5P5MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 247
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5mA01
1SIPA 4HDFA 2PSUA 5P07A 1HPVA 4IVSA 5P2CA 2QU3A 4APEA 3EL5A 2HPFA 1HEFE 1SDUA 2R38A 1SGUA 3K5GA 4B77A 3U7SA 4YCTA 2XFJA 2UPJA 1MT8A 4GJ5A 4QGIA 3IXOA 3URLA 1BBSA 3PSYA 5P51A 5P3HA 3PI0A 3SACA 3DM6A 5P6RA 2I4QA 5BRYA 3SKGA 5P4GA 2PMAA 3ZKGA 3VSXA 5SZ9A 4K8SA 5P89A 3KFSA 1LEEA 3NWXA 3QBHA 5P4IA 4J17A 3EC0A 4WTUA 5P5QA 2Q55A 1NPVA 1XS7D 1TQFA 2G1RA 1IZEA 4PHVA 1HWRA 5P5BA 4Y45A 1DMPA 2WKZA 4CPSA 5P2DA 1GVUA 5P39A 3MSJA 4I10A 3VF7A 4Y3HA 2F81A 3IXJA 4OBZB 3PJ6A 5P5NA 4HVPA 4DJWA 5HCTA 2QNQA 3EKWA 4GJDA 5OZWA 4J0VA 4MC6A 2NTRA 5P6BA 5AH7A 5P7GA 3QI1A 2HIZA 1E82E 2BKTA 1XE5A 5P0TA 1T7IA 2H6SA 3KN0A 5P0KA 2RSPA 3FIVA 2XFIA 5DR0A 3TKWA 4YD3A 5DQ2A 3SA7A 5P8LA 3O99A 1E80E 2VNMA 4Y3LA 3N4LA 2XFKA 3NDTA 1Q9PA 3OU4B 5P4RA 3T11A 3TTPA 2WJOA 5DQ4A 3NU9A 4Y4GA 2V12C 1N49A 1PPME 5TOLA 2HB4A 4B0QA 4Y57A 5DGWA 1D4SA 1QRPE 2QMPA 3ZMGA 4AA9A 1ZP8A 1K2BA 4Y3XA 5IE1A 3QRMA 4Y5PA 2NMZA 4K4RA 5P7LA 2CEMA 5P4BA 4Y58A 2P3BB 3Q70A 2IL2A 5P8OA 1BILA 1B5FA 1ZAPA 4OBJA 3OY4A 5B18A 1LYAB 3WSJA 2OHNA 1K1UA 4D83A 3UDYA 5P81A 3FSMA 4K4QA 4FM6A 3NXEA 1SIVA 1B6MA 5P43A 1E81E 5SY2A 5HVPA 3ZLQA 3QVCA 3APRE 1GVWA 3SA6A 2RMPA 4TRWA 1SMEA 2AVQA 5P44A 5P8AA 1LF3A 4TVHA 1C70A 5OYWA 2HPEA 3LIQA 3JVYA 4F73A 1FMXA 5P26A 2FDPA 5P67A 3OUDA 4GJ8A 4LXKA 1UH8A 3OAGA 5IVTA 4I12A 5PEPA 1RPIA 3RU1A 1SDTA 5P06A 4J1HA 5P2IA 4Y53A 5P3XA 5P4TA 5P0CA 5CLMA 5P2HA 3ZPTA 2WEBA 3BGCA 4A4QA 5P13A 3IA9A 2OHMA 4ER1E 5P3EA 4Z50A 3O9FA 3PMUA 5P3CA 3JVWA 1WBMA 3SFCA 3TOHA 2B7ZA 2BB9A 4YA8A 6APRE 1K6VA 2QAKA 3DK1A 3OUBA 3ER3E 3TKGA 4Y3AA 1W50A 3LPKA 1WBKA 4DV9A 5P2BA 5P1FA 4E43A 1ZPAA 5OYVA 1HVHA 5P38A 3TPPA 1SDVA 5OZBA 2VIYA 2O4KA 4JP9A 5P78A 4HLAA 2B7FA 3SA5A 2AVVA 4RRNA 1A30A 5OZRA 3SM1A 5AH6A 1BWBA 5P7SA 5OZOA 4Y5BA 3IVIA 3VV8A 1MESA 2NPHA 3MXDA 2OHQA 4Y4DA 2HB2A 