5P6BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 272
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6bA01
3OGPA 4YDFA 5I3XA 5P2JA 4QJ6A 3ZKGA 4Y5BA 2IL2A 4F73A 4TRZA 1TQFA 5P3BA 5P42A 3T7PA 5T4SA 2Q54A 1LEEA 2QU3A 5P3FA 2VJ7A 1HSIA 4GJ8A 4Y4GA 4I8WA 2PYMA 2QD8A 2O4LA 5P30A 1GNOA 3DCRA 1HIIA 4R5NA 5I3YA 4FE6A 3SO9A 3GW5A 1FMUA 5P8BA 5P7QA 5P0WA 2P83A 2Q63A 5P22A 2QI7A 4N00A 1AIDA 5P3NA 3RTNA 5P8CA 4Y35A 2F3EA 2QHZA 3MSJA 3SA9A 2QAKA 5IVRA 1FF0C 3L5DA 5P7NA 5P12A 1SDTA 2R3WA 1LYAB 5P3SA 4Y41A 3IGBA 3UFLA 5P3YA 5KQZA 5P14A 4YHQA 3UHLA 3LZVA 4EJ8A 5P6EA 2PK6A 5P3ZA 5ER1E 1VIKA 5OZUA 3ZKSA 3LIVA 3IA9A 5IVSA 5P6FA 4DJYA 5HCTA 3FX5A 4I0ZA 2B7FA 5DR7A 8HVPA 2B42A 4I0FA 3HD8A 5P1JA 3S2OA 5P3OA 3FNSA 3CYXA 4YD4A 2QZXA 1TW7A 1IZEA 3TKGA 3S7LA 2VIJA 3SM2A 1DAZC 4RROA 1GVVA 2AZ8A 1XE6A 4B05A 4WTUA 1XL2A 1Q9PA 3ER3E 3IAWA 3QROA 2WEDA 4Y4UA 2ER0E 3KA2A 5ENKA 4Y43A 4CPUA 4HDPA 2QZKA 4EJKA 5P3JA 5P2NA 3VSWA 4B1DA 4Y47A 5P0FA 5P6UA 4J17A 1EC3A 5P5WA 1W50A 3S43A 5OYYA 3KF0A 5P5QA 5P7YA 3ER5E 5FIVA 1DP5A 4NJSA 1LF4A 5P55A 1IVQA 1C6XA 3NDTA 1IVPA 4Y6MA 4NJVA 3D20A 5P76A 2R9BA 1BBSA 4DJXA 1GNMA 4H1EA 1D4IA 1DW6C 3PBZA 2B60A 3HBOA 2FMBA 5P0MA 4PEPA 4D8CA 1ENTE 2AIDA 5P5SA 4B72A 5P3RA 5P3HA 4COEA 4A6BA 3U6AA 4ZSMA 5P00A 2OF0A 5P64A 4GJ6A 4CPSA 4Y3NA 1B6LA 1QBUA 2JJJA 5P03A 1HEFE 3I2LA 4Y3FA 4Y4XA 3ZKQA 1RNEA 3UQUA 4J0PA 1AVFA 5OZ6A 3Q70A 2Q15A 3HAUA 2ER7E 2AQUA 3WZ7A 2Q11A 3EKWA 3RSXA 5PEPA 2OHMA 5P40A 1KJFA 2IKOA 5P3QA 3NU5A 5P79A 5P6OA 3UDKA 3C9XA 5P8TA 3S43B 4GJBA 2UY0A 2PYNA 5APRE 4J0YA 2QHYA 2G27A 4ZE6A 1E81E 1XDHA 1BDLA 2QCIA 5P1LA 5P5LA 4CMSA 1F7AA 3ZL7A 3EM3A 5P5YA 2AZCA 3BGCA 5P4XA 3UDNA 1EPNE 2WEAA 4GJ9A 3DUYA 4K4PA 5P1DA 