5P4BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 200
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA01
2G1YA 2FXDA 5P0EA 4OC6B 1ZPKA 3K5DA 2G1RA 4Y57A 4YCTA 5P80A 5P5ZA 5P59A 3OTSA 5P31A 1SMRA 1HSHA 1K6CA 5APRE 2PWRA 4OBKA 1HPXA 5P8DA 2VIJA 1D4HA 4NKKA 2Q64A 3ER5E 1HSIA 4J1FA 2IDWA 3UHLA 4TVHA 2I4UA 1G6LA 1HVHA 3O9GA 2FNSA 2QD6A 5OYQA 5EZXA 2ER7E 2VKMA 4ZEAA 2R9BA 5P6WA 3K5FA 1QS8A 5P7GA 1OHRA 5OZYA 3OUDA 3OXXA 3S8IA 1HEGE 5HVPA 3L5EA 2O4NA 3B7VA 4Y45A 4ER4E 1HTEA 3OAGB 5P7MA 3I6OA 2QHZA 3NSHA 1XDHA 1Z1RA 1QRPE 3UPJA 5P0GA 1FEJC 3UF3A 1APTE 4Y58A 5P7KA 2BPVA 5P5BA 1WBKA 5P5VA 5P64A 3PLLA 3PLDA 4YD6A 5P50A 5DR8A 4CMSA 1XE6A 1EPPE 5P73A 2WEAA 4YD3A 3EL0A 4XX4A 5FIVA 1IBQA 4NPUA 3HAUA 4F73A 3PSYA 4PZXA 2NNKA 2A1EA 1OD1A 5P78A 2VIEA 1MT9A 4JOOA 2ZJHA 1QBUA 1CMSA 3TNEA 4B0QA 1JLDA 3GI6A 4EJKA 1E82E 5P4NA 2OHKA 4PYVA 2HPFA 2RKFA 5P2KA 1D4SA 2VJ7A 2AVOA 1TZSA 5AHAA 2B8VA 4EYRA 2R3WA 3DM6A 4Y5NA 3PMYA 4Y37A 4LXMA 3N4LA 2JJJA 5P3DA 2PH6A 5P7NA 4Y3MA 3UDHA 4ZE6A 1MEUA 5P8KA 4Y4JA 1K2CA 2HB3A 1B6PA 1TCWA 4Y3XA 3O9LA 5P1YA 5PEPA 4I12A 3I8WA 1AIDA 4I0ZA 4I0FA 5P4MA 5JG1A 3EL9A 1RPIA 5P7EA 4OD9B 3LIYA 5BWYA 4YA8A 3APRE 3GGAA 5BRYA 2O4PA 5OZFA 5P0QA 4MC2A 3SO9A 3S7LA 3ZMGA 5KQFA 2B7ZA 4QLHA 5P62A 1XE5A 5DR0A 1LYAB 3I25A 5P7FA 1NSOA 1FQ4A 2R5PA 4KB9A 5HDUA 2AVSA 3SQFA 1B5FA 3URIA 5P6LA 3KFPA 1MT8A 5P7HA 4FRJA 1YM2A 3T7XA 1W5VA 3URJA 5OYWA 3T11A 6APRE 2WL0A 4FAEA 1MPPA 2ZE1A 1BIMA 4Y56A 5JFPA 5P22A 5P4JA 4GJ5A 2P3BB 1EAGA 3KMYA 1DIFA 3NLSA 4DPFA 1C6ZA 5P83A 5AH9A 1M4HA 2APRA 2UPJA 4QJ6A 2QD7A 4PPHA 3HW1A 3PSUA 5P6XA 2AZBA 5P3RA 4LBTA 3EKTA 1D4IA 5P6ZA 4MC1A 5P3WA 5P5RA 4QJAA 5P00A 4Y3PA 2PH8A 1HRNA 1SIVA 4M8XA 3UQWA 5P5IA 