5P4KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 209
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4kA01
2NTRA 3DCKA 3NWXA 1U8GA 5P5AA 5P5GA 5P86A 3QBFA 3U6AA 3G6ZA 2G1YA 3PBDA 1K1UA 3GI0A 2ASIA 2VIZA 5P4BA 3BUHA 3R0YA 4GJ8A 2OHLA 5F01A 4NPTA 5P3HA 5P59A 5P2YA 4GJAA 4GZFA 3SO9A 4RCEA 4ER2E 3GI6A 3RSXA 3INDA 4Y4BA 4Y37A 1AXAA 1AIDA 4NJTA 1F34A 1ZPKA 2PYMA 4Q1WA 1LF4A 5OZ8A 1G6LA 4TRZA 1XE6A 4HE9A 2P4JA 3FKTA 3TOHA 3BGCA 1APWE 5P6QA 3S8IA 5P4RA 5P0ZA 5P82A 3UCBA 1FQ7A 5P89A 4H1EA 4I8WA 4ZPEA 5P6CA 4L1AB 1AVFA 2G1NA 5P47A 3LHGA 3OTYA 4Y57A 2ZJLA 1HIHA 5P1NA 2G20A 5P5KA 2G94A 1W5YA 5P5JA 3WZ8A 5B18A 1EC0A 1LEEA 3C9XA 5E5KA 5OZRA 4QJ6A 2O4KA 4NJUA 4Y47A 4R95A 3O9DA 5P1UA 4B1DA 3VSWA 1SIPA 1SGZA 5P8EA 1IZHA 1BWBA 3SKGA 4EJDA 1ODYA 1FQ6A 4FRSA 2QNNA 5PEPA 4K4PA 4GJ5A 3OHHA 2HB3A 1BBSA 1CZIE 2QMPA 1A8GA 5P2FA 3PHVA 2AVOA 5HU1A 5P27A 2I4VA 3M9FA 4I0GA 3ZKMA 1K1TA 1HXWA 1KJFA 2WJOA 3UHLA 4B70A 5AHBA 2G27A 5HDVA 4CPUA 4J1FA 1IZEA 5P5ZA 3IGBA 4H3JA 2VIJA 4L1AA 5P2QA 2B60A 5DQCA 4HVPA 5P29A 1META 4EPJA 1FG8C 2QI0A 5OYXA 1CPIA 5P3PA 2G26A 1HIVA 4WY6A 1D4YA 3LZYA 4NKKA 2VA5A 5P3JA 2HAHA 3GGVA 2XYEA 3SKFA 5P6UA 3WSJA 8HVPA 2FMBA 5OYQA 3L38A 1FQXA 5P0AA 3OGPA 3ZPSA 3PMYA 1LYAB 2NR6A 4Y5CA 5P00A 4X2LA 2QNQA 5P0LA 2OHNA 1TSUA 3L5BA 4EJKA 4RROA 4FRJA 1BVGA 4CPWA 1BIMA 4NJVA 4Y4XA 5P2DA 4L7JA 5OZ4A 2HB2A 2ZGAA 2IENA 5C9BA 1AAQA 2JJIA 1HOSA 4K8SA 5OZNA 1GVXA 5P1CA 1MERA 4OBKA 3ZKSA 1EPQE 4BEKA 4LC7A 4COEA 2HS2A 5P52A 4DJOA 5T4SA 1TSQA 3SACA 4XX3A 1M4HA 4YD7A 2PMAA 3OUAA 2JYSA 2WF3A 1WBKA 1SP5A 1XE5A 4L7GA 4FL8A 1W5WA 3O9CA 5P06A 1ZBGA 2P3BB 4EQ0A 1HVRA 3B80A 2QP8A 2P3AA 5P1KA 5P0VA 4J1HA 2FLEA 3G72A 1G2KA 5P8AA 3TPPA 1XN2A 4AMTA 