5P4WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 221
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4wA01
4MC2A 5P0NA 3FNSA 5P6RA 3L3AA 4I0DA 3ER5E 4DJUA 3PBDA 1YX9A 2QI6A 5P1AA 2JJIA 1SBGA 5P6KA 4EJKA 1A9MA 3O9BA 3R4BA 2IENA 4H3FA 4YD6A 1WBKA 4LP9A 3ZKGA 3NUOA 3OAGB 1HVJA 3INEA 5F00A 4EXHA 5P8HA 5P6TA 4R91A 2A4FA 4Y3PA 5P0WA 4QJ2A 3RTNA 4Y3TA 4Y5GA 1HSIA 5P5KA 4Y47A 1C6ZA 1MTRA 4Y54A 1LF3A 3TOGA 3NU4A 2AZ8A 2IS0A 2WF2A 1PSOE 3KMYA 4PEPA 4R92A 1RNEA 1PSAA 4Y3RA 2B60A 3ZKMA 2V12C 1TW7A 1XS7D 5P44A 4TRZA 5B18A 5P2TA 4QJ6A 4IVTA 1FKNA 4ZPGA 1D4JA 3EL0A 3GGAA 9HVPA 1M4HA 2PYMA 1GVXA 1AZ5A 1B6PA 4QJ7A 1K6TA 4ACUA 5DR0A 4RGHA 5P06A 5P61A 3IXKA 1BAIA 3FV3A 1CPIA 1YM4A 4J1EA 5JG1A 5P4AA 4DJYA 1FG6C 3EKTA 1DP5A 3BHEA 4ZSMA 3BC4A 5HCTA 2IRZA 5P3EA 3HBOA 5P8FA 4I0FA 3OQ7A 3PSUA 3GI5A 1EPNE 1NPVA 2B8LA 4YD5A 3PMYA 5P8NA 3SFCA 5P2OA 2CEMA 2V00A 3IAWA 5P3HA 4FRSA 4KUPA 5P77A 2FGVA 2QI1A 1ODYA 5P64A 3OQDA 4GJ9A 3KFNA 2O40A 5P5AA 5APRE 3SA3A 4DJXA 3EXOA 4I8WA 4BELA 1LF2A 3UQRA 4DJOA 3BUHA 1SMRA 2MIPA 5P0QA 3SA4A 1EEDP 5AHCA 3FNUA 5P7JA 2BPZA 4ER2E 1IDBA 2HS1A 2WF4A 5P49A 3QVCA 5P1XA 1FMXA 3BUGA 5P66A 5P2CA 2QP8A 2OHTA 3UFNA 5P23A 3TH9A 1HEGE 3PSYA 1XL5A 4NJSA 5P48A 1NPWA 1YTHA 5OZ4A 4B78A 4CPTA 3CIDA 3DOXA 1ME6A 4JOOA 4RVIA 4QJAA 2JJJA 5P3CA 3RSVA 1BDQA 2R43A 1HXWA 3UQPA 4Q5MA 3S7MA 3UQUA 3ZOVA 3RSXA 1AVFA 4Y53A 1GKTA 1HTGA 4Y37A 5F01A 5P82A 2HIZA 2PQZA 5KQXA 5OYVA 3SM1A 1ODXA 2F81A 3I7EA 2QNQA 5P0XA 3BRAA 4LBTA 3H0BA 4YCKA 5HTZA 5DQ1A 1IIQA 3G6ZA 2VNNA 2Q64A 1HVSA 5P6MA 4J0YA 5P0RA 2QI0A 3IGBA 5ENMA 1KJ7A 3EC0A 5P19A 2OHLA 2FMBA 4D83A 5HD0A 1OEWA 1MVPA 4AZYA 4Y3DA 5JFPA 4DUSA 5P58A 5P76A 1W51A 5P2YA 3PM4A 4B77A 3EL5A 5KR2A 