5P54A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 229
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p54A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p54A01
4NJVA 2PQZA 2WL0A 4M8YA 2WF0A 3EBZA 1RNEA 5OZHA 3SA8A 5P0TA 5P4XA 3URLA 4TVHA 1MRWA 3PWMA 3JVYA 3SABA 4Y41A 2VNNA 1LYBB 3MXEA 1MSNA 5DQ1A 5P1AA 5P7NA 4YA8A 9HVPA 5P0GA 5P13A 5P1IA 5OZ6A 1BBSA 3NDXA 3PCWA 2BPXA 1QRPE 4JPCA 4Y37A 3KMYA 4RVXA 3VF5A 5J25A 2V12C 2ZGAA 5P3JA 1CMSA 2QHYA 4B1EA 4KB9A 3PBDA 1YT9A 5P8VA 4QGIA 4EQ0A 5JFUA 2V10C 5P7TA 1FG8C 1SBGA 2IDWA 5P39A 3OU4A 3TL9A 5E5KA 3FIVA 4OD9A 3MWSA 4HDFA 5AHAA 4Y48A 3HW1A 5P73A 4DJOA 2ASIA 2HB2A 4UPJA 5P49A 4Y5NA 3L5CA 4F76A 3DK1A 2P3CA 2IENA 1META 2ER9E 5P0IA 2APRA 1FFIC 5P7VA 4GIDA 1K6VA 3BUGA 1APTE 5P38A 4YBIA 3U71A 1EBWA 1RQ9A 1HTRB 5HD0A 1K1UA 3EL0A 4EJDA 2Q54A 5P1TA 2QK5A 2G1RA 1YTGA 1OHRA 5OZ9A 3TPRA 1KJHA 5BS4A 5P0BA 5AH8A 2H6TA 5P3YA 4J0VA 3ECGA 3T3CA 5P20A 3D91A 4Y43A 4ZIPA 2ZJKA 1PPME 4J5JA 2WF2A 5P02A 2Z4OA 4L7JA 4H1EA 5OZTA 5P8SA 4K4RA 1E80E 3EKVA 4J1IA 1XN2A 5DGUA 2F8GA 1B5FA 3I6OA 5P3CA 1C6ZA 1LV1A 1EC2A 3FNUA 4MC9A 5P6LA 2AOEA 4EPJA 3BXRA 4YD6A 1NPVA 4RYGA 4Y4AA 4RLDA 4NJTA 2PYNA 3G70A 1W5YA 3EM4A 3ZKIA 8HVPA 1DIFA 1UH7A 5HU0A 5F00A 5P4QA 1ZPAA 3NXNA 4YCYA 1LYWB 5P3VA 4RRNA 4OBKA 5HDVA 5OYTA 6UPJA 5DR0A 5P10A 3HDKA 1EPNE 1FQ6A 2QI6A 3HD8A 2R38A 5OZDA 4J1KA 3VEUA 3M9FA 2JE4A 2PC0A 4EWOA 3LZVA 3OHHA 5P67A 5P7HA 1W6HA 2IRZA 2G94A 3VF3A 2J9JB 3QRVA 4QJ8A 1MT9A 5P6NA 3PHVA 4FRKA 4Y3JA 1PFZA 2HM1A 3IXJA 5SY2A 3NDTA 3QIHA 4H3JA 5P5WA 1EC1A 4YHQA 1NH0A 1RL8A 4U7QA 3VSWA 3O9FA 4EP3A 2Q63A 5SZ9A 1APVE 4YCTA 5P7BA 1M43A 4Z2ZA 3VG1A 5P4JA 1HOSA 2G1YA 3L38A 3H0BA 4Z22A 5P4MA 1B6MA 3VV8A 2QHCA 5P6PA 4DJUA 