5P4ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 224
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4zA01
5ER2E 2ZYEA 5OZ8A 4D89A 5KOSA 1FQ5A 4K9HA 3MWSA 3KDCA 5P7IA 5P00A 5P57A 4RGHA 3GI4A 3O9LA 4M8YA 1HVJA 4EJ8A 4CPTA 2MIPA 4QJ6A 5OZXA 5P23A 4ER2E 1YM4A 5P0HA 5DR3A 1D4KA 5P5GA 4Y56A 5P16A 5OZMA 3IAWA 1FB7A 3QROA 1HVIA 4Y38A 5HVPA 2BPZA 4RCDA 3URJA 1PPME 5P0QA 4U8WA 5P03A 5P6TA 4F73A 5P4FA 3FNSA 4OBZA 3VFAA 2WEBA 3KMXA 5P85A 2Q63A 1W51A 1HBVA 5P1AA 5P3ZA 1T7JA 2H6TA 5OYSA 3QVCA 4FRIA 5HTZA 5P8BA 5P7EA 2QMGA 3O9BA 5P6LA 3GW5A 1RL8A 4EXGA 1BIMA 3BGCA 5P06A 1GNMA 3PSUA 5OZ4A 3UFNA 3NXNA 3ZL7A 2WL0A 4DUSA 1BAIA 5P6DA 4EXHA 5P5CA 1HVRA 3OADB 3PI0A 5P3UA 2G1NA 1FG8C 5ISJA 5P2MA 2IS0A 3K4VC 3OUAA 1HIHA 3TOHA 1ME6A 2HS1A 3O9EA 2A1EA 2B42A 5KQFA 3TOGA 2VA6A 5OZQA 3Q5HA 1HXBA 5P2GA 5IVRA 5OZTA 5P43A 4J1KA 4Y4AA 2P4JA 1YM2A 2WEZA 1EPME 1UH7A 1BDRA 2QMPA 5CLMA 1GVXA 2FMBA 1WKRA 5P01A 3GI0A 5P2CA 3OXXA 4XKXA 1ZJ7A 5P8JA 4DVFA 1MTBA 1EBYA 2O4PA 3S43B 3INEA 3BHEA 1IZDA 4FE6A 1LV1A 5OZKA 5P4MA 2QD7A 3NR6A 4ZSQA 2R9BA 5P0OA 2B60A 1MRXA 2JYSA 3SA9A 3PSGA 3T3CA 1TCWA 5P6OA 2WEDA 4FCOA 4DV9A 1HIVA 3PWMA 2Q55A 3VF7A 2QCIA 4OD9B 4L1AA 3BUGA 5P0GA 1EPOE 5P8IA 2OHTA 4B1CA 5P1GA 1ER8E 3U7SA 4BFDA 3I8WA 2NMZA 5P47A 4DJUA 5P1BA 2AQUA 4I1CA 2QU2A 2P3AA 5P0EA 4EJLA 4I0ZA 4HEGA 4I8ZA 2G94A 5P3DA 4PPHA 1YTJA 4WY1A 5P7CA 4NJSA 2WKZA 3OOTA 3INHA 5J25A 1FFFC 2OHPA 1ENTE 2FDDA 5KQYA 5P83A 4Z50A 5OZ1A 1BWBA 1G0VA 4PZWA 2I0DA 5P6RA 3HAWA 2VKMA 1RV7A 5P7DA 1FG6C 1LS5A 2Q5KA 2RENA 4GJ7A 4PHVA 4Y3FA 3CICA 4Y3JA 5P1XA 2UY0A 1MVPA 5P0DA 1TQFA 3FNTA 5P1JA 3ST5A 1ZLFA 5P4HA 3EXOA 4DJYA 5P1PA 4I12A 3TH9A 4FAEA 2R43A 1GNNA 1W6HA 5AHAA 4QJ2A 3KF0A 4R95A 