5P66A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 267
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p66A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p66A01
5OZ4A 1T6GA 1A9MA 2HC0A 5P5RA 5IVQA 2IEOA 3URLA 1KZKA 2IKUA 2PSGA 4CPUA 4XX4A 1HVLA 5P8LA 3TPLA 4LHHA 2FDDA 4X2LA 2FDEA 4NPTA 5P2XA 3K5GA 5P48A 1YM2A 2HB4A 3JVYA 5P5XA 1HTGA 5OYTA 2P3BA 1E81E 1B6JA 1BV7A 2IQGA 3N4LA 1MPPA 1K2BA 5P19A 5P4UA 3OADB 5OZKA 3G70A 2O4LA 3OQAA 3HLOA 5AH8A 4M8YA 5P6OA 5C9FA 2QK5A 5P07A 2ZHTA 2QMGA 3MXEA 3CMSA 4Y3QA 4FM7A 5P5IA 1LS5A 3UDNA 1A8KA 5P1IA 4Y3AA 1T6EX 5AH9A 4Y57A 9HVPA 4R92A 1KJFA 1D4YA 5ENKA 4NPUA 5P0KA 5P0IA 2QAKA 1D4LA 4J1FA 4Y4BA 3NXEA 5JG1A 4DUSA 3IXJA 2G20A 5HDZA 5OZLA 1G35A 5OZBA 5P2GA 4PEPA 3O9DA 3FX5A 4Y4ZA 3DJKA 2ZE1A 4K4QA 3K5FA 4FRKA 5P5EA 2F8GA 4DJWA 3OAGB 3SA7A 3OUDB 1UH9A 5P3EA 2WECA 1APUE 3FNSA 2J9KA 5OZPA 5ER1E 1GVVA 5P23A 2AOIA 5OZ5A 4FSEA 5P57A 4RGHA 2AVQA 3ZPSA 1ZAPA 5P05A 2AIDA 4I10A 3NU5A 3NU9A 5P8VA 2R5QA 4ZPFA 4J0PA 4EHCA 2HS2A 5P2JA 1N49A 4QLHA 5HVPA 4NKKA 4ZPEA 3UQRA 3R0YA 3S85A 4Y53A 5P2AA 1BWAA 1B6KA 2QCIA 3DV5A 1HIHA 4K4RA 2O4PA 5P2VA 5P0UA 1EC0A 2WJOA 1E5OE 3OXVA 1BV9A 2I4DA 4Y3NA 1QRPE 4Y5AA 3ST5A 4XKXA 2UY0A 2ZJKA 5P5VA 3NWXA 1BIMA 4ZSRA 2FLEA 1F7AA 1UH7A 1ZSRA 5P7KA 4TVGA 4Z50A 4OC6B 1BVGA 4GIDA 2G1YA 2APRA 4YCTA 2VJ9A 4EYRA 3K5CA 1B5FA 4GJ9A 5OZQA 2QZXA 3MSLA 5IVSA 5P25A 4OBKA 1CMSA 5OZFA 1TCXA 3SKGA 3VLAA 3EKVA 3DOXA 5P5MA 1FLHA 5P2RA 2F3FA 5OYRA 1PSOE 3PLDA 5P6FA 3PWRA 5P3TA 5P1NA 2Q15A 1W50A 5P47A 3UDKA 3O9LA 4YBFA 5P0DA 2QI1A 1G0VA 2F3EA 5OZMA 3PCZA 3HZCA 4YDGA 5CLMA 2VIEA 3BGBA 5P78A 4FSLA 4RCEA 3ZKQA 3VYFA 1FQXA 5P0EA 4WY1A 5P82A 4AZYA 1EC2A 2WKZA 2EWYA 4Y38A 3SACA 1YTHA 2QI5A 3NDXA 