5P53A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 228
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p53A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p53A01
1LV1A 5TOLA 3OADA 5P14A 3O9HA 3JVWA 3OHFA 5P24A 1K6CA 2VIEA 4DQEA 5P19A 6UPJA 4IVTA 3PSYA 2ZHSA 4CMSA 1BILA 4RYGA 5HU1A 1Z8CA 5DR0A 5P78A 3S8IA 5AH8A 5P3PA 5P7AA 4MC9A 1AXAA 5DR4A 5P5JA 4F74A 3K4VA 5P3DA 2AVOA 4ZSPA 3NR6A 3INEA 5P0UA 3URIA 5P45A 1HVRA 3HLOA 2O4KA 2ZJNA 4OBGA 2PK6A 1D4HA 4HDBA 4ER2E 1BBSA 4Y6MA 4GB2A 1IZDA 3KN0A 1NPVA 3CIBA 1SDUA 5P2QA 5P6DA 2A1EA 6APRE 5KR8A 5OZUA 5P3YA 4J5JA 5JFUA 3F9QA 3SA8A 5P7YA 1K6TA 5P2YA 2BPVA 4FRIA 3HVGA 4CPUA 4CPRA 5P4DA 4RROA 3OOTA 2F3FA 3TPPA 5P5HA 3OADB 4QLHA 3IA9A 4J1EA 4JOOA 3OGPA 3GI0A 5P5TA 5OYUA 5P2OA 3KT2A 4CPTA 5P2XA 2FDDA 5P64A 2FDEA 4J54A 3LPIA 4Y4UA 5P1WA 4WTUA 1BDQA 2JYSA 2NXMA 2QP8A 2O4SA 3SQFA 2AZBA 1EC2A 5P0GA 2IS0A 4L1AA 5OZGA 1EPPE 4B00A 2AIDA 3LIVA 4Y3LA 4Y4DA 1U8GA 1KZKA 2OHSA 3QN8A 1UPJA 2Q54A 5KOSA 5COPA 3GI5A 3SA4A 4K4QA 5P81A 3UDMA 5P1XA 5P0VA 4B72A 5P0OA 3KA2A 5P7MA 4FAFA 2I4XA 5ENMA 2XYEA 3QI1A 2G1YA 1DMPA 1GNNA 2ZJLA 1D4YA 1NSOA 2QD7A 5DQ2A 2QHYA 2Q64A 4I0IA 5P7XA 5P5KA 1HTFA 4J17A 2ER7E 3O9DA 3SA5A 1C6YA 2ZE1A 3O9EA 4Y45A 1W5VA 3NWXA 1YTIA 4I10A 4RVJA 4DJOA 3S7LA 4FAEA 5KAOA 1YTGA 4K4RA 3QP0A 1M43A 1SIPA 5ENKA 3VFAA 5P4NA 5P7VA 1ZBGA 5P38A 1XL2A 2IDWA 5IVQA 1HTGA 5SXNA 3TOFA 1EPRE 5OYSA 5P23A 1G0VA 5P18A 2G20A 2VS2A 1IBQA 3QBFA 3DUYA 5P0AA 1J71A 5P6WA 1B6PA 3KFRA 3SA3A 2XYFA 4EJ8A 4PZWA 1K2BA 5P63A 4F76A 4I0DA 3CICA 2Q55A 1IVPA 3R2FA 4GJDA 3H5BA 3L38A 1BAIA 5OZHA 2RENA 5P2DA 3ZKXA 2R5PA 3BVBA 2QZLA 3D3TA 4FGXA 1GVTA 4DJWA 3PEPA 3VG1A 5P0HA 1QDMA 2CEMA 2VJ7A 5P71A 5SY2A 3BGCA 4S1GA 4DUSA 