1NSOA 2VA6A 2PQZA 4JECA 3S7MA 2BPVA 4OBFA 5P3TA 2VKMA 5KR0A 2P3AA 5HU0A 1AAQA 1B6JA 2XYEA 2PYMA 3LIZA 2JXRA 5P10A 8HVPA 2HM1A 3F9QA 5P7BA 5HTZA 3OHFA 5AHAA 5P3RA 4PZXA 3FNSA 5ER2E 2NNPA 5OZFA 3L59A 2A4FA 5KQFA 3CICA 4FRIA 1META 3VYFA 4EP2A 5P6NA 4LP9A 4EJDA 4BFBA 3L5DA 5P0ZA 4CPWA 4KE1A 3N3IA 4L6BA 3S85A 3OQAA 4OC6B 1GVTA 4QJ2A 5P15A 1IDAA 1W5WA 5P41A 3ER5E 4Z2ZA 3EM3A 3MXEA 3BUFA 2R5PA 4Y37A 2QI5A 4J1KA 2I4DA 3T7PA 2FXDA 4KB9A 4DJVA 4Q1WA 2ZJKA 2PH8A 2QNPA 5P11A 1U8GA 1QS8A 1FFFC 2ER9E 1D4LA 2OHRA 1EAGA 5P1VA 5P2MA 3OUAA 5P0AA 5P6TA 5OZ0A 4NJUA 2FXEA 5P5ZA 2WF1A 3D1XA 4DH6A 4Y4WA 3L5FA 5P6QA 5P6LA 3SM2A 4EQ0A 3QPJA 2HC0A 1HTEA 5OZ4A 2BPYA 5P5WA 1IBQA 2J9JA 4QJ8A 2OHLA 1K6TA 2ZE1A 2I1AA 4HDPA 2VS2A 3SABA 1SH9A 3OQDA 5P0RA 3KF0A 3HDKA 5OZNA 5P3BA 4Q1YA 5OZ7A 3FNTA 1GVXA 2O4NA 5P6KA 1EC1A 2G26A 5P1XA 3VLBA 4FGXA 1IZIA 4LXMA 1C6XA 4I0DA 3OHHA 5P73A 5P3JA 5P7MA 5OZAA 5P3KA 5P0BA 1HSHA 5P3AA 4A6CA 3U71A 4YE3A 3VF3A 3CKPA 5P76A 5AHBA 3PBDA 4DJQA 1T6EX 1AJXA 4DQHA 4R93A 5P5EA 3LIYA 5KOQA 2BKSA 5P6OA 4Q1NA 3L38A 1HVKA 4BEKA 1FQ8A 2ASIA 4Y6MA 3D3TA 1ZSRA 3TPJA 3FX5A 4PPHA 4Y3WA 5ER1E 5KR8A 1SBGA 4M8XA 5EZZA 2RENA 4CMSA 5P6SA 2ZDZA 4EP3A 1HVCA 1TCXA 3NU3A 5OZ3A 2V00A 3UQWA 5KR1A 1FB7A 1DAZC 5E5JA 1BDRA 3GI6A 3OADB 3OXWA 3LPJA 1OD1A 5P2UA 5P5IA 1F7AA 4X2LA 4LBTA 5P52A 5P5KA 2ZHUA 1PPLE 5P1RA 3SKFA 5P3GA 1IVQA 2QZKA 5P2WA 5P1SA 3L5CA 5AHCA 5P7NA 3TNEA 3UDJA 4FAFA 5P5DA 1PFZA 5P5YA 5P1WA 4B1DA 2ZGAA 4K4PA 5P2QA 3NWQA 5P69A 1XE6A 4YOBA 1D4HA 5P7AA 5P47A 3QBFA 5P8UA 2NR6A 5P0WA 2OHUA 5P4UA 5P7RA 5P70A 3IN4A 1C6ZA 2HB3A 1ER8E 1RNEA 2F8GA 5IVSA 5OZXA 3ZKNA 4Y35A 4FL8A 1LYBB 3PWMA 4OC6A 5HE5A 5UPJA 5C9FA 4Y4JA 5P34A 2NXMA 1T7KA 5COKA 3OXVA 5OZYA 5P77A 5AGZA 1ZJ7A 4DI2A 5P7XA 5EZXA 1AM5A 4R92A 4B05A 1PSAA 5T4SA 4CP7A 4DJPA 5P8GA 1FMBA 5P53A 4H3GA 4J0TA 2QHZA 3I6OA 1B5FB 5P63A 4ZEAA 3SO9A 1HOSA 2IQGA 1MTRA 3TLHA 4HZTA 5I3XA 1YM2A 4FSLA 5P4XA 