5P61A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 262
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p61A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p61A01
5P35A 4YD4A 5UPJA 5P1XA 4HDFA 4RYCA 2O4PA 4J1IA 3D3TA 1PROA 3VF3A 1B11A 4D89A 5P77A 1MSMA 5P17A 4DJVA 5P26A 2QMGA 3RSXA 3T3CA 5CONA 2BBBA 2HM1A 4Y56A 5P5JA 3RTHA 3EKYA 4FRKA 5OZDA 3UQUA 5P5SA 4Y3NA 5P4BA 3APPA 5P2BA 5P19A 5E5JA 1ER8E 3K5GA 2BPYA 4RCEA 4Y4TA 3QVCA 5P7MA 3NUOA 4JPCA 5P0YA 5P7OA 5JFUA 4OBFA 3S45A 4J0PA 3PLLA 3TPRA 2F81A 3BUGA 4Y4BA 5P7TA 3LIYA 5P5OA 2SAMA 4WY6A 5P3FA 1MPPA 3KF0A 2I4UA 2NTRA 3L5DA 2R3WA 3EKQA 3DOXA 5OZ0A 1ZTZA 2I0DA 1YT9A 5P51A 5ER2E 2R5QA 3L59A 3VSWA 1MEUA 5P16A 3UDNA 5OZUA 5P7FA 4HEGA 3OU1B 2VJ7A 4DJYA 5P12A 4GMIA 4YD6A 1XDHA 5HU0A 3BVAA 2VNNA 1LYWA 5HDUA 1LF4A 5P05A 4APRE 5P5CA 5P0GA 4Y9WA 1BIMA 4FM7A 4FAFA 2I4DA 3ZKQA 2WF2A 1SMRA 3OQKA 3NSHA 3EL4A 2V11C 3LZSA 3A2OA 2BPVA 3EL0A 2IKUA 4YOAA 2WEAA 5P5DA 1HPOA 3WZ8A 2FNSA 3ZKNA 2QZLA 4Y3DA 3L38A 1IZIA 5P53A 3BXSA 3U7SA 3O9GA 1VIKA 5P6QA 1LYBA 3OGPA 3EC0A 3OADA 4DJRA 3S85A 4GJBA 4K4QA 5P3QA 5P15A 4FGXA 1XE5A 3KT5A 2Z54A 1SIPA 4I0JA 5HE5A 3QVIA 4Y4WA 5P1GA 4FS4A 1W5XA 5KR1A 3KDDA 2AOEA 4TRWA 1LYAB 2IRZA 3NU6A 4KE0A 1ME6A 3NU3A 3DJKA 1DPJA 2G1OA 4EWOA 3HVPA 3T7PA 2NXLA 2B7ZA 4Y4EA 2XYEA 1SDVA 3OUCA 3BRAA 1G2KA 3KMYA 1K6TA 4Y37A 4GJ6A 5P0XA 4DQBA 2AOHA 2Q15A 5P7VA 4J55A 3OQAA 2IGXA 3LIZA 1SP5A 5P5TA 5DQ5A 3ZKXA 5P1UA 3T7QA 2G69A 4YA8A 5KQYA 5HCOA 1T3RA 3CYWA 4Y5CA 1T7IA 3TTPA 3R1GB 2Q3KA 4B1DA 5P8KA 5P8SA 5DPZA 3PMUA 5OZYA 4I0HA 3GGVA 4Y5AA 3L5CA 2G22A 1EBYA 3PWRA 3BHEA 4U8WA 1HXBA 5P0SA 5P4SA 5P4HA 5P09A 1FQ7A 3TOHA 3UQRA 4B1CA 5P50A 4ACXA 4KB9A 1ZLFA 2JYSA 2I4WA 2RKFA 3VCMA 4QJ9A 1KJ7A 1DAZC 2H6TA 5P6FA 1HTRB 3NWXA 4CPRA 3IXOA 5P85A 1HSHA 3EKTA 1IDAA 3INFA 5P57A 5OZSA 1AJVA 5P84A 2QU3A 1RV7A 2ASIA 1ENTE 2V12C 5OZQA 2BPXA 2XFIA 1A30A 3O9HA 3JVWA 1NPVA 3G6ZA 3PWWA 5P04A 5P5PA 3TOFA 