5P5OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 249
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5oA01
4FSLA 5P8CA 5P09A 5P5BA 1GKTA 3GI5A 1PPKE 4DVFA 3GI0A 1C70A 2QNNA 3OXXA 5P0UA 3INDA 3B80A 1W50A 3O9GA 3TNEA 3NU9A 4R8YA 2IS0A 3T7QA 1T7KA 5P1NA 3SM2A 4XKXA 5C9DA 5DGWA 5C9BA 1EPME 2QI6A 2OHRA 5P29A 5HE4A 1HVHA 4F73A 4YD7A 2AVQA 4PZWA 3UCBA 4Y4DA 3QP0A 4FCOA 3LIXA 1PSNA 3VYEA 3OY4A 5OZ2A 3PSYA 4ACXA 5P3KA 3K4VA 5CLMA 4DFGA 4WY6A 4ZE6A 1HXBA 5P6VA 5P8EA 4Y43A 4QJ2A 2WKZA 3O9EA 4EYRA 4B1DA 5P3YA 5P25A 5OZAA 4I0JA 4GZFA 5DR7A 3UDPA 3WZ6A 1ENTE 4J0PA 4DPIA 3CKRA 2RKGA 4YBIA 1W6IA 1HTGA 5P4GA 5P2DA 5P3NA 5P2NA 2VJ7A 4HZTA 5P53A 5P0CA 5I3XA 5JFPA 1K6VA 5OZSA 4R92A 4YCYA 2B7ZA 2FGUA 2JE4A 2QZKA 5P6FA 1IVQA 4Y44A 4F76A 3NLSA 3SA7A 3DCRA 4LXAA 6FIVA 2NXLA 2OHLA 2OAHA 5KR8A 4DQBA 5P1MA 1FLHA 3O99A 5AH6A 4YOBA 3PBDA 4ZPFA 4J1FA 5P8QA 5P12A 2VA7A 3NDTA 2R43A 5AGZA 1MPPA 3LIVA 2HS1A 2G26A 3SABA 2BKTA 5P74A 3OHHA 4Y54A 5P0FA 5P5FA 1LYAA 3EXOA 1GVTA 2ER7E 2ZHTA 3EL1A 2QHZA 2WF0A 5P4UA 1D4YA 4HA5A 5P28A 1A9MA 3Q6YA 3OU4B 2V00A 4L7GA 3ZKGA 4CPWA 5P7AA 3RTHA 4Q1XA 5P8NA 3SAAA 4Y35A 4XXSA 3EM3A 1HXWA 5C9FA 5OZ6A 1FMUA 1XN3A 2G22A 3HAUA 5P8OA 3S7LA 1GVXA 4Y3RA 4AZYA 2B60A 1B6PA 4CPUA 3RTMA 4YCKA 5P04A 3PMYA 4DJUA 1HPXA 3Q5HA 4JPCA 1FB7A 3VYFA 4DI2A 4H3IA 5KR1A 2PYNA 5P3EA 1D4KA 4H3FA 2ASIA 2Z54A 3OAGB 2P3AA 2NXDA 1C6ZA 1FQXA 3AIDA 5P68A 3QVIA 3INEA 4DQCA 5P22A 1TCWA 1IZEA 1AZ5A 5P5OA 2PK6A 1K6TA 4B00A 2FIVA 2ZJHA 2WECA 1A30A 1HVKA 2O4LA 5P7NA 3EKWA 1SBGA 2G1NA 5P71A 3LPIA 1SDUA 2OHSA 2AOCA 3OU1A 5OYXA 3PM4A 5P4BA 2ZHUA 5P7XA 5P0BA 4XX3A 5P07A 5P0KA 3DK1A 2A4FA 2B42A 1TSQA 2APRA 3HAWA 5OZLA 5P4VA 5P17A 3IXKA 2G20A 4Y3PA 1QRPE 