5P56A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 231
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p56A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p56A01
3GI6A 3OGPA 4RZ1A 2PWCA 1ODXA 4HEGA 5P7KA 3H0BA 4EP3A 1AM5A 3L58A 1BDLA 5HU0A 5P4BA 3UTLA 1YTIA 1FGCC 5OZQA 1HXBA 4Y5PA 1E5OE 4OD9A 5P84A 5OYZA 1GNOA 1XS7D 2VA5A 3HDKA 5HVPA 5P2JA 5P3BA 1TSUA 5P7OA 3GGVA 5P19A 4Y3EA 3JVYA 3ECGA 3JW2A 5P3CA 2OHTA 2WKZA 4YCTA 4NJVA 3OU4B 9HVPA 3GGUA 3B7VA 4I1CA 4ZSMA 3INFA 1Z1HA 1GNNA 4J1IA 3K1WA 4EJKA 1F7AA 2FGVA 5KQYA 4DJOA 4DV9A 5HDXA 2BKSA 5HDVA 3OQ7A 3UDKA 2P3BB 2FIVA 4J54A 2AVMA 4F75A 1MRWA 4B0QA 5P6AA 1SDTA 4U8WA 3I2LA 4B00A 4R92A 4Q1WA 2QZKA 1QBSA 5P30A 2QNPA 3QVCA 3WB4A 3PI0A 5P36A 4FIVA 2WF2A 1J71A 2OHQA 2QHYA 4KUPA 1MUIA 5P2TA 2F3EA 1RNEA 3OADB 5OYQA 4RYCA 3EBZA 3TLHA 3FNUA 5P1FA 4ACXA 4M8YA 2G22A 5P0MA 1NSOA 3K5GA 4ZSPA 4F73A 5P89A 2WEZA 2UPJA 3OQDA 1HVLA 5P4JA 2O4KA 1W50A 5IVQA 2IGXA 4J1KA 4DJVA 2G24A 4I0ZA 5P3MA 5P6TA 1MPPA 1ZPKA 4Y5EA 1XN3A 1B6PA 5P4RA 2APRA 5OYUA 4WY1A 2ZGAA 3HZCA 3MSLA 1HVKA 5P0QA 2QNQA 3VLBA 1HBVA 2P3AA 2Q5KA 5COKA 5P09A 3Q70A 1A8KA 4DQBA 3TOFA 2FDDA 3QROA 4YD5A 2PYMA 3O9FA 2BKTA 3OUDA 4J17A 4BELA 4BFBA 1BAIA 4Y54A 3UF3A 4I12A 1MSNA 5SZ9A 4DPFA 3KT2A 4EHCA 3SKFA 3URLA 5P4FA 4K9HA 5P3YA 3BC4A 4ZE6A 2OHSA 1B5FB 1FMUA 2P8HA 5P71A 5P7QA 1K2CA 4LBTA 2BPXA 1XN2A 5P2KA 5P3FA 1KJ7A 3LPKA 4GJCA 3IN4A 3PMYA 1D4SA 5P0WA 3CKPA 5AHCA 5P7IA 2AZBA 1EBWA 5P38A 5KOQA 3UDPA 3VG1A 3S53A 1E80E 3DV5A 5P6IA 2I1AA 3CYWA 1W5YA 2HB4A 5P5WA 6UPJA 3L59A 3INDA 5P4PA 3VEUA 4J1FA 3A2OA 1MT9A 3SA7A 4NPUA 5P5JA 3OUAA 4RRNA 5P2BA 5P6MA 3RU1A 5P1QA 3ZKXA 5P7YA 2IS0A 2IQGA 2IL2A 1FF0C 1DIFA 3UFLA 5P6LA 5P7LA 2QU3A 3OU1A 3ZPUA 