5P6EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 275
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6eA01
4R8YA 3VFBA 5P1JA 5P5XA 2QZLA 4CPWA 5P2WA 1LYAA 4YDGA 2UXZA 5I70A 5CLMA 5P7LA 4I0JA 3T7PA 3SA8A 3NU3A 4Y4GA 3CKPA 5OZ9A 1FMUA 3N3IA 4Y3RA 4AA9A 4GB2A 5IS4A 3OHFA 4B1DA 3IXJA 1HVLA 2WEBA 5P5OA 3BGCA 5P5DA 4OBKA 1ZSRA 5P54A 4R91A 1MVPA 1EC0A 2J9KA 3GGAA 4D85A 3PM4A 4Y3XA 5AHCA 3NXNA 5P2EA 4PZXA 4L7HA 5P10A 2PC0A 3UDQA 1QBUA 4B77A 1QRPE 2OHKA 5P7KA 2F81A 5OZZA 3KFSA 1ZBGA 5HDVA 1EBYA 1BVEA 5P4IA 3AIDA 5P47A 2RKGA 2QI1A 4QJ6A 3NR6A 4Y5KA 1HIHA 5P09A 5P6XA 4HVPA 2PSVA 5P8EA 2JJJA 3LIYA 4OBFA 5KQXA 3EL4A 3VCMA 3FKTA 4Y35A 3SM1A 1HVRA 2WKZA 2IRZA 5P4PA 4DQEA 5HCOA 1SP5A 3NUJA 3HVPA 5COOA 2OHQA 3S7LA 3SA3A 4HZTA 1ODYA 5OZ5A 1HEGE 1C6ZA 1XS7D 2IEOA 2BJUA 5OYTA 3GI4A 2PWRA 5P71A 5P4LA 4Y5NA 3VYFA 1BDRA 2XFJA 4WTUA 2NMZA 5P6AA 3KDCA 3OXVA 3LIQA 3OQFA 3KDDA 5P2SA 2ZJHA 3R0WA 3NYGA 3UDKA 4Y44A 5P1DA 3L58A 3JVYA 3QBFA 3OUAA 2I4VA 1HPVA 4PZWA 1G6LA 4YD5A 3ZPUA 3OTYA 1B6LA 4NJTA 2FDDA 2VJ6A 3EXOA 3K5GA 5P5VA 4LHHA 5P6WA 5P4EA 4MC1A 2QZWA 2ZJKA 3SO9A 3VF3A 2R43A 4YD3A 3L5FA 2I1AA 2HM1A 5P35A 4I0EA 3UPJA 5P1BA 3WZ8A 2QNNA 4LXAA 4YE3A 3UQPA 5P7TA 5HCTA 4Y3MA 3PGIA 1APWE 1META 4Y48A 5P4XA 3EL1A 5P7PA 4ACUA 1M43A 5OZDA 2IGYA 5P3OA 2PYMA 5I3YA 5P1LA 1SMRA 1LF4A 3Q6YA 4COEA 5AH7A 8HVPA 2AVVA 3PSUA 1AM5A 1TSUA 5P3TA 4ZSMA 6APRE 4MC6A 3NDUA 1PPLE 4J0ZA 3UQXA 1A9MA 4FRJA 1LYAB 4J55A 4DJQA 5I3WA 1HHPA 3PEPA 1GNMA 3KT5A 3KN0A 4YDFA 1HXBA 2RKFA 5P4VA 3PSGA 1UPJA 2BPVA 5P65A 3ZLQA 3NDXA 2B8VA 3T11A 3HAUA 2Q54A 5OZ8A 4BEKA 2OHRA 3CICA 5AH9A 1OEXA 4Y39A 5P0SA 2G26A 5P7QA 1EPPE 5P3YA 4Y3QA 1EPNE 1T7KA 5CONA 1HVSA 1GNNA 4FLGA 5P8FA 1NH0A 