5OZMA 3AUPA 5I3YA 3EBZA 1B6LA 1EPQE 1MVPA 3OHHA 4CPSA 5P34A 1BXOA 3OU1B 3OQFA 4ER1E 3INHA 4BFBA 2G69A 4Y39A 3LPKA 2BPXA 3PSGA 3BXSA 4H3JA 3A2OA 1IVQA 3QRVA 2G20A 5DGWA 2VJ9A 5COOA 5P7YA 2NMYA 1HHPA 4DJQA 4DQFA 4FM8A 3MXDA 5P3PA 5P5EA 4Y4EA 1ZP8A 5ER2E 2J9JA 5P0CA 2F80A 2I4WA 4YOBA 3OADA 3QVIA 5P7ZA 4YBFA 4WY1A 5P7BA 4FM7A 2VNNA 5P0HA 1PSOE 3MWSA 4GJ7A 1N49A 2XFKA 5P8PA 1Q9PA 3JVWA 3NUOA 2ZJIA 5SXNA 3Q3TA 2RSPA 5P1AA 2BJUA 4LL3A 1EPRE 4XKXA 3PMUA 5P4GA 3NUJA 3TPRA 1LYBB 3BXRA 5COKA 3PGIA 2AVMA 5CLMA 3NU4A 3PCWA 3ZPSA 1BWBA 1T7JA 2P3AA 3IN4A 5OZWA 4Z4XA 4ZLSA 2WKZA 5IVQA 3EKWA 1GNNA 1FQ6A 5P79A 4TVGA 1UH9A 3EM6A 2QMDA 2XYEA 4NJSA 5P5WA 4J0YA 2Q11A 3PB5A 3IVHA 4OBFA 5KR0A 5P67A 1W6IA 5HDZA 1AXAA 3PWRA 4FM6A 3VF3A 3ZKGA 5P6AA 2I0DA 3UDKA 3IGBA 3UQUA 4YE3A 3R1GB 2AIDA 4FSLA 3GGVA 3UTLA 4Y4UA 4RRNA 1HBVA 1ZJ7A 2IENA 1ER8E 1D4JA 4HZTA 3OQDA 5P1NA 4H1EA 1VIKA 3N3IA 3DCKA 2BPYA 2B7FA 4HDPA 4U8WA 1QBSA 2PQZA 4GZFA 3KFNA 1GVWA 3PBZA 5P8IA 5P2VA 4NJVA 5HE5A 5P4KA 5IVRA 4JPCA 5P08A 4RVXA 2QNQA 5KQYA 4EPJA 5UPJA 4B1EA 3LZYA 3T6IA 1W50A 1SDTA 3VV8A 1FLHA 4Y3HA 3HVGA 5P60A 4GJ9A 3SABA 3OQ7A 1YX9A 3UDRA 4RVJA 5KR2A 3IXKA 3TOFA 1LYWB 5P8LA 5P5JA 3VYFA 5P7UA 4DJXA 2ZJLA 5P16A 5DQ1A 5OZDA 4QJ7A 5P2FA 2H6TA 5OYZA 9HVPA 5OYSA 5P3XA 2AOEA 5P6JA 1KJ7A 5JFUA 3OU3A 5P7RA 5P5SA 3RTHA 5P5UA 5SY2A 4DPIA 5P53A 3SA9A 4Y3DA 4I0HA 1YTIA 5P2TA 5OZSA 1B6KA 4Y3TA 4GJ8A 5P7PA 3NDXA 3PCZA 2AVVA 1F34A 5P39A 5P4IA 3IVIA 4QGIA 1RL8A 2H6SA 1CPIA 2AOGA 4E43A 3SA7A 5P1KA 1IDAA 3RSVA 1GVUA 3OQKA 2I1AA 5P2XA 2IL2A 4DQBA 1HIHA 5P6KA 1HVCA 3HZCA 5OYUA 5P2NA 4DQEA 3T7QA 5OZJA 4R91A 2JJIA 5P7SA 3UCBA 3JW2A 4RROA 3G6ZA 4R8YA 5P74A 1W5YA 3IN3A 3QROA 5P2AA 5P7TA 4Y3GA 2PSUA 