5P52A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 227
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p52A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p52A01
5P4IA 5P2OA 2JXRA 1LF3A 4Y3JA 5DR3A 1HPVA 5P59A 4LXKA 4B1DA 2F80A 3PGIA 5P88A 4Y5EA 4PZWA 3BC4A 1M0BA 5P4GA 5P5GA 9HVPA 1MRWA 2OHSA 4Z50A 4PYVA 3SKFA 4TVHA 5P4ZA 5I70A 4Y4JA 1SGUA 4R8YA 1QDMA 3OU4B 2PH8A 3OU1A 1CPIA 3WB4A 4OBGA 1KJGA 5P6CA 5P28A 4GJCA 3TL9A 4Y5BA 1RPIA 5P1EA 5P37A 3NUJA 2V16C 5AH9A 4GIDA 1GVUA 1Z1HA 5P7ZA 4DQBA 2CEMA 1HSIA 5P5PA 3UQUA 4CPSA 5COPA 4DJYA 5P47A 1HVIA 5P1MA 1FQ7A 5OZEA 1APWE 4Y3TA 4Y35A 4KE1A 3OU1B 1PPME 3ST5A 3PLDA 7HVPA 3UQWA 1B6PA 3NSHA 5P7TA 5P1IA 5JG1A 3NLSA 2VS2A 1NPAA 2I4XA 5P4FA 5JFUA 1QBUA 3APPA 1EC3A 3TTPA 4EPJA 5P7FA 4Y3LA 2FDPA 5P8HA 4Y37A 5P1ZA 1IZEA 3UFNA 5P0UA 2I4WA 4JPCA 1MT9A 5P7XA 4YCYA 1FQ6A 2JYSA 2JE4A 4YD6A 5DR1A 1M4HA 3LIZA 1SDVA 4GJAA 1GNNA 5P40A 2A1EA 5P8DA 5P3CA 2ZHUA 3LITA 1SH9A 2FNSA 3D3TA 5P19A 2QD8A 2F3EA 2ZHVA 1W6IA 1GVVA 3DCKA 1MEUA 3O9DA 2VIEA 5P1PA 2G1YA 4EHCA 5OZZA 4J0VA 3QAAA 4U7QA 5P34A 2R3TA 2QAKA 5KOSA 4A4QA 4GJ5A 4H3IA 4Q5MA 4RRSA 4Y53A 2P3CA 5DQ2A 2F81A 4YD3A 5P72A 2R43A 5P7YA 3SQFA 3Q5HA 1MVPA 3HW1A 2AVVA 5P87A 1GKTA 1CMSA 5IVRA 5HCOA 4Y44A 3UF3A 3KT5A 3UCBA 2BPZA 1YTJA 2QHCA 5DR4A 1NPVA 5DR8A 4R92A 4B05A 3ECGA 3GGVA 1FB7A 3A2OA 5P2VA 1YM4A 5KR1A 2NMZA 1HEGE 3D1XA 3OUDA 2O4PA 1XE5A 4Y3DA 5P0MA 4L1AA 5IVSA 5P2TA 5IVQA 3NU6A 1PPKE 2FXEA 2HS2A 5P5MA 5P4EA 1LF2A 3CKTA 5P7UA 5P5LA 5P56A 4QJAA 4EJLA 3PCZA 5AH8A 2EWYA 2I4QA 4I11A 3NU5A 1G35A 3SPKA 3U7SA 3CIBA 3OUDB 4J1EA 5P4MA 2Q15A 4U7VA 4Y3NA 5P38A 2AVOA 1SDTA 2Q11A 5IVTA 2BJUA 3EL4A 2FDEA 2FNTA 3HAWA 2WF2A 2AIDA 2FGVA 1APUE 4DQGA 5KR8A 5P3RA 