1M0BA 4YE3A 2F81A 5OYRA 4L1AB 4CPXA 5P6SA 5OYSA 4APEA 2QD8A 5P1RA 4HE9A 5P0DA 4HZTA 3L5CA 5DR8A 5P3LA 3OQAA 5OZRA 4CKUA 1PPKE 4KB9A 3OQFA 5P2ZA 5P73A 5OYXA 4DQHA 1FEJC 2XFJA 4Y50A 3S2OA 3NUJA 5P4VA 2AQUA 1AJVA 5P8AA 4EQ0A 3UDHA 4Y3WA 2QI5A 3SABA 4H3FA 5P6VA 3H5BA 3PLLA 4ZPFA 3Q6YA 5P1GA 1D4LA 2NPHA 2Q63A 4J0TA 5P6PA 5P8PA 1IDAA 2QI0A 1EBZA 1MTBA 2I4QA 4MC2A 5P1AA 1OD1A 5P5OA 2RENA 5P5IA 1E81E 2VJ7A 3EC0A 1KJHA 3IXJA 2PMAA 5P3VA 5KR8A 3SA4A 4OBZA 5P0PA 3EL4A 3R0YA 2ZHUA 5P6KA 5J25A 5P4MA 1K6TA 1FQ4A 2J9JA 2HB2A 4JPEA 5OZHA 5CLMA 5P86A 3R0WA 2F3KA 1A30A 1SIVA 5JFPA 2P4JA 1XE5A 2NNPA 2NXMA 2V13A 4I8ZA 1IZEA 4EJLA 3S8IA 4FRKA 4ZSRA 3ZKNA 5P6HA 3QN8A 5P3EA 4QJAA 5P23A 1CMSA 4TVGA 2NMYA 5P2NA 4MC6A 3TPPA 3LZVA 1LS5A 3S43A 4CP7A 3L5FA 3PJ6A 2IRZA 3KF0A 3UDQA 1BXOA 1XDHA 2AVVA 1IZIA 1DMPA 1HPSA 5P49A 3SLZA 1ZJ7A 2FDPA 2QHZA 3SA5A 2OHRA 5OZJA 3WZ6A 4D85A 5P39A 5P8NA 5P0AA 5P2FA 3OTYA 3LPJA 4Y4BA 4J0VA 1KJGA 3D1XA 5OYYA 4Y45A 4FS4A 1BILA 2VIYA 1LF3A 3I25A 2V11C 4APRE 2NR6A 5P6XA 1CZIE 1K1TA 3HVGA 5OZ0A 3OOTA 5OZ6A 3QAAA 3G70A 2I4WA 4Y39A 1SH9A 4IVSA 5P3UA 1HTEA 5P0LA 3ZKMA 3FNSA 4YD3A 2R9BA 4FM6A 4U7QA 4Y3TA 4RCDA 2VJ9A 1HTGA 2WEDA 3WSJA 3NDUA 3L5DA 3PBZA 3GI5A 4FAFA 4Y56A 4FRJA 2O4NA 1MVPA 1TSQA 5P54A 4OC6A 5P4TA 3BVBA 4DJXA 1JLDA 2QI3A 4EJ8A 3GI0A 4ER2E 4FE6A 5P32A 5P6JA 3LITA 3AUPA 4KE1A 5DGWA 5P2LA 2ER6E 4F74A 1FQ8A 5P45A 3S7MA 5P7TA 3MWSA 1OEWA 3S85A 2ZJMA 1N49A 4Y3SA 5OZMA 4DJYA 1ODWA 3SACA 4Y57A 5ISJA 5OZTA 1LYAA 3URIA 2IGYA 4MC9A 3ZKGA 3O9HA 5OZDA 4I10A 1BXQA 5P10A 5P01A 3WZ7A 4Y3LA 3NYGA 1LYBB 1QDMA 5DR1A 1FMBA 1HVRA 3ZKSA 5P3RA 1HTFA 5P1OA 3SA6A 1HPVA 3CICA 3NU9A 2H6TA 3UQRA 3O9LB 5ER1E 3EL9A 3BGBA 3KT5A 1HTRB 5HTZA 1MSMA 4ZPEA 3URJA 