5P17A 5P3GA 1D4JA 5IVSA 5JG1A 1ME6A 5DR1A 4CPXA 1ZBGA 1W5WA 3KA2A 3IAWA 4Y5GA 3UDYA 1FMBA 3VFBA 1K2CA 2XFJA 1SP5A 5P7KA 1TSQA 6FIVA 5OZJA 2QZKA 5AH9A 1QBSA 5OZQA 3R1GB 4Y3NA 1HRNA 5P8JA 3VLBA 4Y5KA 4AZYA 4YOBA 1DPJA 1CPIA 3PLLA 4XX4A 2QMGA 3TNEA 1MTBA 2QZWA 1ZP8A 5P5KA 5ISKA 2NXMA 5P6UA 2OHQA 2AOJA 1PPLE 3RSVA 3PMYA 3PM4A 3EKYA 5P4SA 2RMPA 4R92A 4OBZA 2O4NA 5P4CA 2JXRA 2P83A 1K6CA 5P2RA 2AVMA 5OZ7A 4Y4GA 4NKKA 4Y3EA 4ER4E 2OHSA 5DR4A 5P3TA 5P5AA 1LYAA 1ZJ7A 3S7MA 4DI2A 2OHMA 1HHPA 4L7GA 5P64A 2HPEA 2MIPA 5HE4A 2QNNA 5P5VA 2VIYA 5OYYA 5OZLA 4Y39A 5P68A 5P22A 5P4RA 1D4IA 3S53A 5P24A 5P7CA 1WBKA 4DQEA 4F74A 5P19A 3SFCA 1OD1A 3GW5A 3SO9A 4Y51A 3T7QA 5P8PA 4DFGA 3OQAA 2FGUA 5P1VA 3EL9A 5P3BA 1E82E 1BV7A 5P2OA 3LIYA 3MXDA 5P3QA 4WY6A 5OYQA 3CKRA 2WHHA 3OQ7A 4Y3RA 5OZPA 3S54A 1AZ5A 1B6LA 4I0GA 1ODXA 3B80A 3KT5A 5P7ZA 3LNKA 2QI1A 5P8EA 5TOLA 1NPWA 1K6TA 3OU1B 1JLDA 3QBFA 2PMAA 3UDNA 5P81A 4GYEA 2WF4A 5HDUA 3RSXA 2B7FA 2IGXA 5OZVA 5P15A 2UY0A 1YTJA 5IVTA 3PEPA 5HCOA 2P8HA 3S7LA 4Y47A 2BPYA 5P7RA 1FLHA 5P0UA 4LP9A 1T7KA 3VV7A 5P8RA 2ER7E 4DJRA 3VYEA 4Y56A 1YX9A 3DV5A 5HDZA 1QDMA 3NSHA 5P4HA 4CPRA 4PPHA 1EC3A 2QP8A 5DR3A 3PBZA 5IS4A 1D4SA 5P3NA 3OU3A 3ZL7A 3UFLA 4YBFA 4FM8A 5E5JA 5P0JA 1IZEA 5P2WA 2VA5A 1TW7A 3BGCA 4LAPA 4Y4TA 2OHNA 5P2IA 2FNTA 3KFPA 5OZKA 4ZSPA 5P79A 3K5GA 2AOFA 4Y3PA 2OHRA 5P4VA 4Y53A 5P1DA 3ZKGA 3QN8A 1EC0A 1NPAA 5P3KA 1BVEA 1IDBA 3CKTA 4Q5MA 1IVPA 2R43A 1ZAPA 2AVOA 5P43A 3NUJA 5DGWA 2V16C 2QMPA 3SM1A 3K5FA 1EPLE 5P2HA 3APPA 3PSYA 5AHBA 4Y3AA 3G72A 1BDRA 4I0FA 4Y3HA 1ER8E 2IL2A 3NWQA 5P2MA 2G1NA 4L1AA 4MC1A 3K5DA 4HDPA 4Y3GA 5P6KA 4XXSA 5KR8A 4QJ9A 1SDTA 4DJXA 1AXAA 3DV1A 3SA9A 4APEA 1IZIA 3PWRA 2JJJA 1A94A 3TPPA 2ZYEA 5P1UA 