5P5XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 258
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5xA01
1IZDA 2AZ8A 1EAGA 4XX3A 4I0JA 1D4YA 1YG9A 4YBIA 1B6LA 5P42A 3UDRA 1D4JA 4YD7A 1HTFA 4B72A 5OZXA 2WEZA 1ODXA 3LHGA 5P52A 1BVGA 5HDUA 3ZPUA 5OZBA 2WF4A 5P6BA 4KE0A 2WF0A 3APRE 3OU1A 7UPJA 5I3YA 1MVPA 3HLOA 3ZPSA 5P6EA 4FSLA 1APUE 5P4AA 2V12C 5P7LA 1GNOA 4RCFA 4B77A 4GJCA 5OYXA 2JJJA 3KFPA 5P4QA 4DJQA 3S7LA 3HD8A 1YM4A 2WF3A 4R93A 3OWNA 5P3RA 5ISKA 3TNEA 4QGIA 2V0ZC 1FF0C 4YOAA 2QHZA 4U7VA 3QBHA 4K9HA 1HTEA 4WY6A 3VYEA 1QS8A 4YCKA 5P5ZA 1C70A 4QJ7A 3B7VA 3EL4A 5P4JA 1W51A 5P7IA 5P6YA 4Y43A 4J1IA 5P3MA 2BPWA 2ZHRA 5P40A 2AOHA 2NMYA 3BUFA 1ODWA 3OQFA 4AA8A 5P8SA 5P55A 5P7KA 2H6TA 1AJXA 5P07A 5P7RA 2P3BA 4L6BA 3PBDA 3NDUA 2OHTA 1T7JA 3CYXA 3VF3A 4RLDA 5P2CA 5DR0A 3VV8A 4XXSA 3TOHA 5I70A 4Y5BA 1XE6A 2Q54A 2Q11A 5BS4A 4FRSA 4WTUA 3TPLA 3VSXA 8HVPA 2HB3A 3EKYA 3Q3TA 4QJ6A 5P79A 2R9BA 3D3TA 4I0IA 2FS4A 5P80A 3DUYA 5P8LA 5P1BA 2OHQA 4EHCA 3SPKA 5P4YA 5OZPA 3QRMA 5OZEA 3O9BA 5P6AA 2WECA 5AHAA 3JVYA 5P3VA 2P3DA 4Y3LA 3NUOA 4D89A 3SACA 2PYNA 2I1AA 1QDMA 3K4VA 1UH8A 3I2LA 3VCMA 3MXEA 4J0ZA 4DJRA 5AHBA 5P85A 4ACXA 4B1DA 5P2MA 5P3GA 3NU6A 5P3IA 1RNEA 3ZL7A 1FQXA 2AVOA 3AIDA 1HVSA 3BC4A 4Y44A 5P2UA 3T7QA 3R1GB 4Q5MA 3SABA 4Y4XA 4TVGA 1HHPA 2BJUA 2HS1A 1Z1HA 2WJOA 3EC0A 4H3GA 3ZMGA 2HC0A 3IXKA 5P7EA 3PEPA 4FRJA 2OHUA 2OHKA 5P8NA 7HVPA 5P0DA 3IVHA 1HVHA 3LNKA 2NXDA 1UPJA 5P4LA 3R4BA 2P3AA 1HBVA 1ER8E 2ER0E 3OXCA 2BPYA 4I0HA 3VF5A 3NU4A 4S1GA 1QBUA 3RTMA 1XN3A 2V16C 1LYWA 5P1KA 5OZQA 2AVSA 4Y4AA 2AOIA 3GW5A 3EXOA 2O4SA 3QVIA 5HDVA 1W5VA 3O9IA 5P2RA 5JFPA 1KJGA 4FCOA 1M0BA 3JW2A 1ZSRA 1GVUA 1EPOE 1HRNA 4Y36A 3NDTA 5OZSA 1A9MA 