3FIVA 4M8YA 5EZZA 2NMZA 1IDAA 1DP5A 2O4SA 5OZYA 1BXQA 5P41A 2QMGA 4Y5GA 4Y3WA 4APEA 3HZCA 5SXNA 1LYAA 1APUE 5COKA 4DH6A 1SBGA 5DR8A 1KJ4A 2WF4A 1HPSA 5P5DA 2IQGA 3NLSA 4Y5PA 3B7VA 1IIQA 5I70A 4YCKA 1HBVA 5AH6A 5JODA 3KM4A 5JFPA 1FF0C 4I0ZA 3ZPUA 4YHQA 2O4LA 5P5VA 5DR0A 2CENA 4Z22A 2WF2A 3OQFA 1TCXA 5P7CA 2VIYA 4Y4UA 2Q3KA 2I4DA 6APRE 2FS4A 3NSHA 3ZLQA 5ER2E 4Y3AA 1HRNA 5P36A 4Y5MA 3APRE 1HPOA 5P23A 4Q5MA 2OHMA 1EPNE 5IVSA 5P7JA 1FEJC 4Y3LA 4J5JA 4Y9WA 3GGAA 3SAAA 4RRSA 2P3BA 3L5DA 4GMIA 5OZKA 1HVSA 5P0EA 2V13A 4GJ7A 1GNMA 1GNOA 2AOFA 2BB9A 3LZVA 5P3CA 5P2MA 1MIQA 1MT8A 3GGXA 5C9DA 3FNUA 5P6JA 1HEFE 1SIVA 1QBUA 2NPHA 3T7QA 3URLA 3UDRA 2ANLA 4Y3FA 2OHKA 2WKZA 3SA5A 3U71A 2BPZA 4F76A 5P3QA 4Y45A 4Y5EA 2QI3A 1C6ZA 3PBZA 4FGXA 3EM6A 4DJPA 1XL2A 3LZUA 1IZDA 5P7NA 2QI5A 1FFIC 4DPIA 3EKQA 3LITA 3VF7A 4JPCA 4CMSA 2EWYA 1UH9A 3ER5E 9HVPA 5KR0A 5P6YA 5F00A 5P2NA 1BVEA 1GVWA 3PM4A 1BDLA 5OZ2A 3PLDA 1ER8E 4DI2A 4I0EA 5P67A 5P1BA 5P66A 5P01A 3URIA 4ZIPA 5OZEA 5OYTA 1GVVA 5P7HA 2AZCA 4I0JA 2O4NA 3QP0A 4DVFA 2IRZA 2VA6A 5P8RA 3K5DA 3O9FA 5P0RA 5P49A 3T6IA 3ZKIA 4K9HA 4DJVA 5P7ZA 5P81A 2ER7E 1K2CA 1KJGA 3DV1A 4PEPA 4H3GA 3S45A 2O4PA 4Y56A 1LZQA 3HAUA 5P1HA 5P12A 5P0YA 5P2GA 3TPLA 3S7MA 3EMYA 3IVHA 3PSUA 5OZMA 5P79A 1FB7A 4YDFA 3VV7A 3SPKA 2B8VA 4BFDA 5DGUA 2R8NA 3URJA 5P30A 5P3VA 3CKPA 1MT9A 3I6OA 3OAGB 1AM5A 1QRPE 5OZLA 4D8CA 3EM4A 3RSVA 5P16A 3PWMA 5P2SA 4HLAA 2AVVA 2I1AA 1MTRA 4OBHA 3O9AA 3T7XA 1YT9A 1FGCC 5P88A 3CIDA 3OU1B 3OU3A 2NXLA 3D20A 3EKVA 5ENMA 5P33A 5P4HA 5P3YA 1RNEA 4AUCA 4HEGA 4QJ2A 5P1IA 5OYRA 4QGIA 5P20A 1EBWA 5AHCA 2UXZA 4J0YA 4Y3PA 2P3CA 3HAWA 1A8KA 4FSEA 2V00A 5P85A 4LAPA 2WEZA 1HSHA 4Y3GA 3UDJA 3L3AA 3IXJA 1ZTZA 2G1RA 