4Y3DA 2WEBA 1AJVA 4EPJA 3L3AA 4Z2ZA 3Q70A 1TQFA 2I1AA 1W5XA 1SP5A 5P2TA 5COKA 4Y4EA 5P2FA 1SDTA 2VNMA 2Q5KA 3TKGA 5AH7A 4EXGA 1HTEA 5P2EA 5P8KA 3TOHA 3D20A 4B78A 5P4CA 1ZSFA 1HPOA 3ZPUA 2R38A 5P8BA 4YOBA 2V16C 4TVHA 5P1RA 3L5BA 5P85A 3APRE 4K4PA 4TRWA 4BFBA 1W51A 3APPA 2HM1A 1AIDA 1C70A 1ZAPA 4X2LA 5P51A 3KF0A 2HS2A 2WKZA 3BUHA 5P68A 2B42A 3NUJA 4Q1YA 3OTYA 5P44A 3UDKA 3VEUA 4L7JA 1G2KA 3DK1A 4Y3QA 1HXWA 2P3AA 5OZOA 4F73A 5AGZA 4Y35A 3T11A 2PSUA 3AUPA 3NDWA 4L6BA 5P1YA 5DR1A 3S7MA 4EJLA 5P3IA 2FMBA 3OU4A 1MVPA 3OUBA 1XN2A 3ZKNA 1EBKC 3B80A 3IXOA 5OYRA 5P1FA 2G1OA 5P5UA 3KDDA 3KDBA 5P1VA 3IAWA 3SKGA 4UPJA 3OUCA 2FGUA 5P4ZA 5OYWA 5P79A 1APUE 1HSIA 3WB5A 3OXXA 2BPZA 5P5RA 5P8LA 5KR0A 5DPZA 1HEFE 2I4VA 3VLAA 1FF0C 4EHCA 2IEOA 5P0PA 5P25A 4CPWA 3VF3A 2ER6E 5P3TA 1YM4A 2NXLA 1W5WA 5P6CA 4Y3SA 5P3CA 5P11A 4D88A 5P6TA 5P50A 1FMXA 3T3CA 1CZIE 4QJ9A 3S53A 1Z1HA 2QI4A 4J1HA 2O4LA 5P0LA 3UCBA 2QI5A 2CEJA 5P35A 3UQUA 2QMFA 3QRVA 5P05A 2FS4A 5DQ5A 5P1EA 4HE9A 2QMGA 5P70A 2HIZA 4Y9WA 3NXEA 2EWYA 2XFKA 4Y4AA 5P5OA 5P7UA 3PWMA 5P31A 4GYEA 1SBGA 1QS8A 5P6PA 1AJXA 1F34A 1ZPKA 3OU4B 2PQZA 5KR2A 5P6JA 1T7KA 5P22A 5P2SA 1HVKA 3HD8A 5P83A 5P5NA 2BPWA 3LPJA 4K9HA 5P6NA 2IENA 2G94A 3EL4A 4Y5LA 5F01A 5OZ7A 5P7OA 4YHQA 4JPEA 2B8VA 4JECA 4R93A 3RU1A 5OZIA 1QBRA 3BRAA 2AOEA 1HIHA 2F3EA 3HVPA 7HVPA 5CLMA 3N4LA 3T7PA 1EC0A 1BV7A 5P8FA 5OZ1A 3Q5HA 3URJA 1MPPA 3LZVA 1XS7D 5P6VA 5P1AA 4ZE6A 1FQ5A 4YOAA 5P5XA 5P7EA 3PB5A 4TVGA 5P3RA 2AZ9A 3INFA 5EZZA 3KMYA 4RCDA 3SABA 1B6LA 1WKRA 4R92A 3LNKA 5OZNA 4CP7A 3G72A 4RRNA 2FXEA 4J1FA 3UDJA 3SM2A 1MT7A 5KQZA 2G1NA 4YD6A 1BDLA 1T6GA 4YD7A 2BJUA 4J0ZA 3CKRA 4Y4XA 4HDFA 1C6ZA 3EM3A 3K4VC 5P34A 3MSKA 4QJ8A 4H3JA 2I4DA 3D1YA 5P7FA 