  5OZ5 A;  5P83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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