4Y5NA 4Y3XA 5P7OA 2G69A 2QI3A 2PH6A 2QZKA 3IXOA 1K1TA 5B18A 5P6YA 2FMBA 4Y45A 5P6WA 2NMZA 5EZZA 4ZLSA 2QI0A 4APEA 1HVKA 3M9FA 4FRSA 4YCYA 3EL9A 3GGXA 2MIPA 1HOSA 4MC9A 4Y4DA 5AH6A 4A6CA 5P38A 5P7LA 5OZHA 4YA8A 5P6VA 1EEDP 2R9BA 3CYWA 4AA8A 2QI4A 1A30A 3KF0A 4YD6A 1NSOA 2HB2A 5P24A 3FIVA 3I6OA 5P4BA 2P3CA 1XN3A 2WF3A 3TLHA 2RMPA 3UDMA 4D89A 4Y50A 5P6IA 1IZDA 2RENA 2WF1A 2FIVA 1A8GA 3CIDA 1QS8A 4KE1A 3EM6A 1XDHA 3ZPUA 5P0OA 5P0CA 3QRMA 1QBRA 1BAIA 1LYAA 3VLBA 5P0XA 2HB3A 4FE6A 4RZ1A 3VV8A 5P7MA 5P08A 5P4DA 1VIKA 4ZEAA 4QJ8A 3RTMA 5DR1A 5P0LA 3GW5A 3OUCA 3CKTA 3OTYA 5I3WA 5DPZA 4RCFA 2V10C 4Y5CA 2QHCA 5P35A 1YM4A 3S7MA 2ER7E 2IRZA 1SMEA 4DQFA 4Q1XA 3S45A 4B1CA 2WHHA 5P3LA 1LF2A 3NUJA 5P4LA 3OADA 2Q63A 2V13A 4LAPA 3O9AA 1RNEA 1XL5A 2O4KA 4Q1WA 5P0NA 3S8IA 1BBSA 5P33A 3PHVA 3TNEA 5AH7A 1RV7A 5P2SA 3NLSA 3PSUA 1B6MA 3UF3A 5P5GA 5SZ9A 3BUFA 4Y4JA 5DR4A 2QD8A 3D3TA 2QP8A 4I0ZA 5AHCA 5P3MA 4FRJA 5P5AA 3TOHA 1EPQE 2Z4OA 5P58A 5P6RA 1FQ8A 2NR6A 3UDQA 3R1GB 5P28A 5P5ZA 2ASIA 5P14A 1WKRA 1K1UA 3QROA 3B80A 2VJ7A 3L5EA 3L5FA 1M0BA 1FMUA 3VV6A 1W5VA 5P7BA 7HVPA 3R0WA 4RRSA 5P4IA 4FIVA 3OAGA 4AMTA 5P49A 5P72A 1PSNA 5P0PA 3INHA 3OUDA 1ZLFA 3GGVA 3KDBA 3Q3TA 5P8GA 3UCBA 5DQ5A 1HVJA 3D20A 5KOQA 5P1GA 2F3KA 3O9IA 1EPME 2ER0E 4Y37A 4Z4XA 5P8AA 1MESA 4J1CA 5OZ6A 5P70A 3JW2A 4GJ5A 5P7FA 1MERA 5P09A 1FF0C 5P3YA 4DVFA 3IXKA 4RROA 6FIVA 3PVKA 5P1ZA 4CPTA 5P0ZA 1T7KA 4X7IA 2AVSA 1YT9A 4Y48A 3DK1A 3VF7A 3T7PA 2Q54A 3VSWA 3T3CA 3OXXA 2XYFA 5P7SA 2ZJLA 3RSVA 2AOGA 4OBHA 5ER2E 4Y3TA 2I0AA 2PSUA 4FLGA 3LITA 2BKTA 5P2LA 1XE6A 3PLLA 3IVHA 4H3JA 5P89A 5P8KA 3UDYA 3AUPA 3CIBA 2OHSA 4HEGA 4HDBA 4Y47A 4Y3EA 5P27A 3LPKA 3SO9A 1APTE 5P5UA 4B78A 5P51A 5P7EA 5OZGA 4BELA 5P26A 