5P4QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 215
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4qA01
4FLGA 4Z4XA 5P80A 3URIA 5P6GA 5OZ0A 5P2GA 2WECA 5P0ZA 5DR4A 3FSMA 4LC7A 2ZHRA 4DQHA 2VNNA 4JOOA 2CEMA 4B72A 4RROA 2UY0A 2QI4A 1HVKA 5P0VA 3VFBA 1OD1A 3BUGA 3KDCA 5P2RA 1EAGA 3O9FA 3SA5A 4NJVA 5P5CA 4D88A 5P50A 1LYAA 3URJA 1HPSA 3IA9A 4GZFA 4PZWA 5J25A 5P63A 4J1HA 5P1AA 5P40A 5DR0A 5P6VA 4FM6A 4EJDA 4RCEA 5P0QA 5P62A 5OYWA 5P39A 2BBBA 4DPFA 5P4RA 2QI5A 4I8WA 4IVTA 3PMUA 2WF2A 1GVVA 2G1OA 2QNQA 3Q3TA 2PSUA 4ZEAA 2ZJMA 3L58A 2H6TA 3HZCA 3O9LB 5P3KA 5P1KA 3FNUA 3HW1A 5P44A 3EKWA 5DR1A 2IS0A 5OZ9A 5P6HA 4ACXA 2G94A 5P7KA 2O4NA 2B7ZA 3QN8A 5P4PA 3MWSA 5P42A 3UQUA 3K5CA 5P7TA 7UPJA 4RYCA 1HIVA 2XYEA 2AODA 5P1NA 5P1GA 5P08A 5P6NA 1QBTA 3K5FA 4B05A 4BFDA 5P3RA 2QD7A 2R9BA 2OF0A 3PMYA 5SY2A 4ZE6A 5F01A 3DV5A 3JVWA 5P65A 4EQ0A 5P68A 1ZPAA 5P6MA 7HVPA 5P6AA 3TL9A 5DQ2A 3NU9A 5OZIA 2JJIA 4I12A 2PH8A 3EM3A 5P3HA 2V11C 1IDAA 4EJ8A 3BUHA 3K4VC 4PEPA 9HVPA 2FDPA 2V0ZC 3Q4BA 5P61A 5OZQA 3UQWA 5KOQA 5P2EA 5P6PA 4EXGA 4A4QA 5DQCA 2AIDA 5P0NA 5P2YA 5P6WA 2NTRA 2PQZA 2NPHA 5P2JA 5OZJA 2AZ9A 3M9FA 3SABA 1E81E 4R8YA 1EPPE 1FEJC 1GVUA 3LZUA 4Y3ZA 4DUSA 2Q63A 1YM4A 5COKA 3NU4A 2I4UA 3EL5A 3B7VA 5P47A 5C9DA 2G1NA 4LHHA 2ZHUA 4M8XA 5P09A 5P4VA 5P48A 1SIPA 3IAWA 2AZBA 1ZTZA 5P35A 3NWXA 4FE6A 4FRKA 5IE1A 2FGUA 5P5IA 5P7UA 2HB4A 2BB9A 5P5TA 2EWYA 5P0SA 5P83A 1M4HA 2F3EA 4RRSA 5P3DA 3ZLQA 2P4JA 4AUCA 3ZKIA 3QRSA 5P8CA 2ZJLA 2G1SA 2JXRA 5HDXA 4HVPA 4OBZA 1DIFA 3D1XA 5P4SA 2OHQA 2VIZA 1LYAB 1E80E 5P2UA 3PBZA 2I4QA 4FIVA 5P6OA 1XN2A 2H6SA 1F34A 3SM2A 4GJ6A 1K1UA 1EPNE 2JE4A 1HHPA 1BV9A 4L7HA 2J9JA 4ZSRA 3SLZA 2FNSA 3BUFA 4K9HA 3RTNA 1CMSA 