5P71A 5P4RA 5OZSA 5P0XA 3LIZA 3T11A 1QRPE 2ZJLA 5OYWA 3UDJA 4J54A 4Y5BA 5P7PA 2HAHA 3O9FA 1UPJA 5OZZA 5P58A 3BRAA 1KJFA 2V0ZC 2QI5A 1SMRA 3CIDA 1B6KA 1C6ZA 1G35A 2Z4OA 2IGYA 3PVKA 2ER7E 2J9JA 1RNEA 5P4OA 1AIDA 2QMFA 5P50A 4LBTA 3SLZA 5OYYA 5OZ9A 3L5BA 5SXNA 2NNKA 5P4LA 5OYXA 3L58A 2WECA 4Y51A 2AVSA 3QRMA 1FMXA 2ER6E 5P3AA 1GKTA 2ZGAA 2CEMA 1YX9A 3DJKA 3A2OA 4BEKA 2H6SA 2CENA 5I3YA 4FL8A 3NU9A 1EC1A 4HDBA 3PBZA 2WEAA 2ZJMA 3BUFA 3OAGB 5OZJA 3LPJA 1SDTA 5P8RA 4ACXA 1YTIA 5P66A 3QS1A 5P2FA 2IKOA 5P7NA 3SAAA 5P5XA 3ZKNA 5P0VA 4BELA 2R3TA 5P0IA 1XE5A 5P8DA 5P0WA 4YCTA 5APRE 5P19A 4Y9WA 5P2EA 1HVLA 5KQXA 2VIJA 2HIZA 2BPYA 4Y5GA 5P2NA 2QHYA 4GJ6A 5P4AA 4Y4JA 4Q1XA 3S45A 5I3WA 2BPVA 4HVPA 4CP7A 4HE9A 5P3CA 2QI4A 2FDEA 3UFLA 1N49A 3BUHA 4PYVA 5P86A 5P8GA 3K5CA 5P61A 4EJDA 5P59A 7UPJA 1EC3A 1ZSFA 4Z2ZA 3OUDB 5P07A 5P5DA 5P7XA 3ZKGA 1IDBA 5P2OA 4GJ9A 4AUCA 4TRWA 2F3FA 5P1NA 5P7YA 4B00A 1SIVA 3NU6A 4OC6B 5P2WA 4MC9A 4A6CA 4MC2A 1ZBGA 1W5VA 1TW7A 5JG1A 3UDPA 1FMBA 2VA5A 4X2LA 5P52A 3GGAA 2G69A 5P7SA 2QD6A 3OU4A 4Y41A 2OF0A 3NDXA 5P5VA 1CZIE 4DJQA 1HEGE 1HIIA 5P30A 5P0BA 4I0EA 1C6XA 5B18A 2I4VA 1PSNA 2RKFA 1KZKA 3U6AA 1FLHA 3LPIA 1AJVA 4Y4BA 5P5KA 3CKRA 3ZLQA 4RYCA 1MIQA 5P33A 4MC1A 3IXJA 1QBSA 1LYWB 5P6HA 2FDPA 1EPLE 5OZBA 2ZHVA 5OZWA 5P0TA 2AOIA 1A94A 3HVPA 5DGUA 4ZPFA 3KFRA 3TL9A 5DQ4A 1UH8A 5P68A 5UPJA 3FV3A 5HE5A 1MT9A 3ZPSA 4JPEA 3LZVA 2PWRA 1MPPA 5OZUA 2WF3A 4RCFA 5P8MA 5ENKA 3OXWA 3S8IA 4XXSA 2AODA 1KJGA 1META 3QPJA 5P80A 1K6TA 1HSHA 5P7HA 3CYWA 2G27A 4J17A 4J0VA 4FIVA 5P3VA 1APWE 2ZHUA 5P1HA 3PEPA 5P4WA 2PC0A 4OBHA 5P13A 4A4QA 1ZAPA 2QAKA 5KR8A 3ZPUA 5OZ0A 3SM2A 5DQ1A 2XFKA 3NU5A 4APEA 5DR1A 1BILA 3MXDA 5HU0A 4OBKA 1B5FA 4Y5LA 