5P0PA 4Y3SA 1ENTE 4APRE 1HVLA 2J9JA 3NDTA 5P5WA 5P0YA 4Y3EA 1B6LA 4L6BA 5P3VA 4R93A 2B8VA 1ZP8A 1TW7A 5P13A 5P7DA 3VYEA 1ZAPA 3KFSA 5P1UA 4M8YA 1QRPE 3EKVA 4Y43A 3NDUA 5P4SA 3HVGA 5BS4A 3LIYA 4AA8A 4GJ7A 4FRJA 5AGZA 3PB5A 5P3QA 2OHKA 4MC9A 1D4SA 5P18A 2IGXA 3BGCA 1WBMA 2B42A 5HE5A 1W5WA 2B60A 1PSNA 1K2CA 2OHQA 3HVPA 4DFGA 1LZQA 2ZYEA 1W6HA 3TPJA 3OUBA 2P3BA 3NUOA 1IDAA 5P24A 4GMIA 5KR0A 3TPRA 3S7LA 4XXSA 1F34A 2ZJNA 1EBWA 2AVMA 1Z1RA 4EJ8A 2QMDA 1T7KA 4RGHA 3OUCA 5P2UA 3OGPA 2IENA 3BRAA 1HTEA 2V12C 3PLLA 2WEAA 3DK1A 3SFCA 3D1YA 5DQ1A 4OBDA 4ACUA 5P2CA 5HU1A 5OZ8A 2XYFA 3EKTA 4JPEA 5OZ2A 1IZDA 3L5CA 4IVTA 2CEJA 5P8IA 1UH9A 4Y9WA 3WZ7A 2ZHSA 2P3BB 2PC0A 1RNEA 2ZJHA 4S1GA 4B00A 5P6RA 5P43A 1TZSA 5OZDA 5P4YA 4YDFA 1EPME 3TOHA 1AZ5A 5P3AA 5P22A 4ZE6A 5I3XA 2AVQA 1EC1A 2I1AA 1T7JA 5P2GA 1GVWA 5OZUA 5P0LA 3QPJA 2PYNA 5P29A 4QJ9A 5ER2E 2QD7A 4D88A 5P3DA 1DW6C 1WBKA 2AVSA 2O40A 3RVIA 3NDXA 5P6PA 5P7LA 4CPTA 5P6LA 2R3WA 5DQCA 3OXCA 4Y38A 5OZHA 2HPEA 4Y5LA 4B0QA 2G1RA 2WF0A 3DCRA 5P6TA 2R5PA 1TCXA 5P2EA 4HDBA 5P3EA 2ZHRA 2B8LA 4UPJA 3LNKA 4D83A 3K5FA 4HDPA 5OZNA 2ER0E 5P30A 5P0JA 1FGCC 2G1NA 5OZKA 3NU9A 3OQFA 5AH6A 4E43A 3O99A 5P04A 1GNMA 1U8GA 5P3XA 5P66A 4RROA 2BPWA 1SDUA 5P0SA 4X7IA 5P3PA 5P3JA 5ENMA 5P01A 3SLZA 4EYRA 4OC6A 1K6TA 1LEEA 3PMUA 1B11A 3HAUA 5OZCA 1PFZA 5DGWA 5P2QA 6UPJA 1MUIA 5ENKA 4QGIA 5P03A 4WY6A 4ER4E 2ZJIA 5KR2A 1QBRA 5P7EA 2AQUA 3B80A 4A6BA 1KJHA 1UH8A 1B5FA 1ME6A 3L5FA 1RQ9A 1D4IA 2PSVA 3ZPSA 3LZSA 3GI0A 1MPPA 4N00A 5OZ7A 3WB5A 4Y51A 3INFA 3QRSA 4OD9A 3WZ6A 4DJPA 3KDCA 5HDUA 4EXHA 5COKA 3H5BA 4Q1NA 1NSOA 5OZVA 1ZPKA 1HPXA 1LYBA 4Y3AA 2PYMA 5P55A 1GVTA 2RENA 3ZKQA 3EBZA 1META 1AM5A 4HEGA 4I0ZA 5P44A 2XYEA 4LXMA 2QI3A 2PH6A 