5P5IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 243
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5iA01
5DR0A 3OQKA 5P6QA 3PRSA 1LZQA 3IN3A 4Y9WA 2FDPA 5P6ZA 2QHYA 1ODYA 3Q5HA 1HIHA 5DR7A 1RNEA 5OZDA 3PM4A 2QMDA 3UDRA 2NPHA 5OZ4A 5P8EA 2IRZA 1ER8E 2ZJJA 4Y58A 1IVQA 3EXOA 4GJ5A 3D1ZA 4R91A 3PLDA 5P6HA 3S56A 1META 5OYYA 1B5FB 4H3GA 3OHHA 2RENA 3HAUA 5P5OA 5P0YA 4FAEA 3NDTA 5P8QA 3K5CA 5JFPA 5P5WA 5P0SA 5P6XA 4Y44A 1B6JA 2HAHA 4GYEA 2QD6A 4JOOA 3OUBA 2IDWA 5P2CA 3BXRA 5P7TA 1FMUA 5P1NA 2QZLA 5OZ5A 2CENA 5P2EA 3VV7A 3ECGA 4CMSA 4J5JA 3OQAA 3TPRA 1HBVA 3O9HA 5P7GA 3ZKMA 2ASIA 5P2NA 5P3VA 4Y4WA 4OBJA 2Q63A 3NSHA 1XS7D 5P5CA 1C6YA 1EBYA 2J9JB 1ZTZA 5P1DA 5P8OA 1AAQA 3LPKA 5I3YA 2QCIA 3JVWA 1FIVA 1HXWA 4Y38A 4Y43A 4ZSRA 5OYVA 4JPCA 1CMSA 5P30A 3BVAA 2P3DA 4B1EA 4Y4UA 2AVVA 4Q1NA 2PWCA 2P4JA 5P39A 1FMBA 3S45A 5P43A 1ME6A 3UQUA 3APRE 4L1AB 5P0TA 2WL0A 4R92A 1T7JA 2AVOA 1MSNA 4K9HA 1LS5A 2B7ZA 5P7ZA 5P7NA 1EBKC 1EPLE 5P71A 5P3NA 3NXEA 4J1KA 4Y41A 5P6OA 1AIDA 4NPTA 5P4IA 2RMPA 4Y53A 5OZGA 2IS0A 2Q55A 2XFJA 1D4LA 1LYAA 3TOHA 4OD9B 1A94A 2I4VA 2ZHTA 2ZDZA 3LITA 1BV7A 4EXHA 4H3FA 5P5GA 5P37A 1HPVA 5P88A 1AXAA 3BHEA 3URIA 5P0LA 5I3XA 5OZ9A 3HVGA 5P75A 2NNKA 5P13A 3UDJA 5P0JA 2RKFA 2F80A 3NUOA 4WTUA 1YG9A 2BPWA 3FSMA 1T7KA 2Q5KA 3DV1A 4I0JA 1AJXA 3LHGA 1M4HA 3IVIA 3WZ8A 5P0UA 3SO9A 2O4LA 5P2QA 5OZBA 1TZSA 5P17A 2O4PA 5PEPA 4OC6B 4QJ8A 4DFGA 3UQRA 3R2FA 5P8FA 5COPA 1MERA 3ZKXA 5P3CA 3TH9A 3RU1A 3OY4A 1F7AA 4Y5EA 1HRNA 1QBRA 3EL1A 3PMYA 3PBZA 3PLLA 5P6VA 2PC0A 5OZSA 2QD7A 5DGWA 3VV6A 2G69A 3NR6A 1K1TA 1TSUA 5OZYA 2WJOA 5P60A 3PVKA 7HVPA 1HEFE 1M43A 3S2OA 3L5BA 3SA9A 2XFIA 1FMXA 3ZPSA 3VLAA 2F8GA 5DQ5A 1MPPA 1B6LA 4EJ8A 5P5DA 