4J5JA 4EWOA 4I0DA 3QRMA 3O9CA 2RMPA 4RCFA 5P6OA 3BXSA 5JFUA 5P51A 5SY3A 4Y3DA 3G72A 1YX9A 5E5JA 5OZVA 1SGZA 3FIVA 1YTGA 6UPJA 3IGBA 5IE1A 3MXDA 5P07A 3QN8A 2IGXA 3INDA 5P1HA 2PSGA 2AZ9A 5OZOA 4K4QA 5P7XA 3OHHA 4L7JA 4HDFA 5P17A 4Q1YA 3PRSA 2I4XA 4D88A 2V13A 1AAQA 3GGVA 3OOZA 4RRSA 1WKRA 5DR7A 3L38A 5P1YA 3BGBA 1RL8A 1K2CA 5P5WA 5P52A 2IENA 1TW7A 1D4SA 1GVTA 1BIMA 2AOGA 4Y53A 3TTPA 5P43A 3O9AA 2NR6A 4GJ8A 3OAGA 2AOJA 5P7HA 4QJ8A 1K1UA 3S56A 4FRSA 2ZGAA 1KJ7A 5P68A 4EP3A 5JFPA 3UDYA 3QPJA 4YHQA 2O4NA 4QJAA 3DUYA 2BPXA 4J0PA 2HAHA 5DQCA 1IDAA 3JW2A 3LINA 3OADA 2WL0A 3QRSA 4DFGA 1D4LA 1A30A 5P4NA 4QGIA 5P64A 3U71A 1MT7A 5P33A 4EQ0A 3O9IA 5P38A 1LS5A 5P7SA 2OHNA 2G1YA 3PLLA 1W5WA 5P3XA 1HPSA 4JP9A 5P0GA 1AJVA 5SZ9A 2Q15A 4OD9A 3IN4A 3OUDA 4DPIA 4Y54A 1W5XA 1FQ6A 1ZAPA 5P2DA 3UQUA 1HBVA 2FLEA 5OZ0A 1VIJA 2I4WA 5HVPA 5P1TA 1MT9A 1U8GA 1APUE 4YD6A 3U7SA 2QMGA 1IZHA 3IA9A 5P8LA 5BS4A 5P0YA 4B00A 3O9DA 2AQUA 1G0VA 5P6RA 3EL0A 5OZCA 3SA4A 3VUCA 2OHLA 4QJ2A 2F3EA 3S7MA 4HDBA 5P85A 5P6SA 3T7XA 4D8CA 4YOBA 5P7VA 4Z50A 1PPME 2G27A 3EKWA 5P0QA 5P59A 4BFBA 5P3MA 5OZAA 4AUCA 2VIJA 5SY2A 4GJ5A 1GNOA 4RVIA 4I0IA 1BILA 4KUPA 3ST5A 3RU1A 3TOFA 2PWCA 1EPQE 4Y3JA 3L5EA 4Y43A 3OXWA 2UPJA 4Y36A 4U7QA 3OTSA 4EXHA 1FMXA 5P3BA 1BXQA 5OZYA 5P66A 1C6XA 3PLDA 4RCDA 2ER0E 3FSMA 1APTE 3S54A 4FM8A 3G70A 5P5SA 5P14A 5P1VA 3TH9A 4J1FA 5P4GA 3NLSA 5P7UA 2V10C 2QZXA 3RSXA 5IVQA 5ENMA 3GI5A 3Q70A 5P6QA 4K4RA 5DR3A 2IDWA 4YA8A 4EJ8A 5OYYA 5P4YA 4ZPFA 3UQRA 3DCKA 3VV7A 2QP8A 5P50A 5F01A 5P34A 3SA6A 1K6PA 1MRXA 5P7YA 5P40A 3MSJA 4TVHA 5P6IA 7HVPA 2J9JA 3KMXA 3BXRA 4I8WA 4M8YA 4Y3SA 5P36A 1ZPAA 5OZQA 3TPPA 2I0AA 4ACXA 5KR2A 1EEDP 3O9FA 2RENA 3OAGB 1CZIE 4Y5MA 2PSUA 