3INHA 1GNNA 2P4JA 4YDFA 5P83A 5P4TA 4I0IA 4FL8A 1D4LA 5IVRA 1AIDA 5P1ZA 4I0HA 2VIEA 1GVXA 2R5PA 3EMYA 4Y3YA 2FDEA 1EEDP 5P61A 1ZPKA 5I70A 5UPJA 2Q11A 4JPEA 5P2LA 4DJVA 1FFFC 3UPJA 5P0NA 2RSPA 2BB9A 3GGVA 1LF4A 4DJQA 2WECA 4ZPGA 2Q15A 5OZ1A 5P0ZA 5P84A 3QI1A 1HTFA 1EPRE 5P25A 1G35A 3B7VA 4S1GA 4HLAA 5OZGA 2G27A 4Q1XA 3I8WA 3KF0A 3T7PA 4HZTA 3O9LB 4PEPA 3TLHA 4FSEA 3SM2A 3BHEA 3H5BA 3GI5A 5P1CA 2AVSA 3LITA 4EYRA 3PMUA 4RYCA 3IN3A 4A6CA 5P8DA 4DUSA 2P3BA 5ISJA 2PK6A 2HPFA 2QMFA 2FXEA 2IGYA 1ODYA 4Y50A 4AA8A 1FQXA 1PPKE 4B0QA 2R3WA 3ZLQA 5P0WA 3UDJA 4BEKA 1MT7A 2WEZA 5P37A 4Y3FA 2AVQA 4PZXA 2NNPA 5I3VA 3T6IA 3TKWA 1LS5A 5KQZA 2UPJA 2NTRA 2ANLA 3DOXA 3OGQA 4J17A 3L59A 1G0VA 3NXEA 5KQYA 4K9HA 1W5VA 5P4NA 3EKTA 1MUIA 5OZ0A 1YM4A 1HWRA 1AVFA 2ZHVA 3KN0A 4YD5A 4Y3SA 5P6ZA 5HCTA 4IVSA 3SA5A 1LZQA 3LPKA 5P1HA 4Y35A 3OK9A 5OZ2A 5P06A 3S85A 2BBBA 3NR6A 3OAGB 4EQJA 5ENMA 1SGUA 1BXOA 4RRSA 1XL5A 3PCZA 1HSIA 2QCIA 1A8GA 4JOOA 4TVGA 3UDPA 4RCEA 5P5YA 2A1EA 3IGBA 4KE0A 3K4VC 5P78A 4TRZA 4CMSA 2BPWA 4JECA 1IZDA 5P8AA 2V00A 5P59A 1MSMA 3LIVA 2I4UA 3JW2A 2AOHA 5P09A 3TH9A 3T7XA 3IN4A 3EL5A 5OZNA 5P18A 1YG9A 3EM6A 3LHGA 4NJUA 5P8FA 5OZSA 5P0KA 1K2BA 5P82A 3NU4A 4GJAA 2RENA 1T7JA 5P5SA 5P16A 1XE6A 3KMXA 1Z1HA 4Y3LA 5P70A 3LZYA 3OWNA 1G6LA 4Y54A 4DQBA 4ACXA 1ENTE 4F75A 3O9EA 5P2CA 1IIQA 2FIVA 5SXNA 1HVHA 5ENKA 1LYWA 4U8WA 2F3KA 4GJ7A 1ZLFA 5P6MA 5P34A 3L5EA 1TZSA 3OADB 4I1CA 2OHUA 1FQ7A 4ZPFA 2ER6E 2NXLA 2EWYA 1Z8CA 3SPKA 5OYRA 4DJPA 2J9JA 5P52A 5P8KA 5P7DA 5P7UA 5P7SA 3OU4B 3FX5A 1MERA 3FNSA 3S45A 3BRAA 5P5UA 2PSGA 2VIJA 3OUAA 2ZHRA 3D20A 3UQWA 3SA6A 3BUFA 2QAKA 1IVQA 3C9XA 2B60A 4AA9A 5C9FA 5P47A 5P4FA 4J55A 5P27A 4B00A 4OBGA 3TKGA 5P5IA 2I4WA 5AH7A 3PI5A 