2I4DA 4X7IA 2HC0A 1K6CA 4LXMA 4Y54A 3CIBA 5P42A 3SFCA 4AMTA 5OZ6A 5P3XA 4K8SA 2VIZA 2ANLA 1FQ7A 3L5CA 4YD3A 1YT9A 4ACUA 1T3RA 4UPJA 1PROA 5P1SA 5P3MA 2ASIA 4DPIA 5P5ZA 3DV1A 2P3BB 1Z1HA 2OHQA 3EC0A 5P6NA 1HTGA 1NPAA 3D20A 3TNEA 1EAGA 2JXRA 5P3LA 5P0FA 1LF3A 2AVVA 2B8LA 1D4LA 2ZJHA 4QLHA 3PBDA 4ZEAA 5P1CA 5P77A 5P82A 5OYTA 5P5SA 5P3FA 1BDLA 5I3VA 2HB3A 4KUPA 5P67A 5P7ZA 5P6XA 5PEPA 4EPJA 3QRVA 3EM3A 1LYBA 2F81A 2G1SA 2G24A 2Q15A 4FAFA 5BS4A 4LP9A 1BWAA 5P5WA 3D1ZA 5AH7A 3SA7A 2G1OA 4Y4UA 5KR1A 2QHCA 5P7WA 4DJXA 2V11C 3RSXA 2XFJA 4EYRA 1GNOA 7HVPA 3RVIA 1MUIA 1HSGA 3O9GA 5KQZA 1DW6C 4Y4ZA 5P5UA 1HTRB 1XDHA 2O40A 4EHCA 4U7VA 3VF3A 4R8YA 1HVCA 2ER0E 4Y3EA 4GJ5A 3TPPA 5P81A 2BQVA 5P3PA 2HM1A 4Y5PA 3OK9A 5P2DA 1PPLE 4DJWA 4Y36A 4U7QA 1SBGA 5P84A 3R0YA 4YD4A 3NWXA 5OYRA 3D91A 3EKWA 2JE4A 4B70A 2P3DA 1KJ7A 3OADA 1BVEA 5P8KA 5E5JA 4RVIA 2ZJIA 3HAUA 3IXKA 1D4IA 3UDNA 5P3QA 5P8UA 4AZYA 3K5DA 2RKGA 3TPJA 2RMPA 4GJAA 2V13A 2IEOA 2NPHA 3I6OA 1HPXA 4YD5A 4FGXA 5P53A 2JJIA 5P0YA 5P64A 5OZFA 1FQ8A 1DIFA 4Y45A 3OOZA 1ZSRA 4Y4GA 2FNSA 3EMYA 3EBZA 4Y5NA 4J1FA 3K4VA 1XS7D 3PWRA 2BJUA 3R4BA 5P3SA 3SKFA 5P63A 1MSMA 2BBBA 3SM1A 3N3IA 2BB9A 4Y3ZA 5P5BA 5P6WA 4Y35A 2FXEA 3BGBA 4JECA 3UPJA 5P6JA 3INFA 5IE1A 5P7VA 2A4FA 2ZDZA 3ZOVA 5P1DA 3QI1A 4GZFA 5OZOA 3OQ7A 4EP3A 1G2KA 3DUYA 5SZ9A 4Y3AA 5P0UA 1DPJA 3EKXA 5P5TA 3IXOA 1J71A 2PWCA 4DI2A 3EKVA 4H3IA 2B7FA 5P45A 5P5AA 5P41A 1OEXA 2O4LA 1MT7A 5P5EA 4CPUA 2QNPA 2VNNA 3EKYA 4K4QA 5COOA 2VNMA 1AVFA 1PPKE 5P8EA 5P4ZA 3OGPA 3Q4BA 4FM7A 4ZE6A 3LINA 4TRZA 3VSXA 4EQJA 5AH6A 2AVOA 4Y44A 3LIXA 5P0RA 5P02A 2IRZA 4M8XA 4ZSMA 1HVSA 4NPTA 5P49A 3EKPA 3I7EA 1ZTZA 3VLBA 4PZXA 5AH9A 5P12A 2JJJA 5IVQA 4PEPA 5P6IA 2IQGA 