3QAAA 1EPLE 3LIYA 4RYGA 5P1EA 5P27A 5P2OA 4GJAA 4GMIA 1B5FA 2FIVA 5IVQA 2VIYA 3OGQA 5P01A 5P1DA 5AHCA 3Q70A 5BS4A 1ZAPA 5P04A 1CZIE 3BVBA 5P4UA 1HPXA 2Q11A 3T7XA 3URLA 1HVRA 4EYRA 4I0JA 5P6IA 2QP8A 1HTEA 3UDHA 5P00A 1D4JA 2BPZA 5P59A 2QU2A 2V13A 5P2MA 1FFFC 1KZKA 4R5NA 1IZDA 1AZ5A 3LITA 3S43B 2PH6A 4DJWA 3GI5A 3VCMA 5P5JA 3D3TA 5P4JA 4D83A 2ZHVA 4AMTA 4Y3EA 1EC2A 2G27A 4Y5BA 4R92A 4Y36A 2OHTA 3KMXA 3ZOVA 5P7YA 5HU1A 5P78A 5OZKA 2AVQA 5P0GA 2FMBA 1RNEA 2AOCA 3EM4A 3OGPA 3SO9A 2WEZA 4GJ9A 4OBKA 5P0FA 1LF3A 1DMPA 1B11A 4Y44A 5AGZA 5AH9A 3S7MA 1D4KA 5P05A 5P0IA 4DJPA 4MC9A 1MTBA 1FMUA 3CKRA 1RQ9A 3TLHA 1HRNA 5P87A 2NNPA 3RTHA 4DJRA 2WKZA 5P8UA 3KF0A 1YX9A 5P4OA 4Y5GA 2P83A 1YT9A 4QJ8A 3LPKA 1APTE 1UH8A 5I3YA 2I0DA 4B0QA 3O9BA 3FNSA 1EC3A 2FS4A 5P7IA 3GGAA 5P2AA 5P8IA 5AHAA 1YTGA 5HDZA 2O4SA 2QHZA 1PROA 5P55A 5P5EA 4Y56A 3Q5HA 2ZE1A 5P5UA 1SGUA 3PWRA 3R1GB 5P2TA 1A8GA 5P8PA 3NXNA 3EKQA 4Y5KA 1BWAA 3BVAA 3LZYA 1DAZC 5DGUA 4OBZB 1IVQA 2WL0A 2IKOA 3NU6A 1CPIA 3BXRA 5DQ1A 3D91A 4FL8A 3TH9A 5P6FA 5OYUA 5P6EA 4Y3MA 5P3ZA 5AH7A 3VYEA 3ZKMA 3ZKSA 3H0BA 1HVIA 3S2OA 4DJVA 2WJOA 1BVEA 5IVSA 1K2BA 1AXAA 2WF4A 5BWYA 4Y4BA 5P84A 2VIEA 3EL0A 5JODA 4PHVA 5P6YA 4YBIA 5B18A 2IQGA 3IGBA 2VA5A 3U7SA 1MSMA 2QNPA 3NDUA 4CP7A 4B1EA 4DI2A 1B5FB 1W5VA 5P0EA 1HOSA 3CMSA 5P5WA 1SDUA 2ER0E 1W51A 5I3VA 2HS2A 5P26A 4Q1WA 4Z50A 3INEA 4YD7A 4YOBA 5P49A 4Y37A 3VUCA 3T7QA 3R4BA 2QZLA 4ZIPA 5P2SA 3SA3A 5P4LA 4Y48A 4QJAA 1TSUA 5IS4A 1EPOE 4Y3AA 1A9MA 5P5NA 5KR0A 2WEDA 5P4CA 2PYNA 5P3WA 5OZXA 5IVTA 4LXKA 3UDJA 3KDDA 2I4XA 3L59A 1E82E 1GVXA 1HPOA 4Y3NA 2RKGA 5P3AA 5P36A 3QI1A 5ENKA 5P88A 2AVMA 1EBWA 1FB7A 1A30A 5P8OA 5P3EA 2NR6A 3EBZA 3VSXA 1C6XA 5P8QA 3DJKA 5KQYA 