5P4PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 214
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4pA01
5P8OA 3IXJA 2ASIA 4J1HA 5DQ4A 4JOOA 1M4HA 3KT2A 5P81A 5P31A 1TSQA 3Q6YA 2QP8A 1FQ7A 2QMGA 2OHMA 2P3DA 3MXDA 4K4QA 4ACXA 2IKUA 1EAGA 5P4FA 4ZE6A 5P76A 4J1EA 1EC2A 1F7AA 3SAAA 5P57A 1W5VA 5OZ4A 1OD1A 3ER3E 3B80A 1RPIA 2WECA 1B6JA 4GIDA 4EP2A 1D4LA 5P10A 1YT9A 2OHLA 5OZFA 5P22A 5P01A 5P40A 5P7SA 4GJ9A 1T3RA 4Y3AA 5P5RA 1ZBGA 3EXOA 3MSLA 1HTEA 4PZXA 1XN2A 2O4PA 4I0FA 5P0CA 1Q9PA 4TVGA 3PLLA 4H1EA 5APRE 5P2OA 1LYAA 5P80A 5P7AA 3INDA 5P3MA 3LINA 3HW1A 3S53A 2Q5KA 5OZVA 5P5ZA 5J25A 5P3HA 1JLDA 3WB4A 4Y56A 1FF0C 3T11A 5P7YA 5P69A 4D89A 4Y5NA 3CKPA 1K2BA 3OQAA 4Y3GA 5P09A 5DR1A 5P45A 2WEAA 4FSLA 5P42A 1CMSA 4XXSA 5OZKA 1XN3A 3QAAA 4D85A 3I6OA 4TVHA 3O9AA 3BUHA 3DJKA 5P5QA 2PYNA 2QZXA 2PQZA 5P87A 5P0YA 1KJ7A 4ZLSA 3VLBA 3UF3A 3OU1A 3INHA 1APUE 5P6OA 4YDFA 4B00A 3QVIA 5P35A 1BWAA 4PZWA 5P59A 5P3SA 4AA8A 1GVWA 2FDEA 1EBZA 1MERA 5P78A 2VKMA 3R4BA 5P2MA 5P3EA 3TH9A 1IZEA 3ER5E 5P2NA 5P1IA 3SABA 5KOQA 5P0ZA 2G27A 5FIVA 2IL2A 1LYWA 2VIZA 3H5BA 5P3JA 1BDLA 4YD3A 5P79A 1HVIA 4YD4A 5P6NA 4NJSA 4Z2ZA 5P26A 1W50A 5F00A 2OHKA 3IN4A 2BPXA 2R3TA 5P2IA 2QI1A 5OZ8A 1SIVA 4J55A 1XDHA 5P32A 2HB3A 2QK5A 1IZHA 2Q11A 5P0LA 4BELA 3OXWA 2NTRA 1F34A 3OHHA 1BIMA 3NU5A 5P37A 4Y9WA 3VV8A 3ZOVA 1D4YA 1OEWA 5P54A 2G21A 3FKTA 4ZSPA 4EPJA 4Y54A 4ER1E 5P43A 4GMIA 3UDNA 3I7EA 5P3PA 2Q3KA 4QJAA 5P73A 5P0IA 5P67A 3WZ6A 2R3WA 2G1OA 1FQ4A 1K1TA 3D1XA 3K5FA 4HDPA 3SA7A 1E81E 5P2EA 5P7VA 1FB7A 1ODYA 2HIZA 1FIVA 1K6PA 3LIXA 3I2LA 3VF3A 5OZ2A 1B6KA 1AZ5A 5P13A 1ODWA 5P29A 3QPJA 4J5JA 1SDTA 3CMSA 5P6HA 3HAUA 2AOHA 5P4PA 5P00A 3EKQA 5P2CA 5DQ1A 1HBVA 6APRE 