2F81A 2ZHRA 5AH8A 4D88A 5P5HA 3NDXA 3S53A 5P4ZA 2OHRA 3MXEA 1C6ZA 5BWYA 5BS4A 1YT9A 3DM6A 5P6TA 3SM1A 3SLZA 1XN3A 1MVPA 4Y3QA 1PSOE 3CIDA 5P2GA 3PM4A 1APVE 3G70A 5OZAA 2ZHVA 3D91A 5P8SA 2VIEA 2R3TA 5AHAA 1HEGE 3SA4A 4Y5MA 3D3TA 1SGUA 5SXNA 1G6LA 3NU3A 5P7TA 5OZMA 3TPPA 1EBKC 4L6BA 1W51A 1G0VA 2Z4OA 2APRA 5P38A 1MIQA 4RLDA 5P6RA 1META 5P6YA 4JOOA 5B18A 3UDPA 1MTRA 5HE4A 3CKTA 4J5JA 2AVMA 3PB5A 5P37A 2WL0A 1W6IA 4CKUA 4DQGA 2BKSA 2QD6A 3VV6A 5P6XA 1B6MA 4FM6A 5OYUA 4RCDA 2H6SA 5P2QA 1WKRA 5P19A 1MSNA 4Y3LA 4YA8A 4ER4E 1XS7D 4XX4A 2IKUA 5P7RA 3S8IA 4FRSA 1LS5A 3PCWA 5P5AA 5P0NA 2CENA 5HD0A 2PQZA 1E5OE 4APRE 1SGZA 4OBHA 2BKTA 5HU0A 3WZ6A 1HPOA 5P8UA 5P4DA 1K6CA 1ZSRA 5KAOA 4M8XA 1HVKA 5HCOA 5KOSA 5P4NA 1TCWA 5E5JA 2HB4A 2ASIA 4NJTA 2BPXA 1HTEA 5P4YA 5P4BA 5OZ8A 4Y4DA 1CMSA 4I8ZA 2NXMA 5P8RA 5P1WA 3CIBA 3D1YA 2QNPA 2RENA 5P4UA 5P3CA 5P68A 5P57A 3IN3A 4ACXA 2BBBA 2OAHA 4Y5PA 2IEOA 4QJ8A 5KOQA 4J1KA 4Y38A 5P8JA 2I4WA 2XFIA 4FRKA 1GVWA 5P8IA 4ZSQA 4EP2A 4CPTA 4AMTA 4EJLA 4HZTA 5P83A 1RQ9A 4K4RA 2QMFA 2AVOA 2QI6A 2WJOA 3QBFA 5P6IA 3ZLQA 5P7WA 5OZ5A 5P1EA 5OZ1A 4ZPEA 4EXHA 3SACA 2ZJNA 2G69A 4YCTA 2I0DA 1MRXA 3VUCA 5P6MA 1BILA 5P5NA 1APTE 4NKKA 3N3IA 5P8LA 5IVTA 5P5UA 2PC0A 4ACUA 2AOEA 5P5JA 2BQVA 5P5GA 5P81A 4B00A 2JYSA 4Y3AA 1LYBA 1SMRA 1U8GA 4KE0A 4AA8A 2OHTA 4CP7A 1IZHA 4H3GA 3OUCA 5P4KA 3GGVA 3SA3A 1HVLA 2QI1A 1DPJA 2FDDA 4OBJA 4GZFA 1B5FB 1YX9A 2P3CA 1D4YA 2FLEA 5P3GA 4QGIA 4DVFA 3CKPA 3OU3A 4DQCA 3TH9A 4U7VA 5P1XA 5SY3A 2ZGAA 3LIQA 4J1CA 5J25A 5DR4A 5DR8A 3FNTA 5P2IA 2A4FA 2NNPA 4DJWA 3VLBA 4DJPA 4PZWA 2BPZA 4LL3A 2QNNA 1PPLE 4QJ9A 5P82A 1ODWA 1ODXA 2HM1A 5P1YA 1EEDP 1M43A 5OZDA 3B80A 5P7FA 1MPPA 4Y44A 5JFPA 3OWNA 5P1MA 4L7HA 