1YG9A 5KQZA 5P7PA 5P4CA 5P0TA 2XFIA 4HDPA 4K9HA 1NPAA 3O9FA 4Y3NA 5KR0A 4U8WA 2AODA 3GGAA 2P3BA 7UPJA 1BDQA 1SMEA 2HC0A 1BXQA 1LF2A 4OBZB 1ODXA 3KM4A 4J1IA 3O9BA 2XFKA 3OXCA 1IZIA 1B6LA 2HB4A 1GNNA 5OZTA 3NXEA 5P14A 4CPQA 3O9AA 4AA9A 1B6MA 4JOOA 5P3SA 5P5CA 2V16C 2R5PA 4M8YA 3U7SA 4DH6A 5P64A 5P4SA 5P3XA 5OZVA 1E80E 3EKVA 5IE1A 2Q11A 1B6JA 3R0YA 3OTSA 5P5ZA 1APTE 4Y4BA 5P0DA 3KDBA 2QD7A 5P8DA 1EEDP 1FG8C 1W5WA 5P6RA 5P4HA 4L7JA 5P5HA 4Y45A 4J0VA 3O9IA 2F8GA 1W51A 5P34A 3WB4A 4Y3SA 5P6UA 2VNNA 3O9LA 3UDQA 4DQHA 5JG1A 5P57A 3IGBA 1DIFA 4Y5GA 4Y5LA 3NWXA 2FNTA 3KFSA 3QIHA 4GMIA 5EZZA 4N00A 2I0AA 1KZKA 3SPKA 3LIYA 3SM1A 5P6PA 2VIEA 3OQKA 5P4YA 4Y5AA 5KQYA 3T7XA 1HIVA 4FAFA 1Q9PA 3R2FA 4GJ5A 3PSGA 1GNMA 2ZJKA 5P7VA 5P19A 3BHEA 4L1AB 3BUGA 4J0YA 4EXHA 1DMPA 5P6NA 4ER4E 5P7CA 3PI0A 1HOSA 3ZKNA 1GVVA 4EWOA 6APRE 5P42A 3C9XA 3SFCA 3FSMA 1MERA 4GJAA 2Z4OA 5P5MA 2RKFA 1G35A 2FNSA 4L1AA 4D83A 2FDEA 5P05A 3CYXA 1XL5A 4FRJA 1CZIE 3KMXA 5P3QA 5I3VA 5JFUA 3KFRA 5P3CA 2ZJLA 2PSGA 3IVHA 4OBHA 3T7PA 5P3PA 5P13A 2FS4A 2V13A 5OYQA 5P00A 5P6BA 5HCOA 1CMSA 3VCMA 2AZBA 5P7LA 2RENA 1JLDA 3L59A 3KDCA 2CEJA 3INFA 5P8FA 2HS2A 1KJ4A 5P2TA 4DJYA 4PYVA 4RCFA 3IVIA 2I4QA 1MUIA 5OZRA 3GI4A 5P4KA 3TLHA 2A1EA 2WF2A 5F00A 5J25A 3DV1A 1K6CA 3U71A 1HVRA 1TCXA 5P1ZA 1B5FB 1YTJA 4YDGA 4LAPA 3B7VA 5P0NA 3TL9A 5P5NA 5P54A 2QMPA 3QVCA 5HE5A 3TPJA 2QI7A 4Y3ZA 5P87A 1KJHA 5P6QA 5P3GA 4I0GA 4LBTA 4DV9A 5P1BA 1KJGA 1ZPKA 4B1CA 3IXOA 1HEGE 5P6TA 3OXVA 3PWWA 2AOFA 5OYTA 5P76A 5ENKA 3TKWA 3VG1A 3CMSA 5P83A 4NJUA 3FNSA 4OBJA 1FG6C 2AZCA 2G21A 3JVYA 4J1KA 5P3TA 5P58A 5P56A 3HLOA 5DQ1A 5P7GA 3BUFA 5OZ7A 4Y3JA 3QBFA 5EZXA 4RVXA 5P3VA 3DUYA 3SACA 3PMUA 4GB2A 2BJUA 4HDBA 3UDMA 