5P51A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 226
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p51A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p51A01
5P5FA 3INEA 2QMFA 1CZIE 1TSQA 4L6BA 3VCMA 5P7AA 4QLHA 2AODA 1T6GA 1ZPAA 3OU1B 5P3UA 3OAGB 2AZ8A 5P7VA 3O9LB 5P2KA 3RU1A 4OC6A 3CYWA 4I0DA 1XL5A 4FM8A 3SQFA 4Y4UA 3N4LA 2Q63A 1HRNA 3S8IA 5P6HA 2BPXA 4GYEA 2QHCA 2ZHSA 4ZEAA 5P3NA 1K2CA 3K5DA 4I0FA 5P7SA 5P6FA 1K6VA 5P29A 1EPQE 3GI4A 5P1ZA 1EC3A 5P0LA 5P73A 1NPVA 5C9BA 3ER3E 4GJ5A 2WEZA 3RVIA 3VF3A 1NPWA 5AH6A 2QU3A 3A2OA 5P7EA 1K1TA 5P37A 4E43A 4R92A 3EKXA 4OBDA 2ZHTA 3UF3A 4RRNA 3K1WA 5P2SA 4RVIA 3VV7A 5P70A 5DQ1A 2WEBA 2I4WA 3VLBA 5ER2E 4BELA 5P2DA 2Q54A 2QI5A 1W6HA 1F7AA 4FRKA 5P1NA 4Y3JA 5OZZA 5P7IA 5OZ2A 1HXBA 1HVHA 3PCZA 1HTFA 3UDQA 3OTSA 2PSUA 4DQBA 1G6LA 2G1RA 5P7XA 1AM5A 5KR8A 4BEKA 1SMRA 3SPKA 3FIVA 1YTGA 4X2LA 5OZEA 5P7YA 1XN3A 3NDXA 2HB2A 4I0JA 5OZKA 4R8YA 2B42A 4JP9A 2VIEA 3NU9A 4LXKA 6APRE 2QI0A 3K5CA 5P0WA 4ZE6A 4Y5AA 1SDVA 1TW7A 4DQEA 5P15A 4LAPA 5P3BA 3LPJA 3U71A 5P8TA 4BFBA 1SGUA 3L3AA 5P0GA 5P81A 4Y58A 2HS1A 4J0VA 1BWAA 1KJHA 2H6SA 5P0DA 5P3TA 5AHBA 3NU6A 3OUDA 2ZJMA 3OUAA 1MUIA 1LYWB 4I0IA 4XX3A 1HIHA 2G94A 4J0ZA 2R9BA 2NXMA 1GKTA 4H3JA 5P1GA 3TOHA 3CYXA 5FIVA 5P0ZA 4Y3QA 3OQKA 5P7GA 3VV8A 1JLDA 2VA7A 5P1FA 3FNTA 1HVRA 5P1IA 4LL3A 1RV7A 2OHNA 2FS4A 5P0OA 3SFCA 2ANLA 5P3CA 4ZSQA 4Y3ZA 5F01A 2QNNA 2WJOA 3LZYA 1HSHA 2G69A 4XX4A 5P48A 3OADA 1HVKA 5P13A 3S43A 2O4SA 3MSJA 5P2EA 2V13A 1AVFA 4QJ2A 3D1ZA 1BV9A 2OHUA 5P4JA 4ZPFA 4A6CA 5P3VA 2B8LA 1W51A 4J1CA 5P6JA 3F9QA 3TPLA 4ZIPA 1B5FA 1HOSA 4AA9A 4I8ZA 5P5RA 4B05A 4YOAA 1N49A 4I10A 5P4XA 2ER9E 3VYFA 5OYZA 2PK5A 3URIA 5P5KA 4B77A 5P5MA 3EM3A 5P7NA 