1IZIA 4YDGA 3VV8A 3QAAA 4PHVA 5OZNA 1PSAA 4CPQA 2A1EA 3APRE 2XYFA 4ZIPA 3EL5A 2O4KA 2VNNA 5P3WA 3EKYA 3PLDA 4J0VA 3Q3TA 3O9HA 4FS4A 1PSNA 1T3RA 5P2WA 4RRSA 1UH9A 2VJ6A 3TOHA 1HHPA 1QBTA 4JECA 3K5FA 5P3LA 1SDUA 3URJA 1SIPA 4FAFA 3RTMA 3R0WA 4Y5AA 2HS1A 2WF1A 5JFUA 3VSXA 2OHPA 4Y3GA 5IS4A 5P10A 3UQPA 5P4FA 1TSUA 5HTZA 5P85A 2BPVA 4FIVA 1C6YA 3DJKA 3DK1A 4Y57A 4Y4EA 4RRNA 1MUIA 4Y53A 3IXJA 4DFGA 5P2CA 3URLA 5P2RA 5P1SA 5OZYA 5P60A 2XFJA 4AZYA 2JXRA 4Q1YA 5HDXA 2ZHTA 1XL5A 4R93A 1HXBA 2CEMA 2I4QA 3EL1A 4I0JA 2ER9E 4LBTA 2OHKA 3NU9A 1B6KA 1T6EX 5P5ZA 4ZPGA 5P1HA 4EYRA 1N49A 2HB2A 2P3BA 5P6QA 4H3IA 1FKNA 1W5WA 3OQDA 4Z4XA 5P2TA 3DCKA 3OUDA 3CKRA 5P6GA 2FNSA 1PROA 3URIA 2WECA 5JODA 2VA6A 3O99A 3O9FA 2IENA 5P49A 1ZSFA 5P78A 3OADA 1ZPKA 3EL0A 4X2LA 4OBFA 2AOGA 3SQFA 2NMYA 3TNEA 5P4PA 3EKTA 5P44A 3KMYA 3TTPA 5P2DA 1LF2A 1GVXA 5CONA 4FCOA 1SBGA 5DPZA 2R5QA 1G2KA 1LF3A 5P75A 5I3WA 4DI2A 5P8VA 4GJAA 2AOFA 5P18A 1QBRA 4Y5NA 3L58A 5P1KA 1HRNA 4YD3A 5P6CA 5C9FA 5BRYA 4Y3YA 5AH6A 4HE9A 5COPA 4PZXA 4HA5A 5P0YA 2I4XA 4TRYA 1HTRB 5P4CA 1K6VA 5P6VA 3VCMA 2FXDA 2QMDA 1XN2A 3TPLA 1E80E 3VF5A 5OYXA 2V10C 3DV1A 3EKXA 4DJUA 3UQRA 1EPQE 4Y5GA 3PLLA 1FQ7A 2OHSA 4GJ5A 3MWSA 1MERA 5OZWA 5DQCA 1B6JA 3LIXA 4Y5KA 4EQJA 3OADB 5P4VA 3VF7A 5P1QA 1HBVA 3PWWA 1BV9A 5P5DA 1WBKA 2G20A 4ZPFA 1MTBA 5P7IA 4Y4JA 3L5EA 5P2OA 5OZVA 4CPRA 2HPEA 1MT9A 1BVEA 1MEUA 1EPLE 2FDEA 2ZJMA 5P3IA 4FM8A 5P7GA 5P1FA 5P06A 5P33A 3RSVA 3GI0A 4OBDA 3BGBA 1LZQA 1D4KA 2OHNA 5P34A 1WBMA 5P77A 3L5CA 4QLHA 5KR0A 3OXVA 1M0BA 5KQYA 5P09A 5P4WA 1K1TA 2HAHA 5ER2E 4F74A 3LHGA 1HVHA 3FIVA 3PEPA 1SMEA 1SP5A 3AUPA 2ZDZA 3B7VA 5P32A 4RCEA 5P5RA 3ECGA 5P70A 1HWRA 5P7EA 1W5YA 5P0XA 1G35A 5OZHA 1GKTA 