5P58A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 233
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p58A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p58A01
3QRMA 5FIVA 3VCMA 3KN0A 5KR2A 5P5HA 3OXVA 2VA5A 5OYQA 4U7QA 2FIVA 3IVIA 5I3WA 3K1WA 4Y3PA 3EKWA 3PVKA 4Y4TA 4D83A 1ENTE 4GIDA 3Q6YA 4K8SA 3T7XA 5P11A 2QI7A 4FRIA 2QD6A 4RCFA 5P4GA 4CMSA 3URLA 1FGCC 5I3XA 1MERA 1WBKA 5P7DA 3NU6A 3KDBA 1G6LA 3KM4A 3JVWA 1AIDA 4L1AB 5P5XA 2XYFA 4Z22A 4Y35A 5EZZA 3KFSA 4Y39A 2ZJHA 2HM1A 7UPJA 5P1ZA 4J1IA 4YBIA 5P5RA 1K6VA 2PK6A 2G69A 4DFGA 3VYFA 1SGUA 1LV1A 2OHLA 3KDCA 5P6BA 1BDLA 2IGYA 3T6IA 2BPWA 2OF0A 4I12A 5P2RA 4Y4WA 5AH6A 2WEDA 4NPTA 3WB5A 3C9XA 2UY0A 2VKMA 2BB9A 4GJ5A 4OBFA 3SAAA 5OZKA 4B78A 1PPME 1BXQA 1KJHA 3T3CA 5P2AA 1AAQA 2AZ9A 2QZWA 1LZQA 5I3YA 1SGZA 3UDRA 5P4UA 4EJDA 3OUCA 5OZDA 4HDBA 5P1JA 2QD8A 3VUCA 1LF4A 5P8LA 2R8NA 3DV1A 1YM2A 1GKTA 3EKPA 3RSVA 1DPJA 5HDUA 2EWYA 4ZSMA 1EPLE 1LYWA 4Y37A 5P7YA 5P6QA 5KQYA 3OHHA 1FQ7A 1LF2A 4Y5NA 2HC0A 3AUPA 2QNNA 5HD0A 5DR1A 4DQBA 5P1NA 3ZKNA 4AMTA 2B7ZA 5P7QA 4LAPA 5P7XA 3OAGA 3L38A 5P5BA 2H6SA 4FRKA 3GGVA 4DUSA 5P26A 2V00A 4ZSPA 2ZJMA 1FFIC 3BVAA 2FXDA 1D4JA 2QI0A 2VA6A 5P2XA 4NJSA 2R43A 2NR6A 5P6IA 5P32A 4FM8A 2PSGA 2IKOA 5P2FA 5P5ZA 3PBZA 1FQXA 1HVIA 2QU2A 5P34A 2BPVA 2QMPA 4R5NA 5P4MA 2A1EA 2V16C 5CLMA 5P2KA 5P65A 3UQUA 1EC2A 3TLHA 5P3OA 3VEUA 5P20A 4BEKA 4Q1NA 1LYAB 4QJ2A 3WB4A 1LYBA 4DJOA 5P6FA 1MIQA 2A4FA 5P33A 5OZ3A 4YOAA 5SY3A 3LITA 3IN4A 2OHPA 4WY1A 3S54A 3S7MA 2FNTA 5P0TA 2NTRA 4K4PA 5DR0A 4A6BA 2IRZA 2OHRA 4JOOA 5P47A 1EBKC 4RRSA 5P4OA 1F7AA 5P8AA 4DQHA 1K2CA 3Q3TA 4EJ8A 1BVGA 2QAKA 4FM7A 4HDPA 4DI2A 5P0CA 4Y6MA 1ZLFA 5P3EA 4YBFA 5P56A 5OZ6A 2PYNA 2ZHVA 2HS2A 4DQEA 