3OADA 5DR3A 4I11A 4FM8A 4I0GA 2PSVA 1HWRA 1BDRA 1D4SA 4ZSPA 4Y3DA 1EC2A 5HTZA 2PMAA 3CKTA 4R8YA 1HIVA 4EQ0A 3QN8A 3SM1A 6UPJA 2AOEA 4R5NA 2HM1A 1YTJA 4Y3XA 5P52A 2G24A 4Y5GA 4YOAA 5P2LA 4Y3WA 1DAZC 3UDQA 1QDMA 2B60A 5P5RA 3TNEA 2PH6A 3WB5A 1FQ4A 1FFFC 4YCYA 3NUJA 4DJPA 1ENTE 1A9MA 5BS4A 1SMRA 5P4PA 2BB9A 5KR2A 4U8WA 5P1BA 4OBGA 5JG1A 5SY3A 5IS4A 3U6AA 3PWWA 3HAWA 5OYRA 5P83A 2IGXA 3SABA 4KUPA 1W5XA 1RQ9A 5OZVA 1RL8A 1UH8A 5P07A 5P4SA 4QJ9A 4FRSA 4Y3HA 2PSUA 1EPQE 1HXBA 3IXOA 1MT9A 1E5OE 1QBTA 4L7HA 4Y3MA 5P1EA 3UDNA 3FX5A 3O9DA 5DR8A 4Q1WA 5IVRA 4I10A 3NU3A 5P1WA 1K6PA 7UPJA 5P7JA 3TPPA 2WEBA 4FAFA 4EWOA 2G27A 4Y36A 5P8KA 1ZJ7A 4Y4JA 5P89A 2QMFA 3OU3A 5P4RA 4PZWA 5P7XA 5P12A 3OU1B 5P05A 5P6SA 5P1FA 4MC6A 5P2HA 2HPFA 5P50A 5P4KA 4BEKA 2JE4A 2O40A 1B6KA 3KT5A 5P6IA 3L5CA 2PYMA 1IVPA 2APRA 3QI1A 4OBHA 2PQZA 3ER3E 3VF3A 5P2TA 3GGAA 3QROA 5P69A 5ER1E 4YD7A 4LHHA 5OZQA 4ER2E 2I0DA 3SLZA 4Y4TA 4B72A 1FG8C 3L3AA 1SBGA 1YTGA 4GJ8A 2OHPA 3OGQA 3PB5A 3SFCA 1E82E 5P04A 5OZ1A 4I0EA 4PYVA 4GJDA 2VIEA 5P25A 4Y3RA 5P0RA 4U7VA 4J0TA 5OZXA 5P0QA 3NYGA 4Y39A 3OAGB 5P2WA 5AH9A 3IA9A 3Q70A 5P2UA 2R3TA 2FNSA 3PEPA 1W51A 5P1AA 4AA8A 4MC9A 2RSPA 2QHCA 1XN3A 4OBKA 3RSVA 1BWBA 3K5DA 5P6TA 3L59A 1CPIA 1F34A 5P3SA 1BWAA 5P0KA 4APRE 3L58A 2G1NA 5P7VA 4DJQA 1YM2A 5AH7A 1HPSA 1LYWB 4WY1A 3FNTA 5P2MA 1ZBGA 3Q4BA 1E81E 5P2IA 3QRSA 1DIFA 4YDGA 5OYZA 4H3JA 5P2YA 2G21A 5P70A 3LNKA 4Y57A 5DQ4A 4X7IA 1SGZA 5P1OA 5P8HA 3T7QA 3KFSA 4GJAA 5COOA 5P1UA 1GVUA 5P7KA 5P55A 2AVMA 1NH0A 2HB2A 4Y5KA 5P5FA 5P8PA 1YTIA 5P1CA 5P1KA 4DQGA 4Z4XA 1SGUA 1Z1HA 2B7FA 3PGIA 1APUE 4L7GA 3Q3TA 2VIJA 4OBZB 1HPXA 3TPLA 3VFBA 1PPKE 2AVSA 5KR1A 3CMSA 2NMYA 3K5FA 3C9XA 5P4VA 4B1CA 5COKA 