5P5LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 246
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5lA01
5OYSA 3SACA 5ENMA 5P75A 1W50A 4KUPA 4YD6A 1ZAPA 2ZJNA 4FM8A 5P6JA 4FM6A 3JW2A 1QS8A 3O9CA 3AIDA 2FLEA 5P34A 3NYGA 1E82E 1BV7A 4M8YA 1T6EX 2AZ9A 3ZKGA 4CPSA 5P5BA 3I2LA 2HS1A 3T7QA 5P5SA 3HVGA 2OHUA 5P4VA 2QI5A 5OZ6A 2VNMA 4I0GA 3EXOA 4L7JA 1FQ4A 3LITA 1BXOA 5OYVA 1Q9PA 2WECA 5OYYA 3UFNA 5P1WA 5P7NA 1FF0C 1LS5A 1HVIA 3OQDA 4AMTA 3O9EA 2VIJA 3TKGA 5TOLA 5P4YA 5SZ9A 4F75A 4PYVA 1XN3A 5P5XA 2Q5KA 5P5AA 5P4PA 1FQ5A 5P5MA 2O4NA 3RTMA 1PPLE 5P1CA 4X7IA 3MSLA 5DGUA 2AQUA 4H3FA 5P3MA 3OQFA 4PEPA 3G72A 4D8CA 2Z54A 3LPIA 1LV1A 3ZOVA 5C9BA 1EPPE 3NSHA 1SDTA 4OD9B 2JJIA 2WKZA 1DAZC 2NXDA 3K4VC 2Q11A 5P2QA 4ER2E 2I4VA 5P7BA 2HPEA 5P6NA 4Y3LA 1TZSA 3INEA 2QI0A 3UPJA 2ZHTA 4E43A 1ODYA 4TVGA 4B77A 1HSHA 3VCMA 1T7IA 3EC0A 5P3DA 1FFIC 3O9LA 2CEMA 1FGCC 1LF3A 4LXKA 2P83A 2FXEA 3Q5HA 5P4SA 5DQ2A 3F9QA 5P07A 1C6ZA 1ZJ7A 2I4DA 4Y5KA 5OZVA 4NPTA 2EWYA 1QRPE 2QP8A 5P44A 3ER5E 2BPXA 2I0DA 4Y41A 1OEWA 5OZUA 5P5EA 4F74A 5P8OA 3KFPA 1Z1RA 3D3TA 5P88A 1M0BA 3KFNA 5OZ7A 3VF7A 5OZCA 4Y3PA 3T7PA 2XFKA 1LYBA 3BVAA 3BXSA 5P1IA 4J0ZA 5P49A 5P1TA 2WF0A 2ZHSA 4YD4A 3IAWA 5OZMA 5AH7A 1FG6C 2NR6A 1MERA 4I0HA 1GNMA 3APRE 3WB4A 4HDBA 2JXRA 3CIDA 5I3WA 1K6CA 5P7HA 3SPKA 1KJHA 4B1CA 2QU2A 3VF3A 2IS0A 2PSGA 3QVCA 5P50A 5P5NA 5P0PA 5P3QA 5P69A 4WTUA 5P3VA 4OD9A 7UPJA 3SKGA 3DCKA 1SIPA 4J1IA 5P2TA 5P8DA 4XX3A 4RYCA 1QBRA 1B6LA 5BS4A 4H3GA 5P6UA 1RV7A 3SA6A 2PSUA 1LYWA 2QNPA 1DIFA 3OU1A 4RCEA 5P7UA 4CKUA 1ZBGA 5COKA 5P7TA 1T7KA 3BHEA 3TPRA 5P5DA 3QBHA 3PB5A 3INFA 3SA3A 5EZXA 1CPIA 1APUE 5AH6A 2G69A 1E81E 4Y9WA 5P3SA 5DQCA 4EWOA 1EPRE 3DOXA 5P7FA 4Y5EA 