5P5NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 248
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5nA01
3TPLA 2G1RA 4TRZA 2QMDA 2H6SA 3OUAA 1LYBB 5P7XA 4CP7A 3T6IA 2BPZA 4YHQA 1BWBA 2AOEA 1IDBA 3FV3A 4WY1A 1AM5A 1BIMA 3VCMA 4EP2A 4HLAA 1RQ9A 5DQ5A 5OZHA 1EC3A 5DPZA 4CPWA 2IDWA 2Q64A 3HW1A 2QI5A 3T11A 2NR6A 4PPHA 3VLBA 1LZQA 5P6YA 1D4KA 4DJVA 1K2CA 2ASIA 3SM2A 4R8YA 5HU1A 5BWYA 1FMBA 3QAAA 4Y48A 4YBFA 4RVJA 3OU1A 5P5TA 2F8GA 5P8QA 4Y41A 4ACXA 5IS4A 1HIVA 1T3RA 4YCTA 5P1SA 5DR4A 5P71A 4B78A 1BILA 4Y37A 5P4ZA 1G0VA 3SM1A 3VYFA 1B6PA 5P8IA 3LPKA 3GGAA 5P5WA 1HVRA 3DJKA 3BGCA 2OHNA 4Y3NA 4Z4XA 1MVPA 4QJ9A 5P6EA 2J9KA 4QGIA 1B6KA 5P3VA 2P3BA 3OXWA 4YE3A 2JYSA 4ZIPA 5P59A 3VUCA 2HM1A 1TSUA 1ER8E 3K5FA 4ZPEA 1SIVA 2R8NA 3ZPTA 5P1WA 3OOZA 5IVSA 2Q3KA 1A9MA 2FXDA 5P3UA 3S7LA 2AOCA 5AGZA 1TSQA 3C9XA 4DQEA 1SDTA 5P43A 1E81E 4Y3ZA 3FSMA 2G20A 3NWXA 1B5FA 4Y44A 5SY3A 5COOA 1EPRE 5P84A 1FMXA 2ZHUA 2Q63A 2FNTA 3LIVA 3LHGA 5P61A 2QNQA 4OBKA 1XN3A 5P28A 5P25A 4RZ1A 1HVSA 5P2XA 4FE6A 2IGYA 4MC9A 5P5MA 5SY2A 3NYGA 1UH7A 5P6IA 5P0GA 3UDHA 4H3IA 3VEUA 4Y9WA 3KM4A 2IL2A 4F73A 4I10A 3WZ7A 5P5FA 4LHHA 3PI5A 3INDA 4L7HA 2G1NA 3NU5A 7HVPA 4Q1WA 2NPHA 1Z1RA 4YD5A 5P40A 3I25A 5P2WA 1YTGA 5P02A 5DR3A 3S54A 1T7KA 1D4HA 2WF4A 2QD8A 5P3HA 3PGIA 3APRE 7UPJA 4B77A 1A30A 2PK6A 1HTEA 3OY4A 2P83A 4GB2A 5P1CA 3GGVA 5P09A 5P3MA 3OXXA 3L5BA 5P44A 1QBUA 1FGCC 5P6JA 1SMRA 5P33A 3IN3A 5P7PA 5P2GA 3KYRA 3OHFA 5P46A 4DV9A 1JLDA 4Y4EA 5P45A 1HIHA 3VG1A 2HIZA 2QZXA 3PCWA 4PEPA 5OZ1A 3D91A 1N49A 2HB2A 1M4HA 2V10C 4A6CA 5P0KA 3O9HA 5DGWA 2QI6A 5P7LA 4L7JA 5P89A 2AOFA 5P18A 5P3RA 2JXRA 5P4DA 5KR2A 5P80A 5EZXA 5P37A 4FM6A 5HE7A 5P87A 1FKNA 4LC7A 3FNSA 4BELA 