2QP8A 5P5MA 3QI1A 3ER5E 1B6LA 3VLAA 2NTRA 5EZXA 4DJWA 1G35A 1MESA 2OHPA 1D4JA 4EWOA 5P5BA 5P3IA 5P3TA 2G1SA 4XKXA 4Y3XA 5P2XA 5P3OA 1ZSFA 3VV6A 4D83A 1EEDP 5P5FA 1FQ5A 5P5RA 2ANLA 1K6CA 1WBMA 3EL0A 4ER4E 3NR6A 2ZHVA 2Q11A 2BBBA 3BRAA 2NNKA 1FKNA 3GI4A 3L5BA 2QD6A 2BPZA 3SPKA 3INEA 3TPRA 3UHLA 3VCMA 5C9DA 1PSOE 3HAUA 3PWRA 2V12C 3IAWA 5P02A 5HD0A 4UPJA 5P6EA 1YT9A 5P74A 1T6GA 2PK6A 5P27A 3EMYA 2AODA 3RSVA 2R38A 2I0DA 4ZIPA 1HPOA 1Z8CA 3DJKA 1C70A 5OYWA 3QVIA 4Y53A 5P5YA 5SY3A 5JFUA 1NPAA 3LZYA 4FLGA 3LPIA 5P6DA 4ZEAA 3U71A 3TH9A 3PM4A 5I3WA 4CPSA 5P1DA 5P60A 3ZMGA 5P06A 5P15A 3AIDA 3RVIA 4LC7A 5P0UA 2PK5A 3KDCA 4YHQA 1EPPE 4FM8A 1MIQA 4WTUA 1LYWA 3NWQA 3HLOA 4I0HA 4H3IA 5P0OA 5IVRA 5P5GA 5P8FA 5P8JA 2HM1A 1SBGA 4DH6A 3I7EA 1EPLE 5F01A 5ENMA 7UPJA 5OZVA 1HVHA 3TL9A 5OZNA 4Y3FA 5P5AA 3T3CA 5P69A 4RRSA 1G0VA 5P42A 4FGXA 2FXDA 5DGUA 4Y48A 5P63A 5P8EA 4I8WA 1GVVA 1EPQE 3EKWA 1BV9A 3TNEA 4B1CA 3KDBA 3LZUA 5P5UA 4I0EA 1RV7A 4D8CA 5IE1A 3S56A 2XFIA 5P2VA 4Q1NA 4QLHA 5P07A 5P3ZA 2R43A 5DQ2A 5P7JA 2VA7A 3BVAA 7HVPA 2Z54A 1APWE 3KMXA 2VNMA 5P2IA 4YBFA 2R5PA 5C9BA 4CPTA 3DCKA 4EJDA 5P4UA 1HHPA 4Q1XA 4Y5LA 3KDDA 2VJ6A 5OZ9A 3WZ8A 3G72A 3OUBA 4CPRA 5P6BA 5P72A 3F9QA 1K6PA 2HC0A 5P64A 1HWRA 3O9CA 1HVSA 5OZCA 3PWMA 5P7PA 2ER0E 4DJQA 3L3AA 3PSGA 2RMPA 4I11A 5P3WA 1AVFA 5P4ZA 4E43A 2UY0A 1AXAA 5P3NA 3O9GA 3M9FA 4EYRA 4AUCA 3VF3A 5B18A 1SGUA 2PYNA 1LF2A 2ZHTA 2XYEA 4A4QA 5OZPA 3LNKA 5P26A 4COEA 4L7HA 4RGHA 3NWXA 3TPLA 1BDRA 4H3JA 2G69A 3R1GB 2B7ZA 2AOIA 1RL8A 3LIYA 5P0RA 2IKUA 1BBSA 3UQPA 3VSXA 3SA3A 5P6YA 4Z50A 1K1UA 2O40A 5E5JA 5P8RA 1META 4R5NA 4ZSQA 1D4HA 2RSPA 5P3DA 3SQFA 4JPCA 5P87A 6APRE 5P66A 1W6IA 5KAOA 3KN0A 3U7SA 5P6GA 5P0SA 5P5SA 4D88A 4OD9B 