3PSGA 5P38A 5B18A 2R9BA 5P17A 2XFKA 4ZIPA 5P1SA 2ZYEA 4Y47A 4YA8A 5P6QA 1SIPA 5ENMA 5SXNA 5P07A 4Y3WA 4AMTA 3OU3A 1LYBA 5P8QA 3S56A 4RCFA 4R92A 5PEPA 2ZHUA 3QS1A 4Y3NA 5P1CA 2UY0A 4JP9A 5ER1E 2P8HA 5UPJA 4YE3A 5P5CA 3SM2A 5P5NA 5CONA 1C6YA 2AZ9A 5EZXA 3HAWA 5P44A 5P1PA 1TQFA 2PK6A 1EC1A 4ER2E 2AOFA 3EKXA 2F3EA 1TCXA 5P1TA 3QIHA 1EC3A 1UPJA 4ZEAA 1RNEA 1EPNE 5P4HA 4J0VA 2ER0E 2WEBA 4BFBA 4TRWA 5P27A 5P5UA 2B7ZA 4KB9A 3S43B 5HU0A 2AOEA 2VIYA 3O9FA 5COOA 2VA6A 2Q15A 1HIHA 2Q64A 4DJUA 5IVSA 2ZJJA 4CP7A 1WBKA 5P8BA 5P7EA 4LXKA 1XS7D 3A2OA 4QJ6A 3R0WA 2QD8A 1APVE 1HPOA 1HRNA 4IVTA 2JXRA 6FIVA 3MWSA 1WBMA 4LHHA 4B78A 4LAPA 5P7KA 1B5FA 3NXNA 5P46A 1TSUA 3SPKA 5P1RA 2HPFA 5OZ0A 2H6TA 1B11A 1MTRA 4K8SA 3EM4A 1BVEA 5P18A 2ZJMA 2CENA 5P6UA 5OYRA 5P3TA 2AODA 3G72A 1SGUA 1IDBA 3R2FA 5P0NA 5P7IA 3S45A 5OZNA 1G0VA 5KQFA 4DVFA 4IVSA 2CEMA 1QRPE 3IXKA 5COKA 5P3KA 2AOGA 4MC6A 4CPSA 4OC6A 3T7XA 7UPJA 1MRXA 3RVIA 1QBTA 2PSVA 5OZJA 5P1AA 3TOGA 3CICA 4Y37A 5OZBA 3AIDA 5OZHA 3PGIA 5P66A 5P03A 1MTBA 3UDQA 1LEEA 5P62A 5P2ZA 5OZDA 4RROA 3WZ8A 2FXDA 4R8YA 1ER8E 2AVVA 4A6CA 1YTIA 4BFDA 5HTZA 2NPHA 4OBZB 5P4QA 4EWOA 4Y39A 3OUAA 3ZL7A 3GI5A 3UDHA 1FQXA 2OHUA 5P7UA 3KDCA 4DJVA 5P1BA 3UFLA 4ER4E 1D4HA 1ZP8A 2H6SA 5OYXA 4DUSA 1ZLFA 4RYCA 1EPOE 1FMXA 2PWCA 3UQUA 3ZKGA 2G1NA 5P83A 2QZKA 3VSWA 3O9CA 2NNKA 1LYAB 3ZKMA 4Y5LA 4FAEA 3D3TA 1ENTE 1MSMA 5P4VA 5HE7A 2J9JA 4J1KA 3NYGA 4XX3A 1HIIA 3OQDA 3OOTA 2IGYA 1K6TA 4Y4EA 1HSIA 1ZPKA 3IGBA 5OZUA 5P4LA 3OADA 1G2KA 3EL5A 1HHPA 1NH0A 2NXDA 4AA9A 2XYFA 1W5WA 4EJDA 1BBSA 4Y5BA 1AVFA 4PHVA 4I10A 2WF0A 5P6WA 5P34A 1SDVA 2OHPA 3FX5A 4Z22A 3LPKA 1NPVA 2AVMA 2V11C 4YHQA 3OU1B 1HVJA 4R91A 3OXXA 2Q55A 2FGVA 5P3LA 3DM6A 3OK9A 