5P55A 3F9QA 4Y5CA 4BELA 1APVE 4Y4DA 5HD0A 4F73A 1BDQA 5DGWA 5P79A 3HDKA 5P3WA 2V0ZC 5OZLA 5P02A 4J0VA 3PVKA 5C9BA 1FQ5A 5P2IA 3OADB 5OZKA 5P0XA 4HA5A 1Z1HA 2FMBA 5P7FA 4Y4UA 1ZSFA 5OZ4A 5P6KA 2P4JA 3UF3A 1D4HA 5BWYA 4KB9A 4TVGA 5P0TA 5P4HA 5P22A 3DJKA 3TNEA 1EBZA 2P83A 3WSJA 3FV3A 4K8SA 2P3BA 5P7ZA 2CEMA 5OZUA 2Q55A 3R4BA 4KE1A 4TRYA 3PWWA 3ER3E 3CKTA 3VYEA 4YD7A 4DJOA 4OD9B 2HB4A 3OUDB 5P67A 2PMAA 1MUIA 5P1MA 4CMSA 2H6TA 1TQFA 5P8VA 3EC0A 3ZMGA 5P4TA 5P0RA 1BDLA 5P30A 1GKTA 1MTBA 5P2GA 4GJBA 1XN2A 4Y45A 2WEZA 5ENKA 5P4FA 4DJWA 5P83A 4DVFA 3ZOVA 1QS8A 1E5OE 5P3QA 5OZTA 1UH9A 5P7WA 1XDHA 4GJAA 2APRA 2AZ8A 4J1EA 4J1HA 3APPA 2QD7A 3UDJA 4XKXA 2WF0A 5P0VA 2AZCA 5P3DA 1EPLE 2VIEA 2BPYA 2O4PA 3PCZA 3PBZA 5OZMA 3ZKNA 3O9GA 3PCWA 5P0JA 4OBZA 3CKRA 5IVTA 4NPUA 3OXXA 4WY1A 2ZHRA 1K6TA 5P4DA 1VIKA 3OGQA 4I0HA 3NWXA 5AGZA 1MPPA 5OZEA 5DQ4A 5KAOA 3S85A 3NUOA 4FAEA 3DV1A 1PPKE 3CYWA 2QMPA 5AHBA 3LZSA 1FB7A 1XE5A 3IN3A 3INHA 3IXKA 3LPKA 5P8GA 3L3AA 5P88A 5KR0A 5P4ZA 3SPKA 2F3KA 2NNKA 5P6EA 2FGUA 5P0IA 4DQGA 4H3FA 5P0DA 3U6AA 3ZKMA 5KQFA 2HB2A 2ZJNA 1OEWA 4B72A 1PSOE 4LL3A 5P0NA 3O99A 4Y4BA 1CPIA 2J9JB 3D1YA 3OU1A 5DPZA 1IZDA 2NTRA 2OAHA 2FXDA 1YG9A 1FFFC 3QRVA 5P08A 3DV5A 4RROA 3LHGA 4FE6A 2Z54A 5P6NA 5OYVA 2ER9E 3M9FA 2ANLA 1HSGA 5OZFA 3D91A 1FIVA 3EM3A 2ZJLA 3NWQA 3CIDA 4GJ7A 5EZXA 5P57A 5DQ5A 5P7DA 1FQ7A 3TLHA 4LBTA 5P5FA 5P86A 2ZJJA 4PPHA 4DQBA 3VSXA 5P3KA 4Y4EA 5P15A 4Y3NA 3KFNA 2P3DA 5P25A 1FG8C 2R8NA 2ZHSA 1RNEA 4DPFA 2VJ7A 5P26A 3D20A 2AOCA 5P1EA 1HTEA 2IKUA 5P1PA 2Q3KA 1MERA 5P56A 2P3BB 1KJGA 4Y3FA 1SMEA 3GI6A 3HLOA 2AZBA 5P84A 2WEDA 1TCWA 5P5IA 1F7AA 3RTMA 1EBKC 2QMDA 2JYSA 1IVPA 2O40A 5DR8A 5P0PA 2PK6A 3UDRA 4R5NA 3TKGA 5P2RA 