5P0KA 2R3WA 1SMRA 2IEOA 2ZJHA 5P1NA 5P0GA 4RVJA 4FSLA 2PWRA 4RLDA 5P6ZA 5P0BA 5P7RA 1ME6A 3CIBA 5P58A 4Z2ZA 1EBYA 3OHHA 4B1EA 5DQ5A 5P7BA 4LP9A 1ER8E 3VFBA 5P41A 3K5CA 1EAGA 1A9MA 2OHMA 5P0NA 4LXAA 5P2EA 3UQWA 5P2UA 2ZJLA 1HIHA 3EKVA 5DQ4A 1MT7A 3LIZA 1HRNA 2OAHA 3ST5A 3LZSA 4Y3AA 5P13A 2FDEA 1ZP8A 2VA6A 2QI7A 4H3GA 4DPIA 2PSUA 1D4KA 2O4LA 4CPQA 4Y5KA 4B72A 5COOA 4Y4GA 2HAHA 3CYXA 4Y4AA 5C9FA 2VIEA 2R8NA 4RYGA 5P2OA 1T7KA 5P04A 5I3YA 4LXMA 5P6NA 4YCKA 1HEGE 4OBGA 3DOXA 5P8OA 4R91A 2PH6A 5P4GA 5DQCA 4H1EA 5OZ8A 2RKFA 4YD6A 5AH7A 2FMBA 2ZHRA 2F8GA 1C6XA 5P48A 3TTPA 3APRE 2I4UA 3EKPA 1FLHA 1W51A 1T7JA 4YBIA 3OXWA 4J5JA 1F34A 5P67A 2ZYEA 5P7UA 4HDPA 1FQXA 1EC2A 5OZ5A 2Q64A 5P82A 5P7ZA 5AH8A 1ZAPA 2Q15A 2F3FA 4Y3PA 5P77A 4DVFA 5OZYA 3SKGA 4OBJA 1D4YA 3K5FA 2FNSA 5P2MA 1HVCA 5OZOA 3KFRA 5E5KA 5P7HA 5P34A 5P1UA 1Q9PA 4CPWA 3D1ZA 2AZ9A 4Y3DA 4Y4XA 5OZ4A 5P8GA 3PMUA 5DQ1A 3S45A 4GJ9A 5P5HA 3Q3TA 2QI1A 3OUDB 1BVEA 5KQXA 4GJ7A 3UDMA 3LHGA 2V10C 1BIMA 1W5VA 4OBFA 1XL2A 5IVTA 3FX5A 4JP9A 5P6QA 1EPNE 1LEEA 3EL1A 4QJ2A 5OZ2A 5P5DA 5OZEA 1RQ9A 1LZQA 3NSHA 3IXKA 2ZJNA 3VFAA 5P6FA 4J0ZA 1SGZA 2H6SA 3PCZA 3N4LA 3VF7A 1BWAA 5P6UA 5P8LA 5P81A 2QHCA 1XL5A 2QMFA 5KR2A 3K4VA 5P0JA 2I4XA 5P5LA 1M43A 3APPA 5P3SA 2AIDA 3FSMA 5P3PA 2G94A 3OTSA 1VIKA 2P3DA 3UCBA 3PGIA 5DR7A 5P2DA 1FG6C 5OZ3A 2R5QA 4DQFA 3OY4A 5P2HA 2OF0A 5P4HA 3O9IA 5P76A 5OZGA 2FLEA 5P2WA 1GVUA 3DUYA 3OK9A 3OU1B 4Q5MA 5P5CA 5P2YA 1KZKA 2G20A 4NJUA 2A4FA 3U6AA 5P75A 1ENTE 3MSJA 3VV8A 3T7QA 3O99A 4DJPA 2F80A 4XX4A 2WF1A 5OZSA 1PPME 2I4VA 5P28A 5P4IA 4FAEA 4HA5A 4YOAA 3MXDA 5P4DA 5P33A 3INHA 3LIQA 5P7SA 3PHVA 1YG9A 4KE0A 4Y4WA 3PBDA 4Y44A 3EKYA 3LINA 1HXWA 2BPVA 5P03A 3T11A 3NU4A 4JOOA 5P7NA 4J0PA 