3UDRA 4Y5LA 1FMUA 1TQFA 4XX3A 1W50A 1HPSA 3OXCA 5P02A 1AAQA 3CKPA 3H5BA 5P1VA 5AGZA 3VUCA 1QBUA 2ZE1A 5P3OA 3NU9A 3OK9A 3BUHA 1D4LA 5HE7A 2NXDA 1HWRA 5OZNA 3MSJA 1HVCA 3PHVA 5P8MA 2NPHA 1YM4A 5APRE 5OYWA 5OZ7A 3OTSA 1LYWB 4PYVA 4MC9A 1AVFA 5P0OA 1C6YA 1WKRA 1CMSA 3PBZA 3PCWA 3D1ZA 4FLGA 3VLBA 1EPRE 5P2WA 1FQXA 4DPFA 5P7SA 5P7LA 4RZ1A 2Q63A 3OAGA 2HAHA 5JFPA 1UH7A 5OZJA 1OHRA 2O4NA 2FDEA 4Y3JA 4PZXA 5P34A 2O40A 5P5FA 2H6SA 2R5PA 2FXEA 1YX9A 1OEWA 1U8GA 5SY3A 5P8PA 2QI6A 4RVJA 3SA7A 4PEPA 4CPQA 2FXDA 5DR0A 4GZFA 5HD0A 1GNMA 3OADB 5P06A 3M9FA 3GGAA 2ZJJA 2NNPA 2QAKA 5P71A 4R8YA 4I1CA 1MESA 4J0VA 5P6EA 5AH8A 3VYDA 1K6CA 2VIYA 4YD5A 2WF1A 5P7PA 6APRE 4Y4UA 3RVIA 5P31A 3F9QA 1MIQA 5P82A 4Y4ZA 3VFAA 5P6JA 1BDRA 5P1RA 5OYTA 5ENMA 1B6KA 2ZJNA 4NPUA 2RKGA 5P4JA 1FQ4A 2PH6A 3IXJA 5P1OA 3OU4B 4QLHA 4D83A 2AOIA 2BPZA 4Z2ZA 3PLDA 5P41A 2ZHRA 4FM8A 5P5VA 4Y3SA 4L7HA 4L7JA 2QHZA 4FRJA 5P3PA 5F01A 1APWE 3SA3A 5P48A 1EBWA 4J0ZA 4LP9A 1SMEA 2HIZA 5DR1A 2Q64A 3HAWA 3ZMGA 4Y54A 3KFSA 4YDGA 4GJ9A 4I11A 4GJ5A 3UDHA 4Y38A 3K5CA 2QI5A 4IVTA 5P7JA 1EPOE 1DIFA 3PGIA 2P83A 2OHKA 4J17A 3ZKSA 5P3VA 3NDWA 4J0TA 5OYQA 4L1AA 2OHUA 4EYRA 2CENA 2WF3A 5P56A 2AZ8A 1TSUA 5P25A 5P47A 3DCRA 3BC4A 3WSJA 5COOA 2QNNA 5P0AA 2FGVA 2PSVA 5P2RA 4N00A 5HE4A 5P88A 5P2GA 3VEUA 3SM2A 3D1XA 2BPWA 5P7AA 3Q3TA 5P1NA 3O9FA 1QS8A 5P0MA 5P29A 3LIVA 4DPIA 2BKTA 3EXOA 3CMSA 4R91A 1JLDA 3PEPA 1BDLA 3O9BA 1BXOA 2AVOA 1ODWA 2IS0A 5P8EA 5DGWA 1Q9PA 5P7EA 4RCDA 4HDPA 4D8CA 3KFRA 5P5LA 3OU3A 2VJ9A 5P2OA 1IVPA 4B78A 4DI2A 1C6XA 4LC7A 2V10C 3SABA 4TVHA 3L58A 1RPIA 4Y5NA 5P81A 5P24A 5P8CA 5P72A 4Y4DA 2NR6A 5P7CA 4ZPGA 1EEDP 1KZKA 1CZIE 1LYAA 1HVRA 4TVGA 3OQFA 3OAGB 1HXWA 5HTZA 4EJLA 2CEJA 4DQCA 3JVYA 1D4JA 4DJWA 5T4SA 4QJAA 5BRYA 4DQEA 1HVIA 2NNKA 2R3TA 3O99A 4J0YA 5P0FA 2B8VA 4FCOA 5P55A 2VS2A 5SXNA 2HB2A 1QBRA 5P10A 5P2TA 2OHQA 3U6AA 3QROA 1FEJC 3UDJA 3NXNA 3VF5A 3HVGA 3B7VA 3S8IA 3G72A 1TSQA 