2ZJJA 3CICA 5OYVA 4NPUA 4ER4E 5P83A 5P2NA 3H0BA 5OZRA 2ZJIA 2JXRA 2HB2A 2XFJA 2Q64A 5P0MA 5P6VA 3S45A 2G27A 1TCWA 4H3FA 2AIDA 6FIVA 4PZWA 4Y3SA 3L5CA 4MC2A 1HPXA 5EZXA 3CKRA 5P8JA 1ME6A 5P0WA 1A8KA 1B5FB 1ODXA 5P7OA 3EM3A 4Y3MA 4Y4GA 4J1CA 4XX4A 5P1TA 4DJPA 5P42A 5P0BA 3NXNA 1NH0A 3TL9A 5DQ2A 5BWYA 5P8FA 3I25A 4D8CA 5P3QA 2AOFA 3KMYA 5P3IA 5P2CA 5P5FA 5P1QA 1BV7A 4APEA 5KQXA 3SA9A 5P73A 3DOXA 5P4CA 1HVSA 3OHFA 2WHHA 4YHQA 2I4QA 4DQFA 3QBHA 3S43A 4RGHA 1Z8CA 5P3VA 3UQRA 2V13A 5OZOA 5P1GA 4Y4BA 1DMPA 1DP5A 3VFBA 3RTHA 3EL4A 4F75A 3ZL7A 1HPOA 4LXMA 5P28A 3FNUA 5P54A 4OD9B 3OOTA 2CENA 4Y51A 5DQCA 1HRNA 4J0ZA 5P4FA 2I4XA 3Q5HA 4J17A 1N49A 1EBWA 3LPJA 2QMFA 5P2EA 4YE3A 4DJRA 1B11A 1HSIA 4Y4ZA 3IVHA 1FG6C 3SABA 2OHMA 3FNSA 2AOCA 4I0HA 5HCOA 2AQUA 5P04A 1FEJC 5P4EA 5P02A 1IZHA 5P0GA 1D4KA 4RZ1A 5P23A 5P4YA 3PBDA 4CPQA 3EBZA 5P4AA 5KR0A 5P5AA 5P0FA 2VJ6A 5P86A 3NU5A 2ZJKA 2F3FA 1W5YA 2HPEA 1XN2A 5P2OA 4ZPEA 2PK5A 1FFFC 1EPQE 4HE9A 1AVFA 5P52A 4X2LA 5P5TA 2PWCA 5P1UA 3OU1A 4GJDA 1E5OE 3UQPA 4DJQA 2ER0E 3FKTA 5P7AA 4YD3A 4YCKA 2VS2A 3URIA 2I4DA 3BXRA 2SAMA 1SIPA 3UQWA 1WBMA 1FG8C 5HDZA 1HVJA 1PSAA 5HE7A 5P3NA 4L1AA 5P0ZA 5P5YA 2P83A 5J25A 3NU4A 4Q1WA 5P1CA 5P79A 2BQVA 5C9DA 5ISJA 4RROA 3BGCA 3I2LA 2OHNA 5P25A 4Y3DA 2G1NA 1RL8A 4Q1YA 3UQXA 3EL1A 2IENA 3B7VA 3URJA 2I4UA 1HVKA 3RU1A 4Y3YA 4EWOA 1ODWA 3TKGA 5P6GA 4FS4A 3FSMA 5P18A 1A94A 2AVQA 3L5EA 1BVEA 3EC0A 3OADA 3INFA 2OHTA 2HIZA 3NXEA 1K6PA 3HLOA 5OZLA 2XYEA 3SLZA 4J5JA 4DQCA 5P3PA 1RV7A 3VG1A 5OZIA 1SH9A 5P7MA 5P3DA 3ZKXA 9HVPA 4A6CA 5P0XA 3OWNA 1EAGA 4HDFA 4R8YA 5P6XA 5P30A 4U8WA 6APRE 3CYWA 5P1LA 5P03A 5P8GA 4OC6B 1B6PA 3L5DA 5OYSA 4QJ7A 5P5DA 3I6OA 3OQAA 1SDUA 5KQZA 4J54A 4FSLA 1E82E 4KE0A 