5P5CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 237
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5cA01
3L59A 5P6DA 5I3XA 5P5WA 2Q3KA 1XE6A 3N4LA 1EC0A 3FNSA 4J0PA 4NPTA 5P6YA 3DOXA 1T7KA 5P4LA 1QDMA 3RSXA 5P51A 3NU9A 3KN0A 3UQWA 4PEPA 3DUYA 3L5EA 5P05A 3Q4BA 2UY0A 3TLHA 3MSLA 1HPVA 1W5VA 2HC0A 3OGQA 5P1MA 3FV3A 3G72A 5P77A 1NPWA 5P4WA 5P74A 2O4SA 4R92A 4OBFA 4I0GA 4TRZA 3B80A 2NXLA 3UQRA 5P7SA 1D4KA 3EM3A 1EAGA 2G1NA 1SMRA 2AOFA 5P07A 5OZOA 5KR8A 4U8WA 3LZVA 5P6KA 2FGVA 1DIFA 3KFPA 5P0YA 1D4HA 5OZ6A 3OUCA 4I11A 4QLHA 3I25A 5P4PA 5P1LA 2XFIA 5SZ9A 5P7YA 3JW2A 5P4IA 7HVPA 3LIZA 2IKOA 3HAWA 5P15A 2ER7E 5OZJA 4HDPA 4COEA 4DJVA 3MXDA 4I8ZA 3SA5A 1IIQA 3OXXA 3K5CA 1W51A 4U7QA 5P65A 5ENMA 1IZHA 5P6PA 1FEJC 5CLMA 3K1WA 3ZKIA 2NNKA 5P6NA 1BWBA 5P60A 4B0QA 1D4IA 3R1GB 5P4CA 5P38A 5OZSA 5P53A 4M8YA 4YCYA 4RRSA 5P17A 4Y3WA 1B11A 1AIDA 4Y5BA 1LYAB 4YA8A 4A6CA 4H3IA 5P56A 5P2RA 4HZTA 3SKGA 2RKFA 3SO9A 3SFCA 5P1GA 5P3ZA 4DJUA 4RZ1A 4Y4UA 5ER1E 1GVWA 3NWXA 4Y5NA 5P20A 1DW6C 5I3WA 1B6PA 2ZJKA 1EC1A 5OZ3A 5P8VA 4L1AA 1MRXA 3OHHA 5P36A 4Q1WA 5P0OA 4CPUA 5P8SA 3KT5A 3QPJA 5P13A 1IZEA 5KR0A 1AM5A 2AZBA 5P5YA 1IZDA 3SM1A 3L5BA 1SDTA 1M0BA 5P39A 2WECA 3NUOA 5P3JA 5DQ4A 5KOSA 4OC6B 5P5TA 2VIEA 2PWCA 3WSJA 1LF3A 4F73A 3A2OA 2V11C 2I4WA 5P2UA 5BRYA 5P5UA 1MERA 4FCOA 4OBDA 4Y47A 4BFDA 5COKA 2BKTA 2PSUA 4GJ9A 4I0IA 5P1XA 2FXDA 4ZIPA 2UPJA 2P3AA 2G21A 5P2AA 4Y5EA 2QNNA 1XL5A 5I70A 3OUDB 5KOQA 4OBGA 4GZFA 3QAAA 4J1HA 5P42A 3BVAA 3PB5A 1W50A 3R0YA 4A6BA 5P7XA 5P7LA 4LP9A 1GVXA 4GIDA 4B1EA 1A9MA 2WJOA 3RTNA 4FAFA 4YBFA 5P1SA 5OZEA 3MSKA 3QIHA 4EP2A 2WEBA 3OU1A 4J54A 4D83A 3NU3A 5P89A 1XE5A 4HEGA 4HVPA 5P5JA 5OZUA 1Z1RA 4DH6A 3IN4A 2G69A 