3IN4A 5P4RA 1BXOA 4J1HA 2G1RA 1BDRA 3G6ZA 1M4HA 3OXWA 4DPFA 4K4QA 3UQWA 1B6PA 5DR0A 4DJQA 3PWMA 5P72A 5P31A 4Y4TA 1IDBA 1ZAPA 5OZIA 1BIMA 3BXRA 5P3UA 1BWBA 4L7GA 1CZIE 4BELA 3GI4A 4JPEA 1QRPE 3OQFA 3WB4A 3ZKNA 5SZ9A 1KJ7A 2B7ZA 2QK5A 3WB5A 4J0TA 2V16C 3WSJA 5P17A 4Q1NA 5P5OA 5P1VA 4RVXA 2AVQA 4I0EA 4YCKA 3NWQA 5P25A 1OD1A 5P7BA 3S7MA 1AXAA 4GMIA 4MC1A 2JE4A 3VYFA 5P7UA 3S56A 4J54A 1ZTZA 2I4DA 4Y54A 4HVPA 3OTSA 5P43A 4I1CA 3CICA 3HDKA 3T6IA 4GB2A 5P2EA 1HPXA 5OYSA 5P8EA 1HPVA 5OZ4A 4EP3A 2QI5A 3ZPUA 3VG1A 1QBSA 4LC7A 1FG8C 5P0SA 5SY2A 3FNUA 2P3AA 2AOJA 4IVSA 5OZSA 4Q1XA 5P1UA 4BFBA 1NH0A 3L5BA 3G72A 4A6CA 2VIYA 4DH6A 1HVCA 4LXAA 5UPJA 1K1UA 1Z8CA 5OZRA 5P7AA 4RVIA 2QD7A 2AOIA 3QBHA 2G1SA 4PPHA 4Y3XA 4ZEAA 1UH7A 2AODA 3K5GA 3NSHA 5I3VA 3K4VA 2FDPA 5P3XA 4BFDA 2J9KA 3ZOVA 2P4JA 5P7ZA 4FM7A 2WEBA 3KMXA 4NPTA 1FG6C 3LPJA 3MSKA 5P6LA 5P2ZA 1MT8A 5ISJA 1FLHA 3QIHA 5HDVA 4L1AA 1KZKA 5P0LA 2ZE1A 5P0CA 1A94A 3D1ZA 5KR8A 2FNTA 4LXMA 5P1OA 2R8NA 2WF0A 5P8KA 5P36A 2HPFA 5HVPA 5P0VA 1PPME 5P0EA 2WKZA 5OZ9A 2FIVA 4DUSA 3OU4A 3NWXA 1MRWA 4APEA 5OYQA 1BDQA 4CPWA 5P15A 3U7SA 3EM6A 5P4AA 5AH9A 3JVWA 2AZBA 4U8WA 1RPIA 2NNKA 4Y51A 5P5KA 2VA7A 3OXCA 5P61A 1EPRE 3QRVA 2O4PA 4Y50A 2QMGA 5P51A 5DR1A 4YOAA 4TRWA 3QI1A 5P6NA 1HVRA 2IGXA 2ZJHA 2QU2A 3EMYA 5OZCA 3ST5A 5P27A 5P8FA 2HC0A 5P7CA 5P6AA 3Q5HA 4EQ0A 3A2OA 2WHHA 5P6PA 3LITA 1YTHA 4Y9WA 1HVIA 4XXSA 5P69A 3INDA 3K5DA 3NLSA 3O9BA 2BJUA 5P1CA 5KR1A 4RYCA 5AH7A 5OZJA 1MT7A 5ENMA 5P46A 3TOGA 3H0BA 3R2FA 5COKA 3LIYA 5OZ7A 4I11A 2Q55A 3NDUA 1CPIA 1W5VA 1YTJA 1TZSA 1EBZA 5OZPA 5COOA 5P8AA 2J9JA 2O4NA 5P6SA 3OU4B 3BUFA 3OGQA 4Y45A 3GI6A 3FKTA 4FSLA 4Y3RA 5P8DA 2UPJA 2PSVA 4RVJA 4YD5A 4Y36A 3TKWA 3O9GA 