4N00A 3KA2A 1DW6C 5P4IA 2FLEA 3VV7A 2PWCA 1FLHA 2ANLA 5OZ6A 3T3CA 2VA5A 1YX9A 5OYVA 5P3JA 4FCOA 2AVOA 2PH6A 3WB5A 4DQBA 3D20A 5P0DA 1GVVA 2B8LA 1IZDA 3A2OA 4RCEA 1MTRA 5I3YA 3IA9A 3EL5A 5P4SA 2R43A 2G69A 2AZBA 3KT5A 2AVSA 1ZPAA 4ZLSA 5P5AA 4DJWA 1U8GA 3CMSA 5P8CA 5P2FA 5JFPA 4YD4A 1MRXA 5P6TA 2G21A 5CLMA 3GI5A 1WKRA 4RGHA 1MEUA 2WEDA 5P23A 4DJYA 1G6LA 3ZKXA 5P8RA 3OGQA 1M0BA 4DJQA 1G2KA 3L5DA 3DCRA 1MPPA 2I4DA 1KZKA 5P7QA 5P51A 3PWWA 1PPKE 1AAQA 5P8AA 2RSPA 4RVIA 3PMUA 3PBDA 1FF0C 2JJJA 2O40A 2B7FA 1PPLE 1HTFA 4GJCA 3SABA 1EC0A 4YD6A 4ZSQA 4DPFA 5OZMA 4Y3PA 3SPKA 5P58A 4AA8A 4KE1A 2OHQA 3QVIA 3EL1A 1IIQA 2G27A 4L1AA 5B18A 1E80E 3WSJA 1AXAA 3QBFA 5P4PA 3VF3A 5P4EA 3NDWA 5P7TA 2NXLA 4Y38A 3L58A 5P31A 2VA7A 2WKZA 2BPYA 2QMGA 5C9FA 5P0YA 4J17A 1MT8A 4FS4A 3TPPA 5P76A 3O9FA 4XX4A 5P16A 5OZ2A 3L5CA 4GZFA 5P8SA 3B7VA 1PSAA 1CZIE 3VF5A 2R9BA 4R5NA 4Y36A 1FEJC 5P1EA 2ZHSA 4JPEA 5P69A 4TVGA 4Y4AA 3HVGA 1VIKA 4GJ8A 5P3KA 3KDCA 4I0JA 3S43A 5OZ8A 4HEGA 1ENTE 1VIJA 3UTLA 1LYWA 4J1EA 4QJ2A 2FS4A 4K4RA 5OZ3A 5P56A 3O9GA 4Y4XA 3MSKA 2F3FA 5P7NA 5P64A 1HSHA 3KFSA 4RLDA 1DIFA 3DV1A 4R95A 5OZ5A 4LP9A 5OZFA 2WEAA 4EYRA 5P8LA 1BVEA 4I0EA 5P3SA 4GJAA 3L5FA 4RCFA 3KDBA 5AH6A 3GI0A 5P34A 4MC6A 1HOSA 4GIDA 5P05A 4CMSA 5P1IA 1XL5A 2OF0A 3URIA 2IS0A 5P2UA 3AUPA 4FRSA 2BKSA 3JVYA 4YDFA 6FIVA 3MXDA 4RRSA 3T7PA 4Y3QA 4J0VA 1MTBA 4Y5EA 1PFZA 1B6LA 4NJTA 1EPPE 3VSWA 2RENA 4EXGA 1FQ6A 4MC2A 1IDAA 1ZBGA 3KFRA 4I0DA 5P2ZA 1E82E 5P7CA 2RMPA 1BXOA 1XE6A 1ZSFA 3LNKA 1HIIA 4H3GA 4KE0A 5OYQA 3L38A 5P0UA 1KJFA 5P79A 1RPIA 1MT7A 5KQFA 3D1ZA 1HTGA 3ZKIA 3LPJA 4FIVA 1C6ZA 4I0GA 2AOJA 3PBZA 5P03A 3OUDA 1SMEA 3BGBA 5P3WA 4YD3A 3GI6A 4Y3SA 5AHBA 3Q70A 4NJVA 1B6JA 3LIXA 