1YTIA 4DI2A 2BKSA 2I4XA 4FS4A 2PH6A 5KR2A 5P2EA 5P48A 5P4BA 5P5PA 1K6PA 4JOOA 3R2FA 3D1YA 5KQZA 2G1OA 4ZPEA 2OHLA 3HAUA 5P26A 4J1IA 1DP5A 1APWE 3T7PA 2PK5A 3KDCA 5P7IA 2FXEA 2ZGAA 2PMAA 1YX9A 5P2XA 2F81A 5P3GA 4XX4A 1AJXA 3T7XA 3BRAA 5P2YA 1OD1A 3EL1A 3D1ZA 5HTZA 4QJ7A 5P0DA 2R43A 5P2BA 1CZIE 4Z50A 2G1RA 1EPNE 5IS4A 4RVXA 1G35A 4ZPFA 4CP7A 4LXKA 4B1CA 4UPJA 5P45A 3GI5A 5P24A 4JPEA 5P5DA 4DJOA 3BUGA 4KB9A 1HSIA 2ZHRA 5P7RA 3OTYA 5COPA 2QNQA 5CONA 2G1SA 5P8MA 5IVTA 5P0GA 5P1FA 5P5BA 5T4SA 1EBWA 2J9JA 5OZVA 3SA3A 4ZSQA 5P2WA 3PI5A 1BBSA 5DR0A 4NJUA 5P33A 2VJ7A 1NPVA 1A8KA 2ZE1A 5P68A 3OOTA 1ZSFA 5P7PA 1Z1HA 4MC2A 4Y6MA 3D91A 3IXOA 5OZLA 5P7NA 5P6BA 5BS4A 5P5LA 5AH8A 3ZLQA 2XFKA 4RYCA 5P4SA 4FIVA 3VUCA 3QROA 4CPSA 6FIVA 1DMPA 4OBZA 3O9AA 2JJIA 4H3JA 2QMDA 1B6MA 5SY2A 1GNMA 5P3FA 5P5VA 4JP9A 2ER6E 4Y3QA 3PMYA 5OZHA 2P3BB 3IXJA 1ME6A 3EKXA 3EM4A 1HPXA 5P47A 5P0UA 4D8CA 2Q5KA 3NU4A 3PI0A 5P8CA 4XKXA 4ZPGA 3VFAA 5P0IA 5P0AA 5P3KA 1PSOE 3QRVA 2AVVA 4HDBA 4EQ0A 5P75A 1HXWA 5P7KA 5P82A 4WTUA 1YTJA 2APRA 2OHSA 3I8WA 2G1YA 3RTHA 3PBDA 1HTRB 4NPUA 2XYFA 5P0HA 5P7OA 3M9FA 2PSVA 4Z4XA 1EEDP 2AOJA 5P5NA 4OBHA 5P3TA 5P0WA 2ZDZA 5P5RA 2HS1A 1BILA 1HSGA 5HDVA 4E43A 2A4FA 5I3VA 1BDQA 3URJA 4QJ6A 5P8OA 5P87A 2VNNA 4Y4AA 5JFUA 1HTEA 2G24A 3UQPA 2I1AA 1J71A 5P43A 4DJWA 2B8LA 1MSNA 3VF5A 3FNTA 2AZ9A 2O4LA 2OF0A 1K2CA 3GI0A 4R8YA 2WL0A 4J1KA 5P0MA 5P4KA 3SLZA 5P8FA 1HTGA 3UDMA 1A30A 5P4QA 2HB3A 5P3PA 1W5WA 5OZ0A 3OXWA 1QBTA 1N49A 1PPKE 4LXAA 1ZTZA 3SA8A 1AVFA 2PK6A 2WHHA 1D4SA 2QI0A 3DV5A 3PMUA 5P4XA 2VA5A 4DQBA 3UCBA 1OHRA 3O9LB 5P6IA 3OGPA 5P1DA 2OHMA 1HVCA 1NH0A 4L7JA 3L3AA 5P3UA 2VJ9A 1LYAA 1BVGA 2OHTA 1A94A 4Y3YA 1HXBA 3NDUA 1ZP8A 3UDQA 5OYTA 