5P4EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 203
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4eA01
1MIQA 2V11C 4HA5A 3UQUA 5P5NA 4DJQA 4GJ5A 4J55A 3VFBA 4DV9A 5P6SA 2VNMA 2JJIA 5P3JA 1W5WA 4Y4EA 1GKTA 1FQ7A 4DJXA 1A8GA 5P1LA 4APRE 3NU6A 1HTGA 5KOQA 5P6YA 5FIVA 2FDEA 4U7QA 4I0HA 1AJVA 4Y4TA 1UH9A 4YD7A 2V16C 4I0EA 2F3KA 1F34A 1U8GA 3EC0A 1IZIA 4EQ0A 3KMXA 2BPWA 5KR2A 3OQKA 4GJ7A 2VNNA 3PHVA 4AA9A 5P6RA 3ZKQA 3Q4BA 4FM6A 4FRSA 3RSVA 5P5HA 5CONA 3O9LA 5P34A 4DJRA 5P6HA 3KT2A 4EYRA 2IDWA 3UTLA 3INDA 3BUFA 4L1AA 4HEGA 5P18A 3B7VA 4KE0A 5I3YA 4GJAA 4EJLA 2NPHA 5PEPA 4LAPA 4Q1NA 5P7QA 4J0TA 5P1WA 2ZHRA 5P89A 5P4OA 4YHQA 1YG9A 3OK9A 4EJKA 1ZSRA 4L7JA 3QPJA 3B80A 1HPXA 3OY4A 2ZGAA 1YX9A 5P66A 2ZJHA 2O4LA 3DK1A 3VF7A 2OHNA 2FXDA 3SABA 4RROA 5P0EA 3EKVA 3NDXA 3OXCA 4YBIA 1Z1HA 5P6JA 4Y3PA 4Z50A 3S43B 5P2EA 1HTEA 4ZPFA 1J71A 2BJUA 3CKTA 5IVQA 5P0FA 5I3XA 2QD6A 1FB7A 3OADB 5P1KA 1K6VA 2NR6A 3VYFA 5P31A 5P2DA 3T3CA 8HVPA 4WY6A 2XYEA 5P0IA 1APWE 3EKTA 1HXWA 4DJWA 3L5CA 3EL0A 5P07A 5OZ9A 1HSHA 5P1YA 1LV1A 2WF1A 2B8LA 5P0DA 1GNOA 5P5OA 1BVGA 4DQBA 3OAGB 5P2YA 5P0UA 3SA9A 3T7QA 1BV7A 5KQFA 5KQZA 1XN2A 5P29A 5IE1A 1EEDP 5P7FA 5P1BA 2BPVA 2VA7A 5P5VA 4BFDA 3KM4A 3OQ7A 3Q5HA 3S7MA 4A6CA 2ASIA 4NPTA 4QJ7A 4Y44A 5P3XA 4HDBA 2HB4A 5P6UA 5P8TA 3GI4A 4Y3NA 5P69A 1M43A 4MC1A 3JVWA 3VF3A 4ER4E 3K4VA 2OHSA 1ZPAA 5KQYA 5P1OA 5P7ZA 1FG8C 4K4RA 1HVCA 5OZCA 4YA8A 1YT9A 1UH8A 1RNEA 1G6LA 5P47A 1YTHA 1D4SA 5P43A 3VUCA 1BVEA 2G21A 3NXNA 4RVIA 2H6SA 4RRNA 3EL1A 2WECA 1FFIC 3KFNA 1E82E 1ENTE 5DR8A 5P0HA 4BEKA 2R43A 5P5JA 5P09A 3KDCA 4DVFA 1K6PA 3QBFA 4EPJA 3TOGA 5EZZA 5AHCA 1FMXA 5HU0A 1ODWA 2SAMA 3GGUA 4J5JA 5P50A 1DIFA 3LIXA 5HU1A 2P3BA 3SLZA 3ZPUA 4Y3TA 1C6ZA 4D83A 2XFKA 3AIDA 5P87A 4NPUA 5KOSA 2VA5A 5P81A 7UPJA 3VLAA 2CEJA 5P75A 5P3FA 5DQ1A 3OQFA 2QZWA 5P2UA 2BB9A 2P4JA 5P12A 5P49A 5P2TA 2BKSA 5OZVA 2VIYA 1EC2A 5P35A 3SA7A 2VIEA 