5P5EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 239
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5eA01
2IGYA 1UH9A 4DPIA 5P1BA 5P4FA 2V0ZC 5P7TA 1AXAA 3OAGB 1XS7D 1META 5P4KA 4APEA 3RU1A 4YDGA 3EL5A 5P7DA 2OHKA 3UQXA 1KJ4A 2VNMA 4GJ5A 5P30A 5I3YA 2G1OA 1T6GA 3K4VC 1AJXA 5P1UA 3INEA 3IVHA 5P2JA 3HDKA 2QHYA 5P8OA 3UTLA 1AIDA 3QAAA 5P5MA 1FMUA 1ZP8A 5P7XA 4J17A 4RGHA 4I0ZA 4DJWA 1A9MA 3ZKGA 2HS2A 5P5OA 5IVTA 1MSMA 3O9HA 5P3VA 4FIVA 1G2KA 2OHQA 4U8WA 3T7QA 1HTFA 5P1LA 1IZHA 2AVOA 1EPME 4I0HA 1D4SA 1HTGA 4Y3WA 2PH6A 4YD5A 5P08A 5P7RA 4HVPA 5P1QA 1G0VA 1ODWA 1XE5A 1XL2A 2ZE1A 4ZIPA 3QRMA 5AHCA 1MESA 2J9JB 4ZPEA 3CICA 4NPTA 4Y3TA 3U6AA 4M8XA 3OUBA 3INHA 1EAGA 3UDQA 5P4UA 2FNTA 4J0YA 2VJ6A 5AH9A 3KM4A 2F3EA 1PPME 5P8RA 1SBGA 5P0FA 1K1TA 4HDFA 5P5UA 5P6UA 1LYBB 4K4RA 1B6KA 1GVXA 1J71A 2WEAA 1WKRA 2NXMA 2P3BA 2QZKA 5P2QA 4I0IA 3HAWA 5OYTA 4DPFA 4EP3A 5P05A 3OY4A 4AUCA 4Y5CA 4I1CA 5OZHA 4K4PA 3RTMA 5P4HA 5B18A 3RVIA 2BPZA 2OHRA 5P42A 5P5EA 5OZ8A 1KJHA 1LF2A 1HVKA 2NPHA 4LXMA 5P16A 4DJXA 4Y56A 5I3WA 3NXNA 5P7OA 3SA6A 2JXRA 5EZXA 3CMSA 1AZ5A 3TOGA 1XE6A 4WTUA 4A6CA 3PLLA 4YOAA 5OZ2A 5P5VA 5P0YA 3L59A 2P83A 2WEBA 2WF2A 4Y47A 5P3LA 4F76A 3PSGA 5P62A 3H0BA 3DV5A 3EKPA 5P3PA 4X2LA 3VF7A 5P85A 3PBZA 1HTEA 2PWCA 4GJCA 2AQUA 4RCEA 4Y3DA 4Y5AA 2AZ8A 5P5LA 5P04A 2VA7A 5BRYA 5P50A 5P1CA 5P8SA 3OU1A 4Y4UA 2IRZA 1GVTA 5AGZA 3ZPUA 2ZHTA 5P18A 4EJLA 2QU2A 3RSVA 4CPWA 4I10A 5P0GA 3VEUA 4ZPGA 2PMAA 3APPA 1B5FA 3S45A 3O9DA 5OZ7A 1XDHA 3TKGA 1TCXA 1TSQA 1HPVA 5P56A 2AOFA 1MVPA 2F3KA 4Y3EA 1W5WA 3RTHA 1GNMA 5P60A 5P8QA 2O40A 4AZYA 1D4IA 5P63A 3DCKA 3O99A 5P1JA 1FG6C 3ST5A 1FGCC 4H3FA 4PYVA 5E5JA 4H1EA 4EPJA 5P1TA 4B1DA 5P0CA 1U8GA 2UY0A 2PQZA 3D1YA 2QP8A 3PMYA 4EJDA 4EYRA 3NDTA 5JG1A 5P6LA 3TNEA 3OOZA 4I0EA 3EKYA 2QNPA 1M43A 4Y50A 4GJ7A 4Y4WA 2HB4A 3I6OA 3O9FA 1HEGE 3OADA 5P0XA 2QD8A 2Q55A 3LIXA 2WF4A 1UH8A 1BILA 5P79A 3QS1A 1HIHA 4OD9A 