3SQFA 3FKTA 4EJLA 2OAHA 5P20A 5KOSA 4GMIA 3LINA 4OC6A 2R3TA 4L7JA 1AM5A 4APRE 5P15A 3TPJA 1OEWA 4J5JA 1EPOE 3MSJA 1UPJA 2VNNA 5P3WA 2G1NA 5P54A 4EP3A 5HD0A 1FB7A 2B8LA 2AZ8A 1MT9A 4F73A 2ZHRA 4I1CA 2OHQA 3IN3A 3S53A 4NJTA 2AOEA 3ZMGA 4Y54A 2QMFA 5OZ8A 3PRSA 5IS4A 5P3AA 5P75A 3A2OA 5I3YA 5P61A 4DQBA 3LZSA 1HTRB 2FXEA 2QNPA 2QMDA 5COOA 5HDUA 3QRVA 4I12A 5P2NA 1KJHA 5P6UA 1ME6A 3OU1B 4GYEA 2IDWA 1FG6C 3SLZA 3K1WA 1XS7D 2G1SA 1EPNE 1FMBA 4Y36A 2AODA 4B05A 1BDRA 5P41A 4OBDA 5DGWA 2I4VA 3O99A 4ZE6A 5P7CA 1AJXA 5P0FA 1IDAA 4J0ZA 5IVTA 5P7XA 1PPLE 5OZVA 4QJ6A 5P88A 1HTFA 5P1SA 1DW6C 2PMAA 5P68A 1W6IA 2V11C 5P81A 5P2BA 2I4UA 2I0DA 4Y35A 5OZJA 3O9EA 5HDXA 2CEMA 2AOHA 5SY2A 3QBHA 3Q5HA 2XFIA 3KYRA 4GJ8A 1LYBB 4FGXA 5P45A 5P3GA 2UXZA 1NPAA 5P8EA 4YE3A 5P0VA 5HU0A 1MUIA 3K4VC 5P4GA 4B77A 2FDPA 3LHGA 4B1DA 5P6SA 5P6DA 3LZYA 5P3PA 4PPHA 4CKUA 3PWMA 3RTNA 1EPPE 4I8WA 3T7QA 1K6TA 3RTHA 1HSGA 4DQCA 4ER4E 5P10A 3D91A 2NNPA 1W5WA 2NNKA 2O4NA 5P5OA 4DJVA 1D4KA 5P2MA 5P3VA 3ZKXA 5C9BA 2BB9A 1ZTZA 3LIVA 4I0GA 5P1VA 1SDVA 3OUBA 5P16A 3IGBA 1HPVA 3TKGA 1EPLE 5P3UA 1HEGE 1IZEA 5P1PA 4COEA 5P4WA 4MC1A 4CMSA 2AVOA 1ZPKA 4GB2A 3O9BA 3ZLQA 2BBBA 5P1QA 3GI4A 2QZWA 4I0IA 5P1HA 3APPA 4Y5MA 2AVVA 4RLDA 5P3NA 1OD1A 5P2UA 2QZLA 3NDWA 3KM4A 3QS1A 5P2DA 4Y3ZA 5DR0A 4I11A 3I8WA 4ER1E 5P2OA 2G21A 4HDFA 3SABA 1YTGA 1BILA 1KJ7A 3CKRA 1AZ5A 4ZSMA 3HDKA 4OBJA 2SAMA 3DV1A 4H1EA 3EL0A 4RYCA 4NJUA 3SFCA 4LBTA 3VUCA 1QDMA 1KJ4A 4R91A 5P3DA 1W6HA 2P3DA 1HVHA 5HDVA 5P5YA 3R4BA 3U71A 1HVCA 4Y58A 4TRWA 1J71A 2IL2A 3EMYA 5P00A 4YDFA 2Q11A 2HM1A 5P8IA 1GNMA 1LYWB 2WEBA 4H3FA 4D83A 3WB5A 2VA6A 3QAAA 4PZXA 4J0YA 3T6IA 4E43A 3PEPA 4B1EA 4KE0A 2NXLA 1NPWA 4Y3DA 2AVMA 4QJAA 1AJVA 5P5HA 4Y4AA 