5P41A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 190
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p41A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p41A01
3AIDA 5P62A 5P71A 1BIMA 2VIYA 5P54A 5P4WA 4DQCA 3ZKGA 3FKTA 1NSOA 5P83A 2AOFA 5HE4A 5P3TA 3L5BA 1AM5A 4J0VA 4X7IA 5P14A 5P5EA 1FKNA 5P4BA 3U6AA 5P7VA 4Y3LA 5EZXA 4R8YA 1VIKA 5T4SA 5P3GA 3PWRA 3R0YA 3T7XA 2AZCA 3PSGA 1FEJC 4TRYA 5P8OA 4FRIA 5P4FA 3VF7A 3PVKA 4DQEA 4Y4UA 4YCTA 2FIVA 3SFCA 4N00A 4FAEA 4Y53A 3VG1A 1IZDA 5P43A 4Y51A 2G1RA 3AUPA 3ZOVA 4B1DA 4D85A 2Q55A 4I0EA 2ZJJA 3KFNA 4NJUA 5P4XA 4GIDA 1B5FA 1C6ZA 2ZHVA 3PJ6A 3LITA 2PSUA 3APRE 3I7EA 3S56A 1OEWA 1TCWA 2G26A 3URLA 5P8SA 2V12C 3S43A 3L5DA 5P0HA 3EC0A 4YD7A 5P3FA 1OD1A 5P85A 5P89A 2F8GA 3KF0A 1EBYA 5P3VA 1ZJ7A 2NMZA 3N4LA 2ER7E 5OYZA 5P7KA 5P19A 4H3GA 3VLBA 5P6AA 3INDA 1HXWA 4FSEA 3S85A 4Y3SA 2IL2A 5P6WA 5SY2A 2QNNA 3UDYA 5P6KA 3O99A 3KMXA 3VV7A 4Y5KA 1ZSRA 2BJUA 2QMFA 5P18A 5P4NA 1GNOA 4Y6MA 5P4LA 1TQFA 3SM1A 1A30A 2ANLA 3EXOA 4LHHA 4K4QA 2V10C 4JP9A 5P17A 1MEUA 3OTSA 5P7RA 2OHUA 4DJRA 2PK6A 1HVKA 3GGVA 4WY1A 5P5OA 2OF0A 5P07A 3URJA 5ISKA 4HDPA 5P6HA 4QJ7A 3GI5A 5P29A 2WF0A 4S1GA 2VA5A 4K4PA 3FNUA 1ZSFA 4Y5GA 4FIVA 3GW5A 4R92A 2Q3KA 3VYDA 4Y54A 1BV7A 1SIPA 5P7PA 1RPIA 5P2MA 1IZEA 4K8SA 4ZPFA 5P63A 3SM2A 3HAUA 1BXOA 1FB7A 2BPWA 3KM4A 1HTRB 3L3AA 3OAGB 3OUBA 5OYRA 4PZXA 5P5GA 5ENKA 1YTGA 5P60A 3DV1A 1MSNA 2HPFA 4Y57A 1ZBGA 1FFFC 2OHNA 1AIDA 1XL2A 5P75A 2R8NA 3TPJA 1M43A 4Y36A 3RSXA 1PSAA 5P1KA 3EKVA 5P6JA 5P5VA 5P7OA 5P5TA 1XE6A 2G22A 3EKYA 5P65A 1EEDP 5P0XA 4RROA 5P5QA 1BDLA 5P1AA 2JXRA 2WKZA 5P8GA 3NDXA 3L5EA 1YTIA 5P4ZA 5EZZA 4Y5PA 3PCWA 1T7IA 1EBWA 5P12A 5P45A 3O9IA 4I0ZA 1T7KA 4AUCA 2ZDZA 5P8IA 