4HA5A 1TW7A 1SH9A 3OK9A 4Y5KA 4ER4E 1XN3A 3IVIA 1KJFA 2AODA 2WF2A 4CKUA 5P84A 1FFIC 2AVVA 1EC3A 2QMPA 2AVSA 5P7LA 5P8GA 4ER1E 2QZKA 5P60A 1QBTA 5I3VA 1UH9A 4DQFA 2AOCA 2VIYA 3FKTA 4BEKA 3LIYA 4LP9A 3KMXA 5F00A 5P3VA 5P4XA 1FMUA 5P2IA 2P3CA 1FG8C 4D85A 3WSJA 5OYXA 4EWOA 4Y3HA 5P5LA 4LC7A 4DJVA 3PMUA 5P5WA 2WF0A 1YTHA 4R91A 4I0EA 5P20A 1LF2A 5P58A 1D4SA 2OHTA 4D8CA 3MXEA 1A8KA 5P0YA 2QD6A 4D89A 5P33A 1LZQA 3PBDA 4Y5AA 2F8GA 5P1UA 5P8QA 5P4FA 5P6LA 5P0FA 4DJPA 5OZCA 1FQ8A 2R3TA 3EL9A 5P6IA 5P76A 3PI0A 5P1MA 2BPYA 1G6LA 3EL1A 1AVFA 5HCOA 3GI4A 1EAGA 3EKVA 4GMIA 3VV7A 5P65A 4I8ZA 2J9JA 4AUCA 3T6IA 5P2KA 3ER5E 1HPVA 3NYGA 5P5GA 4RCFA 5OZPA 2VNNA 1APVE 3CIDA 3MXDA 2QU3A 1IDAA 5P07A 1HVLA 3EKPA 1RPIA 4Y37A 4GJ9A 3S2OA 3ZOVA 4Y43A 2QI0A 3D91A 3HAUA 4TRZA 5P13A 3I25A 1HBVA 4PEPA 3H0BA 5OZ9A 1VIKA 1ZPAA 3S54A 3EM4A 3ZKMA 4NJVA 2B60A 4H3GA 5P36A 2AOHA 5P2UA 3BGBA 5OYZA 2NTRA 5OZ0A 2QHCA 3SA6A 4HZTA 5IS4A 1EBWA 5OZQA 3ZMGA 1HWRA 5OZ8A 5DGUA 5BWYA 1MSNA 1FFFC 5P1OA 2QZWA 3TKWA 3VSXA 3OGQA 2IRZA 1MT8A 5P8HA 3RVIA 4Y3EA 5P6UA 1YM2A 1HVJA 3U71A 3VYFA 1VIJA 3OHHA 1OHRA 3VF7A 5P43A 4HVPA 3BXRA 5P6BA 5P7BA 4NJUA 5C9BA 2J9JB 5P8PA 1FKNA 3BUGA 1ZP8A 2AQUA 3NU5A 1GKTA 2PK5A 4RVXA 5P5SA 1LYAA 5P0KA 3DOXA 2H6SA 4DV9A 5P56A 4YDFA 5P2RA 4Y4JA 3UDQA 2P3DA 5P0DA 2UY0A 5P57A 1BV9A 4B1EA 2OHMA 1UH8A 5P8MA 3MSJA 2I4QA 1D4LA 3FV3A 5T4SA 3UDRA 4QJ6A 2QMDA 2IL2A 2HPFA 4L7HA 5OZJA 2VIZA 2HAHA 5HDVA 5HU0A 2NR6A 2F3KA 3OU3A 1B6KA 2AOJA 2G69A 3I8WA 4DPFA 5OZBA 2FNTA 4CPQA 4Y3MA 2FIVA 5P4JA 1FMBA 4ZPGA 2MIPA 3EL0A 3O9BA 1CPIA 3LZSA 2WECA 2AZCA 4Y38A 3SA7A 4ACXA 1NH0A 5KQYA 4I0HA 1PPME 1JLDA 4AA8A 5P73A 5P4BA 5HE5A 2OHPA 3CYXA 3ZLQA 2O40A 4ZLSA 3FIVA 1LYAB 1OEXA 4Y4WA 2NMYA 