3NUOA 2BKTA 5OZUA 4Y45A 5P0MA 3UDQA 4N00A 3DCKA 4LXAA 2BJUA 2V00A 1QBUA 2PMAA 3SPKA 4J1EA 1PPLE 4B00A 1HBVA 5P6LA 2BKSA 2UPJA 4JPCA 5P4DA 2OAHA 3OU4A 5P3JA 5P5MA 1HSHA 3HD8A 5P2XA 5OZ7A 4TRWA 2QU3A 2G1YA 5EZXA 4M8YA 2QZKA 1IZHA 4Y3QA 4DQBA 5ER2E 5P8HA 5P7LA 5OZHA 2BPVA 5P4TA 1FIVA 3VSWA 3PSYA 1HTRB 3UQPA 3CIBA 3VLBA 1BAIA 1EPME 4CPTA 5P5ZA 5P4GA 4DJXA 5P1PA 2ZHSA 3TOGA 5I3XA 5P2ZA 5HCTA 1FG6C 5HD0A 5P4KA 4RCFA 2F8GA 2I1AA 2FXEA 5P7GA 3CICA 5P10A 3EL4A 5KOSA 6APRE 1LYBA 5P11A 5P5AA 3OXXA 3A2OA 4FGXA 3FX5A 5P85A 5P8LA 3PB5A 2WEBA 4Y39A 5OZZA 2PC0A 1GVTA 4Y5MA 1HTFA 2V12C 1QRPE 1YTJA 3DV1A 5P06A 3MXEA 5P73A 3PWMA 1KJ7A 2B7FA 2NXLA 1W5XA 5P6UA 3VV8A 5P89A 4ER4E 1M43A 5OZMA 1K1TA 5P5YA 4DQGA 2QI1A 3C9XA 5APRE 2ZDZA 1SH9A 4Y3YA 5P8AA 5OYYA 5P0AA 1MRXA 5C9FA 2G20A 4YCTA 4Y3PA 2PSGA 5P64A 5P3YA 4U7VA 5P51A 3EKVA 5P13A 3K5GA 3D20A 4L7JA 3IXKA 4EQJA 2WEAA 1LF4A 4OBJA 3O9EA 3QVIA 1TQFA 3O99A 1FMBA 4Y51A 4XKXA 1DPJA 3D1YA 1PSNA 2HC0A 5OZWA 4UPJA 1KJGA 5TOLA 5P32A 3R2FA 2AOFA 5OZGA 4Z22A 4J0TA 1YTIA 1HSIA 3OU1A 1ZLFA 4Y38A 3SFCA 3UQXA 2PK5A 5P2LA 1PPKE 5P2WA 4YBFA 4XXSA 2RKFA 5P76A 5OZAA 4EWOA 3ZPSA 3O9AA 3F9QA 3R0WA 5OZSA 3TPJA 1HEFE 5P1QA 1HVSA 1MT9A 4Y3FA 5P0XA 4ZPGA 5P7EA 3OU4B 2G21A 1UH9A 2PWCA 1WKRA 1ZBGA 4CMSA 4OD9A 5P5VA 1WBMA 5P8RA 3VV7A 1B6LA 3BC4A 4Y3JA 3GW5A 4RLDA 4Y50A 3UF3A 4BELA 3B80A 3CKPA 4RGHA 1LYWB 2B42A 5P02A 2CENA 2QI6A 3SM1A 1MRWA 4X7IA 3RTMA 5P7QA 5P8GA 1FMXA 1OEWA 5HDUA 5P45A 5P7OA 3PRSA 5IVRA 5P15A 4QJ7A 4EXHA 4FSLA 2RENA 4FM8A 4MC1A 1GNMA 2R5PA 2WF1A 4FAFA 1FGCC 4AA9A 3LIZA 4HDPA 5P8BA 3NU3A 1ENTE 5P0DA 4D85A 5P7NA 5DR7A 1HVCA 1DP5A 2QK5A 2QCIA 5P4MA 1SBGA 2P3BA 3KM4A 4H3IA 5P4FA 1WBKA 1SMEA 3VV6A 2P3DA 5P2HA 