5P81A 5P3NA 1E80E 3PCZA 4Y38A 3EL1A 3IGBA 5P2GA 3G6ZA 5P3WA 3LHGA 3QP0A 1FQXA 1HVIA 4Z50A 4QLHA 5P2DA 1SDVA 2WL0A 4RVIA 4OBHA 2B7FA 2VJ9A 1F34A 2CEMA 2CENA 5P4EA 5DQ2A 5P7GA 2ZDZA 5CONA 3DCRA 4I11A 3NLSA 5OZVA 5P39A 5P25A 4Y5PA 4Y3PA 5P0SA 5P6KA 4B72A 1C6ZA 2G1NA 4GYEA 2EWYA 1UH7A 2XYEA 3VV8A 1PFZA 4RVXA 4DQGA 5P0RA 4APRE 5P1XA 2NXDA 5P27A 3OGPA 4I0JA 1IIQA 5DR0A 5P7FA 4EJ8A 2OHPA 2R3WA 5P71A 3CIBA 1LYAB 2VKMA 4R91A 5P4XA 1HWRA 3PRSA 4TVGA 5P7ZA 3NU6A 1HVJA 4J0PA 3INFA 3KFSA 2QK5A 1IDAA 1HSHA 3UHLA 3F9QA 1APUE 4L1AB 4ACUA 3PJ6A 2IKUA 3VUCA 5P1YA 1XN2A 3EKXA 3QROA 4Y39A 1LYWB 4Y58A 5HU1A 4EWOA 3PCWA 5P0WA 5P7UA 3R1GB 5IVRA 2PSUA 5P54A 5P37A 2UPJA 5HD0A 2HM1A 5P41A 3S7MA 3JVYA 5P53A 3NU9A 3UCBA 2VIZA 5P86A 3SM2A 4MC6A 4YHQA 1D4YA 2ZJKA 1K2CA 4HLAA 4IVSA 4KB9A 4CP7A 5P8MA 2QHZA 2R38A 4PZXA 4FE6A 3MXEA 4FRJA 5OZRA 5P4MA 2QI0A 5P09A 3TL9A 5P4VA 3OUDA 4MC9A 5P8JA 4EHCA 5HU0A 1FQ6A 5DGWA 4Y4EA 1BWBA 4ZPFA 5P26A 3KDCA 4YD4A 4MC2A 4B77A 1EPQE 1BDRA 4HDBA 5P6BA 2QI1A 1LEEA 3FKTA 2Q15A 5P7CA 5HE7A 4DJOA 4J1IA 2P3AA 5HE4A 3D3TA 5P8NA 5P0ZA 5P5GA 5OZPA 1KJFA 1EEDP 3EM6A 3ZOVA 4AA9A 5P5SA 5KQYA 5P58A 5IE1A 3MSJA 4H3IA 1K1UA 1HBVA 3VCMA 3EKWA 1JLDA 2BPYA 3KMYA 2J9KA 5P03A 3S56A 5DGUA 3ZPTA 2PSGA 4ER4E 3KF0A 5P3JA 1MT9A 5DR1A 5P6VA 1D4LA 1BV7A 4FSEA 5IS4A 1E82E 3NWXA 4Y3JA 2NXLA 5P49A 4B1CA 3PGIA 3KT2A 3FSMA 5P0KA 1K6CA 4GJBA 4YCKA 1EBZA 3LZVA 4YD3A 4Z2ZA 2WEZA 4CPSA 5P2OA 4Y43A 5KQZA 5P4BA 5OZDA 4Y3FA 3LPJA 2FDPA 3BGCA 2QZXA 5OZYA 3EL9A 3H5BA 3KN0A 4D88A 5ENKA 4I8ZA 1DAZC 3SLZA 5P5IA 5P3RA 1VIJA 3UFLA 3K5FA 5OZWA 3BXRA 5P77A 2PYMA 4K9HA 3EKVA 1BIMA 2HPFA 5I3VA 1MTRA 6UPJA 4M8YA 3CYWA 1BXQA 4XKXA 5P88A 4RLDA 2V16C 5AH6A 1KZKA 1LF4A 5OZ1A 2HAHA 2WEDA 2P4JA 3TPRA 3EL0A 4DQBA 4AMTA 5P87A 5JFPA 2G94A 3B7VA 1E5OE 3PWWA 5P0DA 1BVGA 2NR6A 2WKZA 5P4YA 1EBKC 2G26A 5P1DA 4R8YA 2AVSA 3EKQA 5P57A 3UPJA 4YCYA 3LNKA 4Y5EA 1FMXA 4HA5A 1YTIA 4EJKA 