4NJTA 3UHLA 2OHKA 3CKPA 2IRZA 1ZJ7A 2WEAA 4FRSA 5P3HA 5ISJA 4AUCA 3UFLA 3FIVA 3UQUA 4Y3DA 5P2FA 1MTBA 4DQGA 4J1CA 3HVPA 3OADB 4MC9A 4D88A 3EL4A 4FE6A 3EKTA 4GJ6A 5P3MA 3GGUA 4R95A 1TSQA 1HIVA 3INHA 4OD9B 3FSMA 4ZE6A 3LZUA 2QAKA 3QVCA 1FMUA 5P0QA 5P67A 1B5FB 3LPJA 1UH9A 5PEPA 4CMSA 4OC6A 5P5FA 3HDKA 3LZSA 3O9IA 3PWWA 1BXOA 2QHYA 3VV7A 5P6OA 3TOFA 1MT9A 1B6JA 2QZLA 4LL3A 1F7AA 5KQYA 2MIPA 2QI4A 1XL2A 1ZPKA 5P1UA 4FRIA 1FIVA 5OYVA 1ENTE 3OWNA 4EJDA 4YD3A 1WBKA 3OUDA 5P8IA 4Y5LA 4ER2E 3K4VA 3KM4A 2QMPA 3TPPA 2H6TA 3QBFA 1HWRA 2FDEA 2NPHA 2V0ZC 3G6ZA 1OEWA 3DJKA 2WF4A 3S53A 3OUBA 4ZSMA 4Y4WA 5P70A 2OHQA 4Y53A 1U8GA 3UDJA 5P79A 5P0KA 1EPPE 3LIQA 3T11A 3L38A 4ZEAA 5P1JA 1BV9A 4Y3MA 4WY6A 5P3WA 3TKGA 5DPZA 4Y54A 3BXRA 1PPME 5P4OA 5P7WA 3ER3E 5P40A 6APRE 2HPFA 1T7IA 5DR4A 5P4GA 4BEKA 2P83A 3D20A 2AOGA 3CIDA 3PWRA 3VYDA 1QBSA 3VLAA 2O4PA 2BPZA 3QRMA 3DV1A 3QP0A 3TOGA 4Y3TA 2I4VA 3NLSA 4YBIA 5FIVA 4DQCA 3U6AA 4J5JA 5SY3A 3BVBA 5P8HA 3PSGA 2IENA 2Q15A 1BWAA 4EWOA 4LXMA 5HU0A 2Q64A 2OAHA 3UF3A 1NSOA 2NNPA 4ER1E 3BXSA 1NPAA 1D4LA 5IE1A 3PM4A 3ZKMA 1HVSA 5P19A 3OQAA 4JECA 1JLDA 4AA9A 8HVPA 5AGZA 3NYGA 4Y5PA 2QI3A 2QK5A 1Q9PA 3APRE 3SKFA 4MC6A 3AUPA 2O4NA 1FQXA 5DQCA 2QCIA 2AVMA 5OZ1A 3WB4A 4Y3SA 3BHEA 4XXSA 5P0LA 4B00A 4J0YA 3LIXA 5P12A 5P4TA 5SXNA 2AVOA 3BUHA 1EPRE 4Y35A 1LF2A 4DJQA 5P06A 4H1EA 5P8RA 3DCKA 3TOHA 4J55A 4GMIA 3C9XA 1XDHA 2AOEA 9HVPA 4I0EA 1PSNA 4ACUA 5OZXA 5P1KA 2F3FA 4EJKA 5P8EA 5HE5A 5P58A 1KJHA 1T3RA 3RSVA 1SMEA 3O9FA 2QD7A 2QP8A 4Y4BA 4APEA 4MC1A 1HTFA 5P1EA 5P1YA 2VS2A 2VKMA 3NU5A 5OZCA 5DQ5A 3FNUA 3VG1A 1D4YA 3T7QA 2RKGA 4Y4ZA 4YE3A 3K5DA 4RVJA 3ZKXA 4YDGA 1QRPE 3IA9A 3QVIA 5OYSA 1HIIA 3TPLA 4DFGA 2HAHA 2P3DA 5P41A 