3SACA 3VEUA 4XX3A 1AVFA 2VKMA 3S43B 3K4VA 3PI0A 2G1SA 1F34A 5P7GA 5P0KA 5HTZA 2FGVA 3WZ7A 1BWBA 2G22A 4CPQA 3OK9A 3GW5A 5ISJA 3EKVA 3TL9A 1B6PA 2ZHTA 3N4LA 5DR1A 5P72A 1GVUA 3KMYA 4FSEA 5P7BA 1YTJA 5P11A 3B7VA 1HVHA 4HE9A 5P0FA 3QROA 5I3XA 4LAPA 2AOFA 1PSAA 5P41A 3B80A 4OBZB 1C70A 3BC4A 3BHEA 3JVWA 3NU4A 3I25A 4QLHA 3URIA 4DUSA 3PBDA 5P2QA 3PSYA 5HE4A 2Q64A 3ZL7A 2Z4OA 5P5PA 5P4OA 1PROA 2R9BA 2ZYEA 3RSVA 5C9FA 5P46A 5P3EA 1ZP8A 5P0WA 2VA6A 2HPEA 1EBWA 5OZ1A 3C9XA 3ZKIA 2IL2A 3OQKA 5P1IA 4Y5PA 2AVQA 4DJVA 1SDVA 4YCKA 2RSPA 5P2ZA 1NPVA 5P4CA 3TOHA 1ME6A 4Y58A 1HTFA 1ZTZA 3OU1B 3EL5A 4Y6MA 3H0BA 2CEJA 1OHRA 3MXEA 1M4HA 1MRWA 2NMYA 4J17A 4QJ9A 2ER7E 5P3JA 1BWAA 5TOLA 3SABA 4NPTA 3KDBA 5P0AA 5P1UA 3UFLA 1LF2A 2O4KA 5AHAA 1NPWA 4CPSA 1KJ4A 5P0MA 5P8MA 4U7VA 4AMTA 1D4JA 2VNNA 2F8GA 2JXRA 4LC7A 1NPAA 5P28A 3LIVA 5P39A 1DMPA 3OU3A 1YTIA 5P6MA 5P5EA 2QI0A 3Q5HA 4FIVA 5P8QA 3WB5A 3SM2A 2R3WA 2AOIA 4ZEAA 3I6OA 3Q3TA 3QIHA 5P1KA 5P4QA 2A4FA 1W5YA 2Q11A 2QNPA 2V11C 1HPXA 4Y3PA 4Y5GA 5P75A 3EMYA 4F75A 4J1CA 5C9DA 5FIVA 2BBBA 1D4IA 4Y3LA 4Y37A 3KA2A 2F3FA 3L5CA 5OYZA 2FNTA 5P13A 4GZFA 4ZSQA 5P4JA 3FNTA 3LZVA 1MSNA 5P05A 4XXSA 4EQJA 5P6ZA 5JODA 3LPIA 3IAWA 2UY0A 4I0ZA 2BB9A 2EWYA 2FS4A 1LYWA 2QMFA 3QBHA 2QHZA 5ISKA 3PHVA 3PB5A 5P1SA 1LV1A 2P3CA 5P76A 5P6UA 4DQCA 4LXKA 4Y3ZA 3AUPA 1KJHA 2QI7A 4A4QA 5P1XA 2ZHVA 1EC1A 5ER1E 2HPFA 2O4LA 3RVIA 5P70A 4RCEA 5OZGA 4F76A 5OZ7A 4ZE6A 5P8CA 3DCRA 2AOHA 5P4RA 5ER2E 3MWSA 3KF0A 1HOSA 5P8KA 1MSMA 1A94A 3T7QA 5P62A 5P7NA 5EZZA 1BXOA 5UPJA 3KFRA 5OZSA 2QAKA 3NDWA 1IZEA 2NXDA 4EPJA 2F80A 2B42A 2PK5A 2QHCA 5DQ2A 5OYXA 5P7MA 2G24A 2WF3A 4FCOA 2BPWA 1HVCA 1W6IA 4DQHA 4FM6A 1RQ9A 3GI0A 5P8TA 5KR8A 5P8IA 3MSLA 