5P6CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 273
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6cA01
2FXEA 4FRSA 4DJUA 2I4DA 5FIVA 4N00A 5OZ8A 3QROA 5OZ0A 1FKNA 3INDA 4B78A 5P7HA 1VIKA 1M0BA 5P1OA 3FNSA 4I0IA 2QD7A 4APRE 3S43A 3DK1A 5C9DA 5P13A 2G20A 1M4HA 1EPOE 3VV7A 1K1TA 1LF3A 5P22A 3OOZA 1BDLA 1RPIA 5P3VA 2HB4A 2ASIA 4FL8A 5KR8A 5P72A 5P1DA 5DQCA 1D4JA 3DV1A 4Y3DA 5P6PA 4Y5LA 5P6FA 5DQ5A 1FLHA 3OQKA 3ZKGA 3VYFA 5P5GA 5P1XA 4L6BA 4FM7A 3IAWA 1MESA 2NMYA 1U8GA 5OZ2A 3PSGA 3OQDA 4Y3WA 1K6TA 3KT2A 5P6HA 3SLZA 4GJCA 5OZUA 9HVPA 5HU1A 5P4YA 1NPWA 4NPTA 5ENMA 5P8VA 2QI3A 5P7VA 4Y3MA 5P5ZA 2P8HA 3URJA 5P3XA 5P60A 2AQUA 3Q6YA 5P0RA 1LYWB 2VIZA 3UCBA 4EYRA 1W6HA 5P2TA 3D1ZA 3TPRA 2V13A 5P73A 3N4LA 4RCDA 2O4PA 5P0SA 1TSUA 2JJJA 1N49A 4Y4ZA 3UDYA 5P0CA 2AZ8A 1IBQA 5AH7A 3OHFA 1EEDP 3UFLA 3ZMGA 2V16C 5P66A 5P2YA 3VYDA 3ZPSA 4L1AB 5KOQA 3LZVA 5HCOA 5P7BA 1C6ZA 5P40A 3CKRA 1TSQA 2QK5A 4K4QA 3QPJA 3VSWA 5P6MA 2PSUA 2FDDA 2PSVA 5P1ZA 5P1JA 3TOGA 2QAKA 4Y3ZA 4DJVA 5P8AA 1GNOA 3VUCA 4D83A 5P7NA 4Y5PA 5P4XA 1TW7A 3NU4A 3PHVA 4DJWA 5OZMA 1QBTA 4XX4A 3K4VC 2A1EA 5P35A 3IVHA 2NMZA 4Y5EA 4YD5A 5P8LA 5P6AA 4Y3TA 3L58A 5P62A 3U7SA 5P2HA 5P7WA 2HPFA 2H6TA 4TRZA 1CZIE 3KDBA 3K5CA 5PEPA 3TLHA 4ZIPA 4FCOA 2QZKA 4RRSA 3D91A 4GJAA 3OU4B 2JJIA 2AOGA 4H3IA 4FSLA 2CENA 4K8SA 2P3DA 2IRZA 2WEBA 1OD1A 1SDVA 1ZP8A 1HTEA 1HPSA 3UDMA 1B6JA 5P8PA 4B1EA 4IVTA 3KFNA 4ZE6A 2IGXA 3TPLA 3K4VA 2AOIA 1BAIA 1K2BA 5AH8A 5P8KA 5P6BA 3SAAA 5ISKA 3DCKA 5P4EA 5P5DA 1BXOA 3RVIA 3G72A 1XE5A 2QU2A 5P83A 4B70A 3O9HA 2G94A 1HXWA 2B8LA 5P0MA 2Q5KA 3TOFA 1SMRA 1KJ4A 1BWAA 2IKUA 5P31A 3L5BA 5P1YA 3OADA 5P5NA 3UQRA 4BELA 1A9MA 2QP8A 2G1RA 3NU9A 1MRWA 1T6GA 3S56A 