3EM3A 3DM6A 5P66A 3QVCA 5ER2E 2ZGAA 3SLZA 1FFIC 5OZYA 5P0AA 5P7YA 5P5BA 1DP5A 5KOQA 1PSOE 2Q5KA 4L6BA 1AVFA 1EBZA 3QP0A 5P1JA 5SXNA 1IBQA 4Y5LA 3GGUA 1A8GA 4OC6B 5P6HA 4HDFA 4DQCA 3OOTA 5P5YA 1YT9A 5P2MA 5OZRA 1TQFA 4BFBA 5P2BA 2IRZA 2VIJA 4HDBA 4B1CA 5E5JA 2QD7A 2WECA 4YDGA 3OU1B 2VNMA 3OADA 3TOFA 2QZLA 1GVTA 4J1CA 2BKTA 5P6DA 3HAWA 1FG6C 4Y3YA 5OZ9A 4ZE6A 5P5HA 4Y3MA 3NDXA 4Y3WA 5P3DA 2H6TA 5P1ZA 4LXAA 4B1EA 2ZDZA 3T7XA 1CMSA 2PH8A 2QI1A 3EKTA 5P3CA 3TOHA 2AOHA 3PSGA 4Y54A 3D1YA 4GJ7A 4M8YA 4CPRA 1B6MA 5P8NA 1HPOA 4Y3GA 3QROA 4Y45A 4Y4UA 5OZUA 1HSGA 5P1DA 1META 4ZPFA 1EBYA 5KAOA 4K4PA 1ODYA 4RROA 5P63A 2J9JB 4RYCA 3LIYA 5P41A 5P6MA 1YTIA 2V13A 3QRMA 4MC1A 4KB9A 4X7IA 5P8JA 2SAMA 1HEGE 3R1GB 1RV7A 4A6BA 5P0NA 3NU4A 1B5FB 1LYAA 3CYXA 2RKFA 4Z2ZA 2O4PA 1UH8A 5P0FA 4D85A 2AIDA 4Y3HA 4PYVA 5HU0A 2AZCA 5P75A 5P57A 3T7QA 1A94A 4FM7A 3ZL7A 4K4QA 5P1BA 5P4BA 5P7IA 5P6RA 3K1WA 4Y35A 4LXKA 3ZMGA 5ENMA 2IKOA 3WZ6A 2HB4A 4EXHA 4S1GA 2AOGA 2WEBA 4GJDA 3EBZA 3ZKGA 2B7ZA 3PSUA 3UCBA 4YBIA 4DI2A 3UQXA 2B60A 5OZGA 4DPIA 5P6VA 2UPJA 4Y3LA 2PSUA 5P5IA 5P1XA 3CYWA 4EPJA 5COKA 1MESA 5F00A 4RRNA 2AVVA 5P0HA 5P2OA 3SA7A 1NPVA 2V11C 3UFNA 4JP9A 4EJDA 1GVWA 5P11A 5P3EA 3S53A 1LYBA 1MIQA 1BDLA 5F01A 1RNEA 3NU9A 5P7VA 5P6GA 5P53A 3BVBA 2HS2A 3S2OA 4EQ0A 5P73A 4Q1YA 1BBSA 4Y4TA 5P1VA 5P3IA 1J71A 2QU3A 4DFGA 3HDKA 1HXWA 4B1DA 3BRAA 2F80A 4Y5PA 3OQKA 2PYMA 2BB9A 1QRPE 5AHCA 1MRWA 3OUCA 5OYUA 4Q5MA 1W51A 3KFPA 5P3GA 1T6GA 2WF1A 1HEFE 2I4UA 3PVKA 5P0JA 2FIVA 2I1AA 5P0EA 5P52A 5P13A 4R93A 4I8WA 4OBZA 3MXEA 3O9LA 5ISJA 4E43A 1APWE 4FL8A 1SGUA 4J0TA 5P55A 3OTYA 3ZKQA 5P3AA 2QNPA 5HVPA 4YCYA 4BFDA 1AJVA 1QBRA 5P4JA 4Y50A 2VNNA 4HVPA 1TW7A 5P6BA 1T7IA 4H1EA 