3L59A 3UDMA 5P7EA 1DIFA 4AA8A 5P8NA 1SGUA 5P2HA 3QVIA 3Q4BA 2FDPA 1XL2A 4YD4A 5P4UA 3K4VC 2I4QA 5HU0A 4Y50A 5P1QA 4Y3YA 3S53A 3NDTA 5P7RA 5P32A 4OBJA 3NU6A 4I10A 1HVKA 1MTRA 1J71A 5APRE 5P0BA 1W6HA 5P29A 3BUGA 3OQAA 5P6HA 1QDMA 3QP0A 3PMYA 2AVSA 5P73A 2G1RA 4MC9A 4Y3EA 5P3UA 1QBSA 2R5QA 3OUCA 1Z1RA 5P6TA 5P77A 1GVWA 5HU1A 4GYEA 5P63A 5P31A 2I0DA 1BAIA 1T7JA 4DH6A 2AIDA 5P37A 5P48A 5P7IA 3T6IA 5P5BA 1B6MA 1EC2A 4QJ7A 4Y5LA 3SA7A 5P06A 2VJ9A 4B0QA 3K5FA 3O9EA 4Y4TA 4FGXA 3ZKXA 5KQYA 5P2XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R8Y A;  3VFB A;  5P1J A;  5P5X A;  2QZL A;  4CPW A;  5P2W A;  1LYA A;  4YDG A;  2UXZ A;  5I70 A;  5CLM A;  5P7L A;  4I0J A;  3T7P A;  3SA8 A;  3NU3 A;  4Y4G A;  3CKP A;  5OZ9 A;  1FMU A;  3N3I A;  4Y3R A;  4AA9 A;  4GB2 A;  5IS4 A;  3OHF A;  4B1D A;  3IXJ A;  1HVL A;  2WEB A;  5P5O A;  3BGC A;  5P5D A;  4OBK A;  1ZSR A;  5P54 A;  4R91 A;  1MVP A;  1EC0 A;  2J9K A;  3GGA A;  4D85 A;  3PM4 A;  4Y3X A;  5AHC A;  3NXN A;  5P2E A;  4PZX A;  4L7H A;  5P10 A;  2PC0 A;  3UDQ A;  1QBU A;  4B77 A;  1QRP E;  2OHK A;  5P7K A;  2F81 A;  5OZZ A;  3KFS A;  1ZBG A;  5HDV A;  1EBY A;  1BVE A;  5P4I A;  3AID A;  5P47 A;  2RKG A;  2QI1 A;  4QJ6 A;  3NR6 A;  4Y5K A;  1HIH A;  5P09 A;  5P6X A;  4HVP A;  2PSV A;  5P8E A;  2JJJ A;  3LIY A;  4OBF A;  5KQX A;  3EL4 A;  3VCM A;  3FKT A;  4Y35 A;  3SM1 A;  1HVR A;  2WKZ A;  2IRZ A;  5P4P A;  4DQE A;  5HCO A;  1SP5 A;  3NUJ A;  3HVP A;  5COO A;  2OHQ A;  3S7L A;  3SA3 A;  4HZT A;  1ODY A;  5OZ5 A;  1HEG E;  1C6Z A;  1XS7 D;  2IEO A;  2BJU A;  5OYT A;  3GI4 A;  2PWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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