5P4XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 222
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4xA01
1Q9PA 2WJOA 1FIVA 5DGUA 1A8KA 1BWAA 1HPOA 1G2KA 4R5NA 2R43A 1C6YA 4Y4WA 5P35A 5P41A 3N3IA 1EC0A 4OBZB 4YA8A 3LITA 1EAGA 1XL2A 5DR1A 5P1KA 5P5QA 5P3FA 3QAAA 2FMBA 3ZKMA 5KAOA 2Z4OA 4L7GA 2V00A 1MRWA 5P12A 4KUPA 2HPEA 3TNEA 1E5OE 4DJWA 5ISKA 5P7SA 5P64A 4DQCA 3DCRA 4Y54A 2O4PA 4FCOA 4Y3ZA 4DPFA 2B7ZA 5OZBA 4YDFA 4DJRA 2QMGA 2OHPA 1ODWA 1CZIE 2AVSA 4AZYA 3OY4A 5P5SA 2I4VA 3L58A 8HVPA 4HE9A 3ZOVA 5P2HA 5TOLA 4B0QA 5FIVA 4R92A 4RROA 1ODXA 3U7SA 5P16A 5HDZA 1K6CA 4NJUA 5P71A 3EBZA 5P6QA 1BVGA 5JG1A 9HVPA 4IVSA 5P66A 2ZJNA 3PMYA 4I8ZA 3ZL7A 4FS4A 2OHUA 5P0ZA 4GJ5A 2I4QA 5I70A 5HU1A 2ZE1A 2OHLA 1ER8E 3EL4A 5JFPA 3OU1B 4DJYA 5P6JA 4YE3A 3OADA 3KDCA 4QJ6A 5OZYA 5P62A 5P84A 1PFZA 3GW5A 4ZPGA 5P6SA 1RV7A 3B7VA 4J1HA 5KR8A 1B6PA 2BPYA 1Z1RA 4BFDA 3OU4B 4WY6A 2UY0A 1BDQA 1AXAA 3LIYA 2F81A 3Q6YA 5P2EA 4J1CA 5P18A 4OBHA 4QJ8A 1EBYA 4B78A 4Y3JA 5P0NA 1E80E 4PZXA 3QBHA 5OZ8A 5OZ2A 3OWNA 4J17A 4U7QA 4HLAA 2NXMA 2VNMA 4B72A 1VIKA 3F9QA 3QVCA 1B6LA 5P2SA 2Q15A 4XX4A 5AHBA 3K4VC 3NU9A 1ME6A 5P65A 3DUYA 5P0DA 4XX3A 1W6IA 2QD8A 1NH0A 5P1OA 4PHVA 3EL5A 5P1BA 3FNTA 3L3AA 4HDFA 4MC1A 3OXCA 5KOSA 1YTJA 3APRE 4Y4TA 3OUAA 4Y3DA 4I0GA 5P5RA 3LIXA 4PPHA 2PMAA 1EBKC 2A1EA 1GNNA 5P4TA 4H3JA 3AIDA 2ZDZA 1M43A 5P5XA 3KFRA 2WF1A 4QJAA 3D1ZA 5P5GA 4KE1A 3IXJA 1NPVA 5P32A 5KOQA 3OK9A 3URJA 4EP2A 4NPTA 5C9DA 1TSUA 5P0IA 3O9IA 3VV6A 4CPTA 1W5XA 2HS2A 2QU2A 5P0EA 3QI1A 5IE1A 4Y35A 1LYBB 3NDWA 1LS5A 3UPJA 1T6EX 5P2IA 5P5IA 5CONA 1QDMA 4QJ2A 4TVHA 3O9HA 2FLEA 3OUDB 3PBZA 4YDGA 3M9FA 1K2CA 4A6BA 3SA5A 3GGUA 5P2QA 2FGUA 1LF4A 3UDYA 1HVHA 4Y3QA 5P3OA 