1ZPKA 3U71A 1C6YA 1ZTZA 5J25A 2OHSA 5P7WA 2QHCA 1EBWA 4A4QA 6APRE 4YD7A 1Z8CA 4Y51A 1GNNA 2ER7E 3NLSA 4ZPGA 3UQUA 5P68A 5P6WA 5P77A 3EKPA 4NKKA 2R5QA 2ZHTA 2G94A 4HZTA 5OZOA 3K5DA 2P3CA 4Y5KA 4Z22A 3VFBA 4Q1XA 1W6HA 5IE1A 3ZKSA 3O99A 3NXEA 3S8IA 5P32A 4J1IA 4CPQA 3BVAA 5P27A 5P6OA 2Z54A 4J1FA 5P08A 1EPME 2O4LA 3SA4A 3SKFA 4D88A 5P2YA 5P4OA 5P5OA 5P67A 3VSXA 5P5XA 1LF3A 3EKVA 5P0BA 1EAGA 1MUIA 3VV6A 3OQ7A 2QMPA 1AJXA 5P4XA 5P8OA 3I6OA 5P5JA 3URLA 1BDRA 3SA6A 3UQPA 5AH7A 2G1YA 3MSLA 1K6PA 4I0FA 1K1UA 3UDNA 5P24A 2P3DA 4B00A 4CPXA 5P14A 8HVPA 2WF0A 4EJLA 5DQ2A 5P7AA 2CEMA 5OZEA 2Q15A 4Y5MA 5IVRA 1W50A 4DJOA 5DR0A 2QI4A 3JW2A 4Y5GA 2HB3A 3VLAA 1EEDP 2ZJKA 3OQAA 5P0ZA 1APUE 5P3XA 5P8BA 5T4SA 2VS2A 1WBKA 5P8PA 1HPVA 1K2BA 2ZYEA 3HAUA 2G1SA 2I4QA 4FSLA 3O9IA 4Y3AA 5P7JA 4X2LA 5JODA 1HWRA 5P1PA 2RKGA 3I7EA 3S43B 1AIDA 4Y3FA 3TPJA 3FIVA 1LYWB 1HHPA 3ZLQA 3LZSA 5P7FA 3U6AA 2AQUA 5OZCA 2OHLA 3OUBA 5JG1A 4RYGA 1RL8A 5OYYA 2O4NA 4J0ZA 4YOBA 1T6EX 1FQ7A 5P3PA 3LITA 2QU2A 4J1HA 5P6ZA 3QBHA 3NUOA 4LBTA 4Y3EA 3UDJA 3CKRA 4OBFA 5P6SA 5HDXA 3EKWA 4RCDA 4R92A 1YM4A 1YM2A 1D4JA 2QD6A 2XYFA 3PLDA 3Q3TA 2BBBA 3CIDA 2FDEA 1BV9A 5ENKA 1BV7A 1NPAA 5P2AA 5KR1A 3OQDA 2QP8A 1D4SA 5P4RA 5P7UA 1XDHA 4QJ8A 5P50A 5P10A 5P8HA 1LF4A 3VYEA 5P8MA 2XYEA 5P29A 5P6UA 3SACA 2VIZA 2PSGA 3OAGB 2VA6A 5P81A 3HBOA 4HE9A 2NMZA 2NTRA 5P6LA 3EM4A 3TL9A 3BC4A 5ER1E 4ZEAA 5PEPA 2NXDA 1LS5A 3NDTA 5P6CA 4L7GA 4U7VA 5P06A 3K5CA 3OUDB 2V00A 4OD9A 5P4GA 2VJ7A 3OU4A 4QLHA 2MIPA 3QRSA 3I2LA 5P0RA 5OYXA 5P7ZA 3PRSA 4Y53A 5OZ0A 2VIYA 2Q54A 5P2CA 1SH9A 2XFKA 5I3WA 4Y56A 2ZJMA 3L59A 1F7AA 5P2HA 5OYRA 1BAIA 4F74A 3MWSA 5UPJA 1EBKC 1EPLE 5P4MA 5IVTA 5P8KA 1PPME 5P6QA 3H0BA 5DR7A 3OXVA 