4J1KA 5P7WA 1NPVA 5P4SA 3TL9A 2RKGA 1A94A 1JLDA 5DR8A 4EPJA 5P4AA 4CPSA 5P5DA 4ER2E 5P2YA 1HRNA 1HWRA 3S7LA 3U7SA 1SGUA 5P4XA 3L58A 4J1EA 5OYXA 4EQ0A 2BPVA 1WBKA 5KQZA 5P74A 5HCTA 5P65A 5P7DA 4YD3A 5P6XA 4UPJA 4Y5EA 1HVSA 4RCDA 5P13A 1DMPA 3H0BA 1E80E 5P2FA 4PYVA 5P6NA 4NJVA 4Q5MA 5P8RA 2BJUA 5P64A 2AQUA 5P8PA 3JVWA 5P4VA 5P6KA 4LC7A 5P4OA 5P0MA 4I0JA 3OQ7A 1EBKC 4L7GA 5P83A 3G6ZA 5P3KA 5P67A 5P43A 5P4FA 5JFUA 3HVPA 3K5DA 3EKXA 2NXDA 2ZJMA 1BDQA 1LF3A 2AZ9A 2BPWA 4DPFA 2F80A 3SA3A 1EBWA 5P3OA 5OZ9A 5P2EA 2ZJIA 4Z22A 3ZOVA 3SA5A 5P5WA 5P8MA 5P0BA 2RKFA 2HS1A 4Y56A 5E5KA 3LIYA 1DP5A 1QBTA 3CICA 5P52A 1FIVA 3NDUA 1D4JA 5FIVA 5P6PA 1FQ6A 1U8GA 5OYYA 5P6HA 3SKFA 1MTBA 5P0YA 1C6XA 4Y5KA 3PGIA 3PB5A 4YD7A 7UPJA 4GJAA 5P8TA 2JXRA 2J9JB 5HU1A 5P62A 1SBGA 5P7GA 5P7HA 3OXCA 5P5CA 3EKYA 3OU4B 1GNNA 5P6EA 1SGZA 5P8CA 3SPKA 1K2CA 3QIHA 4Y3JA 3OU1A 5P3SA 3OUAA 3TPPA 2VA5A 5P8DA 5OYQA 3EM4A 2HIZA 2BPXA 5KQFA 5P44A 3DCRA 4B70A 2PK6A 2V00A 2CENA 1RPIA 3PMUA 4QGIA 4M8XA 2BQVA 3KA2A 4Y4WA 1K6PA 3FNUA 1HXWA 4TVHA 5P71A 1M43A 1FG8C 4QJ2A 3KDCA 1BDLA 2VS2A 3EL5A 4Y3SA 5P2HA 3FNTA 1BXQA 3EL1A 3DM6A 2PWCA 4TRZA 1ODWA 3KDDA 3KFSA 3ZKIA 6UPJA 1AXAA 5OZAA 2PK5A 5P1LA 5COPA 3KT5A 1BVEA 5COKA 4RRNA 4L7HA 4Y39A 3OHFA 4GJ6A 2XFJA 3UQUA 5UPJA 2P4JA 4ZPGA 5OYUA 4BFBA 3INDA 3OOTA 3NU6A 1LYBA 2V12C 2JJJA 2PC0A 2G1RA 2H6TA 5JFPA 2ER9E 3TKWA 3SA6A 3HAWA 4JPCA 3QP0A 1MT8A 4Y3FA 2A4FA 5I3XA 5OZ2A 1HEFE 1FQ4A 3L5DA 5PEPA 2R3WA 5T4SA 5KQYA 5P1OA 5P7NA 4HDPA 5P2CA 3I7EA 2I1AA 2JE4A 2IGYA 5P4JA 4RVXA 5P7ZA 4MC6A 5P8HA 4Y3YA 3Q70A 5P5SA 4K9HA 5DQ1A 3RU1A 4PZWA 2OHUA 1FGCC 3IA9A 1FMXA 1TQFA 4J0VA 1WBMA 1HTEA 5OZYA 5CONA 4FS4A 1SDUA 4Y4XA 3PWWA 2O40A 2VNMA 2WEDA 3NU3A 4OBFA 