5P5SA 1JLDA 1XN3A 1YTHA 5OZ0A 3TPRA 4EP3A 5P8MA 5AHAA 5I70A 2WEAA 3O9CA 4YA8A 3OTYA 3O9BA 2O40A 3LHGA 3SKGA 3T7QA 3ZKQA 3KFNA 3LNKA 4N00A 5OZNA 5KQFA 5P24A 1APVE 4QJ9A 3DK1A 4QJ8A 1GVVA 5P06A 5BRYA 5ENMA 4FL8A 3OQ7A 5P81A 2J9JB 2RKGA 5SXNA 3CKPA 3KT5A 3OU3A 3DUYA 1UH7A 3NDXA 2HAHA 1HSHA 1W5VA 4OBZA 3SA7A 5P37A 5P38A 5OZ1A 5BS4A 5P3FA 1MVPA 3IA9A 4Y41A 4Y3FA 2V0ZC 2BPYA 5P4QA 3LINA 3HDKA 4EPJA 5HTZA 5P89A 4J0VA 3O9LB 3UDKA 1LYAA 5P6CA 5DR8A 4GYEA 3INHA 5P14A 3WZ6A 3OUAA 1HTEA 4FAFA 1GVXA 4I11A 5P0PA 4I0EA 4JP9A 4I8WA 5IVQA 1AZ5A 1D4IA 1MPPA 5P80A 2ANLA 4FSEA 5JODA 5P69A 2P3DA 4Y5BA 5P5UA 3QVIA 2QI6A 5P1WA 1AXAA 4CPWA 5P59A 3PMUA 1CPIA 2Q63A 1ODYA 4J55A 5P71A 3L59A 1LF3A 4Y5CA 1D4LA 4CP7A 5P5QA 5COKA 2G1SA 5P5IA 5OZZA 3PI5A 4Y3NA 4APRE 2CEJA 5P09A 1D4YA 4M8YA 4RYCA 5UPJA 2RSPA 3S53A 1IZDA 3HZCA 1MRWA 1B6KA 1TW7A 3TOHA 1QS8A 3D1YA 3MSJA 1C6XA 3WZ8A 2CEMA 2ZDZA 5P55A 1B5FA 4Y58A 3I8WA 5P76A 5P2UA 3K5GA 2FMBA 2NNKA 3CIBA 4DQGA 4JECA 4FE6A 4ZLSA 3SACA 5P4HA 4DVFA 3PCZA 2ER6E 4ER1E 2ZHTA 1WKRA 3BUHA 4GMIA 4KUPA 3R4BA 3EL5A 1U8GA 4LXKA 4A4QA 5P3TA 3SPKA 1APWE 5DR3A 2ER7E 5OYYA 2Q11A 5P8DA 1OEWA 2ER9E 5OYRA 5P0RA 2QK5A 1GVUA 5OZAA 5P2ZA 1K2BA 4RVXA 3UDHA 7HVPA 3BHEA 4AUCA 4HA5A 5OYUA 2OHSA 3EL0A 3N4LA 3OUDA 1FKNA 1QBRA 1XE5A 4ACXA 2P3BA 2WF1A 4L7JA 5P60A 3DM6A 5P85A 4OD9A 3CYXA 5OZVA 3DCKA 5P2SA 2IGXA 3FNTA 5JFPA 4RVJA 5B18A 3PSGA 1HXWA 2ZHUA 1MT7A 3NWXA 3UDPA 1APUE 3PRSA 3H5BA 1NPWA 4Y4DA 5P1AA 5P3BA 4FLGA 4L6BA 5P12A 2Q54A 4Y5AA 5AHBA 2HPFA 2I4WA 4J0PA 4B72A 5P00A 1FMXA 5P5NA 2ZHRA 3MXDA 1HIHA 3MXEA 3D1XA 5DPZA 5I3VA 5HCTA 1YM4A 4B00A 5P5VA 3EKXA 5P1KA 5P4VA 2FDEA 2QCIA 4Y4UA 4BELA 5P0LA 4QJAA 4CPTA 1FQ4A 1PSOE 5OZWA 1KJ4A 5HDVA 3VV8A 4QJ6A 