5P4IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 207
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4iA01
5P6JA 2RKGA 3PSYA 4J0YA 4Y4WA 4HVPA 3VLAA 1E80E 2QI3A 4R95A 5P57A 1SP5A 4RCEA 1NPWA 4HLAA 5P83A 2OHNA 3ZKIA 1KZKA 3BRAA 2ER6E 3IVHA 3KYRA 4JPEA 3TPRA 2QNPA 5OZJA 5OZ8A 3I6OA 4J0ZA 4CPWA 4FAFA 2XYFA 2ZHTA 3U6AA 2V16C 4U8WA 3EKQA 4K4RA 5P24A 3SKFA 5F01A 2IL2A 5P7TA 4QJ6A 2R9BA 5P3HA 5P4UA 1TW7A 5P8OA 5P0BA 4AMTA 5P4NA 5AH9A 1PPKE 3LIYA 5P0KA 5P1JA 2G1OA 3QRMA 5P8RA 5P5IA 4N00A 3S2OA 3PMUA 4RYGA 3NU6A 4Y45A 2APRA 3UDRA 4R92A 3NU9A 3PRSA 2CEJA 3PLDA 4K4QA 2HPEA 1B6KA 3KA2A 4R8YA 1YM4A 5P7ZA 3OUCA 3QS1A 4APEA 2HS2A 2QI7A 1D4JA 1BIMA 3HD8A 1FQ7A 3CKRA 4XKXA 3JVWA 2HPFA 4Y47A 3IN4A 3OXCA 1UH7A 3UDKA 5T4SA 4Y3TA 4BFDA 5IS4A 4YD7A 4B78A 1C6XA 3OXXA 3SAAA 1SGUA 3MSJA 4J1EA 5P4SA 5P4HA 5P0OA 5P44A 5P66A 7HVPA 5P2RA 1YG9A 4GJ5A 1MESA 1AJVA 4D85A 5SXNA 5HU0A 5OZFA 1HVKA 4HDBA 5P4MA 3LIXA 1MT7A 3ZKGA 5P1IA 2I1AA 3FKTA 4EXHA 1XN3A 3BUGA 1QBTA 4I10A 5P20A 4YD3A 2J9KA 4KUPA 2F3KA 5P74A 5P3SA 2ZJMA 5P6KA 4BEKA 3D1ZA 1EC3A 1HTRB 4Y3HA 4NJSA 1DAZC 1T3RA 5P8AA 5OZDA 1FMUA 5OYQA 3TKGA 3SACA 1W6IA 2BKSA 4Y4ZA 5P2OA 2AOIA 1IVPA 3L3AA 4EPJA 1OEXA 5P69A 1AAQA 1A30A 4CPUA 1BVEA 3HAUA 5P1UA 3T7XA 4HDFA 4J17A 1RPIA 3MXDA 2FMBA 3FNUA 1G2KA 3EL0A 2BJUA 5P2KA 5P6BA 2VKMA 6UPJA 1HVLA 4Y4EA 3ZPSA 5HE5A 3K4VA 3VLBA 1HWRA 5DPZA 4B05A 3PWRA 1JLDA 4FRKA 2ZYEA 5OZOA 3OY4A 2VA6A 5P0ZA 2FNSA 4UPJA 1XL5A 3DV1A 1FQ8A 2QD7A 3VEUA 5P4AA 5P3DA 1ODYA 3H0BA 5P17A 4A6CA 3OAGA 4I0HA 2F3EA 1XE5A 5P23A 2FGVA 2P3DA 1YTJA 4L1AA 4Y3DA 3UFNA 1AZ5A 2PK5A 4FS4A 1D4SA 2ZHSA 3Q4BA 3T7PA 3BXSA 4YCTA 3H5BA 1ZBGA 5P79A 2H6SA 2JXRA 5AGZA 3LZSA 4Y35A 3SA3A 2VA5A 4GYEA 1BILA 3RSXA 5P08A 5P2XA 2JJIA 2IKOA 2OHMA 1MIQA 5P1PA 3FV3A 3ECGA 4IVTA 4JECA 3TPLA 5P1BA 3OOTA 4OBHA 3OAGB 5P6OA 4DQHA 7UPJA 5OZ0A 3LZUA 4CPXA 3S8IA 2R3TA 1HVHA 4L1AB 4Y37A 3VF5A 1OD1A 5P8DA 5P58A 5P07A 5P7UA 