1LF3A 2ZJJA 4Y38A 3UQRA 2QI3A 1LEEA 5HD0A 2QNQA 1APWE 5P2VA 1FG8C 4FE6A 1XE6A 5P36A 1XS7D 4RVJA 4ER1E 5OYWA 2IGXA 3IXKA 3FKTA 4PZWA 1MIQA 3WB4A 3ZPSA 3AUPA 4NPUA 4Y41A 5P1YA 3I2LA 4DJXA 5SZ9A 1AZ5A 2P3BB 3GI6A 4NKKA 5P85A 1B6KA 1BAIA 3DOXA 2OHNA 1EC2A 1FLHA 4LP9A 4YD6A 4GJ7A 5P4IA 2G22A 1B11A 4KE0A 4YD5A 1NPAA 1SDTA 3PM4A 5AH6A 3U71A 5P8CA 3VLAA 5P5EA 3UTLA 2AZBA 4LXAA 2J9JB 3TKGA 5P82A 5DQ2A 5P0SA 2ER9E 5P0JA 2A4FA 5OYQA 1HVKA 4PEPA 5PEPA 4I0EA 1YTHA 3L5FA 5P4GA 2BJUA 3CKTA 3ZKGA 2ZJIA 1T6GA 3SABA 4J1EA 5P0WA 4Y47A 2G69A 5HTZA 3EKQA 4TRZA 2UXZA 4N00A 3LPIA 3INEA 3G6ZA 3L5EA 5P5ZA 3RVIA 2BKSA 1YG9A 1Z8CA 4RCEA 5P3WA 4EP3A 2HPFA 4CPRA 2FXEA 5KQFA 4JOOA 1T7IA 3UDPA 5OZAA 1FB7A 5P8AA 1K1UA 3S56A 5P6PA 5P57A 5P6GA 3WZ8A 3PB5A 5P67A 4H1EA 3NWQA 5F00A 2WF3A 5P7EA 2WEDA 2PWCA 5P3SA 3SM1A 3PWMA 5P7ZA 5P72A 3LNKA 5P73A 3OHFA 1QRPE 3JVYA 3R4BA 1C6ZA 3LZYA 1T7JA 5P03A 2R9BA 2G94A 2OHRA 5P8LA 3K4VA 1IIQA 3N4LA 4Y37A 2QP8A 3BRAA 3KDBA 3UQUA 3RTHA 3SFCA 5P3DA 5P68A 2PSVA 5OZ1A 2ASIA 5P5MA 5P8FA 5P00A 1KZKA 1ZP8A 3IGBA 5P0PA 5P8HA 5P63A 5AH7A 5P4YA 3LZUA 5P5VA 4FGXA 4Z2ZA 2ZJLA 1MPPA 3URLA 1DIFA 1ZSFA 2Q3KA 5P81A 2EWYA 4MC9A 2IRZA 2HAHA 1A8GA 5P0FA 4Y3PA 5OYTA 5P6MA 1AAQA 2I1AA 1YT9A 5DQ4A 4Y43A 2NXDA 1K2BA 5P78A 4Y5CA 3B80A 4FRSA 3QROA 4Y3NA 5P31A 2G21A 4Y5EA 5OZ4A 2VA6A 3UFLA 3INFA 5P09A 5KR1A 3IA9A 5P8UA 5P4HA 5HVPA 5P0RA 5P0YA 5P1XA 5P3YA 2WHHA 4WY1A 3DV1A 5P42A 5P8NA 5P3BA 3PSGA 3MSKA 4XKXA 2I4DA 1HTFA 3KMXA 3OQAA 4S1GA 3OUDA 5P4NA 5P74A 5APRE 3NU5A 2VIYA 3BUGA 3BGBA 4GJ9A 2O4KA 5P6LA 5OZUA 5P2BA 5P7VA 1D4YA 1SMRA 3LIVA 4Y5PA 3UHLA 4WTUA 3VFAA 4BELA 4FM7A 1MTBA 5P45A 5P47A 4PYVA 5P5WA 2HB4A 3T11A 3PI0A 1M4HA 3KM4A 5P79A 4EHCA 5P3NA 