5P5SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 253
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA01
2R5QA 4DQEA 4Y38A 5P3UA 4RGHA 3TPJA 4Y35A 4B1EA 3RTMA 4Y3SA 1XL5A 2ZJHA 2BB9A 5P0PA 1XE6A 1BILA 3WZ8A 1FEJC 5P01A 3K5FA 5P59A 5OZ3A 1UH8A 3Q4BA 2AOEA 2WF4A 5OZCA 1NH0A 4Z2ZA 4BFBA 3VFBA 4WTUA 5P15A 5P6LA 5P14A 3OAGB 2ZE1A 3LINA 5HDUA 5P5VA 2FDEA 1FQ6A 3BUFA 4XX4A 4HLAA 3OOZA 4J0VA 1K6VA 3CICA 5P40A 1HPVA 2FS4A 4NPTA 5P8OA 2O40A 1LF2A 2PYMA 5OZSA 5P1PA 3NUJA 3EL9A 2Q3KA 2OHNA 2EWYA 4EPJA 1HVCA 1YT9A 5P4CA 3UDMA 1DIFA 3ZOVA 3SABA 2PSGA 5P7MA 3UF3A 5P1WA 5OZMA 4I12A 4Y3HA 4R95A 3DV1A 1MT9A 1OEWA 5OZAA 2ZHRA 2G27A 2IS0A 2Z54A 2NTRA 5P4MA 2AVSA 4Y4DA 1EC1A 1QBUA 4Z22A 5KQFA 1Z8CA 1HVIA 5P6JA 3OUAA 3VCMA 3KFPA 1GKTA 1EPLE 5KR8A 3S2OA 4DQFA 1PSOE 1MRXA 5P12A 1BDLA 5P1TA 5P67A 1XE5A 1SDTA 1NPAA 2VIYA 2OHPA 4NJTA 3IGBA 2QNPA 5P6HA 5KQYA 1WKRA 4RCFA 3FNSA 5DR3A 5OYTA 5P08A 2P3BA 5OYUA 3KFSA 3QVIA 4QLHA 5F00A 1K1TA 4NJUA 4DJYA 4Y4EA 5P1KA 2IGXA 5UPJA 5P7QA 1APWE 3DM6A 5AH7A 4DJOA 4Q5MA 1CZIE 3NWQA 3EC0A 1HVKA 2WL0A 2ANLA 2WKZA 4Y44A 5P5ZA 2OHQA 4J1IA 5KR2A 5P0VA 4Y39A 3O99A 5P7HA 3LPKA 5HD0A 5P46A 1MUIA 1HIIA 3WB4A 3PWRA 4H3FA 4Y5AA 2ZHUA 2FGVA 4OBFA 1F34A 4Y9WA 5DGWA 1G2KA 3EBZA 5P8TA 2BPWA 1WBKA 4L7GA 4Y4ZA 5P36A 3GGVA 5HCOA 5P6YA 4Y4UA 3GI4A 1ZP8A 3K4VA 5P6NA 3NWXA 4Y5PA 3SA4A 3I25A 1MIQA 4A6BA 3LZYA 1RL8A 3OU1A 2XFKA 2QD6A 3U71A 5P2ZA 1MVPA 1LF3A 3OHFA 4YE3A 4Y4JA 4QJ9A 1LF4A 4ZSPA 4NJVA 4YD7A 2QHCA 5AHBA 2PWRA 1YTHA 1AJVA 5P3KA 5P0XA 2RKFA 3SA9A 4B1DA 1SGUA 5OZ5A 5OZ8A 4HE9A 5P31A 3EL1A 5OZ6A 2HB3A 2OHSA 2HPFA 4Y57A 2RENA 3SAAA 2FDPA 2IRZA 2B7FA 5DR4A 4F75A 4FM8A 3DCRA 3LZSA 4TRZA 2VJ6A 2ZJNA 5SXNA 4I8WA 2V0ZC 