4EJKA 5BWYA 5P8LA 4RLDA 3GGUA 3NU5A 3INHA 2ZJNA 5OZBA 3OTYA 2OHUA 4FM8A 3NYGA 1AJXA 3PLDA 2VKMA 3TPPA 5P37A 5P43A 1FQ5A 1PSOE 2QI0A 1D4SA 4OBFA 4AMTA 5BRYA 5AH8A 4TRWA 1MEUA 3D1ZA 5OZEA 1IDBA 3AUPA 3UQRA 2JXRA 3PB5A 3SA3A 3NUJA 5P16A 5OYWA 2NXMA 5P4WA 5P6JA 1SGZA 3FKTA 4GIDA 2CEMA 5P5AA 2ZHVA 3QROA 2AOJA 3OHFA 5P2BA 5P8MA 1M0BA 4Y5MA 3HZCA 5OZMA 5P6KA 1PROA 4R91A 4Y5KA 4PZXA 3VFBA 2QAKA 1PSAA 1EBWA 4CMSA 5P2EA 3I8WA 4ER1E 3UDHA 2O4PA 4GJDA 1SIVA 4Y36A 4WTUA 2BB9A 4XX4A 3S53A 3TOGA 4Y4EA 5P7FA 1CPIA 2BPYA 2JJJA 5P8SA 4B70A 4DJXA 5I3WA 5P3IA 5OZIA 1SMRA 5KOQA 1HWRA 4L7HA 5OZKA 1APUE 3LZUA 2G1YA 5HDUA 3BGBA 3HD8A 4Y3DA 5P2XA 3D1YA 3KMYA 5P79A 1ZPAA 2O40A 2QK5A 3LIZA 4X2LA 4A6CA 3SA4A 2NR6A 5P0JA 5ISKA 5P2RA 4JP9A 2PWCA 3SLZA 3ER5E 1OEWA 1FEJC 2QI1A 1BIMA 3L5EA 1EBZA 1FMXA 1LF3A 3OXWA 4LHHA 5P5YA 2VJ9A 2VA6A 3ECGA 3VV6A 2JJIA 2R5QA 1EC3A 2AVMA 3S45A 4K8SA 2VIYA 4Q1NA 4QJ7A 4FLGA 5P5KA 5P72A 3ST5A 1ZP8A 1RQ9A 1DW6C 5P4QA 1HTRB 1B11A 5OZGA 2H6SA 5OZ5A 3HW1A 4RYCA 5P1JA 3I7EA 4Y4ZA 4NJSA 1EPLE 1ZSRA 2PMAA 1MT7A 3UDKA 2QHYA 5P27A 5P49A 2G69A 3KFNA 4F74A 1LV1A 2I4UA 3S54A 3VV8A 4FSEA 5P63A 3LINA 5P2JA 3WB5A 2G1OA 3MSLA 3NU6A 1HTEA 1LYAB 4J54A 3ZKMA 5P2KA 2FXDA 3QI1A 4Y3GA 5P7ZA 2PSUA 4BELA 2IRZA 4RVJA 4CPXA 5P1OA 5HD0A 3O9CA 3APRE 5P6EA 1ZSFA 4LP9A 3ZPSA 4RYGA 2EWYA 5P6AA 2NMYA 5P3ZA 2QI5A 1ZTZA 3Q4BA 5DQ4A 5OZZA 5SY3A 1AIDA 4AA8A 5P0QA 5P69A 2IENA 5P20A 1QBTA 5P1EA 1HVIA 2MIPA 5DPZA 5P0IA 5P5UA 3APPA 3WSJA 3MXDA 3FIVA 5FIVA 1D4LA 5P23A 5E5JA 5HTZA 3O9DA 3QN8A 4RROA 3EKPA 4PHVA 1E5OE 3OWNA 5P8AA 3H0BA 1WBMA 5AHAA 5P4ZA 4TVGA 1HPOA 2WEZA 2O4KA 5P4RA 2PQZA 5ENMA 5P3LA 5P3UA 1C6YA 1YM2A 3EM4A 4DQFA 5HE7A 4CPTA 3ZPUA 2AQUA 5P03A 3OU1B 