1RL8A 5P5HA 3QRSA 2WECA 4BEKA 5P6PA 2PSGA 5I3VA 2AVVA 4EPJA 2ANLA 5P11A 3ZOVA 1W6IA 1F34A 4ZPEA 4LXAA 3UFNA 1EC2A 3ZKIA 3K5FA 5P0TA 3HD8A 5P2CA 3OHHA 4Y53A 5AH7A 5P4OA 2J9KA 2HPFA 2QMFA 3SFCA 5P2EA 1EPQE 3OOTA 1IDBA 4AMTA 4EJ8A 6UPJA 1T6EX 1LF3A 2AZ9A 4YBIA 5DR4A 3T7XA 3GW5A 1MT7A 3DV5A 5P39A 5P6LA 4Y48A 1FLHA 3PMYA 3DK1A 5P5MA 2FDPA 2ZGAA 2FS4A 3GI6A 5I3YA 4Z50A 4Y5PA 4EJDA 1MVPA 2VIZA 3K4VA 4NJTA 4UPJA 5OZOA 5P0QA 3CIDA 3S56A 2AOCA 5HDZA 4Z22A 5P44A 4LBTA 4L1AB 3AIDA 5P2VA 4J1CA 4GJAA 3LZYA 2ZDZA 4F75A 1LV1A 1ZSRA 1EC0A 5P5NA 1NSOA 5P0KA 3NU5A 3LZVA 3PB5A 2PK5A 5P1QA 3EMYA 3O9EA 5P6XA 5P73A 4OBZA 1HVHA 3HW1A 2AOJA 2ZJHA 1GNOA 4NJSA 5P2UA 4H3IA 5OYXA 1A8GA 2HPEA 5HU1A 2IL2A 3ZLQA 1UH9A 3TH9A 5P3UA 3KYRA 1T7JA 4Y3HA 2PWRA 5P32A 2OHTA 4A6BA 3S7LA 2IKOA 5P3IA 5IVSA 5P6HA 5P0ZA 4FRIA 3IGBA 2QNPA 5P4UA 5P0NA 4Y3QA 3VV6A 3U71A 5B18A 5OYUA 2QMPA 5P5KA 5OZAA 3TPLA 1DMPA 5P4QA 5P4DA 5P14A 4JECA 5P6UA 3IXKA 1D4SA 2ZHTA 5AH9A 1RQ9A 2OF0A 5P7ZA 4I8ZA 4GJCA 2QK5A 1APVE 4EP3A 1W51A 3K4VC 1B6MA 5P5AA 2QCIA 2JXRA 3DM6A 4Z4XA 3OXXA 1EBKC 5P3WA 4FSLA 1FQ5A 4OBHA 4I0IA 5E5KA 3KFNA 4QJ6A 2WEBA 2P3AA 2RSPA 4Y57A 1FG6C 2QZXA 1EC1A 5AHCA 2RENA 3GI5A 1HVJA 3OU4A 4Y5BA 3I6OA 2VNMA 5P86A 1IZEA 1MRXA 3K5DA 1WBKA 5P0JA 3TKWA 4COEA 4RVIA 5P5EA 4J1EA 2VIJA 5P7GA 1MRWA 4ZSPA 5OZGA 3BGBA 4D88A 3LHGA 3IN4A 2R43A 1SIVA 3KA2A 5P3MA 4OBKA 4FM6A 1IIQA 5TOLA 3OQDA 3FKTA 3OUDA 5DR3A 3INDA 3MXEA 5P83A 3GGUA 1E81E 2AZBA 5P2LA 5P8FA 2IENA 3QRMA 1HPVA 3TPPA 5P0VA 3ZPSA 3EKPA 5KR2A 3I25A 4YE3A 5AHBA 5P8HA 3CICA 4K8SA 5P0DA 3OGQA 5I3WA 1HIIA 4XKXA 5OZCA 4DQFA 5P4EA 2IGYA 3I2LA 3EL9A 2V13A 1QDMA 5P54A 1ZPAA 5ER1E 4J54A 2FGUA 1ZJ7A 3PCZA 4E43A 2V00A 5P4FA 4ZEAA 4Y5EA 3N4LA 4Y3XA 5KOSA 2ZHVA 3KMXA 4XX4A 1FKNA 2V16C 5P7IA 5P79A 3UFLA 1DW6C 4BFDA 2R38A 2R9BA 2NMZA 2ZJLA 3EBZA 5P8GA 4Y35A 5OZTA 3PI0A 2WF4A 4YBFA 2FIVA 1HVKA 4Y3LA 5AH6A 5P59A 5P3RA 2ZJIA 1K1UA 4B0QA 3PSUA 1YM2A 2FDDA 