5P3XA 3NU3A 1RPIA 2Q11A 3RTMA 4R95A 5P6OA 3VYDA 3INHA 5SXNA 3A2OA 3QBFA 2O4NA 3PHVA 5P54A 5P8PA 1FMBA 3O9IA 1MRWA 3L5CA 3I8WA 5P5DA 5P0TA 1HPOA 3INDA 1EC3A 5P7OA 3PRSA 1HIVA 3GGXA 2HB2A 5P7KA 3KYRA 3SKFA 1HIIA 4XXSA 4FLGA 2WHHA 1SP5A 1XL2A 5DR3A 4FAEA 3PWRA 5P2FA 4S1GA 4TRYA 5P1OA 5P7YA 4APEA 1LYWA 5P3JA 1M43A 2QD8A 4FSEA 1MSNA 1U8GA 2WL0A 5P1IA 3BVBA 4E43A 2HAHA 5P83A 1MT8A 1B5FB 5P72A 2Q63A 5P39A 4J55A 2FDDA 4LXMA 5P6JA 1PSNA 4Y3GA 2I0AA 3PVKA 4GJBA 5P7HA 5P52A 3PB5A 5P5SA 5P46A 1OEXA 3DUYA 1A94A 3KFSA 4Y3EA 3VSWA 5AH9A 5P7WA 2NMYA 3T7QA 4OBHA 1G0VA 5P5HA 5P8AA 5P3QA 4Y3YA 2P3DA 2P8HA 3LIQA 5BRYA 3VF7A 5P25A 5P4LA 2ZJIA 2RKGA 3OUDA 2FNTA 2WEZA 1PROA 4Z22A 4GZFA 2UXZA 5OZKA 3TKGA 5OZQA 3VYEA 1FG8C 1BWAA 5P14A 3OU4B 2G20A 2VIJA 3JVWA 4AA8A 2PYNA 5P11A 4XKXA 3DJKA 5P4JA 1XE6A 3LZVA 3EL4A 2FGUA 1FQ8A 1MRXA 4NJUA 4ER1E 1XDHA 4L1AA 1FIVA 2QU2A 3OTSA 5P7CA 1APTE 4H3IA 2IQGA 5P87A 5P1TA 5OZOA 5KR0A 1IBQA 4DJPA 5P2RA 2NXMA 2I1AA 1HPXA 5P4UA 5P6EA 3KDCA 3VUCA 2P3CA 3NXEA 3URIA 5P37A 4Y4WA 1G2KA 1MESA 5FIVA 6UPJA 4WTUA 1D4KA 3O9LA 4Q1YA 5P57A 4F74A 3K5CA 3EL9A 4EYRA 5P1GA 4FRKA 4JPEA 3UDQA 3UDNA 5P7MA 4Y41A 3JW2A 5P42A 3MSJA 4I0HA 1QBUA 5P17A 4Y39A 5OYYA 4D88A 3Q4BA 2QNPA 4RCDA 4Y6MA 5P7TA 3ZKNA 1SGZA 1UPJA 4Y5PA 4U7VA 2BKSA 3S54A 1E80E 5EZXA 4Y3FA 4GJ7A 5P73A 2QNNA 4YDGA 3UFLA 4D8CA 1K6CA 3L5EA 3GGUA 3KM4A 5P7BA 4Y57A 1LV1A 5ENKA 1YTJA 1ZSRA 3Q70A 1EPOE 2G24A 2Q5KA 3L5BA 5P7SA 4B1DA 5IVTA 3HVGA 5P3FA 5P4GA 5OZAA 5P3WA 1IZHA 3QRSA 5OZ6A 1LZQA 3CMSA 4Y5EA 5OYTA 5P8TA 1GVTA 5KQFA 3RVIA 2O4KA 3MSKA 1B6KA 2H6TA 5P5NA 1B6MA 3EL1A 2BBBA 1RV7A 4J54A 5P04A 2I4VA 4RLDA 4Y5CA 1FQXA 4ER4E 1EC0A 5P79A 3MWSA 2WEBA 4CPRA 1SIPA 1EBZA 3DK1A 4M8XA 