5P55A 2P83A 5P7LA 4Y3DA 1KJ4A 4CKUA 4WY6A 1E82E 1LF2A 5P24A 5DQ5A 5OZAA 3QVIA 5P2BA 2RSPA 3BC4A 1IBQA 4WTUA 4DQEA 2QI3A 1FQ4A 1E81E 5P0JA 3OQDA 3ZKSA 5P6QA 4RCEA 2NNPA 4GJCA 3NDWA 2VA7A 4JPCA 1A8KA 5P76A 2FLEA 4Y3SA 4D88A 4CPSA 4FSLA 5P05A 3VV7A 1EPNE 5P4BA 3T7PA 5KR0A 3CYXA 4J1HA 5P7OA 2OHKA 3K5FA 2QNQA 3DV5A 1GVVA 1B6PA 5P0KA 1D4YA 1HWRA 2O4SA 1Q9PA 5OZ5A 4YDFA 2AOJA 3NSHA 4L1AB 1GVUA 1PFZA 2G22A 3EL9A 3MXEA 4HLAA 4Y6MA 4B72A 5BWYA 1YTHA 4RZ1A 5P1UA 4ZSPA 3ZKQA 5KAOA 1WBMA 4DJVA 2PH6A 3EL5A 5P1QA 2HB2A 4FLGA 5P3YA 2PYNA 3OUBA 5DPZA 3PSYA 1HTEA 2BPWA 3LIQA 2AZ8A 5P34A 4I0HA 5P18A 1B6LA 5P87A 2PSVA 2APRA 3MSLA 5P4KA 1LZQA 3ZPTA 3NU4A 5P6EA 2I4XA 3K1WA 2QI6A 1MRWA 3EM4A 3OAGA 1D4JA 5P2AA 1WBKA 3SA8A 2PH8A 1ZPAA 4DJRA 4J0PA 1F34A 2PK6A 3KDBA 4Y58A 1ODWA 1ZPKA 2B8VA 5C9BA 3T7QA 5P7JA 5OZYA 2Q64A 4LC7A 5P0AA 4Y5KA 5P79A 2XFIA 3OXVA 5P3HA 5CONA 3NU3A 2VIEA 2R38A 5P27A 3TOFA 5OZPA 1FQXA 5P1OA 3ZKXA 1W5WA 3KYRA 1C6YA 2AOFA 3OU1A 1RQ9A 2CEJA 5IVSA 2R3WA 1XE6A 3QP0A 5P09A 3OUDA 3L38A 1RPIA 2OAHA 5P78A 3PCWA 3I25A 1APVE 4Y39A 3T7XA 3VYDA 3RTHA 5JODA 5P36A 4YA8A 5TOLA 2OHLA 2HPFA 5P1RA 5P6CA 5I3XA 3NDUA 4FRKA 3G6ZA 4Y4EA 1OEWA 1M4HA 5P5JA 1C70A 3PGIA 2F80A 3PRSA 5OZLA 2P3CA 5P6SA 3FIVA 3NUOA 2XYEA 5OYUA 4Q1NA 3KM4A 3G72A 5P4YA 3S7MA 3RSVA 4TVHA 2NXMA 4XX3A 4EQ0A 5P56A 5P5IA 3AIDA 2QK5A 3IGBA 1BDQA 1W50A 1IIQA 2G20A 1QS8A 3SA4A 5P7TA 2FIVA 3NXEA 3JVWA 2OHMA 5P8FA 3CKPA 5P4GA 1SP5A 3KN0A 2F3KA 1BV7A 3WZ6A 1AJXA 4RVXA 3S85A 4R5NA 6APRE 2WF1A 4OBJA 1SDUA 5P3GA 1XL5A 3UDMA 3G70A 5P2HA 3VYFA 2NXLA 4YOBA 3O9HA 2Q11A 1TCXA 5AHCA 5P5LA 2PSUA 5HD0A 5P17A 2QZLA 4QJAA 5P2IA 4YDGA 2G21A 4Y4XA 2QHZA 2NR6A 2HS2A 2NTRA 3SO9A 1QDMA 2AOHA 4Y3GA 3HLOA 