3KMXA 5P7YA 4F73A 1Q9PA 4FS4A 4UPJA 5KQFA 1HSIA 3LIYA 5P01A 5P1ZA 4ZEAA 4D83A 5P7PA 1BDLA 5P3UA 2ZJKA 2FDDA 5OZMA 1PFZA 4I1CA 5P2DA 3LIQA 4Y53A 5P23A 1SIPA 5P64A 1HVLA 4BFBA 3EKPA 4APRE 4F75A 2G1YA 4N00A 4JOOA 5P3BA 3WZ6A 5IVTA 2G1OA 2VIEA 2G1SA 1SGZA 2XFJA 1TCXA 2WEAA 1BV7A 1UH9A 3VLAA 5P6NA 5P39A 5P6JA 5P0UA 1G0VA 3O9DA 5P8FA 3QAAA 4CPSA 4Z2ZA 5DR7A 3EL0A 3CYWA 4RRSA 1BILA 3PWMA 5P37A 5P6UA 5P7ZA 5P8KA 3PVKA 5P1JA 3FNUA 5P18A 5P1TA 4Y3GA 4ACUA 4Y3XA 4EP3A 2QI0A 2QNQA 5P72A 2ANLA 3VLBA 1HWRA 5ENMA 3URJA 5P4BA 5FIVA 1EEDP 1QBRA 5JG1A 4J55A 1RL8A 4Y5CA 5P2VA 5P6VA 2G20A 2BPXA 5P1EA 3C9XA 1TSQA 2QD7A 2ZJJA 4I0EA 5J25A 1B6KA 5P7BA 5P0ZA 1EBZA 3APPA 1HSGA 2XFIA 4YD5A 2J9JB 4DQHA 1AVFA 2PSVA 3LZVA 1AAQA 3NR6A 4K4QA 2HB2A 5HE4A 3S45A 4Y9WA 4Y3JA 4B78A 2AODA 5P0OA 2QAKA 5P2YA 3CIDA 4DQEA 3UF3A 3WZ7A 5DGWA 4E43A 4Y5LA 5E5JA 5P6IA 3O9LB 1WBKA 2OHLA 2XYEA 3CMSA 3NU5A 2F8GA 5HU1A 1FQ5A 1IIQA 5P5QA 4COEA 3INFA 4RCDA 5DGUA 1NH0A 2QHYA 3LITA 4H3JA 1MEUA 4CPWA 4TVHA 4BFDA 5P5VA 1LS5A 5P6FA 1PPME 5P68A 5P4RA 1UH7A 3K5FA 1BWAA 3L5CA 2FXEA 4Y3ZA 2AOJA 5P8PA 5OYQA 2QMFA 5P2SA 3UDMA 3FNTA 3TKGA 4YHQA 1ENTE 1AZ5A 4Z50A 4Y3YA 1LF3A 2IDWA 3EMYA 4LHHA 2VJ7A 2F3KA 4PPHA 3K5DA 5P1WA 2I4DA 1ZJ7A 5P5MA 5P1YA 3TPRA 3L5FA 5P29A 4FL8A 4K8SA 3UQPA 5DR1A 5P3NA 2G27A 3OOTA 3IXJA 4I0DA 1CZIE 3DM6A 1MIQA 5P61A 3O9FA 5P27A 1N49A 5OZYA 1W6IA 4HDPA 1SH9A 2Q5KA 1W50A 1HVKA 1HIHA 2J9JA 4AUCA 5P04A 4YOBA 3PSUA 5HCOA 4DJUA 1EBKC 4GJ8A 1F7AA 4L7JA 5OZFA 5P65A 3S85A 5P1XA 5P4MA 4D8CA 3OK9A 1YX9A 5P7VA 1T7IA 1EBYA 1FG6C 4OBKA 3S54A 3URIA 5I3VA 2PYMA 5OZ1A 3VUCA 4HVPA 1OEXA 5P1CA 1BBSA 5P3HA 3O9LA 5P3WA 2NNKA 1KJHA 5P7CA 1HPOA 5P17A 3EBZA 2ZHSA 2AQUA 2J9KA 1EC2A 2R43A 