5P6EA 3OOZA 3VF3A 4YD3A 3SA6A 5HE7A 5P15A 4Z4XA 2J9KA 3INHA 5P34A 5P6RA 5P74A 5P6IA 2QZWA 1A9MA 1D4LA 3O9GA 5I3YA 4DJXA 3OAGA 3KFPA 3KN0A 3UDHA 5OZQA 2ER0E 1ZSRA 5P5CA 5P8VA 2FDPA 3PSYA 1HVKA 2OHTA 1EPOE 4MC1A 1T7JA 5P8PA 3KF0A 5P32A 4DQHA 1DAZC 4J1KA 4N00A 4EP2A 3DV5A 5P53A 3QRSA 3OU1A 4ZPFA 1BV7A 3KDBA 5OZZA 5P0IA 5P0CA 5P6AA 4DQGA 4JP9A 5P8JA 1VIJA 5FIVA 3IAWA 3PJ6A 4Y4WA 5P2WA 2AVSA 3FNTA 3MXEA 4GJCA 4I12A 1GVTA 2G1OA 3NU5A 3R0WA 4YDGA 1K6VA 2ZDZA 3Q4BA 4IVSA 2PK5A 4F74A 3ZKXA 1HVJA 4PYVA 4DJYA 4EQJA 1LV1A 1GVUA 3UQPA 3Q3TA 2NXMA 3OU4B 3BVAA 5P62A 5P2KA 3LINA 3O9BA 3VG1A 3QPJA 1C6YA 1PSNA 3BUGA 1EC1A 3OWNA 5P0MA 2IKOA 5SY2A 5P1SA 5P3SA 1DMPA 1AZ5A 1FQ5A 3TLHA 2R3TA 4S1GA 5P1YA 2PSGA 4A6CA 2OHSA 3S7LA 3I8WA 3HW1A 3HLOA 1HTRB 5P2VA 5HE5A 3L5CA 3VYDA 1IVQA 1FMUA 5P87A 4DJUA 2Q55A 2WEAA 4GJ9A 3OXCA 1D4SA 2UY0A 5P72A 1PFZA 3GGUA 5P5UA 5AH8A 3VYEA 4RCFA 3BHEA 3QVIA 5P65A 1XL5A 5P4EA 5JFUA 2ZE1A 5P6MA 3S85A 1M0BA 4FRIA 4FS4A 5P1AA 5P26A 3NXEA 5P61A 2Q11A 4HDPA 1BXOA 2AOJA 2R9BA 3EKPA 1HWRA 1IZIA 3NUJA 1MRXA 2IKUA 3L59A 5P6KA 3TKWA 5P43A 5P56A 3KFNA 1QBTA 3UDMA 5P44A 4QJ8A 5DQ4A 5P3FA 3VLAA 4CPQA 3NXNA 3OU4A 1PPKE 3EL0A 5P75A 3EL1A 5P07A 4D88A 5P5HA 2HPFA 5P24A 2Q5KA 3R1GB 5P38A 5P3IA 2R38A 5OZ6A 3L5EA 5C9FA 1EBZA 1FQ4A 5P4AA 2CEJA 2QU3A 5P5OA 3DOXA 5OZGA 5IE1A 4HA5A 3OHFA 4L6BA 5ISJA 5P4NA 1SMEA 3KMXA 2QHCA 1UH7A 4Q1YA 5P1MA 2I4XA 2QMFA 3QRVA 1ZJ7A 5OZ9A 5P1LA 2V10C 2P83A 3AIDA 2ZJKA 2F3FA 1LS5A 1HTFA 2Z4OA 2QZXA 5P4TA 3SA9A 3RTMA 4B1CA 2FDEA 2B42A 4WTUA 5OZBA 1YTIA 3APPA 5P5RA 5OZJA 4FAEA 1YM2A 3T3CA 1B6JA 4JOOA 5HD0A 4Z2ZA 4R92A 2WF0A 4ZSRA 4J1EA 5P80A 3LIVA 3OADB 2IGXA 3NDTA 3QI1A 5P5XA 1K6PA 4AZYA 4GJ6A 4U8WA 5P4MA 4XXSA 