4Y50A 4NPUA 5P4AA 1IDAA 4AZYA 5OZ5A 5P41A 5P39A 2NMZA 5P1FA 1EBWA 1W5XA 5P4BA 2IKOA 2QZWA 5P2AA 5P1LA 4OBGA 3VV6A 4KE1A 3RTNA 3SQFA 5P5VA 3ZPSA 5OZRA 2I4VA 4QJ9A 3EBZA 5P1GA 3PI5A 5DR0A 3FNUA 2FDDA 1BXOA 3O9DA 4Y3HA 5P16A 4Y4XA 3S54A 3MXEA 2WF3A 3SKFA 2I4UA 1TCWA 4Y3YA 5P2WA 5I70A 4ZPEA 1FKNA 2VIEA 4CPTA 5P6PA 5P74A 4EHCA 2P3AA 2V0ZC 5P8IA 5P3VA 3LIQA 1MPPA 2P3BA 2WEDA 3L38A 4H3IA 2PH6A 2FGUA 5P5AA 1DMPA 1BVGA 4XX4A 2PK5A 4Y58A 5P50A 1MIQA 4H3GA 2PC0A 3VF5A 1OEXA 3S2OA 1HIVA 5KR2A 1M43A 4RVXA 5P0PA 2ZE1A 3EKVA 3Q3TA 5KQYA 3DCKA 4RVIA 3OQFA 5P48A 2QMPA 3R0YA 3T7QA 3DOXA 4GJ8A 1MSNA 1ME6A 1HXBA 3EKWA 3T7PA 4EXHA 2FLEA 3NWXA 4Y3JA 2O4KA 3LPIA 5AH7A 4YBFA 4DFGA 1E82E 1SP5A 4K4PA 4NJUA 1LF3A 1LYBB 2WF4A 5P1QA 4FGXA 3UDYA 5P3OA 3O9BA 3KF0A 3S85A 4Y3EA 2AVQA 2R43A 3KFRA 4RZ1A 3RSVA 4GJCA 5P2YA 1HTGA 2VS2A 5P1UA 3K4VC 3O9GA 4EYRA 4Y57A 3PM4A 3TPPA 5P2VA 1PROA 3TOFA 4FM7A 3BGCA 3SLZA 3N3IA 3SA9A 1YG9A 5HE5A 2AZCA 4Y4ZA 3TKGA 3UTLA 5AH8A 1Z8CA 3PMYA 5P3UA 3OUDA 5P5XA 5DQ5A 5OZWA 2G20A 5DR8A 4Y3MA 1IVQA 1BDQA 2BJUA 4B1EA 2AVOA 3M9FA 5P8FA 5P3CA 3TNEA 3INEA 2BPYA 3TLHA 4MC1A 5P2JA 1MT9A 3NUOA 5P15A 3KT5A 1FQ6A 3ZPUA 2CEJA 2AOCA 4QLHA 3QN8A 4GJAA 5P0WA 3OUBA 5P11A 4WTUA 4YDGA 4OD9A 4OBJA 1YX9A 5P51A 5P0AA 5P0TA 1C6ZA 3ZPTA 3L3AA 4Y5KA 5OYQA 1B5FB 1XL2A 4R93A 3NU3A 3PB5A 4B0QA 4Z50A 3DV1A 1B6LA 1YTGA 4WY1A 3BVBA 3UDPA 1GNOA 5I3YA 2FXEA 3DV5A 4NJVA 5P5DA 3D91A 5P84A 5P7GA 3QP0A 5I3VA 5P1JA 1MEUA 4Y36A 5EZZA 1APTE 4DH6A 2FNTA 1BWBA 3KFSA 3ZKNA 3NR6A 5P55A 2OHRA 3VSXA 1YTHA 3BUFA 5DR3A 3PI0A 4Y53A 4DJYA 4HA5A 3D1ZA 5P5OA 4OC6B 3TPJA 3LIYA 5IVQA 4DQBA 1MT8A 2BB9A 1Z1HA 4B77A 1GVUA 2OF0A 1GNNA 4H3FA 4Y4DA 3H0BA 5P06A 5P5KA 3OWNA 3VFBA 4Y4JA 