1UH7A 3KFPA 4OBKA 4OBDA 5P3RA 4COEA 2V11C 5OZCA 4ZSPA 5OZFA 4EQJA 1T7JA 4RCDA 4DUSA 4NPTA 1MVPA 5OYUA 1LYBB 4ACUA 2QP8A 3R1GB 5P33A 4QJAA 1EPRE 5AH9A 1HEFE 1NPWA 5P6LA 4ZLSA 1G2KA 2P3BB 3JW2A 4OC6A 3PGIA 4EP2A 3NUOA 1F7AA 5OZ4A 5P08A 5P0ZA 5P0EA 5DR1A 1FIVA 1LYBA 3HBOA 3TOHA 4DJRA 3PLLA 5P84A 4DQEA 5P0HA 4J0ZA 5P5LA 2F80A 5P3HA 1EBKC 5P6YA 2VIJA 3EMYA 3VSXA 5P6GA 4Y56A 1XS7D 3M9FA 1TZSA 5P5SA 2XYFA 5P1TA 2QZWA 2OHPA 1E81E 1BBSA 3UPJA 5OZWA 5P1AA 5IVQA 2I4XA 4I0EA 5T4SA 3OK9A 5P1FA 5F01A 4Q5MA 5P1GA 1IZDA 1K1TA 1SGUA 4QJ8A 5P4LA 5KQXA 5P6IA 3BC4A 3NDXA 2R3WA 4B05A 5PEPA 2QMDA 4D89A 3BUHA 3UDRA 1MT8A 4TRYA 3S85A 5P7WA 1HIIA 3OQFA 4KE1A 3O9LB 2IGYA 4Y3AA 3I6OA 5P3AA 5P1XA 5P18A 4DJQA 3UF3A 3LIQA 3ZLQA 4YHQA 1XE5A 1BDRA 2PH8A 4GJ8A 2WHHA 4Y3MA 3EKQA 3I25A 3IA9A 3VV7A 1LZQA 5P1UA 2WJOA 3CKPA 5IVTA 3KF0A 2V12C 5P1KA 2QD8A 3ZPTA 2AOHA 1M43A 3OUAA 5KR2A 5P89A 2V10C 5P4PA 3IN3A 4FGXA 4RRSA 4Q1WA 8HVPA 2R9BA 5P1SA 1RL8A 4LC7A 1W5YA 4GJ9A 1NH0A 4WY1A 5P2HA 5P81A 5AHBA 5P1WA 5AH7A 4YCTA 3QRVA 4B78A 1IVPA 4OBGA 4EQ0A 4EP3A 3D20A 2H6TA 1HVLA 3L58A 3O9HA 4Y51A 4I0ZA 3PJ6A 5P1QA 1KJFA 5P73A 2Q3KA 5DR4A 3LITA 4RRNA 4NPUA 5P48A 4CPSA 3MSJA 5OZ0A 2WF3A 5P1PA 4Y48A 2QNPA 6UPJA 5KQFA 5P32A 2B8VA 3A2OA 4X7IA 4CP7A 3Q70A 4MC6A 5P0SA 1C6XA 5P2YA 4QGIA 2ZDZA 1F34A 4OD9A 1YTGA 2NMZA 2RSPA 3VF7A 4AUCA 3G6ZA 1UH9A 3EL4A 2G1SA 2ZJIA 1NSOA 3KA2A 5P2ZA 4Z50A 1FKNA 2WL0A 3QPJA 3PSUA 4Y3XA 4YBFA 1EBYA 1BWAA 1MESA 1ZAPA 2QU2A 5P4JA 4B0QA 2QD6A 5P0AA 3TPLA 5DR0A 5P5EA 5P0XA 2G1RA 3UHLA 4J1HA 5P3WA 2IQGA 5OYVA 4I0DA 2QHCA 5P0VA 3L3AA 1FF0C 4YD6A 5SY2A 3N4LA 1HVSA 5P5XA 4ZIPA 5HVPA 5P86A 1IBQA 4Y4UA 5P1DA 2VS2A 3LHGA 1FMBA 5P7EA 2UPJA 3LPJA 2XFJA 5P78A 4CKUA 