5P2EA 3KFNA 1W5VA 3KDBA 3PGIA 5P7DA 3KDDA 2AZ8A 5P40A 5J25A 5P45A 5P6UA 1BIMA 5P7JA 2QMDA 5P3ZA 4ER2E 3O9GA 5P32A 4EJLA 4LL3A 4JPCA 1LZQA 4BFDA 1HVRA 4EJKA 1EBKC 4QJAA 5P1KA 2ANLA 3OAGB 2IEOA 3EL9A 4YBFA 1D4JA 5OZJA 3S53A 4S1GA 4RVXA 1XDHA 1M0BA 1Z1HA 3HVGA 4Y41A 3R4BA 5ENMA 4J0ZA 4RCDA 1IZDA 2JJJA 3VFBA 5OYTA 1WKRA 3VEUA 4RVIA 3LINA 2AIDA 3CYXA 2AOEA 5P8TA 5P8EA 3WZ8A 2F3KA 3D20A 5P7PA 1ZBGA 5P83A 4Y5NA 2IKOA 1HRNA 4B00A 2NNKA 1FQ5A 3OADA 5P18A 2QZXA 5F00A 1TSUA 5P79A 5OZ2A 1B6PA 3ZKMA 3EKTA 2CEJA 1PSNA 3BUHA 1YTGA 5P8HA 2AOJA 2R3WA 3GGXA 5P65A 4YD4A 3BVAA 4XX3A 4OD9B 1YTJA 3PMYA 4J1CA 5P28A 3RTHA 1BXOA 5IS4A 1A94A 3K4VA 2UXZA 5P1GA 4I0FA 3UHLA 1CPIA 2WECA 5HD0A 2PWCA 5ISKA 3GI0A 3BC4A 3PCZA 2AOFA 3PRSA 3VFAA 1QDMA 1ZLFA 3H5BA 5P8VA 3S7LA 5P2NA 2G1NA 5P1YA 1GVVA 2WF4A 5KAOA 5OZSA 5OYQA 3IGBA 2I0AA 3LNKA 4H3FA 4ACUA 5P03A 1LYBA 1BV9A 2VIZA 1B6LA 1DIFA 3ZL7A 5P2SA 1QBUA 1YTHA 2OHKA 1EPME 4TRZA 4Y3EA 4Y3YA 3S43A 4I8WA 4RGHA 2WL0A 3UQPA 5OZVA 1A9MA 5JG1A 3PWRA 5P8MA 4Y5GA 4YDGA 2SAMA 3UQUA 2AVSA 3CYWA 3K5DA 2EWYA 2WF3A 4ZSRA 2QMGA 1FIVA 4RLDA 3OQFA 5OZ5A 3O9LA 3OU3A 3EMYA 5P1DA 2AODA 2O4SA 4Y50A 4R8YA 2QNNA 1EPQE 1MTBA 2J9JB 4WY1A 2G1SA 3TOFA 5P4DA 5KOSA 5OZZA 4GJ7A 5OZPA 5P2ZA 1QBRA 3VV6A 4DJRA 3UDRA 2O40A 3INFA 3UFLA 4Y38A 4D8CA 5COOA 1KJFA 3NUJA 3INDA 5OZ9A 3NU6A 3PI5A 3LHGA 4Z22A 2F3EA 3QRVA 5P4OA 5P5XA 4FCOA 1EPPE 5P80A 5P2AA 4Y3GA 3HW1A 2P8HA 3IXKA 5I3VA 4ZPGA 3NUOA 2F3FA 2QHCA 1HSGA 3O9DA 3S45A 2BJUA 5DQ5A 5F01A 2FGUA 5P4NA 3M9FA 4Y3RA 1YTIA 1LV1A 5KQYA 5P6HA 4RRSA 5P0OA 1SP5A 4EXGA 5P74A 5P2RA 3CKTA 4EYRA 4YBIA 3TOGA 2MIPA 3G70A 3PHVA 4GJBA 4FRKA 3FNUA 5CONA 5P56A 5P22A 1T3RA 2XYFA 1FFIC 4I11A 1MT7A 5P3FA 2PK5A 1RV7A 4DPFA 3ZKSA 5P5PA 2B60A 2QU2A 5P6YA 4DJXA 1G35A 5P59A 5P0NA 2V0ZC 5OYZA 4Y3SA 3K5CA 4Y3DA 4OD9A 5P2JA 4CKUA 5HU1A 1ZSFA 5P33A 3AIDA 3SA4A 5AH9A 3URIA 1GKTA 5P4AA 1BAIA 4BELA 5P8FA 1BDQA 2IKUA 4CPTA 1YT9A 