5OYXA 2PYMA 3Q5HA 3KMYA 4HLAA 2JE4A 2QD6A 5P7ZA 2P3BA 1LYWB 4Y4GA 5P1TA 3EKVA 4IVTA 1HSHA 5P8NA 1QBUA 3OOZA 4Y39A 5P5HA 1XN3A 4FRKA 5P3IA 3EL5A 3KFRA 5P3QA 3OUAA 2AZ8A 5P02A 1QS8A 2R5PA 3VLBA 4AA8A 4DQHA 3H0BA 1C6ZA 3CICA 4K4PA 1XN2A 2AODA 4ER4E 3NR6A 1HVRA 2NMZA 5AHCA 4R91A 3VYEA 2BPXA 2I4QA 5HDZA 4J1EA 5P7JA 5P04A 3EKYA 3L5DA 3ZKSA 1K1TA 2PQZA 2BPYA 5P4ZA 1LYBB 4Z2ZA 1YM2A 4GJAA 3NDWA 2JJJA 3OQFA 2BPVA 5P2ZA 2Q11A 5C9BA 4Y48A 1K2BA 4B05A 1TW7A 5P0SA 1RL8A 3S8IA 2VIZA 4RYGA 3T3CA 1YT9A 1KJ4A 5P6RA 4EXGA 1TZSA 4F76A 4I0FA 5AH6A 5DR7A 5P1ZA 2RSPA 2PWRA 1K6CA 1HVIA 2IGYA 5P2DA 2FDPA 3F9QA 4B78A 3H5BA 5P3CA 3VCMA 5P80A 3I6OA 4I12A 4B72A 5HDUA 5JFPA 4NJSA 4AMTA 5P4MA 2AOCA 4B70A 3INEA 3VSWA 1SIPA 3OHFA 1T6GA 5P5OA 2IEOA 5P7CA 5EZZA 1M4HA 1ZBGA 4RRNA 2ER0E 4LAPA 1EC3A 3HW1A 3D1XA 1MRWA 5P6AA 4TRYA 3O9LA 1YTGA 3VYFA 2ZHSA 3PBZA 3I7EA 3INFA 5P0FA 4KE1A 2A1EA 5P2SA 1EPLE 5OYWA 4I0ZA 1FFFC 4Y3NA 2IKUA 2R8NA 3PCZA 1MIQA 5P7UA 5F00A 5P5GA 3O9BA 5P2LA 4NJVA 5OZYA 5P81A 4YD4A 3PRSA 3Q6YA 3HBOA 1G0VA 5P0XA 1GNOA 4DUSA 3OADA 3QBHA 5P6LA 5P27A 5OZIA 4Y5MA 4PPHA 5P0EA 5IVRA 4Y3LA 3MSJA 3CYWA 4GJ8A 4OD9A 5COOA 2WKZA 5P01A 4I0DA 3O9GA 3K5GA 3LITA 3ER5E 1B5FA 4J17A 2NTRA 2Z54A 4Y50A 3O9HA 5P72A 2B42A 4D89A 2ZJMA 4FL8A 4GJBA 3JVYA 2Z4OA 4BELA 5P10A 2R3TA 1GVTA 5P0ZA 1HIHA 1TSUA 1FQ8A 1TCXA 4Q1NA 2AVQA 4A4QA 4FRJA 5P2GA 2RMPA 2VJ6A 3CYXA 3OQKA 3UFNA 2R5QA 3WZ7A 2BJUA 4K4RA 3UDRA 2P3CA 1UPJA 2ZYEA 4HDFA 4PYVA 3SABA 5DR3A 5P6EA 4U7VA 5P2QA 1BVEA 5P6FA 3MWSA 5EZXA 5P2NA 5P3NA 3TH9A 4KUPA 1HOSA 1SH9A 3QS1A 4FM8A 5P6QA 5P18A 4YDFA 5P3LA 5P7EA 5P09A 5DR8A 1RPIA 4DPFA 5P55A 1EPQE 1KJGA 1K6VA 5J25A 2FDDA 4YD5A 1IBQA 3HD8A 1FQ6A 5P59A 4Y4JA 5DQ1A 1RQ9A 