4I10A 2QHCA 4YA8A 3I7EA 1QRPE 4APEA 4KB9A 5KR2A 5P5UA 1OEWA 3ECGA 3FSMA 4GJAA 5ISJA 3VV7A 2PMAA 1ZPKA 4Q1YA 3KMYA 5P10A 3BUHA 4GJDA 1ZPAA 3PM4A 1EPQE 3HVGA 5P6SA 1HVIA 5P2GA 4J0YA 3G6ZA 2QI3A 1HEFE 2A4FA 5P75A 2WEDA 4I11A 5KOSA 4LP9A 4CPRA 4DV9A 3CICA 1ZP8A 2CEMA 5P84A 3ER3E 2XFKA 5P8GA 5P8IA 3EL5A 4LL3A 4GZFA 5HD0A 1EC0A 3WZ8A 2BKTA 1PPKE 5DQ4A 3HBOA 3I8WA 5P0MA 3K5GA 3SM2A 2WL0A 4DJWA 1LYAB 4OC6B 1GVXA 2ZJMA 5P69A 3K1WA 5P7OA 5P3KA 5I3XA 3PSYA 1M4HA 3TPJA 5P51A 4J0VA 4M8XA 3GGAA 2QNPA 4LAPA 2IQGA 5P6PA 2FMBA 5P36A 3SFCA 3KT2A 5P4PA 3NUJA 1EC3A 2QNNA 1TSUA 5P4TA 4EJKA 2QU2A 3OY4A 4Y35A 3DV1A 1DPJA 4EJ8A 3O9GA 2ZHVA 1B6JA 1PPLE 1TW7A 4DJYA 5P1IA 4GJ7A 3VF7A 4Y3PA 2HPEA 3RVIA 1M43A 4FM7A 3HVPA 3SA8A 3CIBA 4NPTA 2IS0A 1XDHA 1BXOA 1D4IA 4NJVA 1E82E 3PCZA 1RV7A 3OU4B 3VFBA 4DJPA 5P77A 1D4SA 1FMUA 3KFRA 3R0YA 5EZZA 1FKNA 3OOZA 2RKGA 4OBFA 3LIVA 4R92A 4JPEA 1XS7D 2NPHA 5P0VA 3LZUA 1FFFC 3D1YA 2ZDZA 2I4XA 4FE6A 5JODA 5P8MA 3PB5A 5B18A 3RTNA 1EPNE 3OUDB 5P7WA 5P4OA 5P4GA 1LYBB 1IDBA 5P8HA 2F80A 5P8QA 3OAGB 5SY3A 3PLLA 1HVJA 4EP2A 1SDVA 1VIKA 4GMIA 4EWOA 4YCTA 2V00A 2O40A 5P60A 5OZZA 1GVVA 5P6QA 5P5BA 2QK5A 5P7MA 5COKA 1LYAA 4OC6A 5SXNA 4DQGA 3CKRA 2O4NA 3CKTA 5HTZA 2AVMA 3UQRA 5AHCA 3UTLA 4TRZA 3ZOVA 1FB7A 1NPVA 1KJFA 3GI6A 4Y5NA 2IL2A 1NSOA 4DPFA 5P88A 5P5WA 5P0LA 1HVRA 1T3RA 4HA5A 5KR8A 3TTPA 5P06A 1WKRA 1RPIA 4CPQA 5P70A 4H3IA 5P50A 2AIDA 2EWYA 2Z54A 5IVSA 4Y3DA 4HLAA 5P2TA 5P7XA 5OYWA 1FGCC 1EPRE 5P6RA 1MESA 5OZGA 3SAAA 3N3IA 3OHHA 3MXDA 3L58A 1EPPE 2OHPA 4LC7A 5KR0A 4MC9A 4HE9A 3TOGA 1MTRA 5P82A 3PSGA 3KFSA 3D1ZA 4JECA 3KT5A 5P5CA 3UQUA 1MRWA 5P7AA 1D4LA 2B7FA 2QI7A 1SIVA 3L5BA 3QP0A 1TCWA 1K2CA 1ODYA 3BVBA 5P4NA 2VIZA 3OUDA 