1D4YA 1ZPAA 1HHPA 3IXOA 4Y57A 4Y4BA 4LXAA 2IDWA 4OBJA 5P2NA 4I1CA 1BILA 5P73A 1W51A 2ZE1A 4J0YA 3QN8A 5P69A 5P0RA 4YD4A 5OYTA 5P2SA 1T6EX 5IS4A 5I3YA 2G20A 1A94A 3SA4A 5C9DA 4Y58A 5P5FA 3KM4A 3IGBA 2QNPA 3SACA 5P33A 3PEPA 4CPUA 2AOHA 1TSQA 4HZTA 3RU1A 3VF5A 5P86A 4Y3PA 5P3TA 3TKWA 2RSPA 4EWOA 1QBTA 1Z8CA 3PWMA 5JODA 2AOGA 2IKOA 5P0NA 2WF1A 4QJ7A 1OHRA 3FNSA 3BUFA 5P70A 2I0DA 3MSJA 2QI4A 5P5NA 3B7VA 5OZMA 1MSMA 5P41A 3IXKA 3TLHA 4FGXA 5COOA 3EL5A 1ZSRA 5HE7A 4PHVA 3S43B 3TKGA 1K2BA 1E5OE 2V11C 3CYWA 5P23A 2JJJA 2HB3A 5P6HA 3OGQA 5P8EA 5P7WA 3LZYA 5OZPA 1ER8E 2WECA 3UQPA 2V13A 5P5TA 2APRA 3ZPTA 1K6CA 1RV7A 1BVGA 3OQKA 1AJVA 1ODYA 5P58A 5P57A 4I0EA 5P0GA 3OQAA 5P7IA 5P5HA 3EXOA 3TOFA 3FIVA 5OZIA 3QI1A 3VFBA 3SM2A 1EC0A 4TVGA 4CPWA 1HEFE 3SA8A 4L7HA 5P89A 3VFAA 3C9XA 3S54A 2PQZA 1IVQA 1SMEA 5P8AA 3TPPA 3R2FA 5P71A 6FIVA 5P8MA 2ZJKA 1FG6C 1MRXA 3R0YA 5OZXA 4Y4UA 4AUCA 5OYUA 4J1KA 4NJTA 1HIIA 4JOOA 2VNMA 1YTHA 3LINA 2V0ZC 3OXXA 4XKXA 5P27A 2FMBA 3PJ6A 5P6MA 4F73A 3LZUA 1PSAA 5P7BA 1FKNA 3SA3A 4ZPFA 3NXNA 3LPIA 1SMRA 4Y5KA 4Y3XA 5P0XA 4Y5NA 5P3HA 1SGZA 2A4FA 1ZSFA 4YCTA 4PZXA 2ASIA 4Y48A 3O9CA 4Y6MA 2IL2A 5P0OA 4GYEA 4I0FA 3O9HA 2G1SA 3KN0A 5P0VA 2G69A 5P42A 1HXBA 3OTYA 3O9BA 1EPPE 5P2YA 3UDKA 4ZSQA 2WEBA 3IVHA 5P1FA 1LYWA 5P02A 3SA5A 3PBZA 3ZKXA 4Y4XA 3S53A 1FQ5A 4DI2A 4I0JA 1T6GA 5P83A 3S7MA 3OXVA 2QI0A 3R4BA 3U71A 2G22A 5ISKA 1FMBA 5P8OA 2ZHTA 3FV3A 3K1WA 3O9FA 2HC0A 5TOLA 5KQZA 4DQEA 4Z2ZA 5OZ0A 3K4VC 2WHHA 4Y4ZA 4BFBA 2PSUA 4Y3HA 3PRSA 1BDQA 2AZ9A 5P4UA 1FF0C 3LIXA 1W5XA 1YM2A 2OHNA 1HTGA 1IVPA 3RTNA 8HVPA 4DJQA 4EP3A 4I10A 5OZGA 4YDGA 1HWRA 5P0WA 5OZYA 5P14A 4Z22A 4J55A 5P6OA 3ZOVA 2G27A 2O4KA 1EAGA 2QI5A 4H1EA 5KAOA 5P1CA 3Q70A 4ZSMA 