5P0SA 5ISKA 4CPQA 3TOGA 3OHHA 4GJCA 3B7VA 3UFLA 1IIQA 5P5LA 5SXNA 5P1TA 1HHPA 1Z8CA 4I0DA 4L1AB 1W51A 5P1XA 2OHMA 5AHBA 6APRE 4YOAA 1HVIA 2ZJJA 2G26A 4FRIA 5P56A 5P66A 4LXKA 2Z54A 1XL2A 2AOJA 3MSKA 1W5YA 3KN0A 5P1KA 5P0JA 3L5BA 4JPEA 4J55A 5P6LA 1HPSA 5KR1A 4DJXA 4LXMA 1APVE 5P6AA 3VSXA 4EJDA 5P7VA 2PH8A 2G22A 2WF4A 2ZHUA 5P39A 3S43B 4LL3A 4I0HA 8HVPA 1C6ZA 4B72A 5P8BA 2ZGAA 1PPKE 5P2KA 1MT7A 3LPIA 1LYWA 3SAAA 5J25A 4DJRA 4IVTA 5P4QA 3S2OA 5P7IA 1Z1HA 5SY3A 3BGCA 2BPYA 2WEZA 3VCMA 1RQ9A 3BVBA 4DJYA 5OZNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ4 A;  1T6G A;  1A9M A;  2HC0 A;  5P5R A;  5IVQ A;  2IEO A;  3URL A;  1KZK A;  2IKU A;  2PSG A;  4CPU A;  4XX4 A;  1HVL A;  5P8L A;  3TPL A;  4LHH A;  2FDD A;  4X2L A;  2FDE A;  4NPT A;  5P2X A;  3K5G A;  5P48 A;  1YM2 A;  2HB4 A;  3JVY A;  5P5X A;  1HTG A;  5OYT A;  2P3B A;  1E81 E;  1B6J A;  1BV7 A;  2IQG A;  3N4L A;  1MPP A;  1K2B A;  5P19 A;  5P4U A;  3OAD B;  5OZK A;  3G70 A;  2O4L A;  3OQA A;  3HLO A;  5AH8 A;  4M8Y A;  5P6O A;  5C9F A;  2QK5 A;  5P07 A;  2ZHT A;  2QMG A;  3MXE A;  3CMS A;  4Y3Q A;  4FM7 A;  5P5I A;  1LS5 A;  3UDN A;  1A8K A;  5P1I A;  4Y3A A;  1T6E X;  5AH9 A;  4Y57 A;  9HVP A;  4R92 A;  1KJF A;  1D4Y A;  5ENK A;  4NPU A;  5P0K A;  5P0I A;  2QAK A;  1D4L A;  4J1F A;  4Y4B A;  3NXE A;  5JG1 A;  4DUS A;  3IXJ A;  2G20 A;  5HDZ A;  5OZL A;  1G35 A;  5OZB A;  5P2G A;  4PEP A;  3O9D A;  3FX5 A;  4Y4Z A;  3DJK A;  2ZE1 A;  4K4Q A;  3K5F A;  4FRK A;  5P5E A;  2F8G A;  4DJW A;  3OAG B;  3SA7 A;  3OUD B;  1UH9 A;  5P3E A;  2WEC A;  1APU E;  3FNS A;  2J9K A;  5OZP A;  5ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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