5KOSA 5P4TA 3SM2A 4ER2E 5P3VA 4Y54A 2QNNA 3SM1A 2P8HA 4YHQA 1KJGA 5P3JA 3OQAA 4RVIA 3EXOA 3L5CA 1D4YA 5OZ1A 2AOHA 2HS1A 1MRXA 2QMGA 4Y47A 5P2RA 2XFIA 1IZIA 5P6UA 3UDNA 1UPJA 4L1AB 1FKNA 2QU2A 4NJTA 1F7AA 2Q55A 3UDMA 2WEDA 5P47A 5KQXA 4U7VA 5DQ2A 5P2CA 2VA5A 2I4VA 2CENA 4LP9A 4DJPA 4OC6A 3BUHA 5OZ8A 3R0WA 3TPPA 2P4JA 1HTGA 4Y3AA 3LZVA 2FXEA 5P5AA 4GJBA 2IGXA 4GMIA 4Y4AA 5T4SA 2ZYEA 4TRYA 4FRKA 3S53A 3OUCA 5P8OA 5C9DA 5P65A 1W51A 3MSLA 4HDBA 4JPEA 2G1SA 2G26A 1K2BA 3OGPA 5P2IA 1HVLA 5I3VA 5P45A 5P4PA 1AJVA 4FRSA 5P0AA 3TPLA 1K6PA 5P0DA 1MRWA 2ZGAA 4Y5MA 5P40A 2IKUA 3ZL7A 3RU1A 5P5TA 2NMZA 3NWQA 4CPWA 2HM1A 3DCRA 4J54A 5P1LA 2QI7A 1MESA 2ZHTA 5P3SA 2AOCA 5P3BA 4K4RA 3OOTA 1FIVA 3FV3A 3OAGA 1ZSRA 1FG6C 2O4LA 3F9QA 1Z8CA 4EQ0A 3KM4A 5P4YA 2WECA 5P6CA 3IA9A 5OZXA 1PFZA 5P7OA 3AIDA 1M0BA 3NDWA 4RRSA 3VF7A 3IAWA 5P4DA 3INFA 3QN8A 1GNOA 5P0LA 2QCIA 2R5QA 3BVAA 5P0XA 4B1DA 2PWCA 8HVPA 4Y35A 5P5KA 4J0TA 5P85A 4H3FA 1A8KA 1HTFA 1HPOA 1DP5A 2ANLA 5P3LA 3GGXA 1AAQA 5P1ZA 2AOJA 3R2FA 3BC4A 4Y5AA 2FGVA 5P8VA 3GW5A 5P58A 4COEA 5P1OA 5OZ7A 1ODYA 3U71A 1WKRA 5P7JA 2QHYA 3O9FA 2F81A 1D4LA 4PZWA 5P3UA 5IVTA 3ZKSA 1HVJA 5P1QA 5P0MA 5P82A 3GI0A 1EEDP 4AA8A 2ZJNA 3PEPA 5P3KA 5P3IA 5P5DA 5OYRA 3TH9A 2SAMA 1BILA 2QMPA 5J25A 5P3AA 5P17A 1A94A 2VA6A 2QI6A 4OD9A 5P30A 5P8EA 2PK6A 4DQGA 4GJCA 4EXHA 1BV7A 4Y3QA 1B6MA 5P8RA 1HEFE 3LPIA 5P8FA 3RTNA 4Y3YA 4DJYA 1W5XA 3BGBA 2ZHRA 3K5GA 5ENKA 5P35A 2HPEA 3OUBA 1FQ5A 3ZLQA 3CYWA 4HLAA 5P6DA 3LZSA 1M43A 4Y5PA 5P6VA 4DJWA 4FRIA 5P1MA 3O9IA 4WY6A 5P4UA 3ZKQA 5F00A 2PC0A 4Q1YA 1KJ4A 2WF2A 3VSWA 1FB7A 1MSMA 2OHNA 4CPUA 4Y3LA 3O9AA 2G21A 3EKYA 2P3CA 5IVSA 3TKGA 1BVEA 1T6EX 1EC0A 1LF3A 3OXWA 5P56A 3UDJA 3QI1A 1MUIA 