5P4HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 206
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4hA01
4L1AA 5F01A 3BGCA 2FNTA 5OZYA 4CPRA 3VV8A 3OQKA 3IN4A 3O9HA 5OZ4A 3SA5A 2QU3A 1HPVA 3O9EA 3NWXA 3I6OA 1CPIA 1K2CA 5P17A 5P2MA 1EPME 5BS4A 5P6UA 5P2XA 5P6YA 2V0ZC 5P7QA 5P4KA 1OEWA 5ER2E 5P3JA 2QMFA 3UDPA 5OYSA 3WZ6A 4NPUA 3ER3E 5P6WA 1AM5A 3HAUA 3OAGB 3EXOA 5C9DA 3VG1A 4EXGA 1C70A 5IE1A 5DQ1A 3OGQA 5P0JA 5P6RA 1HOSA 2FXDA 5HU0A 3O9IA 2OAHA 5P1JA 1BVEA 4OBHA 3SKFA 1LV1A 1ZAPA 2QHCA 5P4BA 3NDTA 5HCOA 4RGHA 3GI5A 5OZ7A 2VS2A 5OYTA 3VV7A 5P4AA 5P4GA 3UTLA 3EL4A 4RVIA 1TCXA 4NJUA 5OZUA 2V10C 4DJXA 4Y37A 1MSNA 4GJ6A 3RSXA 3KFNA 2AIDA 5P5NA 4Y5EA 5P1QA 5P62A 1ZLFA 1D4IA 5P63A 1EBZA 3SA3A 1HTFA 1C6ZA 2HAHA 5P8FA 1OHRA 4QGIA 5P1ZA 5P1YA 1E80E 2QMDA 1FQ8A 2VJ7A 3URJA 1UPJA 4FSLA 1FEJC 3PRSA 3KFRA 5P42A 5HVPA 3QVIA 1LYBB 1Z8CA 2AVMA 2QNPA 5P7OA 5HCTA 5BRYA 4OBDA 4CPXA 4DJQA 1BV9A 3GGVA 4I10A 4Y4DA 1DPJA 3UDRA 3S7MA 5AHAA 4XX3A 2BPWA 2BKTA 5KR8A 4OBGA 3NR6A 5P3NA 5P7TA 5ER1E 5P7KA 5P0YA 5OZKA 5PEPA 3O99A 4L1AB 2PH8A 5P4CA 1IVQA 3KFPA 5OYRA 1HVHA 5P7FA 1TSUA 1SIPA 5P77A 4ZPEA 1EC3A 5P7LA 2IDWA 1DP5A 5SY2A 1BXOA 2G1RA 2O4LA 3K4VA 1Z1RA 3DV1A 5E5JA 3LIYA 5OYWA 3MSKA 4H3JA 5P74A 4J54A 2HC0A 3GGAA 4FM6A 2AOCA 4GJCA 5P0GA 4LBTA 1YG9A 4Y3RA 5P57A 4YCTA 5DGUA 2I0AA 2G26A 3SABA 2I4DA 1EPQE 5P08A 5P5MA 3SKGA 4R95A 3S2OA 1HIIA 3PM4A 1PSAA 4XX4A 1PPLE 5P34A 4Y45A 4I11A 4H1EA 5P7PA 2R38A 5P89A 5P19A 3LINA 3BRAA 5P51A 4LXMA 3JW2A 3KDDA 3FIVA 4D89A 5P64A 4Y3WA 2UPJA 3H5BA 4ACXA 5AH8A 2NMZA 2BB9A 5P2YA 5P73A 1MRXA 1M43A 5P5JA 3N3IA 3F9QA 3K5DA 1U8GA 4QJ2A 3IXOA 2P3BA 5P6FA 1MPPA 5P0SA 1UH9A 4DPIA 3EM4A 2WKZA 3TOHA 4Y41A 3TTPA 5P4OA 