4J54A 5P1AA 4CPSA 1YTGA 1D4KA 1HSGA 2QCIA 4R8YA 3URIA 5P2NA 4OC6B 4Y3MA 5P22A 5P4UA 5P8VA 2P3BA 5OZCA 5P8DA 4K4PA 5C9BA 5P4RA 1META 3OOTA 2PK5A 3QVIA 1N49A 3HVGA 5OZOA 3A2OA 2QZXA 4EQ0A 1HXWA 2CENA 4YBFA 1EEDP 5KQXA 2HM1A 5AGZA 4RVIA 4DQFA 2AODA 1IBQA 3EM4A 2J9JA 5P5JA 1ZAPA 2Q5KA 5DQ1A 1FMXA 3CIBA 4FM6A 1SGUA 3LHGA 4I10A 5P8KA 1BVEA 5P1MA 4I0IA 1SIVA 2OAHA 2VJ7A 5P6YA 4LAPA 2QHCA 1WBMA 5P3VA 3TH9A 3PVKA 4EJKA 3QPJA 5ENMA 5P5AA 1HVCA 1TCXA 1D4LA 3LINA 1LYAB 4GJ6A 3VCMA 5P39A 4OD9B 1ENTE 5P2DA 2MIPA 3BGCA 4Y3WA 3K5DA 3UCBA 4HA5A 1A30A 3DM6A 2XYFA 3CIDA 5DGWA 5SY2A 1HRNA 2HB2A 4DV9A 4RYGA 3NDTA 5P87A 3SA7A 3NR6A 3DK1A 2WEZA 5P1TA 5DPZA 5P0HA 1HWRA 4K8SA 5OZNA 5P2ZA 5JFUA 4Y58A 5IVRA 2QI5A 2ZJMA 3ZLQA 3ZPUA 5P4LA 5P0OA 5P0UA 5P14A 5HU0A 5P1HA 1TQFA 2O4LA 1FG6C 4AUCA 3D1YA 4B1CA 3UDJA 5HCTA 3O9AA 5COPA 5P25A 3EL1A 5P4ZA 1GVXA 3UDQA 1EC1A 1FQ8A 4D88A 2G1RA 4K4QA 3BVBA 3WB5A 1HEGE 5IVTA 1E81E 4B70A 4ER2E 5SXNA 1BDLA 4Y5KA 4YD4A 3ER3E 1ZBGA 5ISJA 3PRSA 2RKGA 5P1EA 2CEMA 1W6HA 1FQ5A 5P08A 5P6DA 4Q5MA 5HDXA 5P1VA 4Y5LA 3MWSA 3IN4A 5P02A 5P3UA 1TW7A 1FEJC 1XN3A 4FRKA 3FV3A 3OQKA 5KQZA 5P54A 5P0TA 3PLDA 5OZGA 1ZTZA 5P4BA 5SY3A 4L6BA 3PCWA 2P3DA 2QNPA 1AJXA 1GNOA 1UH7A 2NPHA 1DP5A 4ACUA 1XL5A 3NLSA 3SA4A 1OD1A 4A4QA 2P83A 1W5VA 1PSNA 5OZEA 4Y4AA 5P7KA 5P0GA 2IKUA 1GVVA 1XDHA 1HVJA 5P8IA 1EBWA 3L5DA 4OBKA 4D85A 4RVXA 5P8BA 3S45A 4XXSA 2Q11A 4LXMA 3VV8A 3D3TA 5OYUA 4KB9A 4OBGA 5P1DA 3BXSA 2R5PA 5T4SA 4JPEA 5P4DA 1J71A 5P8OA 1PPLE 2RENA 3PSUA 1EBZA 4Z50A 1HHPA 3O9CA 5P70A 4Q1WA 2BB9A 4Y57A 3ZMGA 3TPPA 5P50A 5DQCA 1BILA 4DJUA 3Q70A 4J0VA 5P13A 2NXLA 4Y3TA 4F75A 1KJFA 5P1GA 3FX5A 1KJ4A 4Y5NA 5P4PA 3I7EA 5P15A 3R0YA 2UPJA 2ZJKA 1A94A 5P7IA 