1GVXA 4L7GA 2BPXA 3L59A 1FQXA 1C6YA 1B5FB 5P7CA 5P61A 4Y3XA 2G1NA 1MESA 2VA6A 4COEA 5P3GA 5OZ4A 1SDTA 3K5GA 5P33A 4J1KA 1K6TA 3SA6A 2QP8A 5AHBA 5P2CA 4Y4DA 2QI4A 4Q5MA 3ZOVA 5P78A 4Y5GA 1IZHA 3QS1A 4NJUA 3PEPA 3VLBA 5P76A 1AVFA 3UDNA 3KT5A 4Y57A 4RYCA 5OZKA 5P24A 3S56A 4Y3ZA 3UFNA 5P36A 5P8IA 5OZXA 3CYXA 4CPRA 2WHHA 3RTMA 1HEGE 3SA8A 4B05A 1BIMA 2B8VA 2NXDA 5P82A 4R95A 5P6NA 4Y5NA 1GVVA 2ZE1A 3FIVA 5P7MA 5P7LA 2G27A 3URJA 1QDMA 1FMBA 2FNTA 5P0AA 3BXSA 5F00A 3UF3A 5P37A 2QI0A 3OU1A 4YBFA 3INHA 4Y5AA 5P60A 3LIVA 3VCMA 2Z54A 2R3WA 3PVKA 5P7YA 2FIVA 1BAIA 1MEUA 5P3AA 4DJYA 3DUYA 3S2OA 2BBBA 2G20A 3QI1A 3PSUA 5KAOA 2QMDA 2WJOA 3R1GB 3EXOA 5P8NA 3VSXA 5P2XA 1IVQA 5P7SA 4ZSPA 5COOA 3SA5A 3CYWA 1SDUA 1ODYA 4CPSA 2F3FA 2FMBA 3RTHA 3G6ZA 4Y38A 1B11A 5P72A 4OBZA 4DH6A 3F9QA 1EPNE 2ZJKA 4QLHA 5P8EA 5P7DA 5P6DA 3S45A 3TPRA 5ENKA 2AZCA 4LL3A 4Y5LA 2I4XA 3UPJA 1HXBA 1EBYA 1EBKC 3HZCA 4A4QA 5OZ6A 4YCTA 2V10C 5P7JA 5P5TA 3O99A 5B18A 4GJ6A 2G22A 3DCKA 3ZL7A 3TNEA 3BUHA 4CPTA 5DGUA 2P8HA 3LPIA 4LP9A 5AGZA 3L5BA 3PWWA 5P7TA 4FM7A 3NU5A 1CMSA 3PWRA 3VFAA 2O40A 5OZJA 5OYUA 3DV1A 3KN0A 3D1XA 5P6VA 3CKRA 1D4LA 5P67A 5P7VA 1ZPKA 2R9BA 4OD9A 5JFUA 3R4BA 4Y4BA 5HTZA 1T7IA 5DR1A 2G94A 3BRAA 4I0IA 4Y48A 3DV5A 3UFLA 5P6FA 2JYSA 4J1FA 5P59A 4K9HA 4LHHA 4H1EA 5P40A 3OTYA 1QRPE 2AOIA 2IENA 4IVSA 4RVJA 2HIZA 4FRKA 2V13A 3O9CA 3D91A 1HVKA 4I12A 2I4QA 1G0VA 4Y4GA 1ME6A 3MXDA 4R8YA 1EBZA 2QD8A 2QCIA 4J1HA 1HVHA 1D4JA 2FGUA 5P4FA 2I4WA 4RYGA 4I0GA 2P3CA 3O9IA 3U7SA 3PBZA 3CIDA 3EL4A 5P4UA 2QZKA 1ZP8A 4DQHA 1MSNA 5OZFA 5P68A 2RMPA 1CPIA 3D1YA 4R93A 4ZSMA 5OZWA 3OQDA 2P3BB 4KE1A 1FG6C 1EC0A 2UY0A 3T6IA 3L5DA 3HVGA 5P8PA 2FNSA 1HSIA 2HC0A 5P0YA 2A1EA 4GIDA 4Y3HA 5P15A 4AUCA 5P1QA 5P64A 3CKPA 5P48A 5BS4A 5OZ0A 5P0KA 5OZZA 1MTRA 2AOEA 2B60A 5P71A 4Y3LA 4I10A 3NU3A 4CP7A 4R92A 1IDAA 5P3IA 3OXVA 4Y3YA 3SM1A 1META 4MC2A 2Q11A 5HE7A 3GGAA 5DQCA 3PBDA 3DJKA 3KF0A 2AVQA 