4DQHA 4PEPA 5P6IA 3O9EA 3KDDA 4Y3ZA 2WF2A 5P8MA 5HE4A 3OU1B 3GI5A 5OZYA 5P4FA 1A9MA 5P3EA 5P5EA 3OGPA 3BXSA 5P5PA 3FV3A 5P2EA 1OD1A 5OZLA 2NNKA 3N4LA 3OUDA 4ZSMA 4PPHA 5P19A 3VYFA 2J9KA 5P0NA 2ASIA 4HDFA 5P4YA 5P8SA 4MC2A 4ER4E 1BDQA 2P3AA 4JPCA 2R5PA 5ENMA 4Z4XA 2VA7A 3OQDA 5B18A 5AHAA 4Y3RA 3I2LA 4CPQA 2CENA 1FQ8A 5P5AA 4FL8A 2R3TA 5P8FA 4LAPA 4DQGA 5P41A 4AA9A 3OOTA 3HW1A 2Q11A 5P04A 1G35A 3PHVA 2AVQA 3OXCA 3A2OA 3PBZA 4DH6A 5P3DA 3FNUA 1QDMA 3OXVA 1MERA 5HVPA 1EBWA 4Y4AA 1SIVA 4Y3XA 5P85A 5P5HA 3KDBA 6APRE 3O9FA 5IS4A 2APRA 1FMBA 1EC2A 3BVAA 1K1UA 2NXLA 3ZKNA 1YTJA 4EQJA 3EL5A 1CMSA 3TTPA 5P2TA 3Q5HA 4LC7A 4ER2E 4Y45A 3K1WA 3UDRA 3OWNA 3S43B 1BVEA 2QZWA 4D8CA 1ZJ7A 5OZ4A 5P7LA 5P06A 3GGUA 1J71A 2ER7E 5P7GA 1LEEA 1LYBA 2QI0A 1SDUA 5P20A 1EBKC 1XN3A 2P3DA 2ZJJA 4YOAA 5P87A 1APVE 5P05A 3NDUA 1AVFA 2OHUA 5P1XA 1MTBA 4J5JA 1PPME 1HPSA 1NPWA 4L1AA 2QMPA 4H3GA 1YG9A 5P7WA 3G72A 1IZHA 4ZIPA 4I0FA 4YCTA 2HS1A 2OHRA 3PBDA 3KF0A 3D1XA 4Q1NA 5P4QA 3S45A 5P0WA 3IXJA 2QHZA 3VG1A 4Y3WA 5OYQA 1MSMA 4UPJA 1W5YA 5P4IA 5P5WA 3JVWA 3ZKMA 5HU0A 5C9BA 6UPJA 4GB2A 4RRNA 5P71A 5P0HA 1BXOA 3QBHA 1B5FA 4U7VA 5P16A 1NSOA 1DAZC 1DPJA 3INDA 1MSNA 5OYSA 4ZLSA 5HU1A 4U8WA 4B78A 4HVPA 2PH8A 3UDPA 3OTYA 3ZKXA 5P8BA 1APTE 5P0YA 5P8VA 1D4IA 3HVPA 4FE6A 1VIKA 2VJ9A 4HZTA 2HC0A 5P2QA 4B70A 1IBQA 5P2HA 1D4JA 4R5NA 3LPIA 5P5RA 2P4JA 4HA5A 4E43A 4Y58A 5P4VA 3T11A 3TNEA 5P1QA 5JFUA 5P2CA 3S85A 5P7IA 5P7KA 4B72A 1G0VA 1MEUA 3VEUA 3UQXA 5SY2A 1AZ5A 1D4SA 4PHVA 3BUHA 3MSKA 5P5FA 5P7FA 1OHRA 4J1HA 5P3WA 3QROA 2IL2A 4Y51A 5P5XA 3QI1A 1UH9A 5IE1A 4EP2A 5OZ1A 5P1HA 5P7TA 1HIHA 2QI4A 3PI5A 5P2WA 4OC6A 3ZPUA 5P25A 1IZIA 3LIZA 1C6XA 1EC3A 4DI2A 1FIVA 3PVKA 4FRKA 2HM1A 