6UPJA 2G20A 3VEUA 2AOIA 4Y58A 2HS2A 5P4YA 2AIDA 1W6HA 1VIKA 5TOLA 1FLHA 2V16C 5P7QA 4Y3JA 5KR1A 1AJVA 1DAZC 2CENA 2FS4A 5P3SA 5P6CA 3S7MA 2XYEA 2ANLA 4RCFA 4DV9A 1EBZA 5P8BA 4FLGA 2WF2A 1HPSA 3TPJA 4KE0A 4J0TA 1IZIA 3RU1A 5P11A 5P31A 4RCDA 5P1AA 3PVKA 2BBBA 1BDRA 3PEPA 3TKWA 5ER2E 5P88A 5P5KA 3UPJA 2XFJA 2FMBA 1SDUA 1K1UA 2F3KA 1FQ7A 2Q55A 4YOAA 3EXOA 3HZCA 2EWYA 5P3RA 3PHVA 5P0TA 3S7LA 1PROA 3EMYA 4Y3AA 4K9HA 1FG8C 2HPEA 2R3WA 4HA5A 3SA4A 5P8GA 3G70A 5P32A 3S54A 3ST5A 4JPCA 4DPIA 5OYRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L59 A;  5P6D A;  5I3X A;  5P5W A;  2Q3K A;  1XE6 A;  3N4L A;  1EC0 A;  3FNS A;  4J0P A;  4NPT A;  5P6Y A;  3DOX A;  1T7K A;  5P4L A;  1QDM A;  3RSX A;  5P51 A;  3NU9 A;  3KN0 A;  3UQW A;  4PEP A;  3DUY A;  3L5E A;  5P05 A;  3Q4B A;  2UY0 A;  3TLH A;  3MSL A;  1HPV A;  1W5V A;  2HC0 A;  3OGQ A;  5P1M A;  3FV3 A;  3G72 A;  5P77 A;  1NPW A;  5P4W A;  5P74 A;  2O4S A;  4R92 A;  4OBF A;  4I0G A;  4TRZ A;  3B80 A;  2NXL A;  3UQR A;  5P7S A;  1D4K A;  3EM3 A;  1EAG A;  2G1N A;  1SMR A;  2AOF A;  5P07 A;  5OZO A;  5KR8 A;  4U8W A;  3LZV A;  5P6K A;  2FGV A;  1DIF A;  3KFP A;  5P0Y A;  1D4H A;  5OZ6 A;  3OUC A;  4I11 A;  4QLH A;  3I25 A;  5P4P A;  5P1L A;  2XFI A;  5SZ9 A;  5P7Y A;  3JW2 A;  5P4I A;  7HVP A;  3LIZ A;  2IKO A;  3HAW A;  5P15 A;  2ER7 E;  5OZJ A;  4HDP A;  4COE A;  4DJV A;  3MXD A;  4I8Z A;  3SA5 A;  1IIQ A;  3OXX A;  3K5C A;  1W51 A;  4U7Q A;  5P65 A;  5ENM A;  1IZH A;  5P6P A;  1FEJ C;  5CLM A;  3K1W A;  3ZKI A;  2NNK A;  5P6N A;  1BWB A;  5P60 A;  4B0Q A;  1D4I A;  3R1G B;  5P4C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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