3I6OA 5SZ9A 5P39A 5P8LA 1BDRA 5PEPA 3VCMA 3UFLA 3EC0A 3RTHA 5P3NA 3K5DA 3KDBA 5P2AA 3S45A 1W5YA 1N49A 2UY0A 2OHTA 4DPFA 3EKWA 3K4VA 1MERA 3L38A 5HD0A 4FS4A 5P4PA 1T7IA 2P8HA 4Y4EA 5P3ZA 4H3JA 4Q1XA 5P5UA 3ZKMA 3OAGA 1OEXA 4RZ1A 5P5OA 4RCFA 4GZFA 2I4DA 3M9FA 3VYDA 5OYVA 5HU0A 2VA5A 5IE1A 1ODXA 1IZIA 4L1AB 5P36A 3ZMGA 5P8QA 1SP5A 5P81A 5P7HA 1IDBA 3DV5A 5OZLA 3UDRA 4PEPA 2NXDA 5APRE 5P0CA 1HVSA 2QU3A 2QHYA 1FIVA 3QROA 5P6IA 5P7SA 5P25A 5P3UA 5DQ4A 3OAGB 1HPSA 3IXJA 4YCKA 5P1OA 2QZXA 1IZHA 4APEA 2G24A 4DJWA 4QJ8A 5P11A 4Z4XA 1HPOA 5P5IA 4I8ZA 3OUAA 1C70A 3OQDA 4Y3FA 5P4LA 5P2DA 2J9JB 2OHLA 3ER3E 3SA7A 5P09A 4NPUA 1HXWA 3ZL7A 4QLHA 1TSUA 2OHMA 5HDVA 1APVE 1RL8A 4Q1WA 4YBIA 5P6QA 1LF4A 4MC1A 5P4RA 3PI0A 3S56A 4K4RA 1K1TA 3GGAA 4Y45A 1D4LA 5P1VA 5KQXA 4KE0A 1ZLFA 5P12A 1BXQA 1GNOA 1YG9A 3KFPA 1KJ4A 4Q1YA 1FMXA 2I4VA 5P17A 5P07A 3INHA 5P2BA 2HB4A 2QK5A 5P2WA 1J71A 1VIKA 3PMYA 4ZPEA 3EM6A 4LP9A 5P45A 2QD6A 5P78A 4AA9A 5P2KA 2VIJA 4K9HA 2BPVA 2BPYA 2Q64A 4I0HA 3EM4A 3GI5A 4U8WA 4CPRA 4FL8A 4L7JA 1D4HA 5P50A 1HVCA 5SY3A 3PI5A 2VKMA 4I0IA 3KFRA 4J1IA 5P80A 3K5CA 5P35A 4AMTA 5P8RA 1HVRA 4MC6A 1C6YA 3BXSA 1A8GA 1AVFA 1HVKA 4OBKA 3PWWA 4YA8A 1EPOE 2IGYA 4I0DA 4DPIA 3D1ZA 2WF4A 5P2ZA 5P5DA 5OZAA 4LHHA 3NWXA 4GJ8A 3CIDA 3S2OA 3UDQA 3LPKA 3ER5E 1EPQE 1XL5A 5P1DA 1BXOA 5OZ9A 1B6JA 4CMSA 5P8SA 3O9IA 3TOGA 5P5ZA 5P1TA 5P20A 4TRWA 4Y39A 3VUCA 1XDHA 1XS7D 1JLDA 5P32A 1FMUA 5AH7A 4R91A 4COEA 2OAHA 4FRIA 5P4NA 3CKRA 3OU3A 1BBSA 1UPJA 3GGUA 5DPZA 3DOXA 4EJKA 2BKSA 1MTRA 3NXEA 2BPXA 3TPLA 1FQXA 5P63A 4FAFA 1UH7A 2Q3KA 3VG1A 5P0TA 4X2LA 5P82A 2NMYA 5P3BA 2V10C 1PPLE 3EKQA 4NJSA 1YT9A 2Z4OA 3N3IA 3GI6A 3PHVA 2F3KA 4LAPA 3MSKA 1C6ZA 3VLBA 4Y3RA 4K8SA 4OBZA 5OZWA 