2V16C 1MVPA 4L7GA 5P1BA 5P5ZA 2XFIA 4R95A 4RRSA 5ISKA 5TOLA 5DR0A 4L1AA 2ZJKA 1FF0C 2OAHA 3EXOA 4RCEA 5P6OA 2I1AA 5P3DA 2J9JB 5P2QA 5P87A 3VSWA 5I3XA 3K4VA 4NJTA 5P5OA 2O40A 3O9GA 3O9CA 3OXVA 4ZLSA 3LIQA 5P5DA 3VYEA 5P3PA 3OUBA 4PZWA 5P4FA 4Y4DA 4GJCA 2VKMA 2PMAA 3I25A 3NU3A 1TCWA 5P4VA 5P3IA 4YA8A 1W5YA 5P4PA 5P8GA 4Y5PA 5OYTA 2G20A 4EYRA 5P31A 3CMSA 3DV1A 2VJ6A 4Y57A 3CIBA 4FSLA 1QBUA 2O4LA 4I12A 4Y5KA 1NH0A 5DQ2A 5AH8A 2UPJA 1SDUA 3O9FA 1FEJC 2VA6A 3OU1A 3RSXA 3OAGA 5P2WA 3UPJA 3TTPA 2P3DA 4Z50A 4Y36A 1BDLA 5P2BA 3VFBA 5SZ9A 5P7WA 3H5BA 1EPRE 2QCIA 2QK5A 1IDAA 5P7OA 4B0QA 5OZ6A 4YD5A 5P4IA 2FXEA 5OZTA 2QZLA 1BILA 2B60A 3Q5HA 3INFA 1EEDP 1IDBA 1TSUA 3PM4A 2O4PA 2VJ9A 1HVIA 2PSGA 5P36A 3JVYA 4OBJA 5OYQA 5P38A 4MC9A 1HTRB 3WZ6A 3ZLQA 2V11C 2FDPA 5OZVA 4DPFA 2G1OA 4AUCA 5KOQA 5P0AA 3PBZA 2OHTA 5AHCA 2CEJA 5P1TA 3L59A 2ER7E 4J0TA 1PSNA 3Q6YA 5IVQA 3OK9A 5P5BA 2P8HA 1FG8C 1PSOE 2IL2A 2NMYA 3NYGA 4MC1A 2QMDA 5P6XA 4HDFA 5I3WA 3AUPA 3BGCA 5P5TA 4RCFA 1DAZC 5P6TA 5P32A 1A8KA 2ZJIA 3WB5A 4Q1XA 5P5YA 3WZ7A 1ZLFA 5P0RA 5OZSA 3KT5A 2G22A 2PC0A 2ZDZA 5P1DA 2P3CA 2QU2A 4J1IA 4B70A 3MXEA 5HE7A 4NPTA 4TVHA 5OZDA 5P2OA 1GNOA 4N00A 4FL8A 3D20A 3EKYA 5SXNA 3IVHA 3HD8A 5P11A 4J0YA 3S53A 3IXKA 5P0SA 3ZKSA 2G1NA 4BFDA 5P8SA 4AA8A 1EC2A 4FSEA 2I4DA 1A9MA 3UHLA 4H3GA 3HAUA 3KN0A 4I1CA 2BPWA 4Y38A 4EP2A 5P66A 1C70A 3LINA 3KMYA 2BPZA 3HDKA 4Y4BA 3CKTA 4R5NA 3OGPA 5P34A 2ER0E 4Y3RA 1ENTE 5P33A 5P4KA 1PPLE 4YE3A 3OHFA 5P0QA 5P3WA 4DQFA 4YD3A 2ZGAA 1HSIA 5P4RA 3L5DA 3DOXA 2APRA 3TL9A 3LIZA 2IKOA 4Y37A 2QI1A 3SA4A 2NTRA 3L5FA 5P08A 3QVIA 3EBZA 3OU3A 3FV3A 3DM6A 3O9EA 1T6EX 4B72A 3QROA 5P42A 1VIKA 5P0IA 2BKSA 3QVCA 5P3XA 1EC0A 5P35A 2AOJA 4YBFA 5P0PA 3D3TA 1U8GA 