3PSYA 2WF0A 4FS4A 1SGZA 4CPUA 1HVSA 3ZL7A 4OBJA 4Y4AA 4Y4XA 2FLEA 3HVPA 2FIVA 2FS4A 3IN4A 4DQEA 9HVPA 2ZJLA 3N3IA 2QMPA 1RPIA 1FF0C 3FIVA 4Y5GA 3SPKA 5P3DA 4COEA 2J9JA 3I8WA 5P0UA 1OD1A 3LIVA 4DV9A 1SP5A 1OHRA 3LIQA 4R5NA 1BVEA 3IN3A 5P2HA 4OBZB 1W6IA 3LZYA 3L38A 1YM2A 5KR8A 5P3XA 3JW2A 3EC0A 5P38A 3ER3E 5P5QA 4QJ2A 4KE0A 4F73A 3OK9A 1DMPA 1Z1RA 2F80A 5DQCA 3ZPSA 2F8GA 4DJVA 1PSAA 3EKTA 1LYBA 2XYFA 4HDPA 3VYEA 2I4WA 3AIDA 3T11A 4Z4XA 3IXKA 5P0OA 4QJAA 5OYWA 1B6LA 2I0AA 5DQ4A 2AZ9A 2VNNA 4OBKA 5P2LA 1DP5A 5P7VA 1GVUA 4TVHA 5P5KA 5P1OA 2RKFA 5P1HA 3CKPA 4GIDA 3ZKSA 5P6YA 1ZJ7A 2IGXA 3BHEA 1IBQA 2AVQA 2V10C 2QNQA 1E81E 3GI6A 5P61A 5P4SA 4FM8A 2ZGAA 5P34A 1UPJA 5E5KA 4DUSA 1CMSA 5P8IA 5P4LA 5OYYA 2XFIA 1GKTA 1HTRB 2V12C 4GJ6A 3PB5A 3T3CA 2IQGA 3ZKQA 3MWSA 1ZSRA 4LXAA 5P1RA 5P4DA 1BWAA 1T3RA 5P36A 1W5VA 5OZUA 1BDLA 4Y35A 3N4LA 5P74A 1MRWA 2G21A 1HVHA 4I0DA 4Q5MA 5P00A 1WBKA 2XFKA 5P6WA 3OXWA 2VS2A 4TRWA 3UDKA 2P3DA 5KOQA 5P7EA 3PWMA 4Y4TA 5SXNA 5P6XA 4ZEAA 5OZ0A 3FNTA 1K6PA 3PI0A 4EQJA 3G70A 3QBFA 3T7PA 5P3UA 1APWE 5P51A 5P67A 3UF3A 4DI2A 2QNNA 5P2WA 5P20A 2F3FA 4GJDA 3APRE 3DJKA 5P2UA 5OZ5A 3PBDA 3UDMA 5P5FA 1W6HA 4Y3XA 2IL2A 5P2ZA 5P5CA 3U7SA 4BFBA 5P3QA 1T7KA 3VG1A 3K5DA 4ZE6A 3S7LA 2BJUA 3ZKXA 3PSUA 5ER1E 4DH6A 2BB9A 3BVAA 3QPJA 2G20A 2ZHSA 5P32A 5P5JA 3OQAA 5OZSA 5AH7A 5OZBA 2ZHRA 5OZIA 2AVMA 5JFUA 5P3TA 5EZZA 3DV1A 5P0PA 3ZMGA 1M0BA 4Y4JA 3WB4A 4HE9A 4JECA 4F74A 1HSGA 2G69A 4PEPA 4CPXA 1K6VA 1QRPE 5UPJA 5P6DA 5T4SA 3LPIA 3Q3TA 3SQFA 1EBWA 4FLGA 3O9BA 3GGXA 4LXKA 3TPLA 2IKOA 5P3BA 5P2AA 5OYRA 3QRSA 5OZJA 2O4PA 1NPVA 4GJ9A 5P3MA 1EPOE 5P2FA 1ME6A 5P44A 4Y3LA 5P33A 1SGUA 4GMIA 3D1XA 4K4QA 5P8KA 3IA9A 1NSOA 3OQDA 5P69A 4UPJA 1MERA 4DFGA 3O9GA 4FCOA 5KQFA 2I4UA 2QI5A 4FL8A 4L6BA 2R5QA 5P7KA 4ACXA 1HIVA 1HEFE 2BQVA 2R43A 4Q1NA 3EMYA 4QJ6A 5P84A 4FAEA 4R95A 3IXOA 3NDUA 3UDHA 5P6JA 1LYAA 4H3GA 5OZQA 5COOA 2IDWA 1EPLE 2SAMA 3S43B 