4MC1A 5KQXA 4EQJA 1UH7A 5J25A 4FRJA 3R1GB 5P01A 5P63A 1IZEA 4FGXA 4GJ5A 2XFJA 1OHRA 5DQ5A 3JVWA 5P3UA 5P2FA 5P2JA 2G1NA 3EKYA 4Y4AA 5P83A 2VKMA 4Z22A 5KR0A 3Q70A 1W51A 3OADA 5P3GA 5P48A 5P3ZA 1G35A 2B7ZA 5P2WA 3OUAA 2JJJA 4PHVA 3NU3A 4Q5MA 5DQ4A 3NU4A 4ZSQA 3I6OA 3KT5A 3MWSA 1SBGA 4EQ0A 5P3OA 1D4HA 5DR1A 2ZJLA 5P0MA 3SA5A 3TL9A 5P5TA 5P3BA 4OBHA 1C70A 5HDZA 4BELA 2IGXA 4B1EA 4ZLSA 5DR3A 4OBZB 2G20A 4TRZA 1MEUA 2UPJA 1APWE 5HDVA 5P37A 4QJ6A 2PQZA 2AZBA 2O4SA 1FKNA 5OZ0A 5P74A 3CIBA 1EC0A 5OZAA 3PJ6A 5HE5A 2F8GA 3L5DA 2QZWA 5P4UA 4BFBA 2WF1A 2Q15A 2V16C 1K6VA 5P2RA 5P6GA 9HVPA 1ER8E 3OK9A 1B5FA 2I4UA 3GI0A 4YDGA 4F76A 2ER6E 3KF0A 4I0ZA 1KJFA 4ZIPA 2QI7A 3NDXA 5P2CA 4JOOA 2ZJKA 3IVIA 4J0PA 3IXJA 5P8VA 5P4WA 1G0VA 4RCDA 4QJ9A 3IN3A 5P3KA 5P5YA 3N3IA 1NSOA 3EL0A 3OWNA 4Y54A 2WL0A 1META 4BFDA 4ZPEA 3PM4A 3GI4A 4RLDA 4Y5AA 2BBBA 3ZKIA 4YD7A 1KZKA 3PBDA 3O9IA 1AIDA 2PH8A 1G2KA 3SLZA 4YD3A 3Q6YA 1WBKA 2QMDA 5P8UA 2FDPA 2AOGA 3FKTA 5P17A 4MC6A 4J0YA 2HB2A 1C6XA 3LNKA 3TH9A 5P51A 5C9FA 2BPZA 1HVHA 2NMYA 3INDA 4ZPFA 1HIVA 3MSJA 5P65A 4DI2A 3O9BA 4DQFA 1F7AA 3PVKA 4Y4DA 6FIVA 2ZHUA 1SDVA 4K4RA 5P0GA 1B6MA 4Y3XA 5P03A 1MVPA 3HBOA 3NUJA 1XN2A 2Q55A 5P4EA 1MIQA 4KB9A 4HE9A 4APEA 3FNTA 3BUFA 5P1KA 4CPTA 3L38A 1BIMA 1A8GA 5OZWA 2BKTA 5P73A 1A30A 4R8YA 5HD0A 1PFZA 2QNQA 2IKUA 2G22A 3URIA 3IVHA 2O4KA 1LF4A 5P4LA 1HVCA 1T7JA 1M43A 3WB5A 2P3BB 2R43A 3PLLA 5P04A 3PI5A 1IZIA 1MUIA 3SA9A 2QD8A 3T6IA 4OBDA 5P62A 4B05A 4RGHA 4YBFA 1ZPKA 2Q3KA 1KJ7A 2BB9A 2PWRA 5P6VA 5P0JA 2R8NA 3PSGA 3HAUA 3L5FA 5P6LA 1FB7A 3BGCA 2IKOA 4DJPA 2OHRA 5P67A 3TKWA 4EXHA 4EPJA 4FSEA 3CMSA 1ME6A 1CMSA 5P68A 5HDXA 1J71A 3PEPA 3TOHA 2V00A 5IVSA 5AH9A 2RKGA 3HAWA 3KDDA 5ENKA 