5P65A 5P2YA 1HTEA 1LF3A 2IS0A 5P2SA 5KR1A 2SAMA 4I0DA 5P07A 5P0AA 3CICA 4BFBA 4R95A 3WB4A 5I3YA 3HAUA 4JP9A 5T4SA 5OZWA 5P6DA 2QNPA 3EC0A 5P45A 4EJLA 2R3TA 5P6FA 3EKWA 1PROA 4QJAA 5KQFA 5P3PA 2R8NA 3EXOA 1B5FB 2PSUA 5P6CA 3FNTA 5P1PA 4YD4A 5IE1A 5P4UA 5P6RA 1K6PA 2Q3KA 4GJ9A 1TCXA 4FE6A 4J1HA 2IEOA 5P2DA 4OC6B 2NXDA 4DH6A 1UH9A 2VJ9A 3EL4A 3HAWA 3UDHA 3INFA 5P00A 4Y58A 1BWBA 1B11A 2G1SA 2ZJNA 3L5FA 4AUCA 5OZUA 4BFDA 5P85A 2ZJLA 3SLZA 2O4SA 2P3DA 2OHTA 3VF7A 1A30A 1SH9A 2BPZA 2AODA 5P4WA 2PH6A 4Y3XA 2QD7A 3HBOA 1Q9PA 3KFSA 5P8TA 3LIQA 2R5QA 4Y3TA 4RVJA 5P2FA 5AH6A 5P3RA 4MC6A 2F3EA 3RU1A 3N4LA 2O4PA 2ZJHA 4PHVA 2OHLA 4ZPEA 3D1XA 3WZ6A 5P35A 1GNMA 3WSJA 5P2VA 3NU5A 3R0WA 1VIJA 2P3AA 5CLMA 1FQ5A 4Y5MA 2A4FA 5P29A 3NLSA 3R2FA 3OTYA 2IKOA 5P5XA 5OZOA 5P7YA 1HBVA 4J1EA 5P2BA 3KM4A 3QS1A 1EBYA 5P7WA 3GGAA 3RTMA 5P8MA 2FDDA 5P6JA 1T7IA 2F3FA 2QI4A 5P3AA 2WKZA 2Q64A 3OUDA 4DPFA 5P0SA 4E43A 3HLOA 4DJYA 5P5QA 2UXZA 3ZOVA 4Y4WA 1W50A 3OU1A 1KJ4A 4I11A 3O9BA 3CIDA 5P0MA 5P1EA 4Y4JA 3UFNA 3U6AA 4ZEAA 4LXAA 5JODA 3Q5HA 3D1YA 5P3UA 3OQDA 4R5NA 2OHKA 1YM2A 2WEAA 5P5HA 5P5CA 5IVQA 3EM3A 5P7IA 3DUYA 3K5CA 4J0ZA 5P8LA 3Q3TA 5P77A 4ZE6A 5P0XA 4B1DA 2I0AA 2VNMA 5P8NA 4CPSA 3CYWA 4LXKA 2B8LA 3SQFA 5P2JA 3CIBA 5P0LA 1HVCA 5P3FA 5P28A 1XL2A 5P4IA 4HE9A 3GGXA 2PSVA 5P6QA 3SACA 5P42A 2PYMA 2NNKA 1T6GA 5P23A 4H3GA 5P3HA 1J71A 4CPUA 5P2XA 2FXDA 3QBHA 4HDBA 5P41A 4Y44A 1GNOA 3TOFA 4ER2E 4QJ7A 3UDMA 1MPPA 5P6IA 4DQGA 3BXSA 5DR8A 4U7VA 3UQUA 5P6TA 3CKPA 1SMEA 5P4KA 2WEBA 5P0CA 1HPSA 2FNSA 4FIVA 4Y5PA 4D8CA 3MSKA 5P4OA 1W6IA 1BIMA 5P6SA 3EKXA 2HIZA 4CP7A 5P7MA 4B72A 1AJXA 5P1RA 5P7JA 3PGIA 5P57A 3VYDA 1GKTA 5P3SA 3ER3E 2FGVA 2RKFA 2AOIA 3JVWA 1EPPE 3OOTA 5P2GA 4Q1WA 