4GIDA 2VNMA 5P3AA 3UPJA 3UTLA 1HIHA 2QI3A 1NPAA 1FFFC 5P0KA 5HDXA 3EKVA 5P0FA 2OHKA 5AHAA 3BXRA 5P5MA 3OUCA 2WECA 4ZIPA 4LAPA 5DGWA 5P0EA 5AH7A 3OXXA 3VSXA 4RYGA 4GJ5A 3VFAA 1AAQA 5P5PA 1FQ7A 1HVLA 2R5PA 3GI4A 1WBMA 3PCWA 3QRVA 4Y4DA 5I3WA 3OU4A 1EBKC 4K8SA 3INFA 4R5NA 5P5YA 5DGUA 1W5WA 2FXEA 3N3IA 3NUJA 4I12A 3O9GA 2EWYA 3CKTA 3IN4A 1ZTZA 1BBSA 1T7JA 5P2HA 3S43B 5P0BA 2G1OA 5OZXA 1HSHA 3PEPA 3T6IA 2OAHA 3FKTA 3EKXA 5P78A 5P8RA 1ZLFA 1IZDA 3DCKA 4Y3SA 3PI0A 1BILA 5P5IA 3KDDA 4Y4BA 2VKMA 2HC0A 4Y43A 1GVWA 5P2BA 4KE0A 4NPUA 5COKA 1TCWA 5P4TA 1LYAB 5P5JA 5P0JA 3ZKXA 5P4ZA 1K6VA 1BIMA 3Q5HA 5P6IA 1MERA 3D91A 3NWQA 5OZ8A 3VV6A 5KOQA 2WKZA 3SKGA 5P5UA 2VS2A 2RMPA 3NDXA 5P1NA 5P8EA 5OYQA 3I6OA 2RKFA 4Y4JA 1DMPA 4GJAA 4OBDA 5P0UA 3L59A 5HDZA 2OF0A 3SQFA 1VIKA 2UY0A 4NPTA 3VV8A 4FM7A 3U7SA 4ACXA 3O9DA 5P7RA 5AH6A 4Y36A 3M9FA 5P2SA 3VYFA 1IZEA 5ISKA 3TL9A 4YE3A 1Z8CA 5HCOA 5OZCA 5P35A 5P7AA 5P6NA 2PSUA 2AVOA 3OU1A 4CPSA 3UDRA 1BDLA 1UH8A 2VIYA 5P26A 1E82E 1T7KA 2ZHTA 4RVXA 3VLBA 1XN3A 3WB4A 3ST5A 3LIYA 5DQ4A 5P5VA 5ISJA 1EPLE 2V13A 4N00A 3K5DA 5P89A 1D4HA 5P09A 5P1UA 1TZSA 5P2UA 1LYWB 5P84A 1J71A 5P1VA 3SA6A 5P3IA 1DIFA 2PC0A 5P4YA 4PPHA 4Y4EA 1HXBA 4PHVA 1T6EX 5OYWA 1K6PA 1C70A 3FX5A 3PI5A 5OYRA 2QI5A 1HRNA 3IVHA 2QHZA 5OZ5A 5P4KA 4EXGA 3VEUA 2ZJNA 5P6AA 1Z1HA 2AOEA 4PYVA 5OZ7A 5P0DA 1Q9PA 2OHPA 5P4CA 3NXNA 3D1ZA 4R93A 5P88A 5KQZA 3URJA 4OBGA 2NPHA 3QVIA 5OZTA 4B72A 2HB4A 2B8VA 2QHCA 4K4RA 5P34A 2IEOA 3OUDB 5P4RA 3UDKA 5P7LA 3S2OA 4Z4XA 3IVIA 5P4DA 5P2EA 5IVSA 1MSMA 4GYEA 3QROA 5P86A 4Y5KA 3SABA 3OQKA 5P85A 3S53A 5P1YA 5OYXA 1RL8A 3CICA 1EAGA 5OZJA 3RU1A 5P2KA 3D3TA 4FS4A 1IZIA 3O9EA 4L1AB 2XFIA 3QP0A 4ZSPA 1GNOA 3RTHA 4DQEA 3S43A 