2ZHVA 3OGQA 5P7TA 3S53A 4RYGA 5JODA 1HEGE 3D20A 4YCTA 2V11C 3DCRA 5P2RA 5IVQA 5OYRA 1ZJ7A 3EKWA 5OYTA 5P44A 5P45A 2XFKA 1NH0A 3FNUA 1SH9A 2J9KA 5P1FA 4J1IA 4R5NA 5P55A 5P4DA 2XFIA 4MC6A 2IS0A 4GJ7A 4RVXA 4ZSQA 4I8WA 4I0EA 3SKGA 4Y53A 2PYNA 2B60A 3IN4A 2VNNA 2PH6A 5P4VA 3TNEA 5P0TA 3LIXA 4LP9A 5F01A 2QZWA 5AGZA 1EBWA 5DQ2A 5AHAA 3S85A 3LZSA 3KDCA 1D4HA 4I0GA 3LPKA 3PB5A 4EWOA 1EPME 3IN3A 2ZHUA 5P5PA 1EC0A 3CKTA 5P2CA 4Y6MA 4M8YA 1K6PA 2P3BA 4EP3A 3T3CA 3RSXA 5P6GA 3WB4A 4AUCA 5P25A 1ZBGA 2QHCA 1QBUA 1EBYA 5P1NA 4Y5GA 5HE7A 2ZJKA 5P6NA 1ODYA 1GVXA 5P04A 2PYMA 4OBJA 1GVWA 4J1HA 5P4SA 3DM6A 3BVBA 1AJXA 5P4GA 1YTHA 3CYWA 4GJBA 3K5FA 4Y35A 4YDGA 5HU0A 4EXGA 4ZLSA 5AHCA 5P0LA 5P1IA 1W5VA 1EC3A 4TVHA 2Q55A 5P8CA 5P7XA 4CPQA 5P6CA 5P50A 4Y3SA 5P10A 2WECA 4Q1YA 2Q64A 5IVRA 2ZJJA 2AVMA 4F75A 4YOAA 3S8IA 5P77A 8HVPA 3MSJA 1YTJA 3WZ7A 4Q5MA 1K6VA 5HDZA 5P79A 5P5OA 5P80A 5DR1A 3L5DA 2VIJA 5SY3A 2QD8A 4R95A 5P3MA 1KJFA 2HAHA 4JPEA 1HEFE 2NPHA 4D8CA 3SA6A 4FRIA 2Q11A 5P85A 3O9LB 1MEUA 5KQFA 1SGUA 3LNKA 3LINA 1PSOE 1ZPAA 4FSEA 1MSMA 5P0WA 1HSHA 5P41A 5P0FA 4EJ8A 2SAMA 4Y4AA 3OU3A 4GJ6A 5OZRA 2WEZA 2QU3A 2R3WA 3S2OA 3I8WA 5P1BA 3ZKSA 2OHPA 3PBDA 5P4KA 1YX9A 3NUOA 1MT7A 5P7FA 4OC6A 4DJPA 3OAGA 4Y3QA 2O4KA 3DJKA 5P7QA 4Y3GA 5P1AA 2BPYA 5P3EA 5P4FA 4U7VA 2ZJHA 1DAZC 2QMGA 1LYAA 5P0IA 4GB2A 3UTLA 5OZHA 5P52A 2Q54A 2I4XA 5P0UA 4Y4BA 4Q1XA 4QJ6A 5I3XA 5P03A 3EM4A 2Q63A 4HDPA 4I8ZA 1KZKA 5DR0A 4EXHA 2ER7E 4EHCA 1K2CA 2JE4A 3UHLA 5OZTA 5DR7A 5P3FA 5P7MA 4JP9A 3SACA 3TKWA 3NU3A 4DQFA 2VA7A 2JYSA 4ER4E 1D4YA 5P0YA 3T11A 1FIVA 4CPSA 1GKTA 3QBFA 2AVSA 4EJKA 4ZSRA 3OUBA 2WJOA 4Y3LA 4Y50A 1SP5A 1AXAA 4LXAA 4DVFA 1PPKE 3ZL7A 3M9FA 3G6ZA 1HIIA 1T7KA 5P68A 