1XL2A 3VF7A 2XFJA 3ER3E 2IGYA 3KYRA 3PM4A 5OYXA 3QRMA 1PPKE 1TZSA 1FFIC 2BBBA 5P2IA 3I7EA 2AOGA 5P3VA 5P69A 5P73A 3S8IA 1T7JA 1SMEA 3OUCA 2PYNA 1A8GA 4YD5A 4OBHA 4Y3TA 3OU4A 5P1GA 3SA5A 4NKKA 1BWBA 4QJ8A 1BV9A 3D1YA 5P74A 5P76A 5P3QA 1GVUA 1GVVA 5C9FA 3ZKQA 5HTZA 4YD4A 4Y53A 4DV9A 4DQCA 5P54A 4WY1A 4L7JA 1AM5A 5DQCA 1A8KA 4Y56A 2WEBA 3TOGA 3K5DA 2G24A 5P5QA 3L59A 3VUCA 2AZBA 5P7VA 2AOFA 1ZBGA 1K2BA 3G70A 3HLOA 2G94A 3FSMA 5P43A 2BPVA 3OAGA 4K4QA 4J0TA 4FM6A 5I3VA 4K4RA 1HSHA 1TCWA 1W6HA 4H1EA 2QZKA 3SLZA 5P26A 1ZPKA 5P30A 4Y3MA 1GVXA 4JECA 1A30A 3OU4B 3EM6A 4QJ7A 5EZZA 4OBDA 3SKGA 3IXKA 3PJ6A 2PSVA 2Q15A 5OZOA 5P61A 1APUE 3OXXA 1HSGA 2ZGAA 5P4EA 4CP7A 5P7OA 1HEGE 4OBGA 5P77A 4M8XA 2AOJA 4RVIA 2G1RA 2I4WA 4YD6A 3HBOA 2Q55A 1RNEA 4I0HA 5HE5A 3NR6A 2AQUA 5P5TA 5P5BA 5COPA 5HDXA 3NDTA 5P4OA 4IVTA 2SAMA 4TVHA 4I1CA 5KOQA 1ZAPA 5P5OA 4QGIA 4Y6MA 3PLDA 2H6SA 3PRSA 5P35A 2AVMA 5P89A 2I4QA 3IXOA 5OZXA 5BRYA 3KMXA 5BS4A 2XYEA 3EM3A 5P2DA 1PSNA 3U6AA 1W5VA 1ZLFA 5P6UA 4GJBA 2G22A 1YX9A 4X7IA 1EPME 3ZPTA 1YM4A 5P8HA 4YOBA 2FMBA 5OZTA 3UQUA 4Y37A 1B6PA 1EC0A 3D3TA 3U7SA 2R9BA 3GGAA 5P6SA 4GJ8A 5P4RA 2VNNA 1KJGA 3UFLA 1QS8A 3LHGA 5P7YA 3Q3TA 2RSPA 3CKTA 2F8GA 3SO9A 3MWSA 2VIZA 3T7QA 2QD8A 3VV7A 5P2MA 3PSYA 3UCBA 2I4DA 3HZCA 4DQBA 1D4HA 5DQ5A 1FQXA 2FXEA 2WF3A 5P34A 4D89A 1WBMA 2QI3A 5P3SA 3TPRA 1W5WA 1FG6C 2AOCA 2O4NA 2HS2A 4CPTA 2RMPA 5AHCA 5P7ZA 1MESA 3IVIA 4QJ6A 5COKA 5P4GA 1IZDA 2QK5A 3OQ7A 5P84A 5OZHA 2G1SA 5P7RA 5OYZA 2H6TA 1Q9PA 4DJWA 4DJQA 3F9QA 1JLDA 9HVPA 5P3ZA 4FS4A 1RQ9A 4ACUA 4MC6A 5P4NA 5P3BA 5E5KA 1AJXA 3NDXA 1F7AA 4RYCA 3L38A 4B1CA 2QCIA 2FNSA 1EBYA 4FRIA 2ER6E 5P58A 1TCXA 1MRWA 2PK6A 3UTLA 1FGCC 3UDJA 5CONA 1SDVA 5P0IA 