2G1NA 5OZ6A 5P16A 2FDEA 5P8EA 3LNKA 1XL2A 2VIEA 4Y4TA 3K5GA 4Y3ZA 4Z4XA 5P5DA 2G21A 1D4LA 2QD8A 2P83A 2HB4A 4DJXA 4DJPA 5P3RA 5P0WA 5PEPA 2J9JA 5AHCA 3OHFA 3OUBA 4Y3LA 4RZ1A 5P3MA 5P2SA 3NDWA 3BXRA 3VF3A 5P60A 4QJ2A 2I4XA 1EPNE 4FM7A 3DUYA 5P00A 5P6UA 5P4BA 2WEAA 5P33A 4RCDA 2P3BB 5DR1A 2P8HA 4J1CA 1APWE 3BHEA 5KAOA 3OADA 1HPSA 5P8IA 1BVGA 5P5WA 5P72A 3D20A 5P8KA 2NXDA 5KQFA 2QZLA 3INEA 5P2DA 2O4LA 2G1YA 1B6PA 4Y36A 4QJ9A 2WJOA 5P89A 3PMYA 5P2CA 4FE6A 2QI5A 3TL9A 5IE1A 1BDLA 1ZP8A 5OYTA 2PMAA 2AOHA 5P29A 4EP3A 2QU2A 3FX5A 3QRVA 4LP9A 1KJ4A 3I2LA 3OWNA 2Z54A 1EC2A 2BPVA 2QNNA 3LPJA 3KDDA 3EM6A 3OADB 5P1VA 3SPKA 3SLZA 3FIVA 1F34A 4IVSA 5P6VA 4EP2A 1N49A 2XFIA 2IGYA 4DQCA 2PWCA 3FNTA 4FSLA 5P8UA 1KJFA 2AODA 5P25A 1EPRE 3BGBA 5P5VA 4DVFA 1FMBA 4R5NA 5P5SA 3QBFA 1FG8C 1HXBA 1FKNA 3KT5A 3O9AA 3HVPA 5OYXA 5P09A 4EJKA 2NPHA 4A6BA 4CP7A 5P3BA 4ZSQA 2Q5KA 4U7VA 1HTFA 3QBHA 4B77A 5P6ZA 5OZWA 5JFPA 1D4KA 3L59A 3TH9A 5P10A 5OZRA 2OHLA 5P70A 5P8TA 4J55A 5P6SA 5J25A 5JG1A 1Z1HA 3TTPA 1ODWA 1XDHA 1G0VA 2QHYA 3MXEA 5P8GA 3MWSA 3SM1A 4DJUA 4Y5GA 4QLHA 3VV8A 2G27A 3IGBA 4Y3NA 2HB3A 5OZIA 4Y3MA 3GGUA 5P3WA 2AVQA 5P4QA 2AOCA 5P3AA 2XFJA 3UF3A 3O9BA 3R0WA 4B00A 5P7FA 4DH6A 5P45A 4NPTA 4AZYA 4Y3SA 3NU5A 6FIVA 5P31A 5OZNA 2AZBA 5P7EA 3BGCA 3ZL7A 5KR8A 3UDJA 3BVAA 4ZIPA 3OU1B 4OBGA 5P6CA 1IDAA 5P81A 5P36A 4EJDA 1HVSA 5CONA 5P5ZA 5P3JA 5SY3A 1K1TA 2PH6A 4ACXA 2I0AA 4J1IA 2NMZA 3B80A 5P75A 5P68A 1CMSA 4DJQA 1DIFA 4BELA 4Z22A 5HDZA 1K2CA 1F7AA 1K2BA 3PBDA 1QBSA 4COEA 3IXJA 1MTRA 4Y5CA 1W6HA 3L58A 3KN0A 4OBJA 4OD9A 1HSIA 2R43A 1B11A 4TVGA 3VSWA 2I0DA 1K6TA 4PEPA 4YCKA 4OBZB 4HZTA 2FXEA 2OHKA 5OZZA 5P0XA 3HLOA 5P7JA 1FGCC 1ZTZA 2G1RA 2NXMA 3BVBA 3DOXA 1GKTA 3NDXA 4RGHA 5P1ZA 4MC2A 4Q1XA 5P13A 5P4LA 1ER8E 1M0BA 1TCWA 4Y54A 5OZ5A 5P6TA 4Y3QA 5BRYA 2WEBA 3O9GA 4FIVA 5CLMA 1RV7A 5P7SA 3SA7A 2FGUA 1ZPAA 1PSOE 1HHPA 2WF1A 1LV1A 4OD9B 2PC0A 3UHLA 2ZHRA 5P1LA 3D91A 