3EKYA 1AM5A 3WSJA 7HVPA 4OBDA 4DQHA 3GI4A 5P09A 3IXKA 4H3FA 1QS8A 2FIVA 5P71A 4Y47A 3QRSA 5P1UA 3CYXA 3EKXA 1EAGA 1GNMA 4JPCA 4Y3NA 3PBZA 4RLDA 5OZCA 3N3IA 3HW1A 2G1NA 4Z2ZA 5P1RA 3TH9A 2ZHTA 2QZLA 3Q70A 4EJLA 4R91A 3GW5A 4YOBA 5OZYA 1XS7D 4COEA 5OYUA 1A30A 3O9DA 5P4PA 5P6LA 5P3HA 1MIQA 3NU6A 5OYVA 4TRYA 3JVYA 2NR6A 3SPKA 3D3TA 1BIMA 3OTYA 5P2SA 4CPUA 1HPOA 2AODA 4Y4WA 1FFIC 3O9EA 4QJ9A 4K4RA 4AZYA 4I0DA 3BGCA 1ENTE 3S7LA 1LYBB 3OU1A 3JW2A 2H6SA 2I1AA 2V10C 5DR3A 1UPJA 1Z1HA 1LEEA 2P4JA 3INEA 4TVGA 3LIVA 1EPPE 4AMTA 3ZKXA 3VV6A 1DMPA 5P08A 5P3CA 2RKFA 3KN0A 4U7QA 1MERA 5I3WA 3NYGA 4Y38A 5P8SA 5P5LA 3GI5A 3L5EA 4CPRA 4J55A 4YD6A 2PK5A 3SM1A 1Q9PA 5DR4A 5P5KA 5P0DA 1SIVA 2IDWA 4Y5CA 3FV3A 2RSPA 1EPQE 3SO9A 5P3QA 3HBOA 2FLEA 5P4NA 4YE3A 3VLBA 5DGWA 4HDFA 4YBFA 2JXRA 5OZSA 5P6WA 2BPZA 4OBHA 1G35A 1DIFA 3EMYA 2AVQA 1MRXA 5P28A 2QNQA 2ER9E 4Y58A 2I0AA 2OHQA 4OD9B 4HLAA 1HBVA 5P3NA 1T7JA 1SMEA 3WZ8A 3I2LA 2AVOA 3SA9A 1IZEA 3NSHA 5HVPA 3ER3E 4R93A 2QI1A 5OZFA 4Y48A 5P63A 2NXLA 3HLOA 5P0ZA 4B1DA 2VNMA 5P3YA 2QI5A 3OADB 5OYZA 3O9BA 4EP2A 1HVJA 5P78A 5P38A 5OZLA 4JECA 2VA5A 3C9XA 5P5WA 5P7ZA 5P4BA 3T6IA 5I70A 1ZAPA 5P1PA 5JFUA 2ER6E 5OYWA 5I3VA 5P7GA 3QVIA 5I3YA 1ZLFA 3LPIA 4H1EA 4RYCA 1AZ5A 1EBKC 4Y3YA 5P61A 2OHUA 1D4IA 1BVGA 1NSOA 5P0OA 1XN2A 2AOHA 3FSMA 5P8NA 5P5EA 5P4WA 4K4PA 1IVPA 3PWWA 1YG9A 4FRKA 4CPXA 5JG1A 5P7YA 5P0AA 4Y43A 2IEOA 2R43A 5P8HA 3UFNA 5OZ7A 3APPA 2G22A 4FM8A 1D4SA 4QJ8A 1FQ4A 1HVHA 2J9JA 4WY1A 2QCIA 2IKOA 5P6ZA 5P3DA 5P6YA 5P2LA 1YTIA 3BRAA 5KQZA 3O9FA 4DPFA 5OZPA 1HOSA 3DUYA 4LXMA 5AHBA 3RTMA 3FX5A 3NUJA 5P7AA 5P2JA 5P4MA 5P06A 3IXOA 4PEPA 5P5QA 5P74A 2BPVA 4FRJA 4YD7A 3KM4A 4LXKA 5P33A 3VSXA 4A4QA 3KDDA 2R9BA 