5P3XA 4I0FA 2IENA 4HEGA 3VYDA 2AOJA 3S7LA 1MESA 2JXRA 5E5KA 3Q3TA 5P5DA 1HTRB 2BKTA 4OC6A 1BBSA 2G27A 3SM2A 4DPIA 5P1NA 5P04A 2AZCA 3BUFA 3SQFA 5P2TA 4HDPA 3T7QA 2QI7A 5P3JA 5P5HA 1B5FB 3O99A 4EXHA 3IVIA 1W5YA 3UQPA 3LIZA 3VYFA 5P4WA 3DCKA 2AOGA 5P0LA 1FMUA 5P4OA 1EPLE 2NMYA 5P7GA 3UDMA 4FAFA 3UFNA 3OGQA 2QMPA 4YCTA 2F3KA 1ZLFA 5OZDA 5P7YA 2ZGAA 3SLZA 1PSOE 2QMFA 3VF3A 1YM4A 2XYEA 4GB2A 5P6FA 5P33A 3EXOA 2OHTA 1LYAA 2I4WA 5P4SA 3ZKXA 5DR8A 3O9BA 4Y51A 4OD9A 2QI6A 4GJCA 1SP5A 3PWRA 5P49A 2JJJA 5P7BA 2OHQA 3VUCA 5EZZA 2Q54A 3S8IA 5P2YA 3TL9A 1TCWA 2WF2A 2V0ZC 5OZQA 2P3CA 4YOAA 4OBZA 5COOA 3SKFA 5P1IA 3K5GA 5P0VA 3L5CA 5P77A 3VG1A 4DI2A 4DJQA 4COEA 5P61A 4F73A 1LZQA 3L38A 3EKXA 5P1RA 3CYXA 3TPJA 4D83A 1GVTA 2AOIA 2VJ6A 5P6UA 4Z4XA 5P86A 3EKTA 4CP7A 5P89A 4BEKA 2F3FA 2QZLA 1C6XA 1HPSA 4Y3FA 3U6AA 4Y3LA 3OXXA 4LXKA 4FL8A 2V16C 4K9HA 3INDA 4J0YA 2G24A 2V13A 1LF2A 4EPJA 1DAZC 3KT2A 4L7HA 5C9FA 3OQDA 2G20A 2ZJHA 2IS0A 2FIVA 3I8WA 2O4NA 3PGIA 2G1OA 3CKRA 4RLDA 4H3IA 5P5KA 5P0BA 5OYZA 3ZKIA 5P8TA 2QNNA 5OZ7A 4E43A 3O9FA 5OZ5A 3HLOA 4GJDA 3GI0A 2ANLA 3OU1A 1QS8A 5P2UA 5P2LA 5P7FA 2ER7E 2FNTA 3S43B 2BPXA 2WF4A 1FMBA 3Q4BA 5P2MA 5OZPA 2VKMA 5P3IA 3CKPA 5P7AA 3OU4A 4J1FA 5P7QA 5HDVA 1D4HA 5HE4A 2R5QA 3T6IA 5P0MA 4FRIA 4ZSMA 4TRYA 1EPNE 3LIQA 3QBFA 3QIHA 3VFBA 5OZLA 3UF3A 1HIHA 2J9KA 4EJDA 5P1QA 3WSJA 5P76A 3NWXA 3KN0A 3PBDA 3GI5A 3KFNA 2IKOA 5OZZA 2V10C 1QBUA 2WEAA 5P2CA 3PMUA 2RMPA 2I4UA 1IZEA 5OZJA 5CLMA 5P1CA 1HVRA 1SDVA 4Y3EA 1M0BA 4GJAA 2QHYA 1HPXA 2QAKA 5HCOA 3PSYA 5JODA 2IGYA 2B7FA 3H0BA 1MT7A 5OZIA 2WL0A 4AMTA 1GVWA 1SIPA 5P5UA 5P7RA 2BBBA 4RCFA 4DJPA 1HIIA 3DV5A 5P1JA 3TLHA 1NPWA 1FFFC 5P4XA 5P43A 1D4SA 3OUCA 3ZKQA 5P83A 2R38A 