2PWRA 2V13A 3QVCA 3ZKQA 4CPSA 3PMYA 4Y39A 5HTZA 2Q3KA 1BWAA 3PSGA 3M9FA 5P75A 3EKQA 3O9GA 2RKFA 3OTSA 5P77A 1FQ4A 1PPLE 4OC6B 5P7TA 3BC4A 5P41A 1FQ6A 1M0BA 1LYWA 5P0CA 2AVQA 5OZ4A 4RZ1A 5P48A 2AOFA 5J25A 4FRJA 2P4JA 3DCKA 5P7SA 1E82E 2B7FA 4YD3A 2HB4A 4HLAA 2P3BA 4Q1WA 4OBFA 2ASIA 5P8DA 5AHAA 1EBYA 2NNKA 5P8IA 5P3SA 4Y3FA 4YE3A 3UHLA 4PZXA 3HAWA 4OBHA 1ODXA 4DQCA 3TL9A 3SM1A 1TSUA 1A9MA 3OY4A 1LF3A 1T7JA 5P89A 4GIDA 2XFJA 3T7XA 5AHCA 2O4NA 2FLEA 5P1BA 3DV5A 5P28A 5P53A 4D83A 5P3UA 5P2AA 1HOSA 5P5IA 3OXVA 5E5KA 5P4MA 3NWQA 5IE1A 1WBKA 1GVXA 2QK5A 2NNPA 2PMAA 1LYWB 1DP5A 2PSGA 3WB4A 4MC1A 1LF4A 5P0BA 5P0WA 5P3QA 1YX9A 1PSOE 3A2OA 3PWWA 5DR3A 1BXQA 2G27A 4Z50A 2P3BB 2NPHA 2QNQA 4XX3A 3NU3A 5P2MA 2FDPA 3IXKA 4NJSA 3UQPA 5P3WA 2RMPA 3LITA 2V12C 4EP2A 3T7QA 3FNUA 3G70A 5P5DA 5OZDA 1HPSA 5P3KA 1K6PA 3LPKA 4Y58A 3HZCA 3PGIA 2HS1A 5P59A 2JXRA 5P52A 4LHHA 5P1GA 2ZGAA 3LIQA 1E5OE 3EC0A 4GJ6A 2QU2A 5P72A 4NKKA 3RSXA 3QBHA 5OZ6A 1T3RA 8HVPA 2F81A 4HDPA 5P5QA 5P4GA 1QRPE 5P01A 1HVCA 5P4RA 4A6BA 2JE4A 5P0XA 3ZKIA 5I70A 2QI6A 3L5EA 3EMYA 3UPJA 3OQKA 4X7IA 2PYNA 5IVRA 5P6RA 3GI6A 3PLDA 4DJYA 4Y3YA 1TZSA 2JJIA 5P5FA 3PSUA 4I0JA 5P2VA 4BELA 1GNMA 2OHNA 1FIVA 3VV6A 5KQXA 5SY3A 1A30A 2V00A 1HXBA 3KT5A 3EKWA 4Y3TA 2OF0A 4FSLA 5DGWA 2P83A 2O4PA 1IZIA 5P5CA 1HTRB 2ZJMA 3L5CA 4QGIA 1HIIA 1OEWA 5P2JA 4XX4A 5OYQA 5P4WA 1QBUA 4J1IA 5UPJA 3UTLA 3EKXA 1HVIA 4Y3ZA 1YG9A 7UPJA 5P3JA 4I0FA 1K1UA 5P86A 3NDTA 2WJOA 4R8YA 1RL8A 4LXAA 3QRSA 5IVTA 5P6KA 3KDCA 3JVYA 4YCYA 4YD5A 3CMSA 3S85A 2HC0A 2NMZA 1K1TA 3L5FA 1BIMA 5JODA 4KUPA 5P69A 5P3XA 1CMSA 5OZLA 2ZJHA 2IGXA 3KFNA 1GVVA 2G24A 5P55A 5P6QA 1XE6A 1APTE 4PYVA 1WBMA 1ZSRA 1HPXA 4OBKA 4MC2A 2PYMA 2OHUA 4FRSA 5P1NA 5KR1A 