5P2GA 3O9DA 3SKGA 3O9LB 3QRSA 2B42A 5SZ9A 3HD8A 3PJ6A 3CMSA 1FQXA 1K6VA 2CEMA 3WZ8A 6FIVA 3I2LA 5P0FA 5P1UA 1B11A 5BS4A 3PI5A 1XN3A 1QBRA 3EM4A 5P8QA 2ZHSA 3O99A 4OBJA 4RCEA 4B72A 1AJXA 2QP8A 4GJDA 5P4CA 1C70A 3VFBA 5P3OA 4J1IA 4Y5LA 1B5FB 3OXCA 1B6JA 5P6GA 1W6HA 2PSGA 1LS5A 5DQ5A 5P4HA 4ACUA 4DQCA 1A8GA 5AH8A 4L7HA 3OU1A 3ZKXA 2P83A 3OGQA 5OZ2A 5P2UA 3R4BA 1E81E 4M8YA 4DJUA 3SFCA 3ZPUA 3PHVA 1FFFC 1K1TA 4KE1A 5P6QA 3ZPTA 4RZ1A 5P0KA 4MC6A 1GVVA 5C9BA 2WF1A 2FNTA 1DMPA 1YTGA 1XL5A 4K8SA 1WBMA 5OZNA 3EKPA 2IEOA 3QAAA 1T6GA 5OZGA 4FL8A 4Y4GA 1IDBA 2CEJA 2PYMA 3U6AA 5P3MA 5OYVA 1EC1A 4GYEA 4J1CA 3NR6A 5P86A 3MXEA 5P2YA 2V13A 4I0IA 4J55A 1LYBA 1KZKA 1ODWA 1SP5A 5P8TA 5I3WA 4PEPA 3OU4B 2ER9E 2QI1A 2ZHUA 5P7LA 4L7GA 5KAOA 1IZDA 3L3AA 4Y4XA 2MIPA 2HAHA 4LHHA 1HPVA 3URLA 4CPRA 4EWOA 1HVRA 2OHQA 4HEGA 3Q5HA 3T3CA 1IZEA 5OZBA 4CP7A 5P4EA 5OZ3A 5P66A 4X2LA 5P1WA 3S56A 2J9JB 3FNUA 3MSKA 4A4QA 2OAHA 3GI4A 5KOQA 5P84A 2OHLA 5DR1A 5P8SA 5P8MA 2ER6E 4B70A 2I0AA 4Y48A 5OYTA 3B80A 3BUGA 5P0OA 4Y4WA 5P8CA 2VS2A 3S54A 2R8NA 3SA8A 3RSXA 2FGUA 3SAAA 3LITA 5P8GA 4TRWA 2BBBA 3HAWA 5CONA 5P5XA 1EBKC 3R0YA 4D85A 5P0WA 3VLAA 5P38A 4Y3ZA 1MIQA 5P7VA 5P3EA 4RCDA 5P41A 5C9FA 1Z1HA 5P0PA 5P7QA 3TTPA 5P68A 3L58A 3KDDA 3JVYA 4Y4TA 4WTUA 4EP2A 1EC2A 1MSNA 5P75A 5OZRA 3OY4A 5P01A 4RLDA 5P1DA 1LYWA 3BGCA 3HBOA 3DUYA 5P1RA 4BELA 4BFDA 5P06A 3TOGA 3H0BA 5P5OA 3SA3A 3VYDA 4YDGA 2IGYA 5P2MA 1FQ7A 5P14A 2I4XA 4F75A 5ER1E 1FFIC 5P0UA 5P5CA 1SH9A 2AOIA 3O9CA 4Y5BA 1BBSA 4GB2A 3ZOVA 5P26A 4DFGA 3HLOA 4ACXA 1FGCC 4IVTA 3D20A 1PPKE 3UFLA 4X7IA 3U7SA 5OZQA 1YTHA 1FQ8A 2AZ9A 3ECGA 3FNTA 4FE6A 3KMXA 1KJHA 5P0BA 2RENA 5P1VA 1RNEA 5ENMA 2AZ8A 2RKGA 5P0ZA 5P46A 3TLHA 5P3QA 