4OC6B 2QI7A 1FLHA 1SIVA 3PVKA 4JECA 4KUPA 5P4VA 3OHHA 3CICA 4GJDA 4RCEA 5P4TA 4RRNA 2QNNA 4TRYA 4EQJA 4D8CA 2ER9E 3VEUA 5P3LA 5T4SA 4Y4GA 4TRZA 1B5FB 1ZJ7A 5OZOA 3IN3A 4HLAA 4Y4AA 3QRVA 1W50A 1K1UA 4AZYA 1ZBGA 5AHBA 1LV1A 4F74A 4BEKA 4WTUA 4Y3GA 4RVXA 2QMPA 3AUPA 1B6KA 5P6WA 1B6MA 3ZKNA 5P5CA 3PSUA 5P8GA 5P8JA 3NU3A 4OD9B 3WSJA 4I12A 2QU2A 2FDDA 2WJOA 1LYBB 3CKPA 5OZ3A 2G94A 3O9GA 3SA6A 4K4QA 5E5JA 5HE4A 4J0ZA 2Q55A 5P3WA 1HSHA 4GJBA 5KQYA 4ER2E 3Q4BA 1EBKC 5P65A 3OY4A 5P7CA 3LHGA 2QP8A 5P6SA 2UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4I A;  5P2O A;  2JXR A;  1LF3 A;  4Y3J A;  5DR3 A;  1HPV A;  5P59 A;  4LXK A;  4B1D A;  2F80 A;  3PGI A;  5P88 A;  4Y5E A;  4PZW A;  3BC4 A;  1M0B A;  5P4G A;  5P5G A;  9HVP A;  1MRW A;  2OHS A;  4Z50 A;  4PYV A;  3SKF A;  4TVH A;  5P4Z A;  5I70 A;  4Y4J A;  1SGU A;  4R8Y A;  1QDM A;  3OU4 B;  2PH8 A;  3OU1 A;  1CPI A;  3WB4 A;  4OBG A;  1KJG A;  5P6C A;  5P28 A;  4GJC A;  3TL9 A;  4Y5B A;  1RPI A;  5P1E A;  5P37 A;  3NUJ A;  2V16 C;  5AH9 A;  4GID A;  1GVU A;  1Z1H A;  5P7Z A;  4DQB A;  2CEM A;  1HSI A;  5P5P A;  3UQU A;  4CPS A;  5COP A;  4DJY A;  5P47 A;  1HVI A;  5P1M A;  1FQ7 A;  5OZE A;  1APW E;  4Y3T A;  4Y35 A;  4KE1 A;  3OU1 B;  1PPM E;  3ST5 A;  3PLD A;  7HVP A;  3UQW A;  1B6P A;  3NSH A;  5P7T A;  5P1I A;  5JG1 A;  3NLS A;  2VS2 A;  1NPA A;  2I4X A;  5P4F A;  5JFU A;  1QBU A;  3APP A;  1EC3 A;  3TTP A;  4EPJ A;  5P7F A;  4Y3L A;  2FDP A;  5P8H A;  4Y37 A;  5P1Z A;  1IZE A;  3UFN A;  5P0U A;  2I4W A;  4JPC A;  1MT9 A;  5P7X A;  4YCY A;  1FQ6 A;  2JYS A;  2JE4 A;  4YD6 A;  5DR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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