1SIPA 3KT5A 3URLA 4FM7A 5P6FA 5P78A 5P3FA 1RQ9A 4EP2A 5P6RA 3GW5A 3KMXA 1A8KA 5HCTA 5P22A 3QIHA 2QZLA 3KFPA 3PEPA 2G22A 1BDQA 5P01A 5P0MA 4L1AA 5P12A 1HRNA 3PMUA 5HE5A 1QS8A 1LYWA 3R4BA 5P6IA 2BKTA 1RV7A 2A4FA 3HBOA 1TQFA 3KFNA 5P10A 3LIZA 5P0AA 2OHTA 5P8FA 4FM6A 3UQRA 5P31A 3BUFA 2NNKA 4FRIA 5P1WA 3Q70A 1DW6C 5P19A 2WECA 3BC4A 2FDEA 5CLMA 1RL8A 2JJJA 3SA3A 4LP9A 2CEJA 3D91A 1DPJA 3R2FA 1LV1A 4DJPA 4IVTA 1ODXA 1XN3A 1QDMA 3CYXA 5OZGA 5P17A 1BBSA 5DR3A 1IDBA 1B11A 3HD8A 5P6AA 3SKFA 2VIEA 5P5AA 2JE4A 1FQ8A 5P8UA 2ZHUA 3SM1A 4J54A 3SA7A 4YOBA 1HPXA 5OYUA 7UPJA 1EC2A 5KQXA 4QJ8A 1SH9A 4Y4BA 1MEUA 5OYQA 5P3CA 1B6MA 5KR2A 4Y4ZA 4DJYA 3Q4BA 2ZJNA 2OHNA 5P4CA 4Y57A 2ZJHA 1ENTE 5P3YA 1MT7A 3CKTA 3TOFA 3PVKA 5P72A 1CZIE 3FNSA 5P2YA 4JPCA 5DR4A 2I4DA 4NPUA 1YTJA 4TRZA 3VLAA 5AH8A 4Y3MA 5P24A 2O4KA 1FQ5A 3PWRA 5P0LA 3L3AA 3L58A 3TH9A 1IVQA 4YD7A 5P23A 3OQFA 4H3JA 5HTZA 5OZEA 2B42A 3NYGA 5P4QA 5P5RA 3TPPA 5P1MA 1FEJC 4WY6A 3U71A 5F00A 1D4KA 2Q64A 5P4IA 2IEOA 1IZIA 2A1EA 2OHMA 3CIDA 1ER8E 2ZJIA 5P0JA 4JP9A 2ER0E 2BBBA 3BGBA 2VA6A 2HB3A 1HPSA 5OZZA 4N00A 5COKA 1Q9PA 5P7HA 5P8EA 5I70A 1TW7A 1MTBA 2R3TA 3LZSA 5P2NA 5OZXA 4Y3RA 1EPRE 4L7HA 1PPKE 2BPVA 4B1EA 1HXWA 1HSIA 1W51A 3FX5A 4FRSA 5P8AA 5P0TA 1C70A 2HC0A 1SMRA 3UQPA 3LIYA 1PSNA 4NJVA 5OZ6A 4I8WA 5P5PA 1YT9A 3O9LB 2P3CA 1A94A 1AAQA 3WZ7A 2O4SA 5P8BA 5P4TA 2ANLA 5OZFA 2AODA 4ER2E 5P5NA 2QI6A 5P06A 2PSVA 4Y5BA 2AOJA 4YDFA 5P7BA 4D83A 1QBSA 4Y3AA 4K8SA 1BXOA 1LS5A 3ZKNA 4BEKA 3L5FA 3INDA 5P8GA 3LPKA 2B60A 2BPXA 4RCFA 2WF3A 1W5XA 2VJ7A 4A6BA 3WZ8A 4J1KA 4OC6B 2OHLA 2PC0A 2O4NA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IGY A;  1UH9 A;  4DPI A;  5P1B A;  5P4F A;  2V0Z C;  5P7T A;  1AXA A;  3OAG B;  1XS7 D;  1MET A;  5P4K A;  4APE A;  3RU1 A;  4YDG A;  3EL5 A;  5P7D A;  2OHK A;  3UQX A;  1KJ4 A;  2VNM A;  4GJ5 A;  5P30 A;  5I3Y A;  2G1O A;  1T6G A;  3K4V C;  1AJX A;  5P1U A;  3INE