2G1OA 2OHPA 5P5QA 3WB4A 4AA9A 2QZWA 4B70A 2CENA 1MSMA 4YCKA 1BXQA 3EC0A 2QMFA 4GJ5A 3UFLA 4EJKA 2AOIA 3ZPUA 5C9DA 5P1MA 3AIDA 5P0MA 1K1TA 5P2QA 3OADB 5P1LA 2OHUA 4OBGA 2PK5A 5P72A 4Y58A 1SIPA 3Q6YA 4I1CA 4OBJA 4Y3TA 2OHMA 3K4VA 1XE5A 4JPCA 1BDQA 3K5GA 3G72A 5EZZA 2QCIA 5P00A 4ZSRA 1W6IA 3FKTA 3SO9A 5P1QA 3NU6A 4U7QA 1K6TA 3PI0A 5P3NA 5P8TA 5KQZA 4DJXA 3G70A 4DH6A 4LAPA 5BS4A 3EKXA 5P4TA 3FNTA 1FG8C 3NUJA 4TRYA 5P1KA 5BRYA 3KMYA 5P4WA 3DCKA 1IZHA 3IAWA 1SDUA 4DVFA 2BQVA 2VJ9A 5P48A 5C9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPL A;  2G1R A;  4TRZ A;  2QMD A;  2H6S A;  3OUA A;  1LYB B;  5P7X A;  4CP7 A;  3T6I A;  2BPZ A;  4YHQ A;  1BWB A;  2AOE A;  1IDB A;  3FV3 A;  4WY1 A;  1AM5 A;  1BIM A;  3VCM A;  4EP2 A;  4HLA A;  1RQ9 A;  5DQ5 A;  5OZH A;  1EC3 A;  5DPZ A;  4CPW A;  2IDW A;  2Q64 A;  3HW1 A;  2QI5 A;  3T11 A;  2NR6 A;  4PPH A;  3VLB A;  1LZQ A;  5P6Y A;  1D4K A;  4DJV A;  1K2C A;  2ASI A;  3SM2 A;  4R8Y A;  5HU1 A;  5BWY A;  1FMB A;  3QAA A;  4Y48 A;  4YBF A;  4RVJ A;  3OU1 A;  5P5T A;  2F8G A;  5P8Q A;  4Y41 A;  4ACX A;  5IS4 A;  1HIV A;  1T3R A;  4YCT A;  5P1S A;  5DR4 A;  5P71 A;  4B78 A;  1BIL A;  4Y37 A;  5P4Z A;  1G0V A;  3SM1 A;  3VYF A;  1B6P A;  5P8I A;  3LPK A;  3GGA A;  5P5W A;  1HVR A;  3DJK A;  3BGC A;  2OHN A;  4Y3N A;  4Z4X A;  1MVP A;  4QJ9 A;  5P6E A;  2J9K A;  4QGI A;  1B6K A;  5P3V A;  2P3B A;  3OXW A;  4YE3 A;  2JYS A;  4ZIP A;  5P59 A;  3VUC A;  2HM1 A;  1TSU A;  1ER8 E;  3K5F A;  4ZPE A;  1SIV A;  2R8N A;  3ZPT A;  5P1W A;  3OOZ A;  5IVS A;  2Q3K A;  1A9M A;  2FXD A;  5P3U A;  3S7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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