1SBGA 3SA6A 2JJIA 4NJSA 1B6LA 4Y36A 3K5GA 3O9LB 3RU1A 5P0GA 2IKOA 4FRJA 2IQGA 5P83A 3NSHA 1HTRB 4BELA 2ER0E 3EL4A 5P8AA 1PSAA 3R0WA 2OHKA 2FDDA 4EQ0A 1EPRE 4EJDA 4JOOA 2I4VA 4EP3A 4J17A 3S54A 3OK9A 1AIDA 1TW7A 1MT8A 1HIVA 3BGBA 2O4SA 1IZEA 3KFRA 5P4LA 3SA7A 3R1GB 5P1CA 5P1SA 5P32A 1IIQA 1BXQA 2A4FA 3DJKA 3EXOA 2QI7A 5P0UA 5P4AA 3T3CA 4Y3FA 3LZUA 3D1ZA 1HXWA 2J9JB 5P39A 3CKPA 4ZE6A 4LP9A 3VF3A 5SZ9A 3L3AA 4XXSA 3H0BA 5JG1A 4J1FA 5P3FA 3CMSA 1KJ7A 7UPJA 5P4PA 4I0JA 3CKRA 5P22A 5P7AA 3KDCA 5P17A 4FSEA 2AZ8A 4EHCA 2B8LA 3KT5A 3PCWA 5P52A 5P65A 1OEXA 2NR6A 3DK1A 5JODA 5I3YA 1SH9A 4LL3A 1BVGA 5OZ7A 5I3XA 3NU3A 2AIDA 4YD3A 3O9AA 1YTIA 5OYWA 4LXMA 3EKQA 1A94A 4WY6A 5P0CA 4GYEA 1GVTA 2JE4A 5P37A 1D4KA 3ZKIA 5HDVA 2IDWA 4J1KA 2QMDA 2BPZA 3DOXA 3S43A 3DUYA 3B7VA 4Y3GA 1Z1RA 3QRSA 1KJHA 2BJUA 5P8NA 5P7BA 4EJLA 3NU4A 5KAOA 1PPLE 3CYXA 1UPJA 3JVYA 1GNMA 4Y4GA 4K9HA 5P1UA 5KOSA 5OZEA 3INHA 3WB5A 4I8ZA 5P50A 1M43A 3QAAA 1HTEA 3OADB 4AUCA 4RRSA 5TOLA 4DPFA 1KJ4A 3VSWA 3L5FA 5P45A 1DMPA 2F3EA 3SM1A 5P5JA 5AH6A 2FXDA 5P0RA 4APEA 3L5DA 5P5IA 1HVLA 5P6QA 4EWOA 3INEA 4LXAA 4Y47A 5I70A 4OD9B 5ER1E 7HVPA 2NPHA 5P5SA 4DVFA 5P6TA 3SFCA 1FQ4A 1ENTE 3BHEA 4B77A 5P4XA 2AZCA 4KB9A 4FGXA 4GJCA 3UDQA 4I0IA 5P4JA 5P6MA 5P6AA 2B7ZA 4R8YA 5P55A 3UDYA 4APRE 5OZ2A 4Y43A 5P0OA 5OZRA 3S56A 4RZ1A 3ECGA 5P0KA 3IVHA 5P4BA 5P6BA 2QNNA 1HWRA 4YBIA 3NXNA 1RV7A 1QRPE 4Y3DA 5P7UA 3OUBA 1LYWA 2NXMA 1ZSRA 3HVGA 3CIBA 4J55A 4GMIA 3NLSA 3VV6A 2FGUA 2V00A 1HPOA 2G20A 3O9CA 3QP0A 1T7IA 1TSQA 3NU6A 3N3IA 2QZXA 4ZPEA 4D85A 2AODA 5ER2E 5P7NA 3EKTA 2V10C 1FQ5A 3O9GA 4DPIA 5P6RA 3VYDA 1HTFA 2I0DA 5P0AA 5P2NA 1IVQA 5P6ZA 3PI0A 1HRNA 3LIQA 2BQVA 1HSIA 5F01A 5P42A 2Q64A 2P3CA 2G1NA 