4Y3DA 2QZLA 3EBZA 5P5LA 3IA9A 2ER7E 3BVAA 2J9KA 5P53A 5P58A 3IAWA 4B00A 5P6BA 5P4CA 5P4BA 1K6CA 5DR3A 5P0XA 6UPJA 1BV9A 3PSYA 2NNKA 3ECGA 4Y3SA 4Z22A 1GVUA 2OHLA 4L7HA 4D85A 5SY3A 2IGXA 2IKOA 3PWMA 1W50A 5P46A 5P8HA 5DR4A 5P3CA 1EAGA 1HTRB 4J0VA 3UDJA 5KR0A 5P7WA 2QK5A 3TPPA 4QJ2A 1LYAA 4ZSQA 3KFRA 3VEUA 3SA4A 5P1ZA 5OYQA 1HVIA 2F3EA 1SIVA 5P42A 1W5XA 1LF2A 3O9EA 4FIVA 3I7EA 5P4VA 5I3WA 4J1EA 5P7KA 4Y36A 3LIYA 4B0QA 3SKFA 2Q64A 3DOXA 2ZHSA 3UDQA 3SFCA 1SIPA 4I0DA 5P6LA 1PPKE 5P6TA 5P6WA 3FNSA 5P16A 3MSKA 1T6GA 4D89A 1DW6C 5OZEA 5P41A 1PPLE 2OHTA 1IVPA 4DJOA 3PRSA 2B42A 2IS0A 1WBKA 4U7VA 5P52A 3WZ7A 5EZXA 3WZ6A 2NXLA 4DQCA 1XN3A 5P8CA 5JFPA 1GVWA 1QBRA 2CEMA 2R5QA 1SDVA 5P7OA 2VKMA 2VIZA 5OYSA 5P86A 1K2BA 2OHRA 5HE4A 1BDRA 1C6XA 5P0RA 4TVGA 3VYDA 5IVTA 5P4XA 5DQ4A 5P5BA 3BUGA 1W6IA 4K4PA 5P62A 5OYWA 3D3TA 5P2GA 3K5FA 1EPOE 3HLOA 5P1RA 2PH8A 3N3IA 3U71A 3FSMA 3WSJA 5P77A 4B1DA 2Q54A 4RZ1A 1K2CA 5P1SA 2AODA 5P74A 3QRVA 5P84A 3L58A 4OBFA 2P3DA 5P2OA 5P3DA 3EKXA 2FDPA 5OYVA 3A2OA 1B6MA 3MXEA 3G70A 1LYBA 4PZXA 5P3ZA 3KDBA 4YDGA 4XXSA 1EPRE 1T7JA 1OEWA 3IXOA 5P03A 2NNPA 5OYXA 2R38A 1W6HA 2UXZA 4IVTA 3RU1A 1AAQA 5P5MA 1LEEA 5P3SA 5OZRA 3S54A 3GI6A 1FGCC 4MC6A 3EMYA 2FGVA 5P5GA 3JVYA 5P4PA 4Y4WA 4Y5BA 5P7NA 5P7XA 4EJDA 1D4YA 2PSUA 3L3AA 4RVXA 2OHQA 1MTBA 2QI5A 5P2VA 3SPKA 5E5JA 3VV7A 1ODXA 2CENA 2BQVA 1TSQA 4FSEA 1XS7D 3OUCA 3PCWA 3TOFA 3UQXA 2G1OA 5P26A 5SY2A 5HDZA 4Y53A 1SGZA 2QAKA 5HDVA 1HPSA 3TLHA 5P3QA 5P5WA 4E43A 4Y41A 3IXKA 4J54A 5OYTA 5P4HA 2R5PA 3NWQA 2WEAA 3OU3A 1EPME 3UQWA 3KYRA 1XE5A 4Y58A 2ZJMA 4JPEA 5P5KA 1HEFE 5P5XA 5P1XA 5DPZA 2AOJA 3K5DA 2A4FA 4EP2A 3RSXA 3URIA 4LC7A 4ER1E 1BILA 4Z2ZA 1BXOA 1AZ5A 2QHZA 2QHYA 2PSVA 4PZWA 4R91A 1KJHA 5HE5A 1E5OE 3PI0A 3TKWA 1A94A 3ZMGA 4M8XA 3FV3A 1B6LA 2NTRA 3FNTA 3LZUA 2V00A 4RRSA 1T6EX 5P6AA 3LITA 5P4SA 5P0VA 3OU4B 1HIIA 1XL2A 1MERA 2PWCA 9HVPA 4Y3EA 3O9HA 5P8QA 1RL8A 2I0AA 3O9BA 