5P5MA 3I7EA 5P12A 1HHPA 4JOOA 4PHVA 2WEAA 3EKVA 2OHNA 4B00A 2B42A 2I4VA 1KJ7A 4DH6A 2ZHRA 2WKZA 5P53A 1FGCC 1W6IA 1BDQA 3R0WA 5P6RA 5P24A 4J1EA 3EL5A 2P3AA 3OY4A 2A4FA 2QD6A 4KB9A 4Y3RA 1W5XA 4HA5A 5P02A 4LAPA 4Z50A 2ZJMA 5P5YA 1WBMA 3PMUA 2AVVA 5P2EA 4RGHA 5E5JA 1HVCA 5OYSA 1FEJC 1YM2A 2G27A 5P8MA 5P2UA 3EL9A 4GJ5A 4RCFA 5P0KA 3SFCA 5OZXA 1D4KA 1BVEA 1B5FB 1A8KA 1HXBA 2Q3KA 4Y44A 3S7MA 1HVIA 1FF0C 1KJHA 4S1GA 4KE1A 3L59A 3RTHA 3UQPA 2VA6A 5P2GA 5P4QA 3K5DA 5P43A 3SABA 5P6IA 1MVPA 5DQ4A 4GJ9A 1UH9A 4YCYA 3O99A 4OC6B 5P87A 3OAGB 5P37A 3BGBA 1HTGA 2VS2A 1HRNA 1IDBA 5C9BA 5OZBA 5P7JA 2O40A 3ZPTA 1E5OE 3WZ6A 5P16A 4FGXA 1LYAB 5P2DA 3I25A 1B6PA 3OUCA 5P47A 5P75A 5P6TA 3U6AA 5E5KA 5P7OA 3UPJA 5OZDA 3ZPUA 3VFBA 4Y5NA 5BRYA 5P7DA 4HDBA 4RVIA 5P3ZA 5P3IA 2RMPA 5P7KA 5DPZA 3Q3TA 3Q5HA 2VKMA 4X7IA 5P6KA 4J1CA 1BV9A 1XE6A 2OHRA 3K1WA 4KUPA 4Y3HA 3EKQA 3UDHA 4NKKA 3UQXA 1BBSA 3LZYA 1A8GA 2XYEA 2R38A 3KMYA 1NPVA 2UPJA 4F73A 5J25A 3ZKNA 4ZPGA 2APRA 6UPJA 4FAEA 1EPLE 4TRWA 2PQZA 5P5RA 1RL8A 3GGAA 4FM6A 3D1YA 5P4HA 1TQFA 3VF7A 3L5CA 4OBZA 1QDMA 5P32A 2HM1A 5P7RA 3VLAA 4Y4GA 4FIVA 1M43A 5P1CA 5P8DA 3RU1A 5OZ9A 3UQWA 3TKGA 5P6JA 5P3AA 4ZPEA 5P54A 5COOA 5KQYA 4OBGA 3OQ7A 5OZVA 1T3RA 4QJAA 2O4LA 5P56A 1ODXA 5P6UA 1WBKA 4RROA 3OXCA 2XYFA 1ME6A 5P4UA 4Y54A 5P5VA 5P05A 3TTPA 5OZ5A 1SGZA 5OZGA 4QJ7A 4Y3AA 1FQXA 4H3GA 4F76A 5COPA 5P5XA 2F3EA 3OU1B 3VCMA 4DUSA 3OQAA 6APRE 5P70A 2HB2A 2FGVA 4RRNA 3MXEA 5P1MA 4QLHA 5P2FA 1EPNE 4PZWA 3KFRA 5KQXA 4Y57A 2QI0A 2WF0A 3KMXA 4YBIA 3PWMA 5P07A 3PI5A 3S43B 3EKTA 4Y3JA 3NWQA 5P6EA 5P15A 4FS4A 3BVAA 5P8OA 3EBZA 2HIZA 4L7GA 2G1SA 3VYEA 3BXRA 3CIBA 2V00A 1NPAA 2QHZA 4Y51A 4DQCA 3QI1A 4LHHA 3F9QA 3MSKA 4NJTA 1D4LA 