2VA7A 3LIXA 3URJA 5HE5A 3AUPA 5BWYA 4A4QA 5P4YA 5OZ3A 3L3AA 2BKSA 1B6JA 2R9BA 1BV9A 3BVBA 2G21A 3DJKA 3UDRA 1HVKA 5OYUA 5OYWA 1BXQA 5P3OA 5P3DA 3OXCA 3NU9A 1AJVA 3S43B 5P5ZA 4I0EA 2PH8A 4FM7A 5P71A 3URIA 3UQXA 3IA9A 3PI0A 3OHFA 1FKNA 1HIIA 1GVTA 2ZJJA 4ZSQA 3BUHA 2Q5KA 2FLEA 1DP5A 4Y4BA 4FRJA 5P53A 4HEGA 5DR7A 4OBHA 4PYVA 2ZHSA 1MT8A 2XYFA 5P31A 1FEJC 2G26A 4Y5CA 1UH8A 5P2TA 4DPIA 5P3IA 2B42A 1ZSFA 3L5DA 1GVWA 5OYXA 2BKTA 3KYRA 3OUCA 5P2AA 5KOQA 3O9HA 5P14A 3IXKA 1DW6C 3KFRA 1XDHA 3O9LA 1MESA 1MIQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJV A;  2PQZ A;  2WL0 A;  4M8Y A;  2WF0 A;  3EBZ A;  1RNE A;  5OZH A;  3SA8 A;  5P0T A;  5P4X A;  3URL A;  4TVH A;  1MRW A;  3PWM A;  3JVY A;  3SAB A;  4Y41 A;  2VNN A;  1LYB B;  3MXE A;  1MSN A;  5DQ1 A;  5P1A A;  5P7N A;  4YA8 A;  9HVP A;  5P0G A;  5P13 A;  5P1I A;  5OZ6 A;  1BBS A;  3NDX A;  3PCW A;  2BPX A;  1QRP E;  4JPC A;  4Y37 A;  3KMY A;  4RVX A;  3VF5 A;  5J25 A;  2V12 C;  2ZGA A;  5P3J A;  1CMS A;  2QHY A;  4B1E A;  4KB9 A;  3PBD A;  1YT9 A;  5P8V A;  4QGI A;  4EQ0 A;  5JFU A;  2V10 C;  5P7T A;  1FG8 C;  1SBG A;  2IDW A;  5P39 A;  3OU4 A;  3TL9 A;  5E5K A;  3FIV A;  4OD9 A;  3MWS A;  4HDF A;  5AHA A;  4Y48 A;  3HW1 A;  5P73 A;  4DJO A;  2ASI A;  2HB2 A;  4UPJ A;  5P49 A;  4Y5N A;  3L5C A;  4F76 A;  3DK1 A;  2P3C A;  2IEN A;  1MET A;  2ER9 E;  5P0I A;  2APR A;  1FFI C;  5P7V A;  4GID A;  1K6V A;  3BUG A;  1APT E;  5P38 A;  4YBI A;  3U71 A;  1EBW A;  1RQ9 A;  1HTR B;  5HD0 A;  1K1U A;  3EL0 A;  4EJD A;  2Q54 A;  5P1T A;  2QK5 A;  2G1R A;  1YTG A;  1OHR A;  5OZ9 A;  3TPR A;  1KJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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