4YDFA 5P4IA 3K1WA 1WBMA 3PB5A 1MRWA 5P5IA 2VS2A 1E81E 1LYWA 3KFPA 2NMYA 2B7FA 1HWRA 5OZLA 3APRE 4OBJA 5P63A 3AUPA 1VIJA 3ST5A 5F01A 4OC6A 4Y56A 4Y3RA 1PSOE 5P7BA 1HOSA 5P1GA 2O4KA 5OZQA 3NSHA 1QBSA 3D20A 3PMYA 5P5FA 1FQ6A 1KJFA 5P10A 5AH8A 2V0ZC 3OWNA 2HPEA 5OZHA 5P4NA 1QBUA 5DR0A 5P8FA 4Y6MA 2AZBA 5AH7A 1SP5A 5E5KA 3NLSA 5OZUA 3NU4A 2QD7A 5P83A 1MUIA 1Z1RA 3O9LB 2QZXA 5P7HA 2ZHTA 1FMUA 1PSNA 1AM5A 4Y3MA 3EKQA 2G24A 4X7IA 3BGCA 4L1AB 2ZJIA 4Y39A 5P0QA 4QJ8A 3ZKMA 3QRMA 2JJJA 3QN8A 1FIVA 5P2MA 3L5EA 4FAEA 5P3VA 5P0NA 3D1ZA 4YCKA 3S85A 4NJSA 3GGXA 2HPFA 3TKGA 4ZE6A 3LZSA 3M9FA 1TCXA 5P6GA 4FGXA 4TRWA 3OHFA 3OUDA 5P7AA 1OHRA 1MT8A 1MRXA 4ZLSA 5ER2E 3NYGA 3RTNA 1XL5A 3QVIA 2AVVA 5P2NA 4Y35A 3N4LA 1HVJA 5P6ZA 2PQZA 1Z8CA 5P7EA 1Q9PA 3OXXA 2HB2A 1VIKA 5P3NA 2Q63A 2Q15A 3S53A 4GJCA 5P0ZA 2JE4A 5P8AA 2HS1A 5AHAA 1RV7A 2MIPA 4MC9A 2G1YA 4NJVA 5P8DA 3R0YA 5P1HA 5P45A 3NDTA 4B70A 4B72A 5JG1A 3BXRA 5P4JA 2IGYA 3SACA 4TVHA 3URLA 4GJDA 4FSLA 3UHLA 1LYBB 4D8CA 2I0DA 5P5QA 2AOCA 3IXJA 3PSGA 3LPKA 2FXEA 4OBKA 4L6BA 1MSMA 2O4NA 4H3JA 1B6PA 5P3EA 4Y3WA 2AOFA 4HZTA 3HD8A 4ACXA 4CKUA 5P4WA 2PMAA 3SAAA 1G2KA 4HLAA 2ZHUA 1HVLA 2NMZA 2VJ6A 3H0BA 5C9FA 1FQ4A 4I0JA 4Y3FA 3HDKA 4FAFA 2WF0A 4AZYA 3EM4A 2EWYA 1UH7A 4ACUA 5P1VA 4DJPA 4H3IA 2O4SA 1A8KA 5P6PA 5P2WA 5P1EA 5OZMA 5HCOA 4CMSA 2I4UA 1HIVA 3SO9A 4F73A 3GI5A 4QJAA 2G69A 1YM2A 4J0ZA 4Y5KA 5P44A 4I8WA 5P7PA 5SZ9A 5P5RA 3EKYA 1SMEA 4EHCA 3ZPTA 5P3BA 1EC1A 2ZHVA 5P0LA 1ER8E 5P1NA 1IZEA 3Q70A 1HHPA 4EQJA 3BHEA 5HVPA 4RGHA 1LZQA 4I0ZA 1TQFA 4Y5PA 1HSGA 3UDKA 2AOHA 1TCWA 5P1UA 1BWAA 4HDFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MIQ A;  2V11 C;  4HA5 A;  3UQU A;  5P5N A;  4DJQ A;  4GJ5 A;  4J55 A;  3VFB A;  4DV9 A;  5P6S A;  2VNM A;  2JJI A;  5P3J A;  1W5W A;  4Y4E A;  1GKT A;  1FQ7 A;  4DJX A;  1A8G A;  5P1L A;  4APR E;  3NU6 A;  1HTG A;  5KOQ A;  5P6Y A;  5FIV A;  2FDE A;  4U7Q A;  4I0H