4EYRA 4Y44A 4Y3ZA 3VUCA 2MIPA 5P5FA 2UPJA 3N4LA 2AODA 2PQZA 4JECA 5P8UA 1MEUA 5P1ZA 5P0GA 5P0UA 3FNSA 3OXVA 1YTHA 5P35A 1JLDA 4YD5A 4Y3TA 4QJ7A 5KQYA 3NDWA 1ZLFA 5OZ5A 2Q54A 2P3DA 1G35A 1ZP8A 5SY3A 4B72A 3TPRA 5P8CA 1B6KA 2XFKA 3JVYA 3UQXA 5P6XA 2QI6A 2PSVA 4RLDA 2WECA 2Z54A 2NMYA 4YE3A 4F73A 4BFBA 3PWWA 4ACUA 4YD4A 2XFJA 3FX5A 3K4VA 1LYWB 3UFLA 1HTGA 4Y3SA 5HTZA 1ODWA 2BPVA 4YOAA 5OZXA 4AA8A 2HPEA 4L7HA 3AUPA 3QIHA 1EC2A 5P4QA 5P3EA 3LIZA 3SA4A 3NYGA 3LZSA 1KJHA 4TRWA 1D4IA 3OADA 3UF3A 3OUCA 1SGUA 5P84A 1RQ9A 4MC6A 3QVCA 7HVPA 3S54A 1W50A 1MVPA 4R8YA 4PHVA 5P4XA 3RTHA 3SABA 1Q9PA 1HPXA 4DQFA 5P6TA 4Y3RA 3UDPA 5P1VA 5P6VA 5P51A 4Y3MA 4F75A 4Y5NA 5OZIA 3IXOA 4J0TA 4U7QA 2NNPA 1AJVA 4Y41A 5DR3A 2CEMA 2ZHRA 5P45A 4FRKA 2ZJMA 1HSIA 3UDQA 1EAGA 2VKMA 2WHHA 4ACXA 5P4KA 1HXBA 2ZYEA 3OQAA 5P7PA 5OZ3A 5OYZA 2HS1A 4HDBA 3WB4A 5DGWA 2QZLA 4DFGA 1SDTA 3QBHA 3EL4A 4RCDA 5P0FA 3LIQA 3TTPA 5P4VA 5P5BA 1LYWA 5P58A 2I0DA 3K5CA 4Z50A 1SDUA 1FQ8A 1E82E 3D91A 3R4BA 4QJAA 5P7DA 2PWRA 3KDDA 3S43A 3CMSA 3PEPA 4B00A 4A4QA 5OZ1A 3Q70A 3CIBA 4Y51A 3MSKA 5CONA 3LPKA 5I3VA 3UTLA 5DPZA 1ODXA 2BKSA 2I4WA 3EKWA 5P5TA 3NR6A 4RZ1A 3VEUA 2FIVA 5P7KA 3G70A 1BV9A 3NDUA 4I0HA 4ZEAA 4R91A 4ER1E 5HDUA 5DQ2A 5OZCA 4EWOA 1B6MA 3PCZA 5P02A 5P7MA 1APVE 5P60A 4Y4ZA 3FV3A 2B7FA 4XX4A 4Y3NA 1GKTA 1HVLA 2FNTA 2G24A 4Y38A 1FMXA 3OGQA 4D89A 2G1SA 5P3DA 1HVHA 1W6IA 5P50A 2BPYA 4H3FA 2G69A 3PMUA 3D1ZA 2QHYA 2FDDA 4I11A 1Z8CA 3PCWA 2VIEA 5P3AA 2VNMA 5P5EA 4FM7A 5OZHA 5P19A 5P3ZA 2VJ6A 1OHRA 1Z1RA 5P63A 5P7VA 4I10A 3MXDA 4Y4AA 5OZVA 2OHUA 3SFCA 4ZSQA 5P83A 1FFFC 3VV6A 4RGHA 2RSPA 5EZXA 1MUIA 4Y4JA 5HCTA 5P18A 5APRE 2AOGA 2BPWA 5P57A 5P3GA 4OD9A 4AA9A 4Y36A 3VV8A 5P0BA 1YG9A 