2R5PA 2QNPA 5B18A 4GYEA 5P3KA 3OUDA 1E80E 1ZPKA 2P83A 3EL1A 2B8VA 5P34A 1AIDA 5P84A 5OYYA 1AVFA 4I11A 3GGXA 2V12C 3IXJA 3BC4A 3EL0A 1B6LA 5P65A 2BJUA 4DJRA 3CMSA 3NDXA 5KAOA 3BUGA 5P14A 4MC9A 5P4OA 1SDUA 4B77A 3DOXA 1HVSA 5HDVA 3A2OA 4OBFA 1MT8A 2FGUA 4DQBA 3UDRA 2OHMA 5P3UA 3UDJA 4ER2E 4BFBA 1AAQA 3PM4A 5P88A 4H3JA 2F3KA 5KR2A 3MXDA 2AZBA 4YHQA 3NDTA 5P4CA 4B72A 4A6BA 1C70A 2IL2A 1BXQA 2WHHA 2G1OA 5P7IA 2WF2A 5P4IA 3RTNA 1IVQA 5P64A 4XXSA 1EC1A 2Z54A 2ZHSA 5P18A 2ZJNA 5P1TA 1FMUA 5DR8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FXE A;  4FRS A;  4DJU A;  2I4D A;  5FIV A;  4N00 A;  5OZ8 A;  3QRO A;  5OZ0 A;  1FKN A;  3IND A;  4B78 A;  5P7H A;  1VIK A;  1M0B A;  5P1O A;  3FNS A;  4I0I A;  2QD7 A;  4APR E;  3S43 A;  3DK1 A;  5C9D A;  5P13 A;  2G20 A;  1M4H A;  1EPO E;  3VV7 A;  1K1T A;  1LF3 A;  5P22 A;  3OOZ A;  1BDL A;  1RPI A;  5P3V A;  2HB4 A;  2ASI A;  4FL8 A;  5KR8 A;  5P72 A;  5P1D A;  5DQC A;  1D4J A;  3DV1 A;  4Y3D A;  5P6P A;  4Y5L A;  5P6F A;  5DQ5 A;  1FLH A;  3OQK A;  3ZKG A;  3VYF A;  5P5G A;  5P1X A;  4L6B A;  4FM7 A;  3IAW A;  1MES A;  2NMY A;  1U8G A;  5OZ2 A;  3PSG A;  3OQD A;  4Y3W A;  1K6T A;  3KT2 A;  5P6H A;  3SLZ A;  4GJC A;  5OZU A;  9HVP A;  5HU1 A;  5P4Y A;  1NPW A;  4NPT A;  5ENM A;  5P8V A;  2QI3 A;  5P7V A;  4Y3M A;  5P5Z A;  2P8H A;  3URJ A;  5P3X A;  5P60 A;  2AQU A;  3Q6Y A;  5P0R A;  1LYW B;  2VIZ A;  3UCB A;  4EYR A;  1W6H A;  5P2T A;  3D1Z A;  3TPR A;  2V13 A;  5P73 A;  3N4L A;  4RCD A;  2O4P A;  5P0S A;  1TSU A;  2JJJ A;  1N49 A;  4Y4Z A;  3UDY A;  5P0C A;  2AZ8 A;  1IBQ A;  5AH7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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