A;  3IVH A;  5P2J A;  3HDK A;  2QHY A;  5P8O A;  3UTL A;  1AID A;  3QAA A;  5P5M A;  1FMU A;  1ZP8 A;  5P7X A;  4J17 A;  4RGH A;  4I0Z A;  4DJW A;  1A9M A;  3ZKG A;  2HS2 A;  5P5O A;  5IVT A;  1MSM A;  3O9H A;  5P3V A;  4FIV A;  1G2K A;  2OHQ A;  4U8W A;  3T7Q A;  1HTF A;  5P1L A;  1IZH A;  2AVO A;  1EPM E;  4I0H A;  1D4S A;  1HTG A;  4Y3W A;  2PH6 A;  4YD5 A;  5P08 A;  5P7R A;  4HVP A;  5P1Q A;  1G0V A;  1ODW A;  1XE5 A;  1XL2 A;  2ZE1 A;  4ZIP A;  3QRM A;  5AHC A;  1MES A;  2J9J B;  4ZPE A;  3CIC A;  4NPT A;  4Y3T A;  3U6A A;  4M8X A;  3OUB A;  3INH A;  1EAG A;  3UDQ A;  5P4U A;  2FNT A;  4J0Y A;  2VJ6 A;  5AH9 A;  3KM4 A;  2F3E A;  1PPM E;  5P8R A;  1SBG A;  5P0F A;  1K1T A;  4HDF A;  5P5U A;  5P6U A;  1LYB B;  4K4R A;  1B6K A;  1GVX A;  1J71 A;  2WEA A;  1WKR A;  2NXM A;  2P3B A;  2QZK A;  5P2Q A;  4I0I A;  3HAW A;  5OYT A;  4DPF A;  4EP3 A;  5P05 A;  3OY4 A;  4AUC A;  4Y5C A;  4I1C A;  5OZH A;  4K4P A;  3RTM A;  5P4H A;  5B18 A;  3RVI A;  2BPZ A;  2OHR A;  5P42 A;  5P5E A;  5OZ8 A;  1KJH A;  1LF2 A;  1HVK A;  2NPH A;  4LXM A;  5P16 A;  4DJX A;  4Y56 A;  5I3W A;  3NXN A;  5P7O A;  3SA6 A;  2JXR A;  5EZX A;  3CMS A;  1AZ5 A;  3TOG A;  1XE6 A;  4WTU A;  4A6C A;  3PLL A;  4YOA A;  5OZ2 A;  5P5V A;  5P0Y A;  3L59 A;  2P83 A;  2WEB A;  2WF2 A;  4Y47 A;  5P3L A;  4F76 A;  3PSG A;  5P62 A;  3H0B A;  3DV5 A;  3EKP A;  5P3P A;  4X2L A;  3VF7 A;  5P85 A;  3PBZ A;  1HTE A;  2PWC A;  4GJC A;  2AQU A;  4RCE A;  4Y3D A;  4Y5A A;  2AZ8 A;  5P5L A;  5P04 A;  2VA7 A;  5BRY A;  5P50 A;  5P1C A;  5P8S A;  3OU1 A;  4Y4U A;  2IRZ A;  1GVT A;  5AGZ A;  3ZPU A;  2ZHT A;  5P18 A;  4EJL A;  2QU2 A;  3RSV A;  4CPW A;  4I10 A;  5P0G A;  3VEU A;  4ZPG A;  2PMA A;  3APP A;  1B5F A;  3S45 A;  3O9D A;  5OZ7 A;  1XDH A;  3TKG A;  1TCX A;  1TSQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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