2Q54A 3QPJA 3TKGA 5P1BA 3GI0A 1N49A 4YA8A 5P63A 2QI1A 3OTSA 3OY4A 5ENKA 5P8KA 4GJ6A 5P1RA 3TL9A 1LYWB 3RTNA 3NU5A 5P0DA 4Y3NA 2ZHTA 4PZXA 4Y48A 1B11A 2Z4OA 4DJXA 4PZWA 5P6WA 5P1AA 3UHLA 5P2FA 5P3RA 3IN3A 5P48A 5P66A 2CEJA 4FLGA 5P8DA 3T7XA 3IA9A 3MSJA 1ZSFA 5P5DA 2HIZA 2PK5A 3UDKA 2VIJA 4Y3PA 3ZKSA 5P3OA 5P4WA 1BAIA 2QHYA 3BUGA 5P78A 3QRVA 4EXHA 1B6KA 5P68A 5COOA 2UXZA 1FG8C 5P86A 2QZLA 4EXGA 1KZKA 2HB2A 3FKTA 5P0ZA 5P29A 2V13A 2G1YA 4R91A 3EM4A 4Y3QA 3OGQA 3PWMA 2ER9E 5P3TA 3H5BA 4I10A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R5Q A;  4DQE A;  4Y38 A;  5P3U A;  4RGH A;  3TPJ A;  4Y35 A;  4B1E A;  3RTM A;  4Y3S A;  1XL5 A;  2ZJH A;  2BB9 A;  5P0P A;  1XE6 A;  1BIL A;  3WZ8 A;  1FEJ C;  5P01 A;  3K5F A;  5P59 A;  5OZ3 A;  1UH8 A;  3Q4B A;  2AOE A;  2WF4 A;  5OZC A;  1NH0 A;  4Z2Z A;  4BFB A;  3VFB A;  4WTU A;  5P15 A;  5P6L A;  5P14 A;  3OAG B;  2ZE1 A;  3LIN A;  5HDU A;  5P5V A;  2FDE A;  1FQ6 A;  3BUF A;  4XX4 A;  4HLA A;  3OOZ A;  4J0V A;  1K6V A;  3CIC A;  5P40 A;  1HPV A;  2FS4 A;  4NPT A;  5P8O A;  2O40 A;  1LF2 A;  2PYM A;  5OZS A;  5P1P A;  3NUJ A;  3EL9 A;  2Q3K A;  2OHN A;  2EWY A;  4EPJ A;  1HVC A;  1YT9 A;  5P4C A;  3UDM A;  1DIF A;  3ZOV A;  3SAB A;  2PSG A;  5P7M A;  3UF3 A;  5P1W A;  5OZM A;  4I12 A;  4Y3H A;  4R95 A;  3DV1 A;  1MT9 A;  1OEW A;  5OZA A;  2ZHR A;  2G27 A;  2IS0 A;  2Z54 A;  2NTR A;  5P4M A;  2AVS A;  4Y4D A;  1EC1 A;  1QBU A;  4Z22 A;  5KQF A;  1Z8C A;  1HVI A;  5P6J A;  3OUA A;  3VCM A;  3KFP A;  1GKT A;  1EPL E;  5KR8 A;  3S2O A;  4DQF A;  1PSO E;  1MRX A;  5P12 A;  1BDL A;  5P1T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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