4KE0A 4RRSA 5P1KA 1XDHA 2WF1A 1PPKE 3TNEA 4ZSMA 5P04A 5P0QA 1B11A 2OHKA 3EKTA 4LBTA 4Y3RA 1HSGA 1IDBA 3D1XA 5P8NA 1PSNA 4DQGA 1NPAA 2AZ8A 3SFCA 1FB7A 4EJDA 5P87A 4YCKA 4Y3JA 2ER0E 5JG1A 5OYTA 2AVMA 2QZXA 5I3YA 5OZRA 3TPRA 1EC1A 5P16A 5P2ZA 5P2GA 4RLDA 3ZL7A 4HEGA 4QJ7A 2QI1A 4NJTA 5P4HA 4GJBA 3R4BA 5I3XA 1SGZA 5HDZA 3IVHA 1SMEA 1T7IA 1RV7A 1EPLE 3UQWA 4Y57A 1GNOA 2QNNA 3OXCA 5P08A 1W5YA 5P09A 3Q6YA 5P1IA 3INHA 2QHZA 5DQ4A 1EPOE 1BWBA 4J1CA 1AAQA 3K5GA 5HDXA 2QI3A 2IKOA 3AIDA 5P4AA 4Y53A 3HDKA 6FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LV1 A;  5TOL A;  3OAD A;  5P14 A;  3O9H A;  3JVW A;  3OHF A;  5P24 A;  1K6C A;  2VIE A;  4DQE A;  5P19 A;  6UPJ A;  4IVT A;  3PSY A;  2ZHS A;  4CMS A;  1BIL A;  4RYG A;  5HU1 A;  1Z8C A;  5DR0 A;  5P78 A;  3S8I A;  5AH8 A;  5P3P A;  5P7A A;  4MC9 A;  1AXA A;  5DR4 A;  5P5J A;  4F74 A;  3K4V A;  5P3D A;  2AVO A;  4ZSP A;  3NR6 A;  3INE A;  5P0U A;  3URI A;  5P45 A;  1HVR A;  3HLO A;  2O4K A;  2ZJN A;  4OBG A;  2PK6 A;  1D4H A;  4HDB A;  4ER2 E;  1BBS A;  4Y6M A;  4GB2 A;  1IZD A;  3KN0 A;  1NPV A;  3CIB A;  1SDU A;  5P2Q A;  5P6D A;  2A1E A;  6APR E;  5KR8 A;  5OZU A;  5P3Y A;  4J5J A;  5JFU A;  3F9Q A;  3SA8 A;  5P7Y A;  1K6T A;  5P2Y A;  2BPV A;  4FRI A;  3HVG A;  4CPU A;  4CPR A;  5P4D A;  4RRO A;  3OOT A;  2F3F A;  3TPP A;  5P5H A;  3OAD B;  4QLH A;  3IA9 A;  4J1E A;  4JOO A;  3OGP A;  3GI0 A;  5P5T A;  5OYU A;  5P2O A;  3KT2 A;  4CPT A;  5P2X A;  2FDD A;  5P64 A;  2FDE A;  4J54 A;  3LPI A;  4Y4U A;  5P1W A;  4WTU A;  1BDQ A;  2JYS A;  2NXM A;  2QP8 A;  2O4S A;  3SQF A;  2AZB A;  1EC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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