5P3MA 1FQXA 4Y53A 3UDNA 3QRVA 1IDAA 1SH9A 4YCKA 2HS1A 5P6RA 1LYBA 4BFBA 2QHZA 2ER6E 2PSGA 1FQ4A 5P80A 5P6TA 4I11A 4Y4UA 2HIZA 3T7XA 1T3RA 3NXEA 4GZFA 5P6HA 3OXVA 3SPKA 5P44A 5OZFA 4EJLA 5OZRA 1MSNA 2BPZA 1EPQE 3I6OA 4L7JA 2NNKA 4AA8A 5P3TA 4H3GA 3L59A 2F3EA 3IAWA 4OBJA 1C70A 1A9MA 3LZVA 4Y3GA 5P7HA 1T7KA 1AM5A 2R3TA 4FLGA 5P8MA 5ENKA 3RTNA 3VYEA 5UPJA 4DJVA 1BDRA 2VA7A 1TSQA 5AHAA 5P4CA 3HD8A 4J0TA 3ER5E 3UDKA 1K6VA 3VSXA 3VSWA 1HIVA 1NSOA 2NR6A 4Y3YA 4YBIA 5P6NA 1W50A 5P6WA 1FFIC 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q9P A;  2WJO A;  1FIV A;  5DGU A;  1A8K A;  1BWA A;  1HPO A;  1G2K A;  4R5N A;  2R43 A;  1C6Y A;  4Y4W A;  5P35 A;  5P41 A;  3N3I A;  1EC0 A;  4OBZ B;  4YA8 A;  3LIT A;  1EAG A;  1XL2 A;  5DR1 A;  5P1K A;  5P5Q A;  5P3F A;  3QAA A;  2FMB A;  3ZKM A;  5KAO A;  2Z4O A;  4L7G A;  2V00 A;  1MRW A;  5P12 A;  4KUP A;  2HPE A;  3TNE A;  1E5O E;  4DJW A;  5ISK A;  5P7S A;  5P64 A;  4DQC A;  3DCR A;  4Y54 A;  2O4P A;  4FCO A;  4Y3Z A;  4DPF A;  2B7Z A;  5OZB A;  4YDF A;  4DJR A;  2QMG A;  2OHP A;  1ODW A;  1CZI E;  2AVS A;  4AZY A;  3OY4 A;  5P5S A;  2I4V A;  3L58 A;  8HVP A;  4HE9 A;  3ZOV A;  5P2H A;  5TOL A;  4B0Q A;  5FIV A;  4R92 A;  4RRO A;  1ODX A;  3U7S A;  5P16 A;  5HDZ A;  1K6C A;  4NJU A;  5P71 A;  3EBZ A;  5P6Q A;  1BVG A;  5JG1 A;  9HVP A;  4IVS A;  5P66 A;  2ZJN A;  3PMY A;  4I8Z A;  3ZL7 A;  4FS4 A;  2OHU A;  5P0Z A;  4GJ5 A;  2I4Q A;  5I70 A;  5HU1 A;  2ZE1 A;  2OHL A;  1ER8 E;  3EL4 A;  5JFP A;  3OU1 B;  4DJY A;  5P6J A;  4YE3 A;  3OAD A;  3KDC A;  4QJ6 A;  5OZY A;  5P62 A;  5P84 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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