2P3BB 5P2VA 4GJCA 5E5KA 3TOHA 4D83A 4EPJA 5P7WA 2QZXA 4F74A 3EKXA 1QDMA 4B78A 5COKA 5AH7A 3DJKA 5P6OA 1TSUA 5P48A 1IVPA 3R4BA 2HIZA 4EXHA 2F3FA 5OYVA 1ER8E 5OYWA 3OU4A 1DIFA 5P0AA 3KDBA 1HTEA 2R38A 5P0ZA 2FXDA 2I4QA 4EHCA 4Y5NA 2QP8A 4DJOA 2AVQA 2J9JA 3DV5A 5OZ2A 5HDXA 3OXWA 5P0LA 3OQDA 3EM6A 1T6EX 1TZSA 3UQPA 5P2ZA 2QD7A 3GGXA 5P2DA 3QRVA 5OZZA 4EP2A 5P4EA 1GKTA 2AOGA 3NDUA 3PRSA 1ZPKA 2QI6A 4J1CA 3PHVA 3UQUA 4FSLA 4EXGA 3ZL7A 3T7PA 5P24A 3BGBA 2AZ9A 1LYBA 3CMSA 3IN4A 5P7XA 5P3IA 1LF4A 1ZTZA 5OZ6A 5P52A 4ACUA 3ZKQA 2RSPA 3K4VC 4RYCA 3TKGA 4I0GA 2VKMA 1YG9A 1U8GA 1HTGA 2QU2A 4ER1E 3SA4A 3EKPA 4PEPA 3VV6A 5P5BA 3ECGA 5AHAA 1HTFA 5P6FA 3FV3A 2V13A 1HWRA 5KOQA 1D4YA 4FGXA 4PPHA 5P2UA 4Y5LA 5P1YA 5P1TA 3B7VA 3D91A 4YD3A 1IIQA 1WKRA 1NPVA 4DQGA 3LIVA 3JVYA 5P3OA 3SKFA 1E5OE 1LYAA 1GVTA 3ZKIA 3FSMA 2QI3A 2A1EA 4GJ9A 2RENA 2CEJA 2QMPA 1MVPA 2NTRA 3PWMA 4RZ1A 4IVTA 5P40A 3QAAA 5P6VA 1APTE 5IVQA 2AVOA 3O9LB 7HVPA 4FM7A 4J54A 5P0JA 3NDWA 3QPJA 2NXLA 5E5JA 3RTNA 2HB2A 5P3MA 4OBGA 2O4LA 4FRJA 3QROA 4OD9A 4FCOA 4U7QA 4OC6A 1HVLA 1C70A 5DQ5A 4FRSA 1FG6C 5OYXA 2P83A 2NNKA 2I4XA 3TLHA 3EL5A 1UH8A 3O9GA 4I0JA 4XX3A 4HEGA 4JOOA 3Q5HA 2ZE1A 4AMTA 1XL5A 3QS1A 3TPRA 1E82E 5HCOA 5OZPA 5P3NA 3FIVA 2IGYA 3IGBA 5P56A 4JPCA 5P4TA 1RQ9A 3CIBA 5P05A 4Y41A 2G1OA 1AJVA 3WZ6A 2HC0A 4FE6A 4FM6A 3L38A 3UHLA 3NU5A 2I4VA 4ZE6A 2QU3A 2PYMA 5F00A 3VF3A 3OADB 1FLHA 2AVVA 1WBMA 4YD4A 5KR2A 1HSGA 1EPQE 5P4IA 3NUJA 3IXKA 5BRYA 5OZVA 4B77A 4Q1NA 1G0VA 5P7JA 4Z50A 1XS7D 3BUHA 5HE7A 2WEBA 4CPRA 1LYWB 4KE0A 4QJ6A 5P03A 2IENA 5P31A 2IS0A 4RCFA 4Y4ZA 3L58A 5P5RA 4U8WA 1UPJA 2SAMA 1B11A 5OZ8A 5P4VA 4YDGA 4M8XA 3MXEA 1MT9A 3WZ8A 4DPFA 5OZ7A 5P1XA 5P34A 4K4RA 3CIDA 2I1AA 2NMYA 5P08A 