2VJ7A 3FNTA 2VJ6A 1HIIA 3O9HA 4Y3XA 2V10C 2VKMA 4R91A 4I0ZA 2QI0A 3L5FA 3NSHA 3VYDA 3VEUA 2OHRA 1G35A 2XFJA 3PBDA 5DGWA 4TRYA 1SGZA 4EP2A 5P3LA 5P1VA 3U71A 2I0AA 2QMGA 5P6DA 4ER2E 1BVGA 2Q55A 5P38A 5P6XA 1FQ6A 3FIVA 6FIVA 2G22A 1IBQA 2F80A 4Y35A 5OZ4A 5P3NA 1TZSA 1FLHA 5P0TA 4XX3A 4J1IA 1J71A 5KAOA 2ER9E 3HVGA 5P0WA 5P4EA 3SKFA 2J9KA 5COPA 3HBOA 3NUJA 2B60A 2QMDA 1FG8C 1MT8A 4TVGA 1BDRA 5P37A 5OZ2A 1MVPA 3DOXA 3ER3E 3TKGA 2IKUA 2ZJNA 1LEEA 5P1SA 3OU1B 1BIMA 2G1RA 1GKTA 3PSUA 2CEJA 4I11A 5P28A 2WF3A 3K4VA 4I0IA 5EZZA 2QD6A 1K6TA 1XL5A 1MPPA 4J1KA 5P5XA 1MT7A 2AZCA 2F3KA 5OYTA 2HS1A 4EHCA 4MC6A 5OZNA 3LIXA 5P2FA 3I6OA 5KQFA 5P0KA 5P5OA 1Z1RA 4Y3LA 1BV7A 1N49A 5HVPA 4GJDA 4Y4GA 3WB4A 3U6AA 5P2IA 2B8LA 5P0LA 2Q64A 5P0HA 1HTGA 4Y41A 1UPJA 3I8WA 5P86A 2XFKA 3K1WA 5P5GA 1PPME 5P6RA 2O4LA 3QRMA 5DQ5A 5P29A 2PYMA 4CKUA 3GGXA 2VJ9A 5OZ6A 4Y5LA 5P3UA 4OBHA 3JVYA 2R8NA 4GYEA 1LF2A 5P3CA 5P72A 2AOIA 3ZKXA 3SAAA 2VS2A 5P5RA 5P0YA 3TKWA 4B1CA 4B1DA 4OBGA 5P6KA 1LS5A 3SA6A 4Y4EA 3KYRA 4Y3TA 3OADA 5P3GA 3EL9A 3OK9A 4ER1E 3OUCA 3PCZA 3S85A 5OZPA 3G70A 3VG1A 4EPJA 5HCOA 5P30A 3OOZA 4AA8A 4AZYA 3EM6A 4DH6A 5P7WA 4Y58A 2P3BB 2HIZA 4XX4A 5P5PA 1VIKA 1BDQA 2RSPA 3PSGA 1BILA 1SDTA 3NDXA 2PWRA 4KE0A 4K4PA 5P7AA 1HSGA 1KJ4A 3UHLA 3LIVA 4YCKA 4Y4ZA 2HPFA 3OTYA 5P7CA 1G2KA 5SXNA 1YTHA 4YD6A 2WF0A 5P5SA 4Q1NA 3SA4A 5P6QA 4L7GA 2NMZA 5OYVA 4Y3RA 2VA6A 3OQ7A 1U8GA 5HTZA 3SACA 5P5KA 2AVOA 4Y6MA 5OZTA 2VNMA 5HE7A 2NXMA 5P77A 1W50A 4I8ZA 4NJUA 4ZPFA 1B6PA 3K5DA 5P7PA 3OWNA 2ZHTA 2J9JB 4LP9A 2ER7E 5DR3A 5OZ8A 1K6PA 1HIHA 5P3QA 4NJTA 5P1UA 3IVIA 5P1BA 3WB5A 4L6BA 4S1GA 3LZVA 4Y3GA 1RPIA 3PWWA 2FGVA 4QLHA 5P7ZA 3O9CA 1ZJ7A 3KFRA 1Q9PA 1OEXA 3SA9A 2QMFA 5DPZA 