5P15A 5P8KA 2AVVA 4YD3A 2NPHA 3U6AA 1EPQE 1ODYA 5P2QA 2AZ8A 1Z1RA 5P65A 1TW7A 3T6IA 2WEAA 2Q5KA 2R38A 3QS1A 5HDZA 3OQAA 4DQGA 4EJ8A 5E5KA 3KYRA 3R4BA 5OZHA 4Y3EA 1HPSA 3PBZA 5P02A 3G72A 5P1LA 5OZPA 2PSVA 4Y53A 3UQXA 5P8VA 1HVJA 5P82A 2HM1A 4DJPA 4M8XA 3PVKA 2UY0A 2Q54A 3NDWA 2JYSA 4Y4XA 3EL9A 3BVBA 4Y4TA 3VEUA 5I3YA 2AZ9A 4BFBA 9HVPA 5P5QA 3EL5A 2AOIA 2QZLA 1BVEA 1RV7A 2J9JB 5TOLA 1KJ7A 2VIZA 2BBBA 5P46A 2O4NA 2ER9E 5OZ1A 4RGHA 1ME6A 2J9KA 4ZPGA 2FMBA 5P59A 1K2CA 2ZGAA 2J9JA 2ANLA 3K5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FSL A;  5P8C A;  5P09 A;  5P5B A;  1GKT A;  3GI5 A;  1PPK E;  4DVF A;  3GI0 A;  1C70 A;  2QNN A;  3OXX A;  5P0U A;  3IND A;  3B80 A;  1W50 A;  3O9G A;  3TNE A;  3NU9 A;  4R8Y A;  2IS0 A;  3T7Q A;  1T7K A;  5P1N A;  3SM2 A;  4XKX A;  5C9D A;  5DGW A;  5C9B A;  1EPM E;  2QI6 A;  2OHR A;  5P29 A;  5HE4 A;  1HVH A;  4F73 A;  4YD7 A;  2AVQ A;  4PZW A;  3UCB A;  4Y4D A;  3QP0 A;  4FCO A;  3LIX A;  1PSN A;  3VYE A;  3OY4 A;  5OZ2 A;  3PSY A;  4ACX A;  5P3K A;  3K4V A;  5CLM A;  4DFG A;  4WY6 A;  4ZE6 A;  1HXB A;  5P6V A;  5P8E A;  4Y43 A;  4QJ2 A;  2WKZ A;  3O9E A;  4EYR A;  4B1D A;  5P3Y A;  5P25 A;  5OZA A;  4I0J A;  4GZF A;  5DR7 A;  3UDP A;  3WZ6 A;  1ENT E;  4J0P A;  4DPI A;  3CKR A;  2RKG A;  4YBI A;  1W6I A;  1HTG A;  5P4G A;  5P2D A;  5P3N A;  5P2N A;  2VJ7 A;  4HZT A;  5P53 A;  5P0C A;  5I3X A;  5JFP A;  1K6V A;  5OZS A;  4R92 A;  4YCY A;  2B7Z A;  2FGU A;  2JE4 A;  2QZK A;  5P6F A;  1IVQ A;  4Y44 A;  4F76 A;  3NLS A;  3SA7 A;  3DCR A;  4LXA A;  6FIV A;  2NXL A;  2OHL A;  2OAH A;  5KR8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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