1WBMA 4RROA 3OXVA 4QJ2A 5P1KA 1XE6A 3OUAA 5P8VA 1BWBA 2WEZA 2QZKA 1D4HA 3K1WA 4A6CA 1LEEA 2MIPA 1BWAA 5P5UA 1HRNA 1Z1HA 5P5XA 5P0PA 3IVIA 5P7WA 1M4HA 4OBZB 4Y3RA 5P5YA 1ODYA 8HVPA 5P42A 1BILA 4H3GA 3HAUA 4RCFA 4ZSQA 2FNTA 2WF0A 5P3ZA 4Y50A 3QS1A 5P0EA 1E82E 3SACA 3SQFA 4FAEA 1W5VA 2QZWA 3LPJA 3OY4A 5P70A 3VSXA 5SZ9A 3QP0A 4DQHA 4H3JA 5P5ZA 3INHA 5P6CA 1HTEA 1UH8A 4LL3A 5P2SA 3LNKA 4H1EA 4ZE6A 4X7IA 4CPSA 1KJ4A 2F3EA 5P46A 5P8OA 5IE1A 5P8QA 4DFGA 5SY2A 4EQJA 4MC2A 3HDKA 3SLZA 4QGIA 1G35A 1A9MA 1ZAPA 2FMBA 5DQ4A 5OYZA 5OZHA 2VJ6A 1NPWA 4FRSA 3DV1A 1PSNA 4CPTA 5OZEA 2G21A 3WB4A 5C9BA 3NYGA 2J9JA 5P3DA 5P1MA 5OZXA 1HOSA 4BELA 4J1KA 2OHRA 4A4QA 4WY1A 5IVRA 3L3AA 2Z4OA 1IZHA 1TW7A 1K1TA 4MC6A 4R93A 4I12A 4KE1A 1BAIA 5P1TA 4I0FA 5P6SA 4GIDA 2F3FA 5P1ZA 2P3DA 3NWQA 1GVUA 4APEA 5P3AA 3I8WA 1HHPA 2CEMA 4M8YA 3FV3A 3PRSA 4Y3PA 4Y47A 5P4PA 1ODXA 1E80E 1QBTA 2HS2A 2P3BA 5P4XA 4Q1XA 2QD6A 3OUDB 1G6LA 1XN2A 5P03A 3QRVA 3FNSA 3TLHA 5P8IA 3OXWA 3SA5A 4R95A 4I0DA 5P2MA 3VYFA 4MC1A 2QI1A 5P80A 3VG1A 1C6ZA 5P8LA 3QPJA 4Y58A 5JODA 4OC6A 5OZIA 2A1EA 3B80A 2APRA 5CLMA 4ZPFA 5P20A 2QP8A 4HDBA 5P8UA 5HCTA 4B00A 2IQGA 7UPJA 5OZZA 3CYXA 2A4FA 3QBHA 5BWYA 1PPLE 2PYMA 3HZCA 3ZKGA 3O9LA 4Y43A 3OUBA 4GYEA 2VKMA 1M43A 3UDYA 4AA9A 5P67A 3UQWA 4H3FA 5P7RA 4ER4E 4EJKA 2PWCA 4AZYA 2V0ZC 3C9XA 4B77A 2WHHA 3NDXA 3NDTA 1MUIA 3OWNA 1M0BA 4HLAA 4ER2E 5P3NA 4B1EA 5P36A 1GVTA 1KJFA 5P23A 3BVBA 1A94A 3WB5A 4EQ0A 4OBJA 1D4KA 2PQZA 5P3BA 5P0UA 3D91A 1SBGA 5P63A 1VIJA 3GGXA 1HVLA 5P3HA 5P40A 1SDUA 2ER6E 4D85A 4PHVA 1TZSA 2O4SA 4Y41A 5OYRA 3ECGA 5P07A 5OZ3A 4DQGA 4OD9A 1AZ5A 4YD3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P35 A;  4YD4 A;  5UPJ A;  5P1X A;  4HDF A;  4RYC A;  2O4P A;  4J1I A;  3D3T A;  1PRO A;  3VF3 A;  1B11 A;  4D89 A;  5P77 A;  1MSM A;  5P17 A;  4DJV A;  5P26 A;  2QMG A;  3RSX A;  3T3C A;  5CON A;  2BBB A;  2HM1 A;  4Y56 A;  5P5J A;  3RTH A;  3EKY A;  