4KUPA 5P0TA 3INFA 4M8XA 5P1QA 5P17A 3RU1A 4LBTA 3KFRA 5ER1E 5P4WA 3QRMA 5P1RA 2PSUA 5P6DA 4FIVA 5P1WA 5P08A 2V12C 3BC4A 1EBKC 5HDXA 5HU0A 4IVTA 5P46A 1SDVA 5COPA 5P3XA 1VIKA 4B1EA 1HSGA 1TQFA 3QN8A 4OBJA 4WY1A 3NU6A 1XS7D 5OYUA 4B78A 4Q1NA 2F3KA 4Y35A 1YM4A 5COOA 4HZTA 3OK9A 3SA3A 2AOIA 4Y4DA 3TH9A 5P3OA 1DIFA 4JPEA 1A94A 1MESA 3S2OA 5OYSA 1D4JA 1NPWA 5P6GA 2AZBA 5P4CA 5KAOA 2WF1A 2PWCA 3S56A 5P78A 4Y3HA 1FKNA 5AGZA 3GW5A 4Y5AA 1FG6C 3EKTA 4J54A 2QK5A 1QDMA 5OZAA 4EP3A 5P7BA 5DR7A 5P28A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NTR A;  3DCK A;  3NWX A;  1U8G A;  5P5A A;  5P5G A;  5P86 A;  3QBF A;  3U6A A;  3G6Z A;  2G1Y A;  3PBD A;  1K1U A;  3GI0 A;  2ASI A;  2VIZ A;  5P4B A;  3BUH A;  3R0Y A;  4GJ8 A;  2OHL A;  5F01 A;  4NPT A;  5P3H A;  5P59 A;  5P2Y A;  4GJA A;  4GZF A;  3SO9 A;  4RCE A;  4ER2 E;  3GI6 A;  3RSX A;  3IND A;  4Y4B A;  4Y37 A;  1AXA A;  1AID A;  4NJT A;  1F34 A;  1ZPK A;  2PYM A;  4Q1W A;  1LF4 A;  5OZ8 A;  1G6L A;  4TRZ A;  1XE6 A;  4HE9 A;  2P4J A;  3FKT A;  3TOH A;  3BGC A;  1APW E;  5P6Q A;  3S8I A;  5P4R A;  5P0Z A;  5P82 A;  3UCB A;  1FQ7 A;  5P89 A;  4H1E A;  4I8W A;  4ZPE A;  5P6C A;  4L1A B;  1AVF A;  2G1N A;  5P47 A;  3LHG A;  3OTY A;  4Y57 A;  2ZJL A;  1HIH A;  5P1N A;  2G20 A;  5P5K A;  2G94 A;  1W5Y A;  5P5J A;  3WZ8 A;  5B18 A;  1EC0 A;  1LEE A;  3C9X A;  5E5K A;  5OZR A;  4QJ6 A;  2O4K A;  4NJU A;  4Y47 A;  4R95 A;  3O9D A;  5P1U A;  4B1D A;  3VSW A;  1SIP A;  1SGZ A;  5P8E A;  1IZH A;  1BWB A;  3SKG A;  4EJD A;  1ODY A;  1FQ6 A;  4FRS A;  2QNN A;  5PEP A;  4K4P A;  4GJ5 A;  3OHH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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