3PLDA 3SKGA 1LYBA 4Y3MA 5OZIA 3ZKNA 4AZYA 3OXWA 2R3WA 3DJKA 3PRSA 4GJ5A 4A6BA 3OAGA 3GGVA 1MSMA 1FFIC 5P0GA 5DQ1A 4NJTA 1E5OE 3HAWA 5P0QA 4I0GA 2BPVA 2VIYA 1ZTZA 1K6PA 2Z4OA 1B11A 5IVQA 3BGCA 3VG1A 1DMPA 4I8WA 1MRXA 1LF4A 5KQYA 5P5JA 5P4UA 4I8ZA 4K4PA 5P1OA 5DQ2A 2F3EA 4Z22A 2ZJIA 1PSNA 3VV6A 5OYUA 4J1KA 1W5WA 3F9QA 3N4LA 4RVIA 4FAFA 4ER1E 4K4RA 1EPLE 3OTYA 1B6PA 3G72A 2SAMA 1T6EX 2G21A 1ZSFA 4FIVA 1K1UA 1YTJA 2RSPA 4DVFA 2ZJLA 4DUSA 3UDHA 3Q6YA 2WEBA 5P3YA 4D85A 2AVVA 5P0XA 5APRE 5P22A 5P5XA 2Q55A 1BV9A 3O9CA 5P4ZA 5P8AA 2BQVA 4DQCA 4Y4UA 5P38A 1DP5A 5P73A 3Q4BA 2ZJNA 5C9DA 4YD4A 9HVPA 4FM8A 5P5KA 2OHNA 2VA7A 3NXNA 5P67A 3TOFA 3TH9A 4IVSA 3SO9A 2VA5A 2QI4A 4M8YA 4Y3AA 3KF0A 3OUBA 5P30A 5OZUA 5P3JA 3VYDA 5P0YA 1D4KA 1SBGA 5P2LA 2NTRA 5P6MA 1HPXA 4RGHA 5P44A 1APWE 5P2WA 2R3TA 2I4VA 1HEGE 1ZAPA 5P32A 5P74A 4OBZB 3BXRA 5P2IA 1META 3PWWA 1FQ7A 5OYYA 5OYSA 2BKSA 1HIVA 4CKUA 1BXQA 2I0AA 4Y48A 4WY1A 5P5HA 2VJ6A 5OZ4A 4I0ZA 4Y3FA 5P6LA 2Q63A 2QZWA 4Y4GA 2NNPA 2NXLA 4ZE6A 3RSXA 2G1RA 1HPSA 5P8JA 5T4SA 5OZ8A 3UFNA 1DW6C 3S2OA 5P6GA 4F76A 5COPA 2WF2A 4ZSMA 3BVAA 5P1VA 2QP8A 2FXDA 4MC2A 2RMPA 5OZ5A 1TZSA 1W6HA 4Y3WA 3FNSA 1MERA 1AIDA 5HVPA 3IVIA 5OZJA 1BVEA 1YTIA 5P8BA 1XN2A 3L5EA 4CP7A 4H3FA 4LXMA 3SLZA 2QMPA 3VYFA 1APVE 3OQKA 3DOXA 4LXAA 5P09A 2VNMA 1E81E 1KJ4A 1HXWA 5P0HA 3KFNA 2OAHA 3SM1A 4ZIPA 5P6TA 1AJVA 1FEJC 3CKPA 3I25A 3KYRA 5KAOA 3T11A 4TRYA 5P4IA 2AOGA 4Y4EA 4ZPEA 3KA2A 3M9FA 5OYTA 5P05A 5P46A 5P1DA 5P1AA 4A6CA 2G26A 5SZ9A 4U7QA 5P2KA 3Q5HA 5IE1A 2RKFA 5P56A 5ENKA 3EKVA 4DFGA 4YD3A 5P31A 1YM2A 4OBZA 3S8IA 5DR4A 2MIPA 4Y54A 1AXAA 3U71A 3T3CA 3EKTA 1IBQA 4JP9A 5P4HA 2AOFA 4GYEA 3S43B 4DPIA 3KDBA 2FDEA 5P5EA 5P3DA 5P0KA 5P6OA 