A;  1AJV A;  4Y4T A;  1UH9 A;  4YD7 A;  2V16 C;  4I0E A;  2F3K A;  1F34 A;  1U8G A;  3EC0 A;  1IZI A;  4EQ0 A;  3KMX A;  2BPW A;  5KR2 A;  3OQK A;  4GJ7 A;  2VNN A;  3PHV A;  4AA9 A;  5P6R A;  3ZKQ A;  3Q4B A;  4FM6 A;  4FRS A;  3RSV A;  5P5H A;  5CON A;  3O9L A;  5P34 A;  4DJR A;  5P6H A;  3KT2 A;  4EYR A;  2IDW A;  3UTL A;  3IND A;  3BUF A;  4L1A A;  4HEG A;  5P18 A;  3B7V A;  4KE0 A;  5I3Y A;  4GJA A;  4EJL A;  2NPH A;  5PEP A;  4LAP A;  4Q1N A;  5P7Q A;  4J0T A;  5P1W A;  2ZHR A;  5P89 A;  5P4O A;  4YHQ A;  1YG9 A;  3OK9 A;  4EJK A;  1ZSR A;  4L7J A;  3QPJ A;  3B80 A;  1HPX A;  3OY4 A;  2ZGA A;  1YX9 A;  5P66 A;  2ZJH A;  2O4L A;  3DK1 A;  3VF7 A;  2OHN A;  2FXD A;  3SAB A;  4RRO A;  5P0E A;  3EKV A;  3NDX A;  3OXC A;  4YBI A;  1Z1H A;  5P6J A;  4Y3P A;  4Z50 A;  3S43 B;  5P2E A;  1HTE A;  4ZPF A;  1J71 A;  2BJU A;  3CKT A;  5IVQ A;  5P0F A;  5I3X A;  2QD6 A;  1FB7 A;  3OAD B;  5P1K A;  1K6V A;  2NR6 A;  3VYF A;  5P31 A;  5P2D A;  3T3C A;  8HVP A;  4WY6 A;  2XYE A;  5P0I A;  1APW E;  3EKT A;  1HXW A;  4DJW A;  3L5C A;  3EL0 A;  5P07 A;  5OZ9 A;  1HSH A;  5P1Y A;  1LV1 A;  2WF1 A;  2B8L A;  5P0D A;  1GNO A;  5P5O A;  1BVG A;  4DQB A;  3OAG B;  5P2Y A;  5P0U A;  3SA9 A;  3T7Q A;  1BV7 A;  5KQF A;  5KQZ A;  1XN2 A;  5P29 A;  5IE1 A;  1EED P;  5P7F A;  5P1B A;  2BPV A;  2VA7 A;  5P5V A;  4BFD A;  3KM4 A;  3OQ7 A;  3Q5H A;  3S7M A;  4A6C A;  2ASI A;  4NPT A;  4QJ7 A;  4Y44 A;  5P3X A;  4HDB A;  2HB4 A;  5P6U A;  5P8T A;  3GI4 A;  4Y3N A;  5P69 A;  1M43 A;  4MC1 A;  3JVW A;  3VF3 A;  4ER4 E;  3K4V A;  2OHS A;  1ZPA A;  5KQY A;  5P1O A;  5P7Z A;  1FG8 C;  4K4R A;  1HVC A;  5OZC A;  4YA8 A;  1YT9 A;  1UH8 A;  1RNE A;  1G6L A;  5P47 A;  1YTH A;  1D4S A;  5P43 A;  3VUC A;  1BVE A;  2G21 A;  3NXN A;  4RVI A;  2H6S A;  4RRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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