3EKTA 5ER2E 4Y4BA 5P64A 4LL3A 4CPRA 1A8KA 4M8XA 2BPWA 4I0GA 5DR3A 2B8VA 3ZPTA 5P7MA 3SM2A 5DR4A 3S56A 2AQUA 2ZGAA 1FIVA 3IAWA 3IXKA 2WF4A 3EXOA 1GVUA 1HPXA 1PSNA 5P7YA 1SBGA 3APPA 4MC9A 2PSGA 4BFBA 5P2JA 5E5JA 3ZKSA 3VYDA 3HBOA 2BPYA 2HAHA 5P5PA 5ISJA 3DV5A 5P8JA 3TOHA 4Y4DA 5P51A 1Z1RA 1HSGA 5BS4A 4EXGA 4PPHA 3PSGA 1RL8A 4Y57A 3L5FA 4DJVA 1BBSA 2O4KA 5P7LA 3PI5A 4Q1NA 3SKGA 4APRE 1HPOA 1TSQA 1UH9A 3S85A 3OQ7A 5P1OA 3N3IA 4J54A 2OHTA 5P7PA 2G22A 2ZJJA 4ZLSA 3SABA 3PWMA 2OHQA 1K6CA 5P80A 3VYEA 5HCTA 2AOJA 3GI4A 4AA8A 5OZQA 4TRWA 3S43A 3U7SA 4Y50A 2QK5A 4PHVA 4A4QA 2B42A 1EEDP 3QI1A 3FNSA 3OOZA 3T11A 3RSVA 2NNKA 3TOGA 4LXAA 5TOLA 2AIDA 4YE3A 4I0IA 4FRSA 5P4FA 3IN3A 4H3GA 3O9EA 4GJ7A 5P2AA 5KOQA 1SH9A 5DGWA 3HVGA 4F75A 1FFIC 4Y41A 1ENTE 3IXOA 3UDQA 2QMFA 4GIDA 5KR0A 1MTBA 1BWBA 3IVIA 1W5WA 3UTLA 3KFSA 5ER1E 3S43B 2QP8A 2A4FA 3OHHA 4ZSMA 5P0UA 4Y3GA 3K1WA 1TZSA 5DQ5A 3EKXA 4Y5LA 4R91A 1EPOE 4GJ9A 1IZIA 5OYRA 4Y9WA 3ZKXA 4D83A 4Z2ZA 1LYWA 3KF0A 3HW1A 2I4UA 1YTHA 4ZSRA 2P3AA 5P8VA 4DPFA 5P06A 5P8MA 5P5QA 3OQFA 5OYUA 2PK6A 4EWOA 3GGAA 1HTGA 3G6ZA 5P8SA 4J1KA 4ER4E 3HAWA 2EWYA 1FLHA 4AA9A 1IBQA 4NPUA 3K4VC 5OZ4A 3QIHA 4WY6A 5OZVA 4Y3WA 3PI0A 5P01A 4ZPEA 1LEEA 5P5NA 4DJRA 5P2QA 2F8GA 5P54A 5P82A 4Y5PA 2VS2A 4Y5MA 1LYWB 5P52A 2ER7E 1HTEA 2VIZA 3L5DA 3CIBA 4J0PA 3OXVA 3O9DA 2IGXA 4TRYA 3DM6A 3CICA 5P11A 4Q5MA 1ME6A 4RROA 3EL5A 5P1WA 4FLGA 5AH6A 1T7JA 5HDUA 5P2WA 3APRE 3MSKA 1ZAPA 4Y58A 3KT2A 4Y6MA 2ER0E 5P62A 5FIVA 5P2HA 5ENMA 4Y5AA 2WECA 2Q15A 1IZDA 1IZEA 5C9BA 2ZHVA 4KE1A 3TOFA 1CPIA 2ZHUA 4DJWA 2BPXA 4Y4GA 1AIDA 3QROA 2ZE1A 2OF0A 5P4GA 1GNOA 2PQZA 4DJYA 5P0LA 3LIVA 4LC7A 3A2OA 1HVCA 5P84A 1AXAA 5P4ZA 3OUDA 1EPPE 3O9CA 3LPKA 5P86A 3LINA 1BWAA 5P0GA 2QAKA 5OZ2A 3CMSA 4F74A 4K9HA 3NWQA 5P4OA 3G70A 4Y53A 5DQ1A 5P8FA 2NXLA 5EZXA 3O9LA 1RQ9A 1FQ6A 4PYVA 5P3IA 5P0NA 1HPVA 3PJ6A 2Q54A 2UY0A 1RNEA 4I11A 2PYMA 2B7ZA 4LXKA 1LF4A 4L7JA 5P3KA 5P47A 5KR1A 