3PBZA 4H3GA 2AVQA 4FSEA 5P2BA 3NU9A 1YX9A 4OBKA 4TRWA 5DR0A 3BUGA 3KMYA 1FQXA 2ZHTA 1MT7A 2OF0A 5OZ0A 5OZPA 5P55A 2WF1A 3M9FA 4R91A 4J1CA 3NU4A 4L6BA 5P54A 5OZRA 4L7GA 1HPOA 1W5XA 4KE1A 3OXXA 1HPSA 4OC6A 5P18A 4Q1NA 3L3AA 4YD3A 5P1FA 2WF4A 4Y39A 3R2FA 2VKMA 5P68A 5P1MA 2ANLA 2ER9E 1J71A 1HSGA 1TW7A 3INFA 1YTIA 4J17A 5P0IA 2G20A 2R3WA 2R9BA 5P6IA 5P8VA 3UCBA 3KT2A 3L5BA 2Q5KA 4B77A 3EKQA 1D4HA 3CMSA 2PWRA 5AHCA 4LHHA 4YDGA 4ZPGA 2JE4A 5COKA 1IBQA 4JPEA 4JECA 4Y3HA 4J0ZA 5P7MA 3PCWA 2WEDA 3NDXA 3INEA 4HE9A 2NTRA 5P3SA 2ZGAA 1GVTA 5P61A 2QP8A 3BGBA 1T7IA 4H3FA 5P6AA 5P5VA 1CMSA 3I2LA 5ISKA 4FE6A 1PPME 5I3YA 4GJAA 3KM4A 2BPZA 4IVTA 2F3FA 5HDVA 1AVFA 3APRE 4B70A 1C6YA 3TOGA 2F3KA 4YD6A 4Q5MA 2PK5A 4QJ6A 5P3QA 4DPFA 3U7SA 4Y51A 5P2DA 4F74A 2VJ9A 2RKFA 5DR7A 3I8WA 3R0WA 2PYMA 2FLEA 1MT9A 5P2ZA 4A4QA 5P3HA 3IVHA 5P0EA 5P5SA 4MC2A 3PSYA 1BVGA 3Q3TA 3ECGA 2O4KA 2QI0A 5P5FA 1LEEA 4I0GA 3K5CA 2QI5A 1AIDA 4Y54A 5P0RA 5P4SA 3TKGA 2B7FA 3KT5A 5P8IA 5P5RA 1SDUA 1UH8A 4DJWA 5HE7A 4J1HA 1NH0A 3B80A 5P8NA 1Q9PA 4OC6B 4Y36A 1PPKE 3QPJA 5OYXA 3RTNA 3EKVA 5P40A 1AJXA 4DQFA 4YOAA 4EJ8A 2IGYA 3TPRA 4RLDA 2AOFA 4B1DA 3T3CA 4NJTA 3MXEA 4DJRA 5P3ZA 3LNKA 1FIVA 1BDQA 3H0BA 2QI7A 1FFIC 3BUFA 3K5GA 4Q1YA 4BELA 4I1CA 1QS8A 4Y4UA 5AH9A 5P8TA 3NU6A 5OYVA 2JJIA 5P85A 5P09A 2QNQA 2F3EA 3TNEA 2PK6A 5P3MA 4TVGA 1A8GA 4Y3QA 2G94A 5COPA 5P1LA 5OZFA 5DGWA 1RV7A 1HXWA 4Q1XA 5KR2A 3PVKA 1B5FA 3PGIA 1MTRA 3OQAA 2ZJHA 5P71A 5P47A 1EPRE 4CKUA 5P8CA 3IVIA 2PC0A 5P52A 4AMTA 4RYCA 3GI6A 1IDAA 1GNOA 5P35A 1SDTA 1QBUA 4Y44A 3TLHA 5P25A 3IXJA 2OHSA 3OADB 3RU1A 2OHKA 5P7VA 1HHPA 4ZPFA 6APRE 4K4RA 5P7AA 2FNSA 3G70A 3LHGA 4Y4ZA 4AA9A 2P83A 4U7VA 1IDBA 4A6CA 5P1PA 5P2KA 4CP7A 