1HSGA 5P1SA 4GJ7A 5P63A 4YCKA 5SY2A 4EJDA 1ZAPA 1OHRA 3OUDB 3HBOA 3DCRA 5EZZA 5P06A 5P1YA 3SM2A 4I0FA 2B8VA 2I4QA 3SA6A 5P0CA 1QRPE 5I3VA 5P66A 5P8UA 2PH8A 5OZZA 1W5VA 3I25A 4Y3FA 3IVHA 4KE0A 2ZHUA 5IVSA 4I0DA 1KJ7A 4FM6A 4DJRA 5P49A 3LIXA 5P5QA 5P41A 3BVBA 3NDUA 5P4WA 1B5FA 1HIIA 2NNPA 3UQWA 5P16A 2P83A 3HW1A 5TOLA 1QS8A 1EBZA 2QP8A 5P26A 2NXDA 5I70A 5P59A 2R9BA 5P5AA 4K4RA 5P1HA 2WF0A 3VV8A 5F00A 5P4EA 5P3BA 4DJXA 5CLMA 4NPUA 1ZSRA 5P29A 5OZAA 5DQ2A 3DJKA 5P6CA 2HS2A 5E5KA 1AVFA 4DJVA 4FLGA 3ST5A 5P7LA 2AQUA 2ER7E 5P6BA 3T3CA 1GNNA 2Z54A 4B1DA 4Y45A 2AOIA 1HVJA 4F73A 3CKRA 1SIPA 1TQFA 3K1WA 5OZIA 4K4PA 4A6CA 4Y5LA 4RROA 1KZKA 3DK1A 3UDHA 5P3EA 3GGVA 3OOZA 3NWQA 1YX9A 2J9JA 3KYRA 5J25A 1W50A 4ACUA 3NU5A 2UXZA 4QJ6A 5P00A 5C9BA 4QLHA 1A30A 5FIVA 3PWRA 3SA7A 2OHTA 1D4YA 3A2OA 3APPA 4HLAA 3LIQA 3PHVA 1IZIA 3H5BA 2FDEA 5OZ6A 2OHSA 4ZPGA 4L1AA 3D91A 5P11A 5P6YA 4B77A 4YBFA 4BFBA 1MVPA 3SQFA 4HZTA 1FQ7A 2NXLA 2AOJA 1EPNE 3K5GA 2AZBA 3LZSA 2FGVA 3DUYA 2QI4A 5P6KA 5HU1A 2R43A 4HA5A 1NPAA 5P0GA 1PSAA 5P48A 4BFDA 1HPOA 1G0VA 3OQDA 1U8GA 1HVIA 5P7FA 3ZL7A 4LC7A 4TRYA 1BV9A 4GJ6A 4F75A 4D85A 4OD9A 5C9DA 3EL5A 3QBFA 3L38A 5P65A 4PHVA 1C6ZA 2PSGA 1BILA 5OZFA 1EPOE 3MSLA 3B80A 4Y4AA 5P1XA 1N49A 2NTRA 4DJUA 3UFLA 5OZOA 3TKWA 4Y3SA 5I3WA 5P3UA 4EPJA 4EHCA 4B05A 4H1EA 1LV1A 3D1XA 4J0YA 3FKTA 1KJFA 5P0PA 4Y5PA 1MSMA 5P2DA 5P7IA 1J71A 3NU9A 1B11A 4FRJA 4CPQA 3CKPA 4CKUA 2O4NA 1LF4A 4CPXA 3T6IA 4CPUA 5P0OA 3S8IA 4Y5MA 4DQCA 4OC6A 3SA5A 2ZYEA 4HE9A 1IIQA 2R5PA 2EWYA 4WY6A 4B70A 5OZ8A 5P3XA 2HPEA 1C70A 2QHZA 2F81A 2BKSA 3AUPA 6FIVA 2MIPA 5KQYA 1EPRE 5KOSA 4J1CA 4KB9A 4CPRA 3O9IA 4ZLSA 4RZ1A 2QI5A 5OZMA 4YD4A 1IDBA 3PJ6A 5HVPA 2OHUA 3OXVA 3DM6A 