1UH8A 5DR0A 2NXLA 2ZGAA 3SFCA 3VYFA 2FIVA 2O4LA 4DV9A 3LIYA 4LP9A 5P6BA 2UY0A 2R3WA 4D89A 1EPLE 3VEUA 2OHPA 4R91A 1QDMA 2I4QA 4Y35A 1DPJA 1D4JA 5CONA 2R3TA 1MT7A 1EBWA 5SY3A 1BBSA 4Y58A 5P6QA 1D4YA 3PSUA 5P7XA 3MXDA 1HWRA 3NDTA 5P60A 4CPUA 4Y4XA 3L5CA 1IBQA 2IEOA 4ZE6A 3BC4A 5P4GA 4GJBA 2AVQA 1BVEA 5P12A 5P3AA 4FM7A 5P8PA 5P08A 1OD1A 2WF3A 3KA2A 1IVPA 3INHA 1B6PA 2WHHA 1PSNA 2P3BA 2WEDA 3UF3A 1NH0A 4LC7A 5OZOA 1BWBA 2PWCA 2PC0A 3QIHA 4A6CA 2OHTA 1A8KA 4I8WA 5P2HA 3L5BA 3SA7A 4K4PA 2BKSA 3ZKXA 3KMYA 4Y5NA 5P5IA 4K8SA 4ER1E 4J5JA 5P8TA 2R9BA 5KR1A 5P8FA 2PK5A 4B72A 1HOSA 3OXCA 4LXAA 1E5OE 3NR6A 5P0RA 3CKRA 5P86A 3EKVA 2VA7A 3KFRA 5P66A 1NPAA 3O9DA 4YBIA 3EM4A 3PGIA 1SMRA 5OYZA 3PWRA 2F80A 4R95A 3OXXA 4Y4GA 2B42A 3MXEA 5I3XA 3H0BA 3UQWA 1MT8A 5P52A 5P26A 3HVPA 3UQPA 5P33A 5KOSA 4TVHA 5P46A 3OAGA 4I12A 3OXVA 1W6IA 3GGUA 2G26A 5P4NA 5P0OA 4QJAA 2A4FA 1YM2A 4OC6B 5P0UA 5P19A 5E5JA 4GIDA 2BPVA 2IL2A 4RRSA 5P3JA 5OZPA 5P1XA 3QI1A 1FMBA 2OHLA 5OZIA 4N00A 1ENTE 3WZ7A 4Y4BA 1W5YA 1F34A 5P6DA 3FNUA 1ZSRA 5P2XA 3FIVA 4HDFA 2P3DA 2PYNA 4GJDA 5P70A 4TRYA 3EL9A 2CENA 2QZKA 3MSKA 4FSLA 4Y5BA 2VIYA 3CKPA 2NMZA 4DJWA 3OOZA 3QN8A 1HVRA 5P1MA 1HTEA 1HVJA 3LPKA 5P23A 3ZLQA 5P6PA 5P7VA 5DQ1A 4QJ7A 5P3NA 1SMEA 5P1EA 5P0EA 2QZLA 5P5WA 3ZKQA 3DV1A 3OOTA 3QP0A 3HLOA 5P6OA 5OZBA 3TPPA 4I0JA 5HE4A 3OUBA 5IS4A 5P6AA 5KOQA 2WJOA 5P1PA 4JECA 5P1DA 5P5VA 1APVE 2Q63A 5DPZA 1HPOA 1LYAB 2QMFA 5P3HA 4Y3HA 5P00A 3EBZA 4EYRA 5P1SA 3OGPA 3NDUA 5KR2A 3GGVA 4DFGA 4BEKA 1K6TA 5OZDA 5P6CA 2VIZA 4YE3A 4Y3WA 3KFSA 5P2YA 3UFLA 1APTE 5P6TA 1IZHA 2I1AA 4PZXA 4A4QA 4DPIA 2G1YA 1TW7A 3D91A 4CPXA 1GVVA 3M9FA 1SGUA 2AODA 1BXQA 4OC6A 2APRA 1T3RA 2ZE1A 1HVKA 3OTYA 3SKFA 2FGUA 