1F34A 3EKTA 2P4JA 5OZDA 5P0FA 4J0PA 4LL3A 5P1VA 4Y3EA 5P56A 2QNNA 3DUYA 2AZBA 5P49A 3ZPSA 2J9JA 3DM6A 4EPJA 5P0CA 4K8SA 5P3OA 4I0EA 1HSIA 5P6LA 3OUBA 2B8LA 5P7NA 3VYDA 2G22A 1G6LA 5HE4A 5P7GA 1APWE 5SZ9A 1FFFC 5JG1A 3LIXA 1BBSA 5KQXA 3QVCA 4EYRA 2R8NA 4J1FA 2J9KA 1LYWB 1AXAA 5P5CA 5OZ3A 4RVJA 2WEZA 1RQ9A 3BVBA 3KFSA 1XL2A 4K4QA 5P4MA 4YD4A 1HEFE 5P5TA 5P16A 2QMGA 2IKOA 1HTEA 5P46A 1SGUA 3URIA 3RVIA 2OHNA 5F00A 5KQFA 1ZP8A 4GJDA 4ZSPA 3O9BA 5UPJA 5P41A 4CMSA 2ZHVA 3L38A 4NJSA 3K1WA 3LZSA 1LS5A 5P0VA 5P39A 2OHTA 3EKXA 5AH7A 1T6EX 4B1CA 5JODA 2V16C 4LXKA 3ZKXA 2APRA 5P3UA 4ACUA 3OXCA 5P7XA 5P02A 5DR4A 4Y4TA 1B5FB 4Y3NA 4J0VA 1B6PA 5P37A 2Z54A 4YD5A 4FAFA 1BWAA 2QD8A 5P5AA 3VFAA 5P31A 1EPOE 5P0QA 2QHYA 5P5UA 3VLBA 5P44A 6UPJA 4J1KA 5P3AA 4Y3DA 3VSXA 4AA8A 4I8WA 3SLZA 1DW6C 1MVPA 3R0YA 5KOSA 3EM3A 3PWRA 3O9LB 1SDVA 5P4EA 1D4KA 5P2HA 4EP2A 5IVTA 4TVHA 5P0MA 3PB5A 3URLA 5P33A 4LC7A 3UDJA 2VIZA 5P6GA 1XE5A 2AQUA 4APEA 5E5KA 5P6VA 4DI2A 4RRSA 3D20A 1APVE 3EKWA 5P3RA 1OEXA 5P3PA 5OZOA 3EL1A 2J9JB 2G27A 4Y3SA 4CPUA 1HIHA 3OU3A 3FX5A 5P0DA 5P3CA 4DQGA 2AODA 1KJGA 3LPJA 3NU5A 1FGCC 2QI1A 3GGXA 2AZCA 3S53A 3D1YA 5P7HA 3G72A 3NYGA 2OHPA 4R92A 2F81A 3VLAA 4Y3FA 5P2NA 2HB3A 1MTBA 4Y5PA 1HVSA 4RVXA 1SBGA 3TPJA 5P4QA 2HM1A 4Y3YA 2NNPA 1G35A 3KMXA 1ZPKA 3CKTA 4HZTA 4JP9A 5P1CA 4Y5LA 5DQCA 3DJKA 4K4PA 5P4DA 3NUJA 3QROA 3UQUA 2VIJA 2HPFA 5BWYA 5P60A 2UY0A 5P1GA 5P5QA 5HDUA 5P14A 4D85A 5P7SA 3NDWA 3APPA 5P6QA 3Q70A 1KJHA 1ODXA 5P0BA 3LPIA 6FIVA 4FL8A 3O9DA 1K1TA 3SO9A 4OBJA 3C9XA 2ER6E 1YTJA 1W5WA 5P27A 1KJFA 4GMIA 3T11A 3CICA 5OZZA 1IZDA 2V11C 1SGZA 4B0QA 1HPXA 3L5EA 5P0PA 5P1IA 4Y4JA 5P8EA 4Y3ZA 3PWWA 3RTMA 5P5OA 1T3RA 1GVXA 5P3IA 5HD0A 5P7UA 