2ZJLA 5P6HA 5ISKA 4GJAA 5P1BA 5P2QA 2G22A 3ZKGA 4OBDA 5P40A 2OHKA 1BWBA 4KB9A 1AM5A 5OZMA 4PHVA 2OHQA 3HVGA 5OZJA 3HW1A 4OBKA 2OAHA 1HTGA 2AOIA 1NPVA 5P2TA 6UPJA 5JFUA 3CKTA 1T6EX 5P2WA 4Y3WA 4AA8A 3D1ZA 3AIDA 3SA3A 3OK9A 5OZQA 3B80A 5P0YA 5P3WA 5P3SA 3PSUA 5P39A 1Z1HA 3NWQA 3APRE 3S56A 5P6UA 1HWRA 5P3KA 1ZSRA 4ER2E 1W50A 3L5BA 1B6LA 3GGUA 5AHCA 5P1FA 2QZLA 2PC0A 3LPKA 1TSQA 3O9DA 3G70A 4NJTA 1UH8A 4Y3LA 5OZ7A 1K1TA 1ZTZA 2I0AA 3EM4A 4R93A 1C70A 3IXOA 2QD7A 3SKFA 3NDTA 3K5DA 1GNNA 5P3JA 4YDFA 1KJ7A 5P57A 4TVGA 5ER2E 1B6JA 1UH9A 4PEPA 1T3RA 4Y9WA 2F81A 1RNEA 1ZJ7A 3K5CA 4Y47A 3MSKA 3OXCA 1MT8A 3FV3A 5P51A 3R1GB 5P7ZA 1FMBA 1A9MA 1BIMA 2VJ7A 3GGAA 2NNPA 3QROA 5HU0A 1EPPE 4YDGA 5DQ4A 4OBJA 3LZVA 5P6LA 3OU4A 2NXLA 3L3AA 3TKWA 2WECA 4Y53A 1CMSA 1YTIA 3INEA 1HIIA 5P4KA 2QI3A 5P1MA 5F00A 3RTMA 2B8VA 5SZ9A 5P5WA 3O99A 4D89A 5HE5A 1W6HA 5OZ5A 3ZPTA 3VF5A 2F8GA 3NDUA 2P8HA 4WTUA 5P5CA 3BGBA 5P3HA 1FQ6A 1HEGE 1J71A 1EPOE 3S8IA 1XL5A 3I7EA 4M8XA 1SMEA 5P45A 2I0DA 3JVYA 3UDMA 5P63A 1MSNA 4Z50A 1ZAPA 3O9GA 3O9FA 2F80A 2PSUA 4QLHA 3PWRA 3BXSA 4Y57A 1MTRA 3U71A 3OXXA 5P1OA 5P3MA 5P2HA 5P4TA 2Q15A 4HVPA 1LYWB 5P62A 1HTRB 2PYMA 1W51A 4Y3RA 4Y4JA 5P49A 4LBTA 1W6IA 2VIJA 4YD5A 5P8SA 1PSNA 1FQ8A 4J1EA 2Q5KA 5DR7A 4COEA 2F3KA 3OAGB 3N3IA 1AJXA 5P8VA 3T7PA 5P66A 1HPSA 2NMZA 2QNPA 4TVHA 5IE1A 1IBQA 1FIVA 2HB4A 4Y45A 2WF3A 2O4KA 4NJVA 2J9KA 5P41A 3S85A 3TOFA 5P77A 1HVLA 4Y3AA 5P0VA 5OZPA 1M4HA 3NSHA 1TCXA 3QRSA 5P7BA 3L58A 2JJJA 8HVPA 4Y3GA 1EEDP 4MC6A 3NR6A 3IXKA 3LIVA 2PH8A 2R5PA 2I4VA 1RPIA 1W5XA 5P0IA 5COOA 3NU9A 3SM1A 5IVSA 4GB2A 1Q9PA 5DGWA 5P8IA 4RVIA 4NKKA 4GJBA 4GZFA 3KMXA 3KF0A 1W5WA 5P7JA 5HU1A 2ZJNA 3TPLA 4Y43A 1FB7A 3GW5A 1FMUA 5OZGA 2VJ9A 2NPHA 