4DJPA 2IQGA 3ZKNA 1CMSA 5P2XA 4Y3XA 4EPJA 1KZKA 5P4MA 4Y4JA 1G35A 5P0CA 5P4WA 1ZJ7A 5P5EA 2QI7A 1FMXA 2IGYA 2UY0A 5OZNA 5P78A 3KDCA 5IVRA 4FM7A 1FQ6A 4H3IA 4RZ1A 5P8LA 4DV9A 4K4PA 3O9BA 5BWYA 3KMXA 2WEDA 2QZKA 5P3LA 1MT9A 5P0UA 1QBTA 3IA9A 1IIQA 7HVPA 1KJ4A 5F00A 2G24A 4EXGA 2J9JA 1A30A 2B7ZA 3AIDA 5P5IA 4Y4WA 3NWXA 4I0GA 1IZIA 2G21A 5DQCA 3QIHA 1LV1A 2WKZA 2CEMA 5P19A 2VNNA 4CMSA 5AHAA 5P65A 4DUSA 3BXSA 5P6KA 4Z22A 5P44A 4Y3LA 3BXRA 4DFGA 1LYBB 3UQWA 2HPEA 3RTMA 1LYAB 3OOTA 5AGZA 2QNQA 4FS4A 3SO9A 5P64A 1E82E 5P8OA 3TPJA 3KYRA 1A8GA 4FGXA 3M9FA 3PMUA 3LIVA 5PEPA 3KT2A 5P7DA 4QJ8A 4I11A 1FQ8A 4MC6A 5P8FA 3QAAA 1HTEA 5P2GA 1EPPE 3PLLA 5P7LA 5P8EA 4Y5NA 5DR8A 4PZXA 4DQHA 5P74A 1HSGA 1Q9PA 3UDMA 3ZL7A 5P86A 3TOGA 3QP0A 1WBKA 5P3OA 5P03A 3O9DA 3OUCA 4RROA 2AOCA 3OTYA 1SBGA 1MTBA 5P68A 2OHRA 3IVIA 1T7JA 2F3FA 4L7JA 5P45A 2ZHUA 5OYVA 2R3WA 4CPSA 2FNSA 2HS2A 5KR2A 4R91A 3N3IA 5P2JA 4KE0A 2FIVA 4F74A 5P02A 5T4SA 1HVSA 5P5GA 3VLAA 5OZ8A 1ZBGA 5P5WA 4QJ9A 5HDVA 1OD1A 4Y5CA 3GI0A 4FAFA 5OZMA 2VJ7A 5P5HA 4J0PA 4DJQA 4GJAA 5P83A 3LPKA 5P56A 1HTGA 5P1CA 4Y4TA 5OZIA 2IS0A 1YT9A 4OBHA 4FRJA 2PWCA 2AZBA 5P3QA 4I8WA 2HC0A 1AJVA 2OHMA 5OZWA 3GGXA 2ZHRA 1ZSFA 1FQ7A 3PCWA 4B00A 3PWWA 2V10C 1ZSRA 5P8CA 2QMGA 2VA5A 1FIVA 1KJ7A 2PK6A 3MWSA 3INDA 4DI2A 1QRPE 4J17A 1B6JA 4Y3HA 5P4OA 5P47A 3UDHA 5P3YA 1XS7D 3LPIA 3OU4B 1LEEA 5P22A 4F73A 1T7IA 1G0VA 4CP7A 4J55A 4QGIA 5P6AA 1PPME 2HIZA 3APPA 3PI5A 3RTHA 4OBGA 5P5NA 2AIDA 2WF0A 4GJ8A 1E5OE 5DQ5A 5ER1E 3HLOA 1ME6A 1SP5A 1W5VA 1HEFE 3EKWA 4FM6A 3UCBA 6FIVA 3QI1A 5HDZA 2OHLA 3HBOA 1HPVA 5SY2A 3RTNA 1AZ5A 3D1XA 5P2RA 5P8HA 5P40A 4COEA 3VF7A 1IVPA 1J71A 4IVTA 5P7PA 5P4EA 3PLDA 3ZMGA 3ZPUA 1YX9A 2P4JA 5HVPA 2NXDA 2P3BA 