1KJHA 5P4FA 5P68A 4MC9A 1EPLE 2QMFA 5P6WA 3EKPA 4Y5EA 2A1EA 5DPZA 2QI6A 1IZHA 1MRWA 5P1ZA 2IDWA 2ER0E 9HVPA 5P24A 5COPA 2AOGA 3UDPA 4D89A 4GJ6A 3EXOA 4AZYA 2FNSA 2B8LA 4NJVA 1BV7A 2RKGA 5OZKA 3PSUA 5P08A 5P5RA 2NMYA 5P5OA 3BGBA 2ZHVA 3OTSA 1FQXA 1ENTE 3PVKA 5P0VA 5P3IA 1ME6A 4OBDA 5P57A 5DR3A 1BXQA 1YG9A 1G6LA 1G2KA 1G0VA 2R5QA 4I1CA 5P35A 5P8RA 5P3MA 1HVJA 2PC0A 1SGZA 5P20A 1EBYA 5P29A 4DQGA 4B72A 1RQ9A 5P46A 3KM4A 3RVIA 2PWRA 4L1AA 2F80A 3S8IA 5P7EA 1EC2A 3SAAA 4J0PA 3UDKA 2AVMA 2JE4A 4QJ6A 5P4SA 5P2OA 1HTRB 4U7VA 3BVBA 5P8JA 4DPIA 4GYEA 5P0HA 4GMIA 5P5AA 5P30A 3FV3A 4DJYA 4A6BA 5P6DA 5P4VA 5P7FA 1FG6C 3R2FA 3DJKA 3LZVA 5P16A 5P7IA 1MVPA 3UDMA 3OGQA 5P1UA 1OHRA 5P8BA 4Y39A 5P6EA 4H3IA 3HAWA 1FEJC 1KJGA 3BHEA 1A8KA 3UTLA 2RKFA 5P7ZA 4CPRA 3GI4A 5DR4A 4MC1A 4ZLSA 5DGUA 4PZWA 5DQCA 2FGVA 3GGVA 5P61A 3O9BA 1OEWA 5OZQA 5P3WA 4Y43A 1FQ7A 2P3DA 2QHYA 1TW7A 1A8GA 3BRAA 5P54A 5P2GA 5AH8A 1VIJA 5P3DA 5P3LA 4GZFA 3NSHA 5JFUA 2R8NA 5P2XA 1ODXA 2ZJIA 3QVIA 2AOCA 3UPJA 6UPJA 2Z54A 2G1YA 2QI4A 4DVFA 5BS4A 4Y4BA 4EWOA 3BUGA 4YOAA 1GNOA 1D4YA 2FIVA 4Y48A 3NR6A 1QBSA 5P1JA 5P17A 5P0UA 3VG1A 5P36A 4FIVA 4Y5CA 4XX4A 2WF0A 3OQ7A 1IVPA 3G6ZA 5P3SA 1M4HA 5P62A 1YX9A 1APUE 5P2LA 5P8PA 3QS1A 4Y4UA 3RTMA 5I3YA 2P4JA 1FQ6A 2QI3A 3OUCA 4PYVA 1JLDA 1APTE 4ZPFA 4Y3TA 5P0PA 1EPOE 3OGPA 3QROA 1HXWA 5P6JA 2G21A 5P6FA 4DUSA 4Y56A 5P8DA 1UH9A 3T6IA 3OK9A 2WHHA 3QAAA 5P72A 2ZJJA 5P23A 3LIXA 1AZ5A 5IVRA 2PSGA 3S43B 3CKRA 3Q3TA 2PH6A 4Y5LA 5SY3A 4J1FA 1MT9A 3CIDA 1MRXA 5P0EA 4GIDA 2NXDA 5P1HA 5P04A 1AJVA 5P85A 2VA5A 2ZJHA 3PWWA 5P82A 4R5NA 1FKNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SIP A;  4HDF A;  2PSU A;  5P07 A;  1HPV A;  4IVS A;  5P2C A;  2QU3 A;  4APE A;  3EL5 A;  2HPF A;  1HEF E;  1SDU A;  2R38 A;  1SGU A;  3K5G A;  4B77 A;  3U7S A;  4YCT A;  2XFJ A;  2UPJ A;  1MT8 A;  4GJ5 A;  4QGI A;  3IXO A;  3URL A;  1BBS A;  3PSY A;  5P51 A;  5P3H