3VYEA 5P6PA 3PBDA 1FKNA 2G69A 3HLOA 4Z50A 3L59A 1SIVA 3UHLA 1W51A 2PSUA 7UPJA 3CKPA 1M4HA 3K5FA 4LP9A 5P7DA 3SA6A 3UDQA 3HVGA 5AGZA 5P6OA 4R8YA 5P1RA 1IVPA 1HVJA 2G1YA 5P15A 5HDXA 2QI3A 4GJ9A 5P6DA 1BDLA 5P7IA 4HDBA 2HIZA 4L7HA 5P84A 1DMPA 2XFKA 2AOGA 3QP0A 4S1GA 2B42A 4Y38A 3TOFA 2OHRA 5P45A 5OZWA 2MIPA 5OZ2A 2ZJNA 2NR6A 5KAOA 3LZYA 3ER5E 2ZYEA 5P8HA 5P6TA 2NPHA 1ME6A 3WB5A 5OZEA 4FGXA 1FF0C 5P80A 5P0WA 1ZBGA 2WHHA 3S8IA 1FQ5A 3OQDA 4Z2ZA 5OZBA 1K2BA 5P4HA 1VIJA 5HDZA 2OHMA 3NDUA 2SAMA 4J1EA 2RKGA 2JJJA 2XFJA 5P24A 3INDA 3L5CA 3UPJA 4DJUA 2NMYA 5P4NA 4Y3TA 5P59A 1Z1HA 1N49A 1TCWA 1HBVA 4JPCA 3LIVA 3LZUA 2Q64A 1MSMA 2EWYA 3EMYA 1XL5A 3Q5HA 4TRYA 3WSJA 5DQ4A 4RCDA 4Y35A 4KE0A 2O4NA 2HB2A 1CZIE 1ER8E 4KUPA 2IQGA 3CYWA 1ODYA 1YM4A 5P58A 1LF2A 1WBMA 1C6XA 4D83A 5P8RA 4X2LA 1A30A 4COEA 1D4YA 4Y58A 5P1AA 1PROA 5P7BA 3NXNA 4UPJA 2Q15A 4Y5KA 4DQBA 2Q63A 3OOTA 3SM2A 3QBHA 3T7QA 4WY1A 5OYYA 5P6ZA 3OY4A 4Y5NA 5P07A 2NXLA 5P2IA 5P4TA 5OYZA 3BVAA 5P1XA 4J0YA 3BHEA 2P3AA 3OADA 4FIVA 4FM8A 4J55A 1DAZC 2QK5A 3OQFA 2AZ8A 1FG6C 1FLHA 1D4LA 1BILA 5P38A 4PHVA 3VV6A 2NXMA 4I0HA 5OZJA 1ENTE 4L7JA 4EJKA 1HEGE 1W50A 1EBWA 3GI0A 4GJ5A 1GNMA 1T7JA 5P2SA 4I0DA 2G1OA 4MC9A 4J5JA 3AIDA 2Q54A 4FLGA 5P3XA 2R5PA 3EM6A 4EQ0A 5B18A 1TQFA 5OZTA 2V13A 4FRJA 2I4UA 5P0UA 3ZKMA 4X7IA 4Y5BA 3BC4A 5P3WA 1K6TA 3ZKSA 5P0HA 1HRNA 5P4WA 1GNNA 5P0LA 1FB7A 1EPLE 2G24A 4ZSMA 1FMBA 1LYWA 5P5GA 3NU3A 5P3TA 5P4IA 5P83A 5P3EA 1RPIA 1BWBA 4EXHA 5OZ9A 5P70A 3RSVA 3DV5A 5IS4A 5P2VA 5P1WA 4Z22A 1JLDA 1NPAA 4Y56A 2R3TA 1T7KA 2PYNA 3GW5A 1MIQA 2AOHA 3QRSA 5P2QA 3D91A 3UQWA 3BXRA 2FGUA 5I3XA 5P82A 2AVVA 3T7XA 9HVPA 3PEPA 5OZXA 5AHBA 3OHFA 4I0JA 1HTRB 5P5PA 2Q3KA 5P20A 4DQHA 4Y4EA 