5P2UA 4Y3YA 5P05A 3VF5A 5P7RA 5P82A 3ECGA 3R0WA 4Y3SA 4J5JA 3VG1A 1QBSA 3NU5A 5KQFA 3OOZA 4HZTA 4A6BA 3WSJA 1AAQA 5KOSA 4GJ7A 5P0BA 1Z8CA 2BPVA 4DQGA 5P69A 3ZKMA 1XE5A 5P2AA 5P09A 1APWE 2IDWA 5P3MA 5P20A 5HU0A 2QD8A 5P76A 3H0BA 5P1KA 5P5QA 3I7EA 4YBIA 1GVVA 4JOOA 1MTRA 5P6MA 1YM4A 1AJXA 2QHZA 1NSOA 3ZPTA 3SA7A 5P2LA 3PRSA 4FRSA 2XFKA 4Z2ZA 5OYRA 1YTIA 5P7HA 2PWRA 1OEWA 5P16A 5P46A 5P52A 2VS2A 2WF2A 4Y4ZA 3APRE 5P7JA 4XKXA 2BBBA 4AMTA 1T3RA 5P17A 3UQUA 1D4JA 4D88A 5UPJA 1TQFA 3L5BA 5OYSA 5P6GA 3U6AA 2HB4A 3IAWA 2JJJA 4Q1YA 3FNUA 3SA6A 5P14A 3NXNA 3T7PA 1B6MA 3UDYA 3PEPA 5SY3A 5BS4A 1LYBA 3S56A 5P5LA 3GI5A 5OZ3A 1MT7A 1LYAA 5HTZA 5KR1A 4Y3AA 1IZHA 5OZLA 2PH8A 4LC7A 4RYCA 1D4HA 2UXZA 5P8MA 7UPJA 3D91A 2B8VA 2AVQA 3S7LA 4D8CA 4DPIA 3KA2A 4GB2A 1FQ5A 5P6IA 4DH6A 2RKFA 2AVOA 4U8WA 5P24A 4ACUA 1W5WA 4APEA 3ZOVA 5OYUA 4DQCA 3FKTA 3ZKIA 4Y45A 2BQVA 3O9LA 1ZTZA 1XE6A 1SGZA 1FLHA 3OQ7A 4Y50A 5OZHA 4LHHA 3LIXA 3NXEA 3VFAA 1HXWA 5P06A 2Q3KA 3URLA 5IVTA 4CPRA 3NDUA 2MIPA 4WTUA 5P0XA 3SA3A 4GZFA 1APVE 9HVPA 4X7IA 3IXJA 3OHHA 4Y5BA 3UTLA 3UFNA 5DGWA 5P7KA 3IN4A 1APUE 4OC6B 5P00A 3UQPA 5JFUA 1K6TA 2I4QA 5P6BA 4YCYA 4ER4E 5P8KA 2FXDA 4NPUA 1RQ9A 2ZJJA 5P6DA 1F34A 5P5VA 5P72A 2VIJA 1EBYA 3VSXA 1UH9A 1SH9A 3T7XA 3FX5A 2AZCA 5P57A 1AIDA 4B1EA 5P2ZA 3QBHA 3SM2A 3EM4A 2QNPA 1FGCC 5P7MA 4D85A 3NWQA 5HU1A 5OZUA 4CPWA 2ZJHA 3PGIA 3PVKA 3EC0A 5P0HA 3KM4A 5P67A 3VYDA 1YM2A 5OYXA 4FIVA 3DJKA 5KQYA 4J1KA 3Q3TA 4HDBA 3VV6A 2NR6A 3Q4BA 3D1YA 4ZPGA 1MESA 4Y3GA 2BJUA 5DR1A 2EWYA 3DCRA 3KDBA 3OU4A 3GI6A 5AH9A 4I0HA 4EWOA 4ZSMA 5P5UA 3KFRA 1E80E 3JVWA 5P1AA 4J54A 5P5JA 3DV5A 2OHPA 1BXQA 5P12A 5P3RA 4HVPA 5P1XA 5P1UA 5P0NA 3G6ZA 1YTHA 1D4SA 1FMUA 4CPXA 3HZCA 4Y44A 4Q5MA 