2JJJA 3KN0A 3OUDA 5P58A 5P6YA 1E81E 3MWSA 5P50A 5P8NA 5P1HA 2ZJKA 1HSIA 5P36A 2P8HA 5P0EA 4R93A 3B80A 4YDFA 1A8GA 2EWYA 2WEDA 3CKPA 5KOSA 4PHVA 5P7DA 3SABA 2QHYA 5P3XA 4GJ6A 2P4JA 5P6QA 5I3YA 1FIVA 1HSHA 4Y48A 2ASIA 5ISJA 5OZOA 1AJXA 1EPNE 2R3TA 5P06A 5P4YA 3BXRA 3OU1A 3KDCA 3VLAA 2WF3A 3HLOA 1META 5OZYA 4CPWA 3EM3A 5P0NA 3SA9A 1ODXA 3TH9A 4F75A 3L5CA 2IKOA 1SDTA 2ZHUA 3QVCA 4R95A 3KFSA 1ZAPA 5JODA 3NU4A 5P46A 4J0YA 4LBTA 2IDWA 1DMPA 3TPPA 3UDKA 1W5YA 2NNPA 5TOLA 3QVIA 4Y3PA 3G72A 2I4DA 5DQ1A 5P4PA 5P3UA 4J0ZA 2QD8A 2ZHRA 2OAHA 3PEPA 4TRWA 4D88A 5P88A 5IVTA 4L7GA 5P1UA 5CONA 3RVIA 5P1QA 3D1YA 5IVRA 5P8MA 2FS4A 5P6NA 5P6RA 4EP3A 2QNPA 3FNTA 5P4QA 4L6BA 2VJ9A 5P1JA 3CYWA 4EQ0A 5P1PA 5P1FA 2H6TA 5P7ZA 5OZ5A 4HDFA 5P3LA 3Q4BA 1K1TA 1HEFE 1G35A 5OZFA 3QIHA 1GVXA 5P69A 1YT9A 5HD0A 3UCBA 1MT7A 4QJ9A 1PFZA 4L7JA 5P2EA 3ZKMA 3ZLQA 1SGZA 2G24A 4YE3A 5P2XA 5P8DA 3VCMA 5P02A 1B6LA 1D4HA 5OZTA 1KJ7A 5P16A 2FGUA 2R5PA 4Y3NA 5ER2E 2VA6A 4RLDA 4Y50A 5P04A 5I3WA 1EBZA 5P57A 1PPKE 5KQZA 2IKUA 2AZ8A 5P6DA 5P0WA 5P3DA 1KZKA 1FMUA 2UPJA 5UPJA 3UDRA 4GYEA 1MUIA 2FDDA 4FM8A 4B70A 4I8WA 5P7IA 2R5QA 4COEA 4YHQA 2V0ZC 5P6MA 5P2TA 5P5AA 1LS5A 5P8FA 3SA6A 1K6TA 4LXAA 5P2BA 5P7NA 5P0MA 1HVJA 5P81A 4GMIA 3VFBA 4OBFA 4FRKA 2HB3A 4I0FA 3GGAA 4NJTA 4YOBA 5KAOA 4CPUA 5COPA 2BPZA 4U7VA 2AOHA 3D20A 5P5SA 4DH6A 3T7QA 5OZ3A 1SH9A 3IVHA 5P55A 5P5ZA 3ZKNA 4Y3GA 5OZ9A 5C9FA 5P1BA 5P3QA 5P2FA 3KT5A 4HE9A 5OZBA 5KQXA 1K1UA 1MSMA 3SPKA 4AZYA 1HRNA 3MSJA 1SBGA 3T11A 3S8IA 4HZTA 2WEZA 4B00A 5OYSA 5P2GA 2AODA 5HCTA 5P3SA 1AZ5A 3HVGA 5I3VA 4A4QA 5P2NA 5P0TA 4ZIPA 4Y3AA 5P39A 4BEKA 3DM6A 2FGVA 4Y4XA 3EKWA 2AZBA 4QLHA 1FQXA 5P6LA 2QMGA 2VJ7A 5P68A 4J1EA 4I12A 5P5LA 3ZPTA 4L1AB 5P7SA 