5P6FA 3PMUA 3GGAA 4I0JA 4ZPGA 4DJQA 3VYFA 3IA9A 4J1FA 4CMSA 4Y3RA 4Y5PA 3AUPA 5P88A 4Y4AA 3LIVA 3RSXA 3TOHA 1XE6A 3JVYA 4NKKA 5P2BA 1M0BA 3NWQA 4QGIA 3UDKA 4D83A 2WEZA 2BPVA 4ZSQA 5P1OA 2VJ6A 2F3FA 2FNSA 1K1UA 4YD6A 1AXAA 3ZKIA 2UPJA 2RKGA 4XKXA 1T7IA 5P7OA 3CKRA 3MSKA 3VF7A 5OYSA 2QU3A 1HEFE 2IRZA 2PWRA 4DI2A 2HM1A 2NR6A 1HSHA 3QRSA 4MC9A 5P1VA 5DPZA 3PJ6A 2J9JB 4Y5AA 5P6DA 3PBZA 4Y38A 2NXLA 2OHNA 5P7MA 2F81A 3SA3A 3EL1A 2HC0A 2QU2A 5P3NA 4Y5CA 4Y3SA 5AHAA 3OADB 3PWRA 2B7FA 2G1SA 2XFJA 5P0MA 5IE1A 2V16C 5P5HA 3APRE 4DQEA 5JODA 4Y4TA 1FG6C 5KR0A 5P2TA 5P2RA 2A4FA 2ZJHA 1QDMA 1T7KA 5OYUA 3EMYA 4DQHA 3OQ7A 3PBDA 5P89A 4B1CA 4L6BA 5P61A 1META 5P0KA 5P04A 5P02A 5P8PA 5P0RA 4R95A 1KJGA 1DP5A 1C6XA 3NSHA 3VYEA 4X7IA 2I4WA 3SACA 3OTSA 3PLDA 4YOAA 5P30A 1A8KA 4DJRA 3I8WA 3U7SA 3URJA 2R8NA 5P1ZA 4EJ8A 5OZCA 1XE5A 1HVSA 5P33A 3LITA 5P14A 1DW6C 1B6MA 2ZGAA 4R5NA 2WF2A 3KA2A 5P1WA 2I4XA 5P7JA 3I25A 3ST5A 1BAIA 3L59A 2WHHA 5P7ZA 1HOSA 5P5IA 1RQ9A 3VCMA 5HVPA 3O9EA 4Y4GA 1HVKA 4Y45A 5P0XA 4RCDA 1MESA 5HDUA 3UDMA 2NXMA 3O99A 2OHSA 1HWRA 5P1DA 1LF4A 4EJLA 4YBIA 5C9FA 2P3BB 4HLAA 4I8ZA 3L5DA 5OZAA 5P5LA 1FEJC 3FNSA 4I0HA 1SH9A 5P0BA 4PYVA 1FG8C 2FDPA 3NDTA 4U8WA 5E5JA 5P0EA 5P71A 4DJOA 3HVPA 5C9BA 5P3AA 1IIQA 4J17A 5HU1A 5P4NA 1LS5A 2BPZA 4DQGA 5P1MA 8HVPA 3Q70A 5P6AA 1DAZC 5OZGA 4B70A 1TW7A 1K6VA 5P8NA 4CPWA 3IXOA 3L58A 4CPQA 4FRKA 5P4YA 2IDWA 2QI6A 4L7HA 4RCEA 5P6LA 4A4QA 5P2QA 4Y3FA 4ACUA 3DCRA 1E80E 3OAGA 2FMBA 2ER6E 3TTPA 3JVWA 5OZEA 5P1XA 5P8LA 5OYYA 3Q4BA 3URLA 1SGZA 3VYDA 4YCKA 5OZ6A 2G69A 3BC4A 3U6AA 7HVPA 2BPWA 3PWMA 5ISKA 5OZXA 1PPLE 5P23A 4LP9A 1HTRB 2V10C 2V00A 1CPIA 4GJBA 2R38A 1QBSA 2ZHSA 3OY4A 3L5BA 2JJJA 1AM5A 2O4NA 4TRZA 