3PBDA 3O9LA 4UPJA 3ZPTA 2G22A 3APPA 3EBZA 1YG9A 3OU1A 5P26A 3CYWA 3SA8A 5KR2A 4OD9A 2IGYA 5P4GA 3PCZA 4J0ZA 4B70A 4Z22A 1NPVA 4Y3WA 3INEA 2QI4A 4Y3SA 5P1GA 5P87A 4Y4WA 1A8GA 5P0ZA 1TSQA 4GJ7A 3EL9A 5P4EA 5P73A 5P11A 3KDDA 5P2XA 2VA5A 2VJ9A 5OZLA 5P13A 3UQXA 3T7XA 3OQKA 5P4IA 5P74A 3O9EA 1KJ4A 2ANLA 3I8WA 3ZPSA 3I7EA 2F80A 1FQ5A 2R38A 4I0IA 2OHUA 5P4HA 4AUCA 3LIZA 3O9DA 4EPJA 2V11C 4YBIA 5P6JA 3VF3A 1FQ4A 3ZKMA 7UPJA 1D4SA 4YOBA 2F3FA 4FGXA 3QVCA 4FRIA 2NR6A 5P8NA 4B77A 2J9JB 4ER2E 4Y3PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OGP A;  4YDF A;  5I3X A;  5P2J A;  4QJ6 A;  3ZKG A;  4Y5B A;  2IL2 A;  4F73 A;  4TRZ A;  1TQF A;  5P3B A;  5P42 A;  3T7P A;  5T4S A;  2Q54 A;  1LEE A;  2QU3 A;  5P3F A;  2VJ7 A;  1HSI A;  4GJ8 A;  4Y4G A;  4I8W A;  2PYM A;  2QD8 A;  2O4L A;  5P30 A;  1GNO A;  3DCR A;  1HII A;  4R5N A;  5I3Y A;  4FE6 A;  3SO9 A;  3GW5 A;  1FMU A;  5P8B A;  5P7Q A;  5P0W A;  2P83 A;  2Q63 A;  5P22 A;  2QI7 A;  4N00 A;  1AID A;  5P3N A;  3RTN A;  5P8C A;  4Y35 A;  2F3E A;  2QHZ A;  3MSJ A;  3SA9 A;  2QAK A;  5IVR A;  1FF0 C;  3L5D A;  5P7N A;  5P12 A;  1SDT A;  2R3W A;  1LYA B;  5P3S A;  4Y41 A;  3IGB A;  3UFL A;  5P3Y A;  5KQZ A;  5P14 A;  4YHQ A;  3UHL A;  3LZV A;  4EJ8 A;  5P6E A;  2PK6 A;  5P3Z A;  5ER1 E;  1VIK A;  5OZU A;  3ZKS A;  3LIV A;  3IA9 A;  5IVS A;  5P6F A;  4DJY A;  5HCT A;  3FX5 A;  4I0Z A;  2B7F A;  5DR7 A;  8HVP A;  2B42 A;  4I0F A;  3HD8 A;  5P1J A;  3S2O A;  5P3O A;  3FNS A;  3CYX A;  4YD4 A;  2QZX A;  1TW7 A;  1IZE A;  3TKG A;  3S7L A;  2VIJ A;  3SM2 A;  1DAZ C;  4RRO A;  1GVV A;  2AZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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