5KR0A 4I11A 3OAGA 2VJ6A 5OZXA 5P3CA 4RVXA 2BBBA 2QK5A 5C9BA 5P35A 5DR8A 1SGUA 3VSWA 5HU1A 4NJVA 4OBZB 5P3WA 5P30A 4Y44A 1QS8A 1DP5A 2AOJA 1PPME 3PBDA 1FMXA 3CKTA 2QZWA 3O9CA 3PM4A 3EL9A 1F34A 3EM4A 4H3FA 4DJPA 4AA8A 5IS4A 3BUFA 9HVPA 1IDBA 4EQJA 4Y39A 5P7TA 2B8LA 1HVIA 2CENA 1NH0A 4EJLA 2Q63A 4APRE 3K5CA 4JPEA 5P8PA 2XFIA 1AXAA 3K1WA 1KJFA 3N3IA 5P49A 3RU1A 3PMUA 4RCDA 1QBRA 4CP7A 2OHRA 2VNNA 4B0QA 1MPPA 2J9KA 4ZLSA 4MC9A 2P3BA 1OEXA 3SQFA 5P5YA 1DPJA 3VUCA 1B6PA 1W50A 5P5IA 2ZHSA 4MC6A 4ZSMA 5OZIA 3H5BA 5P26A 3OU4B 2Q5KA 5P5NA 5P3PA 1CPIA 5P79A 3OQ7A 5P2YA 1NPWA 2J9JB 3DUYA 5P4AA 5P5CA 1EPPE 5JFUA 3INHA 2APRA 5OZ1A 5P5KA 3Q70A 2AOIA 1GNMA 3PCZA 1TSQA 1XDHA 5P0QA 1FQ4A 4QJ8A 1ME6A 4HDBA 4I0HA 5P4DA 4Z22A 2AIDA 4NKKA 1BDQA 3MSKA 5DGWA 3NWQA 1D4KA 4B1CA 3BGCA 1HEGE 3R0WA 3OK9A 1GNNA 2ZJLA 1B6KA 3NUOA 4MC1A 5P4MA 5P3BA 2AVSA 1A9MA 1EC1A 1QBTA 4ZPEA 4YA8A 4Y4TA 4H3JA 1LYBB 5P1MA 4I0DA 5P2OA 3PBZA 5P4CA 5DR7A 3I2LA 5P2RA 5P2HA 2IQGA 5P7BA 5P4UA 3KYRA 4Y3TA 3LZVA 3HAWA 3IVIA 1PROA 3UF3A 4TVGA 4LC7A 3DK1A 1D4LA 4A6BA 5J25A 5BS4A 1W5WA 2B60A 1GVWA 4B05A 1MRWA 3OQAA 1YTHA 2I0DA 4GJ7A 5P1GA 3UDJA 3NU9A 1A8KA 2G1NA 3DCKA 2VS2A 3S7MA 1C6YA 1BXQA 5P3ZA 3VYFA 2HS2A 3HD8A 3DCRA 5DQCA 2Q15A 4L7HA 3NDTA 3UFLA 4FAFA 3PGIA 5P4OA 1LYAB 5P6IA 1BILA 3DOXA 3NXNA 5P47A 3OXVA 2WF1A 2G20A 5P6SA 4RCEA 2NXMA 4Z2ZA 2HAHA 4QJ2A 1QBSA 5P64A 3KFRA 2BPYA 1K2CA 1EBKC 5HDVA 5OZNA 5P1DA 4J17A 2HM1A 2WF2A 3LIXA 3BVBA 5P0GA 2ER9E 5FIVA 5P0DA 4NJSA 2FDEA 4Y3WA 5P1VA 5P2AA 3SO9A 1HHPA 3FX5A 5DQ2A 5AHBA 4I0IA 4LAPA 4Y5EA 2ZJNA 5P20A 1T3RA 4OD9B 1T7JA 1HIIA 3PI0A 2G69A 2XFJA 4FLGA 5P15A 3K5FA 5OZLA 1XN3A 3NSHA 2ZJIA 5P0YA 5P0SA 3SA5A 1EPOE 2JJIA 3L59A 5OZUA 4Y4JA 2G94A 4GZFA 