3WSJA 4ER2E 2P3BA 1M43A 4Y4UA 1ZSFA 5IVTA 5P1FA 2IRZA 3OUDB 4Y3PA 1A94A 3NR6A 4Y38A 1Q9PA 1B5FA 5P50A 1HEFE 3KM4A 4I0EA 4KB9A 5P15A 3T3CA 5OZGA 5KR2A 5HE7A 2O4SA 4EHCA 2AOGA 3NDTA 4JOOA 3O9LB 5P3OA 5P48A 5P0CA 1HEGE 2IS0A 1MERA 4YOBA 5P28A 3OTYA 5OZYA 5P3TA 1QBUA 4OBKA 4EQ0A 2OHUA 4AUCA 1G6LA 5JFUA 5P2LA 2QMDA 5P6IA 5P19A 5P7NA 3EKVA 3URIA 1HSHA 1SMEA 2PWRA 3LITA 1B5FB 5P3VA 5P6DA 2B8LA 1LF3A 1VIKA 4J0TA 2B7FA 4CPSA 5P0YA 1SMRA 1EPQE 4RRNA 5OZSA 5P61A 1T7KA 4LHHA 2V11C 5COKA 1U8GA 2OHRA 2ZJIA 3OU3A 4Y44A 4FCOA 2RENA 5P4KA 3OGQA 3NU3A 2R5QA 3NWXA 2OHSA 2PYNA 4JPCA 5UPJA 3NYGA 5P0TA 1EBWA 3EKYA 5P5HA 5OZ3A 3G72A 3K5DA 5P1TA 1BDRA 4DPIA 1BXOA 1PSAA 1QBRA 5P42A 2R3WA 3NXNA 5OZCA 5P5LA 3KFPA 4CPTA 4K8SA 2P4JA 4Y4JA 2IENA 3TPJA 4NKKA 3LZYA 2Q55A 1K6VA 5C9FA 1FQ4A 4B1DA 2ZJHA 4TRZA 3T6IA 3ST5A 2IDWA 4XXSA 5P8CA 4ACUA 3UFLA 5HU1A 5P5KA 2UPJA 3GW5A 1LS5A 3D1YA 5P7KA 1D4IA 1BV7A 1ZSRA 3BC4A 4B72A 5P6MA 3QVCA 3PVKA 3MSLA 5P2YA 1FF0C 2G26A 5P7BA 1LYAA 5KQXA 5P0JA 1QS8A 4ZPFA 4I0FA 3DCRA 1EC0A 3OU1A 3GGXA 3GI5A 3LPIA 2OAHA 3OQAA 4B0QA 3NSHA 5P2ZA 5P0VA 5P27A 3L5BA 1W5VA 5EZZA 5P1MA 4ZE6A 1AM5A 5KQZA 5HTZA 5P7DA 2I4QA 1SDVA 5DQ4A 3AUPA 2R8NA 5P6AA 1LYAB 2Q64A 1HVJA 4Y3RA 3RU1A 2NMYA 5OYYA 5P39A 5P2BA 2V12C 2BB9A 1EBYA 2O40A 4OBZA 5IVSA 2FDDA 1SGZA 3ZKNA 2G94A 2Z4OA 1PFZA 3ER3E 4J0VA 4DUSA 5OZTA 5P7VA 5AHBA 4K4PA 4HDPA 3OQDA 1T6GA 1SDUA 1E82E 3EKPA 3NU4A 4DQFA 1BDQA 3LHGA 3DJKA 5P41A 2V00A 3RTMA 2FNTA 3KFRA 3PHVA 3UCBA 3QPJA 1BAIA 5P0RA 3PB5A 5OZXA 5HE4A 4EJLA 5I3WA 5P4VA 1HVRA 2VIYA 1B6MA 1EBZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6J A;  2RKG A;  3PSY A;  4J0Y A;  4Y4W A;  4HVP A;  3VLA A;  1E80 E;  2QI3 A;  4R95 A;  5P57 A;  1SP5 A;  4RCE A;  1NPW A;  4HLA A;  5P83 A;  2OHN A;  3ZKI A;  1KZK A;  3BRA A;  2ER6 E;  3IVH A;  3KYR A;  4JPE A;  3TPR A;  2QNP A;  5OZJ A;  5OZ8 A;  3I6O A;  4J0Z A;  4CPW A;  4FAF A;  2XYF A;  2ZHT A;  