3DCRA 5P72A 1HVRA 3UPJA 4Y54A 2UXZA 4I1CA 3WZ7A 5P74A 4EJKA 5P8RA 5P0UA 1ZSFA 4ZE6A 3SA6A 5DR4A 5P8OA 2HS1A 3UCBA 1HXBA 1GNMA 5P4SA 1OD1A 3UF3A 5P88A 2AVMA 2BKSA 2QNQA 2MIPA 4GJ6A 4J0YA 1ZBGA 5P3RA 4IVSA 4PZXA 5IVTA 2ZE1A 1G2KA 1BILA 4D88A 3ECGA 4H3JA 5P7EA 4Y48A 2WEZA 2RKFA 5P0AA 1AJVA 1PPKE 4B70A 2WF2A 5OZ4A 5P4DA 3EMYA 4XX3A 5OYTA 4ZPFA 3QAAA 3IGBA 5P43A 1DIFA 3S43B 1PROA 3O9HA 4Y44A 5P7LA 1XS7D 5P3GA 1TZSA 5P4ZA 2AVSA 3R2FA 2O4LA 4K4RA 2NXDA 4DJUA 5P3ZA 1YX9A 5OZFA 5P5MA 1SDTA 4DH6A 4EQJA 4YCTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QRM A;  5FIV A;  3VCM A;  3KN0 A;  5KR2 A;  5P5H A;  3OXV A;  2VA5 A;  5OYQ A;  4U7Q A;  2FIV A;  3IVI A;  5I3W A;  3K1W A;  4Y3P A;  3EKW A;  3PVK A;  4Y4T A;  4D83 A;  1ENT E;  4GID A;  3Q6Y A;  4K8S A;  3T7X A;  5P11 A;  2QI7 A;  4FRI A;  2QD6 A;  4RCF A;  5P4G A;  4CMS A;  3URL A;  1FGC C;  5I3X A;  1MER A;  1WBK A;  5P7D A;  3NU6 A;  3KDB A;  1G6L A;  3KM4 A;  3JVW A;  1AID A;  4L1A B;  5P5X A;  2XYF A;  4Z22 A;  4Y35 A;  5EZZ A;  3KFS A;  4Y39 A;  2ZJH A;  2HM1 A;  7UPJ A;  5P1Z A;  4J1I A;  4YBI A;  5P5R A;  1K6V A;  2PK6 A;  2G69 A;  4DFG A;  3VYF A;  1SGU A;  1LV1 A;  2OHL A;  3KDC A;  5P6B A;  1BDL A;  2IGY A;  3T6I A;  2BPW A;  2OF0 A;  4I12 A;  5P2R A;  4Y4W A;  5AH6 A;  2WED A;  4NPT A;  3WB5 A;  3C9X A;  2UY0 A;  2VKM A;  2BB9 A;  4GJ5 A;  4OBF A;  3SAA A;  5OZK A;  4B78 A;  1PPM E;  1BXQ A;  1KJH A;  3T3C A;  5P2A A;  1AAQ A;  2AZ9 A;  2QZW A;  1LZQ A;  5I3Y A;  1SGZ A;  3UDR A;  5P4U A;  4EJD A;  3OUC A;  5OZD A;  4HDB A;  5P1J A;  2QD8 A;  3VUC A;  1LF4 A;  5P8L A;  2R8N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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