1HXWA 1HIVA 1XS7D 1EPME 1PSAA 4ZIPA 3TKWA 3UQPA 4Y50A 3OHFA 5P4AA 3KT2A 3OK9A 1TQFA 5P4SA 4JP9A 4EP3A 3LIQA 5P1XA 1BDLA 3LZUA 2I4DA 3G70A 3K4VC 4I11A 1ZSFA 4QJ8A 3NU6A 4D88A 3FX5A 3LIVA 3D3TA 5HE4A 4EJ8A 3LIXA 5P54A 4LXAA 5P8UA 3SA4A 5P3TA 4I8WA 5DGUA 3EKVA 5P02A 4OBHA 3S43A 4QJ2A 1GKTA 2IKOA 5COPA 5P20A 2R38A 4D8CA 5P4OA 2Q63A 4XXSA 3VUCA 2O4SA 1META 3NU3A 3UDQA 5AHCA 5P32A 1BV9A 2NR6A 3NXEA 5P19A 5P0YA 2QU3A 4AMTA 2VJ6A 1SDUA 2WF3A 1APUE 5OZTA 1OEXA 5P4BA 1OEWA 5P2WA 3PWWA 4B78A 1PPME 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1Y A;  2FXD A;  5P0E A;  4OC6 B;  1ZPK A;  3K5D A;  2G1R A;  4Y57 A;  4YCT A;  5P80 A;  5P5Z A;  5P59 A;  3OTS A;  5P31 A;  1SMR A;  1HSH A;  1K6C A;  5APR E;  2PWR A;  4OBK A;  1HPX A;  5P8D A;  2VIJ A;  1D4H A;  4NKK A;  2Q64 A;  3ER5 E;  1HSI A;  4J1F A;  2IDW A;  3UHL A;  4TVH A;  2I4U A;  1G6L A;  1HVH A;  3O9G A;  2FNS A;  2QD6 A;  5OYQ A;  5EZX A;  2ER7 E;  2VKM A;  4ZEA A;  2R9B A;  5P6W A;  3K5F A;  1QS8 A;  5P7G A;  1OHR A;  5OZY A;  3OUD A;  3OXX A;  3S8I A;  1HEG E;  5HVP A;  3L5E A;  2O4N A;  3B7V A;  4Y45 A;  4ER4 E;  1HTE A;  3OAG B;  5P7M A;  3I6O A;  2QHZ A;  3NSH A;  1XDH A;  1Z1R A;  1QRP E;  3UPJ A;  5P0G A;  1FEJ C;  3UF3 A;  1APT E;  4Y58 A;  5P7K A;  2BPV A;  5P5B A;  1WBK A;  5P5V A;  5P64 A;  3PLL A;  3PLD A;  4YD6 A;  5P50 A;  5DR8 A;  4CMS A;  1XE6 A;  1EPP E;  5P73 A;  2WEA A;  4YD3 A;  3EL0 A;  4XX4 A;  5FIV A;  1IBQ A;  4NPU A;  3HAU A;  4F73 A;  3PSY A;  4PZX A;  2NNK A;  2A1E A;  1OD1 A;  5P78 A;  2VIE A;  1MT9 A;  4JOO A;  2ZJH A;  1QBU A;  1CMS A;  3TNE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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