4FRSA 3PLLA 3SA7A 1IDBA 5P1MA 1ODXA 2AOHA 3TOFA 5P4HA 5E5JA 3KT5A 3VF5A 1E5OE 3S8IA 5I3WA 5P18A 3KT2A 5T4SA 3KDBA 3UDMA 2QAKA 4H3FA 1RV7A 2V16C 3QS1A 4ZSMA 4K8SA 5P22A 4Y3WA 5P66A 2I4DA 1T7IA 1HEGE 1T6EX 3UDNA 1HVHA 5P3IA 5P4XA 1EBZA 4I0EA 4Q1XA 5P5BA 2R38A 4FM7A 1TCXA 1FQ5A 1C6ZA 4LL3A 4APRE 1NH0A 4HEGA 3LHGA 2A1EA 4RVJA 5P8NA 3NLSA 5P7XA 1PFZA 4WY6A 2OHKA 5P4WA 5OYQA 3KFPA 3VF7A 4Y3DA 5P75A 4Y5CA 1EEDP 1APUE 6UPJA 1FQ4A 3OQKA 2P8HA 3MSLA 4HLAA 5P6CA 5P2KA 5P67A 4I10A 3PCWA 3Q6YA 2ANLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FLG A;  4Z4X A;  5P80 A;  3URI A;  5P6G A;  5OZ0 A;  5P2G A;  2WEC A;  5P0Z A;  5DR4 A;  3FSM A;  4LC7 A;  2ZHR A;  4DQH A;  2VNN A;  4JOO A;  2CEM A;  4B72 A;  4RRO A;  2UY0 A;  2QI4 A;  1HVK A;  5P0V A;  3VFB A;  1OD1 A;  3BUG A;  3KDC A;  5P2R A;  1EAG A;  3O9F A;  3SA5 A;  4NJV A;  5P5C A;  4D88 A;  5P50 A;  1LYA A;  3URJ A;  1HPS A;  3IA9 A;  4GZF A;  4PZW A;  5J25 A;  5P63 A;  4J1H A;  5P1A A;  5P40 A;  5DR0 A;  5P6V A;  4FM6 A;  4EJD A;  4RCE A;  5P0Q A;  5P62 A;  5OYW A;  5P39 A;  2BBB A;  4DPF A;  5P4R A;  2QI5 A;  4I8W A;  4IVT A;  3PMU A;  2WF2 A;  1GVV A;  2G1O A;  2QNQ A;  3Q3T A;  2PSU A;  4ZEA A;  2ZJM A;  3L58 A;  2H6T A;  3HZC A;  3O9L B;  5P3K A;  5P1K A;  3FNU A;  3HW1 A;  5P44 A;  3EKW A;  5DR1 A;  2IS0 A;  5OZ9 A;  5P6H A;  4ACX A;  2G94 A;  5P7K A;  2O4N A;  2B7Z A;  3QN8 A;  5P4P A;  3MWS A;  5P42 A;  3UQU A;  3K5C A;  5P7T A;  7UPJ A;  4RYC A;  1HIV A;  2XYE A;  2AOD A;  5P1N A;  5P1G A;  5P08 A;  5P6N A;  1QBT A;  3K5F A;  4B05 A;  4BFD A;  5P3R A;  2QD7 A;  2R9B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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