4GJAA 5P6RA 3ZOVA 5P0YA 1K6VA 4HLAA 4F76A 1QBTA 3QBHA 1ZPAA 5P0ZA 5P1KA 2HS2A 2V16C 4J0YA 2V00A 3OU4A 4RROA 4BEKA 4Y3GA 4K4QA 2PSVA 3PLDA 1TW7A 4PEPA 3WB5A 5P3AA 5P8DA 4OBZB 2AOHA 1A8GA 3CKTA 3ZL7A 4NJSA 5P68A 4EXGA 5JODA 5KQZA 3O9BA 4Y4ZA 2J9JB 1BV7A 1W5XA 1QRPE 3PSYA 2P3BA 5DPZA 4XX3A 3NDTA 1SP5A 2FXEA 5P4QA 2SAMA 3OXVA 5SXNA 5PEPA 2VIJA 5P1JA 1B6JA 1ZLFA 1HSHA 5P7AA 5APRE 3QS1A 4LAPA 5P0XA 5P8HA 2Q54A 4TRWA 4I0DA 1K2BA 2WJOA 1PPLE 5P5PA 4S1GA 1ZTZA 3SM1A 1M4HA 5P18A 3KYRA 5P3QA 5OYVA 4ER1E 3S43B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GI6 A;  3OGP A;  4RZ1 A;  2PWC A;  1ODX A;  4HEG A;  5P7K A;  3H0B A;  4EP3 A;  1AM5 A;  3L58 A;  1BDL A;  5HU0 A;  5P4B A;  3UTL A;  1YTI A;  1FGC C;  5OZQ A;  1HXB A;  4Y5P A;  1E5O E;  4OD9 A;  5P84 A;  5OYZ A;  1GNO A;  1XS7 D;  2VA5 A;  3HDK A;  5HVP A;  5P2J A;  5P3B A;  1TSU A;  5P7O A;  3GGV A;  5P19 A;  4Y3E A;  3JVY A;  3ECG A;  3JW2 A;  5P3C A;  2OHT A;  2WKZ A;  4YCT A;  4NJV A;  3OU4 B;  9HVP A;  3GGU A;  3B7V A;  4I1C A;  4ZSM A;  3INF A;  1Z1H A;  1GNN A;  4J1I A;  3K1W A;  4EJK A;  1F7A A;  2FGV A;  5KQY A;  4DJO A;  4DV9 A;  5HDX A;  2BKS A;  5HDV A;  3OQ7 A;  3UDK A;  2P3B B;  2FIV A;  4J54 A;  2AVM A;  4F75 A;  1MRW A;  4B0Q A;  5P6A A;  1SDT A;  4U8W A;  3I2L A;  4B00 A;  4R92 A;  4Q1W A;  2QZK A;  1QBS A;  5P30 A;  2QNP A;  3QVC A;  3WB4 A;  3PI0 A;  5P36 A;  4FIV A;  2WF2 A;  1J71 A;  2OHQ A;  2QHY A;  4KUP A;  1MUI A;  5P2T A;  2F3E A;  1RNE A;  3OAD B;  5OYQ A;  4RYC A;  3EBZ A;  3TLH A;  3FNU A;  5P1F A;  4ACX A;  4M8Y A;  2G22 A;  5P0M A;  1NSO A;  3K5G A;  4ZSP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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