2UY0A 5P28A 5P0BA 2Q54A 4Y38A 1AVFA 2PMAA 1HIHA 4QJAA 3OOZA 3K4VA 5DPZA 5P1WA 5P51A 2VIEA 3UDQA 2IRZA 4FS4A 4Y5AA 4Y43A 5AHCA 1FQ7A 4Y3XA 1HVSA 4B1EA 1RV7A 4Y4WA 4DUSA 4GJAA 3WZ7A 5SXNA 2AOCA 5OYQA 3ZPSA 1KJHA 3D3TA 4Y5CA 3TKWA 3SA3A 1ENTE 4ZSQA 4DV9A 4Y58A 3VFAA 3M9FA 2PWCA 3LPJA 5P0PA 5P3RA 3OADA 5P8CA 2QI5A 4AA9A 5P25A 2I0AA 3TOGA 1APWE 5P10A 3SA8A 5P3EA 5P4KA 2BPVA 3INEA 2HPEA 3OOTA 8HVPA 5DR0A 2BKSA 5P6GA 4ER4E 5P6ZA 4Y45A 4RVJA 1LYWA 4KE1A 4DQBA 5P2SA 1SDVA 5P82A 3IAWA 3ZKXA 1E80E 4Y37A 4CMSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AID A;  5P62 A;  5P71 A;  1BIM A;  2VIY A;  5P54 A;  5P4W A;  4DQC A;  3ZKG A;  3FKT A;  1NSO A;  5P83 A;  2AOF A;  5HE4 A;  5P3T A;  3L5B A;  1AM5 A;  4J0V A;  4X7I A;  5P14 A;  5P5E A;  1FKN A;  5P4B A;  3U6A A;  5P7V A;  4Y3L A;  5EZX A;  4R8Y A;  1VIK A;  5T4S A;  5P3G A;  3PWR A;  3R0Y A;  3T7X A;  2AZC A;  3PSG A;  1FEJ C;  4TRY A;  5P8O A;  4FRI A;  5P4F A;  3VF7 A;  3PVK A;  4DQE A;  4Y4U A;  4YCT A;  2FIV A;  3SFC A;  4N00 A;  4FAE A;  4Y53 A;  3VG1 A;  1IZD A;  5P43 A;  4Y51 A;  2G1R A;  3AUP A;  3ZOV A;  4B1D A;  4D85 A;  2Q55 A;  4I0E A;  2ZJJ A;  3KFN A;  4NJU A;  5P4X A;  4GID A;  1B5F A;  1C6Z A;  2ZHV A;  3PJ6 A;  3LIT A;  2PSU A;  3APR E;  3I7E A;  3S56 A;  1OEW A;  1TCW A;  2G26 A;  3URL A;  5P8S A;  2V12 C;  3S43 A;  3L5D A;  5P0H A;  3EC0 A;  4YD7 A;  5P3F A;  1OD1 A;  5P85 A;  5P89 A;  2F8G A;  3KF0 A;  1EBY A;  5P3V A;  1ZJ7 A;  2NMZ A;  3N4L A;  2ER7 E;  5OYZ A;  5P7K A;  5P19 A;  4H3G A;  3VLB A;  5P6A A;  3IND A;  1HXW A;  4FSE A;  3S85 A;  4Y3S A;  2IL2 A;  5P6W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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