4I0JA 5P4NA 2QZXA 5COPA 1JLDA 5P2LA 1B6JA 2BB9A 5P3PA 3G70A 1OD1A 5P05A 5P70A 3HAUA 3O9AA 4IVSA 1F34A 1NH0A 1T7IA 4DI2A 5ER1E 4WY6A 3CYXA 5OZMA 4NKKA 3LZSA 2P83A 1EPME 2ZE1A 1E81E 1XN2A 1LYAA 5E5JA 1EPQE 2FDPA 2ER0E 4Y4AA 3N4LA 4ZLSA 1IVPA 5P6XA 1W6HA 5P0GA 1WKRA 5P1KA 4JPCA 3NU9A 3O9LB 1A8GA 5P0HA 3WZ7A 2FXDA 5DQ2A 3SAAA 5P16A 3CIBA 4I11A 5DR7A 2WF0A 4XX4A 5P2JA 5P69A 3QAAA 5P30A 1K1TA 1FMUA 4CPUA 3ZL7A 3NDTA 3K1WA 2VIEA 4Y3LA 4YD3A 4YBFA 5P1EA 5P1MA 5P1ZA 4EQ0A 3S8IA 2I4XA 1TSUA 2WEAA 2R9BA 3APPA 2R38A 1GVUA 3CKRA 2VJ6A 5P36A 4EPJA 1BV7A 1ZJ7A 2JE4A 5P5XA 4HE9A 5OZUA 4I8ZA 4Y4XA 5P4IA 1IVQA 3QRMA 4CPXA 2VA5A 4FRJA 3L5DA 2FNSA 3EKWA 5P7NA 3HLOA 4ZSQA 5P1QA 4FM8A 4Y5AA 3AUPA 2QMPA 5P6CA 3T3CA 1KJHA 2V0ZC 4FM6A 1N49A 2V10C 5C9BA 2O4LA 5P2NA 3G72A 4U8WA 3TPLA 5CLMA 4EHCA 1LYBA 1FQ5A 2VJ7A 2J9KA 5P4HA 4I0ZA 3WZ8A 3DV5A 3PSGA 4J1HA 1W5VA 4RROA 3OHHA 3LPKA 3ER3E 5P68A 4J5JA 4YBIA 2AOJA 2G69A 5P8QA 2APRA 2AZCA 2FDEA 3KDBA 4K9HA 2AOGA 3LIZA 6APRE 3IXJA 4HEGA 4Y45A 8HVPA 3LITA 5P55A 3OK9A 3O9FA 1DAZC 3S45A 2IL2A 3TNEA 5P20A 1TSQA 3SPKA 5P5ZA 5P01A 5P28A 5OZWA 3BXSA 2PK5A 4Y3HA 4CMSA 1QRPE 3LIVA 4Y3AA 1D4LA 1SGUA 4QGIA 4GJ6A 5OZGA 5P4VA 1VIJA 1HTRB 2PK6A 5P62A 3UDHA 5P51A 4Y3ZA 2WJOA 1HVHA 3NLSA 5OZDA 5P3UA 5P3YA 3NDUA 2IGXA 5P65A 5P03A 3PMUA 2AOCA 5OZRA 3D20A 4NJTA 4RCEA 5JODA 3ZLQA 4YHQA 4DVFA 3FSMA 3LINA 4Y3XA 4F73A 5OYUA 3EKPA 1W5YA 5OZVA 4Y56A 4J1CA 2ZJKA 5SY3A 4AUCA 5HVPA 3APRE 1QDMA 1FLHA 3PCZA 3GI0A 5HU1A 2G94A 2XYEA 5P4XA 4LXKA 5P3KA 4FSLA 1EC1A 2BJUA 5HDUA 4Y5BA 4Q1NA 3D1XA 4BEKA 2NXLA 3VLAA 2HPFA 5OZ0A 1NSOA 4CPWA 3L5FA 4K4PA 5P53A 4RRNA 1HVCA 1FQ6A 3BGCA 5P1PA 5P3GA 3EM3A 3VG1A 5P6GA 5P3BA 5P08A 5P5GA 3VF5A 2ZJLA 1B11A 