5P57A 3NDWA 5OZLA 1AM5A 3BC4A 3EM4A 2VS2A 1SDVA 3QVIA 1LYBB 1BDQA 5AHCA 4YE3A 3KFPA 5P6AA 4LXMA 5P6JA 1C6XA 3UQXA 2ANLA 1M0BA 5P3PA 5P1IA 1K2CA 2WF4A 5P0MA 5P3LA 5HU0A 4Y5BA 5P5XA 4J17A 5KQZA 3FV3A 4YOBA 2FDDA 2NXMA 4F74A 4AZYA 3HLOA 5DPZA 5P31A 5P7UA 2BPZA 2CEMA 4M8XA 1WKRA 1KJ4A 3ZKQA 4A6BA 2QNPA 2G22A 4GIDA 2QI1A 1BDLA 3VEUA 5HDVA 2F3EA 2FMBA 4UPJA 1HTFA 3G70A 1HVLA 5DR1A 5P1JA 2R5QA 3INDA 1IZDA 3ZKSA 5P3YA 1HSHA 2VA5A 4I0IA 1GNMA 5AHBA 2R3WA 5P72A 2AOHA 1QBUA 5P35A 2PK6A 4RCEA 4ACXA 3KMYA 2HB3A 5P2GA 5P6EA 3GGXA 1T7IA 4RVJA 5P3DA 4J1IA 1W6IA 2BPYA 4MC2A 2ZHSA 3SA4A 5P76A 4IVTA 3IAWA 4LP9A 4DJWA 4Y3ZA 4AA9A 5P1LA 3R1GB 5OZ3A 3EKYA 5P08A 2BQVA 3UPJA 5BWYA 1G6LA 3QIHA 1PFZA 1HVCA 4GJCA 5P6LA 5P0HA 4DI2A 2AIDA 5P87A 5P8GA 3OU1A 5P0VA 2ZJKA 4DQFA 3NU4A 2QZKA 4GMIA 5P5PA 1BBSA 2UY0A 1SIVA 1D4KA 3OADB 2SAMA 5P5IA 3O9GA 2OHKA 4U7QA 3OU4B 3OHFA 3Q6YA 5DR4A 5P8DA 2FIVA 5P84A 3KMXA 2FXDA 4N00A 1WBKA 2G1SA 3N4LA 5KR0A 3R4BA 2I0AA 3OTSA 3UCBA 4MC1A 3LPIA 3KDBA 3PI0A 4COEA 1YT9A 4Y3YA 1TCWA 3EMYA 2ZJMA 5P32A 5P6UA 8HVPA 5P2ZA 5P6PA 4NJTA 5P7RA 2IL2A 1GVWA 3S53A 3TOFA 4DUSA 2JXRA 4DPIA 2NMZA 5IVTA 3INFA 2I4XA 5OZCA 4DQEA 1FGCC 2R8NA 5P73A 1XE6A 3OAGA 2P3CA 3D20A 3BXSA 2ZE1A 3WB4A 2F3KA 2OHMA 2QK5A 5P85A 3VYDA 5P10A 4RVXA 2FLEA 3EKPA 3ZKIA 4L6BA 2Z4OA 5P4TA 3T7XA 2V00A 2QI3A 2R38A 4DQBA 2FXEA 2VJ6A 1HVRA 5P7PA 2VJ7A 4YD3A 3RTHA 1FG6C 4I12A 2G1YA 1HVHA 4YD6A 5P5HA 1LYWA 2HC0A 3I7EA 5P36A 3UTLA 5OYTA 4Y4XA 2BPVA 1MIQA 3PI5A 4Y3PA 4Y4EA 4ER1E 4GZFA 3O9AA 5P4DA 2QI0A 1GKTA 3D3TA 4DVFA 2QD8A 5P82A 5P4GA 2WEAA 4RRNA 3O99A 5P4LA 2PK5A 1EC0A 2AVQA 5P24A 4F76A 3JVYA 4ZPEA 4HDFA 2O4SA 4L7JA 1DMPA 4RYGA 2AZ8A 2IQGA 3QRMA 3RSXA 1FEJC 4J1HA 5P2JA 