3TLHA 3MSJA 5DQCA 5ER2E 1FIVA 5P45A 1LF2A 1GVTA 3GI0A 4OBGA 5P03A 5P2ZA 3SQFA 4ZPFA 5OZWA 1BWBA 4NJUA 5AH6A 5KOQA 3ZKIA 2QD8A 3UQXA 4Y51A 2IKOA 3BGBA 4A4QA 5P2QA 1LEEA 1MUIA 3NXEA 2ER6E 1Z1RA 5P62A 1E80E 1IZHA 4R8YA 3RU1A 5P3QA 3VSWA 2FNSA 4Y56A 3PI5A 2IGXA 1J71A 3S7MA 5P3PA 5P57A 4EXHA 4Y39A 1C6YA 2B60A 5E5KA 5P4DA 1QBSA 5P78A 1FQ8A 3OU3A 5P19A 5P5OA 5P6WA 3LPKA 3MWSA 5P0WA 4ZLSA 1BDQA 4OBDA 4J1EA 5P4VA 5OZDA 4MC1A 3PMUA 3L59A 5P5YA 3O9EA 4AMTA 1XE5A 3L38A 1NPAA 3SA7A 2QCIA 2Q3KA 2IEOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IZD A;  2AZ8 A;  1EAG A;  4XX3 A;  4I0J A;  1D4Y A;  1YG9 A;  4YBI A;  1B6L A;  5P42 A;  3UDR A;  1D4J A;  4YD7 A;  1HTF A;  4B72 A;  5OZX A;  2WEZ A;  1ODX A;  3LHG A;  5P52 A;  1BVG A;  5HDU A;  3ZPU A;  5OZB A;  2WF4 A;  5P6B A;  4KE0 A;  2WF0 A;  3APR E;  3OU1 A;  7UPJ A;  5I3Y A;  1MVP A;  3HLO A;  3ZPS A;  5P6E A;  4FSL A;  1APU E;  5P4A A;  2V12 C;  5P7L A;  1GNO A;  4RCF A;  4B77 A;  4GJC A;  5OYX A;  2JJJ A;  3KFP A;  5P4Q A;  4DJQ A;  3S7L A;  3HD8 A;  1YM4 A;  2WF3 A;  4R93 A;  3OWN A;  5P3R A;  5ISK A;  3TNE A;  4QGI A;  2V0Z C;  1FF0 C;  4YOA A;  2QHZ A;  4U7V A;  3QBH A;  4K9H A;  1HTE A;  4WY6 A;  3VYE A;  1QS8 A;  4YCK A;  5P5Z A;  1C70 A;  4QJ7 A;  3B7V A;  3EL4 A;  5P4J A;  1W51 A;  5P7I A;  5P6Y A;  4Y43 A;  4J1I A;  5P3M A;  2BPW A;  2ZHR A;  5P40 A;  2AOH A;  2NMY A;  3BUF A;  1ODW A;  3OQF A;  4AA8 A;  5P8S A;  5P55 A;  5P7K A;  2H6T A;  1AJX A;  5P07 A;  5P7R A;  2P3B A;  4L6B A;  3PBD A;  3NDU A;  2OHT A;  1T7J A;  3CYX A;  3VF3 A;  4RLD A;  5P2C A;  5DR0 A;  3VV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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