3LZYA 4GJ8A 2VJ9A 5P00A 3VCMA 3EM6A 3NU5A 2AODA 5P8BA 4M8YA 2ZHSA 5P7XA 3GW5A 5P4OA 1MT9A 3K5FA 1CMSA 3QS1A 4LXAA 2P3BB 3FNTA 3UQXA 2AVMA 1HTEA 3B7VA 4Y51A 1K2BA 2F80A 5P7QA 3OU1B 3SO9A 2R8NA 5KAOA 1HVRA 1B6LA 3KN0A 5P0MA 5T4SA 5IS4A 2FLEA 2V11C 5P7IA 4FCOA 3EKQA 3GGVA 4ZSRA 2QD7A 5P1RA 4Y3MA 3HVPA 3WSJA 1ZBGA 3S7LA 5P0AA 5E5KA 2AZBA 2AOHA 1A30A 2Q55A 5P3RA 4ZPFA 4Y5LA 2XFKA 5P3NA 5P4PA 1APUE 4X2LA 1E5OE 4FL8A 4EP3A 2P3AA 1F7AA 4JECA 5P5QA 5P67A 1RQ9A 4A6CA 5OZLA 2QCIA 4Y3QA 1HEFE 4ZPEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MC2 A;  5P0N A;  3FNS A;  5P6R A;  3L3A A;  4I0D A;  3ER5 E;  4DJU A;  3PBD A;  1YX9 A;  2QI6 A;  5P1A A;  2JJI A;  1SBG A;  5P6K A;  4EJK A;  1A9M A;  3O9B A;  3R4B A;  2IEN A;  4H3F A;  4YD6 A;  1WBK A;  4LP9 A;  3ZKG A;  3NUO A;  3OAG B;  1HVJ A;  3INE A;  5F00 A;  4EXH A;  5P8H A;  5P6T A;  4R91 A;  2A4F A;  4Y3P A;  5P0W A;  4QJ2 A;  3RTN A;  4Y3T A;  4Y5G A;  1HSI A;  5P5K A;  4Y47 A;  1C6Z A;  1MTR A;  4Y54 A;  1LF3 A;  3TOG A;  3NU4 A;  2AZ8 A;  2IS0 A;  2WF2 A;  1PSO E;  3KMY A;  4PEP A;  4R92 A;  1RNE A;  1PSA A;  4Y3R A;  2B60 A;  3ZKM A;  2V12 C;  1TW7 A;  1XS7 D;  5P44 A;  4TRZ A;  5B18 A;  5P2T A;  4QJ6 A;  4IVT A;  1FKN A;  4ZPG A;  1D4J A;  3EL0 A;  3GGA A;  9HVP A;  1M4H A;  2PYM A;  1GVX A;  1AZ5 A;  1B6P A;  4QJ7 A;  1K6T A;  4ACU A;  5DR0 A;  4RGH A;  5P06 A;  5P61 A;  3IXK A;  1BAI A;  3FV3 A;  1CPI A;  1YM4 A;  4J1E A;  5JG1 A;  5P4A A;  4DJY A;  1FG6 C;  3EKT A;  1DP5 A;  3BHE A;  4ZSM A;  3BC4 A;  5HCT A;  2IRZ A;  5P3E A;  3HBO A;  5P8F A;  4I0F A;  3OQ7 A;  3PSU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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