5P07A 1EBWA 4XXSA 5P1QA 5P88A 3PJ6A 1B11A 1LYWA 1QDMA 4K9HA 4YCKA 2BPYA 3SM1A 5OZPA 4H3FA 3UDKA 3UDRA 2QHYA 1BXOA 4FLGA 5P4BA 1C6XA 4DJWA 5P2FA 2G1SA 3OXXA 3PBDA 5DQ4A 3C9XA 3L5EA 3Q70A 1FQ4A 3O9AA 1HPXA 3EL4A 3NDTA 5COPA 4YDGA 4HA5A 2JE4A 3EM6A 2WF3A 5P7BA 5P51A 1M0BA 1Z1RA 3I8WA 5P4QA 4EJDA 4M8XA 3HW1A 2FMBA 4DJXA 5JODA 4Y48A 1GVTA 2WECA 5P4LA 3TOFA 4YDFA 3S2OA 1EPLE 3PSUA 3PB5A 3ST5A 3QRMA 3K5GA 2PYNA 3R2FA 3S7MA 4QJ6A 2ER6E 4LP9A 4YD7A 3EL0A 3T11A 3MSLA 4FE6A 4RCDA 2QAKA 3OADB 3S43B 5P6EA 5P62A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5F A;  3INE A;  2QMF A;  1CZI E;  1TSQ A;  4L6B A;  3VCM A;  5P7A A;  4QLH A;  2AOD A;  1T6G A;  1ZPA A;  3OU1 B;  5P3U A;  3OAG B;  2AZ8 A;  5P7V A;  3O9L B;  5P2K A;  3RU1 A;  4OC6 A;  3CYW A;  4I0D A;  1XL5 A;  4FM8 A;  3SQF A;  4Y4U A;  3N4L A;  2Q63 A;  1HRN A;  3S8I A;  5P6H A;  2BPX A;  4GYE A;  2QHC A;  2ZHS A;  4ZEA A;  5P3N A;  1K2C A;  3K5D A;  4I0F A;  5P7S A;  5P6F A;  1K6V A;  5P29 A;  1EPQ E;  3GI4 A;  5P1Z A;  1EC3 A;  5P0L A;  5P73 A;  1NPV A;  5C9B A;  3ER3 E;  4GJ5 A;  2WEZ A;  3RVI A;  3VF3 A;  1NPW A;  5AH6 A;  2QU3 A;  3A2O A;  5P7E A;  1K1T A;  5P37 A;  4E43 A;  4R92 A;  3EKX A;  4OBD A;  2ZHT A;  3UF3 A;  4RRN A;  3K1W A;  5P2S A;  4RVI A;  3VV7 A;  5P70 A;  5DQ1 A;  2WEB A;  2I4W A;  3VLB A;  5ER2 E;  4BEL A;  5P2D A;  2Q54 A;  2QI5 A;  1W6H A;  1F7A A;  4FRK A;  5P1N A;  4Y3J A;  5OZZ A;  5P7I A;  5OZ2 A;  1HXB A;  1HVH A;  3PCZ A;  1HTF A;  3UDQ A;  3OTS A;  2PSU A;  4DQB A;  1G6L A;  2G1R A;  5P7X A;  1AM5 A;  5KR8 A;  4BEK A;  1SMR A;  3SPK A;  3FIV A;  1YTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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