3U6A A;  2V16 C;  4U8W A;  3EKQ A;  4K4R A;  5P24 A;  3SKF A;  5F01 A;  2IL2 A;  5P7T A;  4QJ6 A;  2R9B A;  5P3H A;  5P4U A;  1TW7 A;  5P8O A;  5P0B A;  4AMT A;  5P4N A;  5AH9 A;  1PPK E;  3LIY A;  5P0K A;  5P1J A;  2G1O A;  3QRM A;  5P8R A;  5P5I A;  4N00 A;  3S2O A;  3PMU A;  4RYG A;  3NU6 A;  4Y45 A;  2APR A;  3UDR A;  4R92 A;  3NU9 A;  3PRS A;  2CEJ A;  3PLD A;  4K4Q A;  2HPE A;  1B6K A;  3KA2 A;  4R8Y A;  1YM4 A;  5P7Z A;  3OUC A;  3QS1 A;  4APE A;  2HS2 A;  2QI7 A;  1D4J A;  1BIM A;  3HD8 A;  1FQ7 A;  3CKR A;  4XKX A;  3JVW A;  2HPF A;  4Y47 A;  3IN4 A;  3OXC A;  1UH7 A;  3UDK A;  5T4S A;  4Y3T A;  4BFD A;  5IS4 A;  4YD7 A;  4B78 A;  1C6X A;  3OXX A;  3SAA A;  1SGU A;  3MSJ A;  4J1E A; 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 1ZTZ A;  2G1R A;  2NXM A;  3BVB A;  3DOX A;  1GKT A;  3NDX A;  4RGH A;  5P1Z A;  4MC2 A;  4Q1X A;  5P13 A;  5P4L A;  1ER8 E;  1M0B A;  1TCW A;  4Y54 A;  5OZ5 A;  5P6T A;  4Y3Q A;  5BRY A;  2WEB A;  3O9G A;  4FIV A;  5CLM A;  1RV7 A;  5P7S A;  3SA7 A;  2FGU A;  1ZPA A;  1PSO E;  1HHP A;  2WF1 A;  1LV1 A;  4OD9 B;  2PC0 A;  3UHL A;  2ZHR A;  5P1L A;  3D91 A;  3EKT A;  5ER2 E;  4Y4B A;  5P64 A;  4LL3 A;  4CPR A;  1A8K A;  4M8X A;  2BPW A;  4I0G A;  5DR3 A;  2B8V A;  3ZPT A;  5P7M A;  3SM2 A;  5DR4 A;  3S56 A;  2AQU A;  2ZGA A;  1FIV A;  3IAW A;  3IXK A;  2WF4 A;  3EXO A;  1GVU A;  1HPX A;  1PSN A;  5P7Y A;  1SBG A;  3APP A;  4MC9 A;  2PSG A;  4BFB A;  5P2J A;  5E5J A;  3ZKS A;  3VYD A;  3HBO A;  2BPY A;  2HAH A;  5P5P A;  5ISJ A;  3DV5 A;  5P8J A;  3TOH A;  4Y4D A;  5P51 A;  1Z1R A;  1HSG A;  5BS4 A;  4EXG A;  4PPH A;  3PSG A;  1RL8 A;  4Y57 A;  3L5F A;  4DJV A;  1BBS A;  2O4K A;  5P7L A;  3PI5 A;  4Q1N A;  3SKG A;  4APR E;  1HPO A;  1TSQ A;  1UH9 A;  3S85 A;  3OQ7 A;  5P1O A;  3N3I A;  4J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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