4LHHA 2QU3A 4X2LA 5P0YA 4EP2A 3L59A 4I1CA 4NJTA 5HU0A 5AHAA 4K9HA 5P6HA 8HVPA 5P8AA 4Y36A 4Z4XA 3NU6A 1EPME 5P43A 5P7YA 1MSNA 2ER7E 3FV3A 5COPA 2ZJIA 5KR8A 1QBUA 2ER9E 5P1UA 3JVYA 1D4IA 1EC1A 5P1ZA 1BDRA 3T11A 5P5QA 5P4FA 1HIIA 5EZZA 3I7EA 3A2OA 3EM3A 2V12C 1HEFE 3KN0A 3QBFA 5P27A 2P3CA 3TOGA 2AVOA 1HTGA 5JFPA 2IGYA 5P1YA 3OQ7A 1IDBA 4Y3TA 5P5OA 2FNTA 3ST5A 1EC2A 5IVRA 5P2NA 5P5RA 1SGZA 1FQXA 3LZVA 3S43B 1W5XA 3NU5A 5P1VA 2IDWA 3PI0A 3KT2A 2V0ZC 4I0DA 1EBKC 4OBGA 3PLDA 4Y3FA 5P2VA 1FG8C 4S1GA 3EKQA 2QHYA 1GNNA 4U7QA 1LYAA 3K5GA 3S45A 1BVGA 1XS7D 4YDFA 1FIVA 4FRIA 5JODA 3LZUA 2HB3A 1XL5A 3OHFA 1FEJC 5DGWA 4EXGA 1GKTA 4Y3GA 2OAHA 4EJ8A 2J9JB 3OQAA 4IVTA 2ZJHA 2G21A 4HVPA 1GVWA 3NLSA 5P0HA 5P0FA 1TCWA 2QMPA 3OHHA 3EKTA 4I0EA 5P85A 5OZRA 2V11C 3ZKSA 4DQCA 4FS4A 1A9MA 5P71A 2WF2A 4H1EA 1IDAA 2P8HA 2ANLA 3LINA 4GZFA 2MIPA 2RSPA 3LHGA 5P1RA 2JE4A 3ZPSA 5OZHA 5I3VA 3GI5A 1YTIA 5OZJA 5P8RA 2A1EA 2G1OA 3KMXA 5AHBA 3S85A 1YTHA 3Q3TA 3S8IA 4Y44A 1FMUA 5OZ2A 3TLHA 3OQKA 4RROA 3OUCA 5P0QA 5P5FA 4J0VA 4GJ6A 3IGBA 3NWQA 1AZ5A 3QPJA 4B1DA 4UPJA 2QI1A 2ZHRA 3ER3E 4Y4JA 1IVQA 1HVSA 2SAMA 1JLDA 4Y3RA 3DCRA 5OZYA 3UTLA 1AXAA 4GJ7A 4DJUA 5P1FA 1FFFC 5P4OA 4DJVA 2FDEA 1D4SA 5P06A 1G6LA 4Y5MA 5OZ9A 4I11A 1QBSA 3VV6A 1SP5A 5P8LA 3HZCA 5I3YA 5P4DA 5P2BA 3LIVA 4RVJA 2G24A 3U71A 2QAKA 4JPEA 5P7DA 3L58A 4MC2A 3G70A 4D85A 5P3YA 2B7FA 3CKTA 3VF5A 3RTNA 3LIZA 5P2ZA 4ACXA 3LPJA 5OYUA 2FDDA 4DQEA 3D1YA 4RVIA 5P7WA 2H6SA 5P7GA 1LZQA 3URJA 4GYEA 5P6WA 4DH6A 4DUSA 1DW6C 3UDMA 3UDJA 3UDNA 2QZXA 2FMBA 5DR7A 5P14A 2AOHA 4YCKA 4PPHA 4OBZA 2AOCA 1UH9A 1W6HA 2HM1A 2RKFA 2J9JA 3QVIA 5P7JA 4J1KA 1K1UA 3VUCA 2PH6A 3GI6A 3SA4A 1EPOE 3VV8A 1M4HA 1IIQA 4B00A 4R5NA 4Y43A 