4FRK A;  5OZD A;  3UQU A;  5P5S A;  4Y3N A;  5P4B A;  3APP A;  5P2B A;  5P19 A;  5E5J A;  1ER8 E;  3K5G A;  2BPY A;  4RCE A;  4Y4T A;  3QVC A;  5P7M A;  3NUO A;  4JPC A;  5P0Y A;  5P7O A;  5JFU A;  4OBF A;  3S45 A;  4J0P A;  3PLL A;  3TPR A;  2F81 A;  3BUG A;  4Y4B A;  5P7T A;  3LIY A;  5P5O A;  2SAM A;  4WY6 A;  5P3F A;  1MPP A;  3KF0 A;  2I4U A;  2NTR A;  3L5D A;  2R3W A;  3EKQ A;  3DOX A;  5OZ0 A;  1ZTZ A;  2I0D A;  1YT9 A;  5P51 A;  5ER2 E;  2R5Q A;  3L59 A;  3VSW A;  1MEU A;  5P16 A;  3UDN A;  5OZU A;  5P7F A;  4HEG A;  3OU1 B;  2VJ7 A;  4DJY A;  5P12 A;  4GMI A;  4YD6 A;  1XDH A;  5HU0 A;  3BVA A;  2VNN A;  1LYW A;  5HDU A;  1LF4 A;  5P05 A;  4APR E;  5P5C A;  5P0G A;  4Y9W A;  1BIM A;  4FM7 A;  4FAF A;  2I4D A;  3ZKQ A;  2WF2 A;  1SMR A;  3OQK A;  3NSH A;  3EL4 A;  2V11 C;  3LZS A;  3A2O A;  2BPV A;  3EL0 A;  2IKU A;  4YOA A;  2WEA A;  5P5D A;  1HPO A;  3WZ8 A;  2FNS A;  3ZKN A;  2QZL A;  4Y3D A;  3L38 A;  1IZI A;  5P53 A;  3BXS A;  3U7S A;  3O9G A;  1VIK A;  5P6Q A;  1LYB A;  3OGP A;  3EC0 A;  3OAD A;  4DJR A;  3S85 A;  4GJB A;  4K4Q A;  5P3Q A;  5P15 A;  4FGX A;  1XE5 A;  3KT5 A;  2Z54 A;  1SIP A;  4I0J A;  5HE5 A;  3QVI A;  4Y4W A;  5P1G A;  4FS4 A;  1W5X A;  5KR1 A;  3KDD A;  2AOE A;  4TRW A;  1LYA B;  2IRZ A;  3NU6 A;  4KE0 A;  1ME6 A;  3NU3 A;  3DJK A;  1DPJ A;  2G1O A;  4EWO A;  3HVP A;  3T7P A;  2NXL A;  2B7Z A;  4Y4E A;  2XYE A;  1SDV A;  3OUC A;  3BRA A;  1G2K A;  3KMY A;  1K6T A;  4Y37 A;  4GJ6 A;  5P0X A;  4DQB A;  2AOH A;  2Q15 A;  5P7V A;  4J55 A;  3OQA A;  2IGX A;  3LIZ A;  1SP5 A;  5P5T A;  5DQ5 A;  3ZKX A;  5P1U A;  3T7Q A;  2G69 A;  4YA8 A;  5KQY A;  5HCO A;  1T3R A;  3CYW A;  4Y5C A;  1T7I A;  3TTP A;  3R1G B;  2Q3K A;  4B1D A;  5P8K A;  5P8S A;  5DPZ A;  3PMU A;  5OZY A;  4I0H A;  3GGV A;  4Y5A A;  3L5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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