5P4ZA 1J71A 5COPA 5P36A 4Y4UA 5P7RA 5P2HA 3NXEA 2AOIA 4GJ5A 3KMYA 5SY2A 1MUIA 5P7WA 5P82A 4Y51A 3U71A 5OZMA 4FAFA 5P56A 3GI6A 5IVTA 1MT7A 2P83A 5P0DA 5P4DA 2IS0A 4I0GA 5DQ2A 2PSGA 3WB5A 1C70A 5P8HA 1AIDA 3ECGA 2QZLA 3OUDB 2APRA 4RVJA 3BVAA 3LZVA 1FQ8A 4F76A 1LF2A 2I0DA 5I3XA 1EEDP 1U8GA 4FM8A 1ODXA 2ZJKA 2IEOA 2VIJA 3EC0A 3PHVA 2R5PA 2WKZA 3K5CA 4OBHA 4WY6A 3WZ7A 5P52A 4B72A 4X2LA 1HVCA 4S1GA 1T6EX 4L7GA 3PEPA 1HEGE 1EPQE 4NPTA 5P0OA 5P6MA 5P8EA 3GI0A 4OD9B 4Y3QA 4L1AA 5SZ9A 4DJWA 1A94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8O A;  3IXJ A;  2ASI A;  4J1H A;  5DQ4 A;  4JOO A;  1M4H A;  3KT2 A;  5P81 A;  5P31 A;  1TSQ A;  3Q6Y A;  2QP8 A;  1FQ7 A;  2QMG A;  2OHM A;  2P3D A;  3MXD A;  4K4Q A;  4ACX A;  2IKU A;  1EAG A;  5P4F A;  4ZE6 A;  5P76 A;  4J1E A;  1EC2 A;  1F7A A;  3SAA A;  5P57 A;  1W5V A;  5OZ4 A;  1OD1 A;  3ER3 E;  3B80 A;  1RPI A;  2WEC A;  1B6J A;  4GID A;  4EP2 A;  1D4L A;  5P10 A;  1YT9 A;  2OHL A;  5OZF A;  5P22 A;  5P01 A;  5P40 A;  5P7S A;  4GJ9 A;  1T3R A;  4Y3A A;  5P5R A;  1ZBG A;  3EXO A;  3MSL A;  1HTE A;  4PZX A;  1XN2 A;  2O4P A;  4I0F A;  5P0C A;  1Q9P A;  4TVG A;  3PLL A;  4H1E A;  5APR E;  5P2O A;  1LYA A;  5P80 A;  5P7A A;  3IND A;  5P3M A;  3LIN A;  3HW1 A;  3S53 A;  2Q5K A;  5OZV A;  5P5Z A;  5J25 A;  5P3H A;  1JLD A;  3WB4 A;  4Y56 A;  1FF0 C;  3T11 A;  5P7Y A;  5P69 A;  4D89 A;  4Y5N A;  3CKP A;  1K2B A;  3OQA A;  4Y3G A;  5P09 A;  5DR1 A;  5P45 A;  2WEA A;  4FSL A;  5P42 A;  1CMS A;  4XXS A;  5OZK A;  1XN3 A;  3QAA A;  4D85 A;  3I6O A;  4TVH A;  3O9A A;  3BUH A;  3DJK A;  5P5Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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