1TCXA 2ZJMA 3PMUA 2OHNA 1U8GA 1A94A 4I8ZA 4Y4EA 5P0AA 4CPQA 5P16A 5P7LA 1PSOE 3ZMGA 5OZTA 3NWXA 2OHKA 1HIHA 1YTJA 2QD6A 3CYWA 3GGAA 5F01A 3UHLA 5P4BA 5P6FA 4NKKA 3ZKMA 4NJSA 5ER2E 4EHCA 3IA9A 2B60A 5I70A 1DMPA 3KYRA 2ASIA 4AA9A 1EC3A 5P8EA 1AM5A 5P42A 4YOBA 2OF0A 5OZ1A 2O40A 3S7LA 4ZSRA 5P78A 2B8LA 3BUHA 4Y39A 4FRSA 3UQXA 4D88A 3H5BA 2AVMA 2VA5A 5P41A 5OZNA 3K5FA 5P3FA 3BVBA 4LL3A 4QLHA 5P10A 3K5DA 5P09A 5P20A 4NJVA 1HTFA 2ZDZA 5OZFA 3ZPTA 1AJVA 5P6XA 3OU4B 5HE7A 3R4BA 3VLBA 4FRKA 5P7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYS A;  3SAC A;  5ENM A;  5P75 A;  1W50 A;  4KUP A;  4YD6 A;  1ZAP A;  2ZJN A;  4FM8 A;  5P6J A;  4FM6 A;  3JW2 A;  1QS8 A;  3O9C A;  3AID A;  2FLE A;  5P34 A;  3NYG A;  1E82 E;  1BV7 A;  4M8Y A;  1T6E X;  2AZ9 A;  3ZKG A;  4CPS A;  5P5B A;  3I2L A;  2HS1 A;  3T7Q A;  5P5S A;  3HVG A;  2OHU A;  5P4V A;  2QI5 A;  5OZ6 A;  2VNM A;  4I0G A;  3EXO A;  4L7J A;  1FQ4 A;  3LIT A;  1BXO A;  5OYV A;  1Q9P A;  2WEC A;  5OYY A;  3UFN A;  5P1W A;  5P7N A;  1FF0 C;  1LS5 A;  1HVI A;  3OQD A;  4AMT A;  3O9E A;  2VIJ A;  3TKG A;  5TOL A;  5P4Y A;  5SZ9 A;  4F75 A;  4PYV A;  1XN3 A;  5P5X A;  2Q5K A;  5P5A A;  5P4P A;  1FQ5 A;  5P5M A;  2O4N A;  3RTM A;  1PPL E;  5P1C A;  4X7I A;  3MSL A;  5DGU A;  2AQU A;  4H3F A;  5P3M A;  3OQF A;  4PEP A;  3G72 A;  4D8C A;  2Z54 A;  3LPI A;  1LV1 A;  3ZOV A;  5C9B A;  1EPP E;  3NSH A;  1SDT A;  4OD9 B;  2JJI A;  2WKZ A;  1DAZ C;  2NXD A;  3K4V C;  2Q11 A;  5P2Q A;  4ER2 E;  2I4V A;  5P7B A;  2HPE A;  5P6N A;  4Y3L A;  1TZS A;  3INE A;  2QI0 A;  3UPJ A;  2ZHT A;  4E43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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