A;  3PI0 A;  3SAC A;  3DM6 A;  5P6R A;  2I4Q A;  5BRY A;  3SKG A;  5P4G A;  2PMA A;  3ZKG A;  3VSX A;  5SZ9 A;  4K8S A;  5P89 A;  3KFS A;  1LEE A;  3NWX A;  3QBH A;  5P4I A;  4J17 A;  3EC0 A;  4WTU A;  5P5Q A;  2Q55 A;  1NPV A;  1XS7 D;  1TQF A;  2G1R A;  1IZE A;  4PHV A;  1HWR A;  5P5B A;  4Y45 A;  1DMP A;  2WKZ A;  4CPS A;  5P2D A;  1GVU A;  5P39 A;  3MSJ A;  4I10 A;  3VF7 A;  4Y3H A;  2F81 A;  3IXJ A;  4OBZ B;  3PJ6 A;  5P5N A;  4HVP A;  4DJW A;  5HCT A;  2QNQ A;  3EKW A;  4GJD A;  5OZW A;  4J0V A;  4MC6 A;  2NTR A;  5P6B A;  5AH7 A;  5P7G A;  3QI1 A;  2HIZ A;  1E82 E;  2BKT A;  1XE5 A;  5P0T A;  1T7I A;  2H6S A;  3KN0 A;  5P0K A;  2RSP A;  3FIV A;  2XFI A;  5DR0 A;  3TKW A;  4YD3 A;  5DQ2 A;  3SA7 A;  5P8L A;  3O99 A;  1E80 E;  2VNM A;  4Y3L A;  3N4L A;  2XFK A;  3NDT A;  1Q9P A;  3OU4 B;  5P4R A;  3T11 A;  3TTP A;  2WJO A;  5DQ4 A;  3NU9 A;  4Y4G A;  2V12 C;  1N49 A;  1PPM E;  5TOL A;  2HB4 A;  4B0Q A;  4Y57 A;  5DGW A;  1D4S A;  1QRP E;  2QMP A;  3ZMG A;  4AA9 A;  1ZP8 A;  1K2B A;  4Y3X A;  5IE1 A;  3QRM A;  4Y5P A;  2NMZ A;  4K4R A;  5P7L A;  2CEM A;  5P4B A;  4Y58 A;  2P3B B;  3Q70 A;  2IL2 A;  5P8O A;  1BIL A;  1B5F A;  1ZAP A;  4OBJ A;  3OY4 A;  5B18 A;  1LYA B;  3WSJ A;  2OHN A;  1K1U A;  4D83 A;  3UDY A;  5P81 A;  3FSM A;  4K4Q A;  4FM6 A;  3NXE A;  1SIV A;  1B6M A;  5P43 A;  1E81 E;  5SY2 A;  5HVP A;  3ZLQ A;  3QVC A;  3APR E;  1GVW A;  3SA6 A;  2RMP A;  4TRW A;  1SME A;  2AVQ A;  5P44 A;  5P8A A;  1LF3 A;  4TVH A;  1C70 A;  5OYW A;  2HPE A;  3LIQ A;  3JVY A;  4F73 A;  1FMX A;  5P26 A;  2FDP A;  5P67 A;  3OUD A;  4GJ8 A;  4LXK A;  1UH8 A;  3OAG A;  5IVT A;  4I12 A;  5PEP A;  1RPI A;  3RU1 A;  1SDT A;  5P06 A;  4J1H A;  5P2I A;  4Y53 A;  5P3X A;  5P4T A;  5P0C A;  5CLM A;  5P2H A;  3ZPT A;  2WEB A;  3BGC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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