3UQXA 1B6JA 1BXQA 5P5DA 1W6IA 4OBZA 2AOJA 3OXVA 2B8VA 1WBKA 1IIQA 5P0XA 1ODWA 3SM1A 3UDMA 4NKKA 1EC2A 5OZGA 3S43B 2AZ9A 3PSGA 3O9LA 4QJ8A 5DR8A 4Y5AA 1FMUA 5OZ5A 1VIKA 4OD9A 3UDNA 4YE3A 2ASIA 1D4SA 3R1GB 1B6MA 3PHVA 4E43A 3IA9A 1D4JA 5HE5A 4BEKA 5SXNA 1XN2A 4Y50A 5P1UA 1M0BA 5P0OA 5P30A 3UDKA 5P04A 2I4VA 5P69A 2PSGA 5P7RA 2Q11A 2H6TA 4GJBA 1F7AA 5P5HA 2FMBA 2AOEA 1EPPE 4B78A 3U6AA 2IENA 1GVVA 5P50A 3OQ7A 3D3TA 5P2LA 4Y6MA 3DCKA 3AUPA 1K6VA 5P28A 1FQ7A 2Q55A 1WKRA 1PFZA 2ZDZA 4FM7A 5OZHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A A;  5F01 A;  3BGC A;  2FNT A;  5OZY A;  4CPR A;  3VV8 A;  3OQK A;  3IN4 A;  3O9H A;  5OZ4 A;  3SA5 A;  2QU3 A;  1HPV A;  3O9E A;  3NWX A;  3I6O A;  1CPI A;  1K2C A;  5P17 A;  5P2M A;  1EPM E;  5BS4 A;  5P6U A;  5P2X A;  5P6Y A;  2V0Z C;  5P7Q A;  5P4K A;  1OEW A;  5ER2 E;  5P3J A;  2QMF A;  3UDP A;  5OYS A;  3WZ6 A;  4NPU A;  3ER3 E;  5P6W A;  1AM5 A;  3HAU A;  3OAG B;  3EXO A;  5C9D A;  3VG1 A;  4EXG A;  1C70 A;  5IE1 A;  5DQ1 A;  3OGQ A;  5P0J A;  5P6R A;  1HOS A;  2FXD A;  5HU0 A;  3O9I A;  2OAH A;  5P1J A;  1BVE A;  4OBH A;  3SKF A;  1LV1 A;  1ZAP A;  2QHC A;  5P4B A;  3NDT A;  5HCO A;  4RGH A;  3GI5 A;  5OZ7 A;  2VS2 A;  5OYT A;  3VV7 A;  5P4A A;  5P4G A;  3UTL A;  3EL4 A;  4RVI A;  1TCX A;  4NJU A;  5OZU A;  2V10 C;  4DJX A;  4Y37 A;  1MSN A;  4GJ6 A;  3RSX A;  3KFN A;  2AID A;  5P5N A;  4Y5E A;  5P1Q A;  5P62 A;  1ZLF A;  1D4I A;  5P63 A;  1EBZ A;  3SA3 A;  1HTF A;  1C6Z A;  2HAH A;  5P8F A;  1OHR A;  4QGI A;  5P1Z A;  5P1Y A;  1E80 E;  2QMD A;  1FQ8 A;  2VJ7 A;  3URJ A;  1UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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