5P47A 2QMPA 3GI0A 5P8IA 2G20A 1FF0C 3EKTA 3VUCA 4OBZA 3LZYA 4ZSMA 3S43B 5P6RA 5P61A 3NWXA 3BUFA 2WF3A 3NLSA 5P0FA 3EM3A 5P0WA 3INHA 3IGBA 4PZXA 4Y6MA 1WBMA 4Y5NA 2QU3A 5AH8A 5P03A 3OUDA 2XYEA 4OBFA 1BXQA 2I4WA 4EQJA 3VFAA 1GVTA 2P3BB 3S85A 3L5FA 5AH6A 4GJ9A 5P6WA 1RPIA 1MTBA 3O9LB 3OOTA 4Q1XA 1TSQA 4Y3TA 3GW5A 3ZLQA 1SH9A 4XKXA 1BXOA 1DP5A 2P8HA 3D1YA 5P1VA 4EYRA 4Y3GA 2WF1A 2WF2A 3OXXA 4Q1YA 5P86A 3F9QA 4YDFA 5P23A 4JPEA 2VNMA 2ZJHA 5P3TA 3S54A 5P0EA 5P56A 2ER6E 1SP5A 3TL9A 5ISJA 5P6FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR0 A;  3OQK A;  5P6Q A;  3PRS A;  1LZQ A;  3IN3 A;  4Y9W A;  2FDP A;  5P6Z A;  2QHY A;  1ODY A;  3Q5H A;  1HIH A;  5DR7 A;  1RNE A;  5OZD A;  3PM4 A;  2QMD A;  3UDR A;  2NPH A;  5OZ4 A;  5P8E A;  2IRZ A;  1ER8 E;  2ZJJ A;  4Y58 A;  1IVQ A;  3EXO A;  4GJ5 A;  3D1Z A;  4R91 A;  3PLD A;  5P6H A;  3S56 A;  1MET A;  5OYY A;  1B5F B;  4H3G A;  3OHH A;  2REN A;  3HAU A;  5P5O A;  5P0Y A;  4FAE A;  3NDT A;  5P8Q A;  3K5C A;  5JFP A;  5P5W A;  5P0S A;  5P6X A;  4Y44 A;  1B6J A;  2HAH A;  4GYE A;  2QD6 A;  4JOO A;  3OUB A;  2IDW A;  5P2C A;  3BXR A;  5P7T A;  1FMU A;  5P1N A;  2QZL A;  5OZ5 A;  2CEN A;  5P2E A;  3VV7 A;  3ECG A;  4CMS A;  4J5J A;  3OQA A;  3TPR A;  1HBV A;  3O9H A;  5P7G A;  3ZKM A;  2ASI A;  5P2N A;  5P3V A;  4Y4W A;  4OBJ A;  2Q63 A;  3NSH A;  1XS7 D;  5P5C A;  1C6Y A;  1EBY A;  2J9J B;  1ZTZ A;  5P1D A;  5P8O A;  1AAQ A;  3LPK A;  5I3Y A;  2QCI A;  3JVW A;  1FIV A;  1HXW A;  4Y38 A;  4Y43 A;  4ZSR A;  5OYV A;  4JPC A;  1CMS A;  5P30 A;  3BVA A;  2P3D A;  4B1E A;  4Y4U A;  2AVV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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