5P7MA 3KFPA 5P20A 2VJ7A 1SH9A 2WHHA 2F3EA 5P7AA 5EZXA 4YE3A 1U8GA 1AM5A 5T4SA 5IS4A 2NXDA 3ER5E 3JVYA 2AZ9A 3IVIA 4A6BA 3RTNA 4Y3YA 5OZ3A 4H3FA 5P2JA 5P4NA 3O9CA 3QBFA 3OHHA 4DQCA 3LNKA 4L7HA 3WZ8A 1HSIA 5P0ZA 1OD1A 4GJBA 5P1FA 5P54A 5P3OA 2ER9E 4GB2A 3FSMA 2V10C 5P1IA 4HDPA 4DQFA 3LZSA 3NDTA 5P51A 2ZJNA 1EC2A 5P8HA 5HE7A 3CMSA 3MSJA 4YCYA 1HTFA 3WB5A 3EKQA 4I8WA 2PK5A 1APUE 4R91A 1FKNA 2P3BA 3D3TA 5P70A 3OWNA 4NJTA 4XX4A 1BXOA 4CPRA 2QMDA 5P4XA 1IZHA 2V16C 3U71A 3KT5A 5P4PA 3URIA 1FF0C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ER2 E;  2ZYE A;  5OZ8 A;  4D89 A;  5KOS A;  1FQ5 A;  4K9H A;  3MWS A;  3KDC A;  5P7I A;  5P00 A;  5P57 A;  4RGH A;  3GI4 A;  3O9L A;  4M8Y A;  1HVJ A;  4EJ8 A;  4CPT A;  2MIP A;  4QJ6 A;  5OZX A;  5P23 A;  4ER2 E;  1YM4 A;  5P0H A;  5DR3 A;  1D4K A;  5P5G A;  4Y56 A;  5P16 A;  5OZM A;  3IAW A;  1FB7 A;  3QRO A;  1HVI A;  4Y38 A;  5HVP A;  2BPZ A;  4RCD A;  3URJ A;  1PPM E;  5P0Q A;  4U8W A;  5P03 A;  5P6T A;  4F73 A;  5P4F A;  3FNS A;  4OBZ A;  3VFA A;  2WEB A;  3KMX A;  5P85 A;  2Q63 A;  1W51 A;  1HBV A;  5P1A A;  5P3Z A;  1T7J A;  2H6T A;  5OYS A;  3QVC A;  4FRI A;  5HTZ A;  5P8B A;  5P7E A;  2QMG A;  3O9B A;  5P6L A;  3GW5 A;  1RL8 A;  4EXG A;  1BIM A;  3BGC A;  5P06 A;  1GNM A;  3PSU A;  5OZ4 A;  3UFN A;  3NXN A;  3ZL7 A;  2WL0 A;  4DUS A;  1BAI A;  5P6D A;  4EXH A;  5P5C A;  1HVR A;  3OAD B;  3PI0 A;  5P3U A;  2G1N A;  1FG8 C;  5ISJ A;  5P2M A;  2IS0 A;  3K4V C;  3OUA A;  1HIH A;  3TOH A;  1ME6 A;  2HS1 A;  3O9E A;  2A1E A;  2B42 A;  5KQF A;  3TOG A;  2VA6 A;  5OZQ A;  3Q5H A;  1HXB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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